单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-17	Large-scale bulk and single-cell RNA sequencing combined with machine learning reveals glioblastoma-associated neutrophil heterogeneity and establishes a VEGFA+ neutrophil prognostic model 2025-Apr-05, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00640-z PMID:40188324	research paper	该研究通过大规模单细胞RNA测序和机器学习技术，揭示了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的异质性，并建立了一个VEGFA+中性粒细胞预后模型	首次详细分析了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的亚群，开发了基于VEGFA+中性粒细胞的预后模型VNRS，其准确性高于现有模型	研究样本仅限IDH野生型胶质母细胞瘤，未涵盖其他亚型	探索胶质母细胞瘤微环境中中性粒细胞的异质性及其临床意义	胶质母细胞瘤相关中性粒细胞	digital pathology	glioblastoma	scRNA-seq, 机器学习	VNRS模型	RNA测序数据	127例IDH野生型胶质母细胞瘤样本，498,747个细胞（其中5,032个中性粒细胞）
122	2025-05-17	Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis 2025-Apr-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90596 PMID:40184163	研究论文	通过单细胞表达分析对肠嗜铬细胞进行分层研究	整合单细胞转录组学和空间图像分析，识别出14个沿肠道拓扑组织的EC细胞簇，并发现具有不同转录因子和激素表达的亚型	EC细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未完全明确	研究肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道稳态中的作用	肠嗜铬细胞(EC细胞)	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学、空间图像分析、遗传学、化学遗传学和药理学方法	NA	单细胞转录组数据和空间图像数据	NA
123	2025-05-17	Atf3 controls transitioning in female mitochondrial cardiomyopathy as identified by spatial and single-cell transcriptomics 2025-Apr-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq1575 PMID:40184463	研究论文	通过空间转录组学和单核RNA测序技术，研究了线粒体心肌病（MCM）患者心脏中的基因表达变化，揭示了从代偿到功能障碍的转变机制	首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了Atf3在女性线粒体心肌病进程中的关键作用	研究样本有限，仅基于一名患者和小鼠模型，可能无法完全代表所有MCM病例	探索线粒体心肌病从代偿到功能障碍的分子机制	线粒体心肌病患者心脏组织和小鼠模型	转录组学	线粒体心肌病	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	小鼠模型（FS6KD）	RNA测序数据	一名患者和小鼠模型
124	2025-05-17	RIPK2 promotes colorectal cancer metastasis by protecting YAP degradation from ITCH-mediated ubiquitination 2025-Apr-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07599-9 PMID:40185717	研究论文	本研究揭示了RIPK2通过保护YAP免受ITCH介导的泛素化降解，从而促进结直肠癌转移的机制	首次发现RIPK2作为结直肠癌预后不良的独立风险因子，并阐明了其通过调控YAP稳定性促进转移的分子机制	未明确RIPK2在其他癌症类型中的普遍性作用	探索结直肠癌转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞及肿瘤组织	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	结直肠癌组织与癌旁组织的对比分析
125	2025-05-17	Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter 2025-Apr-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58466-2 PMID:40185750	研究论文	通过空间转录组学技术研究年轻、中年和老年小鼠大脑，揭示了白质纤维束是炎症的主要焦点	首次系统地研究了自然衰老小鼠大脑的空间转录组特征，涵盖三个年龄组和两种性别，并确定了白质纤维束作为炎症的主要焦点	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	系统理解年龄诱导的分子变化，特别是大脑衰老过程中的炎症反应	年轻、中年和老年小鼠的大脑	空间转录组学	老年疾病	空间转录组学、免疫荧光、定量MRI分析	NA	转录组数据、图像数据	三个年龄组（年轻、中年、老年）和两种性别的小鼠大脑样本
126	2025-05-17	Partially characterized topology guides reliable anchor-free scRNA-integration 2025-Apr-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07988-y PMID:40185996	research paper	提出了一种名为scCRAFT的自编码器模型，用于可靠的多批次单细胞RNA测序数据整合	scCRAFT通过结合重建损失、多域适应损失和创新的双分辨率三元组损失，有效分离细胞类型相关信号与批次效应	未提及具体的数据规模限制或计算资源需求	解决单细胞RNA测序数据批次整合中可靠批次校正与生物信号异质性保持的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	autoencoder	RNA测序数据	未提及具体样本数量
127	2025-05-17	CCR8 antagonist suppresses liver cancer progression via turning tumor-infiltrating Tregs into less immunosuppressive phenotype 2025-Apr-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03286-x PMID:40186298	研究论文	本文研究了CCR8拮抗剂IPG0521m通过改变肿瘤浸润性调节性T细胞(Tregs)的表型来抑制肝癌进展的机制	首次揭示了CCR8拮抗剂在肝癌中的作用机制，即通过将Tregs从高免疫抑制表型转变为低免疫抑制表型来增强抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，人类肝癌患者中的效果尚需进一步临床验证	探索CCR8拮抗剂在肝癌治疗中的潜在应用及其作用机制	肝癌组织中的CCR8+ Tregs	肿瘤免疫学	肝癌	流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、实时PCR	小鼠肝癌模型	RNA测序数据、流式细胞数据	人类肝癌组织样本和小鼠模型
128	2025-05-17	Identification of biomarkers for endometriosis based on summary-data-based Mendelian randomization and machine learning 2025-Apr-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000041804 PMID:40193647	研究论文	该研究通过总结数据为基础的孟德尔随机化和机器学习方法，识别了子宫内膜异位症的生物标志物	结合了MAGMA分析、孟德尔随机化和机器学习模型，成功识别出三个核心生物标志物，并利用单细胞RNA测序和共识聚类分析其表达模式和样本亚群	样本量相对较小（77例子宫内膜异位症样本），且仅基于FinnGen数据库的GWAS数据	开发非侵入性生物标志物用于子宫内膜异位症的早期诊断和个性化治疗	子宫内膜异位症患者	生物信息学	子宫内膜异位症	GWAS, MAGMA分析, 单细胞RNA测序, 共识聚类	机器学习模型	基因组数据, 基因表达数据	77例子宫内膜异位症样本
129	2025-05-17	Synaptic deregulation of cholinergic projection neurons causes olfactory dysfunction across five fly Parkinsonism models 2025-Apr-03, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98348 PMID:40178224	研究论文	该研究通过开发五种果蝇家族性帕金森病模型，揭示了胆碱能投射神经元的突触失调是导致嗅觉功能障碍的早期病理特征	首次在五种家族性帕金森病模型中系统性地发现胆碱能投射神经元的突触功能障碍是嗅觉减退的早期病理机制	研究主要基于果蝇模型，虽然在人类样本中进行了部分验证，但需要更多临床研究进一步确认	探究帕金森病早期非运动症状（特别是嗅觉减退）的细胞和分子机制	五种果蝇帕金森病模型和人类帕金森病患者特定脑区	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序、单核测序	果蝇遗传模型	基因表达数据	五种果蝇帕金森病模型和人类患者三个特定脑区样本
130	2025-05-17	Integrated proteogenomic characterization of localized prostate cancer identifies biological insights and subtype-specific therapeutic strategies 2025-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58569-w PMID:40180929	research paper	该研究通过整合基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据，对145例中国患者的局限性前列腺癌进行了分子亚型分析，并鉴定出NANS蛋白作为潜在的预后生物标志物和治疗靶点	首次在局限性前列腺癌中整合多组学数据进行分子亚型分析，并发现NANS蛋白通过调节sialoglycan-sialic acid-Siglec轴影响肿瘤免疫微环境	研究样本仅来自中国患者，可能限制了结果的普适性	探索局限性前列腺癌的分子异质性并寻找新的治疗策略	145例中国患者的局限性前列腺癌样本	digital pathology	prostate cancer	基因组测序、转录组测序、蛋白质组分析、磷酸化蛋白质组分析、scRNA-seq、免疫荧光分析	orthotopic transplanted mouse models	multi-omics data (genomic, transcriptomic, proteomic, phosphoproteomic)	145例局限性前列腺癌患者样本
131	2025-05-17	Development and validation of basement membrane-related signatures for predicting postoperative recurrence, tumor microenvironment and drug candidates in chordomas 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14006-1 PMID:40181316	研究论文	本研究开发和验证了与基底膜相关的基因特征，用于预测脊索瘤术后复发、肿瘤微环境和药物候选	首次建立了由五个基底膜相关基因组成的预后特征，并验证了其作为独立预后因素的准确性和可靠性，同时揭示了基底膜相关基因通过PI3K-Akt信号通路影响脊索瘤的恶性行为	样本量相对较小（77例进行批量转录组测序，6例进行单细胞RNA测序），可能需要更大规模的研究进一步验证	探索基底膜相关基因在颅底脊索瘤预后评估和生物学行为中的作用	颅底脊索瘤患者和脊索瘤细胞	数字病理学	脊索瘤	批量转录组测序、单细胞RNA测序、LASSO Cox回归分析	LASSO Cox回归模型	转录组数据	77例患者进行批量转录组测序，6例患者进行单细胞RNA测序
132	2025-05-17	Microwave ablation of non-small cell lung cancer enhances local T-cell abundance and alters monocyte interactions 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14002-5 PMID:40181307	research paper	本研究探讨了微波消融（MWA）对非小细胞肺癌（NSCLC）微环境中免疫细胞群的影响	首次在单细胞水平上揭示了MWA后NSCLC微环境中T细胞丰度的增加以及单核细胞与T细胞（或B细胞）之间相互作用的改变	样本量较小，仅涉及接受分次MWA治疗的患者	识别MWA后NSCLC微环境中免疫细胞群的变化并分析免疫细胞中失调的基因	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	接受分次MWA治疗的NSCLC患者的肿瘤活检样本
133	2025-05-17	FOSB is a key factor in the genetic link between inflammatory bowel disease and acute myocardial infarction: multiple bioinformatics analyses and validation 2025-Apr-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02129-0 PMID:40181401	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了FOSB等关键基因在炎症性肠病（IBD）和急性心肌梗死（AMI）共病中的重要作用	首次通过多组学方法鉴定出THBD、FOSB、ADGPR3、IL1R2和PLAUR五个关键基因在IBD和AMI共病机制中的核心作用，并构建了高预测精度的AMI诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证样本量有限，需要更大规模的临床研究进一步确认	探索IBD与AMI之间的遗传机制联系，寻找潜在的诊断标志物和治疗靶点	IBD和AMI相关的基因表达数据	生物信息学	炎症性肠病, 急性心肌梗死	微阵列分析, WGCNA, qRT-PCR, Western blotting, 单细胞测序	LASSO, 随机森林, Boruta	基因表达数据	NCBI GEO数据库中的多个微阵列数据集
134	2025-05-17	Functional maturation of preterm intestinal epithelium through CFTR activation 2025-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07944-w PMID:40169914	研究论文	本研究探讨了人类Wharton's jelly间充质干细胞来源的细胞外囊泡（EVs）对促进早产儿肠道上皮功能成熟的作用	发现EV39处理能显著上调与肠上皮细胞功能相关的成熟特异性基因表达，并通过CFTR依赖机制促进细胞增殖、上皮屏障完整性和脂肪酸摄取	研究结果仅在人源早产模型中得到验证，未在小鼠肠道类器官中观察到类似效应	探索促进早产儿肠道上皮功能成熟的方法	早产儿回肠组织来源的人类早产肠道模型	发育生物学	早产相关疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	人类早产肠道模型（具体样本量未明确说明）
135	2025-05-17	Knockout of cyclin-dependent kinases 8 and 19 leads to depletion of cyclin C and suppresses spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Apr-02, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96465 PMID:40172945	研究论文	研究敲除CDK8和CDK19对小鼠精子发生和雄性生育能力的影响	首次发现CDK8和CDK19双敲除导致细胞周期蛋白C（CCNC）耗竭，并揭示了其通过激酶非依赖性功能影响精子发生的新机制	CDK8/19抑制剂处理未能重现基因敲除表型，说明可能存在其他补偿机制	探究CDK8和CDK19在雄性生殖系统中的功能	CDK8和CDK19双敲除小鼠模型	分子生物学	男性不育症	基因敲除技术、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠模型进行实验
136	2025-05-17	A donor PD-1+CD8+ TSCM-like regulatory subset mobilized by G-CSF alleviates recipient acute graft-versus-host-disease 2025-Apr-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02183-1 PMID:40175340	research paper	研究发现一种新型供体外周T细胞亚群，能够抑制急性移植物抗宿主病（aGVHD）同时促进受体的免疫重建	首次鉴定出一种具有双重Treg和Teff功能的PD-1+CD8+ TSCM样调节性T细胞亚群，可作为优化供体选择的指标	研究样本量相对较小（n=80），且主要在单中心进行	优化临床供体选择标准并鉴定与更好受体预后相关的供体淋巴细胞亚群	80例G-CSF动员的供体及其对应的80例单倍体相合和全相合allo-HSCT受体	免疫学	急性移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞转录组数据	80例供体-受体对（发现队列）和30例验证队列
137	2025-05-17	A realistic FastQ-based framework FastQDesign for ScRNA-seq study design issues 2025-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07938-8 PMID:40175506	研究论文	提出了一种基于FastQ文件的scRNA-seq研究设计框架FastQDesign，用于优化实验设计	首个基于FastQ文件的研究设计框架，利用公开数据集的原始FastQ文件作为参考，在固定预算内提供最优设计建议	NA	解决scRNA-seq实验设计中的细胞数量和测序深度优化问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	FastQ文件	一个合成数据集和九个真实数据集
138	2025-05-17	Identification of potential shared gene signatures between periodontitis and breast cancer by integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data 2025-Apr-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95703-6 PMID:40175565	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了牙周炎和乳腺癌之间潜在的共享基因特征	首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据研究牙周炎和乳腺癌的共享基因特征，并发现ANKRD29和TDO2作为诊断生物标志物	机制研究仍需进一步实验验证	探究牙周炎和乳腺癌之间相互作用的基因、通路和免疫细胞	牙周炎和乳腺癌患者样本	生物信息学	牙周炎, 乳腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, qRT-PCR, 免疫组化染色	机器学习方法	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的牙周炎和乳腺癌样本
139	2025-05-17	Life-long microbiome rejuvenation improves intestinal barrier function and inflammaging in mice 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02089-8 PMID:40176137	研究论文	研究通过长期粪便微生物移植（FMT）改善小鼠肠道屏障功能和炎症老化	首次在小鼠中验证了长期年轻微生物群移植对延缓衰老的积极作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索微生物群定向干预对延缓哺乳动物衰老的潜力	小鼠	微生物组学	衰老相关疾病	粪便微生物移植（FMT）、16S rRNA基因分析、宏基因组学、单细胞RNA测序	NA	微生物组数据、转录组数据	使用8周龄小鼠和同龄小鼠作为供体
140	2025-05-17	Faecalibacterium prausnitzii-derived outer membrane vesicles reprogram gut microbiota metabolism to alleviate Porcine Epidemic Diarrhea Virus infection 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02078-x PMID:40176190	research paper	研究探讨了Faecalibacterium prausnitzii及其外膜囊泡在缓解猪流行性腹泻病毒(PEDV)感染中的作用	首次发现F.prausnitzii外膜囊泡(OMVs)通过改变肠道菌群代谢和增加磷脂酰胆碱(PC)水平来缓解PEDV感染	研究仅使用猪模型和细胞系，未进行人体试验	探索F.prausnitzii及其OMVs对PEDV感染的缓解作用及其机制	猪流行性腹泻病毒(PEDV)感染的仔猪模型和IPEC-J2、Vero细胞系	微生物学与病毒学	猪流行性腹泻	蛋白质组学、非靶向代谢组学、小RNA测序、宏基因组分析、单细胞测序	动物模型(仔猪)和细胞模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了仔猪模型和两种细胞系