单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 41858 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-07-30 |
Deciphering transcriptional plasticity in pancreatic ductal adenocarcinoma reveals alterations in sensory neuron innervation
2026-07, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70233
PMID:41847880
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序解析胰腺导管腺癌中感觉神经元的转录可塑性，发现肿瘤相关神经支配中神经元亚群变化及肿瘤来源RNA转移的新机制 | 首次对胰腺和胰腺导管腺癌感觉神经元进行详细的转录组学分析，识别出神经丝蛋白阳性神经元为优势亚型，并发现肿瘤来源RNA通过细胞外囊泡转移至感觉神经元的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，结论向人类胰腺癌转化需进一步验证 | 揭示胰腺导管腺癌中感觉神经元的转录组特征及其在肿瘤进展中的作用 | 小鼠胰腺感觉神经元（背根神经节中Fast Blue阳性的感觉神经元） | 转录组学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、类器官培养、qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型和KPC小鼠模型，具体数量未明确 | 未明确 | 单细胞RNA-seq | 未明确 | NA |
| 2 | 2026-07-30 |
LMTK3 regulates breast cancer angiogenesis via a context-dependent mesenchymal-epithelial transition program
2026-Jun, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-026-01001-2
PMID:41577842
|
研究论文 | 本研究揭示LMTK3通过情境依赖的上皮-间质转化程序调控乳腺癌血管生成 | 首次鉴定LMTK3为乳腺癌血管生成的情境依赖性驱动因子，并发现其在三阴性乳腺癌中通过部分EMT状态促进血管生成，在管腔样细胞中则抑制血管生成，揭示了辛普森悖论现象 | 未在体内模型中进一步验证LMTK3抑制对血管正常化的效果，且辛普森悖论的分子机制尚需更深层次解析 | 探究LMTK3在乳腺癌血管生成微环境中的具体作用和调控机制 | 乳腺癌细胞（间质样三阴性乳腺癌和管腔样细胞） | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 3 | 2026-07-30 |
Identifying clinically relevant cell state interactions in the tumor microenvironment of IDH-mutant gliomas using CSI-TME
2026-Jun, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-026-00201-0
PMID:41807578
|
研究论文 | 提出了CSI-TME计算框架，用于从批量转录组数据推断IDH突变胶质瘤肿瘤微环境中的细胞状态相互作用 | 将基因相互作用概念（如合成致死）扩展到细胞状态，直接利用大规模批量转录组数据集推断预后相关的细胞状态互作 | 缺乏具有临床信息的单细胞RNA测序队列，且批量RNA测序队列缺少细胞背景 | 系统表征IDH突变胶质瘤肿瘤微环境中的功能细胞状态相互作用 | IDH突变胶质瘤患者肿瘤微环境中的恶性细胞和免疫细胞状态 | 机器学习 | 胶质瘤 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | 批量转录组数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 多个批量转录组数据集队列 | NA | bulk RNA-seq、single-cell RNA-seq、spatial transcriptomics | NA | NA |
| 4 | 2026-07-30 |
Decoding B-cell Signatures of Complete Pathologic Response to Perioperative Chemoimmunotherapy in Non-Small Cell Lung Cancer
2026-Apr-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-3315
PMID:41805895
|
研究论文 | 通过多组学分析B细胞和三级淋巴结构特征，揭示非小细胞肺癌围手术期化疗免疫治疗完全病理应答的免疫景观 | 首次整合B细胞受体库、多重免疫荧光、批量及空间转录组学等多组学数据，系统解析完全病理应答肿瘤中B细胞克隆性、类别转换及三级淋巴结构成熟度的动态变化 | NA | 阐明B细胞和三级淋巴结构在围手术期化疗免疫治疗完全病理应答中的免疫机制，并探索B细胞受体指标作为预测性生物标志物的潜力 | 非小细胞肺癌患者（来自NADIM/NADIM II临床试验）的肿瘤组织和血液样本 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | B细胞受体库测序、多重免疫荧光、批量RNA-seq、空间转录组学、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据、组织图像、免疫组化数据 | 123例患者（87份组织样本、25份血液样本用于B细胞受体库；67份组织用于多重免疫荧光；15份用于批量转录组；12份用于空间转录组；15份用于单细胞转录组） | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2026-07-30 |
The topographical distribution of spermatogonial subpopulations during the cycle of seminiferous epithelium in Macaca Fascicularis
2026-04-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioag018
PMID:41562564
|
研究论文 | 探究食蟹猴生精上皮周期中精原细胞亚群的拓扑分布 | 首次描述灵长类中不同精原细胞亚群在生精小管基底室的阶段性空间分布模式，并发现其与生精上皮周期的动态协调 | 未说明具体局限性 | 阐明灵长类精原细胞亚群的空间分布及其与微环境的关系 | 食蟹猴（Macaca fascicularis）的生精上皮组织 | NA | NA | 免疫组化染色 | NA | 图像 | Bouin固定食蟹猴样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2026-07-30 |
LINC01116, a hypoxia-lncRNA marker of pathological lymphangiogenesis and poor prognosis in lung adenocarcinoma
2026-04, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70175
PMID:41367062
|
研究论文 | 本文研究LINC01116作为低氧相关长链非编码RNA在肺腺癌病理性淋巴管生成和不良预后中的作用 | 首次发现LINC01116在淋巴内皮细胞中高表达，并作为肿瘤淋巴管生成的特异性生物标志物 | LUAD癌细胞系中未发现LINC01116的明显调控作用 | 探究LINC01116在肺腺癌淋巴管生成中的作用及预后价值 | 肺腺癌患者队列、LUAD癌细胞系、淋巴内皮细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 转录组分析、CRISPRi、RNA干扰、单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 肺腺癌患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-07-30 |
The role of ionotropic glutamate receptors in Alzheimer's disease: A scientometric analysis
2026-Apr, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877261423577
PMID:41773766
|
综述分析 | 通过科学计量学分析梳理离子型谷氨酸受体在阿尔茨海默病中的研究演变趋势 | 首次利用CiteSpace、VOSviewer和Bibliometrix工具对iGluR与AD研究进行全面的文献计量分析，揭示了从机制研究到临床转化的知识演化路径 | 仅检索了三个数据库且时间跨度至2025年，可能存在文献覆盖偏差；分析未纳入未发表的研究或灰色文献 | 系统分析离子型谷氨酸受体在阿尔茨海默病中的研究现状、发展趋势和未来方向 | 1986年至2025年间发表的4810篇关于iGluRs与AD的已发表文献 | 自然科学文献计量分析 | 阿尔茨海默病 | NA | NA | 文本 | 4810篇已发表论文 | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2026-07-30 |
Neural signaling contributes to heart formation and growth in the invertebrate chordate, Ciona robusta
2026-Apr, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003715
PMID:41980010
|
研究论文 | 研究表明神经肽速激肽和经典Wnt信号共同调控无脊椎动物尾索动物强壮海鞘的心肌祖细胞增殖 | 首次发现神经肽速激肽对心肌祖细胞增殖的调控作用，结合单细胞RNA测序揭示了心脏神经样细胞的分布及其与远端祖细胞的神经支配关系 | 研究仅限于无脊椎动物模型，可能无法直接推广到脊椎动物心脏发育 | 探索神经元信号在心脏形成和生长中的作用机制 | 无脊椎动物尾索动物强壮海鞘的成年心脏 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因敲除、药理抑制剂 | NA | 单细胞基因表达数据 | 成年强壮海鞘心脏样本（具体数量未提及） | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3'试剂盒用于单细胞文库构建，Illumina NovaSeq用于测序 |
| 9 | 2026-07-30 |
Transcriptional regulation of the main olfactory epithelium by environmental olfactory exposures
2026-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.24.713727
PMID:41929152
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）探索了环境气味暴露对小鼠主嗅觉上皮细胞转录调控的影响 | 首次在稳态下揭示环境气味暴露对多种嗅觉上皮细胞类型的特异性转录变化 | NA | 研究环境嗅觉暴露如何影响小鼠主嗅上皮细胞类型特异性转录反应 | 小鼠主嗅上皮细胞（包括嗅觉感觉神经元、支持细胞和免疫细胞） | 数字病理学 | 嗅觉功能障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 小鼠主嗅上皮样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-07-30 |
Construction of a SEMA3 family-based model to predict prognosis and molecular subtypes in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Mar-06, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04808-5
PMID:41792569
|
研究论文 | 基于SEMA3家族基因构建预测胰腺导管腺癌预后和分子亚型的模型 | 首次整合多组学数据系统分析SEMA3家族在胰腺导管腺癌中的表达异质性，结合单细胞和空间转录组学揭示SEMA3C在肿瘤微环境中调控免疫逃逸的细胞间通讯作用 | 主要基于公开数据集，缺乏独立外部验证队列；SEMA3C作为治疗靶点需进一步实验验证 | 探究SEMA3基因家族在胰腺导管腺癌中的预后和免疫学意义并开发风险模型 | 胰腺导管腺癌患者 | 机器学习 | 胰腺导管癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | LASSO回归, Cox比例风险模型 | 基因表达数据, 突变数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 多中心公共数据集（TCGA和GEO） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-07-30 |
Spatial transcriptomics reveals mechanism of autoimmunity driven by internalized autoantibodies
2026-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.02.14.26346329
PMID:41757163
|
研究论文 | 利用空间转录组学揭示内化自身抗体驱动自身免疫的机制 | 首次通过空间转录组学分析证明自身抗体内化是多种自身免疫疾病的共享致病机制，并发现抗体分泌细胞将免疫球蛋白RNA转移到邻近受影响的细胞中 | 研究主要基于肌肉活检和体外细胞实验，尚未在更多组织或体内模型中验证该机制的普遍性 | 阐明自身抗体内化在自身免疫疾病发病机制中的作用及其通用性 | 来自抗Mi2皮肌炎、抗PM/Scl硬化肌炎等自身免疫疾病患者的肌肉活检组织、健康细胞原代培养物以及多种其他组织 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 空间转录组学，RNA测序，免疫荧光 | NA | 基因表达数据，图像数据 | 多个独立队列的患者肌肉活检样本，以及健康细胞原代培养物 | NA | 空间转录组学，RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-07-30 |
The vaccine platform used for COVID-19 primary immunization shapes the quality of the human B cell response to a vaccine boost
2026-Feb-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aeb9837
PMID:41739906
|
研究论文 | 研究不同COVID-19疫苗平台对加强接种后B细胞反应质量的影响 | 首次在人中系统比较了同源与异源疫苗加强方案对B细胞亚群及抗体反应的差异化影响 | 未提供具体局限性信息 | 探究初级免疫所用疫苗平台如何塑造加强接种后B细胞反应质量 | 接种不同COVID-19疫苗方案的人类受试者 | 机器学习 | COVID-19 | 流式细胞术, 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 13 | 2026-07-30 |
Time-Dependent Effects of Rapid-Acting Antidepressants in iPSC-Derived Neurons from Treatment-Resistant Depression and Healthy Volunteers
2026-Feb-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8733841/v1
PMID:41743330
|
研究论文 | 本研究利用来自治疗抵抗性抑郁症患者和健康志愿者的诱导多能干细胞分化神经元，探究多种速效抗抑郁药的时间依赖性效应 | 首次在诱导多能干细胞衍生神经元模型中平行评估多种速效抗抑郁药，揭示了共享和药物特异性基因表达变化 | 未提及 | 探究速效抗抑郁药在人类相关系统中的时间依赖性分子机制 | 来自治疗抵抗性抑郁症患者和健康志愿者的诱导多能干细胞衍生的成熟皮层样神经元 | 机器学习 | 抑郁症 | RNA测序，单细胞RNA测序，蛋白质印迹，免疫细胞化学 | 未提及 | 转录组数据，蛋白质组数据 | 未提及样本数量，涉及来自治疗抵抗性抑郁症患者和健康志愿者的诱导多能干细胞 | 未提及 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | 未提及 | 未提及 |
| 14 | 2026-07-30 |
Leveraging the genetics of human face shape boosts the discovery of orofacial cleft risk loci
2026-Feb-03, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.01.30.26345139
PMID:41674607
|
研究论文 | 利用人类面部形状遗传学提升口腔面部裂风险位点的发现能力 | 首次应用多效性条件错误发现率全基因组关联研究方法（cFDR-GWAS）整合面部形状和口腔面部裂的遗传信息，发现21个新的风险位点 | 样本仅限于欧洲人群，可能限制了发现位点的普遍性；部分新位点需要独立队列进一步验证 | 探索面部形状与口腔面部裂之间的共享遗传基础，提高发现口腔面部裂风险位点的统计效力 | 欧洲人群正常面部形状（n=4680和n=3566）和非综合征性唇裂伴或不伴腭裂（nsCL/P，n=3969） | 机器学习 | 口腔面部裂 | 全基因组关联研究 | cFDR-GWAS（条件错误发现率建模） | 总结统计数据 | 面部形状：4680和3566例；nsCL/P：3969例 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2026-07-30 |
RNA Quality Control Enables Antibiotic Tolerance
2026-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.02.703294
PMID:41676483
|
研究论文 | 通过实验进化揭示细菌在抗生素和免疫压力下通过RNA质量控制实现抗生素耐受性的机制 | 发现RNA降解体组分RNase Y的突变通过转录水平上的赌博策略（少数维持基线转录，多数选择性降解RNA）赋予细菌广谱抗生素耐受性，并加速恢复 | 未在临床菌株或体内模型中验证这些耐受机制的普适性 | 探究细菌在复杂宿主环境中适应抗生素压力的分子机制 | 细菌群体在不同抗生素和免疫状态下的适应性进化及耐药性机制 | 机器学习 | 感染性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同抗生素和免疫条件下实验进化的细菌群体样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-07-30 |
Intracerebral hemorrhage induces monocyte TNF signaling that is suppressed by Siponimod (BAF312): a single-cell transcriptomics study in patients
2026-Jan-27, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.01.22.26344292
PMID:41646803
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和血浆细胞因子分析，研究脑出血后单核细胞TNF信号通路及其被Siponimod（BAF312）抑制的作用 | 首次在脑出血患者中使用单细胞RNA测序分析BAF312对单核细胞TNF信号的抑制效应，并揭示单核细胞TNF信号与功能预后的正相关关系 | 样本量较小（仅比较BAF312治疗组与安慰剂组），且未探讨BAF312对血浆细胞因子或趋化因子浓度的直接影响 | 探究脑出血后外周免疫反应，特别是单核细胞TNF信号通路及其被免疫调节药物BAF312调控的机制 | 脑出血患者外周血中的单核细胞、T淋巴细胞和B淋巴细胞 | 单细胞转录组学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序、血浆细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组表达数据、血浆细胞因子浓度数据 | 脑出血患者外周血样本（BAF312治疗组和安慰剂组），时间点为发病后第1、3、7天 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3端测序平台用于单细胞RNA测序 |
| 17 | 2026-07-30 |
Microbiome-Derived Metabolites Shape CD4+ T-Cell Differentiation and Immune Aging in Chronic HIV-1 Infection
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699280
PMID:41648363
|
研究论文 | 本研究揭示了芳香族肠道细菌代谢物通过影响CD4+ T细胞的分化与免疫老化，在慢性HIV-1感染中发挥重要作用 | 首次发现细胞相关性的芳香族肠道细菌代谢物，特别是对甲酚硫酸盐，通过剂量依赖性方式调控CD4 T细胞的转录程序、分化能力、调节样特性和细胞衰老，并与HIV-1储存库大小相关联 | NA | 探究肠道来源的芳香族细菌代谢物在塑造HIV-1感染者CD4 T细胞代谢与免疫功能中的作用 | HIV-1感染者（PLWH）的配对血浆与CD4 T细胞 | 机器学习和数字病理学 | HIV-1感染 | 代谢组学、流式细胞术、单细胞RNA测序、转录组和蛋白质组分析 | NA | 代谢组数据、转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 | 来自HIV-1感染者的配对血浆和CD4 T细胞样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 18 | 2026-07-30 |
YAP1 Depletion Enhances TAZ and its Complexation with TEAD4 and AP-1 Heterodimer C-JUN/FOSB to Promote Gastric Cancer Progression and Metastases
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.683933
PMID:41292957
|
研究论文 | 本文揭示了YAP1缺失增强TAZ与TEAD4及AP-1异二聚体c-JUN/FOSB复合，促进胃癌腹膜转移的机制 | 首次发现YAP1抑制会引发TAZ的代偿性上调，且联合抑制YAP1和TAZ比单独抑制任一共激活因子具有更优的抗肿瘤活性 | 未提及具体局限性，但可能涉及样本量、临床转化验证等潜在限制 | 评估YAP1和TAZ在胃癌腹膜转移中的表达状态及联合靶向的治疗价值 | 胃癌腹膜转移样本及细胞模型 | 分子生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、共免疫荧光染色、基因敲除、反义寡核苷酸抑制、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据 | 涉及胃癌腹膜转移的患者样本及PDX和KPLuc2同基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-07-30 |
Periductal Fibroblast Density Defines Lymphocyte Exclusion via a CD44-Dependent Stromal Checkpoint in Pancreatic Cancer
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.23.593868
PMID:38853982
|
研究论文 | 该研究揭示了胰腺导管腺癌中导管周成纤维细胞密度通过CD44依赖性基质检查点决定淋巴细胞排除的机制 | 首次建立成纤维细胞分层的导管空间结构作为免疫排除的基本决定因素，并发现CD44信号是锚定免疫细胞在成纤维细胞富集区的关键黏附轴 | 未明确提及 | 探究胰腺癌中纤维化对免疫细胞定位和功能的影响机制 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 成像质谱流式、多重免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 来自三个独立队列的治疗初治患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-07-30 |
New advances on the interaction between internal and external factors in the tumor microenvironment of solid tumors
2025-11, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2025.2585349
PMID:41177968
|
综述 | 总结实体瘤肿瘤微环境中免疫逃逸、代谢重编程和神经免疫对免疫疗法影响的最新研究进展 | 整合单细胞测序和空间肿瘤学技术，揭示肿瘤微环境中细胞间相互作用的更复杂细节，并分析其对联合免疫疗法设计的突破点 | 未明确说明文献筛选过程中可能存在的出版偏倚，且仅涵盖2000年至2025年5月21日间的PubMed数据库文献 | 探索实体瘤免疫微环境的基本特征，以突破免疫治疗瓶颈并识别潜在联合治疗方案 | 实体瘤肿瘤微环境中的免疫逃逸、代谢重编程和神经免疫过程 | 机器学习 | 实体瘤 | 单细胞测序、空间肿瘤学技术 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |