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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1 | 2024-11-13 |
Disruption of immune responses by type 1 diabetes exacerbates SARS-CoV-2 mediated lung injury
2024-Dec-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00250.2024
PMID:39320093
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研究论文 | 研究评估了1型糖尿病对小鼠模型中COVID-19肺炎严重程度的影响 | 引入了一种新的技术来消化高度固定的组织,以便进行流式细胞分析,并确认了1型糖尿病小鼠肺部T细胞招募的减少和炎症性巨噬细胞特征 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探讨1型糖尿病如何加剧COVID-19肺炎的严重程度 | 1型糖尿病小鼠和野生型小鼠感染了适应性SARS-CoV-2 | NA | 糖尿病 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用野生型小鼠感染适应性SARS-CoV-2进行实验 |
2 | 2024-11-13 |
Spatial domains identification in spatial transcriptomics using modality-aware and subspace-enhanced graph contrastive learning
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.029
PMID:39507820
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研究论文 | 本文提出了一种基于图对比学习和子空间分析的框架GRAS4T,用于空间转录组学中的空间域识别 | 结合对比学习和子空间分析模型,通过捕捉同一域内点的自表达性来准确区分不同的空间域 | NA | 开发一种新的方法来提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性 | 空间转录组学数据中的空间域 | 空间转录组学 | NA | 图对比学习 | 图对比学习框架 | 空间转录组数据 | 八个来自五个不同平台的空间转录组数据集 |
3 | 2024-11-13 |
TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism
2024-Nov-11, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331396
PMID:38697771
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研究论文 | 研究TLR8激动剂selgantolimod对Kupffer细胞分化状态的调节及其通过IL-6依赖机制抑制HBV进入肝细胞的作用 | 首次详细描述了selgantolimod在肝微环境中引起的转录组变化和细胞间通信事件,并展示了其对HBV进入的抑制作用 | 研究主要基于体外实验和转录组数据,缺乏体内实验验证 | 探讨selgantolimod在肝微环境中对Kupffer细胞和HBV感染的影响 | Kupffer细胞和肝细胞 | NA | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了公开的单细胞RNA测序数据和HBV感染患者的转录组数据 |
4 | 2024-11-13 |
Targeting squalene epoxidase restores anti-PD-1 efficacy in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis-induced hepatocellular carcinoma
2024-Nov-11, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331117
PMID:38744443
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研究论文 | 研究探讨了角鲨烯环氧化酶(SQLE)在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎诱导的肝细胞癌(MASH-HCC)中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 首次揭示了SQLE通过影响胆固醇积累,调节CD8+ T细胞和骨髓来源抑制细胞(MDSCs)的功能,从而影响MASH-HCC的免疫抑制状态 | NA | 探讨SQLE在MASH-HCC中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响,并评估其作为增强抗PD-1免疫治疗靶点的潜力 | 角鲨烯环氧化酶(SQLE)、CD8+ T细胞、骨髓来源抑制细胞(MDSCs) | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | RNA | NA |
5 | 2024-11-13 |
Dual decoding of cell types and gene expression in spatial transcriptomics with PANDA
2024-Nov-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae876
PMID:39404057
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PANDA的新方法,用于同时解码空间转录组学数据中的细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达 | PANDA方法通过整合原型分析来捕捉细胞类型内的异质性,并在反卷积过程中动态学习每个斑点的细胞类型特征 | NA | 旨在通过空间转录组学技术揭示复杂生物系统的基因表达和空间结构 | 空间转录组学数据中的细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | 原型分析 | 基因表达数据 | 包括肿瘤、大脑和发育中的心脏等多种组织的真实空间转录组学数据 |
6 | 2024-11-13 |
Machine Learning-enhanced Signature of Metastasis-related T Cell Marker Genes for Predicting Overall Survival in Malignant Melanoma
2024-Nov-07, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000544
PMID:39506915
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和机器学习技术,识别与转移相关的T细胞标记基因,以预测恶性黑色素瘤患者的总体生存率 | 通过机器学习方法识别出与转移相关的T细胞标记基因,并开发了一种结合MRTMGs签名、T阶段和N阶段的诺模图,用于准确预测患者的生存概率 | NA | 研究原发性和转移性恶性黑色素瘤的肿瘤免疫微环境差异,并识别用于预测患者生存的转移相关T细胞标记基因 | 恶性黑色素瘤患者的肿瘤免疫微环境和转移相关T细胞标记基因 | 机器学习 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 10×scRNA-seq数据中的6个不同T细胞簇 |
7 | 2024-11-13 |
Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour
2024-Nov-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08105-5
PMID:39506125
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜和蛋白质组学分析,探讨了免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者心脏、肿瘤和血液中的免疫反应 | 首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序,系统分析了免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者心脏、肿瘤和血液中的免疫细胞分布和功能变化 | 研究样本量较小,且仅限于特定类型的患者,结果的普适性有待进一步验证 | 探讨免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系 | 免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者的心脏、肿瘤和血液样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜、蛋白质组学分析 | NA | 细胞 | 28名免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者和41名未受影响个体的样本 |
8 | 2024-11-13 |
Single cell RNA-seq reveals cellular and transcriptional heterogeneity in the splenic CD11b+Ly6Chigh monocyte population expanded in sepsis-surviving mice
2024-Nov-06, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00970-0
PMID:39506629
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研究论文 | 研究探讨了脓毒症幸存小鼠脾脏CD11b+Ly6Chigh单核细胞群体的细胞和转录异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了脓毒症幸存小鼠脾脏CD11b+Ly6Chigh单核细胞群体的转录异质性 | 研究仅限于C57BL/6J和BALB/c小鼠,未涵盖其他动物模型 | 探讨脓毒症幸存小鼠免疫失调的分子基础 | 脾脏CD11b+Ly6Chigh单核细胞群体 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | C57BL/6J和BALB/c小鼠的脾脏CD11b+Ly6Chigh细胞 |
9 | 2024-11-13 |
Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women
2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404775121
PMID:39471215
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研究论文 | 研究应用单细胞RNA测序技术分析了健康育龄女性子宫内膜和肌层的细胞异质性和动态变化 | 构建了正常子宫细胞图谱,包含超过167,000个细胞,并提出了39种亚型的共识注释系统 | 研究仅限于健康育龄女性,未涵盖其他年龄段或疾病状态 | 研究子宫细胞的异质性和动态变化,为子宫功能和疾病的基础研究提供信息 | 健康育龄女性的子宫内膜和肌层细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5名健康育龄女性,共50,000个子宫细胞 |
10 | 2024-11-13 |
Shared and unique transcriptomic signatures of antidepressant and probiotics action in the mammalian brain
2024-Nov, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02619-0
PMID:38844534
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研究论文 | 研究探讨了不同抗抑郁药物和益生菌对哺乳动物大脑不同区域的转录组影响 | 首次系统分析了抗抑郁药物和益生菌在哺乳动物大脑中的共同和独特转录组特征 | 研究仅限于特定药物和益生菌组合,未涵盖所有可能的治疗方案 | 揭示抗抑郁药物和益生菌在治疗情绪障碍中的共同和差异机制 | 抗抑郁药物(如安非他酮、地昔帕明、氟西汀)和益生菌(Lacidofil®)对大脑10个区域的影响 | 数字病理学 | 情绪障碍 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及10个大脑区域,每个区域-治疗组合平均有2211个差异表达基因 |
11 | 2024-11-13 |
Decoder-seq enhances mRNA capture efficiency in spatial RNA sequencing
2024-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-02086-y
PMID:38228777
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Decoder-seq的空间RNA测序技术,该技术结合了树枝状纳米基质和微流控坐标条码,提高了mRNA捕获效率和分辨率 | Decoder-seq通过提高DNA密度和保持分辨率的灵活性,实现了比现有方法更高的RNA捕获效率 | NA | 开发一种具有高灵敏度和高分辨率的空间转录组技术 | 小鼠嗅球中的低表达嗅觉受体基因、小鼠海马体中的树突状mRNA、人类肾细胞癌中的肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 肾细胞癌 | 空间RNA测序 | NA | RNA | 小鼠嗅球、小鼠海马体、人类肾细胞癌样本 |
12 | 2024-11-13 |
Prediction of single-cell RNA expression profiles in live cells by Raman microscopy with Raman2RNA
2024-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-02082-2
PMID:38200118
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Raman2RNA(R2R)的方法,通过拉曼显微镜图像和领域翻译技术,非破坏性地预测活细胞中的单细胞RNA表达谱 | R2R方法通过拉曼显微镜图像非破坏性地预测单细胞RNA测序谱,超越了传统明场图像的预测能力 | NA | 开发一种非破坏性的方法来预测活细胞中的单细胞RNA表达谱 | 活细胞中的单细胞RNA表达谱 | 数字病理学 | NA | 拉曼显微镜 | 对抗自编码器 | 图像 | 涉及小鼠成纤维细胞重编程为诱导多能干细胞以及小鼠胚胎干细胞分化过程的活细胞追踪 |
13 | 2024-11-13 |
Understanding mechanisms of JAK1 inhibition on synovial fibroblasts using combinatorial approaches of bulk and single cell RNAseq analyses
2024-11, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/s705qn
PMID:38910570
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研究论文 | 研究使用批量和单细胞RNA测序分析方法,探讨JAK1抑制剂对类风湿性关节炎患者滑膜成纤维细胞的分子效应 | 首次通过批量和单细胞RNA测序分析结合的方法,揭示了JAK1抑制剂在滑膜成纤维细胞中引起的多种异质细胞群及其独特的基因相关通路 | 研究样本量较小,且仅限于类风湿性关节炎患者,可能影响结果的普适性 | 探讨JAK1抑制剂对类风湿性关节炎患者滑膜成纤维细胞的分子效应 | 类风湿性关节炎患者的滑膜成纤维细胞 | NA | 类风湿性关节炎 | RNA测序 | NA | RNA | 6个批量RNA测序样本和4个单细胞RNA测序样本 |
14 | 2024-11-13 |
A Comprehensive Analysis of LYAR in Colorectal Cancer: Prognostic Marker and Therapeutic Target
2024-Nov, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1089/cbr.2023.0181
PMID:39159060
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研究论文 | 研究分析了LYAR在结直肠癌中的生物学机制和临床价值 | 发现LYAR在结直肠癌组织中显著上调,与不良预后相关,并揭示了其在肿瘤免疫微环境中的作用及作为治疗靶点的潜力 | NA | 探讨LYAR在结直肠癌中的生物学机制及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | LYAR在结直肠癌中的表达及其对患者预后和药物敏感性的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 基因集富集分析(GSEA),免疫组化,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,免疫组化数据 | 多个公共数据库和内部免疫组化数据 |
15 | 2024-11-13 |
Jag1 insufficiency alters liver fibrosis via T cell and hepatocyte differentiation defects
2024-Nov, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-024-00145-8
PMID:39358604
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研究论文 | 研究Jag1不足如何通过T细胞和肝细胞分化缺陷影响肝纤维化 | 揭示了Jag1不足导致肝纤维化的机制,通过单细胞RNA测序和多色流式细胞术分析了肝细胞和T细胞的变化 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探讨Jag1不足对肝纤维化的影响及其机制 | Jag1小鼠模型中的肝细胞和T细胞 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序、多色流式细胞术 | NA | RNA | 涉及Jag1小鼠和Rag1小鼠的淋巴细胞移植实验,以及患者肝样本的验证 |
16 | 2024-11-13 |
Quiescent cancer cells induced by high-density cultivation reveals cholesterol-mediated survival and lung metastatic traits
2024-Nov, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02861-x
PMID:39390252
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研究论文 | 本文通过高密度培养诱导静止癌细胞模型,研究胆固醇介导的生存和肺转移特性 | 开发了一种通过高密度培养诱导的静止癌细胞模型,揭示了CDC25A在静止状态下的重要作用及其通过内体途径增强胆固醇代谢的机制 | 缺乏普遍接受的静止癌细胞模型 | 研究静止癌细胞在循环系统中的生存机制及其对肺转移的影响 | 静止癌细胞的分子机制及其在肺转移中的作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫沉淀-质谱(IP-MS)、代谢组学、胆固醇测定、PLA等分子实验 | NA | 单细胞RNA数据 | NA |
17 | 2024-11-13 |
Interpretable spatially aware dimension reduction of spatial transcriptomics with STAMP
2024-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02463-8
PMID:39407016
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STAMP的空间感知维度缩减方法,用于空间转录组学数据的高维基因表达测量 | STAMP基于深度生成模型,能够返回生物学上有意义的低维空间主题和相关基因模块,适用于多种数据类型和样本 | NA | 开发一种可解释的空间感知维度缩减方法,以获得空间转录组学数据的有意义的低维表示 | 空间转录组学数据,包括单个切片、多个切片、不同技术以及时间序列数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 深度生成模型 | NA | 基因表达数据 | 超过500,000个细胞 |
18 | 2024-11-13 |
Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair
2024-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00555-4
PMID:39455836
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研究论文 | 研究探讨了骨髓巨噬细胞来源的GPNMB蛋白在心肌修复中的关键作用及其与孤儿受体GPR39的相互作用 | 首次揭示了骨髓巨噬细胞来源的GPNMB蛋白通过与GPR39受体结合,在心肌梗死后心脏修复中发挥重要作用 | NA | 探讨GPNMB蛋白在心肌损伤和功能中的作用及其机制 | GPNMB蛋白及其受体GPR39在心肌梗死后心脏修复中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠心脏样本 |
19 | 2024-11-13 |
SOX10 mediates glioblastoma cell-state plasticity
2024-Nov, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00258-8
PMID:39285246
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研究论文 | 研究探讨了SOX10在胶质母细胞瘤细胞状态可塑性中的作用及其在治疗设计中的应用 | 首次分析了SOX10介导的表型可塑性,并利用其设计了胶质母细胞瘤的治疗方法 | NA | 研究SOX10在胶质母细胞瘤进展中的作用,并设计基于单细胞表型可塑性分析的肿瘤治疗方法 | 胶质母细胞瘤细胞 | NA | 脑癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 动物模型和细胞系模型 |
20 | 2024-11-13 |
Microglia depletion reduces human neuronal APOE4-related pathologies in a chimeric Alzheimer's disease model
2024-Oct-30, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.10.005
PMID:39500314
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研究论文 | 研究探讨了微胶质细胞在人类神经元APOE4相关阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 首次在嵌合模型中研究了微胶质细胞耗竭对神经元APOE4相关病理的影响 | 研究仅限于特定嵌合模型,结果可能不适用于所有阿尔茨海默病病例 | 探讨微胶质细胞在神经元APOE4相关阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 人类神经元、微胶质细胞、APOE4和APOE3基因 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括APOE4、APOE3和APOE敲除的诱导多能干细胞衍生的神经元,以及APOE3或APOE4敲入的小鼠海马体 |