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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-07-07
FCRL3 expression is upregulated and closely correlates with TIGIT expression in regulatory T cells of patients with systemic lupus erythematosus
2024-05, European journal of immunology IF:4.5Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序和流式细胞术,发现系统性红斑狼疮患者调节性T细胞中FCRL3表达上调且与TIGIT表达正相关 首次揭示FCRL3与TIGIT在系统性红斑狼疮调节性T细胞中的共表达关系 未深入探讨FCRL3和TIGIT共表达的功能机制及临床意义 探究系统性红斑狼疮中FCRL3在调节性T细胞的表达及其与TIGIT的关联 系统性红斑狼疮患者的调节性T细胞 机器学习 系统性红斑狼疮 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA 基因表达数据, 细胞数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
2 2026-07-07
scNovel: a scalable deep learning-based network for novel rare cell discovery in single-cell transcriptomics
2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出了scNovel,一个基于深度学习的可扩展神经网络,用于单细胞转录组学中发现新型稀有细胞 首次专门针对单细胞转录组中的新型稀有细胞发现设计深度学习网络,在AUROC性能上显著优于现有最优模型(平均AUROC超过94%,比第二好方法高16.26%) 未明确说明局限性 开发一种可自动发现单细胞转录组中新型稀有细胞类型的方法 不同规模、协议和不平衡程度的单细胞转录组数据集,以及临床COVID-19数据集 机器学习 COVID-19 单细胞RNA测序 深度学习神经网络 单细胞转录组数据 多种数据集,包括百万级规模的数据集及临床COVID-19数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
3 2026-07-07
PANoptosis, an indicator of COVID-19 severity and outcomes
2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 通过生物信息学分析探索PANoptosis作为COVID-19严重程度和预后指标的潜力 首次将PANoptosis作为COVID-19严重程度和预后的生物标志物,并揭示其与炎症性单核细胞的关系及地塞米松的缓解机制 需要进一步研究阐明PANoptosis调控COVID-19免疫反应和预后的确切过程 探索PANoptosis作为COVID-19严重程度指标的可能性 COVID-19患者支气管肺泡灌洗液和外周血单核细胞中的PANoptosis程度 机器学习 新冠病毒病 scRNA-seq, bulk RNA-seq NA 基因表达数据 在线单细胞RNA测序和批量RNA测序公共数据集 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
4 2026-07-07
SpatialcoGCN: deconvolution and spatial information-aware simulation of spatial transcriptomics data via deep graph co-embedding
2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出深度图共嵌入框架SpatialcoGCN,用于空间转录组数据的去卷积和空间信息模拟 首次将深度图共嵌入框架应用于空间转录组数据的细胞类型去卷积和缺失转录本空间分布恢复,并基于此开发了空间信息感知的模拟方法SpatialcoGCN-Sim 未提及 提高空间转录组数据的空间分辨率和检测转录本数量,开发高效的数据去卷积和模拟工具 空间转录组数据和单细胞RNA-seq数据 数字病理学 导管原位癌(人类) 空间转录组学 图卷积网络(GCN) 基因表达数据 模拟数据集、人类导管原位癌、发育中人类心脏和小鼠大脑的真实空间转录组数据集 NA 空间转录组学 NA NA
5 2026-07-07
HyGAnno: hybrid graph neural network-based cell type annotation for single-cell ATAC sequencing data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出了一种基于混合图神经网络的细胞类型注释方法HyGAnno,用于单细胞ATAC测序数据的细胞类型标注 利用全基因组可及性峰特征而非仅基因表达或基因活性特征,并通过并行图神经网络在半监督方式下实现scRNA-seq参考到scATAC-seq目标的细胞类型信息转移;重建参考-目标细胞图以检测低预测可靠性的细胞 未在文中明确说明局限性 解决单细胞ATAC-seq数据因极端稀疏性和染色质可及性不一致导致的细胞类型注释不准确问题 单细胞ATAC-seq数据中的细胞 机器学习 NA 单细胞ATAC测序 图神经网络 单细胞ATAC-seq数据及scRNA-seq参考数据 多种数据集评估 NA 单细胞ATAC-seq NA NA
6 2026-07-07
RNA-binding protein ELAVL2 plays post-transcriptional roles in the regulation of spermatogonia proliferation and apoptosis
2021-Sep, Cell proliferation IF:5.9Q2
研究论文 识别保守且富集于精原干细胞的RNA结合蛋白ELAVL2,并验证其在精原细胞增殖和凋亡中的转录后调控功能 首次从单细胞测序数据中鉴定出保守且富集于精原干细胞的RNA结合蛋白ELAVL2,并揭示其通过激活ERK和AKT通路促进增殖、抑制凋亡的转录后调控机制 NA 阐明RNA结合蛋白ELAVL2在精原干细胞增殖和凋亡中的功能及分子机制 人类和小鼠睾丸组织、C18-4和TCam-2细胞系 机器学习 非梗阻性无精子症 单细胞测序、RNA免疫沉淀测序、免疫沉淀-质谱分析 NA 单细胞测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
7 2026-07-06
Multi-omics profiling identifies CDK1 as a key mediator of mitosis through the PTN pathway in bladder cancer
2026-Dec, Future science OA IF:2.4Q3
研究论文 本研究通过多组学分析鉴定CDK1通过PTN通路在膀胱癌中调节有丝分裂的关键作用 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学揭示CDK1在膀胱癌上皮细胞中通过PTN通路驱动有丝分裂的调控轴,并筛选出潜在小分子抑制剂Dinaciclib 未在体内模型进一步验证CDK1抑制剂的功能;样本量有限,可能影响临床相关性推断 表征CDK1在膀胱癌中的表达,阐明其在细胞间信号传导和有丝分裂中的作用,并鉴定靶向CDK1的小分子抑制剂 膀胱癌组织样本、上皮细胞、CDK1基因和蛋白 生物信息学, 数字病理学 膀胱癌 RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 分子对接, 分子动力学模拟 NA 基因表达数据, 组织病理图像 多个数据库的RNA测序数据及组织微阵列样本 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
8 2026-07-06
Testosterone disrupts trophoblast function and immune homeostasis via PTGER4/cAMP/RAP1 and ANXA1-FPR1 signaling in PCOS-complicated preeclampsia
2026-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2
研究论文 通过整合生物信息学和体外实验,揭示睾酮通过PTGER4/cAMP/RAP1和ANXA1-FPR1信号通路破坏滋养层功能及免疫稳态,在多囊卵巢综合征并发子痫前期中发挥关键作用 首次阐明睾酮通过PTGER4/cAMP/RAP1轴抑制滋养层功能,并经由ANXA1-FPR1信号破坏EVT-巨噬细胞通讯,促进M1巨噬细胞极化和炎症反应,从而连接PCOS与PE的共享分子机制 NA 阐明多囊卵巢综合征与子痫前期之间共享的分子机制,重点关注睾酮介导的胎盘功能障碍和免疫失调 人滋养层细胞(HTR-8/SVneo)、PCOS和PE患者的转录组数据 计算机视觉 多囊卵巢综合征, 子痫前期 RNA-seq, RT-qPCR, scRNA-seq, CellChat分析 NA 转录组数据, 细胞测序数据 NA NA NA NA NA
9 2026-07-06
Integrative single-cell and bulk transcriptomics reveal cuproptosis subtypes, prognostic models, and COL5A1 as a key gene in glioblastoma
2026-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2
研究论文 通过整合批量转录组和单细胞转录组分析,揭示胶质母细胞瘤中铜死亡亚型、预后模型及关键基因COL5A1 首次将铜死亡相关基因整合到胶质母细胞瘤的分子分型和预后模型中,并发现COL5A1作为连接细胞外基质重塑、恶性进展和铜死亡易感性的关键调控因子 未提及 系统探究铜死亡相关基因在胶质母细胞瘤中的分子和临床意义,并建立预后模型 胶质母细胞瘤患者及肿瘤细胞 机器学习 脑胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序、批量RNA测序 SuperPC 基因表达数据 来自多个队列的胶质母细胞瘤患者样本 NA 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
10 2026-07-06
Pan-cancer analysis reveals the prognostic relevance of NUP54 and its association with HIF-1α-related glycolytic phenotypes in lung adenocarcinoma
2026-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2
研究论文 通过泛癌分析揭示核孔蛋白NUP54的预后相关性及其在肺腺癌中与HIF-1α相关糖酵解表型的关联 首次系统描绘NUP54在泛癌中的表达景观,并证实其通过HIF-1α信号通路驱动糖酵解代谢重编程促进肺腺癌进展 未完全阐明NUP54在不同癌症类型中组织特异性功能的分子机制 探究NUP54在肿瘤发生发展中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 泛癌患者样本及肺腺癌细胞系 机器学习和数字病理学 肺腺癌 单细胞转录组测序、多组学分析 NA 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据 TCGA、GTEx、CPTAC等多个队列数据集,包含泛癌和肺腺癌样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
11 2026-07-06
High-salt diet in macrophage-associated metabolic disorders: Mechanisms and therapeutic implications
2026-Jul-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1
综述 综述高盐饮食通过调控巨噬细胞极化、代谢重编程和表观遗传印记促进慢性炎症和胰岛素抵抗的机制及其治疗意义 系统阐述了高盐饮食通过p38/MAPK、NF-κB和NLRP3信号通路驱动巨噬细胞向促炎性M1表型极化和糖酵解主导的代谢转变,并整合组蛋白修饰、DNA甲基化和非编码RNA等表观遗传机制形成持续代谢记忆的创新观点 当前研究主要基于动物模型和体外实验,缺乏大规模临床验证;未来需结合谱系追踪、单细胞测序和空间多组学技术进一步阐明HSD-巨噬细胞轴的精确机制 探讨高盐饮食在巨噬细胞相关代谢紊乱(如肥胖相关2型糖尿病)中的作用机制及其潜在治疗靶点 巨噬细胞及其在脂肪组织、肝脏、胰腺和肠道等代谢器官中的作用 NA 代谢性疾病 NA NA NA NA NA 单细胞测序 NA NA
12 2026-07-06
Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal the dynamic transcript profiles of myocardial lymphangiogenesis post-myocardial infarction
2026-Jul-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1
研究论文 通过单细胞和空间转录组学分析揭示心肌梗死后心肌淋巴管生成的动态转录谱 首次整合单细胞测序与空间转录组数据,系统性解析心肌梗死后心脏淋巴内皮细胞的异质性及其空间定位与生物学功能,并发现淋巴内皮细胞可能通过水通道蛋白1调节心肌水肿及通过Gal-9-CD44通路影响巨噬细胞浸润 仅基于小鼠模型,样本量有限,需进一步验证淋巴内皮细胞亚型在人体心脏中的存在及功能 探究心肌梗死后心脏淋巴内皮细胞的异质性及其在心肌水肿与炎症中的生物学功能 小鼠心脏组织中的淋巴内皮细胞 机器学习和生物信息学 心血管疾病 单细胞RNA测序、空间转录组学 聚类分析、细胞轨迹分析、Cell-Chat分析 单细胞转录组数据、空间转录组数据 不同时间点(心肌梗死后)的小鼠心脏组织 10x Genomics 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium
13 2026-07-06
PET imaging of atherosclerotic plaques using the stabilin-2-targeted tracer 18F-S2P in preclinical models
2026-Jul-04, European journal of nuclear medicine and molecular imaging IF:8.6Q1
研究论文 本研究评估了靶向稳定素-2(STAB2)的18F标记示踪剂(18F-S2P)在临床前模型中进行PET成像以识别动脉粥样硬化斑块的可行性 首次开发并验证了一种新型STAB2靶向PET探针(18F-S2P),用于非侵入性成像动脉粥样硬化斑块中的炎症,该探针在斑块摄取上显著优于传统FDG和Pentixafor 未在标题和摘要中明确提及研究的局限性 评估使用STAB2靶向的18F标记示踪剂进行PET成像以识别动脉粥样硬化斑块的可行性 Ldlr-/-小鼠模型及人类动脉粥样硬化标本 计算机视觉 心血管疾病 PET成像,micro-PET/CT成像,单细胞RNA测序 NA 图像,基因表达数据 高脂饮食喂养的Ldlr-/-小鼠(3-12周)及正常饮食对照组,人类动脉粥样硬化标本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
14 2026-07-06
Macrophage heterogeneity in breast cancer microenvironment and development of a prognostic model: exploring TFF1 as a novel therapeutic target
2026-Jul-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 探讨乳腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞异质性,并基于TFF1开发预后模型及新型治疗靶点 通过单细胞RNA测序鉴定巨噬细胞相关基因,结合机器学习算法构建预后模型,并首次将TFF1确定为乳腺癌潜在治疗靶点 数据来源仅限于公共数据库且样本量相对有限,预后模型的临床验证需进一步在更大规模队列中开展 揭示乳腺癌肿瘤微环境中的细胞异质性并识别新的治疗靶点,以实现个体化治疗 乳腺癌患者肿瘤微环境中的巨噬细胞及相关基因表达特征 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA测序,机器学习,ELISA,CCK-8,流式细胞术,Western blotting,免疫沉淀 XGBoost, LightGBM 基因表达数据,患者临床数据 基于TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-07-06
Single-cell spatial landscape of aggrephagy activity stratifies hepatocellular carcinoma neutrophils and delivers a 5-gene diagnostic panel for patient stratification
2026-Jul-04, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 通过单细胞和空间转录组学整合分析,揭示聚集体自噬活性在肝细胞癌中性粒细胞异质性中的作用,并开发了一个5基因诊断标志物组用于患者分层 首次在单细胞和空间水平上系统分析聚集体自噬活性对肝细胞癌中性粒细胞亚群异质性的影响,并构建了基于LIMK2的5基因诊断标志物组,具有AUC 0.83-0.91的稳健性能 未提供明确的局限性说明 探究聚集体自噬活性在肝细胞癌中性粒细胞异质性和肿瘤进展中的作用,并开发可用于患者分层的诊断标志物 肝细胞癌(LIHC)肿瘤组织中的中性粒细胞 机器学习 肝细胞癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、NGS UCell评分、伪时间轨迹分析、细胞间通讯分析、代谢评分、机器学习特征选择 图像、文本 183,671个单细胞(含12,547个中性粒细胞)、空间转录组学数据、TCGA和GSE39791批量数据集 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序 NA NA
16 2026-07-06
Foxs1-mediated transformation of CD34+ fibroblast to myCAFs promotes tumor growth
2026-Jul-04, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1
研究论文 利用遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和空间转录组学技术,鉴定出Cd34Pi16成纤维细胞前体,并揭示了其向Acta2肌成纤维细胞的分化轨迹,由转录因子Foxs1驱动 首次通过实验验证了Cd34成纤维细胞向Acta2肌成纤维细胞的转化,并利用药物扰动数据库反向匹配筛选出抑制Foxs1上调的小分子候选药物,提出了靶向CAF谱系发育的抗肿瘤新策略 研究主要在黑色素瘤和胃癌中进行,其他肿瘤类型中的验证尚未涉及,且小分子候选药物的体内抗肿瘤效果需进一步验证 阐明癌症相关成纤维细胞的发育起源、分化轨迹及其治疗潜力 黑色素瘤和胃癌中的Cd34Pi16成纤维细胞前体及其分化产物 机器学习 黑色素瘤, 胃癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 遗传谱系追踪 NA 基因表达数据, 空间转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium 单细胞测序平台和10x Visium 空间转录组平台
17 2026-07-06
Lipoaspirate-derived secretome restores redox homeostasis to attenuate pathological scar formation
2026-Jul-04, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
研究论文 本研究探讨了脂肪抽吸物分泌蛋白组通过恢复氧化还原稳态减轻病理性瘢痕形成的机制 首次证明脂肪抽吸物分泌蛋白组(LA)可通过NRF2相关抗氧化信号恢复成纤维细胞的氧化还原平衡,从而减轻TGF-β1驱动的纤维化反应,为病理性瘢痕提供了一种临床可及的细胞-free治疗候选方案 研究主要在兔耳模型和体外细胞实验中进行,缺乏大规模临床验证;NRF2通路的部分作用机制尚未完全阐明 评估脂肪抽吸物分泌蛋白组(LA)对病理性瘢痕形成的抑制作用,并阐明其通过氧化还原稳态恢复的分子机制 病理性瘢痕组织和兔耳瘢痕模型中的成纤维细胞 机器学学习 病理性瘢痕 单细胞RNA测序、数据非依赖采集液相色谱-串联质谱(DIA LC-MS/MS)、纳米颗粒追踪分析、透射电镜、免疫印迹 NA 蛋白质组学数据、单细胞转录组数据 兔耳瘢痕模型(未指定具体数量);人体配对瘢痕和正常皮肤样本(未指定具体数量) NA 单细胞RNA测序、蛋白质组学 NA NA
18 2026-07-06
GSK'872 mitigates ischemia-reperfusion injury in rat lung transplants by regulating PANoptosis and inflammation in cell type specific manner
2026-Jul-04, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 GSK'872通过在不同细胞类型中调节PANoptosis和炎症减轻大鼠肺移植缺血再灌注损伤 阐明了GSK'872在肺移植缺血再灌注损伤中通过抑制巨噬细胞和中性粒细胞中的坏死性凋亡和焦亡,并间接保护肺上皮细胞的细胞类型特异性机制 研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验,临床转化需进一步验证 探索GSK'872对肺移植缺血再灌注损伤的保护作用及细胞类型特异性机制 肺移植缺血再灌注损伤中的实质细胞和炎症细胞(II型肺泡上皮细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、肺上皮细胞) 数字病理学 肺部疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 人肺移植缺血再灌注损伤单细胞RNA测序数据和大鼠肺移植模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
19 2026-07-06
High Endothelial Venules in Small Cell Lung Cancer: Prognostic Subtypes and Therapeutic Implications for Immunoradiotherapy
2026-Jul-03, International journal of cancer IF:5.7Q1
研究论文 探讨小细胞肺癌中高内皮微静脉的特征及其在免疫放疗中的预后和治疗意义 首次系统研究SCLC中HEV相关特征,建立预后亚型并揭示放疗联合免疫治疗促进HEV形成的协同机制 NA 研究小细胞肺癌中高内皮微静脉的生物学和临床相关性,探索其作为免疫放疗治疗靶点的潜力 小细胞肺癌患者 机器学习 肺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光染色 预后模型 基因表达数据, 图像 583个肿瘤样本(整合数据集),80例SCLC患者(独立验证队列) NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
20 2026-07-06
Optineurin restrains IL-17-associated neuroinflammation in trigeminal ganglia to preserve sensory function after ocular HSV-1 infection
2026-Jun-07, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 本研究利用小鼠眼部HSV-1感染模型,鉴定出Optineurin(OPTN)是三叉神经保护的关键调节因子,其缺失会导致IL-17相关的神经炎症和感觉功能丧失 首次发现OPTN作为神经免疫检查点,通过抑制慢性IL-17相关的神经节炎症来保护感觉功能,并建立了OPTN缺陷小鼠作为研究HSV相关神经营养性角膜炎的实用模型 研究仍为小鼠模型,尚未在人类样本中验证;机制上尚未完全阐明OPTN调控IL-17信号的具体分子通路 探索宿主程序如何决定三叉神经节在HSV-1感染后是恢复还是退化,并识别关键的神经保护因子 小鼠三叉神经节、角膜和感觉神经元 机器学习 神经营养性角膜炎 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 感染后30天的野生型与Optn-/-小鼠三叉神经节样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 基于液滴的单细胞RNA测序
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