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当前共找到 41407 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-07-14 |
Microbial single-cell RNA sequencing by split-pool barcoding
2021-02-19, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aba5257
PMID:33335020
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研究论文 | 本文介绍了微SPLiT方法，一种针对革兰氏阴性和阳性细菌的高通量单细胞RNA测序技术，可解析异质性转录状态 | 首次开发适用于细菌的单细胞RNA测序方法微SPLiT，通过分裂池条形码技术克服了现有方法与细菌不兼容的限制 | 未提及具体局限性，但可能包括对细菌细胞壁处理的要求及对稀有转录状态的检测灵敏度限制 | 开发一种高通量细菌单细胞RNA测序方法，用于解析细菌群落中的异质性基因表达 | 超过25,000个不同生长阶段的细菌细胞 | 机器学习 | NA | RNA-seq，单细胞RNA测序，分裂池条形码技术 | NA | 基因表达数据，转录组数据 | 超过25,000个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 微SPLiT（微生物分裂池连接转录组学）方法 |
| 2 | 2026-07-14 |
Prokaryotic single-cell RNA sequencing by in situ combinatorial indexing
2020-10, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-020-0729-6
PMID:32451472
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研究论文 | 介绍了一种通过原位组合索引进行原核生物单细胞RNA测序的新方法PETRI-seq | 克服了原核生物低mRNA丰度、缺乏polyA尾和细胞壁厚等技术障碍，实现了低成本、高通量的原核生物单细胞转录组分析 | 未提及具体局限性，但可能包括对特定细菌种类的适用性需进一步验证 | 开发一种可用于原核生物单细胞转录组测序的实用技术 | 大肠杆菌和金黄色葡萄球菌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数万个细胞（单次实验） | NA | 单细胞RNA测序 | PETRI-seq | PETRI-seq基于原位组合索引技术 |
| 3 | 2026-07-13 |
GLASS-seq: a gel-anchored, ligation-assisted, scalable biosensing platform for low-cost regional spatial transcriptomics
2026-Nov-01, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2026.118973
PMID:42379044
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研究论文 | 提出GLASS-seq平台，一种基于凝胶锚定和连接辅助的低成本空间转录组学方法，能以约100微米分辨率对感兴趣区域进行定量RNA检测 | 将原位连接和水凝胶锚定与阵列化分子传感器结合，通过数字测序读出实现低成本、可扩展的区域空间转录组分析 | NA | 开发一种经济、可扩展的空间转录组学平台，用于大规模队列研究和转化应用 | 小鼠组织（脑、心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏） | 数字病理学 | NA | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 测序数据 | 小鼠脑切片中731个基因面板覆盖212个网格采样感兴趣区域 | Illumina | 空间转录组学 | NA | GLASS-seq平台包含水凝胶锚定和原位连接，通过PCR添加空间条码生成感兴趣区域索引文库 |
| 4 | 2026-07-13 |
Imbalanced neurogenesis and gliogenesis in the developing neocortex of mice lacking the proteoglycan Tsukushi
2026-Sep, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2026.05.009
PMID:42217743
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研究论文 | 研究缺失蛋白聚糖Tsukushi的小鼠新皮层发育中神经发生与胶质发生的失衡 | 首次揭示了蛋白聚糖TSK在调控新皮层神经发生和胶质发生平衡中的作用，并发现其缺失会导致脑积水 | 未涉及TSK作用的具体分子机制及其在人类疾病中的相关性 | 探究蛋白聚糖Tsukushi在哺乳动物新皮层发育中调节神经发生与胶质发生的作用 | 新生小鼠新皮层组织 | 神经发育生物学 | 脑积水 | 单细胞转录组学, mRNA和蛋白质水平验证 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常小鼠和TSK基因敲除小鼠的新皮层样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-07-13 |
Molecular Characterization and Immune Modulation of Schwann Cells in Vestibular Schwannoma
2026-08, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70179
PMID:42226390
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序全面探究前庭神经鞘瘤中雪旺细胞的分子特征及其在肿瘤微环境中的潜在免疫调控作用 | 识别了一个新型雪旺细胞亚群Schwann 4，该亚群显著表达MHC II类分子并富集PI3K信号、黏着斑和细胞黏附相关通路，揭示了其在肿瘤免疫调节中的潜在作用 | 候选药物如前庭神经鞘瘤的适用性需要专门验证 | 探究前庭神经鞘瘤中雪旺细胞的分子特征及其免疫调控功能 | 前庭神经鞘瘤中的雪旺细胞 | 机器学习 | 前庭神经鞘瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-07-13 |
Early Developmental Neuronal Activity Impacts Oligodendrocyte Differentiation Through AMPA Receptors
2026-08, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70157
PMID:42334020
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研究论文 | 本研究探讨早期发育中谷氨酸能神经元活动如何通过AMPAR信号调控少突胶质细胞的分化和成熟 | 首次揭示在髓鞘形成前的早期大脑发育阶段，神经元活动减少反而促进少突胶质细胞分化，这与成熟大脑中的机制相反 | 未明确AMPAR信号在分化起始与成熟步骤中的具体分子机制，且研究仅限于小鼠模型 | 阐明早期脑发育中神经元活动对少突胶质细胞成熟的影响及其分子机制 | 小鼠嗅觉系统、体感皮层和胼胝体中的少突胶质细胞前体细胞和少突胶质细胞 | 神经科学， 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序， 体内化学遗传学， 离体皮质切片培养 | NA | 基因表达数据 | NA（涉及小鼠模型，未明确具体数量） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 7 | 2026-07-13 |
Single-cell profiling unveils an exhaustion trajectory of ZNF683hi tissue-resident alveolar CD8+ T cells in checkpoint inhibitor pneumonitis
2026-Jul-10, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2026.101180
PMID:42263685
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示免疫检查点抑制剂相关性肺炎中ZNF683高表达组织驻留肺泡CD8+ T细胞的耗竭轨迹 | 首次在单细胞层面阐明CIP与放射性肺炎的差异化T细胞分化机制，发现肺泡CD8+耗竭T细胞分别来源于组织驻留ZNF683高表达CD8+ T细胞和外周来源GZMK高表达CD8+ T细胞 | 样本量较小（发现队列19例，验证队列5例），可能影响结果的统计稳健性和泛化性 | 阐明免疫检查点抑制剂相关性肺炎（CIP）与放射性肺炎（RP）的分子机制差异，为肺癌患者ICI再挑战提供临床决策依据 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的肺癌患者支气管肺泡灌洗液和外周血中的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据、单细胞TCR序列数据 | 发现队列7例CIP、6例RP、6例初治对照，验证队列5例接受ICI联合放疗的RP患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序及单细胞TCR测序系统 |
| 8 | 2026-07-13 |
Single-cell analysis reveals impaired Müller glia-mediated intercellular communication and photoreceptor pathology in USH1C retinal organoids
2026-Jul-09, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-026-06321-y
PMID:42426189
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析USH1C患者视网膜类器官，揭示Müller胶质细胞介导的细胞间通讯受损及感光细胞病理变化 | 首次利用患者来源的诱导多能干细胞生成USH1C视网膜类器官，结合单细胞测序揭示Müller胶质细胞中细胞粘附和Wnt信号通路改变在视网膜退化中的关键作用 | NA | 阐明USH1C基因突变导致视网膜退化的细胞和分子机制 | 两名USH1C患者的诱导多能干细胞来源的视网膜类器官 | 数字病理学 | 尤塞氏综合征1型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个USH1C患者样本的健康和病变视网膜类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 9 | 2026-07-13 |
An efficient method for tissue-specific protoplast isolation suitable for single-cell RNA sequencing and transient gene expression analysis in saffron (Crocus sativus L.)
2026-Jul-08, BMC biotechnology
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12896-026-01187-1
PMID:42421006
|
研究论文 | 建立了一种适用于藏红花组织特异性原生质体分离的高效方法，可用于单细胞RNA测序和瞬时基因表达分析 | 首次详细报道了藏红花原生质体的分离、评估及应用，优化了不同组织的酶解条件，并成功构建单细胞文库 | 根原生质体活力较低（约61%），且原生质体质量受发育阶段和采样位置影响 | 建立高效的藏红花原生质体分离方法，以推动分子生物学研究进展 | 藏红花的顶芽、花瓣、叶片和根组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 非开花和开花顶芽的原生质体用于单细胞文库构建 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-07-13 |
A multi-omics approach to maize (Zea mays) tassel development
2026-Jul-08, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-026-09413-w
PMID:42414910
|
研究论文 | 通过多组学方法研究玉米雄穗发育过程中转录组、小RNA和蛋白质组的动态变化 | 首次结合转录组、小RNA和蛋白质组多组学数据系统分析玉米雄穗发育四个阶段的分子调控网络，发现GSL4基因影响雄穗分枝长度，并鉴定出126个核心miRNA和阶段特异性miRNA | 研究仅涵盖四个发育阶段（0.5-2.0 cm），时间分辨率有限，且未深入验证所有鉴定因子的功能 | 全面解析玉米雄穗发育过程中的转录组、小RNA和蛋白质组调控程序，包括花药细胞类型的最初指定 | 玉米（Zea mays）雄穗发育的四个阶段（0.5-2.0 cm） | 机器学习和生物信息学 | NA | RNA-seq, 小RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据、小RNA数据、蛋白质组数据 | 四个发育阶段的玉米雄穗样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-07-13 |
Spatial transcriptome and single-cell reveal the role of sorbitol metabolism in hepatocellular carcinoma progression and tumor microenvironment
2026-Jul-07, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2026.100451
PMID:42413619
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研究论文 | 整合单细胞转录组和空间转录组数据，揭示山梨醇代谢在肝细胞癌进展和肿瘤微环境中的作用 | 首次建立山梨醇代谢评分系统，结合空间转录组学定位ALDH3A1+恶性细胞在肿瘤侵袭前沿的分布，并识别出SQSTM1作为潜在治疗靶点 | 未提及具体局限性 | 阐明山梨醇代谢在肝细胞癌进展中的生物学功能和临床意义 | 肝细胞癌患者样本及细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 机器学习 | CIBERSORT, CellMiner | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 转录组数据 | 67例肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2026-07-13 |
SegJointGene: joint cell segmentation and spatial gene prioritization by information entropy guided convolutional neural networks
2026-Jul-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag447
PMID:42345533
|
研究论文 | 开发了一个名为SegJointGene的深度学习框架，联合进行细胞分割和空间基因优先级排序，通过信息熵引导的卷积神经网络整合核图像与空间基因或蛋白表达数据 | 首次提出信息熵引导的卷积神经网络与计算信息丢弃评分相结合的方法，能够识别对细胞类型特异性分割重要的基因，并迭代优化基因优先级和细胞边界 | 未提及 | 解决空间测序技术中密集细胞包装组织的准确细胞分割问题，通过整合分子信息提高分割精度 | 模拟数据集和真实空间数据集，包括小鼠海马体和全脑不同区域的空间转录组数据，以及人类扁桃体空间蛋白质组数据 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | 卷积神经网络 | 图像 | 模拟数据集和三个真实空间数据集：小鼠海马体空间转录组、全脑不同区域空间转录组、人类扁桃体空间蛋白质组 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-07-13 |
Aucan targets CDK2 to suppress glioblastoma progression by inhibiting PI3K/AKT pathway-mediated proliferation and inducing apoptosis
2026-Jul, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2026.117893
PMID:41846012
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研究论文 | 评估松萝酸（Aucan）通过靶向CDK2抑制PI3K/AKT通路介导的增殖并诱导凋亡，从而抑制胶质母细胞瘤进展的作用机制 | 首次整合网络药理学、孟德尔随机化和单细胞RNA测序，鉴定CDK2为松萝酸抗胶质母细胞瘤的关键靶点，并阐明其通过PI3K/AKT通路的机制 | 未提及在临床样本中的验证以及长期安全性和毒性数据 | 评估松萝酸对胶质母细胞瘤的抗肿瘤活性并探索其作用机制 | 胶质母细胞瘤细胞系及异种移植裸鼠模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 体外细胞实验及皮下、原位异种移植裸鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-07-13 |
Single-cell transcriptomic analyses provide insights into TME related with tumor-promoting in AIDS-CNS-DLBCL
2026-07, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111263
PMID:42208778
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示艾滋病相关中枢神经系统弥漫大B细胞淋巴瘤中与肿瘤促进相关的肿瘤微环境 | 首次在艾滋病相关CNS-DLBCL中发现具有神经特征的肿瘤细胞亚群（神经信号细胞），并阐明其通过ERK通路激活和免疫微环境重塑促进肿瘤进展的机制 | 样本量较小（7例艾滋病患者和2例免疫功能正常患者），可能限制结果的普适性 | 探究艾滋病相关CNS-DLBCL的肿瘤微环境特征及致病机制 | 艾滋病相关CNS-DLBCL患者和免疫功能正常CNS-DLBCL患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 艾滋病相关CNS-DLBCL | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 7例艾滋病患者和2例免疫功能正常患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-07-13 |
Lupus myositis, a type I interferon driven necrotizing myopathy with regional heterogeneity
2026-Jun-29, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-10072964/v1
PMID:42427858
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研究论文 | 对系统性红斑狼疮相关肌炎（LM）的肌肉活检进行详细病理学、免疫组化、超微结构和空间转录组学分析，揭示其为I型干扰素驱动的坏死性肌病，具有区域异质性 | 首次提出“全束状坏死性肌病”作为LM的高度可识别特征，并验证MxA+/MHC I+/MHC II+免疫组化组合能够可靠区分LM与其他特发性炎症性肌病 | 样本量相对较小（32例），且为单中心回顾性研究，可能限制结果的普适性 | 明确LM的病理特征，建立标准化的组织病理学诊断标准 | 1736名SLE患者中筛选出的32例无肌炎特异性自身抗体的肌炎患者肌肉活检标本 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮, 肌炎 | 空间转录组学, 免疫组化, 电子显微镜 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质表达数据, 组织切片图像 | 32例LM患者肌肉活检（22例明确LM，10例重叠肌炎）及对比组（DM、IMNM、ASyS和正常对照） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 16 | 2026-07-13 |
Lineage-aware stochastic modeling reveals gene-expression dynamics in development and disease
2026-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.25.734628
PMID:42395557
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研究论文 | 提出一个概率框架LaVOUS，耦合基于谱系的潜在动态模型与负二项观测模型，用于分析单细胞RNA-seq数据中的基因表达动态 | 将布朗运动与Ornstein-Uhlenbeck随机过程与负二项观测模型相结合，实现基于似然比的谱系遗传性和分支特异性表达变化检测，以及表达历史的系统发育重建 | 未明确讨论多基因调控、谱系不确定性和多模态整合的扩展，可能对大规模数据集的计算效率有待验证 | 研究单细胞RNA-seq数据中沿细胞谱系的基因表达动态及其在发育与疾病中的作用 | 转移性肺癌、类别转换B细胞和发育中的大脑中的单细胞谱系与转录组数据 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机过程模型（布朗运动与Ornstein-Uhlenbeck） | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-07-13 |
Spatial transcriptomics maps distinct signatures of human intermuscular adipose expansion in mice
2026-Jun-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.04.16.26351017
PMID:42064925
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research paper | 利用空间转录组学技术绘制人类肌间脂肪组织在小鼠中的扩张特征图谱，揭示其细胞组织与调控机制 | 首次将人类肌间脂肪组织的基因特征映射到小鼠疾病模型的空间转录组，发现离散的基质微环境，并证实转录因子EBF2能诱导脂肪生成重编程 | 未提供具体局限性信息，输出NA | 阐明肌间脂肪组织扩张的细胞组织与调控机制及其在代谢疾病中的作用 | 人类肌间脂肪组织及小鼠心脏代谢疾病模型的肌间脂肪组织 | machine learning | cardiovascular disease | bulk transcriptomics, spatial transcriptomics | NA | transcriptomic data | 未明确说明，输出NA | NA | bulk RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 18 | 2026-07-13 |
SPEAK: Spatial Prompting with Expert Aligned Knowledge for Tissue Domain Identification in Spatial Transcriptomics
2026-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.22.733750
PMID:42395348
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研究论文 | 提出了SPEAK方法，一种基于大型语言模型的空间转录组数据组织域识别方法，通过结合语言模型和人类专家的先验知识提升识别性能 | 首次将大型语言模型与人类专家知识结合用于空间转录组组织域识别，通过两阶段提示实现零样本推理和专家引导微调 | 未提及具体局限性 | 开发一种利用语言模型和人类专家先验知识的空间转录组数据组织域识别方法 | 空间转录组数据中细胞或点的空间领域识别 | 自然语言处理 | NA | 空间转录组学 | 大语言模型 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, STARmap, MERFISH, Xenium | Visium, STARmap, MERFISH, Xenium |
| 19 | 2026-07-13 |
Early Immune Hypoactivation and Persistent Innate Reprogramming Characterize Chronic Chikungunya Disease
2026-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.22.733701
PMID:42395536
|
研究论文 | 通过纵向免疫分析揭示慢性基孔肯雅病患者的早期免疫低激活和持续先天免疫重编程 | 首次通过纵向单细胞RNA测序结合血浆细胞因子和流式细胞术，系统揭示了慢性基孔肯雅病从急性期到恢复期的免疫动态变化，特别是早期先天免疫低激活与后期持续先天免疫重编程之间的关联 | 未提及具体局限性 | 探索基孔肯雅病毒感染者从急性感染转为慢性疾病的免疫学机制 | 基孔肯雅病毒感染者，根据临床结局分层的患者 | 机器学习 | 基孔肯雅病 | 单细胞RNA测序, 多重血浆细胞因子分析, 流式细胞术, 细胞间通讯分析 | NA | 单细胞转录组数据, 血浆细胞因子数据, 流式细胞术数据 | 急性期和感染后六个月的基孔肯雅病毒感染者外周血单个核细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2026-07-13 |
Ambiguity-Aware Multi-Stage Cell-Type Annotation for Spatial Transcriptomics
2026-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.21.733596
PMID:42395369
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研究论文 | 提出一种感知模糊、多阶段的空间转录组细胞类型注释框架，通过混合空间特征聚类和受限语言模型推理来提升注释可靠性 | 首次在空间转录组注释中显式处理生物学模糊性，通过局部重聚类保留未解析混合群而非强制标注 | 依赖特定空间平台数据参数设置，未在多种空间转录组平台验证泛化性 | 解决空间转录组细胞类型注释中的异质性表达和模糊标签分配问题 | 胆管癌组织中的空间转录组数据 | 数字病理学 | 胆管癌 | 空间转录组学 | 语言模型 | 空间转录组数据 | 10x Genomics Xenium平台采集的胆管癌空间转录组数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Genomics Xenium空间转录组平台 |