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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-10-17
Leveraging Single-Cell RNA Sequencing to Characterize Murine Ewing Sarcoma Xenografts
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究方法论文 本文描述了一种从尤文肉瘤肿瘤中分离、冷冻保存和处理单细胞悬液的稳健且可重复的实验方案,并配套了生物信息学分析流程 采用冷活性地衣芽孢杆菌蛋白酶消化策略结合温和机械解离,在严格冷链条件下处理组织,减少细胞应激和转录扰动;计算流程整合了ambient RNA校正、doublet检测、SCTransform标准化以及AUCell模块评分与多参考Azimuth标签转移 该方案主要针对小鼠尤文肉瘤异种移植模型进行优化,尚未在人类原发肿瘤或其他肉瘤亚型中广泛验证 建立标准化的尤文肉瘤单细胞RNA测序组织处理和计算分析工作流程 小鼠尤文肉瘤异种移植肿瘤组织 单细胞组学 尤文肉瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
2 2026-10-17
Spatial Transcriptomics Analysis of Ewing Sarcoma
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
综述 本文介绍了尤文肉瘤空间转录组学分析中组织选择、样本制备、panel设计及分析流程的系列教程 为尤文肉瘤空间转录组学研究提供系统性的操作指南,涵盖从组织选择到数据分析的全流程 作为教程章节,可能缺乏原始实验数据验证,且未涉及具体实验结果的深入讨论 指导尤文肉瘤空间转录组学实验的设计与数据分析 尤文肉瘤肿瘤组织及其肿瘤微环境 空间转录组学 尤文肉瘤 空间转录组学 NA 图像,文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
3 2026-10-17
FOXG1 spatiotemporally orchestrates subtype fate specification and patch/matrix identity of striatal spiny projection neurons
2026-Oct-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和功能缺失实验,揭示了转录因子FOXG1在纹状体棘突投射神经元亚型命运特化及 patch/matrix 区域身份决定中的时空调控作用 首次发现eSPNs与iSPNs在发育上更为相似,并证明FOXG1在侧神经节隆起腹侧区域促进dSPN和iSPN命运而抑制eSPN命运;同时揭示FOXG1通过直接调控细胞迁移和黏附相关分子控制SPN迁移,从而影响patch/matrix身份 摘要中未明确说明研究的局限性 阐明纹状体棘突投射神经元亚型特化(尤其是eSPNs)以及patch/matrix互补模式形成的细胞和分子机制 纹状体棘突投射神经元(SPNs),包括dSPNs、iSPNs和eSPNs 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
4 2026-10-17
Distinguishing the endotypes of Chronic rhinosinusitis: the emerging roles of macrophages
2026-Oct-16, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2
综述 本文综述了巨噬细胞在慢性鼻窦炎不同内型中的异质性及其作用 系统总结了单细胞转录组分析鉴定的与慢性鼻窦炎内型相关的巨噬细胞亚群,并提出了基于巨噬细胞的生物标志物用于内型分型和靶向治疗的新视角 未明确说明,但作为综述可能缺乏原始实验数据验证 剖析巨噬细胞在慢性鼻窦炎不同内型中的异质性,并探讨其作为生物标志物和靶向治疗靶点的潜力 慢性鼻窦炎患者及相关的巨噬细胞 单细胞转录组学、免疫学 慢性鼻窦炎 单细胞转录组分析 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-10-17
Biased signaling of endothelial GPCRs as a therapeutic frontier in atherosclerosis
2026-Oct-15, Journal of receptor and signal transduction research
综述 本文综述了内皮GPCR偏向性信号作为动脉粥样硬化治疗前沿的研究进展,探讨了主要内皮GPCR家族的功能选择性机制及新兴转化工具 提出将内皮靶向的偏向性GPCR信号工程化作为精准、通路特异性的策略来阻止斑块进展和稳定易损病变,并强调高分辨率结构生物学、单细胞转录组学、空间组学和动态生物工程模型作为新兴转化工具指导未来药物发现 未涉及具体临床试验数据或药物开发验证,主要基于机制综述和理论探讨 探讨内皮GPCR偏向性信号在动脉粥样硬化治疗中的应用潜力,分析功能选择性机制并展望未来精准心血管药物发现方向 内皮GPCR家族(包括血管紧张素II受体、1-磷酸鞘氨醇受体、非典型趋化因子受体和β-肾上腺素能受体)及动脉粥样硬化 机器学习 心血管疾病 NA NA 文本 NA NA 单细胞转录组学, 空间组学 NA NA
6 2026-10-17
Multimodal assessment of exceptional responders refines subtyping-directed precision treatment in HR+/HER2- breast cancer
2026-Oct-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究整合了FASCINATE-N试验中230例HR+/HER2-乳腺癌患者的多组学、数字病理和临床数据,聚焦于异常应答者,探索优化亚型导向精准治疗的策略 首次通过整合转录组学、基因组学、数字病理和空间转录组学进行多模态评估,针对HR+/HER2-乳腺癌四种分子亚型中的异常应答者,揭示了神经周围侵犯、肿瘤-基质-免疫界面空间结构、DNA修复基因突变和淋巴管浸润等与不同治疗疗效的关联,提出了各亚型精准治疗优化的新方向 研究基于FASCINATE-N概念验证试验的230例样本,样本量有限,异常应答者亚组分析可能受限于统计效能,且发现需要在更大规模的前瞻性临床试验中进一步验证 通过多模态评估异常应答者,优化HR+/HER2-乳腺癌亚型导向的精准治疗策略 HR+/HER2-乳腺癌患者,来自FASCINATE-N试验,共230例 数字病理 乳腺癌 转录组学,基因组学,数字病理,空间转录组学 NA 图像,文本,基因组数据,转录组数据 230例HR+/HER2-乳腺癌患者 NA 空间转录组学,转录组学,基因组学 NA NA
7 2026-10-17
The petal identity gene PhDEF has a major binding and regulatory action in the epidermis
2026-Oct-15, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究结合单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀技术,研究矮牵牛花花瓣身份基因PHDEF在表皮和叶肉细胞层中的不同调控作用 首次揭示了花同源异型基因PHDEF在不同细胞层(表皮和叶肉)中具有不同的靶基因调控作用,发现其在表皮中具有更主要的结合和调控功能,证明了细胞层身份确实影响同源异型身份的调控过程 研究仅限于矮牵牛花花瓣组织,未涉及其他花器官或其他植物物种,且未深入探讨PHDEF在不同细胞层中差异调控的分子机制 探究花同源异型基因PHDEF在花瓣不同细胞层中的晚期功能和细胞类型特异性调控作用 矮牵牛花花瓣组织的表皮和叶肉细胞层特异性突变体 机器学习, 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 NA NA
8 2026-10-17
Altered cholangiocyte subsets with neural pathway enrichment in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2026-Oct-15, Internal and emergency medicine IF:3.2Q1
研究论文 该研究整合单细胞测序和批量测序数据,利用hdWGCNA、细胞互作分析、机器学习、免疫浸润分析和孟德尔随机化等方法,揭示了MASLD中胆管细胞亚群改变及神经通路富集的特征 首次系统性地揭示了MASH患者中胆管细胞亚群的显著改变,特别是SEMA3通路表达升高的胆管细胞增加,并发现神经相关通路在胆管细胞中的富集及其与免疫细胞的复杂互作,同时通过孟德尔随机化鉴定PLEKHA5为MASLD的候选因果基因 本研究为假设生成性的生物信息学研究,缺乏实验验证,孟德尔随机化分析中部分关联仅为提示性(如SEL1L3 P=0.0413),需要进一步的体内外实验和更大规模的队列研究来验证胆管细胞相关机制在MASLD发病中的作用 探究胆管细胞在代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)中的作用,特别是胆管细胞亚群变化及神经通路在疾病发病机制中的潜在贡献 MASLD/MASH患者的单细胞测序数据和批量测序数据集中的胆管细胞亚群 机器学习 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 孟德尔随机化 hdWGCNA, 机器学习模型(共7种) 基因表达数据(单细胞和批量测序数据) NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
9 2026-10-17
Network pharmacology and single-cell sequencing analysis of gastrodin in anticancer effects against colorectal cancer by regulating key target genes and the tumor immune microenvironment
2026-Oct-15, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过网络药理学和单细胞测序分析,探索天麻素通过调控关键靶基因和肿瘤免疫微环境发挥抗结直肠癌作用的机制 首次整合网络药理学、单细胞RNA测序、机器学习算法和分子对接等多种方法,系统揭示天麻素抗结直肠癌的关键靶基因NFE2L3及其对肿瘤免疫微环境的调控作用 研究主要基于生物信息学分析和体外实验验证,缺乏体内动物实验和临床样本验证 探索天麻素抗结直肠癌的潜在靶点和分子机制 结直肠癌相关基因、天麻素潜在靶点、结直肠癌细胞系 机器学习 结直肠癌 单细胞RNA测序、转录组分析、分子对接 LASSO回归、支持向量机、随机森林、SHAP分析 基因表达数据、图像 TCGA和GEO数据集的结直肠癌转录组数据以及单细胞RNA测序数据,具体样本量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
10 2026-10-17
Emerging frontiers for AI in single-cell genomics
2026-Oct-15, Molecular cell IF:14.5Q1
综述 该综述文章回顾了人工智能在单细胞基因组学中的嵌入模型和基础模型,涵盖scRNA-seq、scATAC-seq、单细胞多组学调控基因组学以及基于Perturb-seq的虚拟细胞模型,并讨论了当前局限与未来展望 系统性地梳理了从早期单细胞RNA嵌入模型到基础模型的发展脉络,并首次将单细胞表观遗传/多组学检测与Perturb-seq技术带来的AI建模新机遇进行整合论述,提出了利用大规模图谱数据资源和虚拟细胞模型的前瞻性视角 早期单细胞RNA嵌入模型和基础模型在实验生物学家中未获得广泛关注和应用;单细胞AI模型仍存在诸多当前局限性,文中对此进行了描述但未提出具体解决方案 综述单细胞基因组学中AI嵌入模型和基础模型的发展现状,探讨scRNA-seq和scATAC-seq的AI建模方法、单细胞多组学在调控基因组学中的机器学习应用以及从Perturb-seq学习虚拟细胞模型的AI策略 单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据、单细胞多组学数据、Perturb-seq数据及相关AI模型 机器学习 NA scRNA-seq, scATAC-seq, 单细胞多组学, Perturb-seq 基础模型, 嵌入模型, 虚拟细胞模型 文本 NA NA single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, single-cell multi-omics NA NA
11 2026-10-17
Comprehensive benchmarking of somatic mutation detection by the SMaHT Network
2026-Oct-15, Cell IF:45.5Q1
研究论文 SMaHT 网络通过细胞系和供体组织的大规模基准实验,评估了用于检测不同类型体细胞突变的测序技术、实验方法和计算方法 生成了超过 1,000× 短读长和 100-400× 长读长数据的大型社区资源;证明供体特异性和泛基因组推断的二倍体组装可改善突变检测并扩展至困难基因组区域;对六种双链测序技术进行了基准测试;展示了单细胞测序可解析细胞类型特异性突变模式和异质性 仅分析了九个样本,样本量相对有限,可能影响结论的普适性 评估和比较用于检测体细胞突变的测序技术、实验方法和计算方法,为准确的全基因组体细胞突变分析提供路线图 细胞系和供体组织,共九个分析样本 基因组学 NA 短读长测序, 长读长测序, 双链测序, 单细胞测序 NA 序列数据 9 个样本(细胞系和供体组织),包括超过 1,000× 短读长和 100-400× 长读长数据 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
12 2026-10-17
Perinatal nicotine exposure disrupts hematopoietic stem cell development and elevates influenza severity in adulthood
2026-Oct-15, Stem cell reports IF:5.9Q2
研究论文 本文通过小鼠模型研究发现,围产期尼古丁暴露会破坏造血干细胞发育,并导致成年后流感严重程度增加 首次建立围产期尼古丁暴露作为发育性适应性免疫不良的小鼠模型,揭示早期环境暴露通过改变造血干细胞及其后代,持久影响组织驻留免疫细胞,从而增加呼吸道病毒感染易感性 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类中验证;具体分子机制和表观遗传调控细节仍需进一步探索 探究围产期尼古丁暴露对造血干细胞发育及成年后呼吸道病毒感染易感性的长期影响 围产期尼古丁暴露的小鼠模型及其后代 机器学习 肺癌 单细胞转录组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
13 2026-10-17
Development and Characterization of a Rat Model of Post-traumatic Ankle Osteoarthritis
2026-Oct-15, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1
研究论文 通过切除大鼠踝关节前距腓韧带和跟腓韧带建立创伤后踝关节炎模型,结合疼痛行为学、组织学、批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示滑膜组织中的关键分子通路。 首次建立由关节不稳定诱导的大鼠创伤后踝关节炎模型,并首次在滑膜组织中鉴定出TGF-β-MAPK/PI3K-Akt-CTGF信号轴和THBS2-FN1轴的激活。 样本量较小(每组8只),仅在大鼠模型中验证,尚未在人类临床样本中确认。 开发创伤后踝关节炎大鼠模型,评估疼痛和病理变化,并探索滑膜组织中的分子机制。 大鼠踝关节、背根神经节和滑膜组织 数字病理学 骨关节炎 批量RNA测序,单细胞RNA测序 NA 图像,文本 每组8只大鼠(RAC组n=8,Sham对照组n=8),治疗实验每组8只 NA 批量RNA测序,单细胞RNA测序 NA NA
14 2026-10-17
ELF1 exacerbates intervertebral disc degeneration by promoting ACSL4-dependent ferro-aging of nucleus pulposus cells through the IFITM3-PTPRO axis
2026-Oct-15, Life sciences IF:5.2Q1
研究论文 该研究揭示了ELF1通过IFITM3-PTPRO轴促进ACSL4依赖的髓核细胞铁衰老,从而加剧椎间盘退变 首次提出铁衰老是椎间盘退变的一种此前未被识别的机制,并鉴定了ELF1、IFITM3、PTPRO和ACSL4组成的调控网络作为潜在治疗靶点 摘要中未明确提及研究局限性 探究铁衰老在椎间盘退变中的作用并鉴定其上游调控网络 髓核细胞、人髓核组织、穿刺诱导和年龄相关椎间盘退变动物模型 机器学习 椎间盘退变 单细胞RNA测序、RNA测序、共免疫沉淀、双荧光素酶报告基因实验、染色质免疫沉淀实验 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序、RNA测序 NA NA
15 2026-10-17
From Single-Cell Sequencing Data Analysis to Functional Validation: XCL1 is Associated with Glycolytic Metabolism in Oral Squamous Cell Carcinoma
2026-Oct-15, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序数据分析结合体外功能实验,发现XCL1与口腔鳞状细胞癌的糖酵解代谢相关,并促进肿瘤细胞增殖 首次通过单细胞RNA测序数据分析筛选并实验验证XCL1在口腔鳞状细胞癌糖酵解代谢中的关键作用,揭示了XCL1作为糖酵解相关候选基因的促癌功能 缺乏体内实验验证,且临床队列样本量有限,XCL1的生物学和治疗相关性仍需进一步评估 探究口腔鳞状细胞癌中糖酵解代谢的分子调控机制,筛选并验证核心候选基因的功能 口腔鳞状细胞癌细胞及GSE247582单细胞RNA测序数据集、TCGA数据库中的口腔鳞状细胞癌样本 数字病理学 口腔鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 GSE247582单细胞RNA测序数据集及TCGA数据库中的口腔鳞状细胞癌样本,具体样本量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA-seq NA NA
16 2026-10-17
A Single-Cell Atlas of Diabetes-Associated Remodeling in the Human Corneal Limbus
2026-Oct-15, The ocular surface
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序构建了人糖尿病角膜缘组织的高分辨率转录组图谱,揭示了糖尿病相关的细胞类型、转录状态和细胞间通讯变化 首次在单细胞水平上构建了糖尿病相关的人角膜缘微环境改变的高分辨率转录组图谱,识别了与糖尿病角膜稳态和再生能力受损相关的分子通路和细胞群体 样本量较小(仅6例供体),未涉及糖尿病不同病程或类型的比较,蛋白质水平验证仅针对部分选定标志物 生成人糖尿病角膜缘组织的高分辨率单细胞转录组图谱,以深入理解糖尿病相关的细胞类型、组成、转录状态、细胞轨迹和细胞间通讯变化 人类角膜缘上皮组织,来自3例非糖尿病供体和3例糖尿病供体 数字病理学 糖尿病 单细胞RNA测序 NA 文本 6例年龄匹配的人类供体角膜缘上皮组织(3例非糖尿病,3例糖尿病) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Genomics单细胞测序平台
17 2026-10-17
A multi-omics integration identifies ENY2 hypomethylation as a driver of immunosuppression and progression in breast cancer
2026-Oct-15, Cellular signalling IF:4.4Q2
研究论文 本研究通过多组学整合分析,揭示了ENY2低甲基化驱动乳腺癌免疫抑制和进展的表观遗传-免疫互作机制 首次构建了乳腺癌甲基化驱动的预后模型,发现ENY2启动子低甲基化通过增强染色质可及性、招募转录因子E2F1驱动ENY2转录,并揭示ENY2通过TNF-NF-κB/PD-L1轴及MIF/MDK分泌组重塑免疫抑制微环境的新机制 摘要中未明确提及研究局限性 构建乳腺癌甲基化驱动的预后模型,阐明DNA甲基化异常在乳腺癌进展和免疫微环境失调中的表观遗传-免疫互作机制 乳腺癌患者队列(TCGA和GSE76427)、乳腺癌细胞系、小鼠模型 机器学习 乳腺癌 DNA甲基化测序、scRNA-seq、ATAC-seq、Western blot、流式细胞术 SIMPO算法、Cox回归 图像、文本 TCGA队列和GSE76427验证队列的乳腺癌样本,以及乳腺癌细胞系和小鼠模型 NA single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq, 甲基化测序 NA NA
18 2026-10-17
NUPR1-positive tumor-associated macrophages facilitate the progression of hepatocellular carcinoma via ferroptosis resistance
2026-Oct-15, Cellular signalling IF:4.4Q2
研究论文 该研究揭示了NUPR1阳性肿瘤相关巨噬细胞通过GPX4介导的铁死亡抵抗维持M2样免疫抑制表型,从而促进肝细胞癌进展 首次发现NUPR1在CD163+肿瘤相关巨噬细胞中富集,并揭示NUPR1通过调控GPX4相关的铁死亡应激适应来维持TAMs的M2样免疫抑制表型,从而促进肝细胞癌进展 摘要中未明确提及研究的具体局限性 探究NUPR1是否功能性调控肿瘤相关巨噬细胞中铁死亡相关的应激适应,并维持其免疫抑制表型 人肝细胞癌组织中的肿瘤相关巨噬细胞、THP-1来源的巨噬细胞、原代骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)及免疫健全的原位肝细胞癌模型 digital pathology 肝癌 单细胞RNA测序、多重免疫组化 NA 图像、文本 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
19 2026-10-17
Pharmacological Neutralization of the Rspo2/Wnt Axis Preserves Subchondral Bone Plate and Vascular Niche Integrity to Attenuate Cartilage Degeneration in Osteoarthritis
2026-Oct-15, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和动物实验揭示了Rspo2/Wnt信号轴在骨关节炎软骨下骨板血管生态位破坏中的作用,并评估了药物中和Rspo2对软骨退变的保护效果 首次揭示内皮细胞来源的Rspo2通过旁分泌方式介导软骨下骨板血管生态位破坏,并证明药物中和Rspo2可在早期干预中保护骨软骨完整性 研究主要基于小鼠ACLT+DMM模型,人体临床验证有限,且对Rspo2下游具体分子机制的解析尚不充分 探究Rspo2作为软骨下骨板相关血管生态位失稳介质的作用,评估其药物中和是否能减轻生态位破坏并保护骨软骨完整性 人胫骨平台软骨下骨临床标本及ACLT+DMM诱导的骨关节炎小鼠模型 数字病理学 骨关节炎 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 人胫骨平台软骨下骨scRNA-seq数据集(GSE196678)及临床标本,以及多个时间点(术后第30天和第60天)的骨关节炎小鼠模型分组 NA 单细胞RNA测序 NA NA
20 2026-10-17
Single-cell insights into obesity: cellular mechanisms across metabolic organs
2026-Oct-15, The Journal of nutrition IF:3.7Q2
综述 本文综述了近年来利用单细胞RNA测序技术研究饮食诱导肥胖对肠道、肝脏、脂肪组织、胰岛和主动脉等代谢器官中不同细胞群体影响的研究进展 系统整合了单细胞RNA测序在肥胖研究中的应用,揭示了不同代谢器官中细胞身份重编程、代谢功能改变和细胞间通讯的详细机制 作为综述文章,未提供原始实验数据,且主要聚焦于饮食诱导肥胖模型,可能未涵盖其他类型肥胖 总结单细胞RNA测序在研究饮食诱导肥胖对多种代谢器官细胞群体影响中的应用,为肥胖及其并发症的治疗提供靶点 饮食诱导肥胖模型中的肠道、肝脏、脂肪组织、胰岛和主动脉等代谢器官中的不同细胞群体 单细胞生物学 肥胖 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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