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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-10-08
Synergistic effects of mTOR inhibitors with VEGFR3 inhibitors on the interaction between TSC2-mutated cells and lymphatic endothelial cells
2025-06, Science China. Life sciences
研究论文 本研究探讨了TSC2突变细胞与淋巴内皮细胞之间的相互作用及雷帕霉素对该相互作用的影响,并评估mTOR抑制剂与VEGFR3抑制剂联合治疗LAM的可行性 揭示VEGF-D/VEGFR3是TSC2缺失细胞与淋巴内皮细胞相互作用的关键介质,并提出雷帕霉素与VEGFR3抑制剂联合治疗LAM及其他TSC2突变疾病的新策略 文中未明确说明研究的具体局限性 探索LAM细胞与淋巴内皮细胞的相互作用机制及雷帕霉素的影响,寻找LAM治疗新靶点 TSC2缺失细胞、淋巴内皮细胞、LAM患者肺组织、异种移植模型 数字病理学 淋巴管肌瘤病 单细胞测序、共培养实验、异种移植模型 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
2 2026-10-08
Integrating Tissue Microarray to GeoMx® Digital Spatial Profiler : Spatial Transcriptomics Assay with Bioinformatics Analysis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究方法章节 本章介绍了将组织微阵列与GeoMx数字空间分析仪整合的空间转录组学检测流程及生物信息学分析方法 将组织微阵列与GeoMx数字空间分析仪整合,结合生物信息学流程和统计方法,专门针对GeoMx RNA检测进行系统化方案描述 文中未涉及原始实验数据验证,主要参考GeoMx DSP指南和数据分析手册,相关文档持续更新需定期查阅最新版本 描述GeoMx数字空间分析仪的空间转录组学NGS检测方案及后续生物信息学分析流程 组织微阵列样本 空间转录组学 肿瘤 空间转录组学,NGS NA 基因表达数据 NA NanoString 空间转录组学 GeoMx Digital Spatial Profiler GeoMx DSP RNA检测方案,整合组织微阵列,结合生物信息学分析流程和统计方法
3 2026-10-08
Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究方法 介绍使用SciDAP平台对单细胞多组学数据进行自动化分析的操作流程 利用基于CWL的可移植且可复现的流程,为不具备编程能力的生物学家提供无需编码的单细胞数据分析方案,解决了手动分析中数据量大、参数配置复杂和计算环境难以复现的问题 文中未明确说明该平台所支持的数据规模上限、流程覆盖的完整性以及与其他分析工具的对比性能 帮助不具备计算专业知识的生物学家便捷地分析单细胞测序数据 scRNA-Seq、scATAC-Seq、scMultiome及scVDJ-Seq数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学测序, 单细胞VDJ测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学, 单细胞VDJ测序 SciDAP 基于Common Workflow Language (CWL)编写的可移植可复现流程
4 2026-10-08
Bronchoalveolar lavage single-cell transcriptomics reveals immune dysregulations driving COVID-19 severity
2025, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 通过单细胞转录组学对COVID-19患者支气管肺泡灌洗液进行二次数据分析,揭示驱动疾病严重程度的免疫失调机制 利用单细胞转录组学对不同程度COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液进行系统性二次数据分析,全面揭示了中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞、NK细胞和T细胞在重症COVID-19中的免疫失调机制,并发现了efferocytosis受损、NETs形成增强等新的潜在治疗靶点 本研究为二次数据分析,样本来源可能有限;未进行实验验证所发现的机制;未涉及COVID-19不同变异株的比较 揭示驱动COVID-19疾病严重程度的详细免疫机制,识别潜在治疗靶点 不同严重程度的COVID-19患者及健康对照者的支气管肺泡灌洗液(BALF) 机器学习 COVID-19 单细胞转录组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
5 2026-10-08
Single-cell stimulus-response gene expression trajectories reveal the stimulus specificities of dynamic responses by single macrophages
2024-11-07, Molecular cell IF:14.5Q1
研究论文 该研究通过高分辨率时间序列单细胞RNA测序数据,重建了小鼠巨噬细胞响应六种刺激的实时单细胞基因表达轨迹,揭示了动态信息在巨噬细胞刺激响应特异性中的重要作用 首次生成高分辨率时间序列scRNA-seq数据并重建了单细胞基因表达轨迹(scGETs),发现动态信息对巨噬细胞刺激响应特异性有实质性贡献,且比单时间点测量更能清晰区分单个巨噬细胞的极化状态 研究仅基于小鼠巨噬细胞,未在人类细胞或体内环境中验证;scGETs推断依赖计算模型,可能存在偏差;仅测试了六种刺激,未涵盖所有免疫威胁 捕获单细胞诱导型基因表达动态,研究巨噬细胞刺激响应特异性及功能状态 小鼠巨噬细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
6 2026-10-08
Hybrid Oncocytic Tumors (HOTs) in Birt-Hogg-Dubé Syndrome Patients-A Tale of Two Cities: Sequencing Analysis Reveals Dual Lineage Markers Capturing the 2 Cellular Populations of HOT
2024-02-01, The American journal of surgical pathology
研究论文 通过对BHD综合征患者肾脏肿瘤及正常肾组织的bulk和单细胞RNA测序数据进行整合分析,发现L1CAM和LINC01187可作为HOT的诊断标志物,并揭示HOT中两种肿瘤上皮细胞群体的谱系特征 首次发现L1CAM(主细胞谱系标志物)和LINC01187(闰细胞谱系标志物)在BHD相关HOT中以独特的棋盘格模式互斥表达,这两种谱系标志物共同捕获了HOT中形态学上共存的两种不同肿瘤上皮细胞群体,可作为独立诊断标志物或组合面板用于HOT的诊断 摘要中未明确说明研究局限性 鉴定BHD相关混合嗜酸性肿瘤(HOT)的候选生物标志物,区分HOT与嫌色细胞肾细胞癌、肾嗜酸性细胞瘤及其他肾细胞癌亚型 BHD综合征患者的肾脏肿瘤组织(包括HOT和chRCC)及正常肾组织 数字病理学 肾癌 bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据, 图像 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
7 2026-10-07
Different regulatory mechanisms of hepatitis B- and C-positive hepatocellular carcinoma by single-cell RNA sequencing
2027-Feb, Genes & diseases IF:6.9Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
8 2026-10-07
The role of cellular senescence in immune-metabolic features and prognosis of ovarian cancer: an integrated analysis based on single-cell sequencing and multi-omics data
2026-Dec, GeroScience IF:5.3Q1
研究论文 本研究整合TCGA、GEO及单细胞RNA测序数据,系统分析衰老相关基因在卵巢癌异质性、预后及治疗相关特征中的作用。 整合单细胞测序与多组学数据,系统揭示衰老相关基因在卵巢癌分子亚型、免疫微环境及铂类耐药中的关联,并构建了八基因衰老相关预后风险模型。 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证和临床前瞻性验证,且各亚型间总生存期无显著差异。 阐明衰老相关基因在卵巢癌异质性、预后分层、铂类治疗反应及免疫微环境中的作用。 卵巢癌患者样本及正常卵巢组织,包括TCGA和GEO数据库中的卵巢癌队列及单细胞RNA测序数据。 机器学习, 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多组学分析 共识聚类, 预后风险模型 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 临床数据 TCGA卵巢癌队列及两个GEO卵巢癌队列,具体样本量未在摘要中明确 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
9 2026-10-07
Combining network toxicology, single-cell RNA sequencing, and in vitro/in vivo experimental models reveals MMP9 as the key mediator of 27-hydroxycholesterol-driven ovarian cancer
2026-Nov-25, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1
研究论文 该研究整合网络毒理学、多队列转录组验证、单细胞RNA测序及体内外实验,系统探究27-羟基胆固醇在卵巢癌中的作用,并确定MMP9为其关键分子介质 首次综合运用网络毒理学、单细胞RNA测序和体内外实验模型,揭示MMP9是27-羟基胆固醇驱动卵巢癌的关键介质,并通过分子对接和动力学模拟证实27-HC与MMP9的直接稳定互作 摘要未提及研究的局限性 系统研究27-羟基胆固醇在卵巢癌中的潜在作用,并识别关键分子介质 卵巢癌细胞及卵巢癌动物模型 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序、网络毒理学、转录组分析、分子对接、分子动力学模拟 NA 图像、文本 51个重叠靶点 NA 单细胞RNA测序 NA NA
10 2026-10-07
Aire and Fezf2 Shape the Medullary Thymic Epithelial Cell Immunopeptidome for Central Tolerance
2026-Nov, Immunology IF:4.9Q2
综述 本文综述并展望了髓质胸腺上皮细胞(mTEC)生物学、Aire和Fezf2依赖的转录程序以及免疫肽组学进展,探讨转录混杂性如何转化为MHC-II分子呈递的肽库 提出整合单细胞转录组学和质谱免疫肽组学方法,构建从转录混杂性到MHC-II肽呈递的调控框架,以机制性理解中枢免疫耐受 作为综述和展望文章,未提供原始实验数据,所提出的整合框架尚需实验验证 阐明Aire和Fezf2如何塑造髓质胸腺上皮细胞的免疫肽组以实现中枢免疫耐受 髓质胸腺上皮细胞(mTECs)、Aire和Fezf2调控的转录程序及MHC-II呈递肽库 免疫学 自身免疫性疾病 单细胞转录组学, 质谱免疫肽组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
11 2026-10-07
Spatial multi‑omics identifies an SPP1+ macrophage‑driven anti‑apoptotic niche in osteoarthritis synovium via the SPP1‑CD44 axis
2026-Nov, International journal of molecular medicine IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过空间转录组学、单细胞RNA测序和凋亡模型,揭示了骨关节炎滑膜中SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴驱动抗凋亡微环境 首次发现SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44信号轴直接抑制炎性巨噬细胞凋亡,并通过CCL3招募髓系细胞,形成空间定义的抗凋亡炎症微环境,区别于其已知的促纤维化作用 摘要中未明确提及研究局限性 研究骨关节炎滑膜中调控凋亡通路的巨噬细胞功能亚群及空间微环境 骨关节炎滑膜组织、滑膜巨噬细胞、炎性巨噬细胞、衰老滑膜成纤维细胞、小鼠骨关节炎模型 空间多组学 骨关节炎 空间转录组学、单细胞RNA测序、腺相关病毒介导的基因敲低、CCL3中和、虚拟敲除模型 NA 图像、文本 NA NA 空间转录组学、单细胞RNA测序 NA NA
12 2026-10-07
Integrative multi-omics analysis identifies a mitochondrial dysfunction-associated diagnostic signature, molecular subtypes, and drug repurposing candidates for keloid disease
2026-11, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1
研究论文 该研究整合五个批量转录组队列和一个单细胞RNA-seq数据集,鉴定与线粒体功能障碍相关的瘢痕疙瘩诊断特征、分子亚型及潜在药物重定位候选物 首次系统性整合多组学数据构建线粒体功能障碍相关的瘢痕疙瘩转录组诊断框架,提出七基因特征和瘢痕疙瘩相关评分(KAS),并探索药物重定位假设 独立验证集样本量极小(n=7),KAS跨队列泛化能力有限,批量免疫相关性经FDR校正后不显著,药物候选物仅为止于假设层面未经验证,需更大队列和功能性组织验证 刻画线粒体相关基因在瘢痕疙瘩中的转录组角色,构建诊断特征和分子分型框架 瘢痕疙瘩患者与对照者的批量转录组样本及单细胞RNA-seq数据 机器学习 瘢痕疙瘩 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq LASSO, WGCNA, NMF 转录组数据 核心训练集46个样本,独立诊断验证集7个瘢痕疙瘩/对照样本,单细胞RNA-seq数据集8592个细胞,另纳入GSE188952和GSE218007公共数据集 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
13 2026-10-07
A YAP-TEAD-CTCF Transcriptional Regulatory Axis Associated With the Elimination of Injured Hepatocytes From the Liver
2026-Nov, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms IF:1.3Q4
研究论文 该文章研究了YAP-TEAD-CTCF转录调控轴在损伤肝细胞从肝脏中清除过程中的作用机制 首次揭示了YAP-TEAD4复合物与CTCF结合,通过染色质结构重塑调控损伤肝细胞清除的基因表达程序 摘要中未明确说明研究的具体局限性 探究YAP活性损伤肝细胞被肝脏清除的分子机制 YAP活性的损伤肝细胞 机器学习, 数字病理学 肝病 RNA-seq, ATAC-seq, 单细胞空间转录组学 NA 文本, 图像 NA NA bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq, 单细胞空间转录组学 NA NA
14 2026-10-07
Single-cell sequencing reveals transcriptional and immunogenetic diversity in stereotyped chronic lymphocytic leukemia
2026-Nov, Blood neoplasia
研究论文 该研究通过对13例初治慢性淋巴细胞白血病患者样本中的48557个恶性和旁观者免疫细胞进行整合的单细胞转录组和免疫遗传学分析,揭示了三种主要刻板亚型(#1、#2和#4)的转录和免疫遗传学景观 首次对三种主要刻板CLL亚型进行整合的单细胞转录组和免疫遗传学分析,揭示了亚型特异性的转录特征、代谢活性差异以及白血病细胞与免疫细胞之间的配体-受体信号交互,将BcR免疫球蛋白构型与增殖能力和微环境交互联系起来 样本量较小(13例患者),仅涵盖三种刻板亚型,可能无法完全代表CLL的全部异质性 解析刻板慢性淋巴细胞白血病亚型之间疾病相关异质性的分子通路,阐明BcR免疫球蛋白构型与克隆行为之间的关系 13例初治慢性淋巴细胞白血病患者的原代样本,包括预后不良的刻板亚型#1和#2以及惰性亚型#4 数字病理学, 机器学习 慢性淋巴细胞白血病 单细胞RNA测序, 单细胞免疫遗传学分析 NA 单细胞转录组数据, 免疫遗传学数据 13例初治CLL患者样本中的48557个恶性和旁观者免疫细胞 NA 单细胞RNA测序 NA 整合的单细胞转录组和免疫遗传学分析
15 2026-10-07
Morphological plasticity facilitates lung adaptation and dynamic immune remodeling in Mycobacterium abscessus infection
2026-Oct-16, iScience IF:4.6Q1
研究论文 该研究通过形态型转换获得粗糙型脓肿分枝杆菌菌株,结合转录组和单细胞RNA测序揭示了其在肺部感染中的适应机制及宿主免疫动态重塑过程 通过形态型转换获得高毒力粗糙型菌株,首次结合单细胞RNA测序系统揭示脓肿分枝杆菌感染过程中巨噬细胞的动态重编程及宿主-病原体互作机制 未明确说明样本量及具体实验验证的局限性 探究脓肿分枝杆菌肺部感染的宿主-病原体互作机制,揭示细菌代谢适应和巨噬细胞重编程在慢性感染中的作用 脓肿分枝杆菌粗糙型菌株(Mab-R)及感染小鼠模型中的巨噬细胞 机器学习 肺部疾病 单细胞RNA测序,转录组分析 NA 文本,图像 NA NA 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq NA NA
16 2026-10-07
MicroRNAs in polyglutamine diseases: Mechanistic insights, circulating biomarkers, and emerging microRNA-based therapeutic strategies
2026-Oct-15, Neurobiology of disease IF:5.1Q1
综述 本文综述了MicroRNA在多聚谷氨酰胺疾病中的失调机制、循环生物标志物潜力以及基于miRNA的治疗策略进展 系统整合了自2019年以来所有九种多聚谷氨酰胺疾病中miRNA失调的最新研究,并首次将机制见解、生物标志物发现和治疗开发相结合,特别关注AAV递送人工miRNA和基于外泌体的平台等新兴治疗策略 循环miRNA在标准化、跨体液一致性和临床验证方面仍面临挑战;治疗转化存在脱靶效应、递送优化、免疫原性和患者异质性等障碍 综合miRNA在多聚谷氨酰胺疾病中的机制见解、生物标志物发现和治疗开发,推动基于miRNA的策略向疾病修饰干预发展 多聚谷氨酰胺疾病,包括亨廷顿病、脊髓小脑共济失调、齿状核红核苍白球路易体萎缩和脊髓延髓肌萎缩 机器学习 亨廷顿病 NA NA 文本 NA NA NA NA NA
17 2026-10-07
Regulation of morphogen signaling pathways by recurrent hypermotif circuits
2026-Oct-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 该研究开发了一个计算框架,通过单细胞RNA测序数据揭示人类肠道发育中形态发生素信号通路的调控逻辑,识别出介导上皮细胞与成纤维细胞间通讯的复发性超基序拓扑结构 首次提出超基序(hypermotif)概念作为发育调控网络的设计原则,揭示了嵌套在信号通路中的反馈和前馈环路可产生振荡和拮抗等涌现行为,提供了跨细胞类型形态发生素信号整合的系统层面理解 研究主要基于计算框架和单细胞RNA测序数据的分析,实验验证可能有限,且研究聚焦于人类肠道发育,结论在其他组织或发育阶段的普适性有待进一步验证 揭示形态发生素信号通路整合背后的高阶调控逻辑,理解基因调控回路如何通过形态发生素信号在细胞内和细胞间建立联系 人类肠道发育过程中的上皮细胞和成纤维细胞群体 机器学习 NA 单细胞RNA测序 动态模型 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
18 2026-10-07
Transcription factor TBX2 is a key regulator of vascular calcification
2026-Oct-06, European heart journal IF:37.6Q1
研究论文 该研究通过跨性状全基因组和全表型关联分析结合单细胞RNA-seq和ATAC-seq,鉴定转录因子TBX2为血管钙化的关键调控因子,并揭示其通过抑制RUNX2表达和NLRP3炎症小体通路调控慢性肾脏病相关血管钙化的机制 首次通过整合遗传学、单细胞多组学和动物模型鉴定TBX2为血管钙化的核心转录抑制因子,揭示了TBX2-RUNX2-NLRP3轴在慢性肾脏病相关血管钙化中的关键作用,将矿物质代谢紊乱、成骨信号和无菌性炎症联系起来 摘要中未明确提及研究局限性 鉴定慢性肾脏病相关血管钙化的上游调控因子并阐明其分子机制 人类肾脏和冠状动脉组织、基因编辑小鼠模型、原代血管平滑肌细胞(VSMCs)、人类临床样本 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 全基因组关联分析(GWAS), 全表型关联分析(PheWAS), 表达数量性状位点分析(eQTL), 贝叶斯共定位分析, 染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq), 表达谱分析 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
19 2026-10-07
The retina: Considerations regarding cell diversity, structure, and mouse modelling in neurodegeneration
2026-Oct-06, Histology and histopathology IF:2.5Q2
综述 本文综述了视网膜的细胞多样性、结构及其作为神经退行性疾病研究模型(尤其是小鼠模型)的考虑因素 结合单细胞转录组学的新发现,强调视网膜细胞异质性,并系统比较小鼠与人类视网膜在神经退行性疾病研究中的相似性与差异 作为综述,未提供原始实验数据,且主要基于小鼠模型,向人类转化的精确性仍需进一步验证 总结视网膜结构、功能及细胞多样性,探讨其作为中枢神经系统窗口在神经退行性疾病中的研究价值,并评估小鼠模型的适用性 视网膜组织、神经退行性疾病(如视网膜色素变性、神经炎症和自身免疫疾病)的小鼠模型 神经科学 神经退行性疾病 单细胞转录组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
20 2026-10-07
Macrophage Smad1 drives post-infarction dysfunction by reducing angiogenesis and by promoting matrix remodeling
2026-Oct-06, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本文研究了巨噬细胞中Smad1信号在心肌梗死后修复和重构中的作用,发现Smad1通过抑制血管生成和促进基质重构来恶化心功能 首次证明巨噬细胞Smad1通过调节血管生成和抗血管生成信号的平衡以及增强细胞外基质重构,促进心肌梗死后不良重构 Smad1介导的血管生成抑制可能依赖于多个血管生成通路的协调调控,而不仅仅是CXCL12,具体机制尚未完全阐明 探究巨噬细胞Smad1在梗死心脏修复和重构中的激活模式和作用 心肌梗死小鼠模型中的巨噬细胞 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序,蛋白质组学,转录组学 NA 文本,图像 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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