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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-02 |
Decoding schizophrenia through postmortem human brain transcriptomics
2026-Apr, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2026.102434
PMID:41637815
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综述 | 本文通过综述尸检人脑组织的转录组学研究,揭示了精神分裂症的分子结构特征 | 整合了批量组织和单核转录组学的研究发现,揭示了精神分裂症中基因表达变化的细胞类型特异性和个体异质性,并指出前额叶皮层兴奋性神经元,特别是上层兴奋性神经元的易损性 | 尸检组织分析存在固有的方法学挑战,如组织质量、死后延迟等因素可能影响结果 | 解码精神分裂症的病理生理学分子机制 | 尸检人脑组织 | 数字病理学 | 精神分裂症 | 转录组学分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-03-02 |
AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2026-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001360
PMID:40262132
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研究论文 | 本研究利用AI算法FibroNest量化MASLD患者肝纤维形态表型,结合多层组学分析揭示其与分子改变及HCC风险的关联 | 首次开发AI算法FibroNest系统量化肝纤维形态表型,并发现FibroPC4能更敏感捕捉MASLD分子改变及预测HCC风险 | 样本量相对较小(94例活检),且部分患者(13%)并发HCC,可能影响表型特异性 | 通过肝纤维形态表型分析揭示MASLD的疾病进展机制及分子基础 | MASLD患者的肝活检组织(含并发HCC病例) | 数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 全基因组转录组学、空间单细胞转录组学 | AI算法(FibroNest) | 组织病理图像、转录组数据 | 94例MASLD肝活检样本(其中12例并发HCC) | PharmaNest, NanoString | 空间单细胞转录组学 | CosMx | CosMx空间分子成像平台 |
| 3 | 2026-03-02 |
Single-cell and spatial transcriptome profiling identifies cellular heterogeneity and immunosuppressive tumor microenvironment in inflammatory breast cancer
2026-Mar, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.05.061
PMID:40460936
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组分析揭示了炎性乳腺癌的细胞异质性和免疫抑制性肿瘤微环境,并识别了潜在的治疗靶点 | 首次在单细胞和空间水平上全面分析炎性乳腺癌的免疫细胞组成和信号通路,发现CXCL13表达降低与免疫抑制相关,并筛选出天然产物作为免疫调节剂 | 研究样本量有限,且主要基于转录组数据,功能验证和临床转化需要进一步研究 | 分析炎性乳腺癌的病理和分子基础,以开发精准医疗策略 | 炎性乳腺癌和非炎性乳腺癌样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,荧光染色,空间分析,肿瘤-免疫细胞共培养,体内研究 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,基因表达数据 | 未明确指定样本数量,但涉及炎性乳腺癌和非炎性乳腺癌样本 | NanoString | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler | NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler用于空间分析 |
| 4 | 2026-03-02 |
Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases
2026-Mar, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.05.065
PMID:40516911
|
研究论文 | 本研究构建了动脉疾病中血管平滑肌细胞表型转换的跨物种整合模型,识别了细胞骨架相关基因作为维持收缩表型的关键检查点,并验证其在病理重塑中的作用 | 通过单细胞RNA-seq数据分析,首次识别Fblim1、Tns1和Synpo2等细胞骨架相关基因作为VSMC表型转换的检查点,揭示了它们在防止病理重塑中的关键作用 | 研究主要基于公共数据集和动物模型,人类样本验证有限,且机制细节需进一步探索 | 构建VSMC表型转换的整合模型,识别调控基因并验证其在动脉疾病病理重塑中的功能 | 血管平滑肌细胞(VSMC)、动脉疾病(包括动脉粥样硬化和主动脉瘤) | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本、PDGF-BB处理的VSMCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-03-02 |
Cell-Type-Specific and Variety-Specific Responses to Salt Stress in Wheat Root Revealed by Single-Cell Transcriptomics
2026-Mar, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70422
PMID:41133438
|
研究论文 | 本研究首次利用单细胞核RNA测序技术分析了盐胁迫下小麦根尖的细胞类型特异性及品种特异性响应机制 | 首次构建了盐胁迫下小麦根尖的单细胞转录组图谱,揭示了根毛细胞在盐胁迫中的关键作用,并鉴定出与耐盐性相关的关键基因TaGSTU1-5B | 研究主要聚焦于根尖区域,未涵盖整个根系;样本来自特定生长条件下的两个品种,结果普适性有待进一步验证 | 探究小麦根系在盐胁迫下的细胞类型特异性分子响应机制及品种间耐盐性差异 | 盐敏感型(CS)和耐盐型(DK)小麦品种的根尖细胞 | 单细胞转录组学 | 非疾病研究(植物盐胁迫响应) | 单细胞核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 188,270个高质量根细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-03-02 |
Crosstalk between SPP1+ macrophages and ITGA5+ fibroblasts promotes hepatocellular carcinoma metastasis
2026-Mar-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000907
PMID:41758046
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝细胞癌发展过程中免疫微环境的动态转录组图谱,并发现SPP1+巨噬细胞与ITGA5+成纤维细胞之间的相互作用通过触发MMP2分泌促进肝癌恶性进展 | 首次构建了从健康肝脏到肝炎、肝硬化再到肝细胞癌的免疫微环境动态转录组图谱,并揭示了SPP1-ITGA5互作在肝癌转移中的关键作用机制 | 研究主要基于转录组数据,蛋白质水平验证相对有限;动物模型可能无法完全模拟人类肝癌的复杂性 | 探究肝细胞癌发展过程中免疫微环境的动态变化及其对肿瘤进展的影响 | 肝细胞癌患者样本(包括健康肝脏、肝炎、肝硬化和肝癌组织) | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光, 免疫共沉淀, 细胞共培养 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 未明确说明具体样本数量,但包含多个疾病阶段的患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-03-02 |
ANKRD1 sustains a neurogenic BMSC niche and counters cognitive aging
2026-Mar-01, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-026-00428-5
PMID:41764190
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了颅颌面骨髓间充质基质细胞中ANKRD1作为维持神经源性生态位的关键调节因子,并证明其靶向递送可改善老年小鼠的空间记忆缺陷 | 首次发现ANKRD1通过直接结合神经标志基因的超增强子并维持开放染色质结构来维持神经源性潜能,并证明其可作为治疗靶点改善认知老化 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中得到验证;ANKRD1在衰老过程中的表达下降机制仍需进一步探究 | 探究维持骨髓间充质基质细胞神经源性潜能的分子机制及其在认知老化中的作用 | 颅颌面骨髓间充质基质细胞(BMSCs)、老年小鼠 | 单细胞转录组学 | 认知老化 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-03-02 |
Spatial Single-cell Transcriptome Atlas of Mouse Thymus Reveals the T Lymphocyte Dynamics During Development
2026-Mar-01, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag020
PMID:41764407
|
研究论文 | 本研究通过空间单细胞转录组图谱揭示了小鼠胸腺在发育过程中的T淋巴细胞动态变化 | 首次构建了小鼠胸腺在四个发育阶段的空间单细胞转录组图谱,揭示了胸腺细胞组成和转录谱的动态重塑,特别是DP-T细胞亚群的空间分布和DC-DP-2相互作用的MHC-II通路富集 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本;样本量相对有限(四个时间点);空间分析分辨率可能受技术限制 | 解析胸腺微环境中淋巴细胞发育的分子动力学和空间组织 | 小鼠胸腺组织在3、9、15和33周四个发育阶段的免疫细胞 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 空间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 四个发育阶段(3、9、15、33周)的小鼠胸腺样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-03-02 |
Predicting Macrophage Spatial Localization from Single-Cell Transcriptomes to Uncover Disease Mechanisms
2026-Feb-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410924
PMID:41762738
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研究论文 | 本研究开发了一种名为MERLIN的算法,用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞在器官中的空间定位信息,以揭示疾病机制 | 开发了MERLIN算法,首次能够从单细胞转录组数据中准确预测具有区室化解剖结构器官(如肾脏和大脑)中特定免疫细胞(如巨噬细胞)的空间位置,准确率超过75%,并成功应用于疾病模型分析 | 该算法仅适用于具有明确解剖分区的器官;对于淋巴细胞等移动性较强的细胞,其空间位置无法准确预测;算法性能依赖于训练数据的质量和分区定义 | 开发一种从单细胞RNA测序数据中重建细胞空间位置信息的计算方法,以增强对疾病机制的理解 | 肾脏和大脑中的免疫细胞,特别是驻留巨噬细胞和小胶质细胞 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 改进的多层感知机 | 单细胞转录组数据 | 来自三个肾脏分区的多个独立免疫细胞scRNA-seq数据集(包括小鼠和人类肾脏数据集),以及新月体肾小球肾炎、内毒素诱导和缺血/再灌注诱导的急性肾损伤模型和糖尿病肾病治疗模型的已发表数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-03-02 |
Role of CTGF-LRP1 in impaired healing of cesarean section incisions
2026-Feb-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69747-9
PMID:41764198
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析剖宫产切口愈合不良的微环境,揭示了LRP1缺陷在成纤维细胞中的作用及其对细胞外基质合成的抑制机制 | 首次在剖宫产切口愈合不良(niche)组织中,通过单细胞RNA测序识别出成纤维细胞亚群中LRP1的缺陷,并阐明其通过抑制CTGF激活ERK和WNT信号通路,从而损害细胞功能 | 研究样本量相对有限(共135,793个细胞),且主要基于体外实验和动物模型,临床转化需进一步验证 | 探究剖宫产切口愈合不良(niche)的发病机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 剖宫产切口相邻子宫肌层组织、愈合良好的瘢痕组织以及niche组织中的细胞 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 135,793个单个细胞(来自48,587个相邻组织细胞、47,653个对照组细胞和39,553个niche组织细胞),以及60个组织样本(30个非愈合组 vs 30个愈合组) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-03-02 |
RETN exacerbates sepsis by GBP5/NLRP3 signaling pathway-mediated pyroptosis of macrophage
2026-Feb-28, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-026-00387-1
PMID:41764353
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研究论文 | 本研究揭示了RETN通过GBP5/NLRP3信号通路调控巨噬细胞焦亡,从而加剧脓毒症的机制 | 首次证明RETN/GBP5/NLRP3信号轴在脓毒症中调控巨噬细胞焦亡的作用,为脓毒症治疗提供了新靶点 | 研究主要基于体外实验和动物模型,临床转化需进一步验证 | 探索脓毒症的致病机制并寻找潜在治疗靶点 | 巨噬细胞和脓毒症动物模型 | 生物信息学与分子生物学 | 脓毒症 | 单细胞测序、RNA-Seq、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | 脓毒症患者和动物模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-02 |
Sinusoidal cell-derived biomarker scores predict diagnosis and prognosis in chronic liver disease
2026-Feb-28, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-026-04733-y
PMID:41764477
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研究论文 | 本研究开发了基于肝窦细胞特异性特征的生物标志物评分,用于慢性肝病的诊断和预后预测 | 首次整合肝窦内皮细胞毛细血管化、肝星状细胞活化和巨噬细胞极化的单细胞特征,创建了反映细胞去分化的肝窦评分系统 | 评分系统基于回顾性数据推导,需要前瞻性验证和临床实施 | 开发肝窦细胞特异性生物标志物,用于慢性肝病的诊断和预后评估 | 慢性肝病患者(包括内部队列和三个独立验证队列) | 数字病理学 | 慢性肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 内部队列108例患者,三个独立验证队列总计1008例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-03-02 |
Atherosclerotic Fibrous Plaques in Women Present ECM Remodeling Linked to TGF-β
2026-Feb-27, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.327624
PMID:41641539
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研究论文 | 本研究揭示了女性与男性在晚期动脉粥样硬化纤维斑块中具有不同的临床和分子特征,特别是女性纤维斑块以平滑肌细胞驱动的细胞外基质重塑和TGF-β反应为特征 | 首次系统性地结合组织学、临床特征及多组学数据(蛋白质、bulk RNA、单细胞RNA、DNA甲基化),揭示了性别差异在动脉粥样硬化纤维斑块分子机制中的作用,并利用空间转录组学定位了基因表达模式,实验验证了TGF-β/SMAD3通路在女性偏向性机制中的关键作用 | 研究样本来源于颈动脉内膜切除术患者,可能无法完全代表其他血管床的斑块特性;研究为观察性设计,因果关系需进一步实验验证 | 探究男性和女性在组织学确定的纤维斑块中的分子驱动因素差异,以理解斑块侵蚀的分子机制并为动脉粥样硬化治疗提供潜在靶点 | 人类晚期动脉粥样硬化斑块(来自颈动脉内膜切除术患者) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, DNA甲基化测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | RNA-seq数据, 甲基化数据, 蛋白质数据, 空间转录组数据 | 1889个动脉粥样硬化斑块(1309例男性,580例女性) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-03-02 |
A beneficial environment promotes immune resilience through epigenetic regulation
2026-Feb-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady7317
PMID:41758935
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研究论文 | 本研究探讨了农场粉尘暴露如何通过表观遗传重编程增强免疫韧性,从而减轻过敏性肺部炎症 | 首次揭示了有益环境暴露通过PPARγ信号通路维持的组蛋白去乙酰化酶活性,对单核细胞来源的巨噬细胞进行表观遗传重编程的机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,人类样本验证有限;长期效应和临床转化潜力需进一步研究 | 探究有益环境暴露对免疫系统的影响机制,寻找哮喘预防新策略 | 小鼠过敏性炎症模型、骨髓来源巨噬细胞、人类细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、RNA测序 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq、ATAC-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-03-02 |
Sleep deprivation impairs follicular development attributable to granulosa cell pyroptosis mediated by S100A8/A9-driven macrophage M1 polarization
2026-Feb-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady4767
PMID:41758936
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研究论文 | 本研究揭示了睡眠剥夺通过S100A8/A9驱动的巨噬细胞M1极化介导颗粒细胞焦亡,从而损害卵泡发育的免疫调控机制 | 首次阐明了睡眠剥夺通过S100A8/A9-TLR4/Myd88/NF-κB信号轴诱导巨噬细胞M1极化,进而导致卵巢颗粒细胞焦亡的具体分子通路 | 研究主要在雌性小鼠模型中进行,人类临床相关性有待进一步验证 | 探究睡眠剥夺对卵巢功能损害的免疫调控机制及其对卵泡发育的影响 | 雌性小鼠的卵巢组织、卵泡发育过程及早期胚胎发育潜能 | 生殖生物学与免疫学 | 生殖功能障碍 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 雌性小鼠卵巢组织 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-03-02 |
Excess FGFR3 signaling in achondroplasia disrupts turnover of resting zone chondrocytes via CREB signaling
2026-Feb-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69507-9
PMID:41748604
|
研究论文 | 本文通过生成携带软骨发育不全突变的小鼠模型,揭示了FGFR3信号过度激活通过CREB信号通路破坏生长板软骨细胞更新,导致侏儒症的机制 | 首次发现FGFR3信号过度激活通过CREB信号通路破坏静止区软骨细胞的干细胞样行为和更新,并证明CREB抑制剂能恢复生长板病理和骨长度 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用的转化仍需进一步验证 | 探究软骨发育不全中FGFR3突变导致生长板功能障碍的分子和细胞机制 | 携带p.Gly380Arg突变的Fgfr3敲入小鼠模型中的生长板软骨细胞 | 数字病理学 | 软骨发育不全 | 单细胞RNA-seq, EdU标记, 谱系追踪, 免疫组织化学分析 | NA | RNA-seq数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-02-28 |
Correction: CiCLoDS: Joint cell clustering and gene selection for single-cell spatial transcriptomics
2026-Feb-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-42146-2
PMID:41748707
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2026-03-02 |
Integrating histology and spatial transcriptomics via multimodal transformers and contrastive representation learning for accurate gene expression prediction
2026-Feb-26, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2026.105003
PMID:41763376
|
研究论文 | 本文提出了一种统一的多模态学习框架,通过整合组织学图像和空间转录组学数据,利用多模态Transformer和对比表示学习来准确预测空间基因表达 | 该方法结合了ResNet50卷积主干和MobileViT Transformer架构,通过对比学习目标在共享潜在空间中对齐图像和转录组特征,显著提高了预测准确性 | NA | 开发一种计算工具,用于从组织学图像中高精度预测空间基因表达,以理解组织结构和分子表型 | 人类肝脏组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | CNN, Transformer | 图像, 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium数据集 |
| 19 | 2026-03-02 |
Fatty Acid Binding Protein 4 (FABP4): a Key Player in Neuroinflammation and Neuropathic Pain
2026-Feb-26, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究探讨了脂肪酸结合蛋白4(FABP4)在神经性疼痛中的作用,发现其通过激活NF-κB通路促进巨噬细胞促炎极化,从而驱动神经炎症 | 首次揭示FABP4在神经性疼痛中通过巨噬细胞介导的神经炎症发挥关键作用,并证明其药理抑制可减轻疼痛和炎症 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证,且机制研究主要在体外进行 | 探究FABP4在神经性疼痛发病机制中的角色及其作为治疗靶点的潜力 | 小鼠模型(坐骨神经挤压损伤)和体外巨噬细胞 | 神经科学 | 神经性疼痛 | 单细胞RNA测序,组织学分析 | NA | RNA测序数据,组织图像 | 野生型和FABP4敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-03-02 |
Cx3cr1 depletion ameliorates lipid metabolic dysregulation and pulmonary fibrosis induced by silica
2026-Feb-26, Chemico-biological interactions
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.cbi.2026.111999
PMID:41763510
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研究论文 | 本研究揭示了Cx3cr1基因在二氧化硅诱导的肺纤维化中通过调控巨噬细胞脂质代谢发挥关键作用,其缺失可改善脂质代谢失调并减轻肺纤维化 | 首次将Cx3cr1基因与二氧化硅诱导的肺纤维化中巨噬细胞脂质代谢失调联系起来,并通过多组学分析、单细胞测序和孟德尔随机化等方法系统验证了其机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,尚未在人体中进行验证,且具体下游信号通路有待进一步阐明 | 探究二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制,寻找潜在治疗靶点 | 小鼠肺巨噬细胞、RAW264.7细胞、骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)以及二氧化硅诱导的矽肺小鼠模型 | 生物医学研究 | 矽肺/肺纤维化 | 转录组分析、流式细胞术、单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析、孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 小鼠模型及体外细胞系,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |