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当前共找到 44212 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-10-13
AMD1 regulates cysteine metabolism and ferroptosis sensitivity in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes
2026-Dec-01, Free radical biology & medicine
研究论文 本研究探讨了多胺代谢酶AMD1在类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞中调控半胱氨酸代谢和铁死亡敏感性的作用 首次揭示AMD1通过调控半胱氨酸代谢影响RA-FLS的铁死亡敏感性,并验证了AAV介导的局部AMD1敲低在CIA小鼠模型中的治疗潜力 摘要中未明确提及研究局限性 研究AMD1在RA-FLS中调控半胱氨酸代谢和铁死亡敏感性的作用机制 类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(RA-FLS)、胶原诱导性关节炎(CIA)小鼠模型 机器学习 类风湿关节炎 转录组分析、单细胞RNA-seq、机器学习(LASSO、随机森林、SVM)、AAV介导基因敲低 LASSO、随机森林、SVM 转录组数据、单细胞RNA-seq数据、图像 使用GSE89408转录组数据集、GSE200815和GSE246416单细胞RNA-seq数据集,以及CIA小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq NA NA
2 2026-10-13
FOXC1 drives pulmonary arterial endothelial cell dysfunction and vascular remodeling through transcriptional activation of MACC1
2026-Dec-01, Free radical biology & medicine
研究论文 本研究揭示了转录因子FOXC1通过转录激活MACC1驱动肺动脉内皮细胞功能障碍和血管重塑,从而促进肺动脉高压的发生发展 首次将FOXC1鉴定为特发性肺动脉高压内皮细胞中的核心转录枢纽,并阐明FOXC1/MACC1调控轴在肺动脉高压内皮功能障碍和血管重塑中的关键作用 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,缺乏临床试验数据验证FOXC1抑制剂在肺动脉高压患者中的安全性和有效性 探究转录因子FOXC1在肺动脉高压发生发展中的作用,并评估其作为治疗靶点的潜力 肺动脉高压患者血清样本、缺氧诱导、Sugen5416/缺氧诱导和野百合碱诱导的肺动脉高压动物模型、人肺动脉内皮细胞 机器学习 肺动脉高压 单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀定量PCR NA 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
3 2026-10-13
Spatial Genetic Mapping of Normal Human Prostate Tissue Identifies Epithelial Compartments Enriched for Prostate Cancer Association
2026-Nov, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2
研究论文 利用空间转录组学数据和gsMap框架,将前列腺癌遗传关联信号定位到正常人类前列腺组织的不同空间区域,发现基底上皮和管腔上皮区域富集前列腺癌关联信号 首次将大规模人群遗传关联数据与空间转录组学整合,实现前列腺癌遗传易感性的空间定位,为理解遗传风险在正常前列腺组织中的空间作用提供了概念验证 空间斑点可能包含多种细胞,注释只能解释为区域富集的优势细胞类型而非纯细胞类型身份,研究仅提供概念验证证据 探索遗传性前列腺癌风险在正常前列腺组织中的空间上皮分布情况 正常人类前列腺组织 空间转录组学 前列腺癌 空间转录组学 gsMap, SpaGCN 空间转录组数据、图像 NA NA 空间转录组学 NA NA
4 2026-10-13
Comutation of asxl1 and IDH2R172K enhances leukemogenesis and correlates with epigenetic activation of MAPK and AP-1 in zebrafish
2026-Oct-13, Blood advances IF:7.4Q1
研究论文 该研究通过构建同时携带asxl1突变和IDH2R172K突变的斑马鱼模型,揭示了这两种共突变通过表观遗传-代谢信号环路驱动急性髓系白血病发生的机制 首次在斑马鱼中构建了asxl1与IDH2R172K共突变模型,重现了高风险AML的临床病理和分子特征,揭示了MAPK和AP-1通路的表观遗传激活与ROS升高之间的关联,并发现了该亚型AML对ROS或DNA甲基化靶向治疗的敏感性 研究主要基于斑马鱼模型,与人类AML仍存在种属差异,且未在临床试验中验证所提出的治疗策略 探究asxl1与IDH2共突变驱动急性髓系白血病发生的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点 斑马鱼模型及人类AML基因表达数据 机器学习 白血病 单细胞RNA测序, 甲基化测序 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-10-13
Single-cell and spatial transcriptomics define eosinophil heterogeneity during influenza A virus-induced exacerbation of fungal allergic asthma in C57BL/6 mice
2026-Oct-05, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2
研究论文 该研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学、定量免疫荧光成像和细胞间通讯分析,刻画了甲型流感病毒感染加重真菌过敏性哮喘小鼠肺部嗜酸性粒细胞的异质性 首次在甲型流感病毒感染的过敏性哮喘共病模型中系统揭示嗜酸性粒细胞的三类转录状态及其沿疾病相关连续体的分布,结合空间转录组学确认了疾病特异性细胞邻域及Alox15+肺泡巨噬细胞与嗜酸性粒细胞的反复预测相互作用 研究基于C57BL/6小鼠模型,结论向人类哮喘共病的转化需进一步验证;样本条件限定于naïve、哮喘、流感及哮喘+流感四种状态 探究过敏性炎症如何在甲型流感病毒感染期间塑造嗜酸性粒细胞的转录状态和空间组织 C57BL/6小鼠肺组织,涵盖naïve、哮喘、流感、哮喘+流感四种条件 单细胞组学, 空间转录组学 哮喘, 流感病毒感染, 过敏性哮喘 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 定量免疫荧光成像, 细胞间通讯分析, 拟时序分析 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
6 2026-10-13
Multimodal learning enables chat-based exploration of single-cell data
2026-Oct, Nature biotechnology IF:33.1Q1
研究论文 本文提出了CellWhisperer,一个基于多模态学习和大型语言模型的AI模型与软件工具,可用于通过自然语言聊天交互式探索单细胞基因表达数据 首次建立转录组与文本注释的多模态嵌入,利用对比学习在100万个RNA测序图谱上进行训练,并结合大型语言模型实现基于聊天的单细胞数据交互式探索 摘要中未明确提及研究局限性 实现基于聊天的单细胞RNA测序数据交互式探索,使研究人员能够通过自然语言提问来查询细胞和基因相关信息 单细胞RNA测序图谱及其文本注释,以及人类胚胎发育数据 自然语言处理, 机器学习 NA 单细胞RNA测序, 对比学习 大型语言模型, 多模态嵌入模型 文本, 基因表达数据 100万个RNA测序图谱 NA 单细胞RNA-seq NA NA
7 2026-10-13
Single-cell transcriptomics reveals NDRG1/TGF‑β1 associated vascular smooth muscle cell phenotypic switching in chronic thromboembolic pulmonary hypertension
2026-Oct, Journal of thrombosis and thrombolysis IF:2.3Q2
研究论文 本研究通过整合慢性血栓栓塞性肺动脉高压(CTEPH)患者和正常肺动脉组织的单细胞RNA测序数据,揭示了NDRG1/TGF-β1相关的血管平滑肌细胞表型转换在CTEPH中的作用 首次通过单细胞转录组学揭示NDRG1在CTEPH中与SMC向成纤维细胞样表型转换相关,并通过TGF-β/SMAD通路促进肺血管重塑 未明确提及 探究CTEPH中肺动脉平滑肌细胞表型转换的分子机制 CTEPH患者和正常肺动脉组织 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq,Western blotting,免疫荧光,EdU增殖实验,Transwell/划痕愈合迁移实验 Seurat,DESeq2,Monocle3,hdWGCNA 图像,文本 未明确提及 Illumina 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq Illumina NovaSeq 未明确提及
8 2026-10-13
High Uric Acid Promotes Stem Leydig Cell Senescence by CCDC90B Mediates Mitochondrial Quality Control Imbalance
2026-Oct, Cell proliferation IF:5.9Q2
研究论文 本文揭示了高尿酸通过CCDC90B介导的线粒体质量调控失衡促进干细胞莱迪希细胞衰老的分子机制 首次发现高尿酸条件下干细胞莱迪希细胞在单细胞RNA测序水平上表现出衰老特征,并阐明CCDC90B作为关键调控靶点介导线粒体质量调控失衡的机制 未明确说明研究的具体局限性 探究高尿酸水平影响干细胞莱迪希细胞功能的潜在分子机制 干细胞莱迪希细胞、高尿酸条件下的细胞模型、类器官和转基因小鼠 机器学习 代谢性疾病 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
9 2026-10-13
A meta-interaction basis for cell-cell communication in tissues
2026-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了SpiderNet,一个可解释的表示学习框架,能够从空间转录组数据中发现细胞间元相互作用(MI),并构建细胞间通讯的紧凑基元表示 首次提出细胞间元相互作用(MI)作为分子相互作用与组织表型之间的可重用组织层,SpiderNet能够联合学习发送方调控因子、配体-受体对和接收方靶标,并追踪多细胞信号中继 未明确提及 揭示组织中细胞间通讯是否存在可重复的发送方-接收方程序,并建立一个可解析、比较、追踪和扰动多细胞调控的框架 空间转录组数据中的细胞对,包括卵巢癌细胞、单核细胞、成纤维细胞、肿瘤细胞、T细胞、黑色素瘤细胞等 空间转录组学, 机器学习 卵巢癌, 黑色素瘤, 泛癌 空间转录组学 表示学习框架, 可解释表示学习 空间转录组数据 超过580万个空间 profiling 细胞 NA 空间转录组学 NA NA
10 2026-10-13
Three dimensional reconstruction of the human nucleus accumbens reveals topographic organization and molecular heterogeneity of D1-islands across the anterior posterior axis
2026-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
11 2026-10-13
HPRT1 drives mitochondrial metabolic reprogramming and immunosuppressive microenvironment in oral squamous cell carcinoma
2026-Sep-25, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 该研究整合多组学分析、机器学习和实验验证,揭示了口腔鳞状细胞癌中线粒体能量代谢景观,并鉴定HPRT1为关键调控因子 首次构建了六基因线粒体代谢预后特征(CTSG、HPRT1、SLC20A1、TRIB3、MTFP1和ADA),并发现HPRT1通过驱动线粒体代谢重编程和免疫抑制微环境促进口腔鳞状细胞癌进展,同时鉴定出曲克芦丁作为潜在HPRT1结合化合物 摘要中未明确提及研究局限性 阐明口腔鳞状细胞癌中线粒体能量代谢景观,并识别其基因水平决定因素 口腔鳞状细胞癌患者组织样本、细胞系及异种移植模型 机器学习 口腔鳞状细胞癌 多组学分析、单细胞转录组学、多重免疫荧光、结构基础虚拟筛选、分子动力学模拟 Cox回归、CoxBoost、随机生存森林 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
12 2026-10-13
GLG1 in cancer-associated fibroblasts promotes bladder cancer growth while limiting tumor apoptosis
2026-Sep-23, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 该研究通过整合单细胞RNA测序、孟德尔随机化及功能实验,鉴定出癌症相关成纤维细胞(CAF)中富集的GLG1基因,并揭示其通过TGF-β1/Smad2/3信号通路促进膀胱癌生长并抑制肿瘤凋亡的机制 首次整合单细胞RNA测序与孟德尔随机化及贝叶斯共定位分析,从CAF富集基因中筛选并验证GLG1作为膀胱癌基质驱动因子;揭示了肿瘤来源TGF-β1/Smad2/3信号诱导成纤维细胞GLG1上调,进而通过肿瘤-基质串扰促进膀胱癌进展的新机制 研究主要基于体外细胞实验和异种移植模型,缺乏临床队列的预后验证及GLG1靶向治疗的体内药效学评估;单细胞测序样本量有限(9例),GLG1作为生物标志物的临床转化价值仍需进一步验证 鉴定具有转化相关性的CAF富集基因,并确定GLG1是否介导膀胱癌中的肿瘤-基质串扰 膀胱癌组织样本、CAF细胞、EJ-1膀胱癌细胞系、异种移植小鼠模型 数字病理学 膀胱癌 单细胞RNA测序、孟德尔随机化、贝叶斯共定位、免疫组化染色、条件培养基实验、基因敲低/过表达、TGF-β1/Smad2/3评估、异种移植建模 NA 图像、文本 9例膀胱癌样本(保留60,561个细胞)、960个成纤维细胞富集基因、22个孟德尔随机化显著基因、临床标本免疫染色样本、体外细胞实验及异种移植模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
13 2026-10-13
Apoptosis inhibition reprograms alveolar myofibroblasts toward ductal myofibroblasts
2026-Sep-22, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 该研究通过构建可诱导的BCL2过表达小鼠等位基因来抑制肺泡肌成纤维细胞凋亡,结合谱系追踪和单细胞RNA测序,发现被BCL2挽救的肺泡肌成纤维细胞持续存在于远端肺泡管和肺泡周围,并成熟为导管肌成纤维细胞 首次通过可诱导的BCL2过表达小鼠等位基因提供了肺泡肌成纤维细胞通过凋亡清除的决定性证据,并揭示了肺泡肌成纤维细胞向导管肌成纤维细胞的命运可塑性 研究基于小鼠模型,结论是否适用于人类肺部发育和疾病尚需进一步验证 探究肺泡肌成纤维细胞清除的机制及其命运可塑性,以及肺部间充质细胞在病理条件下的转归 小鼠肺组织中的肺泡肌成纤维细胞、导管肌成纤维细胞和气道平滑肌细胞 单细胞转录组学、发育生物学 哮喘 单细胞RNA测序、谱系追踪、可诱导基因过表达 小鼠模型(BCL2过表达、屋尘螨诱导哮喘模型) 单细胞转录组数据、图像数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
14 2026-10-13
Spatial Transcriptomics Identifies Muscle Inflammation Susceptibility as a Distinct Periarticular Skeletal Muscle Phenotype in End-Stage Knee Osteoarthritis
2026-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究利用空间转录组学技术,对接受全膝关节置换术的终末期膝骨关节炎患者手术侧与对侧肢体配对骨骼肌活检样本进行分析,揭示肌肉炎症易感性的局部转录特征 首次对终末期膝骨关节炎的关节周围骨骼肌进行空间转录组学分析,鉴定出肌肉炎症易感性为病变肌肉中一种独特的局部转录表型,并揭示了去神经支配和再生相关基因的协调转录程序 样本量相对有限(11对手术侧-对侧配对,共22个肌肉组织学横截面),且仅针对终末期膝骨关节炎患者,未涵盖疾病早期阶段或其他关节疾病 定义关节周围骨骼肌的细胞结构,并确定肌肉炎症易感性如何塑造局部转录程序 接受全膝关节置换术的终末期膝骨关节炎患者的手术侧和对侧肢体配对骨骼肌活检组织 空间转录组学 膝骨关节炎 空间转录组学 NA 空间转录组数据、组织学图像 27,087个空间转录组spot,来自22个肌肉组织学横截面(11对手术侧-对侧配对) NA 空间转录组学 NA NA
15 2026-10-13
Regulatory network model reveals noise-gated toggle switch that integrates signals additively in neuron-glia proportion control
2026-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序分析神经祖细胞在多种信号组合下的分化情况,揭示了一种由噪声门控的拨动开关调控神经元-胶质细胞比例的控制机制 首次提出噪声门控拨动开关作为细胞类型组成调控的电路层面机制,发现组合信号输入以对数线性模型调控神经元-胶质细胞群体比例,并预测了一种同时表达两种命运谱系决定因子的早期双潜能状态 研究主要基于单细胞RNA测序数据和计算模型预测,实验验证范围有限,尚未在更多体内发育情境或更广泛细胞类型中验证该模型的普适性 揭示组合信号如何通过调控网络控制神经祖细胞向神经元和胶质细胞分化的群体比例,建立细胞命运概率的定量调控模型 神经祖细胞(NPCs)及小鼠胚胎视觉皮层发育过程中的神经元-胶质细胞群体 机器学习 NA 单细胞RNA测序 D-SPIN调控网络模型、拨动开关电路模型、对数线性模型 基因表达数据(单细胞转录组) 40种信号组合条件下的神经祖细胞单细胞RNA测序样本,以及小鼠胚胎视觉皮层发育数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
16 2026-10-13
PlantCCC prioritizes context-specific candidate ligand-receptor communication patterns in plant spatial transcriptomics
2026-Sep-07, Plant molecular biology IF:3.9Q1
研究论文 开发了PlantCCC,一个空间感知图学习框架,用于在植物空间转录组学中优先排序上下文特异的候选配体-受体通讯模式 首次针对植物组织特性(细胞壁、胞间连丝、局部组织结构)设计空间感知图学习框架,结合残差空间表达增强、有向异质候选图、表达门控空间加权、空间感知多头图注意力和自监督对比学习来优先排序候选配体-受体边 未明确提及 在植物空间转录组学中优先排序上下文特异的候选细胞间通讯模式 杨树茎和拟南芥组织 空间转录组学 NA 空间转录组学 图注意力网络 空间基因表达图像 半合成基准数据集、杨树茎、拟南芥Visium HD样本(具体数量未说明) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium HD 10x Visium HD
17 2026-10-13
Single-cell RNA-seq reveals increased TNFRSF9+ senescent fibroblasts and enhanced crosstalk between TNFRSF9+ fibroblasts and neural cells in keloids
2026-09, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1
研究论文 该研究利用单细胞RNA测序技术揭示了瘢痕疙瘩中成纤维细胞的异质性,发现TNFRSF9+衰老成纤维细胞增多及其与神经细胞的增强互作 首次鉴定出TNFRSF9+衰老成纤维细胞亚群,并揭示其作为成纤维细胞分化成熟阶段与神经细胞的增强互作在瘢痕疙瘩形成中的关键作用 摘要中未明确提及研究局限性 探究瘢痕疙瘩中成纤维细胞异质性及其在瘢痕疙瘩形成中的潜在机制 瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞亚群及神经细胞 数字病理学 瘢痕疙瘩 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
18 2026-10-13
scGFormer: A Multi-Scale Graph-Transformer for Cell Type Annotation in Single-Cell RNA Sequencing
2026 Sep-Oct, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出了一种名为scGFormer的多尺度图-Transformer统一框架,用于单细胞RNA测序中的细胞类型注释,通过整合全局注意力、局部图注意力和基因重加权模块,并结合生物学引导的自适应对比学习策略,提升了注释的鲁棒性和泛化能力。 提出了scGFormer框架,创新性地整合了Performer-based全局注意力(PGA)捕获长程依赖、基于图的局部注意力(GLA)建模邻域结构、以及Squeeze-and-Excitation基因重加权模块(GeneSE)增强基因级表示;同时引入生物学引导的自适应对比学习策略,专门应对零膨胀、类别不平衡问题并在训练中动态优化图结构。 摘要中未明确提及该研究的局限性。 解决单细胞RNA测序中细胞类型注释面临的稀疏异质表达谱、基因级建模不足、零膨胀和类别不平衡等挑战,提供跨数据集和跨物种的鲁棒单细胞注释方案。 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) Transformer, 图神经网络(GNN), Performer 文本(基因表达矩阵) 多个公共数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
19 2026-10-13
scCGC2T: Curriculum-Guided Contrastive Co-Training Framework for scRNA-Seq Data Clustering
2026 Sep-Oct, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出了一种课程引导的对比协同训练框架(scCGC2T),用于单细胞RNA测序数据聚类,通过双分支架构和渐进式课程学习策略动态过滤伪标签,减少错误累积并提升聚类性能 设计了双分支架构进行跨视角对比协同训练,增强了scRNA-seq数据的表示能力;引入了渐进式课程学习策略动态过滤伪标签,高置信度样本先用于初始训练,再基于动态阈值引导,逐步纳入低置信度样本,有效缓解噪声干扰和早期训练阶段的错误累积 摘要中未明确提及 解决现有scRNA-seq数据聚类方法因静态阈值产生错误伪标签导致训练中错误逐渐累积的问题,提升聚类性能和泛化能力 单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 对比协同训练框架 基因表达数据 NA NA NA NA NA
20 2026-10-13
Boundary-Aware Clustering of Spatial Transcriptomics Data via Fourier Feature Mapping and Dynamic Self-Supervision
2026 Sep-Oct, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 本文提出FPS-MGCN,一种结合傅里叶特征映射与动态伪标签自监督的多视图图卷积网络,用于空间转录组数据的边界感知聚类 引入傅里叶正弦-余弦特征映射显式构建高频特征通道以增强对组织边界等高频空间梯度的敏感性,并设计动态伪标签自监督策略提供渐进语义约束 摘要未明确提及研究局限性 精准识别空间转录组数据中的细粒度空间域,解决空间异质性导致的边界模糊问题 空间转录组数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 多视图图卷积网络、注意力机制 基因表达数据、空间邻接信息 NA NA 空间转录组学 NA NA
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