单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-08-02
Multi-omics profiling identifies ACP2 as a lysosome-associated biomarker linked to immune dynamics and clinical outcomes in glioma
2026-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 通过多组学分析,该研究鉴定了ACP2作为胶质瘤中与溶酶体相关的生物标志物,其与免疫动态和临床结果相关 首次系统性地研究了ACP2在胶质瘤中的作用,并利用多组学整合分析揭示了其作为溶酶体相关生物标志物在免疫动态和临床预后中的重要性 研究主要基于公开数据集和计算分析,缺乏实验验证,且样本量和临床异质性可能影响结果的普适性 探讨ACP2在胶质瘤中的转录、临床、功能和细胞相关性,评估其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 胶质瘤患者样本及相关细胞群体,包括恶性胶质瘤细胞和髓系细胞 数字病理学 胶质瘤 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 分子对接 机器学习模型 转录组数据, 单细胞测序数据, 药物基因组学数据 多个独立队列,包括TCGA和CGGA数据集,具体样本数量未在摘要中提及 NA 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq NA NA
2 2026-08-02
Identification and verification of immunogenic cell death-related signatures derived from bone metastasis of prostate cancer based on multi-omics and machine learning algorithms
2026-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 本研究通过整合多组学数据和机器学习算法,构建并验证了基于免疫原性细胞死亡相关基因的前列腺癌骨转移预后模型(ICDCS),并评估其预测免疫治疗反应的能力。 首次将免疫原性细胞死亡(ICD)相关基因与前列腺癌骨转移预后结合,并利用98种机器学习算法组合筛选最优模型,同时整合单细胞转录组和批量转录组数据,提高了模型的准确性和可靠性。 研究主要基于公开数据集和体外实验验证,缺乏体内实验和前瞻性临床验证;且样本量有限,可能影响模型的泛化能力。 阐明ICD在前列腺癌骨转移中的预后意义,并开发ICD相关特征(ICDCS)模型,以改善风险分层和治疗决策。 前列腺癌(特别是骨转移)患者的相关基因表达数据及临床信息。 机器学习 前列腺癌 多组学整合(包括单细胞转录组学、批量转录组学)、机器学习算法 弹性网络(Enet,α=0.3) 基因表达数据(单细胞和批量转录组数据) 训练队列和两个独立验证集,具体样本量未在摘要中提及。 未在摘要中明确提及,可能涉及Illumina等常见测序平台。 单细胞RNA测序和批量RNA测序 未明确提及具体产品,可能包括10x Genomics Chromium(单细胞)和Illumina测序平台(批量)。 未明确提及具体配置细节。
3 2026-08-02
The inflammatory-antigen presenting macrophage polarization defect contributes to sepsis-induced cardiomyopathy by downregulating the TGF-β pathway
2026-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 通过分析小鼠scRNA-seq和bulk RNA-seq数据,鉴定出在脓毒症诱导的心肌病中发挥关键促炎作用的SkilMac2巨噬细胞亚群,其极化缺陷通过下调TGF-β通路导致心肌损伤 首次鉴定出M1型SkilMac2巨噬细胞亚群在脓毒症诱导心肌病中的促炎作用,并揭示其通过下调TGF-β信号通路导致极化缺陷的新机制 研究主要基于公开数据集和生物信息学分析,缺乏实验验证;且样本量有限,需进一步功能实验证实 阐明脓毒症诱导心肌病的发病机制,特别是巨噬细胞亚群在其中的作用 小鼠巨噬细胞亚群(SkilMac2) 生物信息学 脓毒症诱导心肌病 scRNA-seq, bulk RNA-seq, 伪时间轨迹分析, 细胞通讯分析 NA 基因表达数据 小鼠scRNA-seq数据集GSE190856和三个bulk RNA-seq数据集(GSE267388, GSE171546, GSE229925) NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
4 2026-08-02
Comprehensive analysis of monocyte palmitoylation-related genes IFITM3 and CCL3-CCR5 axis in crohn's disease progression: Insights from mendelian randomization, multi-omics integration, machine learning, and SHAP methodology
2026-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 本研究综合运用孟德尔随机化、多组学整合、机器学习和SHAP方法,全面分析单核细胞棕榈酰化相关基因IFITM3和CCL3-CCR5轴在克罗恩病进展中的作用,并构建诊断模型。 首次结合孟德尔随机化、多组学、机器学习和SHAP分析,系统探讨IFITM3和CCL3-CCR5轴在克罗恩病中的因果作用,并验证了包含7个核心基因的随机森林模型在多个外部队列中的高预测性能。 研究依赖计算推断,缺乏实验和前瞻性验证,需后续功能实验和临床验证以确认IFITM3和CCL3-CCR5轴的生物学作用和临床适用性。 探索IFITM3及相关蛋白在克罗恩病中的因果作用,识别潜在诊断标志物和治疗靶点。 克罗恩病患者和健康对照的基因表达、蛋白质定量和单细胞转录组数据。 机器学习 克罗恩病 孟德尔随机化、多组学整合、单细胞转录组、机器学习 随机森林 基因表达数据、蛋白质定量数据、单细胞转录组数据 训练队列和三个外部验证队列(GSE75214, GSE16879, GSE24287) NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-08-02
A systematic review of algorithmic challenges in noise modelling for multimodal single-cell
2026-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
系统综述 本文系统评估了多模态单细胞数据中技术噪声建模的算法方法,涵盖RNA-ATAC、RNA-蛋白和空间转录组整合,共纳入24篇相关文章 首次系统综述多模态单细胞技术噪声建模策略,未见于先前综述,并基于PRISMA 2020指南进行严格筛选 算法性能改进可能未充分反映在生物真实条件下的表现,如罕见细胞群和组成性批次效应 评估显式建模或减轻多模态单细胞数据中技术噪声的算法方法 2018至2026年间发表的24篇关于多模态单细胞数据集(RNA-ATAC、RNA-蛋白质和空间转录组)的算法文章 机器学习 NA 多模态单细胞测序 概率生成模型、变分自编码器、混合深度学习架构(结合变分推断与注意力或Transformer组件) 多模态单细胞数据(RNA-ATAC、RNA-蛋白质和空间转录组) 24篇文章 NA 单细胞多组学、空间转录组学 NA NA
6 2026-08-02
A SUZ12-marked epithelial dedifferentiation state with immune co-expression in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 本研究通过多组学整合分析揭示了胰腺导管腺癌中SUZ12标记的上皮去分化状态及其与免疫共表达的关系 首次系统性地将SUZ12与胰腺癌免疫表型联系起来,通过整合bulk转录组、单细胞、空间转录组等多层次数据发现SUZ12高表达上皮细胞的去分化特征和PRC2-MHC-I共表达现象 孟德尔随机化分析因工具变量不足而功效低下,共定位分析证据有限,缺乏直接的机制验证 探究PRC2核心亚基SUZ12在胰腺导管腺癌免疫表型中的作用 胰腺导管腺癌组织样本、上皮细胞、小鼠空间转录组样本 数字病理学 胰腺癌 bulk转录组、单细胞RNA测序、空间转录组、孟德尔随机化、共定位分析、CRISPR依赖性分析、组织微阵列免疫荧光、siRNA敲低 分类器(三基因) 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 137,976个细胞(单细胞),5980个点(空间转录组),三个队列的bulk转录组数据 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组 NA NA
7 2026-08-02
Integrative transcriptomics, machine learning, and molecular docking derive a DAM-like macrophage signature for risk stratification and therapeutic nomination in glioblastoma
2026-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 通过整合转录组学、机器学习和分子对接,该研究在胶质母细胞瘤中鉴定出DAM样巨噬细胞特征,用于风险分层和候选治疗药物提名 创新性地结合单细胞RNA测序与批量转录组学、机器学习特征选择和分子对接,识别出与治疗耐药相关的DAM样巨噬细胞亚群及其核心基质重塑特征,并通过药效基因组学分析提名了潜在治疗药物 该研究为纯计算分析,所有发现需通过进一步的实验验证;可能受限于数据集的异质性和模型泛化能力 在胶质母细胞瘤中鉴定DAM样巨噬细胞亚群及其相关预后和治疗靶点特征,构建预测模型并提名候选药物 胶质母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞亚群,特别是DAM样巨噬细胞,以及其基因表达特征 基因组学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序, 批量转录组学, 机器学习, 分子对接 LASSO回归, 列线图模型 基因表达数据(转录组), 临床数据 多个公开数据集(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
8 2026-08-02
Unveiling the identification of the genetic features and biological characteristics shared between cervical cancer and venous thromboembolism
2026-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 本研究旨在探索宫颈癌与静脉血栓栓塞共病的遗传特征和调控网络 首次识别出RSRC1和EEF1B2两个共享枢纽基因,并构建了预测列线图模型,结合单细胞RNA测序和药物敏感性分析提供新见解 未在摘要中明确说明局限性 探索宫颈癌和静脉血栓栓塞共有的分子特征和调控机制 宫颈癌和静脉血栓栓塞患者 生物信息学 宫颈癌, 静脉血栓栓塞 蛋白质-蛋白质相互作用, 单细胞RNA测序, 免疫浸润分析, 药物敏感性预测 Lasso, XGB, GLM, RF 基因表达数据 未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
9 2026-08-02
AGTformer: Synergistic global transformer and adaptive graph gating for Accurate scRNA-seq clustering
2026-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 提出AGTformer,一种结合自适应图门控与全局Transformer的无监督scRNA-seq聚类框架,以提升细胞亚群识别的准确性 首次将自适应边重加权与全局潜在空间建模相结合,通过自适应邻接门控动态调整细胞图边缘权重,并集成全局Transformer模块捕捉局部图传播之外的长程细胞依赖 实验仅在十个公共数据集上验证,可能未覆盖所有数据类型或大规模样本场景 开发一种无监督聚类方法,以准确识别单细胞转录组数据中的细胞亚群,克服高维性、稀疏性和缺失效应带来的挑战 单细胞RNA测序数据中的细胞群体及其亚群结构 机器学习 NA 单细胞RNA测序 Transformer 文本数据(基因表达矩阵) 十个公共scRNA-seq数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
10 2026-08-02
Integrative single-cell and machine learning analysis identifies a tumor doubling time-related prognostic signature and therapeutic targets in head and neck squamous cell carcinoma
2026-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 该研究整合单细胞和机器学习分析,识别出头颈部鳞状细胞癌中与肿瘤倍增时间相关的预后标志物和治疗靶点 首次将肿瘤倍增时间相关基因与单细胞RNA测序及117种机器学习算法组合相结合,开发出七基因预后模型,并验证其性能优于73个已发表的预后模型,同时预测了潜在治疗药物 需要进一步的外部验证和临床实验确认基因标志物的功能及药物疗效 揭示头颈部鳞状细胞癌中肿瘤倍增时间相关的分子特征,建立预后模型并探索治疗靶点 头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本及相关单细胞和转录组数据 机器学习、数字病理学 头颈部鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 机器学习算法(如CNN等),具体包括117种算法组合,但未提及具体模型名称 单细胞RNA测序数据、批量转录组数据 基于GSE164690(单细胞),TCGA-HNSC、GSE41613、GSE65858、ICGC等队列(数量未明确) NA 单细胞RNA测序 NA NA
11 2026-08-02
Single-cell and spatial transcriptomics reveal SUV39H1 as a master epigenetic driver of immunosuppressive niche and stemness in bladder cancer
2026-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序和空间转录组学,结合多组学和机器学习,系统解析膀胱癌的细胞和空间结构,并揭示SUV39H1作为驱动免疫抑制微环境和肿瘤干性的关键表观遗传调控因子。 首次在膀胱癌中通过单细胞和空间转录组学联合分析,发现SUV39H1作为主表观遗传驱动因子,与肿瘤干性、免疫抑制微环境及空间组织化进展相关。 未提供明确的局限性信息。 揭示膀胱癌的细胞和空间异质性,识别关键调控驱动因子,并探索其作为治疗靶点的潜力。 膀胱癌患者的肿瘤组织和细胞系。 数字病理学 膀胱癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学分析 机器学习 单细胞转录组数据、空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
12 2026-08-02
Centrosome-related gene SPHK1 drives bladder cancer progression and therapeutic vulnerability
2026-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究探讨了中心体相关基因SPHK1在膀胱癌进展中的作用,并构建了基于中心体相关基因的预后模型。 首次构建了包含12个预后基因的中心体相关特征评分(CRSS),并结合机器学习与孟德尔随机化识别出关键基因SPHK1,通过单细胞RNA测序和功能实验揭示了其在膀胱癌中的致癌作用。 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内模型验证;SPHK1的具体分子机制尚未完全阐明。 评估中心体相关基因在膀胱癌中的预后价值,并鉴定关键基因SPHK1的生物学功能。 膀胱癌患者样本、膀胱癌细胞系。 自然语言处理 膀胱癌 RNA测序、单细胞RNA测序 机器学习模型 基因表达数据、单细胞测序数据、临床数据 TCGA和GSE13507队列中的膀胱癌患者样本,以及膀胱癌细胞系。 NA 单细胞RNA测序 NA NA
13 2026-08-02
Efficacious suppression of primary and metastasized liver tumors by polyIC-loaded lipid nanoparticles
2026-Aug-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究开发了负载polyIC的脂质纳米颗粒(polyIC-LNPs),用于肝脏靶向递送,发现其单药治疗即可有效抑制原发性和转移性肝癌,无需联合免疫检查点抑制剂。 意外发现polyIC-LNPs可作为肝癌单药治疗,通过诱导I型干扰素信号和重塑肝脏免疫微环境,增强CD8+ T细胞浸润和激活,无需依赖免疫检查点抑制剂。 研究主要基于小鼠模型,需要进一步验证在人类肝癌中的安全性和有效性。 开发一种肝脏靶向策略以降低polyIC的全身毒性,并评估其对肝癌的治疗效果。 多种小鼠肝癌模型,包括原发性和转移性肿瘤。 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序、流式细胞术 NA 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 多种小鼠肝癌模型(具体数量未提供) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
14 2026-08-02
Epigenetic repression of hepatocyte FoxO1 disrupts local immune homeostasis and promotes liver inflammation
2026-Aug-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究揭示了肝细胞FoxO1通过表观遗传抑制维持肝脏免疫稳态并影响炎症的机制 首次发现肝细胞FoxO1通过促进视黄酸合成诱导CD1d表达,进而调控NKT细胞凋亡,维持肝脏免疫稳态;并揭示JMJD1C减少导致Foxo1启动子H3K9二甲基化,抑制其转录的新机制 研究主要基于小鼠模型和人类样本,需要进一步验证其在其他肝脏疾病中的普遍性和临床转化潜力 阐明肝细胞FoxO1在肝脏免疫稳态和炎症中的作用及机制 人类炎症性肝病样本、肝细胞特异性Foxo1敲除小鼠、酒精性肝炎和肝血吸虫病小鼠模型 数字病理学 肝脏炎症性疾病 RNA-seq、单细胞RNA测序、CUT&Tag NA 基因表达数据、单细胞转录组数据、表观基因组数据 人类肝组织样本(具体数量未提及);小鼠模型(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序、RNA-seq、CUT&Tag NA NA
15 2026-08-02
CXCR6 defines a distinct resident state in γδ T cells for protecting from liver cirrhosis
2026-Aug-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了CD69+CXCR6+ γδ T细胞在健康肝脏中富集,在肝硬化组织中显著减少,并通过FasL-Fas信号诱导肝星状细胞凋亡限制纤维化进展 首次定义了CXCR6+ γδ T细胞作为肝脏驻留的保护性免疫亚群,并阐明其通过FasL-Fas信号诱导肝星状细胞凋亡的机制 未提及,可能缺乏对人类样本的干预性验证以及更深入的机制探索 探究组织驻留记忆T细胞(特别是γδ T细胞)在肝纤维化和肝硬化中的作用及机制 健康与肝硬化人类肝脏组织,小鼠纤维化模型中的γδ T细胞 免疫学 肝硬化 单细胞RNA测序,流式细胞术 小鼠纤维化模型 单细胞转录组数据,流式细胞术数据 未明确提及具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
16 2026-08-02
Tumor-infiltrating natural killer cell profiling for therapeutic stratification in patients with resectable non-small cell lung cancer
2026-Aug, The Journal of thoracic and cardiovascular surgery IF:4.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序,分析非小细胞肺癌患者肿瘤浸润自然杀伤细胞的亚型,并探讨其与吸烟状态及新辅助化学免疫治疗疗效的关系 首次识别出与吸烟和慢性阻塞性肺疾病严重程度相关的两种自然杀伤细胞亚型,即应激反应性和适应免疫调节性自然杀伤细胞,并揭示它们对手术或新辅助化学免疫治疗的不同预测价值,为治疗分层提供新依据 研究样本量有限,且主要基于回顾性数据分析,需要前瞻性验证;单细胞测序和批量测序的样本来源不同,可能引入异质性影响结论的可靠性 识别吸烟相关的免疫细胞决定因素,以指导可切除非小细胞肺癌的治疗策略,优化治疗效益与风险平衡 非小细胞肺癌患者,包括吸烟者和非吸烟者,以及接受新辅助化学免疫治疗的患者 数字病理学 非小细胞肺癌 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA 基因表达数据 61个肺组织(单细胞RNA测序)、19个浸润性肺腺癌(验证)、102个切除的非小细胞肺癌和24个接受新辅助治疗的患者(批量RNA测序) NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
17 2026-08-02
Distinct fibrosis-associated macrophage subsets coordinate iron metabolism in pulmonary fibrosis
2026-Aug-01, International immunology IF:4.8Q2
research paper 通过单细胞RNA测序分析间质性肺病患者的支气管肺泡灌洗液,鉴定了与纤维化相关的巨噬细胞亚群及其在铁代谢和肌成纤维细胞转化中的作用 首次将纤维化相关巨噬细胞分为SLC40A1⁺和HAMP⁺两个亚群,并揭示其通过铁代谢协调促进肺纤维化进展的机制 研究样本仅限于支气管肺泡灌洗液,可能未完全反映肺组织内的细胞异质性 阐明肺纤维化中巨噬细胞亚群与铁代谢的关系及其对肌成纤维细胞转化的影响 间质性肺病患者的支气管肺泡灌洗液细胞,特别是SPP1⁺和APOE⁺巨噬细胞 machine learning pulmonary fibrosis single-cell RNA sequencing NA single-cell transcriptomic data 间质性肺病患者的支气管肺泡灌洗液样本 10x Genomics single-cell RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
18 2026-08-02
Integrated multi-omics and single-cell analyses identify metabolic heterogeneity and therapeutic vulnerabilities in medullary thyroid cancer
2026-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1
研究论文 通过整合多组学和单细胞分析,揭示了甲状腺髓样癌的代谢异质性,并确定了潜在的治疗靶点 首次对甲状腺髓样癌进行代谢亚型分类,并开发了基于代谢物的预后模型 未提及具体限制 识别甲状腺髓样癌的代谢异质性及其治疗脆弱性,以改善预后管理 甲状腺髓样癌组织样本 多组学分析 甲状腺髓样癌 RNA测序, 非靶向代谢组学, 免疫组化, 多重免疫荧光, 单细胞RNA测序 聚类分析, 深度学习 转录组数据, 代谢组数据, 图像数据, 单细胞数据 101个样本用于RNA测序,51对用于代谢组学,47例用于免疫组化,12例用于多重免疫荧光,7例用于单细胞数据 NA RNA-seq, 代谢组学, 单细胞RNA-seq NA NA
19 2026-08-02
Multiomics Profiling Identifies Blood-Based Diagnostic Markers for Sepsis
2026-Aug, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1
研究论文 通过整合大规模转录组测序和机器学习算法,鉴定出脓毒症的新型血液诊断标志物组合(TLR5、HMGB2和C19orf59),并进行了多层次的验证 首次提出并验证了三基因组合(TLR5、HMGB2和C19orf59)作为脓毒症诊断和严重程度分层的新型分子标志物,通过单细胞测序精确定位到髓系免疫室,并利用时间匹配的假手术对照动物模型排除了手术或环境压力的干扰 需要进一步前瞻性临床研究来验证这些标志物在不同人群和临床环境中的诊断效能 识别脓毒症早期诊断和风险分层的稳定血液生物标志物 脓毒症患者、小鼠模型以及脂多糖刺激的细胞模型 机器学习 脓毒症 转录组测序,单细胞RNA测序 机器学习算法 基因表达数据,临床血清样本数据 包含脓毒症患者、小鼠模型和细胞模型,具体样本量未提供 NA bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
20 2026-08-02
Multiple evolutionary routes to immune diversification across animals
2026-Aug-01, International immunology IF:4.8Q2
综述 本文从比较视角审视动物界的适应性免疫,探讨其分子多样化、免疫细胞分化及增殖动力学的设计原则,并指出适应性免疫并非脊椎动物所独有,而是多种进化策略中的一种解决方案。 通过跨物种比较,揭示脊椎动物适应性免疫系统与无脊椎动物免疫多样化机制之间的共同设计原则,并利用单细胞转录组学提供无脊椎动物免疫细胞多样化的新见解。 对无脊椎动物免疫细胞多样化的理解仍不完全,部分机制尚未明确。 从进化角度阐明适应性免疫的设计约束,理解其在不同动物谱系中的起源和演化。 涵盖脊椎动物(有颌类和无颌类)及无脊椎动物的适应性免疫系统。 免疫学 NA 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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