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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-08-22
Cell-dependent contributions of thrombospondin-1 to the rupture of abdominal aortic aneurysm in mice
2026-02-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本研究探讨了不同细胞类型中血小板反应蛋白1(TSP1)缺失对小鼠腹主动脉瘤破裂的影响,发现髓系细胞来源的TSP1在抑制动脉瘤破裂中起关键作用 首次通过细胞类型特异性敲除小鼠模型,揭示了髓系细胞来源的TSP1在抑制腹主动脉瘤破裂中的关键作用,而内皮细胞或平滑肌细胞来源的TSP1无显著影响 研究主要基于小鼠模型,且未深入探讨TSP1下游的具体分子机制 探究不同细胞类型中TSP1缺失对腹主动脉瘤破裂的影响及其机制 腹主动脉瘤小鼠模型中的TSP1表达细胞(巨噬细胞、内皮细胞、平滑肌细胞)及条件性敲除小鼠 数字病理学 腹主动脉瘤 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、组织学分析 条件性基因敲除小鼠模型 单细胞RNA测序数据、组织学图像 多种基因型小鼠模型,包括全球性Thbs1缺陷小鼠、细胞类型特异性Thbs1缺陷小鼠(内皮、平滑肌、髓系)及对照,具体样本量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2 2026-08-22
Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis Reveals Shared and Cancer-Type-Specific Cellular Interactions and Chemokine Signaling Associated With Tertiary Lymphoid Structures in Colorectal and Gastric Cancers
2026-02, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2
研究论文 本研究整合单细胞和空间转录组学数据,揭示了结直肠癌和胃癌中三级淋巴结构的空间分布、细胞互作网络及趋化因子信号,发现癌症类型特异的免疫招募机制 首次在单细胞分辨率下系统分析结直肠癌和胃癌中三级淋巴结构的细胞组成和空间分布,揭示了癌症类型特异的细胞互作网络及趋化因子配体-受体对(如CXCL16-CXCR6和CXCL10-CXCR3)介导的免疫招募机制 研究基于公开数据集的整合分析,缺乏功能实验验证;样本量有限,可能未覆盖全部TLS异质性;部分细胞群的相互作用仍需进一步验证 阐明三级淋巴结构在结直肠癌和胃癌中的调节机制,特别是细胞互作和趋化因子信号的空间组织 结直肠癌和胃癌肿瘤微环境中的三级淋巴结构区域及其细胞亚群(如效应CD8 T细胞、耗竭CD8 T细胞、巨噬细胞亚群等) 数字病理学 结直肠癌, 胃癌 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据 整合多个公开数据集,具体样本数量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
3 2026-08-22
Single-cell transcriptome defines cell-type repertoire of adult Daphnia magna
2026-01-07, Genetics IF:3.3Q2
研究论文 通过单细胞转录组测序定义了成年水蚤(Daphnia magna)的细胞类型组成,并进行了功能注释和跨物种比较。 首次对水蚤进行单细胞转录组分析,识别出超过25种细胞类型,并推测存在非循环的血细胞亚群。 部分细胞类型仅部分注释,且未对预测的非循环血细胞进行实验验证。 建立水蚤的单细胞转录组图谱,作为生态生理学、毒理学和进化基因组学研究的基线资源。 成年雌性和雄性水蚤(Daphnia magna)个体。 单细胞转录组学 不适用 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 不适用 基因表达数据 2个scRNA-seq实验,包含成年雌性和雄性水蚤个体 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
4 2026-08-22
Secretory IgA dysfunction underlies poor prognosis in Fusobacterium-infected colorectal cancer
2025-12, Gut microbes IF:12.2Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析,探究具核梭杆菌(Fn)感染对结直肠癌(CRC)微环境中IgA浆细胞发育和分泌型IgA(sIgA)产生的破坏作用及其对预后的影响 首次揭示了Fn通过破坏与肿瘤相关巨噬细胞的通讯来损害IgA浆细胞发育和sIgA产生,并定义了一个失调的IgA成熟(IGAM)模块,可用于分层Fn阳性患者 未明确提及 阐明Fn影响结直肠癌肿瘤微环境及预后的机制,特别是对sIgA产生的影响 42例结直肠癌患者组织样本,以及无菌小鼠和具有完整肠道微生物组的CRC小鼠模型 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA-seq 未明确提及 单细胞转录组数据 42例结直肠癌患者组织,及两种小鼠模型 未明确提及 单细胞RNA-seq 未明确提及 未明确提及
5 2026-08-22
Tumor-derived RAC1A159V mutation promotes an immunosuppressive microenvironment that represses response to immune checkpoint inhibitor
2025-10-31, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本文通过基因编辑和单细胞测序揭示肿瘤来源的RAC1 A159V突变促进免疫抑制微环境并抑制免疫检查点抑制剂反应 首次揭示了RAC1 A159V突变通过上调糖鞘脂生物合成激活mTORC1信号,促进免疫冷肿瘤形成的机制,并提出了联合RAC1-mTOR信号靶向与免疫检查点抑制剂治疗免疫冷肿瘤的新策略 研究基于基因编辑的小鼠肿瘤模型,未涉及人类肿瘤样本的验证,且未详细探讨RAC1突变在其他癌症类型中的普遍性 阐明RAC1 A159V突变如何通过重塑肿瘤微环境导致免疫抑制和免疫治疗耐药,并探索潜在的治疗策略 携带内源性杂合或纯合RAC1 A159V突变的肿瘤细胞及免疫健全小鼠模型 机器学习 肿瘤 基因编辑, 流式细胞术, 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据, 流式细胞术数据 小鼠肿瘤样本(具体数量未在标题和摘要中提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 用于单细胞RNA测序,具体配置未在摘要中详细说明
6 2026-08-22
Circulating tumor cells as predictive biomarkers in the risk stratification of DCIS: Evidence of early dissemination
2025-10-31, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本研究探讨了循环肿瘤细胞作为导管原位癌风险分层预测生物标志物的潜力,并提供了早期播散的证据 首次将循环肿瘤细胞作为导管原位癌患者生物学侵袭性和早期播散的指标,并结合微流体富集、单细胞RNA测序及小鼠导管内模型进行验证 样本量较小(34例患者),且未明确循环肿瘤细胞检测的长期随访结果 评估循环肿瘤细胞作为导管原位癌患者风险分层和早期播散生物标志物的可行性 34例导管原位癌患者的循环肿瘤细胞、匹配的组织样本及健康对照 数字病理学 导管原位癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 34例导管原位癌患者及健康对照 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium 单细胞3'基因表达解决方案
7 2026-08-22
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Heterogeneity in Differentiation Trajectory and Tumor Microenvironment Leading to More Aggressive Phenotypes of Papillary Thyroid Cancer in Children and Young Adult Patients
2025-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 利用单细胞RNA测序揭示了儿童和年轻成人甲状腺乳头状癌的肿瘤生态系统异质性,包括细胞分化轨迹和肿瘤微环境差异。 首次揭示CAYA-PTC患者缺乏“轻度状态(BRAF样)”恶性甲状腺细胞群体,以及细胞外基质癌症相关成纤维细胞(emCAFs_LAMP5)在促进肿瘤血管生成和转移中的显著作用。 未说明具体限制,可能包括样本量有限和需要进一步验证。 研究儿童和年轻成人甲状腺乳头状癌的肿瘤生态系统异质性,以解释其更侵袭性的表型。 11例患者的肿瘤和癌旁组织中的单细胞转录组。 单细胞转录组学 甲状腺乳头状癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 11例患者的肿瘤和癌旁组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
8 2026-08-22
Large Language Models for Translational Cancer Informatics
2025-10, JCO clinical cancer informatics IF:3.3Q2
综述 该综述探讨了大语言模型在癌症研究中的应用,涵盖单细胞转录组学、空间转录组学和计算病理学领域,旨在展示其在精准肿瘤学中的潜力。 系统性地从细胞和病理两个角度全面概述了LLMs在癌症研究中的应用,并以2022至2025年间发表的24个模型为依据,提出了针对癌症领域进行模型微调和适应性优化的未来方向。 许多模型尚未针对癌症特定应用进行充分优化,缺乏领域特定的微调和可扩展的适应策略。 探索大语言模型在癌症研究中的应用,以推动精准肿瘤学的发展,并强调领域特定微调的必要性。 收录于2022至2025年间发表或预印本的24个大语言模型,以及它们处理的单细胞RNA测序、空间转录组和组织学图像数据。 自然语言处理 癌症 单细胞RNA测序、空间转录组学、组织学图像分析 大语言模型 文本、图像 24个大语言模型 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
9 2026-08-22
Single-Cell Transcriptomics of Human Pericarotid Lymph Nodes Indicating Stability of Carotid Atherosclerotic Plaques
2025-09-16, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学分析人颈动脉周围淋巴结,探讨其与颈动脉粥样硬化斑块稳定性的关联 首次在单细胞水平揭示颈动脉周围淋巴结在动脉粥样硬化斑块稳定性中的作用,提供了人类淋巴结在动脉粥样硬化中的全面单细胞转录组图谱 未明确提及研究的局限性 探讨颈动脉周围淋巴结与斑块稳定性的关系,并评估其作为斑块不稳定生物标志物的潜力 106例接受颈动脉内膜切除术的严重颈内动脉狭窄患者及其颈动脉周围淋巴结 单细胞转录组学 动脉粥样硬化 单细胞转录组测序、T/B细胞受体测序 NA 单细胞转录组数据、临床数据、组织学数据 106例患者 NA NA NA NA
10 2026-08-22
Single-cell epigenomic and transcriptomic analysis unveils the pivotal role of GATA5/ISL1+ fibroblasts in cardiac repair post-myocardial infarction
2025-08-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序,揭示了心肌梗死后心脏组织的表观遗传景观,并发现GATA5/ISL1+成纤维细胞在心脏修复中发挥关键作用 首次通过单细胞多组学整合分析发现两种新型成纤维细胞亚群(GATA5/ISL1+和Gli3high),并证实GATA5和ISL1通过共调控Wnt信号通路促进成纤维细胞向功能性心肌细胞转化 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;未深入探讨GATA5/ISL1+成纤维细胞在心脏修复中的具体分子机制 阐明心肌梗死后心脏组织的单细胞表观遗传和转录组景观,并鉴定心脏修复的关键调控因子 心肌梗死后不同时间点(1、3、7、14天)的小鼠心脏组织及人类心肌梗死患者的疤痕组织 单细胞表观基因组学、转录组学 心肌梗死 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 腺病毒介导的基因过表达, RNA测序, 蛋白质组学分析 NA 单细胞基因表达数据, 单细胞染色质可及性数据, RNA测序数据, 蛋白质组数据 小鼠心脏组织(多个时间点)及人类心肌梗死患者疤痕组织 NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 NA NA
11 2026-08-22
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 利用单细胞转录组学平台TempO-LINC分析约40,000个HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的应激状态,揭示适应性应激反应通路和细胞状态转变。 将单细胞转录组学应用于毒理学,通过文献来源的应激反应基因特征评分和广义Jaccard聚类,识别出五个细胞状态表型组,系统分析化学物质诱导的细胞亚群动态变化。 未提供明确的局限性信息。 解码细胞应激状态,探索适应性反应与终末细胞死亡之间的转变,为毒性机制提供见解。 HepaRG细胞暴露于依托泊苷、布雷菲德菌素A、环己酰亚胺、鱼藤酮、tBHQ、曲格列酮和衣霉素。 毒理学 NA 单细胞转录组学 聚类分析 单细胞转录组数据 约40,000个HepaRG细胞 BioSpyder 单细胞转录组学 TempO-LINC TempO-LINC平台用于生成单细胞转录组图谱
12 2026-08-22
Deficiency of NPR-C triggers high salt-induced thoracic aortic dissection by impairing mitochondrial homeostasis
2025-07-08, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本研究探讨了NPR-C缺失在高盐诱导的胸主动脉夹层中的作用机制,发现其通过调节线粒体稳态发挥保护作用 首次揭示NPR-C在胸主动脉夹层中的保护作用,并阐明其通过ERK1/2-PPARγ-HADHB通路调控线粒体脂肪酸氧化的新机制 未明确说明研究的局限性 探究NPR-C在胸主动脉夹层发病机制中的作用及其分子机制 人类急性胸主动脉夹层患者主动脉组织、BAPN处理小鼠、NPR-C特异性敲除小鼠(VSMC和内皮细胞)、血管平滑肌细胞 数字病理学 胸主动脉夹层 转录组测序、单细胞测序、RNA-seq NA 基因表达数据、单细胞数据、组织病理图像 人类患者样本和多种小鼠模型,具体数量未明确 NA NA NA NA
13 2026-08-22
Peripheral blood neutrophils contribute to Claudin18.2-specific CAR-T cell treatment resistance in advanced gastric cancer
2025-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1
研究论文 本研究探讨外周血中性粒细胞对晚期胃癌中Claudin18.2特异性CAR-T细胞治疗耐药性的贡献,并揭示其分子机制 首次揭示中性粒细胞与淋巴细胞比率(NLR)在CAR-T治疗中的预后价值,并通过单细胞测序识别出与疾病进展相关的中性粒细胞亚群(NE-3)及其促肿瘤机制 需要进一步验证以及探索减轻中性粒细胞诱导免疫抑制的策略 评估NLR在CLDN18.2特异性CAR-T细胞治疗中的预后价值,并阐明治疗耐药的分子机制 接受CLDN18.2特异性CAR-T细胞治疗的晚期胃癌患者 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序 NA 外周血样本的基因表达数据 未在标题和摘要中明确 NA 单细胞RNA测序 NA NA
14 2026-08-22
Single-cell analysis reveals the implication of vascular endothelial cell-intrinsic ANGPT2 in human intracranial aneurysm
2025-05-06, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析人类颅内动脉瘤及对照动脉,揭示血管内皮细胞中ANGPT2在动脉瘤形成和进展中的作用 首次通过高质量的单细胞转录组数据揭示内皮细胞在颅内动脉瘤中的转录组变化,并发现血管生成调节因子ANGPT2在动脉瘤形成中的新作用,为治疗提供潜在靶点 未明确说明研究的局限性 揭示人类颅内动脉瘤中细胞组成变化及血管内皮细胞的转录组变化,探究ANGPT2在动脉瘤发病机制中的作用 人类散发性颅内动脉瘤和对照动脉组织 单细胞转录组学 颅内动脉瘤 单细胞RNA测序 斑马鱼模型 单细胞转录组数据 43,462个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-08-22
Transcriptomics in the Study of Antiviral Innate Immunity
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
综述 本章节综述了多种转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的应用、重要性和实验流程 系统性地概述了从传统转录组技术到单细胞测序和空间转录组学的最新进展在抗病毒天然免疫领域的应用 未提及具体研究中的技术局限性 总结转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的作用和应用 抗病毒天然免疫相关的RNA分子 转录组学 病毒感染 RNA-seq、单细胞测序、空间转录组学 NA 转录组数据 NA NA NA NA NA
16 2026-08-22
PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序发现人牙髓中的PDGF阳性间充质亚群,并通过慢病毒载体过表达PDGF-BB增强牙髓干细胞的血管生成能力,促进牙髓再生中的血管形成 通过单细胞RNA测序鉴定出具有增强血管生成特征的PDGF阳性牙髓干细胞亚群,并利用PDGF-BB过表达策略增强干细胞的血管生成潜力,为牙髓再生提供了新的靶向细胞选择方法 研究主要基于体外和动物模型,临床应用的可行性和长期效果尚需进一步验证 探讨通过PDGF-BB过表达增强牙髓干细胞血管生成能力,以促进牙髓再生中的血管形成 人牙髓干细胞(DPSCs)及其PDGF阳性亚群 再生医学 牙髓损伤 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化、慢病毒载体介导的基因过表达、CCK-8/Edu/细胞周期/transwell实验、HUVECs共培养、大鼠肾包膜移植 NA 单细胞转录组数据、图像数据、细胞增殖和迁移数据 人牙髓样本、大鼠移植模型 10x Genomics 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'转录组测序
17 2026-08-22
Derivation of transplantable human thyroid follicular epithelial cells from induced pluripotent stem cells
2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2
研究论文 本研究开发了一种新的人类诱导多能干细胞系,通过优化无血清培养基序列和单细胞RNA测序,成功分化出成熟的甲状腺滤泡上皮细胞,并在异种移植后显示出甲状腺滤泡组织结构和甲状腺球蛋白表达,但未能挽救体内甲状腺功能减退。 创新点在于开发了靶向NKX2-1和PAX8基因座的荧光报告基因人类iPSC系,实现了向甲状腺滤泡细胞命运细胞的鉴定和纯化,并通过单细胞RNA测序揭示了BMP4撤离促进细胞成熟的关键机制。 尽管iPSC衍生的甲状腺滤泡细胞表现出甲状腺特异性蛋白的持久表达,但在体内无法挽救甲状腺功能减退症状,表明细胞功能成熟度不足。 旨在从人类诱导多能干细胞中产生成熟且有功能的甲状腺滤泡上皮细胞,以探索治疗术后和先天性甲状腺功能减退的新方法。 人类诱导多能干细胞(iPSCs)及其衍生的甲状腺滤泡上皮细胞(TFCs),以及无胸腺免疫缺陷小鼠。 干细胞生物学 甲状腺功能减退 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 多个iPSC细胞系,以及异种移植后的免疫缺陷小鼠;具体样本数量未提供。 NA 单细胞RNA测序 NA NA
18 2026-08-22
The neocortical infrastructure for language involves region-specific patterns of laminar gene expression
2024-08-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过空间转录组学分析人类语言网络核心区域的层状基因表达模式,并整合单细胞数据识别出额叶和颞叶皮层间差异表达的基因 首次将空间转录组学应用于语言网络皮层区域,揭示区域特异性层状基因表达模式,并连接遗传变异与语言相关疾病 样本来自死后组织,可能受死后间隔影响,且空间分辨率有限 探究人类语言网络皮层区域的功能特化和连接性的分子基础 人类死后脑组织中额叶和颞叶语言皮层组织样本 空间转录组学 阅读障碍, 精神分裂症 空间转录组学, 单细胞表达数据整合 NA 基因表达数据, 遗传变异数据 未明确样本数量,涉及死后皮层组织样本 NA 空间转录组学 NA NA
19 2026-08-22
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 评估Element Biosciences的亲和测序技术在单细胞RNA-seq文库中跨越同聚物序列的能力,并优化比对流程以提高比对准确性。 首次评估Element Aviti平台在单细胞RNA-seq中跨越胸腺嘧啶同聚物测序的准确性,并开发了改进的适配器修剪和比对工作流程,显著提高了比对效果,特别是对于多聚腺苷酸化位点的分析。 亲和测序并未持续提高读段比对率,且对其他新兴平台的潜在类似性能未作排除。 评估Element Biosciences的亲和测序技术用于单细胞RNA-seq的性能,并优化相关分析流程。 单细胞RNA-seq文库中的cDNA片段,特别关注多聚腺苷酸化位点。 基因组学 NA RNA-seq, 亲和测序 NA 序列数据 NA Element Biosciences, Illumina 单细胞RNA-seq Element Aviti, Illumina测序仪 Element Aviti仪器使用亲和碱基化学,Illumina平台作为对比
20 2026-08-22
Neutrophil-derived PAD4 induces citrullination of CKMT1 exacerbates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease
2024-06, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和底物瓜氨酸化图谱分析,揭示了中性粒细胞来源的PAD4通过瓜氨酸化CKMT1加剧炎症性肠病黏膜炎症的机制。 首次揭示了PAD4在炎症性肠病中的新底物CKMT1及其R242位点的瓜氨酸化,阐明了中性粒细胞外囊泡传递PAD4至肠上皮细胞导致屏障功能障碍的新机制。 研究主要基于小鼠模型,临床样本分析相对有限,且PAD4调控的具体信号通路细节尚需进一步阐明。 探索PAD4在炎症性肠病中的作用机制,尤其是其底物和瓜氨酸化在肠道炎症中的贡献,以评估其作为治疗靶点的潜力。 小鼠结肠炎模型和人类炎症性肠病样本中的肠上皮细胞、中性粒细胞及其细胞外囊泡。 生物信息学 炎症性肠病 单细胞RNA测序、底物瓜氨酸化图谱分析 NA 单细胞转录组数据 小鼠模型(DSS诱导的结肠炎)和人类炎症性肠病患者样本(具体数量未提供) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'试剂盒
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