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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-08-26 |
MAN1A1 promotes colorectal cancer liver metastasis by maintaining TGFBR2 protein stability
2026-Aug-28, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025164
PMID:40999906
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研究论文 | 本研究通过整合分析公共数据库中的单细胞RNA测序数据,发现MAN1A1在结直肠癌肝转移的恶性上皮细胞中持续上调,并通过维持TGFBR2蛋白稳定性促进转移,同时作为预后生物标志物和治疗靶点。 | 首次通过单细胞RNA测序数据识别出MAN1A1在结直肠癌肝转移中特异性上调,并揭示其通过延长TGFBR2蛋白半衰期促进迁移和侵袭的新机制。 | 研究主要基于体外实验和公共数据,缺乏体内验证及临床样本的进一步确认。 | 阐明结直肠癌肝转移的分子机制,识别关键调控因子MAN1A1及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力。 | 结直肠癌肝转移的恶性上皮细胞及结直肠癌细胞系。 | 机器学习和数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 公共数据库中的单细胞RNA测序数据,未指定具体样本量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-08-26 |
The single-cell landscape of the human vein after arteriovenous fistula creation and implications for maturation failure
2026-Jan, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.08.024
PMID:40992573
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和组学分析,绘制了动静脉内瘘创建后人静脉的单细胞景观,并探讨了其成熟失败的机制 | 首次构建了人静脉在动静脉内瘘创建前后的互补转录组图谱,识别出与成熟失败相关的促炎巨噬细胞、粘附性内皮细胞及过度活化的成纤维细胞等新细胞类型和分子模式 | 本研究未明确提及局限性,基于摘要可能受限于样本数量及时间点覆盖范围 | 揭示动静脉内瘘成熟失败的细胞和分子机制,寻找改善成熟结果的治疗靶点 | 人静脉组织样本(包括术前静脉、早期切除、成熟和失败的动静脉内瘘) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据及组织学图像 | 23例患者的组织活检和20例患者的70,281个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-08-26 |
Myasthenia thymus reprograms class-switched B cells into BAFF-dependent survivors
2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.19.677075
PMID:41000735
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、V(D)J谱系分析和空间转录组学,揭示了重症肌无力胸腺中B细胞重编程为依赖BAFF存活的机制 | 首次发现重症肌无力中胸腺生发中心的类别转换B细胞从T细胞依赖性激活转向BAFF驱动的存活,绕过正常耐受检查点,并确定了BAFF-BCMA轴作为治疗靶点 | 未提供明确的局限性信息 | 探究重症肌无力中胸腺B细胞获得存活机制以绕过耐受检查点的假设,并寻找新的治疗策略 | 人类胸腺样本中的B细胞、T滤泡辅助细胞等免疫细胞 | 单细胞组学 | 重症肌无力 | 单细胞RNA测序、V(D)J重排分析、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 237,661个细胞 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-08-26 |
Characterizing intra- and inter-tumor heterogeneity in Ovarian high-grade serous carcinoma subtypes using single-cell and spatial transcriptomics
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.676244
PMID:41000843
|
研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学表征卵巢高级别浆液性癌亚型内的肿瘤内和肿瘤间异质性 | 首次结合单细胞和空间转录组学解析HGSC分子亚型与空间域的联系,揭示亚型特异的免疫途径和血管生成的表达模式,以及信号传导活性的异质性 | 研究可能受限于样本数量和组织片数量,提示需要多组织片全面表征 | 探究HGSC分子亚型在空间转录组中的表达模式和异质性,并分析免疫细胞相互作用 | 卵巢高级别浆液性癌组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-08-26 |
TNF Receptor 1 regulates colonic mesenchymal cell diversity and the epithelial stem cell niche
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.08.674957
PMID:40964374
|
研究论文 | 该论文探讨了TNF受体1(TNFR1)在调控结肠间充质细胞多样性和上皮干细胞生态位中的关键作用 | 发现TNFR1缺失会增加结肠炎的严重性,并通过单细胞RNA测序揭示了TNFR1在维持特定间充质细胞类型和干细胞生态位功能中的新机制 | 未提供具体限制信息 | 研究TNFR1在结肠间充质细胞多样性和干细胞生态位维持中的作用 | 结肠间充质细胞及其与上皮干细胞的相互作用 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-08-26 |
Single-cell transcriptional changes across the blood stages of artemisinin-resistant K13580Y Plasmodium falciparum upon dihydroartemisinin exposure
2025-Jul-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.06.570387
PMID:38105992
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序研究青蒿素耐药性恶性疟原虫在双氢青蒿素暴露下血液阶段的转录变化 | 首次在共基因 parasite 系中应用单细胞 RNA 测序,高分辨率剖析所有红细胞内阶段的转录响应,并利用 MELD 框架量化转录扰动,识别耐药突变体的休眠样状态和表面蛋白靶点 | 研究仅基于体外培养的 parasite 系,未涉及体内感染或临床样本,且未验证转录变化对耐药性的直接因果作用 | 揭示恶性疟原虫青蒿素耐药性的分子机制,识别潜在的干预靶点 | K13 野生型 (K13-C580) 和青蒿素耐药突变体 (K13-580Y) 的共基因 parasite 系 | 单细胞转录组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | MELD(计算框架) | 单细胞转录组数据 | 两种 parasite 系,具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-08-26 |
Macrophage polarization-mediated PKM2/mTORC1/YME1L signaling pathway activation in fibrosis associated with Cardiorenal syndrome
2025-07, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111664
PMID:39961408
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验,揭示了巨噬细胞极化介导的PKM2/mTORC1/YME1L信号通路在心肾综合征相关肾纤维化中的作用 | 首次阐明HIF-1α诱导的M1巨噬细胞极化通过PKM2/mTORC1/YME1L轴驱动肾纤维化的机制,并验证了靶向HIF-1α的治疗潜力 | 未提及具体局限性 | 探究巨噬细胞极化及其下游信号在心肾综合征诱导的肾纤维化中的作用机制,并评估潜在治疗靶点 | 心肾综合征小鼠模型及相关的巨噬细胞和肾上皮细胞 | 机器学习 | 心肾综合征 | 单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因编辑、慢病毒载体、免疫浸润分析、Meta分析、拟时间分析 | NA | 单细胞转录组数据、组织学图像 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-08-26 |
Single-cell transcriptomics yield insights into the stress-immune interplay and inform disease risk
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658150
PMID:40661381
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示应激激素(皮质醇和去甲肾上腺素)对免疫细胞的细胞类型特异性影响,并关联疾病风险 | 首次在单细胞分辨率下探究生理应激水平激素对原代外周血单个核细胞和中性粒细胞的转录组响应,识别出新的应激激素依赖的细胞类型特异性基因和炎症相关特征,并应用于人类队列以区分应激相关疾病 | 摘要未提及局限性,可能涉及样本量或体外模型的局限性 | 阐明应激激素在单细胞和细胞类型水平上调节免疫功能的机制,并评估其对疾病风险的影响 | 原代外周血单个核细胞和中性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 应激相关疾病(包括心血管疾病、精神疾病和自身免疫性疾病) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个独立人类队列(具体数量未提供) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-08-26 |
CD47-amyloid-β-CD74 signaling triggers adaptive immunosuppression in sepsis
2025-05, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00442-4
PMID:40185975
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和常规RNA测序分析脓毒症的免疫景观,发现适应性免疫被急性且强烈地抑制,并揭示CD47-淀粉样蛋白-β-CD74信号通路在触发这种适应性免疫抑制中的关键作用 | 首次发现CD47通过诱导淀粉样蛋白-β产生,与B细胞上的CD74相互作用,导致B细胞抑制和适应性免疫抑制,并证明阻断CD47-Aβ信号可减轻器官损伤并提高脓毒症小鼠生存率 | 摘要中未提及研究的局限性 | 阐明脓毒症中宿主反应失调的机制,特别是适应性免疫抑制的发生原因 | 脓毒症患者和小鼠模型,包括外周血、脾脏、淋巴结和骨髓的免疫细胞 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 常规RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 摘要中未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 常规RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-08-26 |
Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages
2025-04, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635
PMID:39892726
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和RNA-seq数据,揭示了尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路来改善博来霉素诱导的肺纤维化 | 首次发现尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a表达,进而抑制SPP1介导的促纤维化通路,揭示了其治疗肺纤维化的新机制 | 研究基于小鼠模型,可能不完全适用于人类IPF;且未详细说明样本量及潜在的物种差异 | 阐明尼达尼布在特发性肺纤维化治疗中的精确作用机制 | 博来霉素处理的小鼠肺组织,以及间质巨噬细胞和M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞测序, RNA测序 | Monocle2, Cellchat, Scenic | 基因表达数据 | 未提及具体样本量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-08-26 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Apr-01, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6265058/v1
PMID:40235492
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析了新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞,发现新生儿MR1T细胞具有更低的细胞毒性和无法识别多种常见儿童病原体的特点 | 首次对新生儿MR1T细胞进行单细胞RNA/TCR测序,揭示了其TCR使用的多样性及与成人不同的功能特性,并通过生物化学和结构生物学手段解释了新生儿MAIT TCR识别能力下降的分子机制 | 样本量较小(每组5人),且未对TRAV1-2阴性MR1T细胞进行详细的功能和结构研究 | 理解新生儿MR1T细胞的发育和功能,以解释新生儿对感染的易感性增加 | 新生儿脐带血和成人外周血中的MR1-5-OP-RU四聚体阳性T细胞(包括MAIT和TRAV1-2阴性MR1T细胞) | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序、T细胞克隆、表面等离子共振、X射线晶体学 | NA | 单细胞转录组和TCR序列数据、蛋白质结构数据 | 5个脐带血样本和5个成人外周血样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | 10x Chromium Single Cell 5' | 10x Chromium Single Cell 5'用于单细胞RNA和TCR测序 |
| 12 | 2026-08-26 |
Dietary emulsifier carboxymethylcellulose-induced gut dysbiosis and SCFA reduction aggravate acute pancreatitis through classical monocyte activation
2025-03-24, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02074-1
PMID:40128912
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研究论文 | 本研究探讨了食品乳化剂羧甲基纤维素(CMC)通过诱导肠道菌群失调和短链脂肪酸减少,加重急性胰腺炎(AP)的机制,并评估了补充阿克曼氏菌或丁酸盐的缓解作用 | 首次揭示CMC通过肠道菌群失调和经典单核细胞激活加重急性胰腺炎的机制,并发现阿克曼氏菌或丁酸盐可作为潜在治疗策略 | 未在人类中直接验证CMC效应,主要基于小鼠模型 | 探究CMC对急性胰腺炎的影响及其潜在缓解机制 | C57BL/6小鼠和急性胰腺炎患者 | 微生物组学 | 急性胰腺炎 | 16S rRNA基因扩增子测序、单细胞RNA测序、粪便微生物移植 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 小鼠和患者样本(具体数量未提及) | NA | 16S rRNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-08-26 |
Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques
2025-03-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608
PMID:39879360
|
协议 | 本文介绍了一种使用加权集成方法进行空间转录组学(WEST)的协议,通过集成技术提升现有算法的稳健性和准确性 | 提出使用集成技术增强空间转录组学算法性能的新协议,通过整合多个算法的嵌入结果作为相似性矩阵来提高稳健性和准确性 | 未提及具体局限性 | 提供一种使用集成技术提升空间转录组学算法稳健性和准确性的实验协议 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 不适用 | 空间转录组学 | 集成方法(加权集成) | 空间转录组数据 | 未提及 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 14 | 2026-08-26 |
Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing
2025-03-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636
PMID:39946238
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协议 | 本文介绍一种利用集群计算从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱的计算协议 | 提出scResolve协议,通过超分辨率推断和细胞分割模块,结合集群并行计算,实现从多细胞分辨率数据中恢复单细胞表达谱 | 未明确说明局限性,可能涉及计算资源需求和依赖 | 提供一种从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱的计算方法 | 空间转录组数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium |
| 15 | 2026-08-26 |
Sustained NF-κB activation allows mutant alveolar stem cells to co-opt a regeneration program for tumor initiation
2025-Mar-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.01.011
PMID:39978341
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研究论文 | 本研究通过体内命运图谱和单细胞转录组学,揭示了突变肺泡干细胞如何在持续NF-κB激活下利用再生程序启动肿瘤形成 | 发现两个具有不同致瘤能力的AT2干细胞亚群,并揭示Il1r1作为AT2重编程的公共激活因子,以及持续NF-κB激活将肿瘤发生与再生区分开来的机制 | 未提供明确的局限性信息,可能包括样本仅来自小鼠模型,以及未涉及人类样本验证 | 探究调控信号失稳如何导致干细胞命运改变并启动肿瘤形成 | 小鼠野生型和KrasG12D突变肺泡II型(AT2)干细胞 | 单细胞转录组学, 癌症生物学 | 肺癌 | 体内命运图谱, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 数千个小鼠AT2干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-08-26 |
Unveiling the role of MDH1 in breast cancer drug resistance through single-cell sequencing and schottenol intervention
2025-03, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111608
PMID:39818404
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据揭示乳腺癌和正常上皮细胞的转录组特征,并探讨MDH1在药物抵抗中的作用及Schottenol干预效果 | 首次结合单细胞测序和Schottenol干预,揭示MDH1在乳腺癌药物抵抗中的关键调控作用,并提出其作为治疗靶点的新见解 | 未提供具体限制信息 | 揭示乳腺癌药物抵抗机制,并评估MDH1作为治疗靶点和Schottenol作为克服药物抵抗策略的潜力 | 乳腺癌细胞、正常上皮细胞、骨髓细胞和肿瘤浸润淋巴细胞 | 单细胞测序 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-08-26 |
Pde4b-regulated cAMP signaling pathway in the AUDGABA-S1TrSst circuit underlies acute-stress-induced anxiety-like behavior
2025-02-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115253
PMID:39891910
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研究论文 | 本研究揭示了急性应激通过AUDGABA-S1TrSst神经环路及Pde4b调控的cAMP信号通路诱发焦虑样行为的机制 | 首次发现初级躯体感觉皮层躯干区(S1Tr)的GABA能生长抑素(Sst)神经元在急性应激中被激活,并在后续焦虑行为测试中脱敏,且该过程受听觉皮层(AUD)GABA能神经元输入调控,并通过Pde4b介导的cAMP信号通路实现 | 未明确S1Tr神经元脱敏的具体电生理机制及Pde4b下游信号通路的完整分子细节 | 阐明急性应激诱发焦虑样行为的神经和分子机制,为治疗焦虑症提供基础 | 小鼠初级躯体感觉皮层躯干区(S1Tr)的GABA能Sst神经元及其上游AUD GABA能神经元 | 神经科学 | 焦虑症 | 单细胞测序、空间转录组测序、靶向蛋白敲低 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 小鼠脑组织样本,具体数量未提及 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序和10x Visium空间转录组学用于单细胞和空间基因表达分析 |
| 18 | 2026-08-26 |
MAIT cells protect against sterile lung injury
2025-02-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275
PMID:39918959
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研究论文 | 本文研究了黏膜相关恒定T(MAIT)细胞在无菌性肺损伤中的保护作用及其机制 | 首次揭示MAIT细胞通过促进1型常规树突状细胞(cDC1)积累并以DNGR-1依赖方式限制组织损伤,从而对无菌性肺损伤发挥保护作用 | 摘要中未提及研究的局限性 | 探究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的作用及其潜在机制 | 小鼠肺MAIT细胞、人类特发性肺纤维化患者样本 | 免疫学 | 肺损伤、特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及人类特发性肺纤维化患者样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-08-26 |
Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6
PMID:39240518
|
研究论文 | 本文描述了一种从胚胎斑马鱼眼睛中可重复制备高质量单细胞悬液的方法,用于单细胞RNA测序,并在验证实验中获得了高质量数据。 | 提供了一种标准化的流程,包括细胞产量、活力和关键质量控制指标的定量评估,为其他研究者设计斑马鱼眼睛或其他组织单细胞RNA测序实验提供了实用起点。 | 未明确提及局限性,但该方法可能主要适用于斑马鱼模型,对其他物种的适用性需进一步验证。 | 建立一种可靠的胚胎斑马鱼视网膜细胞分离和制备方法,以支持单细胞RNA测序研究。 | 胚胎斑马鱼眼睛的视网膜细胞。 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 未明确样本量,涉及胚胎斑马鱼眼睛。 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics v3.1系统 |
| 20 | 2026-08-26 |
Experimental Framework for Assessing Mouse Retinal Regeneration Through Single-Cell RNA-Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_8
PMID:39240520
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研究论文 | 本文描述了一种通过单细胞RNA测序评估小鼠视网膜再生的实验框架,并提供了细胞制备和数据分析的见解。 | 提供了一个经过验证的小鼠视网膜细胞制备实验框架,用于scRNA-seq,包括实验设计和数据分析的见解,以增强对Müller胶质细胞源性视网膜再生的理解。 | 未明确说明,但可能受限于小鼠模型与人类再生的差异,以及scRNA-seq技术的固有局限性。 | 通过单细胞RNA测序技术,建立评估小鼠视网膜再生的实验框架,并探究Müller胶质细胞介导的再生机制。 | 小鼠视网膜细胞,特别是Müller胶质细胞。 | 单细胞转录组学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未提供具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |