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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-10-05
Patient-derived surgical samples reveal the cellular and molecular signatures of glioblastoma infiltration in distinct radiological zones
2026-Nov, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
研究论文 通过收集45名胶质母细胞瘤患者的161份活检样本,结合MRI分类和转录组分析,揭示了不同影像学区域肿瘤浸润的细胞和分子特征及其临床意义 首次系统性地对胶质母细胞瘤不同影像学区域(增强肿瘤、非增强肿瘤、血管源性水肿和影像学正常组织)进行前瞻性活检采样,并结合组织学和转录组学分析,发现MRI对水肿区域肿瘤浸润的低估现象,以及外周细胞密度对完全切除后早期复发的预测价值 样本量相对有限(45名患者),研究未明确说明转录组分析的具体技术平台,且未提及是否进行了单细胞水平的验证 定义胶质母细胞瘤周边的细胞景观及其临床相关性,为手术和治疗决策提供依据 45名胶质母细胞瘤患者的161份活检样本,样本按MRI分类为增强肿瘤、非增强肿瘤、血管源性水肿或影像学正常组织 数字病理学 脑肿瘤 免疫组织化学(MIB1染色)、转录组分析、单细胞RNA测序数据分析 NA 图像、文本 45名胶质母细胞瘤患者的161份活检样本 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
2 2026-10-05
Integrated transcriptomic and epigenomic profiling reveals conserved molecular subtypes across systemic autoimmune diseases
2026-Oct, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
研究论文 该研究通过对262例初治中国汉族系统性自身免疫疾病患者进行转录组和表观基因组联合分析,揭示了跨越类风湿关节炎、系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征的两种保守分子亚型 首次在类风湿关节炎、系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征三种系统性自身免疫疾病中定义了保守的分子亚型(巨核细胞富集型和B细胞富集型),并整合转录组、染色质可及性、超级增强子及单细胞转录组多组学数据揭示了亚型特异的调控机制 样本仅限中国汉族人群,需要进一步的多中心验证,分子亚型背后的表观遗传机制尚待深入研究 定义跨越系统性自身免疫疾病的保守分子亚型,并阐明其转录和表观遗传基础 262例初治中国汉族系统性自身免疫疾病患者(类风湿关节炎109例、系统性红斑狼疮69例、原发性干燥综合征84例),以女性为主(83.2%) 机器学习 自身免疫疾病 bulk RNA测序, ATAC-seq, CUT&Tag, 单细胞RNA测序 NA 文本, 图像 262例初治中国汉族系统性自身免疫疾病患者(发现队列119例,验证队列143例) NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq NA NA
3 2026-10-05
Transcriptional analyses identify pericyte-centered signaling programs altered by sex and brain region in Alzheimer's Disease
2026-06-08, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 该研究通过单核RNA测序和细胞间通讯分析工具,表征了阿尔茨海默病中周细胞在性别和脑区差异下的转录和信号传导变化 揭示了周细胞-内皮细胞TGFβ信号程序在女性AD供体的MTG中特异性上调,以及涉及周细胞-星形胶质细胞配体-受体相互作用的雌激素通路下调,并通过空间转录组学支持了周细胞-星形胶质细胞分离增加的现象 摘要中未明确提及研究局限性 探讨周细胞在阿尔茨海默病中与性别差异和脑区特异性相关的角色 阿尔茨海默病和非阿尔茨海默病供体的中颞回(MTG)和背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织 数字病理学 阿尔茨海默病 单核RNA测序,空间转录组学 NA 转录组数据,空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
4 2026-10-05
CNS1-dependent regulatory T cells shape recovery from acute lung injury
2026-May-14, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 该研究利用CNS1缺失小鼠模型,结合单细胞RNA测序,揭示了CNS1依赖的外周诱导性调节性T细胞在急性肺损伤恢复过程中的关键作用 首次阐明CNS1依赖的外周诱导性Treg亚群在急性肺损伤消退中的关键作用,并通过单细胞RNA测序揭示了CNS1缺失Treg无法完全激活支持肺内最佳抑制和修复功能的转录程序 研究主要基于小鼠模型,CNS1依赖的Treg在人类急性肺损伤中的对应机制尚待验证 探究外周诱导性Treg(特别是CNS1依赖的Treg)在急性肺损伤恢复和炎症消退中的作用及机制 CNS1缺失小鼠与野生型小鼠在急性肺损伤及流感感染模型中的调节性T细胞 免疫学 急性肺损伤 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-10-05
Hepatocyte-targeted Bap1 reduction in the liver primes an inflammatory transcriptional response
2026-05-06, G3 (Bethesda, Md.)
研究论文 利用AAV8介导的CRISPR/Cas9基因组编辑技术构建肝细胞特异性Bap1敲除小鼠模型,结合单细胞空间转录组学和免疫组化分析,揭示Bap1缺失对肝脏炎症转录反应和免疫细胞募集的影响 首次在体内系统中通过AAV8介导的CRISPR/Cas9技术构建肝细胞特异性Bap1敲除小鼠模型,并结合单细胞空间转录组学与定量纹理分析揭示Bap1在肝脏免疫微环境调控中的关键作用 摘要中未明确提及研究局限性 定义Bap1在体内肝脏中的正常功能,并表征Bap1缺失如何改变肝脏对损伤的响应 小鼠肝细胞特异性Bap1敲除模型 空间转录组学 肝癌 CRISPR/Cas9基因组编辑, 单细胞空间转录组学, 免疫组织化学, 批量RNA测序 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞空间转录组学, 批量RNA测序 NA NA
6 2026-10-05
Generation of biologically responsive colon-like intestinal tissue patches from human induced pluripotent stem cells using a rapid co-differentiation platform
2026-04-09, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
研究论文 该研究开发了一种快速共分化平台,从人类诱导多能干细胞生成结肠样肠道组织补片,并验证其体内移植后形成肠道结构和血管化能力 开发了新型早期人类诱导多能干细胞共分化平台,能在8天内生成多种肠道细胞谱系(上皮、间充质和内皮),且该平台无血清、减少动物产品使用,并能在体内形成结肠样组织结构和人源血管 该研究仍处于早期阶段,需要进一步开发以用于新型肠道黏膜再生治疗 开发可移植的肠道黏膜组织移植物,作为辅助愈合的潜在治疗策略 人类诱导多能干细胞 再生医学 肠道疾病 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA RNA表达数据 多个hiPSC细胞系 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
7 2026-10-05
Infection of 5xFAD mice with a mouse-adapted SARS-CoV-2 does not alter Alzheimer's disease neuropathology yet induces widespread changes in gene expression across diverse cell types
2026-Apr, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
研究论文 该研究用小鼠适应性SARS-CoV-2(MA10)感染老龄5xFAD和野生型小鼠,评估其对阿尔茨海默病神经病理和脑内基因表达的影响 首次在5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型中系统评估小鼠适应性SARS-CoV-2感染对AD神经病理及脑内多细胞类型基因表达的影响,并结合空间转录组学进行分析 未在脑内检测到病毒RNA,未观察到胶质细胞激活或神经炎症,且MA10感染未改变Aβ斑块负荷,因此结论可能仅限于该特定病毒株和小鼠模型 探究SARS-CoV-2感染是否会加剧阿尔茨海默病神经病理及疾病进展 老龄5xFAD转基因阿尔茨海默病小鼠和野生型小鼠 数字病理学 阿尔茨海默病, 新冠肺炎 空间转录组学 NA 图像, 文本 老龄5xFAD和野生型小鼠(具体数量未提及) NA 空间转录组学 NA NA
8 2026-10-05
Identification of a putative progenitor-like chondrocyte subpopulation in osteoarthritic human cartilage
2026-03-14, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
研究论文 该研究通过液滴式单细胞RNA测序技术,在六名终末期骨关节炎患者的膝关节软骨中鉴定出一个新的前体样软骨细胞亚群,并利用无监督聚类和拟时序轨迹分析揭示了其分子特征和谱系关系 首次在骨关节炎人类软骨中鉴定出前体样软骨细胞(PLC)亚群,该亚群高表达干性相关基因(如RGS5、PDGFRB、THY1/CD90、MCAM/CD146等),并在拟时序轨迹中位于分化早期分支点,提示其具有前体细胞角色;此外还发现了NRF2⁺调节性软骨细胞和分泌性软骨细胞两个新亚群 研究仅基于转录组数据,缺乏功能验证和空间验证,PLC在体内行为及其在软骨修复或骨关节炎病理中的具体作用仍需进一步实验证实 描绘骨关节炎软骨的单细胞转录组图谱,鉴定并表征前体样软骨细胞亚群,为软骨再生或骨关节炎调控提供分子框架 六名终末期骨关节炎患者的膝关节软骨细胞 单细胞转录组学 骨关节炎 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 无监督聚类、Monocle拟时序轨迹分析 单细胞转录组数据 约14000个软骨细胞,来自六名终末期骨关节炎患者 NA 单细胞RNA测序 NA 基于液滴的单细胞RNA测序
9 2026-10-05
Single-cell transcriptomics showed that maternal polychlorinated biphenyl exposure dysregulated cell type-specific metabolic responses in the livers of female mouse offsprings
2026-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
研究论文 该研究利用单细胞转录组学技术揭示了母体多氯联苯暴露对雌性小鼠后代肝脏细胞类型特异性代谢反应的影响 首次在单细胞分辨率下揭示母体多氯联苯暴露对雌性小鼠后代肝脏发育的细胞类型特异性影响,发现肝细胞、库普弗细胞和内皮细胞中代谢和免疫基因表达的差异性改变 研究仅聚焦于雌性小鼠后代,未评估雄性后代的效应,且仅分析了出生后第28天一个时间点,缺乏长期追踪数据 探究母体暴露于环境相关Fox River多氯联苯混合物如何以细胞类型特异性方式影响雌性后代肝脏发育 妊娠期和哺乳期暴露于多氯联苯混合物的雌性小鼠后代肝脏组织 单细胞转录组学 代谢紊乱 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 出生后第28天雌性小鼠肝脏组织 NA single-cell RNA-seq NA NA
10 2026-10-05
Hepatic adaptation to chronic metabolic stress primes tumorigenesis
2026-Jan-22, Cell IF:45.5Q1
研究论文 该研究通过跨物种纵向单细胞多组学揭示了慢性代谢应激驱动非转化肝细胞激活发育和癌症相关程序,从而预先启动未来肿瘤发生 首次通过跨物种纵向单细胞多组学揭示慢性应激下非转化肝细胞中发育和癌症相关程序的激活,开发了整合计算方法识别并实验验证了扰动肝细胞功能平衡的主调控因子,并通过空间转录组学揭示了塑造应激反应的空间结构化多细胞群落和信号相互作用 摘要中未明确提及研究的具体局限性 探究慢性代谢应激对存活肝细胞的功能影响及其如何预先启动未来肿瘤发生 非转化肝细胞、MASH模型中的肝细胞 数字病理学, 机器学习 肝癌, 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 单细胞多组学, 空间转录组学 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞多组学, 空间转录组学 NA NA
11 2026-10-05
BioLACE: unifying spatial geometry and marker priors for cohesive cell-type clustering in spatial transcriptomics
2025-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出BioLACE框架,在统一的VAE潜在空间中融合空间结构、转录组变异和标记基因先验,用于空间转录组学的细胞类型聚类 在共享的变分自编码器(VAE)潜在空间中统一空间几何结构与标记基因先验,联合优化三个互补目标:(1) VAE重构损失以保留转录结构,(2) 图拉普拉斯正则化器以强制空间平滑,(3) 基于标记基因相似性的温度缩放InfoNCE对比损失 摘要中未明确提及 改进空间转录组学中的细胞类型聚类,整合空间几何结构和标记基因先验信息 MERFISH下丘脑数据集、小鼠脊髓数据集、Slide-seq小鼠小脑数据集 空间转录组学、机器学习、数字病理学 NA 空间转录组学、MERFISH、Slide-seq 变分自编码器(VAE)、图神经网络 基因表达矩阵、空间坐标 三个数据集(MERFISH下丘脑、小鼠脊髓、Slide-seq小鼠小脑),具体样本量未提及 NA 空间转录组学 MERFISH、Slide-seq MERFISH用于下丘脑,Slide-seq用于小鼠小脑,小鼠脊髓平台未明确
12 2026-10-05
Multi-omics and experimental validation identify methylation-related genes and METTL16 as key regulators in diabetic foot ulcer pathogenesis
2025-11-27, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 通过整合多组学分析和实验验证,系统研究甲基化相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用,并确定METTL16为关键调控因子 首次系统整合bulk RNA-seq、微阵列和单细胞RNA测序数据,结合多种机器学习算法筛选诊断生物标志物,并通过实验验证METTL16在高糖处理的人皮肤成纤维细胞中的保护作用 主要基于公共数据集分析,实验验证仅限于体外细胞模型,缺乏体内动物模型和临床样本验证 系统研究甲基化相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用,探索其诊断和治疗潜力 糖尿病足溃疡组织样本、高糖处理的人皮肤成纤维细胞 机器学习 糖尿病足溃疡 bulk RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序 LASSO, GBM, SVM-RFE, 随机森林 文本, 图像 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 NA NA
13 2026-10-05
Tuberculosis susceptibility in genetically diverse mice reveals functional diversity of neutrophils
2025-Sep-12, eLife IF:6.4Q1
研究论文 该研究利用19种野生来源的近交小鼠品系,揭示了结核病易感性的异质性以及中性粒细胞在感染控制中的功能多样性 使用新收集的19种野生来源近交小鼠品系,发现了与感染控制失败相关的新型中性粒细胞特征,并揭示了中性粒细胞数量与感染控制之间并非简单相关 摘要中未明确说明研究的具体局限性 利用遗传多样性小鼠品系研究结核病易感性的异质性及其免疫学机制 19种野生来源近交小鼠品系及其结核分枝杆菌感染模型 免疫学 结核病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 19种野生来源近交小鼠品系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
14 2026-10-05
PerturbSeq.db: An Integrated Repository for Comprehensive Analysis of Single-cell Perturbation Data
2025-09-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1
研究论文 本文介绍了PerturbSeq.db数据库,该数据库整合并统一处理了来自77项研究的189个单细胞扰动数据集,旨在解决单细胞扰动研究领域的数据可及性和整合挑战 构建了首个全面整合单细胞扰动数据的综合数据库,涵盖165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集,跨越约50种不同细胞系或组织,并采用统一的处理流程确保数据一致性和可比性 摘要中未明确提及该研究的局限性 整合和统一单细胞扰动数据集,解决数据可及性和整合方面的挑战,为科研社区提供全面、注释完善的扰动效应分析资源 单细胞扰动数据,包括来自77项研究的189个数据集,涵盖165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集,跨越约50种不同细胞系或组织 机器学习 NA 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 NA 文本 189个数据集,来自77项研究,包括165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集,跨越约50种不同细胞系或组织 NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq NA NA
15 2026-10-05
IL-17 Stimulates Sensory Neurons and Sensitises Colonic Afferents to Noxious Stimuli in a PI3K Dependent Manner in Male Mice
2025-08, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2
研究论文 该研究通过比较IBD患者结肠活检的bulk RNA测序数据与小鼠结肠投射DRG神经元的单细胞RNA测序数据,构建细胞因子信号互作组,发现IL-17通过PI3K依赖方式直接激活感觉神经元并敏化结肠传入神经对有害刺激的反应 首次通过整合人类IBD结肠活检bulk RNA-seq数据与小鼠结肠投射DRG神经元单细胞RNA-seq数据构建促痛觉细胞因子信号互作组,揭示IL-17在UC中通过PI3K依赖性机制直接激活DRG感觉神经元并敏化结肠传入神经 研究主要基于小鼠模型,IL-17在人类UC患者中的直接痛觉效应尚需进一步验证;样本量有限;未涉及IL-17靶向治疗在人体中的临床试验数据 深入理解IBD患者炎症性疼痛的介质和机制,探索IL-17在结肠痛觉信号传导中的作用 IBD患者结肠活检样本、小鼠结肠投射背根神经节(DRG)神经元、DRG感觉神经元培养物、雄性小鼠结肠传入神经 数字病理学 炎症性肠病 bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 钙成像, 磁激活细胞分选(MACS) NA 文本, 图像 IBD患者结肠活检样本(数量未明确)、小鼠结肠投射DRG神经元、雄性小鼠结肠传入神经 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
16 2026-10-05
Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究方法 本文描述了一种从胚胎斑马鱼眼睛中分离和制备高质量单细胞悬液的方法,用于单细胞RNA测序 提供了一种可重复地从胚胎斑马鱼眼睛中生成高质量单细胞悬液的方法,并成功应用于10x Genomics v3.1系统获得高质量scRNA-Seq数据 摘要中未明确提及研究的局限性 为斑马鱼眼睛及其他发育或再生组织中的scRNA-Seq实验设计提供方法学参考 胚胎斑马鱼视网膜细胞 单细胞测序 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Genomics v3.1 10x Genomics v3.1系统
17 2026-10-05
Long noncoding RNA Malat1 protects against osteoporosis and bone metastasis
2024-03-16, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究发现长链非编码RNA Malat1在破骨细胞生成过程中下调,并通过结合Tead3蛋白阻断Nfatc1的激活,从而抑制破骨细胞分化,保护机体免受骨质疏松和骨转移 首次揭示Malat1作为骨质疏松和骨转移的保护因子,阐明了Malat1通过结合Tead3蛋白竞争性阻断Nfatc1激活的分子机制,并通过单细胞转录组分析临床骨样本验证了MALAT1表达降低与骨质疏松和转移性骨病变的关联 摘要中未明确提及研究局限性 探索MALAT1在生理和病理过程中的基本作用,特别是其在骨质疏松和骨转移中的功能及机制 人类和小鼠的破骨细胞、Malat1敲除小鼠、黑色素瘤和乳腺肿瘤细胞、临床骨样本 机器学习 骨质疏松, 骨转移, 乳腺癌, 黑色素瘤 单细胞转录组测序, 基因敲除, 基因回补实验 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
18 2026-10-05
Temporospatial hierarchy and allele-specific expression of zygotic genome activation revealed by distant interspecific urochordate hybrids
2024-03-16, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过构建两种深度分化的海鞘物种杂交体,对称记录了合子基因组激活的动态过程 利用两种深度分化(1.2亿年)的海鞘物种杂交体,对称地解析了合子基因组激活的时空层级和等位基因特异性表达 摘要中未明确提及研究局限性 揭示合子基因组激活过程中大规模基因组激活和等位基因特异性表达的机制 两种深度分化的海鞘物种杂交体 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
19 2026-10-05
CD38-RyR2 axis-mediated signaling impedes CD8+ T cell response to anti-PD1 therapy in cancer
2024-03-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 该研究揭示了CD38通过RyR2钙通道激活和AKT持续活化导致CD8 T细胞终末耗竭并抑制TCF1表达,从而阻碍抗PD1治疗响应的分子机制 首次阐明CD38-RyR2轴介导的信号通路通过钙离子内流激活AKT进而抑制TCF1表达,驱动CD8 T细胞终末耗竭并导致抗PD1治疗耐药 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化有效性和安全性仍需进一步验证 探究CD38在CD8 T细胞终末耗竭及抗PD1治疗耐药中的分子机制并寻找潜在干预靶点 肿瘤浸润CD8 T细胞、体外慢性刺激CD8 T细胞、肿瘤反应性CD8 T细胞 单细胞转录组学、肿瘤免疫学 癌症 单细胞RNA测序、基因敲除、基因敲低、流式细胞术 NA 单细胞转录组数据、表型数据、功能数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
20 2026-10-05
Tracking early mammalian organogenesis - prediction and validation of differentiation trajectories at whole organism scale
2024-02-01, Development (Cambridge, England)
研究论文 该研究通过大规模单细胞转录组测序重建了小鼠从原肠胚形成到器官发生的早期胚胎发育分化轨迹,并结合移植实验验证了计算预测的细胞命运 构建了超过40万个细胞的从早期原肠胚形成到器官发生的密集时间序列图谱,鉴定出体节来源内皮的新发育程序,并将经典移植实验与单细胞转录组测序相结合验证计算预测的细胞命运 研究仅覆盖小鼠胚胎E6.5至E9.5的发育阶段,体外胚胎培养时间仅为24小时,可能无法完全反映体内发育的完整过程 追踪和重建早期哺乳动物器官发生过程中细胞分化轨迹,并在全生物体尺度上预测和验证细胞命运 小鼠胚胎(E6.5至E9.5),包括E7.5原肠胚的四个相邻区域 单细胞转录组学,发育生物学 NA 单细胞RNA测序 计算谱系重建 单细胞转录组数据、图像 超过400,000个单细胞(其中新采样约300,000个来自E8.5至E9.5小鼠胚胎) NA single-cell RNA-seq NA NA
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