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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-18 |
CEP-IP: An explainable framework for cell subpopulation identification in single-cell transcriptomics
2026-Aug-01, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2026.109372
PMID:42070479
|
研究论文 | 提出一种名为CEP-IP的可解释机器学习框架,用于在单细胞转录组学中识别具有强单调基因模块关系的细胞亚群 | 首次引入可解释机器学习框架CEP-IP,通过单细胞解释力分类和拐点分析识别具有成对单调基因模块关系的细胞亚群,解决了现有scRNA-seq框架缺乏可解释性的问题 | 未明确说明局限性,但可能受限于仅验证了前列腺癌、Allen中间颞叶和胶质母细胞瘤数据集,泛化性需进一步研究 | 开发一种可解释框架来识别单细胞转录组中具有强单调基因模块关系的细胞亚群 | 前列腺癌scRNA-seq数据集、Allen中间颞叶数据集、Neftel胶质母细胞瘤多形性数据集 | 机器学习 | 前列腺癌、胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | 广义加性模型 | 单细胞转录组数据 | 三个独立scRNA-seq数据集,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-18 |
TCEP flame retardant linked to prostate cancer progression: Integrative analysis and novel biomarker discovery
2026-Jul-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2026.128248
PMID:42092422
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研究论文 | 研究了阻燃剂TCEP对前列腺癌进展的影响,通过多组学分析发现了一种新型生物标志物 | 首次揭示了TCEP暴露可驱动前列腺癌进展与转移,并发现了四个基因的预后生物标志物组合 | 分子对接模拟需进一步实验验证,且研究仅基于细胞系和动物模型 | 探究TCEP对前列腺癌侵袭性的影响及其分子机制 | 前列腺癌细胞系DU-145和LNCaP、小鼠异种移植模型、患者转录组数据(TCGA-PRAD) | 数字病理学 | 前列腺癌 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、分子对接模拟 | 无特定模型 | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 两种细胞系及小鼠模型,患者数据来自TCGA数据库 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-18 |
Serum procalcitonin: A novel tumor biomarker for diagnosis and disease monitoring in fibrolamellar hepatocellular carcinoma
2026-Jun, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2026.01.015
PMID:41654224
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研究论文 | 该研究探讨血清降钙素原作为纤维板层肝细胞癌的新型肿瘤标志物,用于诊断和疾病监测 | 首次发现并验证降钙素原在纤维板层癌中显著升高,可作为特异性血清生物标志物,优于传统标志物 | 样本量较小(18例FLC患者),需在更大更多样化的队列中进行前瞻性研究以完善诊断阈值并确认特异性 | 评估血清降钙素原在纤维板层肝细胞癌诊断和监测中的价值 | 纤维板层癌、肝细胞癌、胆管癌、肝硬化患者及不同肝肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序、空间转录组学、免疫组化 | NA | 基因表达数据、组织图像 | 18例FLC患者(34份血清)、64例HCC、24例CCA、20例肝硬化;RNA测序:27例FLC、331例HCC、39例CCA、71例肝母细胞瘤、34例肝腺瘤、55份非肿瘤肝组织;空间转录组学:3例FLC肿瘤;免疫组化:13例FLC肿瘤和34例其他肝肿瘤 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-18 |
Integrating multiomic layers to decode psychiatric disease mechanisms
2026-Jun, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2026.102451
PMID:41831411
|
综述 | 整合多组学方法解码精神疾病分子机制 | 强调通过单细胞转录组学、表观基因组学、蛋白质组学和空间图谱等多组学技术,将遗传变异与基因调控、细胞类型易感性和回路功能障碍进行整合分析,推动从变异到机制和回路的研究范式转变 | NA | 阐述多组学技术在解码精神疾病遗传机制中的最新进展与整合策略 | 精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症等精神疾病 | NA | 精神疾病 | 单细胞转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、空间图谱 | NA | 单细胞转录组数据、表观基因组数据、蛋白质组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-18 |
Oscillatory gene expression in cell differentiation and tissue patterning
2026-Jun, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2026.102470
PMID:41967294
|
综述 | 探讨振荡基因表达在细胞分化和组织模式形成中的功能作用 | 结合成像技术和单细胞转录组学的最新进展,揭示超日节律基因表达在细胞命运决定中的调控机制 | 振荡基因表达的生物学功能仍不完全清楚,需要进一步研究 | 总结振荡基因表达在细胞命运调控中的功能作用进展 | 振荡基因表达模式及其在细胞分化和组织模式中的作用 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞转录组测序技术 |
| 6 | 2026-05-18 |
Single-cell profiling of T/NK cell glycosylation and interaction networks during liver cirrhosis
2026-Jun, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.dld.2026.02.019
PMID:41991450
|
研究论文 | 本研究整合单细胞转录组学和糖基化分析,探索肝硬化进展中T/NK细胞糖基化相关基因表达和细胞相互作用的改变 | 首次从单细胞水平系统分析肝硬化中T/NK细胞的糖基化变化及其在免疫失调中的作用 | 研究未提供具体样本大小和验证实验,结论基于单一技术平台 | 探究肝硬化过程中T/NK细胞糖基化模式变化及其对免疫调节的影响 | 肝硬化患者与健康对照的肝脏组织中T/NK细胞 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-18 |
Integrative multi-omics analysis identifies a core ferroptosis signature and validates resveratrol as a novel inducer in pancreatic cancer
2026-May-16, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05385-8
PMID:42142137
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研究论文 | 通过整合多组学数据识别胰腺导管腺癌的铁死亡核心特征,并验证白藜芦醇作为新型铁死亡诱导剂的作用 | 首次通过整合转录组学、机器学习和单细胞转录组分析,系统识别胰腺癌铁死亡核心基因网络,并揭示白藜芦醇通过HIF-1/TGF-β信号通路和巨噬细胞串扰诱导铁死亡的机制 | 主要基于公开数据集和体外实验验证,缺乏大规模临床样本和体内动物模型的进一步确认 | 探索胰腺导管腺癌中铁死亡的调控机制,并评估白藜芦醇作为新型铁死亡诱导剂的治疗潜力 | 胰腺导管腺癌患者的转录组数据和肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 转录组测序, 单细胞转录组测序, 机器学习, 分子对接 | LASSO回归, SVM-RFE, WGCNA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 整合GSE28735和GSE62452两个数据集,以及单细胞数据集GSE197177,具体样本数量未明确 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-05-18 |
Whole genome methylation profiling of menstrual stem cells identifies novel biomarkers for endometriosis
2026-May-16, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-026-01641-3
PMID:42143138
|
研究论文 | 通过月经干细胞全基因组甲基化测序,鉴定了子宫内膜异位症的新型生物标志物,并评估其诊断性能 | 首次利用月经血来源干细胞的DNA甲基化谱作为非侵入性诊断工具,结合机器学习模型实现高准确率分类,并整合单细胞RNA测序数据验证生物学相关性 | 样本量较小(42例),未提及外部独立验证队列,缺乏纵向随访数据验证早期诊断潜力 | 开发子宫内膜异位症的非侵入性诊断生物标志物,揭示疾病发病机制的表观遗传学基础 | 子宫内膜异位症患者和健康对照女性的月经血来源干细胞 | 机器学习 | 子宫内膜异位症 | 全基因组甲基化测序,单细胞RNA测序 | 机器学习模型(具体类型未指定) | 甲基化序列数据,单细胞RNA表达数据 | 42例女性(19例子宫内膜异位症,23例对照) | Illumina | 全基因组甲基化测序,单细胞RNA测序 | Illumina测序平台(具体产品未指明),单细胞RNA测序平台(未指明) | NA |
| 9 | 2026-05-18 |
EPHB2 drives EMT-linked vasculogenic mimicry and cervical cancer progression via an ERK-ETV4 transcriptional program
2026-May-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08300-0
PMID:42143313
|
研究论文 | 发现EPHB2通过ERK-ETV4转录程序驱动宫颈癌中EMT相关的血管生成拟态和癌症进展 | 首次阐明EPHB2在宫颈癌中通过ERK-ETV4信号轴协调EMT与血管生成拟态机制,并提出其作为侵袭性宫颈癌的生物标志物和治疗靶点 | 未明确EPHB2-ERK-ETV4模块在临床样本中的直接验证以及与其他信号通路的交叉调控 | 阐明EPHB2在宫颈癌血管生成拟态和上皮-间充质转化中的功能角色及分子机制 | 宫颈癌患者组织样本、HeLa细胞、SiHa细胞及异种移植小鼠模型 | 机器学习 | 宫颈癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组化, 实时定量PCR, Western blot, 功能获得和缺失实验 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 临床病理数据 | 公共转录组队列GSE168244(肿瘤vs正常), GSE138080(癌前vs正常); TCGA-CESC队列; 单细胞RNA-seq数据GSE168652; 机构IHC队列 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina测序平台(通过公共数据来源) | NA |
| 10 | 2026-05-18 |
A multi-omics dissection of INHBA+ CAF-mediated epithelial-mesenchymal transition and immune suppression in colorectal cancer
2026-May-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08232-9
PMID:42143353
|
研究论文 | 通过对结直肠癌组织的单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了INHBA+癌症相关成纤维细胞在促进上皮-间充质转化和免疫抑制中的空间功能分工 | 首次通过高分辨率Xenium原位转录组学结合单细胞测序,揭示了两种空间隔离的INHBA+ CAF亚群(肌成纤维细胞CAF和炎症CAF)在结直肠癌中分别驱动EMT和免疫抑制的分工机制 | 未在摘要中明确说明局限性 | 阐明结直肠癌中特定CAF亚群的空间功能异质性及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用 | 结直肠癌组织样本中的癌症相关成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, Xenium原位转录组学, 空间转录组学, 免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 组织图像 | 结直肠癌组织样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Xenium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序, 10x Xenium 原位分析平台用于高分辨率空间转录组学 |
| 11 | 2026-05-18 |
NPC2 deficiency as a potential target drives malignancy and chemo-resistance in DLBCL
2026-May-16, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-026-00833-0
PMID:42143364
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析,发现NPC2在弥漫大B细胞淋巴瘤中低表达与不良预后和化疗耐药相关,并通过线粒体功能障碍和细胞运动增强促进肿瘤恶性进展 | 首次揭示NPC2通过调控线粒体功能和细胞运动性驱动弥漫大B细胞淋巴瘤的侵袭性和化疗耐药,并验证其作为潜在治疗靶点的价值 | 研究中未涉及NPC2的上游调控机制及下游关键信号通路的具体分子细节,且实验仅在两种细胞系和一种小鼠模型中验证 | 探索弥漫大B细胞淋巴瘤进展和化疗耐药的分子机制,寻找新的治疗靶点 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者样本数据、SU-DHL-4和SU-DHL-2细胞系、NOD-SCID小鼠移植瘤模型 | 机器学习 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自公共数据库的弥漫大B细胞淋巴瘤单细胞RNA测序数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序 |
| 12 | 2026-05-18 |
Inhibition of macrophage migration inhibitory factor attenuates bleomycin-induced murine pulmonary fibrosis via the MAPK pathway
2026-May-16, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-026-03722-2
PMID:42143357
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和体内外实验,研究巨噬细胞迁移抑制因子(MIF)通过CD74依赖的MAPK通路促进肺纤维化的分子机制 | 首次利用单细胞RNA测序揭示MIF-CD74是肺纤维化中巨噬细胞-成纤维细胞的主要通讯轴,并阐明MAPK通路是下游关键信号机制 | 未提及 | 探究MIF是否通过CD74受体激活特定下游通路,调控成纤维细胞增殖和基质产生,驱动肺纤维化 | 特发性肺纤维化患者、C57BL/6J小鼠、Mif基因敲除小鼠、巨噬细胞-成纤维细胞共培养体系 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、ELISA、qRT-PCR、Western blotting | NA | 基因表达数据 | 特发性肺纤维化患者血清样本和小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-18 |
The impact of hypoxia and glycolysis on liver fibrosis
2026-May-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08147-5
PMID:42143369
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研究论文 | 系统分析缺氧、糖酵解和乳酰化相关基因在肝纤维化中的作用,并探索潜在诊断标志物和药物重利用策略 | 首次系统鉴定了HGLRGs在肝纤维化中的差异表达,并整合单细胞转录组学验证,同时筛选出FDA批准药物作为潜在靶向治疗剂 | 未提及具体局限性,可能包括样本来源有限、缺乏体外或体内验证实验 | 阐明缺氧、糖酵解和乳酰化相关基因在肝纤维化进展中的功能及诊断价值 | 肝纤维化样本的转录组数据及单细胞转录组数据 | 机器学习 | 肝纤维化 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-05-18 |
Targeting CXCR6 suppresses granuloma formation and pulmonary fibrosis through inhibiting Th17 responses in sarcoidosis
2026-May-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116845
PMID:42143504
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研究论文 | 本研究证实靶向CXCR6可抑制结节病中Th17反应,从而减少肉芽肿形成和肺纤维化 | 首次在结节病中揭示CXCR6+ CD4+ T细胞通过Th17/Th17.1表型驱动肉芽肿形成,并验证抗CXCR6单克隆抗体通过抑制mTORC1信号通路减轻肺纤维化的治疗潜力 | 未明确说明,但可从实验仅在小鼠模型中进行推断,缺乏人体临床试验验证 | 探究CXCR6在结节病发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 结节病患者病变组织样本及痤疮丙酸杆菌诱导的结节病样模型小鼠 | 数字病理学 | 结节病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 结节病患者病变组织及模型小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 使用10x Chromium平台进行单细胞RNA测序分析 |
| 15 | 2026-05-18 |
Targeting LRRC15 in Cancer-Associated Fibroblasts Modifies the Extracellular Matrix and Enhances Tumor Immune Responses to Suppress Lung Cancer Progression
2026-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2871
PMID:41591362
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研究论文 | 本研究识别出LRRC15+肿瘤相关成纤维细胞(CAF)为肺癌特异性亚群,并证明靶向LRRC15可通过调节细胞外基质和免疫反应抑制肺癌进展 | 首次提出LRRC15作为肺癌中CAF的潜在治疗靶点,并开发了靶向LRRC15和TGFβ的双特异性抗体 | NA | 探索靶向CAF中LRRC15对肺癌进展的影响及其机制 | 肺癌小鼠模型中的肿瘤相关成纤维细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞转录组学、双特异性抗体技术 | NA | 文本 | 小鼠模型(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-05-18 |
Spatial Transcriptomics Reveals Location-Specific Tumor Cell Subtypes and Signaling within Multifocal Small Intestinal Neuroendocrine Tumors
2026-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2854
PMID:41779010
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研究论文 | 通过空间转录组学揭示多灶性小肠神经内分泌肿瘤中位置特异性的肿瘤细胞亚型和信号通路 | 首次通过空间转录组学揭示多灶性小肠神经内分泌肿瘤在不同解剖位置存在四种转录组学亚型及其独特的配体-受体相互作用网络 | 需要进一步的验证,样本量有限 | 表征多灶性小肠神经内分泌肿瘤中肿瘤细胞群在不同解剖部位的细胞表型并识别影响肿瘤发展的局部微环境因素 | 来自4例多灶性小肠神经内分泌肿瘤患者的72个组织微阵列核心,包括小肠各解剖层的肿瘤和非肿瘤组织以及区域转移部位 | 空间转录组学 | 小肠神经内分泌肿瘤 | 空间转录组学,免疫组织化学,免疫荧光 | NA | 空间转录组数据 | 4例患者,72个组织微阵列核心 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2026-05-18 |
In vivo CRISPR screens identify CBX4 as an epigenetic regulator for cancer immunotherapy
2026-May-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI200564
PMID:41915438
|
研究论文 | 通过体内CRISPR筛选发现CBX4作为表观遗传调控因子在癌症免疫治疗中发挥作用 | 首次通过体内CRISPR筛选发现CBX4是免疫肿瘤微环境的关键负调控因子,并揭示其通过表观遗传沉默逆转录转座子调控免疫应答的机制 | 研究主要在动物模型中进行,对人类患者的直接适用性需进一步验证 | 探究表观遗传失调如何影响免疫逃逸和免疫检查点阻断治疗抵抗 | 小鼠肿瘤模型、接受新辅助抗PD-1治疗的肝癌患者 | 机器学习 | 肝癌 | CRISPR/Cas9筛选,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肿瘤模型及肝癌患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序及空间转录组学分析 |
| 18 | 2026-05-18 |
Discovery and Evaluation of Biomarkers for Triple-Negative Breast Cancer Subtypes Uncovers Patient Stratification and Targeted Therapeutic Strategies
2026-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2758
PMID:41671401
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据分析识别基底标志物,改进三阴性乳腺癌亚型分类,并发现达沙替尼作为潜在治疗药物 | 首次利用单细胞RNA测序数据定义基底乳腺上皮特异性基因集,结合免疫组化验证,建立新的真基底三阴性乳腺癌亚型,并通过高通量药物筛选发现达沙替尼的靶向治疗潜力 | 未提及局限性 | 识别三阴性乳腺癌亚型的生物标志物,改进患者分层,发现靶向治疗策略 | 三阴性乳腺癌患者及患者来源异种移植模型 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个独立三阴性乳腺癌队列 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 19 | 2026-05-18 |
Functional targeting of PTTG1 in pericytes restores vascular integrity in diabetic retina
2026-May-15, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aea0542
PMID:42139353
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和功能研究,发现PTTG1基因在糖尿病视网膜病变周细胞中高表达,敲低该基因可恢复血管完整性 | 首次识别出PTTG1高表达的周细胞亚群在糖尿病视网膜中富集,并证实其作为代谢稳态调节因子可成为糖尿病微血管并发症的治疗靶点 | 摘要未提及研究局限性 | 探究糖尿病视网膜病变中周细胞功能障碍的分子机制及潜在治疗靶点 | 糖尿病与非糖尿病小鼠视网膜中的周细胞 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9、小干扰RNA、代谢组学、转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据、代谢组数据 | 37982个细胞(来自糖尿病和非糖尿病小鼠视网膜) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-05-18 |
Stable maintenance of MERVL-positive embryonic stem cells reveals sustained transcriptional programs and enhancer remodeling
2026-May-15, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2026.113166
PMID:42142582
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研究论文 | 该研究展示了MERVL阳性胚胎干细胞的可稳定维持,揭示了持续的转录程序与增强子重塑 | 首次在体外实现MERVL阳性胚胎干细胞的稳定维持,揭示了其与常规胚胎干细胞不同的持续转录活性及增强子重塑机制 | 信息不足,无法确定 | 探究MERVL阳性胚胎干细胞的稳定维持机制及其转录与表观遗传特征 | 小鼠胚胎干细胞及其MERVL阳性亚群 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 表观基因组分析 | 机器学习模型 | 图像, 文本, 视频 | 涉及多个胚胎干细胞系(包括Red和Mosaic品系) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |