单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 42818 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-08-29
Endovascular biopsy in neurointerventional surgery: A systematic review
2026-Aug, Interventional neuroradiology : journal of peritherapeutic neuroradiology, surgical procedures and related neurosciences IF:1.5Q3
系统综述 对神经介入手术中血管内活检技术的系统综述,总结了其在内皮细胞采集、基因表达谱分析及脑血管疾病生物标志物识别方面的应用与挑战 首次系统性地综述了神经介入手术中血管内活检技术的应用,并探讨了单细胞RNA测序等下游分析在脑血管疾病中的潜力 纳入的研究数量有限,样本量普遍较小,难以识别动脉瘤生长或破裂的‘特征基因’,且在内皮细胞获取数量和一致性方面存在挑战 总结神经介入手术中血管内活检的现有文献,评估其在脑血管疾病(如颅内动脉瘤和动静脉畸形)分子研究中的应用价值 内皮细胞(ECs),来源于脑血管病变组织,采集自神经介入手术中的患者 数字病理学 脑血管疾病(颅内动脉瘤、动静脉畸形) 血管内活检、荧光激活细胞分选(FACS)、批量RNA测序、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据(RNA测序)、文献数据 9项研究 NA 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq NA NA
2 2026-08-29
Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity of mucosaassociated invariant T cells in donor grafts and its diagnostic relevance in gastrointestinal graft-versus-host disease
2026-01-01, Haematologica IF:8.2Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序研究供体移植物中黏膜相关恒定T细胞的异质性,并评估其在胃肠道移植物抗宿主病中的诊断价值 首次揭示G-CSF通过受体CSF3R增强MAIT细胞的免疫抑制和组织修复功能,并鉴定CXCR6-CXCR16轴在MAIT细胞向肠道迁移中的关键作用,开发了基于MAIT细胞频率和功能标志物的流式细胞术预测模型,将aGVHD预测提前至移植前阶段 未提及 探究G-CSF动员对MAIT细胞的影响及其在肠道移植物抗宿主病中的保护机制,并开发预测模型 供体G-CSF动员外周血干细胞移植物中的MAIT细胞及受体小鼠模型 单细胞转录组学 胃肠道移植物抗宿主病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
3 2026-08-29
Decrypting cancer's spatial code: from single cells to tissue niches
2025-12, Molecular oncology IF:5.0Q1
综述 本文综述了空间转录组学在癌症研究中的应用,探讨了定义细胞状态、描绘细胞微环境以及整合空间数据与其他模态以推动临床转化等关键挑战 提出了将经典生物统计方法、地理空间分析方法和人工智能技术相结合的新分析框架,以应对空间转录组学数据带来的挑战,强调将癌症视为一个相互连接的微环境演化系统 未提供具体的实验验证或数据支持,主要基于已有文献和概念性讨论 探讨癌症空间转录组学中新兴的三大主题(细胞状态定义、细胞微环境描绘和数据整合),并讨论应对这些挑战的分析方法及其未来应用方向 癌症组织中的空间转录组学数据及相关的分析框架 空间转录组学 癌症 空间转录组学 NA 空间基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
4 2026-08-29
Single-cell transcriptomics redefines focal neuroendocrine differentiation as a distinct prostate cancer pathology
2025-10, Molecular oncology IF:5.0Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序重新定义了局灶性神经内分泌分化作为前列腺癌的一种独特病理类型 首次通过单细胞转录组学揭示不同神经内分泌前列腺癌病理亚型间具有独特的转录特征,特别是发现局灶性神经内分泌分化(Focal NED)具有独特的生物学背景和临床意义 研究仅基于患者来源的异种移植模型,未涉及原发肿瘤样本,可能影响结果的临床直接相关性 探究不同神经内分泌前列腺癌病理亚型是否具有独特的转录特征,并重新定义局灶性神经内分泌分化 来自九个患者来源异种移植模型的18632个肿瘤细胞,涵盖五种病理类型(小细胞、大细胞神经内分泌癌、局灶性神经内分泌分化、低级别神经内分泌和双分泌型) 单细胞转录组学 前列腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 18632个肿瘤细胞,来自9个患者来源异种移植模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-08-29
Stage-specific regulation by autophagy-related transcription factors drives hematopoietic stem cell formation
2025-Oct, Autophagy IF:14.6Q1
研究论文 本研究结合单细胞RNA测序和metaTF分析,解析小鼠造血干细胞发育六个连续阶段中自噬相关转录因子的阶段特异性调控机制 首次通过转录因子活性而非仅转录丰度来表征自噬相关转录因子在造血干细胞发育中的细胞类型特异性,并构建了T1和T2前造血干细胞阶段特异性的自噬相关转录因子-靶基因网络,揭示前造血干细胞阶段的功能划分 摘要未提及研究的局限性 解析自噬相关转录因子在造血干细胞发育过程中的上游转录调控机制 小鼠造血干细胞发育的六个连续阶段,包括胚胎期E10.5的主动脉-性腺-中肾区、E12.5/E14.5的胎肝以及成年骨髓 单细胞转录组学 不适用 单细胞RNA测序 metaTF 单细胞转录组数据 六个发育阶段的小鼠样本 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
6 2026-08-29
RELA Haploinsufficiency Manifesting as an Atypical Phenotype of Crohn's Disease
2025-10-01, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1
研究论文 本研究描述了一例由RELA单倍剂量不足引起的非典型克罗恩病表型,并通过全外显子测序、蛋白质功能分析和免疫图谱分析揭示了其临床、基因组和免疫特征。 首次将RELA单倍剂量不足与克罗恩病样表型联系起来,并详细描述了其免疫学特征,包括Treg细胞减少、干扰素签名增强和促炎T细胞反应。 仅基于一例患者,需要更多病例验证,且功能实验未覆盖所有RELA变异。 表征RELA单倍剂量不足患者的临床、基因组和免疫特征,并探讨其与克罗恩病表型的关联。 一名17岁男性克罗恩病患者,伴有肛周瘘管、慢性皮肤黏膜念珠菌病和慢性淋巴细胞减少症。 基因组学、免疫学、数字病理学 克罗恩病 全外显子测序、Sanger测序、蛋白质建模、Western blot、免疫荧光、NF-κB激活实验、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序 NA 基因组数据、蛋白质表达数据、免疫细胞数据 1例患者及对照样本 NA 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术 NA NA
7 2026-08-29
Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation
2025-09, Molecular oncology IF:5.0Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析胶质母细胞瘤不同区域内壁细胞的转录组特征,发现靠近肿瘤的细胞表现免疫调节功能变化 首次揭示胶质母细胞瘤微环境中壁细胞在空间上的转录异质性,并发现肿瘤邻近区域壁细胞与免疫细胞的配体-受体相互作用增强 未明确说明 探究壁细胞与免疫细胞的相互作用是否因其与肿瘤的邻近程度而不同 小鼠和人类胶质母细胞瘤样本中的壁细胞(包括周细胞和平滑肌细胞) 单细胞转录组学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序 未明确 单细胞转录组数据 小鼠和人类胶质母细胞瘤样本(具体数量未提及) 未明确 单细胞RNA测序 未明确 未明确
8 2026-08-29
MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions
2025-07-01, Journal of cell science IF:3.3Q3
研究论文 介绍MatriCom,一个基于单细胞RNA测序数据挖掘工具,用于推断细胞与细胞外基质(ECM)之间的相互作用。 开发了独特的MatriComDB数据库,包含超过25,000个经过整理的涉及基质组分的相互作用,并考虑ECM蛋白相互作用的特定规则。 未在摘要中明确提及限制。 提供一种从单细胞RNA测序数据推断ECM组分之间及不同细胞群体与ECM之间通讯的方法。 人类肾脏组织及46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集。 生物信息学 不适用 单细胞RNA测序 不适用 基因表达数据 1个人类肾脏和46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
9 2026-08-29
Virus-associated inflammation imprints an inflammatory profile on monocyte-derived macrophages in the human liver
2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 该研究通过纵向采样慢性乙型肝炎患者的肝脏,结合单细胞RNA测序,探究病毒相关炎症如何对单核细胞衍生的巨噬细胞印刻炎症特征,并影响肝脏疾病进展。 首次在人体肝脏中揭示炎症环境可对单核细胞衍生的巨噬细胞(iMacs)形成持久转录印记,即使炎症消退后其核心特征仍保留,区别于库普弗细胞和健康或肝硬化肝脏中的巨噬细胞。 摘要未明确提及局限性,但可推测样本量可能有限,且研究聚焦于乙型肝炎相关炎症,可能不适用于其他肝病类型。 探究慢性肝脏炎症如何重塑巨噬细胞群体,以及炎症消退后是否留下持久的功能印记,从而影响肝病进展和免疫治疗。 慢性乙型肝炎患者(存在活动性肝脏炎症并开始抗病毒治疗)的血液和肝脏样本,以及肝组织中的免疫细胞,特别是巨噬细胞亚群。 机器学习和数字病理学 慢性肝炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确提及,但为纵向样本,涉及多名慢性乙型肝炎患者 NA 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'转录组测序
10 2026-08-29
Integrative bioinformatics analysis reveals mitochondrial-Immune crosstalk in depression and stroke: a multi-omics mechanistic exploration
2025-04-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1
研究论文 通过整合生物信息学分析揭示抑郁与卒中中线粒体-免疫串扰的多组学机制探索 首次通过多组学整合分析揭示抑郁与卒中中线粒体代谢与免疫微环境的复杂交互作用,并识别出十个关键线粒体差异表达基因及潜在治疗药物 基于公共数据集的生物信息学分析,缺乏实验验证,且样本可能受批次效应影响 阐明线粒体代谢和免疫微环境在抑郁及卒中发病机制中的不同作用及其相互作用,并探索潜在治疗靶点 抑郁和卒中患者的基因表达数据以及线粒体相关基因数据 生物信息学 抑郁症, 卒中, 卒中后抑郁 基因表达分析, 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据, 单细胞转录组数据 NA NA NA NA NA
11 2026-08-29
Integrated genetic analysis and single cell-RNA sequencing for brain image-derived phenotypes and Parkinson's disease
2025-04-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1
研究论文 本研究通过整合遗传分析和单细胞RNA测序,探索脑图像衍生表型与帕金森病之间的遗传和生物学联系 首次综合使用GWAS汇总统计和单细胞RNA测序数据,系统揭示脑IDPs与帕金森病的共享遗传结构和生物学机制,发现如右丘脑体积增加与PD风险相关的因果证据 未提及具体局限性,可能包括样本选择偏差、遗传关联的因果关系需进一步验证等 揭示脑图像衍生表型与帕金森病之间的遗传和生物学联系 624个脑IDPs和帕金森病 遗传学 帕金森病 GWAS, 单细胞RNA测序, LDSC, MR, MAGMA, PLACO, 通路富集分析 NA 基因组数据(GWAS汇总统计)和单细胞RNA测序数据 未明确,但包含GWAS汇总统计和scRNA-seq数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
12 2026-08-29
paraCell: a novel software tool for the interactive analysis and visualization of standard and dual host-parasite single-cell RNA-seq data
2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 介绍了一种名为paraCell的新型软件工具,用于交互式分析和可视化标准及双宿主-寄生虫单细胞RNA-seq数据 paraCell无需编程能力即可可视化和分析预加载的单细胞数据,并支持宿主-寄生虫相互作用的双RNA-seq数据分析 文中未提及明确的局限性 为寄生虫学领域提供无需编程技能的单细胞数据分析工具,促进数据整合和可视化 疟原虫、锥虫、弓形虫-小鼠和泰勒虫-牛的单细胞RNA-seq数据集 生物信息学 寄生虫病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 包含疟原虫和锥虫的公开数据集,以及弓形虫-小鼠和泰勒虫-牛的新生成数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
13 2026-08-29
Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans
2025-01-08, Genetics IF:3.3Q2
综述 本文概述了用于秀丽隐杆线虫基因表达检测的各种方法,包括原位检测、批量RNA测序、单细胞RNA测序及高通量蛋白质组学,并讨论了方法选择要点及公共数据资源 系统性地总结了近年来发展的高分辨率基因表达检测技术在线虫中的应用,并提供了方法选择指南和公共资源概览 未提及 为秀丽隐杆线虫研究者提供基因表达检测方法的全面概述和选择指导 秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans) 基因表达分析 不适用 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 原位杂交 NA 基因表达数据 NA NA 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
14 2026-08-29
HDC/histamine Signaling Axis Drives Macrophage Reprogramming to Promote Angiogenesis in Hindlimb-Ischemic Mice
2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 本研究揭示了HDC/组胺信号轴在驱动巨噬细胞重编程以促进后肢缺血小鼠血管生成中的作用 首次发现HDC在Ly6C巨噬细胞中高表达而非内皮细胞,并鉴定出HDC+CXCR2+巨噬细胞亚群,提出HDC/组胺信号轴通过调控巨噬细胞分化促进血管生成的新机制 未明确提及 阐明HDC/组胺信号在巨噬细胞重编程和血管生成中的作用机制 后肢缺血小鼠模型中的巨噬细胞和内皮细胞 数字病理学 外周血管疾病 单细胞测序 NA 单细胞转录组数据 未明确提及样本数量,使用Hdc-GFP转基因小鼠后肢缺血模型 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'转录组测序
15 2026-08-29
Macrophage KDM2A promotes atherosclerosis via regulating FYN and inducing inflammatory response
2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 本研究通过转录调控网络和机器学习识别巨噬细胞特异性转录调控因子KDM2A,揭示其通过调控靶基因FYN促进炎症反应,从而推动动脉粥样硬化发展 首次揭示KDM2A在动脉粥样硬化巨噬细胞炎症反应中的转录调控作用,并通过虚拟筛选发现潜在靶向药物 未明确提及研究局限性 探究巨噬细胞炎症反应的转录调控机制及其在动脉粥样硬化中的作用 人类动脉斑块样本、小鼠骨髓来源巨噬细胞、ApoE小鼠、外周血单核/巨噬细胞 机器学习, 生物信息学 动脉粥样硬化 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序, 免疫荧光, 孟德尔随机化 机器学习算法(未指定具体模型) 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 图像 未明确样本数量 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
16 2026-08-29
NAMPT Impairs Vascular Permeability in Periodontitis by Influencing FASN-mediated Lipogenesis
2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序发现牙周炎中NAMPT上调,通过影响FASN介导的脂质生成增加血管通透性,从而促进骨吸收 首次揭示NAMPT通过调控FASN介导的脂质生成影响内皮细胞通透性,从而参与牙周炎进展的新机制 未提及具体局限性,但可能包括研究仅在细胞和动物模型中进行,缺乏临床干预验证 探究调节内皮细胞通透性的关键分子及其在牙周炎进展中的作用 人及小鼠牙周炎组织、HUVEC内皮细胞、牙周炎小鼠模型 数字病理学 牙周炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、组织图像、细胞实验数据 未明确具体样本量,但包含人和小鼠牙周炎组织、HUVEC细胞系、牙周炎小鼠 NA 单细胞RNA测序 NA NA
17 2026-08-29
Skeletal stem/progenitor cell-derived rather than osteoblast-derived IGF2 supports the development and homeostasis of skeletal system via STAT3
2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 本研究揭示了骨骼干细胞/祖细胞来源的IGF2而非成骨细胞来源的IGF2,通过STAT3信号通路支持骨骼系统的发育和稳态 首次从细胞水平阐明IGF2在骨骼微环境中的表达模式,并证实SSPCs来源的IGF2而非成骨细胞来源的IGF2通过STAT3信号通路调控骨骼发育和稳态,且STAT3激动剂可逆转骨骼畸形 未提供明确的局限性信息 阐明IGF2在骨骼发育和稳态中的作用机制及其细胞来源 骨骼干细胞/祖细胞、成骨细胞、骨髓间充质干细胞、小鼠骨骼系统 数字病理学 Silver-Russell综合征相关骨骼畸形 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序(RNA-seq) 条件性基因敲除小鼠模型 基因表达数据、组织学图像 多种条件性基因敲除小鼠模型,具体数量未提及 NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
18 2026-08-29
Omics-based Approach Towards Macrophages: New Perspectives of Biology and Function in the Normal and Diseased Heart
2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
综述 本文系统总结了巨噬细胞在正常和疾病心脏中的生物学功能和表型异质性,重点阐述了多组学技术(如单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学)在揭示巨噬细胞异质性、细胞间相互作用及空间组织方面的最新进展。 利用多组学方法全面解析巨噬细胞在心血管疾病中的异质性和功能可塑性,为临床靶向巨噬细胞的策略提供了新的视角和参考依据。 作为综述,本文未包含原始实验数据,可能受限于现有研究的覆盖范围和文献选择偏差。 总结巨噬细胞在心血管疾病中的表型多样性和功能可塑性,并强调多组学方法提供的新见解,为临床治疗提供参考。 巨噬细胞在心脏生理和病理状态下的亚型、空间分布及功能特征。 多组学、心血管生物学 心血管疾病(心肌梗死、动脉粥样硬化、心力衰竭、心肌炎) 单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学 NA 基因表达数据、空间转录数据、代谢数据 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
19 2026-08-29
Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Analysis Reveals ECM-remodeling Cancer-associated Fibroblast-Derived POSTN as a Key Mediator in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Progression
2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 整合单细胞转录组和空间转录组数据,揭示细胞外基质重塑型癌症相关成纤维细胞来源的POSTN在胰腺导管腺癌进展中的关键作用 首次通过大规模单细胞和空间转录组整合分析,精确识别出细胞外基质重塑型成纤维细胞亚群,并阐明其通过POSTN-ITGAV/ITGB5配体-受体轴促进肿瘤上皮间质转化的新机制 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型的验证;临床样本量可能有限,需要更大规模的临床研究证实 解析胰腺导管腺癌中成纤维细胞的异质性及其与上皮细胞的相互作用,探索促进肿瘤进展的关键分子机制和治疗靶点 胰腺导管腺癌组织中的成纤维细胞亚群、上皮细胞及其细胞间相互作用 数字病理学 胰腺导管腺癌 单细胞转录组测序,空间转录组测序,免疫组化,药理学抑制实验 伪时间轨迹分析,转录因子分析,配体-受体相互作用分析 单细胞转录组数据,空间转录组数据,基因表达数据 大规模临床样本(具体数量未在摘要中提及) NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
20 2026-08-29
ITLN1 exacerbates Crohn's colitis by driving ZBP1-dependent PANoptosis in intestinal epithelial cells through antagonizing TRIM8-mediated CAPN2 ubiquitination
2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 本研究探讨了肠上皮细胞PANoptosis促进克罗恩病进展的机制,并确定了ITLN1-TRIM8-CAPN2轴的作用 首次发现ITLN1通过拮抗TRIM8介导的CAPN2泛素化,驱动ZBP1依赖性PANoptosis,从而加重克罗恩病结肠炎,并提出了靶向ITLN1的治疗策略 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚需临床验证;具体信号通路的细节未完全阐明 阐明ITLN1在克罗恩病中调控肠上皮细胞PANoptosis的分子机制,并评估其作为治疗靶点的潜力 克罗恩病患者的结肠组织、肠上皮细胞、IL-10基因敲除小鼠 免疫学 克罗恩病 单细胞RNA测序、共免疫沉淀、质谱、RNA测序、短发夹RNA敲低 体外细胞模型、小鼠模型 测序数据、蛋白质互作数据、组织病理数据 未明确样本数量,但包括克罗恩病患者和IL-10 KO小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
回到顶部