单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 45158 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-11-03 |
Multilevel Mechanisms by Which Membrane Transport Proteins Regulate Plant Responses to Heavy Metal Stress: From Ion Perception and Uptake Control to Systemic Signaling and Translational Perspectives
2026-Dec, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.70915
PMID:42782210
|
综述 | 该综述整合多尺度研究进展，构建了膜转运蛋白调控植物重金属胁迫响应的统一调控框架 | 从细胞外周、亚细胞、信号和全株四个层级系统整合膜转运蛋白调控重金属胁迫的机制，并对比超积累植物与低积累作物的物种特异性策略 | 本文为综述性文章，未提供新的原始实验数据，且对异源推断与植物体内验证的证据强度差异进行了批判性评估但未开展新验证 | 构建膜转运蛋白调控植物重金属胁迫响应的多层级统一调控框架，并为培育低积累高耐受作物提供路线图 | 植物膜转运蛋白及重金属胁迫下的植物响应，涉及镉、砷、铅、汞、锌过量与铜过量 | 植物科学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-11-03 |
Harmine selectively enhances human beta cell identity markers and function via protein kinase A pathways
2026-Dec, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-026-06857-5
PMID:42766004
|
研究论文 | 本文通过多种小分子DYRK1A抑制剂在人胰岛中的研究，发现harmine通过激活PKA通路（而非抑制DYRK1A）选择性增强人类β细胞身份标志物和功能 | 发现harmine增强β细胞身份标志物的效果并非源于DYRK1A抑制，而是通过激活一个未知的"靶点2"进而激活PKA通路；证明不同DYRK1A抑制剂不可互换 | 靶点2的具体分子身份尚未确定；harmine-PKA-DYRK1A相互作用组的复杂机制仍需进一步研究 | 鉴定harmine增强人类β细胞身份和功能标志物表达的第二个靶点（靶点2） | 人类胰岛和人类β细胞 | 糖尿病研究、细胞生物学 | 糖尿病 | 基因表达分析、单细胞RNA-seq、增殖实验、免疫细胞化学、固相沉淀结合蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据、图像、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-11-03 |
Spatial Acid-Associated Niches Inform Irinotecan-Based DEB-TACE in Colorectal Liver Metastases: A Multicentre Randomized Trial
2026-Dec, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70931
PMID:42969685
|
研究论文 | 该研究整合bulk、单细胞和空间转录组学及空间药理学推断，刻画结直肠癌肝转移中的酸相关微环境，并开展多中心随机试验比较两种载伊立替康微球行DEB-TACE的疗效 | 提出酸相关转录表型AcidScore并揭示其定位于SPP1+巨噬细胞与癌相关成纤维细胞构成的空间微环境；开发空间药理学推断方法SpaDR预测区域药物敏感性；在随机试验中验证UniPearls与HepaSphere微球的pH依赖性伊立替康释放差异及临床疗效差异 | 优效性结果对缺失结局假设敏感；样本量较小（35例）；需进一步开展前瞻性生物标志物分层研究验证 | 解析结直肠癌肝转移中转移微环境生物学与局部药物递送的关系，评估伊立替康DEB-TACE的合理性和两种微球平台的临床效果 | 不可切除的结直肠癌肝转移患者及CRLM肿瘤组织 | 数字病理, 空间转录组学, 肿瘤学 | 结直肠癌肝转移, 肝细胞癌 | bulk转录组学, 单细胞转录组学, 空间转录组学, 空间药理学推断(SpaDR) | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 临床数据 | 35例不可切除CRLM患者（四中心随机试验） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-11-03 |
Comprehensive approach to characterize the circuit between the E and the MVL concerned with visual processing in the avian pallium
2026-Nov-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.117356
PMID:42964836
|
研究论文 | 本文综合运用病毒示踪、单细胞RNA测序、电生理和三维重建等技术，解析了鸽子端脑E与MVL两个视觉处理区域之间的神经环路连接 | 首次系统描绘了鸟类端脑E与MVL之间的双向连接（以E→MVL为主），并结合单细胞转录组推断配体-受体互作强度、电生理感受野特征及SATB2细胞树突棘形态学特征进行多模态验证 | 研究对象仅为鸽子，样本量有限，未进行功能因果验证（如操纵环路后的行为学效应），且单细胞数据主要基于配体-受体互作预测 | 阐明鸟类端脑（鸽子）中E与MVL两个视觉处理区域之间的神经环路组织及其细胞与分子特征 | 鸽子（Columba livia）端脑中的entopallium（E）与mesopallium ventrolaterale（MVL）视觉处理区域及其SATB2阳性神经元 | 神经科学 | NA | 病毒示踪、单细胞RNA测序、电生理记录、免疫组化、三维重建 | NA | 图像、文本（单细胞转录组数据）、电生理信号 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-11-03 |
Autoimmune-shared immune states converge in a CXCL12-CXCR4 fibroblast-immune niche in chronic antibody-mediated rejection
2026-Nov-02, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-03017-4
PMID:42967934
|
研究论文 | 该研究整合单细胞测序、空间转录组学、流式细胞术和多重免疫荧光等技术，揭示慢性抗体介导排斥反应（CAMR）中循环免疫状态与移植肾内CXCL12-CXCR4成纤维细胞-免疫微环境的关联，并发现该免疫特征在自身免疫炎症中部分重现 | 首次将CAMR患者外周血和移植肾组织的单细胞图谱与大规模自身免疫和炎症疾病血液免疫参考数据及空间转录组数据整合，识别出CAMR相关的特定免疫亚群（SLC8A1单核/巨噬细胞、ANK3CD4记忆T细胞、ZEB2 T细胞、CD16 NK细胞），并定位CXCL12-CXCR4成纤维细胞-免疫微环境于血管周围区域，揭示同种免疫与自身免疫炎症共享的免疫状态和空间组织特征 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究CAMR中循环免疫状态如何与移植肾内空间组织的损伤相联系，以及相关免疫特征是否在自身免疫炎症中重现 | CAMR患者、移植肾功能稳定患者及健康对照者的外周血和肾移植组织样本，以及独立移植队列、类风湿关节炎和系统性红斑狼疮的空间转录组数据集 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、光谱流式细胞术、多重免疫荧光、批量转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据、流式细胞术数据、免疫荧光图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-11-03 |
Knockdown of the long isoform of the prolactin receptor selectively targets pathogenic immune cells in systemic lupus erythematosus and averts glomerular pathology
2026-Nov-02, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01881-2
PMID:42967941
|
研究论文 | 本文研究长型催乳素受体（LFPRLR）在系统性红斑狼疮（SLE）发病中的作用，并利用剪接调节寡核苷酸敲低LFPRLR，以选择性靶向致病免疫细胞并改善肾小球病理 | 首次揭示SLE免疫细胞中PRLR剪接异常（LF/SF比值升高）与疾病发病的因果关联；首次使用剪接调节寡核苷酸选择性敲低LFPRLR同时上调SFPRLR，且对健康供体细胞无不良影响 | 研究主要基于体外患者样本和SLE倾向小鼠模型，尚需进一步临床转化验证；剪接调节寡核苷酸的体内递送效率、长期安全性和药代动力学特征未充分阐明 | 探究PRLR不同剪接异构体在SLE发病机制中的贡献，并评估靶向LFPRLR作为SLE治疗策略的可行性 | SLE患者外周免疫细胞样本及SLE倾向小鼠模型 | 免疫学、分子医学 | 系统性红斑狼疮 | 剪接调节寡核苷酸、高维流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-11-03 |
RNAactDrug 2.0: an updated resource for systematically exploring molecular features associated with drug sensitivity across multi-omics datasets
2026-Nov-02, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag1117
PMID:42969048
|
研究论文 | 该文章介绍了更新后的RNAactDrug 2.0数据库，用于系统探索多组学数据中与药物敏感性相关的分子特征 | 显著扩展了数据规模（约3万种药物、38908个RNA分子、2280万条药物-RNA关联），整合了单细胞RNA测序数据和增强子相关分析，新增了七个功能分析工具 | 摘要中未明确提及 | 系统探索多组学数据中与药物敏感性相关的分子特征，支持耐药生物标志物发现和个性化治疗策略 | 药物、RNA分子（表达、拷贝数变异、突变、甲基化）、癌症病例、单细胞RNA测序数据、增强子 | 药物基因组学 | 泛癌症 | 多组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据（表达、拷贝数变异、突变、甲基化）、单细胞RNA测序数据、文本 | 来自大规模药物基因组学数据库的约3万种药物和38908个RNA分子；来自TCGA的11099例病例（33种癌症类型）；来自超过200个单细胞RNA测序数据集的约380万个细胞（涵盖34种癌症类型和38种组织）；26440个增强子和788444个药物-增强子关联 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 甲基化测序, 拷贝数变异分析, 突变分析 | NA | NA |
| 8 | 2026-11-03 |
Neoadjuvant PD-L1/TGF-β blockade can rapidly disrupt the tumor stroma in head and neck cancer patients
2026-Nov-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI198718
PMID:42969228
|
研究论文 | 本研究通过机会窗试验，分析新辅助双PD-L1/TGF-β抑制剂bintrafusp alfa治疗前后头颈鳞癌患者的肿瘤活检样本，发现治疗可快速破坏肿瘤基质 | 首次在头颈鳞癌患者中证明靶向TGF-β可在短时间内快速耗竭活化的LRRC15+癌症相关成纤维细胞并重塑基质结构，而非简单的成纤维细胞极化转变 | 最终临床队列样本量小（6例），无法评估治疗效果，需要进一步试验和新型生物标志物来筛选可能获益的患者 | 研究新辅助PD-L1/TGF-β双阻断治疗对头颈鳞癌肿瘤基质的影响 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者 | 肿瘤免疫学、单细胞组学 | 头颈癌 | scRNA-seq、空间转录组学、成像 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、图像 | 6例患者治疗前后肿瘤活检样本，另在6例新辅助BA治疗队列中独立验证 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-11-03 |
Hypoxia Paradox in Middle Meningeal Artery Embolization for Chronic Subdural Hematoma: A Mechanistic Framework for Treatment Resistance
2026-Nov-02, Neurosurgery
IF:3.9Q1
DOI:10.1227/neu.0000000000004275
PMID:42969669
|
综述 | 本文通过系统综述结合单细胞RNA测序二次分析，提出慢性硬膜下血肿脑膜中动脉栓塞治疗抵抗的“缺氧悖论”机制框架 | 首次提出“缺氧悖论”机制假说，即脑膜中动脉栓塞诱导的缺血应激可能 paradoxically 稳定HIF-1α，触发代偿性血管生成，从而解释治疗抵抗 | 机制框架基于间接证据和公共数据集二次分析，缺乏前瞻性配对组织采样验证，属于可检验的假说而非确证结论 | 构建慢性硬膜下血肿脑膜中动脉栓塞治疗抵抗的机制框架，解释临床疗效异质性 | 慢性硬膜下血肿患者相关临床研究及正常人硬脑膜组织单细胞RNA测序数据 | 数字病理 | 慢性硬膜下血肿 | 系统综述, 单细胞RNA-seq | NA | 文本, 单细胞转录组数据 | 18项研究（16项临床研究及2项注册记录），以及一个公共正常人硬脑膜组织单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 公共可用正常人硬脑膜组织单细胞RNA测序数据集 |
| 10 | 2026-11-03 |
Borrelia burgdorferi binds serum amyloid A and modulates subcutaneous adipose tissue immune signaling
2026-Nov-02, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01444-26
PMID:42969672
|
研究论文 | 本文研究了伯氏疏螺旋体感染期间皮下脂肪组织的免疫信号特征，并揭示血清淀粉样蛋白A（SAA）可直接结合螺旋体、降低其活力并增强吞噬作用 | 首次系统描绘伯氏疏螺旋体感染期间脂肪组织驻留细胞的免疫信号图谱，发现脂肪组织特异性下调SAA，并证实人重组SAA蛋白可直接结合螺旋体、剂量依赖性降低其活力并增强吞噬 | 研究主要基于人体皮肤和脂肪组织的单细胞测序与体外实验，样本量有限，缺乏体内动物模型验证及临床转化证据 | 探究伯氏疏螺旋体感染后皮下脂肪组织的免疫信号变化及SAA与螺旋体的相互作用 | 人体皮肤和皮下脂肪组织及其驻留免疫细胞与非免疫细胞、伯氏疏螺旋体 | 单细胞组学、免疫学 | 莱姆病 | 单细胞测序、CellChat细胞通讯分析、体外结合与活力实验 | NA | 单细胞转录组数据、实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-11-03 |
IsoPrism predicts isoform usage from short-read transcriptomes through structure-guided competitive allocation
2026-Nov-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag621
PMID:42969855
|
研究论文 | 提出IsoPrism框架，利用结构引导的竞争分配从短读长转录组预测基因内异构体使用比例 | 结合个体表达、局部表达上下文与转录本结构注释，使用共享迭代更新保持非负基因归一化比例，并利用长读长计数和组水平异构体使用的联合监督实现无匹配长读长样本的预测 | 未明确提及 | 从短读长单细胞和空间转录组数据中预测异构体使用，扩展现有基因表达图谱的分析价值 | 短读长转录组样本（包括单细胞和空间转录组数据）及配对的长读长参考数据 | 转录组学 | NA | 短读长转录组测序, 长读长转录组测序 | 结构引导的竞争分配框架 | 基因表达数据, 转录本结构注释 | 五个迁移场景，源自三个配对转录组资源 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 长读长RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-11-03 |
Spatiotemporal Optogenetic Engineered MSCs for the Treatment of ConA-Induced Liver Injury
2026-Nov, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.74954
PMID:42728752
|
研究论文 | 该研究开发了一种时空光遗传学策略，通过工程化间充质干细胞（MSCs）以CXCR4/SDF1轴为靶点治疗ConA诱导的肝损伤 | 将紫外B抗性位点8（UVR8）与归巢趋化因子受体CXCR4整合，构建时空光遗传系统；结合上转换纳米颗粒（UCNPs）将近红外光转换为紫外光，实现深层组织光激活和靶向MSC归巢 | 紫外光组织穿透深度有限，需依赖上转换纳米颗粒；研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证 | 开发时空光遗传学工程化MSCs，促进肝再生并治疗肝损伤 | ConA诱导肝损伤小鼠模型中的间充质干细胞（MSCs） | 再生医学 | 肝损伤 | 单细胞测序、光遗传学、上转换纳米颗粒 | NA | 单细胞测序数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-11-03 |
Route-aware Therapeutic Target Atlas for Desmoplastic Small Round Cell Tumor
2026 Nov-Dec, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20617
PMID:42966626
|
研究论文 | 该研究构建了促纤维增生性小圆细胞肿瘤（DSRCT）的治疗靶点图谱，通过多队列分析80个基因的表达、细胞来源和融合相关变化 | 首次系统性地为DSRCT构建了基于多维度证据（包括bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组等）的治疗靶点图谱，并明确每个靶点所需的后续验证步骤 | RNA检测不能确定蛋白质丰度、治疗可及性、疗效或安全性；部分候选基因在不同队列间结果不一致 | 构建DSRCT的治疗靶点图谱，评估候选靶点的表达 prevalence、细胞来源、融合相关表达变化、正常组织表达及治疗特异性验证需求 | 促纤维增生性小圆细胞肿瘤（DSRCT）患者肿瘤样本及正常组织参考数据 | 数字病理学 | 促纤维增生性小圆细胞肿瘤 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | RNA表达数据, 图像 | 61例患者，86个肿瘤样本（bulk RNA-seq）；9,520个细胞（单细胞RNA-seq）；5例患者，6个样本（空间转录组）；多个验证队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2026-11-03 |
Long-Term Post-Mitotic Culture of Human Fibroblasts Recapitulates and Accelerates Features of In Vivo Aging and Enables Dynamic Testing of Anti-Aging Compounds
2026-Nov, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70796
PMID:42967595
|
研究论文 | 本文通过长期有丝分裂后培养的人成纤维细胞，重现并加速了体内衰老特征，并利用该平台评估抗衰老化合物的效果 | 建立了长期有丝分裂后人成纤维细胞培养平台，能够重现并加速体内衰老特征；结合纵向配对转录组和表观遗传分析，以及直接神经元重编程实现伪纵向建模；通过单细胞转录组揭示了衰老异质性的时间依赖性增加 | 仅使用了四种女性成纤维细胞系，样本量有限；体外平台可能无法完全模拟体内复杂环境；未涉及其他细胞类型或性别 | 研究人类衰老动态，建立可加速衰老的体外平台，并评估抗衰老化合物的疗效 | 人成纤维细胞系（四种女性来源） | 衰老研究 | NA | 转录组测序、表观遗传分析、单细胞转录组测序、直接神经元重编程 | NA | 转录组数据、表观遗传数据、单细胞转录组数据 | 四种女性成纤维细胞系 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 表观遗传测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-11-03 |
Single-Cell Characterization of SPP1-Expressing Macrophages and Their Predicted Interactions With T Cells in the Breast Cancer Bone Metastatic Microenvironment
2026-Nov, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.70732
PMID:42968173
|
研究论文 | 整合单细胞RNA测序数据，刻画乳腺癌骨转移微环境中表达SPP1的巨噬细胞亚群及其与T细胞的预测性相互作用 | 在乳腺癌骨转移微环境中鉴定出高表达SPP1且呈M2极化特征并富集代谢基因集的巨噬细胞亚群（Mac-SPP1），并预测其通过SPP1-整合素（如SPP1-CD44）及CD74-MIF/COPA信号轴与CD4-S100A9和CD8-GZMK T细胞亚群相互作用 | 骨转移样本与原发/正常样本来自不同数据集，结果仅为描述性，无法单独归因于转移进展，且需要实验验证以及在单一研究内同时刻画原发与转移样本的队列中进一步确认 | 系统刻画乳腺癌正常组织、原发肿瘤和骨转移微环境，并解析骨转移中巨噬细胞与T细胞的相互作用 | 乳腺癌患者的正常组织、原发肿瘤和骨转移样本中的单细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 文本（单细胞基因表达数据） | 141056个高质量单细胞（来自GSE266330骨转移数据集与GSE243526原发/正常乳腺数据集） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-11-03 |
An integrative view of human nociceptor diversity: from microneurography to molecular identity
2026-Nov-01, Pain
IF:5.9Q1
DOI:10.1097/j.pain.0000000000004079
PMID:42969618
|
综述 | 该综述探讨了如何整合微神经造影、膜片钳和单细胞/空间转录组学等多模态方法，以建立人类伤害感受器功能与分子身份之间的桥梁，从而推动神经病理性疼痛的机制理解与分层治疗 | 提出将微神经造影定义的人类神经纤维生物物理特征（如活动依赖性减慢、恢复周期特征、跟随频率）转移到体外膜片钳范式，并结合Patch-seq将分子身份赋予功能定义的伤害感受器亚型（如机械不敏感的“睡眠”伤害感受器），以及利用电生理、转录组学和计算建模的多模态数据集揭示离子通道机制 | 文中未明确提及具体局限性，但作为综述，可能受限于现有跨物种（人类与大动物）数据整合的挑战以及功能-分子关联验证的样本量和技术可及性 | 旨在整合功能学和分子学方法，实现对人类伤害感受器多样性的综合理解，并阐明神经病理性疼痛的离子通道机制，为分层、基于机制的疗法铺路 | 人类感觉神经元/伤害感受器，特别是与神经病理性疼痛相关的异常放电纤维，以及大动物感觉神经元模型 | 神经科学、单细胞组学、电生理学 | 神经病理性疼痛 | 微神经造影、膜片钳、Patch-seq、单细胞转录组学、空间转录组学、计算建模 | NA | 电生理数据、转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2026-11-03 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast state-specific remodeling of purinergic signaling in diabetic gingiva
2026-Oct-31, Purinergic signalling
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s11302-026-10195-x
PMID:42965721
|
研究论文 | 该研究通过分析糖尿病小鼠牙龈组织的单细胞转录组数据，揭示了不同成纤维细胞状态下嘌呤能信号通路的糖尿病相关重塑 | 首次在单细胞分辨率下系统刻画糖尿病牙龈中不同成纤维细胞状态的嘌呤能信号重塑，发现炎症性成纤维细胞扩增及胞外核苷酸代谢、腺苷信号、ATP释放和炎症小体相关基因的状态特异性表达差异 | 基于公共数据集的二次分析，缺乏实验验证；仅基于小鼠模型，向人类糖尿病牙周病的转化意义有待确认；样本量有限 | 探究糖尿病状态下牙龈成纤维细胞不同亚群中嘌呤能信号通路（胞外核苷酸信号、腺苷信号、ATP释放及炎症小体相关通路）的表达特征与重塑规律 | 野生型（WT）与糖尿病db/db小鼠的牙龈组织成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病、牙周炎 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 公共scRNA-seq数据集，包含野生型和db/db糖尿病小鼠牙龈组织样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-11-03 |
Spatial multi-omics of mouse incisor mesenchyme reveals metabolic remodeling during the MSC-to-TAC transition
2026-Oct-31, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-026-00469-w
PMID:42966754
|
研究论文 | 该文整合区域分辨的转录组学、蛋白质组学和代谢组学以及单细胞RNA测序，刻画小鼠切牙牙髓中MSC向TAC转变过程中的代谢重塑 | 首次在原生组织环境中构建小鼠切牙MSC富集区与TAC富集区的区域分辨多组学图谱，揭示MSC向TAC转变过程中从脂肪酸β氧化和酮体代谢向三羧酸循环、氧化磷酸化和核苷酸生物合成的代谢重塑，并发现MSC富集区mRNA-蛋白一致性较低提示转录后调控参与 | 研究基于小鼠切牙模型，结果向人类牙齿干细胞龛及其他组织MSC的推广性有待验证，且多组学整合主要提供相关性证据，代谢重塑的功能因果关系尚需进一步实验验证 | 探究小鼠切牙牙髓中MSC向TAC转变过程中与干细胞激活、祖细胞扩增和组织稳态相关的代谢特征与代谢重塑 | 小鼠切牙牙髓中的间充质干/基质细胞（MSC）富集区和 transit-amplifying 细胞（TAC）富集区 | 空间多组学 | NA | 区域分辨转录组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq、蛋白质组学、代谢组学 | NA | NA |
| 19 | 2026-11-03 |
MAGI3 Acts as an Intestinal Epithelial Gatekeeper in Inflammation-Associated Colorectal Cancer by Suppressing the STAT3-CCL2 Axis and TAM-Mediated Immunosuppression
2026-Oct-31, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.78577
PMID:42966883
|
研究论文 | 该研究发现MAGI3在炎症相关结直肠癌中作为肠上皮守门员，通过抑制STAT3-CCL2轴和TAM介导的免疫抑制发挥作用 | 首次揭示MAGI3在炎症向癌症转变过程中的关键作用，阐明MAGI3通过其PDZ1结构域直接结合STAT3的C端，阻断SH2口袋，抑制STAT3磷酸化，进而调控CCL2表达和M2型肿瘤相关巨噬细胞招募的新机制 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 探究炎症相关结直肠癌中肠上皮细胞内在的早期事件，以及MAGI3在炎症向癌症转变中的作用机制 | 炎症相关结直肠癌的肠上皮细胞、肿瘤相关巨噬细胞 | 癌症生物学、免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-11-03 |
LILRB3 as an ulcerative colitis-associated molecular biomarker: integrated transcriptomic, single-cell, and experimental validation
2026-Oct-30, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2026.150471
PMID:42962737
|
研究论文 | 该研究整合转录组学、单细胞分析和实验验证，识别溃疡性结肠炎（UC）相关分子生物标志物并探索其在免疫失调中的作用 | 通过整合bulk转录组数据、WGCNA、多算法机器学习、单细胞RNA测序、细胞通讯分析、伪时间分析和scTenifoldKnk虚拟敲除，系统识别UC相关生物标志物，并在DSS诱导小鼠模型和临床样本中进行实验验证 | LILRB3在UC中的具体机制仍需进一步研究，研究主要基于生物信息学分析和初步实验验证，缺乏深入的机制探讨 | 识别UC相关分子生物标志物并探索其在免疫失调中的作用 | 溃疡性结肠炎患者结肠组织、DSS诱导小鼠模型、THP-1来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | bulk转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 免疫组化, siRNA敲低 | 机器学习, 逻辑回归, WGCNA, scTenifoldKnk | 基因表达数据, 图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |