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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-10-24
Tissue engineering polymeric formulations enable lymphangiogenesis for myocardial repair
2027-Feb, Bioactive materials IF:18.0Q1
研究论文 本研究通过高通量筛选发现促淋巴管生成小分子3,4-DHPLA,并利用3D打印与近场静电纺丝技术制备可降解聚氨酯组织工程聚合物制剂,在大鼠和猪心肌缺血再灌注损伤模型中验证其促进淋巴管生成和心肌修复的疗效 首次发现3,4-DHPLA具有促淋巴管内皮细胞活性,并创新性地将3D打印与近场静电纺丝结合制备模拟心脏细胞外基质微结构的可降解聚氨酯支架,实现3,4-DHPLA的微环境响应性缓释 未明确提及 寻找具有促淋巴管生成活性的生物活性小分子,并开发用于心肌修复的可持续局部递送的组织工程聚合物制剂 大鼠和猪心肌缺血再灌注损伤模型、淋巴管内皮细胞 组织工程与再生医学 心血管疾病 高通量筛选、3D打印、近场静电纺丝、单细胞RNA测序 NA 图像、文本 大鼠和猪心肌缺血再灌注损伤模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2 2026-10-24
SpatioFreq: A Deep Learning Framework for Decoding Cellular and Tissue Landscapes Across Organisms Using Spatial Transcriptomics
2026-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
研究论文 提出SpatioFreq深度学习框架,利用空间转录组数据同时完成空间域识别和细胞类型解卷积两个任务 利用拉普拉斯矩阵提取频域特征以捕捉空间数据中的细微结构和动态模式,并结合图自监督对比学习优化长程依赖关系;双任务设计实现任务间信息共享 摘要中未明确说明 提升空间转录组数据分析中空间聚类和细胞类型解卷积的准确性与效率 多种生物的空间转录组数据集,包括DCIS乳腺癌数据集 空间转录组学、深度学习 乳腺癌 空间转录组学 图神经网络、对比学习 空间转录组数据、图像 NA NA 空间转录组学 NA NA
3 2026-04-02
KGLAR: Deconvoluting Spatial Transcriptomics Data with Single-cell Transcriptomes through Knowledge-guided NMF and Least Angle Regression
2026-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
4 2026-10-24
STNMAE: Identifying Spatial Domains from Spatial Transcriptomics Data with Neighbor-Aware Multi-view Masked Graph Autoencoder
2026-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
研究论文 提出STNMAE自监督学习框架,利用邻居感知的多视图掩码图自编码器从空间转录组数据中识别空间域 构建基于基因表达和空间信息的多种相似性度量的邻居视图,采用特征掩码编码器提取更具表达力的嵌入,并通过多视图自编码器学习视图独有嵌入,同时使用潜在表示预测模块的正则化技术防止过拟合 摘要未明确说明方法的具体局限性 从空间转录组数据中准确识别空间域,以捕获基因表达谱与空间信息之间更复杂的关系 空间转录组数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 图自编码器 基因表达数据、空间信息 七个不同分辨率、不同平台的空间转录组数据集 NA 空间转录组学 NA NA
5 2026-10-24
MIGC: Pseudotime differentially expressed genes detection with mutual information
2026-Dec, Quantitative biology (Beijing, China)
研究论文 提出一种基于信息论的轨迹分析策略MIGC,通过基因与细胞之间的互信息来推断细胞伪时间并检测伪时间差异表达基因 将伪时间推断与伪时间差异表达基因检测统一到一个框架中,并利用互信息来同时完成这两项任务 仅在多个scRNA-seq数据集上进行了实验验证,未提及在更广泛或更复杂场景下的适用性 解决单细胞RNA测序数据轨迹分析中伪时间差异表达基因检测依赖广义加性模型拟合和统计假设检验的问题,并统一伪时间推断与差异基因检测 单细胞RNA测序数据中的细胞和基因 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 多个scRNA-seq数据集(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
6 2026-10-24
FMOD marks a low-malignancy epithelial state in prostate cancer: an ECM-related prognostic signature with single-cell and functional validation
2026-Dec, Cell adhesion & migration IF:3.3Q3
研究论文 本文基于TCGA-PRAD数据构建了ECM相关4基因预后特征,并通过单细胞RNA测序、bulk解卷积和siRNA敲低验证了核心基因FMOD在前列腺癌中的保护作用 揭示了FMOD虽然在前列腺癌组织中bulk表达更高,却预示更好的临床结局,并将其定位到低染色体不稳定性、低增殖的上皮亚群,强调了解析细胞状态对ECM相关预后标志物验证的重要性 研究主要依赖公共队列和体外功能实验,缺乏大规模前瞻性临床验证及体内动物实验,FMOD的上下游调控机制尚未完全阐明 构建ECM相关基因预后特征并阐明核心基因FMOD在前列腺癌中的细胞背景和功能作用 前列腺癌患者肿瘤组织及前列腺癌细胞系 数字病理学 前列腺癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, siRNA敲低, 解卷积分析 NA 基因表达数据, 文本 TCGA-PRAD队列及一个外部验证队列,具体样本量未在摘要中说明 NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
7 2026-10-24
Single-Cell Integration of Mouse Models of Autism Reveals Conserved Transcriptomic Signatures of Excitatory-Inhibitory Imbalance and Glial Dysfunction
2026-Dec, Glia IF:5.4Q1
研究论文 整合11种自闭症小鼠模型的单细胞转录组数据,揭示兴奋-抑制失衡和胶质细胞功能障碍的保守转录组特征 系统整合11种遗传和环境自闭症小鼠模型、超过30万个细胞的scRNA-seq数据,使用RPCA进行数据协调,发现跨模型保守的转录组特征,并与人类死后脑组织单核数据进行比较验证 仅基于小鼠模型数据,人类验证数据有限;依赖于现有模型的特异性;可能未完全覆盖ASD的所有异质性 揭示自闭症谱系障碍的核心分子机制,超越模型特异性变异,识别跨模型的保守转录组特征 11种遗传和环境自闭症小鼠模型(Mus musculus),涵盖多个脑区和发育阶段 数字病理学/单细胞转录组学 自闭症谱系障碍 单细胞RNA测序(scRNA-seq) RPCA数据协调方法 单细胞转录组数据 超过300,000个细胞,来自11种小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
8 2026-10-24
Harnessing the plant microbiome in 21st-century China: Recent progress and future perspectives
2026-Dec, aBIOTECH IF:4.6Q1
综述 本文综述了中国植物微生物组研究在概念框架、方法学发展和农业应用方面的主要进展及未来展望 提出了扩增-选择、功能补偿和精准农业微生物组等模型,并整合高通量培养组学、单细胞测序和人工智能推动微生物群落从描述性研究向功能分析转变 微生物在田间环境中持久性和可重复性不一致,技术从可控环境向高度多变的田间环境转化仍是主要瓶颈 总结中国植物微生物组研究进展,探讨利用植物微生物组促进可持续农业的途径与未来方向 植物微生物组(包括根际微生物群落) 微生物组学 NA 高通量培养组学, 单细胞测序, 人工智能 NA NA NA NA 单细胞测序 NA NA
9 2026-10-24
Cell DiffErential Expression by Pooling (CellDEEP) highlights issues in differential gene expression in scRNA-seq
2026-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1
研究论文 本文提出了CellDEEP,一种基于细胞聚合(metacell)策略的单细胞RNA测序差异表达分析框架,并在模拟和真实数据集上进行了基准测试 采用细胞聚合(metacell)方法,提供灵活的池化策略和参数化选择框架,让用户对差异表达分析过程有更多控制,减少细胞水平噪声的同时保留生物学信号,并配有透明的验证框架 摘要中未明确说明 解决单细胞RNA测序数据中差异表达基因识别不准确的问题,克服现有工具的噪声和偏差,提高差异表达分析的可靠性 单细胞RNA测序数据,包括模拟数据集以及COVID-19和类风湿关节炎真实数据集 机器学习 COVID-19, 类风湿关节炎 单细胞RNA测序 NA 文本(基因表达计数数据) NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
10 2026-10-24
Key genes and pathways of pulmonary hypertension identified by integrating bulk and single-cell RNA sequencing
2026-Nov-20, iScience IF:4.6Q1
研究论文 该文整合单细胞和批量转录组学,鉴定PH中的14种肺细胞类型、SMC通讯枢纽、诊断基因特征及血管重塑相关基因 整合单细胞与批量转录组学,结合hdWGCNA识别SMC模块,并构建AUC达0.895的五基因诊断特征 摘要未明确说明研究局限性 揭示肺动脉高压的细胞类型特异性分子网络与诊断生物标志物 肺动脉高压患者肺组织细胞及缺氧人肺动脉平滑肌细胞 数字病理学 肺动脉高压 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 hdWGCNA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
11 2026-10-24
Single-cell mapping of human plasma cell fate reveals a commitment checkpoint and Cav-1β expression associated with mTORC1 machinery
2026-Nov-20, iScience IF:4.6Q1
研究论文 该研究利用单细胞转录组学在人B细胞分化体系中绘制浆细胞命运图谱,鉴定出第8天命运决定检查点及与mTORC1机器相关的Cav-1β表达 首次在人B细胞分化体系中鉴定出第8天浆细胞命运决定检查点,并发现一种非小窝型Cav-1β亚型在浆母细胞和浆细胞中表达且与内质网、分泌及营养感知蛋白(包括V-ATPase-RAGulator-RAG复合体)相关联 Cav-1β沉默对浆细胞分化影响有限,且未改变急性mTORC1激活或抗体分泌,提示其功能可能被补偿或非必需 解析人B细胞向抗体分泌浆细胞分化的单细胞转录和细胞器重塑程序,探讨Cav-1β在浆细胞命运决定和代谢分泌适应中的作用 人B细胞分化体系中的B细胞、记忆B细胞、生发中心样细胞、浆母细胞和浆细胞 单细胞转录组学、免疫学 NA 单细胞转录组测序、蛋白质组学分析、基因沉默 NA 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
12 2026-10-24
Decoding the breast cancer microenvironment by spatial multi-omics: from architecture to clinical translation
2026-Nov, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2
综述 本文综述空间多组学技术在乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用,从空间图谱构建到临床转化,涵盖空间转录组、空间蛋白质组和代谢组等方法 系统整合空间转录组学、空间蛋白质组学和新兴代谢组学方法,提出基于肿瘤-免疫界面距离的预后模型,并探讨针对特定生态位的组合治疗策略,同时区分不同空间特征的临床就绪程度 多模态数据整合困难、批次效应、成本高昂,且缺乏临床实施的标准化流程;高维空间转录组和蛋白质组特征仍需标准化方案、前瞻性验证和成本降低才能进入常规诊断 探讨空间多组学技术如何推动乳腺癌肿瘤微环境研究从静态分子清单转向高分辨率空间图谱,并评估其临床转化路径 乳腺癌肿瘤微环境,包括肿瘤细胞异质性、基质细胞亚型、免疫细胞空间分布和三级淋巴结构 空间多组学、数字病理学 乳腺癌 空间转录组学、空间蛋白质组学、代谢组学 NA 空间分子数据、图像 NA NA 空间转录组学、空间蛋白质组学 NA NA
13 2026-10-24
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing reveals regulated necrosis-associated heterogeneity in pancreatic cancer
2026-Nov, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2
研究论文 该研究整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示了胰腺癌中受调控坏死相关基因的异质性 首次在单细胞分辨率下揭示胰腺癌中受调控坏死的异质性,发现非恶性细胞的受调控坏死状态是主要贡献者,并确定A2ML1为候选基因 研究基于公共数据库的回顾性数据,缺乏实验验证;单细胞和批量测序数据的整合可能受批次效应影响;候选基因A2ML1需进一步功能验证 确定胰腺癌中受调控坏死相关基因的异质性 胰腺癌样本 digital pathology 胰腺癌 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA 基因表达数据, 转录组数据, 体细胞突变数据, 体细胞拷贝数变异数据, 临床数据 来自GEO数据库的单细胞RNA-seq数据及来自TCGA和ICGC数据库的胰腺癌样本转录组和临床数据(具体样本量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
14 2026-10-24
Targeting Thrombopoietin/MPL Signaling to Mitigate JAK2V617F-Driven Cardiac Microvascular Disease
2026-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
研究论文 该研究通过骨髓移植构建JAK2V617F突变血液细胞嵌合小鼠模型,结合高脂高胆固醇饮食,揭示JAK2V617F驱动心脏微血管疾病的机制,并发现内皮MPL信号可作为治疗靶点 首次揭示JAK2V617F突变造血细胞在心脏代谢应激下诱导心脏微血管功能障碍,明确心内膜内皮细胞的关键作用,并证明靶向血小板生成素/MPL信号可改善心血管病理 研究基于小鼠模型,尚未在人类患者中验证;样本量未明确说明;抗MPL中和抗体的长期安全性和疗效有待进一步研究 探究JAK2V617F突变血液细胞驱动血管和心脏功能障碍的机制,特别是血小板生成素受体MPL在JAK2V617F相关心血管并发症中的作用 携带JAK2V617F突变血液细胞和野生型内皮的嵌合小鼠 心血管疾病、单细胞转录组学 心血管疾病、骨髓增殖性肿瘤、意义未明克隆性造血 单细胞RNA测序、免疫组织化学、骨髓移植 NA 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-10-24
Accelerating Mechanistic Biomarker Discovery in Antibody-mediated Rejection Through Spatial Transcriptomics
2026-Nov-01, Transplantation IF:5.3Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
16 2026-10-24
Alveolar macrophage activation and polarization signatures in stable lung transplant recipients and chronic lung allograft dysfunction
2026-Nov, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
研究论文 该文通过空间转录组学分析稳定期肺移植受者、慢性肺移植物功能障碍(CLAD)患者及健康对照者的肺泡巨噬细胞转录组特征,揭示供体来源AMs的持续存在与良好预后相关,而CLAD则表现为炎症性受体细胞替代 首次利用空间转录组学系统比较超级幸存者、BOS、RAS及健康对照的肺泡巨噬细胞转录组特征,并结合X/Y FISH追踪AM来源,揭示移植后早期条件塑造巨噬细胞极化并影响长期结局 样本量相对有限,未在蛋白水平验证关键基因表达,且机制性因果关系尚未通过功能实验证实 探究肺移植后稳定移植物功能与慢性肺移植物功能障碍中肺泡巨噬细胞的转录组特征、来源及极化状态差异 超级幸存者(n=15)、BOS或RAS患者(n=24)、健康对照(n=9)的肺组织,以及性别不匹配病例(n=8) 空间转录组学 肺移植慢性移植物功能障碍(BOS/RAS) 空间转录组学、X/Y荧光原位杂交(FISH) NA 空间转录组数据、图像 48例肺组织样本(超级幸存者15例、BOS/RAS 24例、健康对照9例),其中8例性别不匹配病例用于FISH分析 NA 空间转录组学 NA NA
17 2026-10-24
Synergistic SHH activation and BMP inhibition remodel progenitor niche for enhanced hair cell generation
2026-Nov, Science China. Life sciences
研究论文 该文通过激活SHH并抑制BMP协同重塑微环境,将出生后小鼠耳蜗支持细胞重编程为内耳祖细胞并高效生成功能性毛细胞 摒弃单一标志物Lgr5筛选,转而以分化能力为导向进行功能性筛选,发现SHH激活与BMP抑制的协同微环境可突破传统标志物方法的预测上限,且该策略可延续至P9阶段克服发育阶段限制 研究基于出生后小鼠耳蜗支持细胞,尚未在成年组织或体内长期安全性及听力功能恢复中得到验证 探索通过微环境重塑提升内耳祖细胞功能并促进毛细胞再生的策略 出生后第7天至第9天小鼠耳蜗支持细胞及由其衍生的内耳祖细胞 再生医学 听力损失 单细胞RNA测序、功能筛选、电生理记录 NA 单细胞转录组数据、电生理数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
18 2026-10-24
EID1 blockade potentiates immunosurveillance against cancer metastasis via FPR1-mediated DC-NK crosstalk
2026-Nov, Science China. Life sciences
研究论文 该研究利用单细胞转录组学发现EID1是转移灶中肿瘤细胞和效应淋巴细胞中唯一上调的组蛋白乙酰化调节因子,并揭示EID1通过抑制FPR1介导的DC-NK交互来促进癌症转移 首次发现EID1是同时促进肿瘤进展和抑制免疫监视的表观遗传调节因子;揭示了EID1通过抑制FPR1/ANXA1轴削弱DC-NK交互的新机制;证明了靶向EID1沉默可增强NK细胞活化并抑制肿瘤播散 研究主要基于小鼠模型,需要进一步验证在人类癌症患者中的临床转化潜力;纳米颗粒递送siRNA的安全性和有效性仍需进一步评估 识别能够同时抑制肿瘤进展和增强免疫监视的表观遗传调节因子,并探索其作为治疗靶点的潜力 120例肝癌患者的单细胞转录组数据;黑色素瘤、肝癌和乳腺癌小鼠转移模型 肿瘤免疫学 肺癌, 肝癌, 乳腺癌, 黑色素瘤 单细胞转录组测序, 条件性基因敲除, 纳米颗粒递送siRNA, 抗体介导的细胞清除, 细胞因子中和 NA 单细胞转录组数据, 图像 120例肝癌患者样本;多种小鼠癌症转移模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
19 2026-10-24
Nat10-mediated ac4C modification sustains macrophage proliferation and mitigates colitis progression via Mcm2 stabilization
2026-Nov, Science China. Life sciences
研究论文 该文章通过单细胞RNA测序和体内实验,揭示了Nat10介导的ac4C修饰通过稳定Mcm2 mRNA维持巨噬细胞增殖并缓解结肠炎进展的机制 首次提供体内证据证明Nat10介导的ac4C修饰通过稳定Mcm2 mRNA维持巨噬细胞增殖并减轻结肠炎进展,揭示了新的Nat10-ac4C-Mcm2轴 摘要中未明确提及研究局限性 探究Nat10介导的ac4C修饰在免疫细胞功能及溃疡性结肠炎中的作用 溃疡性结肠炎患者的巨噬细胞及小鼠巨噬细胞 单细胞转录组学、免疫学 溃疡性结肠炎 单细胞RNA测序、转录组分析 NA 单细胞转录组数据、转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
20 2026-10-24
Single-cell multi-omics dissects transcript isoform and immune repertoire dynamics in human immunosenescence
2026-Nov, Science China. Life sciences
研究论文 该研究构建了整合基因表达、转录本异构体多样性和免疫受体库的人外周免疫单细胞多组学图谱,系统解析了健康人免疫衰老过程中转录本异构体与免疫库的动态变化 首次将单细胞全长转录组测序(scCycloneSEQ)与短读长scRNA-seq及scTCR/BCR-seq相结合,在单细胞水平同时解析转录本异构体多样性与免疫受体库重塑,揭示了CD4效应记忆T细胞中广泛的差异异构体使用、3'UTR长度变异及CTL克隆型重塑与衰老相关炎症和细胞衰老的关联 样本仅来自30-40岁和60-70岁两个年龄组的健康供者,年龄跨度有限且未涵盖更广年龄段或其他人群;研究聚焦外周血单个核细胞,未涉及组织驻留免疫细胞 解析人类免疫衰老过程中转录本异构体多样性和免疫受体库的动态重塑,揭示免疫衰老的深层调控架构 30-40岁和60-70岁健康供者的外周血单个核细胞(PBMCs) 单细胞多组学、免疫学 免疫衰老、衰老相关疾病 单细胞全长转录组测序(scCycloneSEQ)、短读长scRNA-seq、单细胞免疫受体测序(scTCR/BCR-seq) NA 单细胞转录组数据、免疫受体序列数据 来自30-40岁和60-70岁健康供者的外周血单个核细胞(PBMCs),具体样本数未在摘要中说明 NA 单细胞RNA-seq、单细胞免疫受体测序、单细胞全长转录组测序 scCycloneSEQ 结合scCycloneSEQ单细胞全长转录组测序、短读长scRNA-seq和scTCR/BCR-seq的多组学联合分析
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