单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 43483 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-20 |
Differential pathogenesis and antiviral treatment outcomes of MPXV clade Ib and clade IIb in a BALB/c mouse model
2026-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2026.2724633
PMID:42748357
|
研究论文 | 该研究建立了MPXV clade Ib经鼻感染的BALB/c小鼠模型，并与clade IIb进行比较，揭示了clade Ib更强的致病性及抗病毒治疗差异 | 首次建立MPXV clade Ib感染的BALB/c小鼠模型，并通过单细胞转录组和细胞因子分析揭示了clade特异性肺部免疫细胞景观差异 | 研究仅基于BALB/c小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性有限；单细胞分析仅覆盖特定时间点 | 建立MPXV clade Ib感染的小鼠模型，比较clade Ib与clade IIb的致病性差异及抗病毒治疗反应 | MPXV clade Ib和clade IIb病毒及BALB/c小鼠 | 机器学习 | 猴痘 | 单细胞转录组测序 | NA | 图像, 文本 | 未明确说明小鼠数量，涉及BALB/c小鼠肺部样本的单细胞转录组和细胞因子分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-09-20 |
ITPKB suppresses ER calcium release to promote CXCL9 expression and enhance immunotherapy sensitivity in triple-negative breast cancer
2026-Nov, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2026.101467
PMID:42556028
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析人类三阴性乳腺癌组织，发现ITPKB是调控细胞毒性T淋巴细胞浸润肿瘤微环境的关键调节因子，并通过加速IP3向IP4转化抑制内质网钙释放，促进CXCL9转录，从而增强抗PD-1免疫治疗敏感性 | 首次将ITPKB鉴定为通过钙依赖性转录重编程重塑肿瘤免疫微环境的可成药分子开关，并发现amentoflavone（AMF）作为新型ITPKB激动剂样化合物，可通过阻止Trim25介导的K48连接泛素化降解来稳定ITPKB | 研究主要基于细胞系和小鼠同种移植模型，缺乏临床试验数据验证；AMF作为ITPKB激动剂样化合物的具体结合机制和药代动力学特性尚未充分阐明 | 阐明三阴性乳腺癌免疫治疗耐药的潜在机制，寻找可逆转免疫治疗耐药的新靶点和治疗策略 | 人类三阴性乳腺癌组织、4T1和EMT6同种移植三阴性乳腺癌小鼠模型 | digital pathology | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 虚拟筛选 | NA | 文本, 图像 | 人类三阴性乳腺癌组织样本（数量未明确说明）、3677种化合物虚拟筛选、4T1和EMT6小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-09-20 |
HKDC1 as a Prognostic and Tumor Microenvironment‑Associated Biomarker in Colorectal Cancer: An Integrated Multi‑omics and Spatial Transcriptomic Study
2026-Nov, Digestive diseases and sciences
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s10620-026-10182-7
PMID:42618857
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学和空间转录组学方法，系统表征了HKDC1在结直肠癌中的表达、预后价值及肿瘤微环境关联 | 首次对HKDC1（第五种己糖激酶同工酶）在结直肠癌中进行整合多组学和空间转录组学表征，揭示其作为代谢调节因子与EMT及肿瘤微环境相互作用的关联 | 功能验证仅限于细胞系水平，缺乏体内动物实验验证；HKDC1调控结直肠癌进展的具体分子机制尚未完全阐明 | 探索HKDC1作为结直肠癌预后生物标志物和肿瘤微环境相关代谢调节因子的潜力 | 结直肠癌患者样本、结直肠癌细胞系、TCGA/GEO/GTEx公共数据集 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、WGCNA、差异表达分析、Western blot、免疫组化 | NA | 图像、文本 | 临床队列168例结直肠癌患者样本 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-09-20 |
Single-cell gene regulatory networks characterize colonic stem and immune cell homeostasis in Nr4a1 knockout mice
2026-Oct-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.117466
PMID:42756602
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学和差异基因网络分析，揭示了Nr4a1敲除小鼠结肠中干细胞和免疫细胞稳态的调控网络变化 | 首次在单细胞水平上系统分析了Nr4a1敲除对结肠上皮、基质和免疫细胞间通讯及基因调控网络的影响，并发现细胞熵增加和类器官生长增强 | 研究基于小鼠模型，结论是否适用于人类结肠疾病仍需进一步验证 | 探究NR4A1在结肠上皮、基质和免疫细胞稳态中的调控作用 | 野生型和全身Nr4a1敲除小鼠的结肠组织 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-09-20 |
ApolipoproteinE+ Kupffer cells maintain immune homeostasis following liver transplantation by inducing CD8+ T cell exhaustion
2026-Oct-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.117501
PMID:42756608
|
研究论文 | 该研究通过整合人类单细胞RNA测序与小鼠原位肝移植模型，发现了一个在稳定和耐受移植物中富集的APOE+ Kupffer细胞亚群，该亚群通过CXCL16-CXCR6轴与CD8+ TRM T细胞通讯，诱导其耗竭以维持移植后免疫稳态。 | 首次鉴定出APOE+ Kupffer细胞亚群在肝移植后免疫稳态中的核心作用，揭示了供体来源APOE通过驱动CD8+ TRM细胞耗竭促进移植物耐受的新机制，并提出了供体APOE作为预后生物标志物和治疗靶点的双重潜力。 | 摘要中未明确提及研究局限性。 | 探究肝移植后Kupffer细胞维持免疫稳态的机制，特别是APOE+ Kupffer细胞在诱导CD8+ T细胞耗竭和移植物耐受中的作用。 | 人类肝移植样本和小鼠原位肝移植模型中的Kupffer细胞和CD8+ TRM T细胞。 | 单细胞转录组学、免疫学 | 肝移植、终末期肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-09-20 |
Neutrophil-Driven Trogocytosis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Liver Metastases Restrains Immunosuppressive Macrophage Polarization and Limits Metastatic Progression
2026-Oct, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2026.04.021
PMID:42102979
|
研究论文 | 本研究通过活体钙成像和单细胞RNA测序，揭示了中性粒细胞在胰腺导管腺癌肝转移中通过胞噬作用摄取肿瘤碎片并呈递给肝脏巨噬细胞，从而抑制免疫抑制性巨噬细胞极化并限制转移进展 | 首次整合活体钙成像与单细胞RNA测序，发现中性粒细胞通过CCL2/CCL5招募至肝转移灶，经胞噬作用摄取肿瘤碎片并呈递给巨噬细胞，通过C3依赖性信号抑制免疫抑制性巨噬细胞极化，揭示了一种此前未认识的中性粒细胞-巨噬细胞交互免疫调节机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证；中性粒细胞-巨噬细胞交互的具体分子机制有待进一步阐明 | 探究中性粒细胞在胰腺导管腺癌肝转移中对肝脏巨噬细胞及转移微环境免疫格局的调控作用 | 胰腺导管腺癌肝转移小鼠模型中的肝脏浸润白细胞，包括中性粒细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 活体钙成像 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-09-20 |
Targeting Oncomucin-Driven Immunosuppression Improves the Efficacy of K-rasG12D Inhibition in Pancreatic Cancer
2026-Oct, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2026.04.041
PMID:42191046
|
研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序、多重/连续免疫染色和小鼠模型，系统表征了胰腺导管腺癌中致癌性新生黏蛋白（oncoMUCs）对肿瘤微环境的免疫抑制影响，并评估了靶向oncoMUCs联合K-rasG12D抑制剂（MRTX1133）的治疗效果 | 首次系统性地揭示了跨膜致癌黏蛋白（MUC4、MUC16、MUC5AC）通过EGFR/UNC5B信号通路协同上调免疫检查点（VISTA、TIM3、PD-L1）从而促进胰腺癌免疫逃逸的机制，并发现K-rasG12D抑制会上调oncoMUC4和oncoMUC16表达，提出靶向oncoMUCs可增强K-rasG12D抑制剂疗效的新策略 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 评估致癌黏蛋白（oncoMUCs）对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的以患者为中心的影响，以指导诊断和治疗策略 | 胰腺导管腺癌（PDA）患者样本及小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，多重/连续免疫染色，NanoString表达谱分析，基因沉默 | NA | 图像，文本 | 34例单细胞RNA测序样本 | NanoString | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-09-20 |
Clemastine alleviates cognitive dysfunction after SAH by targeting neuronal CNTN1 to regulate the ADA-adenosine pathway
2026-Oct, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-026-01852-3
PMID:42337055
|
研究论文 | 本研究揭示了SAH后神经元CNTN1下调通过ADA-腺苷通路导致脱髓鞘和认知功能障碍的机制，并发现氯马斯汀可通过靶向该通路改善认知功能 | 首次发现CNTN1在SAH后仅在神经元中特异性下调而非少突胶质细胞，揭示了CNTN1-ADA-ADORA2B信号轴在SAH后脱髓鞘中的作用，并发现氯马斯汀可作为潜在治疗药物 | CNTN1-ADA-ADORA2B信号轴的详细分子机制尚未完全阐明，氯马斯汀的临床转化应用仍需进一步验证 | 阐明SAH相关脱髓鞘的分子基础并寻找潜在治疗方法 | SAH患者的脑脊液样本和SAH小鼠模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | 文本, 图像 | SAH患者脑脊液样本及SAH小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-09-20 |
IL-33 as a component of neutrophil extracellular traps mediates contrast-induced acute kidney injury by promoting ferroptosis in tubular epithelial cells
2026-Oct, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2026.06.039
PMID:42498057
|
研究论文 | 本研究通过前瞻性队列、小鼠模型和单细胞转录组学，揭示了IL-33富集的中性粒细胞胞外诱捕网通过抑制IKKα和损害β-catenin核转位促进肾小管铁死亡，从而介导造影剂诱导的急性肾损伤 | 首次发现造影剂可直接诱导NETs形成，并阐明NETs通过IL-33抑制IKKα、破坏IKKα-β-catenin相互作用、损害β-catenin核转位，进而去抑制长链酰基辅酶A合成酶4转录并放大铁死亡的新机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究造影剂是否直接诱导NETs形成，以及NETs是否通过IL-33驱动肾小管铁死亡，从而阐明CIAKI的免疫介导致病机制 | 330例接受冠状动脉造影的患者、野生型小鼠、PAD4敲除小鼠、IL-33敲除小鼠、HK-2细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 文本 | 330例接受冠状动脉造影的患者，以及野生型、PAD4敲除和IL-33敲除小鼠的CIAKI肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-09-20 |
Decoding tumor immune microenvironment heterogeneity by single-cell and spatial multi-omics: From immunotherapy resistance to translational biomarkers
2026-10, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2026.101348
PMID:42594562
|
综述 | 本文综述了单细胞和空间多组学如何重新定义肿瘤免疫微环境异质性在免疫治疗耐药中的作用，并探讨了新兴的转化生物标志物 | 提出未来免疫治疗生物标志物应从静态单标志物检测向纵向、空间分辨、可解释的多组学模型演变，以指导精准联合免疫治疗 | 作为综述文章，未提供原始实验数据，缺乏对现有方法的系统性定量比较和验证 | 总结单细胞和空间多组学如何重新定义免疫治疗耐药中的肿瘤免疫微环境异质性，探讨转化生物标志物用于患者分层 | 肿瘤免疫微环境中的免疫细胞和基质细胞状态、空间免疫生态位 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞组学，空间转录组学，空间蛋白质组学，基于成像的方法 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-09-20 |
Machine learning of sunitinib resistance genes reveals that SP5 regulates angiogenesis and sunitinib resistance in RCC via the VEGFA/AKT axis
2026-10, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2026.101352
PMID:42623896
|
研究论文 | 该研究通过整合批量RNA-seq和单细胞转录组数据，利用机器学习算法鉴定舒尼替尼耐药相关基因，发现SP5通过VEGFA/AKT轴调控肾细胞癌血管生成和舒尼替尼耐药，并筛选出苏拉明作为潜在SP5抑制剂 | 首次确立SP5为舒尼替尼耐药的核心驱动基因，揭示SP5直接结合VEGFA启动子上调其转录、通过自分泌和旁分泌环路激活AKT磷酸化从而促进血管生成和耐药的机制，并通过虚拟筛选发现苏拉明可破坏SP5-VEGFA相互作用并与舒尼替尼协同抑制肿瘤生长 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 揭示肾细胞癌中舒尼替尼耐药的分子机制，鉴定耐药相关核心基因并开发潜在治疗策略 | 肾细胞癌（RCC）患者样本及细胞系，舒尼替尼耐药相关基因和通路 | 机器学习 | 肾细胞癌 | bulk RNA-seq, 单细胞转录组测序, CUT&RUN, 虚拟筛选, 分子对接 | 117种机器学习算法组合 | 转录组数据, 图像, 文本 | GSE172165、GSE173572、GSE216494三个bulk RNA-seq数据集及GSE156632单细胞转录组数据集 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-09-20 |
Cell-based crop phenotyping for future climates
2026-Oct, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.71397
PMID:42426576
|
综述 | 本文论述了基于细胞的作物表型分析技术在应对未来气候挑战中的重要性，指出当前表型分析方法在预测价值上的局限，并提出将组学技术与表型分析相结合是培育耐逆作物的关键途径 | 提出基于细胞的表型分析（如荧光染料和电生理方法）作为桥接组学技术与作物育种之间差距的关键手段，强调细胞特异性基因操作在耐逆育种中的应用 | 当前表型分析方法虽然对已发现性状的功能验证有效，但在胁迫生物学中的预测价值有限，且缺乏合适的表型分析平台来支撑育种项目 | 探讨如何通过基于细胞的表型分析技术弥合组学技术与作物表型分析之间的差距，以推动未来气候条件下的耐逆作物育种 | 农作物（受非生物胁迫影响的现代作物） | 植物科学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间组学, 荧光染料, 电生理方法 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-09-20 |
Low Abundance of Cytotoxic Natural Killer Cells in Peritoneal Metastasis from Appendiceal Adenocarcinoma Suggests Tumor Immune Escape
2026-Oct, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-026-20089-2
PMID:42406211
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析腹膜转移性阑尾腺癌中自然杀伤细胞的转录特征，发现其高度耗竭且缺乏细胞毒性表型，提示肿瘤免疫逃逸机制 | 首次针对阑尾腺癌（尤其是腹膜转移性阑尾腺癌）中NK细胞的角色进行专门研究，填补了该分子独特型胃肠道肿瘤中NK细胞功能研究的空白 | 样本量有限，仅基于单细胞转录组数据，缺乏蛋白水平验证和功能实验验证，且未涉及局部阑尾腺癌的对比分析 | 评估NK细胞在阑尾腺癌（特别是腹膜转移灶）中的作用，探索NK细胞功能拯救作为阑尾腺癌治疗策略的可能性 | 腹膜转移性阑尾腺癌（PMAA）肿瘤浸润的自然杀伤（NK）细胞 | 数字病理学 | 阑尾腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-09-20 |
Detection of FGFR Alterations in Urothelial Carcinoma: Current Diagnostic Methodologies, Technical Considerations and Future Perspectives
2026-Oct, Clinical genitourinary cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1016/j.clgc.2026.102644
PMID:42659728
|
综述 | 本文综述了尿路上皮癌中FGFR变异的检测方法、技术考量及未来发展方向 | 系统整合了组织活检和液体活检的FGFR变异检测策略，并展望了人工智能、单细胞和空间转录组学、多组学整合等新技术在FGFR检测中的应用前景 | 作为综述文章，未提供原始实验数据，对新兴技术的讨论主要基于理论展望而非实证验证 | 总结尿路上皮癌中FGFR变异检测的当前诊断方法学、技术考量及未来前景 | 尿路上皮癌患者及FGFR2/FGFR3基因变异 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | DNA二代测序, RNA二代测序, 基于PCR的伴随诊断检测, 荧光原位杂交, 免疫组化, 液体活检 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2026-09-20 |
Conserved hepatic RNA signatures across multiple cohorts reveal novel mechanistic clues for advanced fibrosis in human MASLD
2026-Oct-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000991
PMID:42748406
|
研究论文 | 通过多队列肝脏转录组数据的荟萃分析，识别与MASLD晚期纤维化相关的保守基因特征和细胞互作机制 | 在约1000例MASLD患者的多队列转录组数据中识别出跨数据集保守的846个差异表达基因和配体-受体互作，克服了既往研究的异质性和样本量限制 | 基于转录组数据的生物信息学分析，缺乏实验验证；配体-受体互作预测需进一步功能验证 | 识别MASLD晚期纤维化的保守纤维化机制和可靶向的分子通路 | 约1000例经纤维化分期表征的MASLD患者肝脏转录组数据 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD） | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 转录组数据 | 约1000例MASLD患者 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-09-20 |
Spatial Transcriptomics and Mechanisms of Immune Checkpoint Inhibitor-Associated Interstitial Nephritis
2026-Oct, Kidney international reports
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.ekir.2026.107007
PMID:42756960
|
研究论文 | 该研究利用亚细胞空间转录组学平台比较了免疫检查点抑制剂相关间质性肾炎（ICI-AIN）与ICI相关急性肾小管坏死（ICI-ATN）患者肾活检组织的细胞组成和空间生态位，揭示了IFN-γ信号通路在ICI-AIN中的核心驱动作用 | 首次应用亚细胞分辨率空间转录组学平台（Xenium Prime 5K）对ICI-AIN和ICI-ATN肾活检组织进行对比分析，构建了空间感知的细胞邻域分类体系，鉴定了肾单位各部位对应的细胞生态位以及独特的纤维化和炎症生态位，并通过空间生态位互作分析揭示了CD8+ T细胞来源的IFN-γ诱导髓系细胞促炎程序及CXCL9/10/11产生增加的新机制 | 样本量较小（仅8例肾活检标本，ICI-AIN和ICI-ATN各4例），可能限制结论的普遍性，且空间转录组学数据需进一步功能验证 | 探究免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎（ICI-AIN）的炎症机制，比较其与ICI相关急性肾小管坏死（ICI-ATN）在病理生理学上的关键差异 | 接受免疫检查点抑制剂治疗并发生急性肾损伤患者的肾活检组织，包括4例ICI-AIN和4例ICI-ATN标本 | 空间转录组学 | 免疫检查点抑制剂相关间质性肾炎、急性肾损伤 | 亚细胞空间转录组学 | 空间感知细胞邻域分类、基因通路分析、空间生态位互作分析 | 空间转录组图像 | 8例肾活检标本（4例ICI-AIN，4例ICI-ATN），共分析332,000个细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium Prime 5K | Xenium Prime 5K亚细胞空间转录组学平台 |
| 17 | 2026-09-20 |
THBS1+ macrophages fuel pathogenic inflammation in alcohol-associated liver disease
2026-Oct-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000001046
PMID:42758867
|
研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序数据，揭示了循环IL15+单核细胞动态分化为肝脏THBS1+单核细胞来源巨噬细胞，二者协同促炎作用加速酒精相关性肝病进展 | 首次发现并证实循环IL15+单核细胞可动态分化为肝脏THBS1+单核细胞来源巨噬细胞，揭示了这两个亚群在酒精相关性肝病中的协同促炎作用及分化轴 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究酒精相关性肝病中重要的细胞亚群及其在疾病进展中的作用机制 | 健康个体及酒精相关性肝病患者（包括酒精性肝硬化和重度酒精性肝炎）的外周血和肝组织，以及MetALD样小鼠模型 | 单细胞组学 | 酒精相关性肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-09-19 |
Dermatopathology in 4D: in situ spatial transcriptomics maps the cellular and molecular architecture of skin
2026-Sep-18, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljag246
PMID:42294859
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2026-09-20 |
A Critical Synthesis of Machine Learning in Autism Spectrum Disorder Genomic Research: From Transcriptomics to Microbiome
2026-09-18, Medeniyet medical journal
IF:1.1Q2
DOI:10.4274/MMJ.galenos.2026.69259
PMID:42682077
|
综述 | 本文系统综述了机器学习在自闭症谱系障碍基因组研究中的应用进展，涵盖转录组学、全外显子测序、非编码变异解读、多组学整合、单细胞转录组学、表观遗传学及肠道微生物组分析 | 批判性地综合了机器学习在自闭症基因组研究中的最新进展，强调了可解释性与预测性能的正交性，指出文献中极端AUC值更可能反映过拟合或数据泄漏而非真实信号 | 人群偏倚倾向于欧洲血统、社会经济 ascertainment 偏倚、预测效应量有限、关联与因果的混淆、计算预测与临床实用性之间的差距，且原始报告未始终提供明确定位极端AUC值所需的信息 | 综合评估机器学习在自闭症谱系障碍基因组研究中的应用，从转录组学到微生物组，并批判性分析方法学创新与生物学见解 | 自闭症谱系障碍相关的基因组数据、转录组数据、全外显子测序数据、非编码变异、多组学数据、单细胞转录组数据、表观遗传数据及肠道微生物组数据 | 机器学习 | 自闭症谱系障碍 | 全外显子测序, 转录组学, 单细胞转录组学, 表观遗传学分析, 肠道微生物组分析, 多组学整合 | 深度学习, 神经网络, SHAP可解释人工智能框架 | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据, 微生物组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2026-09-20 |
Accurate reconstruction of spatial cell-type maps and characterization of domain-specific functions based on a gene-aware heterogeneous network
2026-Sep-18, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.282246.126
PMID:42642330
|
研究论文 | 提出了一种基因感知的异构图注意力网络STGnet，用于空间转录组数据的细胞类型解卷积和功能注释。 | 利用混合伪斑点生成策略捕获真实的细胞类型空间富集模式，在统一的异质网络中整合空间邻接、转录相似性和基因-斑点关联，并通过注意力权重突出域特异性基因以实现可解释的域注释。 | 摘要中未明确提及。 | 准确重建空间细胞类型图谱并表征域特异性功能，以促进空间疾病机制的发现和对病理组织组织的理解。 | 空间转录组数据（模拟和真实数据集）。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 异构图注意力网络 | 图像、文本 | 摘要中未明确提及。 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |