单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39285 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-10 |
Identification of circadian rhythm-related biomarkers and development of diagnostic models for Crohn's disease using machine learning algorithms
2026-May, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2025.2453922
PMID:39836385
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研究论文 | 利用机器学习算法识别克罗恩病中与昼夜节律相关的生物标志物并构建诊断模型 | 首次将昼夜节律相关基因与克罗恩病诊断模型结合，利用单细胞测序验证基因表达谱 | 未明确指出样本量和外部验证的局限性 | 识别克罗恩病中与昼夜节律相关的生物标志物并开发诊断模型 | 克罗恩病患者与对照组的基因表达数据 | 机器学习 | 克罗恩病 | 基因表达芯片、单细胞测序 | 机器学习算法（具体类型未明确） | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 未明确说明 | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-05-10 |
The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress
2026-May, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2025.2453941
PMID:39868728
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研究论文 | 结合缺氧和内质网应激相关基因构建乳腺癌预后模型 | 首次将缺氧和内质网应激相关基因结合构建乳腺癌预后模型，并分析了免疫浸润和药物敏感性 | NA | 利用缺氧和内质网应激相关基因预测乳腺癌患者预后 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞测序 | Cox回归, Lasso回归 | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-05-10 |
GZMK+CD8+ T cells target a specific acinar cell type in Sjögren's disease
2026-May, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.08.014
PMID:41162286
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研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学及空间免疫表型分析，揭示干燥综合征中GZMK+CD8+ T细胞靶向特定腺泡细胞类型及其致病机制 | 首次发现PRR4+CST3+WFDC2-浆黏液性腺泡细胞在干燥综合征中选择性丢失，并揭示了GZMK+CD8+ T细胞通过亚胞溶解效应机制损害线粒体完整性和激活先天免疫信号 | 研究仅限于唾液腺组织，可能不适用于其他外分泌腺体；体外实验可能无法完全反映体内复杂微环境 | 探究干燥综合征中唾液腺内不同细胞类型的相互作用及其在病理过程中的角色 | 人类小唾液腺组织样本，包括干燥综合征患者和非患者 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 干燥综合征患者和对照组的唾液腺样本（具体数量未在摘要中明确） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium用于单细胞测序，10x Visium用于空间转录组学分析 |
| 4 | 2026-05-10 |
The transcriptome of CD14+CD163-HLA-DRlow monocytes predicts mortality in idiopathic pulmonary fibrosis
2026-May, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00804-2025
PMID:41360505
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组，预测特发性肺纤维化患者的死亡率 | 首次发现CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组特征可预测特发性肺纤维化患者的死亡风险，并识别出潜在的药物靶点 | 研究基于样本量有限（n=1054），且未在更大规模独立队列中验证；基因评分与功能的因果关系需进一步实验验证 | 探究免疫细胞特异性转录组特征与特发性肺纤维化死亡率之间的关联 | 特发性肺纤维化患者、健康对照及其他肺部疾病患者 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、细胞反卷积分析 | LASSO回归 | 单细胞转录组数据、临床随访数据 | 1054例样本（特发性肺纤维化555例，其他499例） | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 未明确提及，可能基于10x Genomics平台，但文中仅描述scRNA-seq |
| 5 | 2026-05-10 |
Agonistic GITR treatment enhances antitumor immune responses and suppresses tumor progression in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-May, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-026-02347-y
PMID:41620983
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研究论文 | 通过GITR激动剂治疗增强胰腺导管腺癌的抗肿瘤免疫反应并抑制肿瘤进展 | 首次在胰腺导管腺癌中证实GITR激活可减少调节性T细胞并增加细胞毒性效应细胞，结合常规化疗可能改善患者预后 | 主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需进一步验证 | 探索GITR作为胰腺导管腺癌免疫治疗靶点的潜力及其机制 | 胰腺导管腺癌细胞、肿瘤微环境中的淋巴细胞 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 小鼠Pan02模型及人类手术切除样本（包括未治疗和新辅助化疗患者） | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序，10x Visium空间转录组学 |
| 6 | 2026-05-10 |
Heterogeneous responses of IM19 anti-CD19 CAR T-cell therapy in refractory systemic lupus erythematosus: an open-label pilot study and a mini-review
2026-May, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.12.014
PMID:41644365
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研究论文 | 评估IM19抗CD19 CAR T细胞治疗难治性系统性红斑狼疮的异质性反应，并包含一个小型综述 | 首次在难治性系统性红斑狼疮患者中评估自体抗CD19 CAR T细胞（IM19）的疗效和安全性，并结合重复肾活检和单细胞RNA测序分析肾反应异质性 | 样本量小（仅6例），为开放标签单臂试验，缺乏对照组，且随访时间有限 | 评估IM19 CAR T细胞治疗在难治性系统性红斑狼疮（特别是狼疮肾炎）中的疗效和安全性 | 难治性系统性红斑狼疮伴肾受累患者 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | CAR T细胞疗法，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6例患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序（外周血单个核细胞） |
| 7 | 2026-05-10 |
Multi-Scale Mapping of Gene Expression from Whole-slide Images for Identifying Phenotype-Associated Subpopulations
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202521151
PMID:41736695
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研究论文 | 提出BiSCALE框架，从全切片图像预测组织和近细胞水平的基因表达，并关联临床表型 | 首次实现从全切片图像到组织和近细胞水平的双重尺度基因表达预测，结合Vision-Mamba融合模块和两阶段训练策略，解决了尺度和分布差异 | 仅基于三种癌症类型训练和验证，泛化性需进一步验证；近细胞分辨率仍受限于空间转录组数据质量 | 开发一种经济高效的方法，从常规病理切片多尺度预测基因表达，识别表型相关亚群 | 肿瘤组织和微环境中的细胞亚群 | 数字病理学 | 癌症（三种类型） | NA | Vision-Mamba融合模块 | 图像（全切片图像） | 2109个批量肿瘤样本和141,000个空间转录组斑点 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-05-10 |
Single-cell transcriptomics unveils the immunologic landscape of anti-PD-1-associated indirect drug-induced liver injury
2026-May, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-026-02370-z
PMID:41739156
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示抗PD-1相关间接药物性肝损伤的免疫学机制 | 首次构建了荷瘤小鼠模型中抗PD-1诱导肝损伤的肝脏微环境单细胞图谱，揭示了代谢重编程与促纤维化表型的伴随变化，并发现NETosis激活在肝损伤进展中的关键作用 | 主要在动物模型中验证，临床患者标本用于辅助验证，需要更多人类队列研究来确认发现 | 探索抗PD-1相关肝损伤的病理机制，特别是免疫细胞相互作用和分子通路 | Lewis肺腺癌小鼠模型（C57BL/6J小鼠）及患者肝组织标本 | 机器学习 | 肺癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型（数量未明确说明）及患者标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-05-10 |
Fibroblast pentose phosphate pathway activation upon decreased circPLCE1 exacerbates intestinal fibrosis in Crohn's disease
2026-Apr-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-336415
PMID:41390174
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研究论文 | 该研究揭示了克罗恩病肠道纤维化中成纤维细胞戊糖磷酸途径的激活机制，并发现circPLCE1下调通过XYLB/Xu5P轴加剧纤维化 | 首次多层整合代谢组、单细胞RNA测序和空间转录组分析，发现circPLCE1/XYLB/Xu5P轴调控成纤维细胞戊糖磷酸途径在肠道纤维化中的作用 | 未提及明显局限性，但可能包括动物模型与人类疾病的差异及机制验证的局限性 | 探索克罗恩病肠道纤维化过程中成纤维细胞的代谢重编程及其上游调控因子 | 克罗恩病患者的狭窄与非狭窄肠段组织、原代人肠道肌成纤维细胞、葡聚糖硫酸钠诱导的肠道纤维化小鼠模型 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 代谢组学, 单细胞RNA测序, 空间转录组, circRNA转录组, 代谢流分析, 海马分析, RNA下拉实验 | NA | 转录组数据, 代谢组数据, 空间转录组数据 | 来自克罗恩病患者狭窄和非狭窄肠段的配对黏膜和黏膜下组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序，10x Visium用于空间转录组分析 |
| 10 | 2026-05-10 |
Downregulation of SLC12A5 in glioblastoma multiforme: a novel prognostic biomarker associated with brain edema and radiomic features
2026-Apr, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05012-6
PMID:41579171
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学、影像组学和实验验证，发现SLC12A5在胶质母细胞瘤中下调，可作为新的预后生物标志物，并与脑水肿和影像组学特征相关 | 首次发现SLC12A5在胶质母细胞瘤中特异性下调，揭示了其与脑水肿体积的负相关性，并通过影像组学分析建立了分子标志物与MRI特征的非侵入性预后评估联系 | 未提供明确的局限性说明 | 鉴定胶质母细胞瘤的新型预后生物标志物 | 胶质母细胞瘤患者 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | RNA测序, 单细胞测序, 蛋白质印迹, 免疫组织化学, 影像组学 | NA | 基因表达数据, MRI图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-05-10 |
Decoding the tumor immune landscape: emerging TIL subsets as prognostic biomarkers and therapeutic targets
2026-Apr, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04913-2
PMID:41579172
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综述 | 综述了肿瘤浸润淋巴细胞中新兴亚群作为预后生物标志物和治疗靶点的作用 | 系统总结了超越传统CD3和CD8标记的TIL亚群在不同癌症中的功能，并聚焦于它们在免疫治疗中的预测价值 | 未提及具体的数据分析或实验验证，可能缺乏对某些新兴亚群的深入机制探讨 | 研究TIL亚群的异质性及其在癌症免疫中的预后和治疗意义 | 肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的多种亚群，包括CD4+T细胞、Tregs、TRM细胞、γδT细胞等 | 自然语言处理 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2026-05-10 |
Genetic insights into therapeutic targets for gestational diabetes mellitus: a multi-omics analysis
2026-Apr, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05053-x
PMID:41632246
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研究论文 | 通过多组学分析确定妊娠期糖尿病的遗传治疗靶点 | 整合顺式表达数量性状位点与全基因组关联数据进行孟德尔随机化分析，并结合多组织SMR、共定位分析、顺式蛋白数量性状位点MR及单细胞RNA测序，全面确认关键基因在组织与细胞类型特异性表达 | 未提及具体局限性 | 寻找基于遗传学证据的妊娠期糖尿病药物靶点 | 妊娠期糖尿病患者相关的药靶基因表达与遗传变异 | 自然语言处理 | 妊娠期糖尿病 | 多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、共定位分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质数量性状数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-10 |
Bioinformatics approach to identifying molecular targets of Danlou tablet against atherosclerosis: a machine learning pharmacology study
2026-Apr, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04972-5
PMID:41663811
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研究论文 | 本文结合网络药理学、生物信息学、单细胞RNA测序、机器学习、分子对接与动力学模拟，系统鉴定了丹楼片治疗动脉粥样硬化的潜在分子靶点并生成了机制假说 | 首次通过整合机器学习与多组学策略发现HAS2为丹楼片中β-谷甾醇抗动脉粥样硬化的新型候选靶点，并利用CETSA实验验证了靶点结合 | 靶点结合验证仅在体外HUVECs细胞中进行，缺乏体内动物模型和临床样本的进一步验证 | 识别丹楼片治疗动脉粥样硬化的新型分子靶点并构建作用机制假说 | 丹楼片的活性成分与动脉粥样硬化相关靶点，以及人脐静脉内皮细胞 | 生物信息学, 机器学习 | 动脉粥样硬化 | 网络药理学, 生物信息学, 单细胞RNA测序, 机器学习, 分子对接, 分子动力学模拟, CETSA, ELISA | 机器学习模型 | 转录组数据, 单细胞数据, 分子对接数据 | 未明确提及样本量，涉及数据库检索与体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-05-10 |
Multi-omics characterization of benzo[a]pyrene toxicity networks identifies SERPINE1 and STK3 as prognostic biomarkers and therapeutic targets in head and neck squamous cell carcinoma
2026-Apr, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05065-7
PMID:41670688
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了苯并[a]芘在头颈部鳞状细胞癌中的毒性网络，并确定SERPINE1和STK3为预后生物标志物和治疗靶点 | 首次系统整合空间转录组学、单细胞RNA测序和机器学习方法，全面解析BaP诱导的细胞程序性死亡机制在HNSC中的作用，并识别出核心毒性靶点 | 未提及具体局限性 | 阐明苯并[a]芘诱导头颈部鳞状细胞癌毒性的分子网络并识别核心生物标志物和治疗靶点 | 苯并[a]芘毒性靶点、程序性死亡相关基因、头颈部鳞状细胞癌组织样本 | 机器学学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟 | 随机森林（RF）、支持向量机（SVM） | 基因表达数据、转录组数据 | GSE30784数据集（具体样本数未提及）和TCGA-HNSC队列 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-05-10 |
Inflammasome adaptor ASC promotes sustained neuroinflammation and mild cognitive impairment in a closed-head injury model
2026-Apr-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI199818
PMID:41734021
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研究论文 | 探讨炎症小体适配器ASC在闭合性颅脑损伤模型中促进持续性神经炎症和轻度认知障碍的作用 | 首次在轻度闭合性颅脑损伤模型中揭示ASC作为主要炎症小体适配器在维持神经炎症和认知缺陷中的关键作用 | 未说明具体限制 | 研究炎症小体相关基因在闭合性颅脑损伤模型中的细胞表达及其功能意义 | 小鼠闭合性颅脑损伤模型及Asc基因敲除小鼠 | 数字病理学 | 神经退行性疾病、痴呆 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型（具体数量未说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 16 | 2026-05-10 |
The tumor-associated fibroblasts regulate urothelial carcinoma progression
2026-Mar-19, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjaf032
PMID:40973873
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序、单细胞核RNA测序、空间增强分辨率组学测序和UTUC免疫荧光芯片队列构建了CAFs的综合微环境图谱，并研究了CAFs在UTUC进展中的作用 | 首次构建上尿路上皮癌中肿瘤相关成纤维细胞的全面微环境图谱，并通过多组学技术揭示其与肿瘤细胞亚群的相互作用信号及共同预后标志物 | 研究仅基于有限样本和特定平台，未涉及功能性验证或临床干预实验 | 阐明肿瘤相关成纤维细胞在上尿路上皮癌进展中的调控机制及与膀胱尿路上皮癌的共享预后标志物 | 上尿路上皮癌患者肿瘤组织中的肿瘤相关成纤维细胞亚群及肿瘤上皮细胞 | 数字病理学 | 上尿路上皮癌、膀胱尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序、单细胞核RNA测序、空间增强分辨率组学测序、免疫荧光芯片 | NA | 基因表达数据、空间转录组学数据、免疫荧光图像 | 包含UTUC免疫荧光芯片队列的多组学样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序和单细胞核RNA测序使用10x Chromium平台，空间增强分辨率组学测序使用特定空间平台 |
| 17 | 2026-05-10 |
Atlas-guided discovery of transcription factors for T cell programming
2026-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09989-7
PMID:41639465
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研究论文 | 通过构建CD8 T细胞状态图谱，系统定义驱动T细胞程序分化的转录因子 | 首次整合转录组和表观遗传数据构建九种CD8 T细胞状态图谱，结合体内CRISPR筛选与单细胞测序发现新型TEX选择性转录因子ZSCAN20和JDP2 | 未明确说明局限性 | 系统定义驱动CD8 T细胞状态分化的转录因子，为精准工程化T细胞免疫治疗提供平台 | CD8 T细胞的多种分化状态（包括终末耗竭T细胞、组织驻留记忆T细胞等） | 自然语言处理 | 癌症 | CRISPR筛选、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 九种CD8 T细胞状态的数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 18 | 2026-05-10 |
Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages
2026-03, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2026.02.005
PMID:41655669
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research paper | 开发了异质性三组分肿瘤球模型，用于研究高级别浆液性卵巢癌细胞、癌相关成纤维细胞和巨噬细胞的临床相关表型 | 首次构建了包含卵巢癌细胞、间充质干细胞和巨噬细胞的三组分3D肿瘤球模型，可模拟肿瘤微环境中的复杂细胞-细胞相互作用，并支持高通量药物筛选 | 未提及模型是否完全重现体内所有微环境特征，且仅使用了有限数量的细胞系和原代细胞类型 | 开发一种可调节的3D体外肿瘤球模型，用于研究高级别浆液性卵巢癌的肿瘤微环境相互作用及临床相关表型 | 高级别浆液性卵巢癌细胞（OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8）、原代间充质干细胞和U937来源的M2样巨噬细胞 | digital pathology | ovarian cancer | scRNA-seq | 3D tumoroid model, 384-well hanging drop array | single-cell RNA-seq data | 使用三种卵巢癌细胞系、原代MSCs和U937巨噬细胞，未提供具体样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-05-10 |
Single-cell profiling reveals diverse γδ T cell subsets in ulcerative colitis
2026-Feb-06, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adx8474
PMID:41650251
|
研究论文 | 利用单细胞技术揭示溃疡性结肠炎中多种γδ T细胞亚群的特征和功能 | 首次在单细胞水平全面解析溃疡性结肠炎中γδ T细胞的亚群组成、表型变化及其与临床改善的关联 | 未明确说明研究局限性 | 阐明γδ T细胞在溃疡性结肠炎中的组成变化和功能角色 | 溃疡性结肠炎患者和健康供体的肠道活检样本及外周血中的γδ T细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序、T细胞受体谱分析、质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、T细胞受体数据、质谱流式细胞术数据 | 溃疡性结肠炎患者和健康供体的肠道活检样本及外周血样本（具体数量未说明） | 10x Genomics（推测，因常用scRNA-seq平台） | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术 | 10x Chromium（推测），质谱流式细胞仪（未具体说明） | 单细胞RNA测序平台（10x Chromium 推测），质谱流式细胞仪（未具体说明） |
| 20 | 2026-05-10 |
Engineering tumor spatial heterogeneity in vitro
2026-02, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115757
PMID:41386498
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综述 | 综述了通过工程学方法在体外重建肿瘤空间异质性的技术进展及其在肿瘤生物学和治疗研究中的应用 | 系统整合了肿瘤空间异质性的生物学理解与工程学重建策略，为体外模型模拟体内微环境提供新思路 | 未具体讨论技术的可重复性、标准化及临床转化中的挑战 | 探讨肿瘤空间异质性的体外工程重建方法及其在肿瘤生物学和治疗创新中的指导作用 | 肿瘤空间异质性的体外模型，包括三维生物打印、类器官组装体、器官芯片及细胞外基质仿生支架等 | 数字病理学 | 肿瘤 | 三维生物打印、类器官组装体、器官芯片、细胞外基质仿生支架 | NA | 空间转录组学数据、多路成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |