单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 39637 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-21 |
Experimental upregulation of Lancl1 promotes axon regeneration after optic nerve injury in vivo
2026-Aug, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2026.115789
PMID:42002019
|
研究论文 | 实验上调Lancl1促进视神经损伤后体内轴突再生 | 首次发现Lancl1作为新型轴突再生促进因子，通过体内实验证明其上调可直接修复受损中枢神经轴突，且不依赖mTOR通路 | 未阐明Lancl1促进轴突再生的下游分子机制 | 探究Lancl1上调是否促进中枢神经系统损伤后的轴突再生 | 小鼠视网膜神经节细胞（RGC）及视神经损伤模型 | 自然语言处理 | 中枢神经损伤和疾病 | 单细胞RNA测序、基因过表达实验、AAV2载体递送 | NA | 基因表达数据（scRNA-seq） | 小鼠视网膜神经节细胞（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'用于视网膜神经节细胞的scRNA-seq分析 |
| 2 | 2026-05-21 |
Vasculogenic Precedes Neurogenic Differentiation in Dental Pulp Stem Cells
2026-Jun, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251379776
PMID:41178677
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析牙髓干细胞在血管生成、成牙本质和神经分化过程中的细胞异质性和分化序列 | 首次揭示牙髓干细胞在体内先进行血管生成分化，随后再进行神经分化的时间顺序，并利用单细胞RNA测序证实了细胞异质性和特异性基因表达模式 | 未明确说明限制，但可能包括体内模型的人为性和分化时间的个体差异 | 阐明牙髓干细胞分化过程中血管生成先于神经分化的机制 | 人牙髓干细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人牙髓干细胞样本；免疫缺陷小鼠移植实验 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 3 | 2026-05-21 |
Investigating the role of inflammatory bowel disease-associated gene expression in oral cancer using single-cell RNA sequencing
2026-Jun, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-025-04131-5
PMID:41396398
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序探究炎症性肠病相关基因在口腔癌中的表达及其潜在治疗靶点 | 首次在单细胞水平揭示口腔癌中炎症性肠病相关基因的表达异质性，并发现NFKBIA表达与趋化因子介导信号通路显著关联 | 研究样本量有限，未涉及功能性验证实验，缺乏健康对照组织比较 | 阐明炎症性肠病相关基因在口腔癌中的细胞和分子通路机制 | 口腔癌组织样本 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 口腔癌组织样本（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-21 |
Single-cell and bulk transcriptome analysis reveals the impact of inflammatory microglia on prognosis and immunotherapy response in primary glioblastoma
2026-Jun, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-025-04135-1
PMID:41420790
|
研究论文 | 通过单细胞和批量转录组分析揭示炎症性小胶质细胞在原发性胶质母细胞瘤中对预后和免疫治疗反应的影响 | 首次基于炎症性小胶质细胞相关基因对GBM患者进行分层，并揭示两种不同亚型在预后和免疫治疗反应上的显著差异 | NA | 阐明炎症性小胶质细胞在胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的亚型特异性影响，并探索其预后和免疫治疗反应的预测价值 | 原发性胶质母细胞瘤患者及其肿瘤微环境中的炎症性小胶质细胞 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 转录组数据 | 三个独立数据集的GBM患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-21 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals cellular heterogeneity and prognostic subtypes in colorectal cancer
2026-Jun, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-025-04153-z
PMID:41430524
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析结直肠癌的细胞异质性并识别预后亚型 | 整合单细胞RNA-seq与批量RNA-seq数据，在单细胞水平揭示结直肠癌肿瘤微环境的细胞组成，并基于标记基因对患者进行基因分型，识别出具有预后意义的分子亚型 | 需要进一步的功能验证以充分理解这些发现的临床意义 | 探索结直肠癌的细胞组成，整合单细胞与批量转录组数据以识别预后标志物并表征肿瘤异质性 | 结直肠癌肿瘤样本的细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 17例结直肠癌样本用于单细胞RNA-seq，566例结直肠癌样本用于批量RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-21 |
CCR5 expression defines the functional heterogeneity of tumor-infiltrating CD8+ T cells and predicts enhanced antitumor immunity and favorable prognosis in non-small cell lung cancer
2026-Jun, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-025-04170-y
PMID:41432877
|
研究论文 | 本研究通过综合转录组、单细胞RNA测序及功能实验，揭示了CCR5+CD8+ T细胞在非小细胞肺癌中的抗肿瘤作用及其作为预后标志物的潜力 | 首次在非小细胞肺癌中系统验证CCR5+CD8+ T细胞的功能异质性及其独立预后价值，并采用多方法联合验证（转录组、单细胞、染色、功能实验） | 未提供明显局限性，可能包括样本量有限或机制深度不足（基于摘要推断） | 评估CCR5+CD8+ T细胞在非小细胞肺癌中的抗肿瘤功能和预后价值 | 非小细胞肺癌患者肿瘤浸润CD8+ T细胞 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色, 体外细胞共培养杀伤实验 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 组织图像 | TCGA和GEO队列（多个队列），15例NSCLC患者样本（单细胞RNA测序） | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2026-05-21 |
Macrophage-Fibroblast Crosstalk Shapes Wound Repair Signaling In Vitro
2026-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202601156R
PMID:42149092
|
研究论文 | 利用体外2D和3D伤口愈合模型结合活细胞钙成像和单细胞RNA测序，研究巨噬细胞与成纤维细胞之间的接触依赖性和旁分泌互作机制 | 揭示了接触依赖性钙信号和连接蛋白信号与转录重塑的整合如何协调巨噬细胞-成纤维细胞行为，特别是发现连接蛋白Cx43介导的细胞-细胞接触增强巨噬细胞IL10生成并抑制TNFα分泌 | 研究仅基于体外模型，尚未在体内伤口愈合环境中验证相关信号通路 | 阐明巨噬细胞与成纤维细胞之间接触依赖性信号如何与旁分泌通路整合以调控伤口愈合过程中的相互行为 | 骨髓来源巨噬细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 伤口愈合 | 单细胞RNA测序、活细胞钙成像 | NA | 基因表达数据、钙成像数据 | 使用骨髓来源巨噬细胞和成纤维细胞进行体外实验，未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-05-21 |
Molecular insight into the interplay among heterogeneous plasmacytes and microenvironment cells and their clinical relevance in myeloma
2026-May-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2537965123
PMID:42154554
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示多发性骨髓瘤中异质性浆细胞与微环境细胞之间的相互作用及其临床相关性 | 首次在中国多发性骨髓瘤患者中结合全基因组/全外显子测序、RNA测序和单细胞RNA测序，系统解析了浆细胞亚群（特别是高增殖性的mSP2亚群）与微环境细胞的互作网络，并基于mSP2特征构建了具有预后价值的Score100分层模型 | 单中心研究且样本量有限，部分分析依赖公共数据库，缺乏功能性验证实验 | 阐明多发性骨髓瘤中浆细胞异质性及肿瘤-微环境互作机制，建立实用预后分层模型 | 277例初诊多发性骨髓瘤患者（SMMO队列）、20例复发患者（公共数据库）和30例正常对照 | 数字病理学, 自然语言处理 | 多发性骨髓瘤 | 全基因组测序, 全外显子测序, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因序列, 转录组数据 | 267例（全基因组/全外显子测序+RNA测序），59例（单细胞RNA测序）初诊患者，20例复发患者，30例正常对照 | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2026-05-21 |
TAZ integrates ECM remodeling with uterine stromal differentiation to maintain early pregnancy
2026-May-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2528309123
PMID:42154563
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和小鼠模型，发现TAZ通过整合细胞外基质重塑与子宫基质分化来维持早期妊娠 | 首次揭示Hippo信号效应子TAZ在早期妊娠中通过调控胶原相关ECM重塑促进蜕膜形成的新机制 | 主要基于小鼠模型和有限人类样本，临床转化验证不足 | 阐明早期妊娠中子宫基质分化和血管化的分子调控机制 | 小鼠和人类子宫内膜组织，包括患者样本 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 小鼠子宫组织及人类子宫内膜患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序和10x Visium空间转录组学分析 |
| 10 | 2026-05-21 |
Contrastive graph regularized non-negative matrix factorization for domain identification of spatial transcriptomics
2026-May-20, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2025.0424
PMID:42159088
|
研究论文 | 提出对比图正则化非负矩阵分解模型用于空间转录组学的域识别，实现可解释的降维和空间结构保留 | 首次将对比学习与图正则化非负矩阵分解相结合，通过构建正负样本对同时利用基因表达相似性和空间邻近性，增强特征表示和空间结构保留，提升模型的可解释性 | 未提及局限性，但可能依赖于高质量空间转录组数据，且对比学习框架的计算复杂度较高 | 开发一种可解释的降维方法，用于空间转录组学中的空间域自动识别和生物学相关区域发现 | 空间转录组学数据中的空间域和生物功能区域 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 三个公开空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-05-21 |
PFAS is associated with perineural invasion in triple-negative breast cancer with a potential role for Cathepsin D dysregulation: a multi-omics and experimental study
2026-May-20, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02164-w
PMID:42159784
|
研究论文 | 整合多组学数据，探究全氟和多氟烷基物质（PFAS）与三阴性乳腺癌（TNBC）中神经侵袭（PNI）的关联，并验证组织蛋白酶D（CTSD）的作用 | 首次揭示PFAS暴露与TNBC中PNI的关联，并证明CTSD为该关联的中介因子；利用多组学数据构建基于CTSD的预后模型，发现天然抑制剂Aurantio-obtusin | 未提及具体局限性，但可能包括样本量有限、机制验证仅基于体外实验、PFAS暴露剂量与真实环境差异等 | 阐明PFAS暴露在TNBC中促进神经侵袭的分子机制，并开发预后标志物和潜在治疗策略 | 三阴性乳腺癌患者样本及细胞系 | 机器学习, 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟 | CNN（卷积神经网络）, 机器学习预后模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质结构数据 | TCGA-BRCA和METABRIC队列及多个单细胞RNA-seq数据集，具体样本数未提供 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | 使用Seurat、Monocle2、CellChat等工具进行单细胞分析 |
| 12 | 2026-05-21 |
Single-cell atlas reveals the key role of pro-inflammatory IREB2⁺ microglia subsets in the microenvironment of Alzheimer's disease
2026-May-20, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02188-2
PMID:42159858
|
研究论文 | 通过单细胞图谱揭示IREB2⁺小胶质细胞亚群在阿尔茨海默病微环境中的促炎作用 | 首次鉴定出IREB2⁺小胶质细胞亚群（IREB2⁺ MC C1）在阿尔茨海默病中显著扩增并呈现促炎状态，阐明了IREB2通过NF-κB通路同时驱动小胶质细胞激活和神经元炎症反应的双重作用机制 | 未详细说明样本来源及规模，功能验证仅在SH-SY5Y细胞系中完成，缺乏体内实验验证IREB2靶向治疗效果的证据 | 探究铁响应元件结合蛋白2（IREB2）在阿尔茨海默病相关神经炎症中的功能角色 | 阿尔茨海默病患者脑组织中的小胶质细胞亚群及SH-SY5Y人神经母细胞瘤细胞系 | 机器学习和计算生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、siRNA介导的基因敲低 | 非负矩阵分解（NMF）和细胞间通讯算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-05-21 |
Decoding the breast cancer microenvironment by spatial multi-omics: from architecture to clinical translation
2026-May-20, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-026-04398-2
PMID:42159876
|
综述 | 通过空间多组学技术解码乳腺癌微环境，从结构到临床转化的全面综述 | 综合讨论空间转录组学、空间蛋白质组学和新兴代谢组学在乳腺癌微环境中的应用，强调从静态分子清单向高分辨率空间图谱的转变，并构建基于肿瘤-免疫界面距离的预后模型 | 多模态数据整合、批次效应、高成本以及临床实施中缺乏标准化方案 | 评估空间多组学技术在乳腺癌研究中的进展、挑战及临床转化潜力 | 乳腺癌肿瘤微环境，包括肿瘤细胞异质性、基质细胞亚型、免疫细胞拓扑结构和三级淋巴结构 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 代谢组学 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 14 | 2026-05-21 |
SSR4 sustains Tertiary Lymphoid Structures by Regulation Quality Control of N-linked Glycosylation During B-cell Differentiation Into Plasmacyte in Colorectal Cancer
2026-May-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.75790
PMID:42159884
|
research paper | 通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序，研究SSR4在结直肠癌中如何通过调控N-连接糖基化的质量控制来维持三级淋巴结构（TLS）功能 | 首次揭示SSR4作为TRAP复合体组分在B细胞分化中渐进诱导，通过调控BAFFR的N-糖基化维持B细胞活化和TLS依赖性抗肿瘤免疫，并发现其在抗PD-1治疗应答中的上调作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人体内具体调控机制及临床转化效果仍需进一步验证 | 阐明维持肿瘤内三级淋巴结构（TLS）中B细胞分化和抗体产生的内在调控程序 | 结直肠癌患者肿瘤组织中的B细胞及三级淋巴结构 | machine learning | colorectal cancer | spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing | NA | spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data | 结直肠癌组织样本，具体数量未提供 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序，10x Visium 用于空间转录组学 |
| 15 | 2026-05-21 |
SIRT6-Mediated Deacetylation of ATF3 Promotes Silica-Induced Lung Fibrosis by Enhancing its Nuclear Import via Binding to Importin α
2026-May-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.75782
PMID:42160006
|
研究论文 | 研究发现SIRT6介导的ATF3去乙酰化通过增强其与importin α的结合促进核输入，从而驱动矽肺相关肺纤维化 | 首次揭示SIRT6介导的ATF3去乙酰化通过importin α介导的核输入促进巨噬细胞衰老及矽肺纤维化的全新机制，并发现伊曲康唑可作为潜在治疗靶点 | 未明确提及具体局限性 | 探究巨噬细胞衰老在矽肺纤维化中的作用机制及潜在治疗靶点 | 健康与矽肺患者及小鼠肺组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 矽肺（肺纤维化） | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠肺组织样本（健康与矽肺） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 16 | 2026-05-21 |
RGS proteins: Potential regulators of mouse melanopsin's signaling phototransduction cascade across ipRGC subtypes
2026-May-19, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2025.11.006
PMID:41204666
|
研究论文 | 本研究揭示了RGS蛋白在调控小鼠黑视素信号转导级联反应中，不同ipRGC亚型可能通过特异性RGS蛋白组合影响G蛋白信号通路，从而实现单一GPCR在不同细胞类型中启动不同光转导级联的机制 | 首次发现ipRGC亚型选择性富集特定RGS蛋白（M1亚型富集Rgs16，M4亚型富集Rgs5和Rgs11），并证明RGS蛋白的亚型特异性组合可差异调控Gα信号，从而可能解释单一GPCR如何在不同细胞中启动不同信号通路 | 研究主要在异源表达系统和离体视网膜中进行，缺乏体内功能验证；RGS蛋白对Gα信号的调控机制及其在完整视觉行为中的作用尚需进一步研究 | 探究单一G蛋白偶联受体黑视素如何在不同ipRGC亚型中启动不同光转导级联的潜在机制 | 小鼠视网膜中的固有光敏视网膜神经节细胞（ipRGC）亚型（M1和M4亚型）及异源表达小鼠黑视素的HEK293细胞 | 神经科学，分子生物学 | NA | 异源表达系统，单细胞转录组学元分析，RNAscope，DREADD-Gs激活，膜片钳电生理 | NA | 单细胞转录组数据，电生理数据，异源表达数据 | 使用小鼠视网膜样本（具体数量未在摘要中说明），以及HEK293细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 使用单细胞转录组学元分析和RNAscope技术（具体平台未提及） |
| 17 | 2026-05-21 |
Pan-cancer analysis of spatial transcriptomics reveals heterogeneous tumor spatial microenvironment
2026-May-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102751
PMID:41999752
|
研究论文 | 对12种癌症类型373个样本进行泛癌空间转录组分析，揭示肿瘤空间微环境的异质性 | 首次大规模泛癌空间转录组分析，识别出56个局部细胞程序和13个重现性微环境，并发现肿瘤细胞和巨噬细胞的基因表达高度依赖于其空间位置 | 样本量和癌症类型覆盖仍有局限，部分微环境的临床关联需进一步验证 | 系统解析肿瘤空间微环境的异质性及其对临床结局的影响 | 12种癌症类型的373个肿瘤样本 | 数字病理学 | 多种癌症（泛癌） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 373个肿瘤样本（12种癌症类型） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 18 | 2026-05-21 |
Targeting noncanonical nuclear factor kappa B signalling in CYLD cutaneous syndrome by selective inhibition of IκB kinase alpha
2026-May-19, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljag044
PMID:41779628
|
研究论文 | 研究CCS皮肤肿瘤中非经典NF-κB信号通路，并评估选择性IKKα抑制剂的治疗潜力 | 首次揭示CCS肿瘤角质形成细胞中非经典NF-κB信号的异常激活，并鉴定IKKα作为可药靶点，使用新型高选择性IKKα抑制剂SU1644在患者来源肿瘤球模型中证实其降低细胞活力 | 研究主要基于体外模型，缺乏体内实验验证；IKKα抑制剂SU1644的临床安全性及疗效需进一步评估 | 探索CCS肿瘤中NF-κB信号通路异常，寻找可药靶点 | CCS患者皮肤肿瘤细胞及肿瘤角质形成细胞 | 生物信息学 | CYLD皮肤综合征 | 转录组学, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 | CCS患者来源的肿瘤细胞和正常皮肤细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序 |
| 19 | 2026-05-21 |
Accurate delineation of cellular niches via integrated spatial transcriptomics and histological imaging with SYMOL
2026-May-19, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281603.125
PMID:42134991
|
研究论文 | 提出SYMOL框架，通过整合空间转录组学与组织学成像（多通道免疫组化及H&E染色），实现细胞微环境的精确划分 | 首次提出统一的自监督多模态框架SYMOL，能够同时整合空间坐标、基因表达和组织学图像，并利用多个预训练大视觉模型提取特征，实现高效的跨模态表示学习 | NA | 开发一种有效整合空间转录组学和组织学图像的方法，提升细胞微环境识别和多模态整合能力 | 公开空间转录组数据集（包含多通道IHC和H&E图像） | 计算病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | 自监督多模态框架 | 图像、基因表达数据 | 多个公开空间转录组数据集（具体数量未说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2026-05-21 |
Senescent-like neutrophils shape angiogenic immunosuppressive niches in colorectal cancer liver metastasis
2026-May-19, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-0820
PMID:42154581
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和空间增强分辨率组学测序揭示结直肠癌肝转移中肿瘤相关中性粒细胞的转录组图谱，并发现衰老样中性粒细胞通过促进血管生成和招募免疫抑制巨噬细胞形成免疫抑制微环境 | 首次在单细胞和空间水平系统描绘结直肠癌肝转移中肿瘤相关中性粒细胞的转录图谱，并鉴定出以糖酵解特征和衰老表型为特征的终末分化促肿瘤中性粒细胞亚群（TAN1），揭示BHLHE40在葡萄糖剥夺驱动的TAN1生成中的关键作用 | 未提及明显局限性 | 阐明结直肠癌肝转移中肿瘤相关中性粒细胞的异质性和功能 | 结直肠癌肝转移肿瘤组织中的中性粒细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序，空间增强分辨率组学测序 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 结直肠癌肝转移患者样本（具体数量未提及） | 10x Genomics，华大基因 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 10x Chromium，华大基因Stereo-seq | 10x Chromium单细胞RNA测序，华大基因Stereo-seq空间转录组学 |