单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-09-05	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究利用空间转录组学分析黑色素瘤靶向治疗中的细胞持久态动态和耐药机制	结合空间转录组学和深度学习分析，首次在患者来源异种移植模型中解析治疗过程中克隆谱系演化的时空动态	研究基于异种移植模型，可能与人类体内实际微环境存在差异	阐明BRAF突变黑色素瘤靶向治疗中耐药性的时空演化机制	BRAF突变黑色素瘤细胞及患者来源异种移植模型	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习分析	深度学习模型	空间转录组数据，组织病理切片图像	患者来源异种移植模型样本
142	2025-09-05	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	研究论文	一项I期临床试验评估OX40激动剂联合原位癌症疫苗在低级别B细胞淋巴瘤患者中的应用，并探讨临床转化挑战	首次在人体试验中测试OX40激动剂BMS986178与TLR9激动剂SD101及低剂量放疗的联合疗法，并通过单细胞RNA测序揭示T细胞亚群的动态变化	样本量较小（14例患者），临床效果劣于临床前小鼠模型结果，未观察到协同或剂量限制性毒性	测试T细胞共刺激受体激动剂联合疗法在低级别B细胞淋巴瘤患者中的安全性和有效性	低级别B细胞淋巴瘤患者	肿瘤免疫治疗	淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床数据、分子生物学数据	14例患者
143	2025-09-05	Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177084 PMID:39998887	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肺炎期间小鼠肺间充质细胞的转录组响应	首次系统揭示肺炎期间不同类型肺间充质细胞的共同核心响应和细胞类型特异性响应模式	研究仅基于小鼠模型，人类临床相关性尚需验证	阐明呼吸系统感染期间间充质细胞的免疫应答机制	小鼠肺组织中的间充质细胞	单细胞转录组学	肺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	三组小鼠（初始状态、肺炎期、恢复期）的肺单细胞悬液
144	2025-09-05	WITHDRAWN: Retinal Phenotypes and Single-cell Sequencing Analysis of Ush2a Knockout Mice 2025-01-28, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110247 PMID:39884543	撤回论文	该论文因出版流程错误已被编辑要求撤回	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
145	2025-09-05	Stimulating the regenerative capacity of the human retina with proneural transcription factors in 3D cultures 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417228122 PMID:39823300	研究论文	本研究通过3D培养中过表达proneural转录因子刺激人类视网膜Müller胶质细胞再生神经元	首次在成人视网膜中证明Müller胶质细胞可通过转录因子重组生成新神经元，并采用3D培养系统提升再生效率	2D培养中神经发生效果有限且新生儿神经元分析不足	改善视网膜退行性疾病中神经元再生的治疗策略	人类胎儿视网膜组织和成人尸检视网膜	再生医学	视网膜退行性疾病	慢病毒载体转染、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电生理记录	NA	基因表达数据、电生理数据、组织成像数据	人类胎儿和成人视网膜样本（具体数量未明确说明）
146	2025-09-05	An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631962 PMID:39829764	研究论文	通过整合单细胞测序和空间转录组数据，构建甲状腺癌进展的图谱并识别与预后相关的成纤维细胞亚群	首次结合单细胞测序、空间转录组和bulk RNA测序技术，系统性定义甲状腺癌中基质细胞亚群及肿瘤-基质互作，并发现仅存在于恶性样本中的myCAF亚群与肿瘤侵袭和进展相关	NA	解析甲状腺癌进展过程中的基质细胞重组和肿瘤-基质互作机制	甲状腺癌组织样本（涵盖不同组织学类型和突变谱系）	数字病理	甲状腺癌	单细胞测序, 空间转录组, bulk RNA测序	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	NA
147	2025-09-05	Supervised Gromov-Wasserstein Optimal Transport with Metric-Preserving Constraints 2025, SIAM journal on mathematics of data science IF:1.9Q1 DOI:10.1137/24m1630499 PMID:40893388	研究论文	提出一种带度量保持约束的监督Gromov-Wasserstein最优传输方法，扩展了传统GW框架并应用于单细胞RNA测序数据对齐	在Gromov-Wasserstein最优传输中引入无穷大成本张量条目，通过求解最小顶点覆盖问题实现高阶约束到耦合矩阵约束的转换	NA	开发能够控制距离保持程度的最优传输方法，提升数据集对齐的稳定性和灵活性	合成数据集和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督Gromov-Wasserstein最优传输，mirror-C下降迭代	基因表达数据	NA
148	2025-09-05	Inflammatory, Functional, and Compositional Changes of the Uterine Immune Microenvironment in a Lymphangioleiomyomatosis Mouse Model 2025, Journal of cellular immunology DOI:10.33696/immunology.7.227 PMID:40893807	研究论文	本研究通过小鼠模型探讨淋巴管平滑肌瘤病（LAM）中子宫免疫微环境的炎症、功能及组成变化	首次在子宫特异性Tsc2敲除LAM小鼠模型中，通过单细胞RNA测序揭示uNK细胞等免疫群体的趋化因子/细胞因子表达变化，并提出炎症反馈循环新机制	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究LAM疾病发展中子宫免疫微环境的作用机制	Tsc2敲除LAM小鼠模型的子宫免疫细胞	免疫病理学	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序, ELISA, 流式细胞术, IHC, 功能实验	NA	基因表达数据, 蛋白浓度数据, 细胞组成数据	Tsc2敲除小鼠模型（具体数量未明确说明）
149	2025-09-05	Machine Learning-Derived Neddylation Gene Signature for Predicting Prognosis and Immunotherapy Benefits in Colorectal Cancer 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S532644 PMID:40894303	研究论文	本研究开发了一种基于neddylation相关基因特征的机器学习模型，用于预测结直肠癌患者的预后及免疫治疗和化疗反应	首次利用单细胞RNA测序数据结合十种机器学习算法构建neddylation相关基因特征，并系统评估其与肿瘤微环境和治疗反应的关系	需要进一步验证	探索neddylation在结直肠癌中的作用并开发预后预测模型	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法	多种机器学习算法组合	基因表达数据	来自TISCH、TCGA和GEO数据库的结直肠癌样本
150	2025-09-05	Cellular interactions and Ion channel signatures in atrial fibrillation remodeling: insights from single-cell analysis and machine learning 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1615574 PMID:40894480	研究论文	通过单细胞分析和机器学习揭示心房颤动结构重塑中的细胞互作及电重塑中的离子通道标志物	首次结合单细胞RNA测序与机器学习算法（LASSO和SVM）系统解析AF结构/电重塑机制，发现胚胎成纤维细胞分化轨迹异常及ANO1/GRIK2作为新型生物标志物	研究依赖公共数据库数据，未进行实验验证；样本量有限且未说明具体样本数量	阐明心房颤动结构重塑的细胞互作机制和电重塑的离子通道标志基因	心房颤动患者与窦性心律对照者的心房成纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 机器学习（LASSO/SVM）, GO/KEGG/GSEA通路分析	LASSO, SVM	单细胞RNA测序数据, 微阵列数据	NA
151	2025-09-05	eQTL and multi-omics integration reveal PPIH as a prognostic and immunotherapeutic biomarker 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1647722 PMID:40895540	研究论文	通过整合多组学数据识别PPIH作为跨癌症类型的预后和免疫治疗生物标志物	首次通过孟德尔随机化整合eQTL与GWAS数据，结合单细胞转录组分析揭示PPIH在肿瘤微环境中的功能作用	研究主要依赖生物信息学分析，实验验证仅针对肝细胞癌进行	系统识别跨癌症类型的候选生物标志物并评估其临床应用潜力	多种恶性肿瘤（食管腺癌、胃癌、肾透明细胞癌等）及肝细胞癌细胞系	生物信息学	多癌种	孟德尔随机化、多组学分析、单细胞转录组测序、体外实验	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	多种癌症类型的GWAS和eQTL汇总统计数据，以及单细胞转录组数据
152	2025-09-05	A fusion ORF3a-E subgenomic RNA involved in SARS-CoV-2 infection efficacy by influencing cellular protein synthesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1619538 PMID:40895568	研究论文	本文发现并研究了一种SARS-CoV-2的新型亚基因组RNA（ORF3a-E-sgRNA），揭示了其在病毒复制和感染效率中的作用机制	首次报道了嵌套式ORF3a-E亚基因组RNA的存在及其通过调控细胞蛋白合成影响SARS-CoV-2感染效率的新功能	NA	探究SARS-CoV-2亚基因组RNA在病毒感染过程中的功能机制	SARS-CoV-2病毒及其ORF3a-E亚基因组RNA	病毒学	COVID-19	单细胞测序	NA	RNA测序数据	SARS-CoV-2感染的人支气管上皮细胞系（16HBE）
153	2025-09-05	The osteosarcoma immune microenvironment in progression: PLEK as a prognostic biomarker and therapeutic target 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651858 PMID:40895569	研究论文	本研究通过多组学分析发现PLEK是骨肉瘤中与免疫浸润和代谢活性相关的预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次将PLEK鉴定为骨肉瘤免疫微环境中的关键调控枢纽，并揭示其通过巨噬细胞影响肿瘤恶性表型的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要进一步体内实验验证	识别骨肉瘤中的免疫代谢生物标志物并探索其临床意义	骨肉瘤组织样本和细胞系	肿瘤免疫学	骨肉瘤	RNA-seq, qRT-PCR, Western blot, siRNA敲低, 细胞共培养	NA	转录组数据, 单细胞RNA-seq数据, 蛋白质数据	使用TCGA/GTEx数据库和GSE162454单细胞数据集，并进行实验验证
154	2025-09-05	Targeting macrophages and ion homeostasis in T2D: new genes and therapeutic pathways identified 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1514243 PMID:40895573	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索2型糖尿病中巨噬细胞特异性基因表达与异常血单价无机阳离子浓度相关基因的交叉作用，以识别关键基因和潜在治疗靶点	首次整合scRNA-seq和机器学习识别巨噬细胞与离子稳态相关枢纽基因，并揭示STAT3和特定miRNA在T2D中的核心调控作用	样本量有限（44例患者），且结果需进一步实验验证	识别2型糖尿病的新型基因标志物和治疗靶点	2型糖尿病患者（17例）和非糖尿病患者（27例）的胰岛细胞	生物信息学	2型糖尿病	scRNA-seq, 机器学习, ssGSEA, 免疫反应富集分析	GBM (Gradient Boosting Machine)	单细胞RNA测序数据	44例人类样本（27例非糖尿病，17例T2D）
155	2025-09-05	Transcriptomic features of immune inflammation and neural plasticity associated with early neurological improvement in acute ischemic stroke patients with large vessel occlusion 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1581758 PMID:40896336	研究论文	本研究通过转录组测序分析大血管闭塞性急性缺血性卒中患者早期神经功能改善的外周血mRNA分子特征与机制	首次揭示ENI组存在免疫激活与神经可塑性抑制的动态平衡，发现NOD样受体/Toll样受体等新型免疫炎症通路关联	样本量较小（仅20例患者），回顾性研究设计存在局限性	探究血管内取栓术后早期神经功能改善的分子机制，为个体化治疗提供依据	大血管闭塞性急性缺血性卒中患者	生物信息学	脑血管疾病	mRNA转录组测序、生物信息学分析、蛋白质互作网络分析	NA	转录组数据	20例患者（13例ENI组，7例非ENI组）
156	2025-09-05	Marker genes reveal dynamic features of cell evolving processes 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf185 PMID:40896714	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据揭示细胞演化过程中标记基因的动态特征	发现关键基因在分支点前后的表达分布模式变化及调控强度动态规律，提出遗传信息维持的新解释	仅基于四个数据集的分析，需要更多数据验证普遍性	探究细胞命运决定过程中基因表达的动态特征	小鼠胚胎细胞、小鼠胚胎成纤维细胞、人类骨髓和肠道类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
157	2025-09-05	Deciphering cellular heterogeneity and pathway dynamics in urinary samples: a UMAP-Based approach to understanding acute kidney injury 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1573469 PMID:40900831	研究论文	本研究利用UMAP分析尿样单细胞数据，揭示急性肾损伤（AKI）的细胞异质性和ECM相关通路激活机制	首次应用UMAP技术解析AKI尿样单细胞转录组，发现MAPK1在ECM通路调控中的关键作用及诊断潜力	依赖公共数据库数据，样本来源单一，需进一步实验验证MAPK1的临床价值	探索AKI患者尿样细胞组成和基因表达模式，识别关键细胞互作与通路激活	AKI与非AKI患者的尿样单核细胞	生物信息学	急性肾损伤	scRNA-seq, UMAP, 差异基因表达分析	UMAP	单细胞RNA测序数据	公共数据集GSE180595中的AKI与非AKI患者尿样（具体样本量未明确说明）
158	2025-09-05	PI3 as a Common Hub Gene Linking Atopic Dermatitis and Ulcerative Colitis Through Immune Cell Recruitment Mechanisms 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527507 PMID:40901026	研究论文	本研究通过生物信息学分析识别了特应性皮炎和溃疡性结肠炎的共享枢纽基因PI3及其免疫细胞招募机制	首次发现PI3作为连接两种疾病的枢纽基因，并揭示其通过CCL/CXCL趋化因子招募免疫细胞的共同机制	研究基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证	识别特应性皮炎和溃疡性结肠炎之间的共享致病基因和免疫学特征	GSE121212和GSE75214数据集中的基因表达数据	生物信息学	特应性皮炎和溃疡性结肠炎	RNA测序，单细胞RNA测序，机器学习算法	DESeq2, limma, WGCNA, 三种机器学习模型	基因表达数据	来自GEO数据库的两个数据集(GSE121212和GSE75214)
159	2025-09-05	Tumor associated neutrophils promote prostate cancer progression by mediating neutrophil trap secretion through PSMA1- NF-κB-HIF-1α signaling axis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1467357 PMID:40901472	研究论文	本研究通过临床数据分析、机器学习建模和实验验证，揭示了肿瘤相关中性粒细胞通过PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴介导中性粒细胞陷阱分泌促进前列腺癌进展的机制	首次发现PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴介导的中性粒细胞陷阱形成机制，并建立了基于6个基因的预后预测模型	回顾性研究，需要进一步前瞻性验证	探索前列腺癌预后预测新方法并阐明肿瘤相关中性粒细胞的作用机制	前列腺癌患者临床数据、单细胞测序数据、前列腺癌类器官模型	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序、LASSO回归分析、机器学习分析、多变量回归分析、去卷积算法	预后预测模型、列线图	临床数据、基因表达数据、单细胞数据	前列腺癌患者临床回顾性数据
160	2025-09-05	Elevated THOC5 expression in liver cancer and its implications for tumor progression and therapeutic response 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1596120 PMID:40901498	研究论文	本研究探讨THOC5基因在多种癌症中的表达及其对肝细胞癌（LIHC）预后和治疗的影响	首次全面分析THOC5在多种癌症中的表达模式，并揭示其通过激活EGFR、缺氧和MAPK信号通路促进肿瘤进展的机制	主要基于公共数据集和体外实验，需要更多体内实验和临床样本验证	研究THOC5基因在癌症中的表达特征、预后价值及治疗意义	肝细胞癌（LIHC）及其他多种癌症类型	癌症生物学	肝癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫组化, 蛋白质组分析, 伤口愈合实验, Transwell迁移实验	NA	基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞实验数据	公共数据集中的多种癌症样本及LIHC细胞系