单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-05-17	Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf089 PMID:40062616	研究论文	提出了一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	整合了循环变分自编码器、GRANGER因果性、稀疏性诱导惩罚和基于负二项式的损失函数，显著提升了处理数据稀疏性和噪声的能力	未提及具体的数据规模限制或计算资源需求	开发一种能够准确处理时间序列scRNA-seq数据并推断基因调控网络的方法	小鼠全脑单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	循环变分自编码器	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了BRAIN Initiative项目中的小鼠全脑数据
162	2025-05-17	CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf126 PMID:40178283	research paper	提出了一种名为CoupleVAE的新型深度学习方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据	CoupleVAE通过两个耦合的VAE和一个耦合器，在潜在空间中实现更复杂的单细胞状态转换	NA	预测单细胞扰动响应，以理解生物体的功能和行为	单细胞RNA测序数据	computational biology	NA	single-cell RNA-Seq	VAE (variational autoencoder)	RNA sequencing data	三个真实数据集（感染、刺激和跨物种预测）
163	2025-05-17	Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf136 PMID:40185158	review	本文综述了深度学习在单细胞和空间转录组数据分析中的进展与挑战，从数据科学的角度进行了系统分析	系统评估了58种计算方法在21个数据集上的性能，揭示了模型性能在不同数据集和评估指标间的显著差异，并提出了未来发展的三个关键方向	高质量标注数据集仍然有限，生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间环境具有挑战性	探讨深度学习如何有效应用于生物、医学和临床环境中的转录组数据分析	单细胞和空间转录组数据	machine learning	NA	单细胞测序、空间转录组学	深度学习	基因表达、表观遗传修饰、代谢物水平、空间位置等多模态数据	21个数据集来自9个基准测试
164	2025-05-17	scMUG: deep clustering analysis of single-cell RNA-seq data on multiple gene functional modules 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf138 PMID:40188497	研究论文	本文介绍了一种名为scMUG的计算流程，用于增强单细胞RNA测序数据的聚类分析	首次尝试将基因功能关联整合到scRNA-seq聚类分析中，并引入了一种结合局部密度和全局分布的新型相似性度量方法	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类分析性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	九个人类scRNA-seq数据集
165	2025-05-17	Exploring the regulatory role of CNPY3 as a prognostic biomarker on human glioma cell migration, invasion and immune infiltration 2025-Mar, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592251328162 PMID:40171811	研究论文	本研究探讨了CNPY3作为预后生物标志物在人脑胶质瘤细胞迁移、侵袭和免疫浸润中的调控作用	首次揭示了CNPY3在胶质瘤中的调控机制及其与免疫微环境的关联	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CNPY3在胶质瘤中的调控作用及其作为预后生物标志物的潜力	人脑胶质瘤细胞	肿瘤生物学	胶质瘤	生物信息学分析、COX回归分析、GO分析、KEGG分析、TIMER、CIBERSORT、GSVA分析、单细胞测序、细胞划痕实验、transwell实验	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	公共数据库中的胶质瘤样本和U87MG细胞系
166	2025-05-17	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576317 PMID:38328105	research paper	介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于提高单细胞数据中细胞类型和状态检测的统计显著性	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树上进行统计推断，有效解决了过聚类或欠聚类的问题	虽然CHOIR在多种数据集上表现良好，但未提及其在特定类型数据或极端情况下的适用性	提高单细胞数据聚类分析的准确性和统计显著性	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学数据	生物信息学	NA	随机森林、置换测试	随机森林	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学数据	100个模拟数据集和4个真实数据集
167	2025-05-17	Cross-cellular analysis of chromatin accessibility markers H3K4me3 and DNase in the context of detecting cell-identity genes: An "all-or-nothing" approach 2025-Feb, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720025400025 PMID:40169369	研究论文	本研究探讨了染色质可及性标记H3K4me3和DNase在不同细胞系中与细胞特异性基因状态关联的可能性，并提出了一种称为跨细胞染色质开放性（CCO）水平的测量方法	提出了一种新的测量方法CCO水平，用于预测基因的必需性状态，并与现有的scRNA-Seq和bulk RNA-Seq方法进行了比较	数据可能难以获取，特别是对于全新的生物样本	检测细胞特异性基因，研究染色质可及性标记与基因必需性状态的关系	染色质可及性标记H3K4me3和DNase，细胞特异性基因	基因组学	NA	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq	NA	基因组数据	NA
168	2025-05-17	Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.24.554649 PMID:37662229	研究论文	通过单细胞表达分析对肠嗜铬细胞进行分层	整合单细胞转录组学和空间图像分析，识别出14个沿肠道拓扑组织的EC细胞簇，并发现具有不同转录因子和激素表达的亚型	EC细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未完全阐明	研究肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道动态平衡中的作用	肠嗜铬细胞（EC细胞）	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学、空间图像分析、遗传学、化学遗传学和药理学方法	NA	单细胞转录组数据、图像数据	NA
169	2025-05-17	Spatial integration of multi-omics data from serial sections using the novel Multi-Omics Imaging Integration Toolset 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf035 PMID:40366868	研究论文	介绍了一种名为MIIT的Python框架，用于整合空间分辨的多组学数据	开发了非刚性配准算法GreedyFHist，用于序列切片的配准，并在244张新鲜冷冻序列切片图像上验证了其性能	未提及具体的数据整合效果或在实际应用中的限制	整合空间分辨的多组学数据，以更好地理解癌症生物学	前列腺组织样本的空间转录组学(ST)和质谱成像(MSI)数据	数字病理学	前列腺癌	质谱成像(MSI)、空间转录组学(ST)	NA	图像、RNA、代谢物	244张新鲜冷冻序列切片图像
170	2025-05-17	CENPF as a Potential Biomarker Associated with the Immune Microenvironment of Renal Cancer 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251330791 PMID:40165474	研究论文	本研究探讨了CENPF作为肾癌潜在预后生物标志物的作用及其与肿瘤免疫微环境的关系	首次将CENPF与肾癌免疫微环境调控联系起来，并验证其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于TCGA数据库的回顾性分析，需要进一步前瞻性研究验证	寻找肾癌预后生物标志物并探索其与免疫微环境的关系	肾癌患者（包括KIRC、KICH和KIRP亚型）	肿瘤免疫学	肾癌	qPCR、单细胞测序、CIBERSORT算法	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据库样本及GSE159115单细胞数据集
171	2025-05-17	T-cell receptors identified by a personalized antigen-agnostic screening approach target shared neoantigen KRAS Q61H 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1509855 PMID:40165973	研究论文	提出了一种个性化抗原无关筛选方法，识别针对共享新抗原KRAS Q61H的T细胞受体	开发了一种不依赖已知抗原的肿瘤特异性T细胞克隆型识别方法，并验证了其针对KRAS Q61H突变的治疗效果	样本量较小（7名NSCLC患者），且仅验证了部分预测的肿瘤特异性克隆型	开发一种抗原无关的方法来识别肿瘤特异性T细胞受体，以推进实体瘤的过继性细胞治疗	非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和邻近组织驻留淋巴细胞	免疫治疗	非小细胞肺癌	scRNA-Seq, TCRβ-chain repertoire分析, TCR-T细胞工程	NA	基因表达数据, TCR序列数据	7名NSCLC患者
172	2025-05-17	Enhancing pancreatic cancer treatment: the role of H101 oncolytic virus in irreversible electroporation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546242 PMID:40170848	研究论文	本研究探讨了H101溶瘤病毒与不可逆电穿孔（IRE）联合治疗胰腺癌的效果及其机制	首次提出将H101溶瘤病毒作为IRE治疗的补充手段，通过激活JNK-MAPK通路增强治疗效果	研究主要基于细胞实验和小鼠模型，尚未进行人体临床试验	提高胰腺癌治疗效果	胰腺癌细胞和小鼠皮下肿瘤模型	肿瘤治疗	胰腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq	小鼠皮下肿瘤模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
173	2025-05-17	Single-cell sequencing in non-obstructive azoospermia: insights from primary and re-analysis studies 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1539063 PMID:40177631	综述	本文系统评价了10项原发性研究和22项二次研究，探讨单细胞测序在非梗阻性无精子症中的应用及其分子机制	整合了原发性与二次分析研究，揭示了转录调控因子、RNA转录、内分泌干扰物和微管细胞骨架在精子发生障碍中的新作用	缺乏将单细胞研究成果转化为临床应用的深入讨论	探讨单细胞测序在非梗阻性无精子症研究中的应用及其分子机制	人类睾丸组织中的生殖细胞、支持细胞和间质细胞	数字病理学	男性不育症	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	10项原发性研究和22项二次研究的数据
174	2025-05-17	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals SH3D21 promotes hepatocellular carcinoma progression by activating the PI3K/AKT/mTOR pathway 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0302766 PMID:40179068	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，揭示了SH3D21通过激活PI3K/AKT/mTOR通路促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示了SH3D21作为新型遗传生物标志物在肝细胞癌中的表达和功能，并阐明其通过PI3K/AKT/mTOR通路促进肿瘤进展的机制	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究SH3D21在肝细胞癌中的表达特征、临床意义及其促癌机制	肝细胞癌患者样本和癌细胞系	癌症基因组学	肝细胞癌	RNA测序（bulk和单细胞）、qRT-PCR、CCK-8实验、集落形成实验、Western blot	NA	RNA测序数据、实验数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的样本数据
175	2025-05-17	Predicting and comparing transcription start sites in single cell populations 2025, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012878 PMID:40179341	研究论文	该研究开发了一个名为scTSS的计算流程，用于预测和比较单细胞群体中的转录起始位点（TSS）	scTSS能够同时处理配对端和单端5'单细胞RNA测序数据，并进行差异TSS使用分析	当前方法主要针对配对端数据，对单端数据的潜力开发不足	开发一个计算流程来预测和比较单细胞群体中的转录起始位点	单细胞RNA测序数据中的转录起始位点	生物信息学	NA	5'单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Binomial广义线性混合模型	RNA测序数据	两种不同疾病的单细胞数据
176	2025-05-17	Unraveling the spatial and signaling dynamics and splicing kinetics of immune infiltration in osteoarthritis synovium 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521038 PMID:40181977	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态、剪接动力学和信号通路	首次构建了骨关节炎滑膜的空间和转录图谱，鉴定了驱动免疫浸润的关键基因和转录因子，并提出了潜在的治疗药物	样本量相对较小（8例OA和4例健康样本），需要在更大队列中验证发现	解析骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态和分子机制	骨关节炎患者和健康对照的滑膜组织	数字病理	骨关节炎	scRNA-seq, 空间转录组学, Spatrio, STT分析, NMF, CellPhoneDB, pyLIGER	空间转移张量(STT), 非负矩阵分解(NMF)	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	12例样本（8例OA患者和4例健康对照）
177	2025-05-17	Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771 PMID:40181989	研究论文	本研究通过RNA测序技术探索了哮喘诱导对肺神经免疫转录组的影响	首次全面测序了哮喘诱导后肺神经免疫景观的变化，并揭示了特定神经元簇和空间分布模式	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组	小鼠的迷走神经节(结状/颈静脉神经节)和肺组织	神经免疫学	哮喘	标准RNA测序、单核RNA测序、空间RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用naïve小鼠和经链格孢属诱导的哮喘小鼠
178	2025-05-17	Temporal and spatial distribution of histone acetylation in mouse molar development 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19215 PMID:40183048	研究论文	本研究通过小鼠磨牙模型，揭示了组蛋白乙酰化修饰在牙齿发育过程中的时空分布及其作用机制	首次系统地描绘了组蛋白H3和H4及其乙酰化位点在牙齿形成过程中的分布模式，并鉴定了关键组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶	研究仅基于小鼠模型，人类牙齿发育中的组蛋白乙酰化机制仍需进一步验证	揭示组蛋白乙酰化修饰与牙齿发育之间的关联	小鼠磨牙发育过程中的组蛋白乙酰化修饰	发育生物学	NA	scRNA-seq, 免疫组织化学	NA	基因表达数据, 组织切片图像	小鼠磨牙发育不同阶段的样本
179	2025-05-17	Characterizing macrophage diversity in colorectal malignancies through single-cell genomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1526668 PMID:40191203	review	本文综述了单细胞基因组学在结直肠恶性肿瘤中巨噬细胞多样性研究中的应用	通过单细胞RNA测序技术揭示肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其潜在功能分类	缺乏对巨噬细胞多样性命名和分子特征的统一解释	探讨结直肠恶性肿瘤中巨噬细胞多样性的特征及其在肿瘤微环境中的作用	结直肠恶性肿瘤中的肿瘤相关巨噬细胞	单细胞基因组学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
180	2025-05-17	Successful cryopreservation of marine invertebrates immune cells enables long-term studies of common octopus, Octopus vulgaris Cuvier 1797, hemocyte immune functions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1543587 PMID:40191212	研究论文	本文研究了普通章鱼血细胞的冷冻保存技术，以支持其免疫功能的长期研究	首次展示了冷冻保存的章鱼血细胞的功能性结果，并确定了最佳的冷冻保存介质和程序	研究仅针对普通章鱼，未涵盖其他软体动物物种	开发冷冻保存技术以支持章鱼免疫细胞的长期功能研究	普通章鱼（Octopus vulgaris）的血细胞	细胞生物学	NA	冷冻保存技术，单细胞测序	NA	细胞功能数据，基因表达数据	冷冻保存15周后的章鱼血细胞样本