单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-17	Molecular biology of the deadliest cancer - glioblastoma: what do we know? 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530305 PMID:40191211	review	本文综述了胶质母细胞瘤的分子生物学特性及其微环境，强调了其生物特性和分子通讯模式	利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤微环境的新见解，提出了个性化多免疫疗法的必要性	NA	总结当前关于胶质母细胞瘤及其微环境的知识，探讨个性化治疗的可能性	胶质母细胞瘤细胞及其微环境	分子生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
182	2025-05-17	Single-cell transcriptomics reveals immunosuppressive microenvironment and highlights tumor-promoting macrophage cells in Glioblastoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0312764 PMID:40193323	research paper	通过单细胞转录组学揭示胶质母细胞瘤中的免疫抑制微环境，并突出肿瘤促进性巨噬细胞的作用	鉴定了五种不同的肿瘤相关巨噬细胞亚型，并发现TAM_MRC1亚型具有明显的M2极化特征，同时发现了一种具有耗竭表型的NK细胞亚型CD56dim_DNAJB1	样本量相对较小（24名患者的48个肿瘤片段），可能影响结果的普遍性	揭示胶质母细胞瘤微环境中的细胞异质性和复杂性，为免疫治疗提供潜在靶点	胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织	digital pathology	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	24名患者的48个肿瘤片段
183	2025-05-17	Single-cell analysis reveals potential therapeutic markers of peripheral blood mononuclear cells from bladder cancer patients 2025, Brazilian journal of medical and biological research = Revista brasileira de pesquisas medicas e biologicas DOI:10.1590/1414-431X2025e14002 PMID:40367012	研究论文	通过单细胞RNA测序分析膀胱癌患者外周血单个核细胞，揭示潜在的治疗标志物	首次在膀胱癌患者外周血单个核细胞中鉴定出LAG-3和TIM-3等新型潜在免疫检查点抑制剂靶点，并发现多个与肿瘤进展相关的细胞亚群及其特征基因	样本量相对较小（仅包括患者和一名健康供体），且未进行功能验证实验	探索膀胱癌免疫治疗的潜在新靶点和生物标志物	膀胱癌患者和健康供体的外周血单个核细胞	单细胞转录组学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	44,022个细胞（来自膀胱癌患者和一名健康供体的外周血单个核细胞样本）
184	2025-05-17	The CD38+HLA-DR+ T cells with activation and exhaustion characteristics as predictors of severity and mortality in COVID-19 patients 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1577803 PMID:40370439	研究论文	该研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术，分析了COVID-19患者外周免疫细胞的特征，发现CD38+HLA-DR+ T细胞的扩增与疾病严重程度和死亡率相关	首次将CD38+HLA-DR+ T细胞确定为COVID-19预后的新型生物标志物，并揭示了其独特的激活-耗竭表型及对NAD+代谢的影响	样本来源仅限于外周血，未评估组织中的免疫细胞特征；研究人群的多样性可能有限	寻找COVID-19的新型治疗靶点和早期预测生物标志物	健康人、细菌性肺炎患者和COVID-19患者的外周免疫细胞	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	细胞表型数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但包括健康人、细菌性肺炎患者和COVID-19患者三类人群
185	2025-05-17	Single-cell transcriptome reveals potential mechanisms for gout in children 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1577109 PMID:40370447	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了儿童痛风的分子机制	揭示了CD14+单核细胞和DN T细胞在儿童痛风中的关键作用，以及与成人痛风的异同	样本来源仅限于外周血，未涉及痛风关节组织	探索儿童痛风的分子机制	儿童痛风患者和健康对照的外周血样本	生物医学	痛风	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	儿童痛风患者和健康对照的外周血样本（具体数量未说明）
186	2025-05-17	Exploration the role of pro-inflammatory fibroblasts and related markers in periodontitis: combing with scRNA-seq and bulk-seq data 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1537046 PMID:40370461	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量转录组数据分析，探索了促炎性牙龈成纤维细胞（PIGFs）在牙周炎中的作用及其相关分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术识别出与牙周炎发展密切相关的促炎性牙龈成纤维细胞亚群，并发现MME和TSPAN11两个基因作为潜在治疗靶点	研究样本量有限，且未在更大人群中验证MME和TSPAN11的临床效果	探索促炎性牙龈成纤维细胞在牙周炎发病机制中的作用及其分子机制	牙龈成纤维细胞（GFs）及其亚群促炎性牙龈成纤维细胞（PIGFs）	数字病理学	牙周炎	scRNA-seq, bulk-seq, qPCR, 免疫荧光染色	多种机器学习算法	RNA测序数据	来自正常和牙周炎患者的scRNA-seq数据
187	2025-05-17	Unraveling the role of histone acetylation in sepsis biomarker discovery 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1582181 PMID:40370519	研究论文	本研究通过转录组和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，发现了与组蛋白乙酰化相关的脓毒症生物标志物	首次将组蛋白乙酰化与脓毒症生物标志物发现联系起来，并利用多种机器学习算法和孟德尔随机化方法进行验证	研究样本量未明确说明，且需要进一步临床验证	发现脓毒症早期诊断和预后的有效生物标志物	脓毒症患者（具体样本信息未提供）	生物信息学	脓毒症	转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 孟德尔随机化	LASSO, SVM-RFE, Boruta	基因表达数据	NA
188	2025-05-17	Resveratrol targeting MDM2/P53/PUMA axis to inhibit colonocyte apoptosis in DSS-induced ulcerative colitis mice 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1572906 PMID:40371345	research paper	该研究探讨了白藜芦醇通过调节MDM2/P53/PUMA轴抑制结肠细胞凋亡，从而治疗DSS诱导的溃疡性结肠炎的潜力	揭示了白藜芦醇通过MDM2/P53/PUMA轴抑制结肠细胞凋亡的新机制，并验证了MDM2作为溃疡性结肠炎治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	研究白藜芦醇在溃疡性结肠炎治疗中的作用机制和疗效	DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型和体外培养的结肠细胞	生物医学	溃疡性结肠炎	单细胞测序、免疫荧光染色、腺相关病毒系统	小鼠溃疡性结肠炎模型	实验数据	未明确说明样本数量
189	2025-05-17	Temporal evolution of fibroblast responses following salivary gland ductal ligation injury 2025, Frontiers in dental medicine IF:1.5Q3 DOI:10.3389/fdmed.2025.1581376 PMID:40375832	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和通路分析，探讨了唾液腺导管结扎损伤后成纤维细胞的动态响应	识别了三种独特的成纤维细胞群体，并确定了其中一种为主要损伤响应性纤维化细胞类型	研究仅关注了7天内的时间点，可能未能完全捕捉长期纤维化过程	理解成纤维细胞在损伤早期和后期的响应机制，以促进开发减少纤维化和促进腺体再生的治疗方法	唾液腺导管结扎损伤后的成纤维细胞	分子生物学	Sjögren's Disease	单细胞RNA测序, 通路分析	NA	RNA-seq数据	NA
190	2025-05-17	Integrative single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing reveals the characteristics of glutathione metabolism and protective role of GSTA4 gene in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571431 PMID:40375987	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了胰腺癌中谷胱甘肽代谢的特征以及GSTA4基因的保护作用	首次在胰腺癌中系统分析了谷胱甘肽代谢相关基因的预后意义，并实验验证了GSTA4基因的肿瘤抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验	探究胰腺癌中谷胱甘肽代谢相关基因的预后意义并寻找关键分子靶点	胰腺癌组织和细胞	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	预后分子分类器	转录组数据	930名胰腺癌患者
191	2025-05-17	Integrating single-cell sequencing and transcriptome analysis to unravel the mechanistic role of sialylation-related genes in sepsis-induced acute respiratory distress syndrome 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528769 PMID:40375981	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨了唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的机制作用	首次识别CD19和GPR65作为与脓毒症诱导的ARDS中唾液酸化相关的关键基因，并确定CD14单核细胞（CD14Mono）为关键细胞类型	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量可能有限	探讨唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的ARDS中的具体功能和机制	脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	机器学习、列线图模型	基因表达数据、临床样本	三个数据集（GSE32707、GSE66890、GSE151263）及临床样本
192	2025-05-17	Integrative multi-omics and Mendelian randomization analysis reveal SPP1+ tumor-associated macrophage-driven prognostic signature for hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1594610 PMID:40376263	研究论文	本研究通过整合多组学和孟德尔随机化分析，揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞驱动的肝细胞癌预后特征	首次构建了基于SPP1+ TAMs相关基因的风险评分模型(STRS)，用于预测肝细胞癌患者的总体生存期	研究结果需要进一步在更大规模的临床队列中进行验证	探索SPP1+肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的预后意义并构建预测模型	肝细胞癌患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析、LASSO回归	STRS风险评分模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌患者队列
193	2025-05-17	Tumor-microenvironment and molecular biology of classic Hodgkin lymphoma in children, adolescents, and young adults 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1515250 PMID:40376590	review	本文综述了儿童、青少年和年轻成人经典霍奇金淋巴瘤(cHL)的肿瘤微环境(TME)和分子生物学特性，强调了近期在cHL生物学理解、年龄差异及生物标志物开发方面的突破	总结了单细胞测序和多重空间成像技术揭示的TME组成与功能的年龄差异，以及HRS细胞分子改变对TME内相互作用的驱动	NA	解析cHL的肿瘤微环境作用及年龄相关差异，以促进生物标志物驱动的靶向治疗开发	儿童、青少年和年轻成人(AYAs)的经典霍奇金淋巴瘤(cHL)	肿瘤生物学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞测序, 多重空间成像	NA	分子生物学数据, 影像数据	NA
194	2025-05-17	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新型的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	未明确提及	开发一种计算高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组数据	生物信息学	NA	随机化两阶段主成分分析（PCA）框架	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium、Stereo-Seq、MERFISH和10x Xenium），涉及人类和小鼠组织
195	2025-05-17	Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat 2024-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54821-x PMID:39627184	研究论文	开发了一个名为CrossChat的计算框架，用于检测和分析细胞间通讯的全局和局部层次结构	提出了一个新颖的计算框架CrossChat，能够通过多分辨率聚类方法和树检测方法，全面分析细胞间通讯的层次结构	NA	理解和分析细胞间通讯的层次结构及其对复杂组织功能的调控作用	细胞间通讯的层次结构	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（Spatial Transcriptomics）	多分辨率聚类方法、树检测方法	scRNA-seq数据、空间转录组数据	两个来自COVID-19患者的非空间scRNA-seq数据集、两个来自小鼠胚胎皮肤的空间转录组数据集
196	2025-05-17	Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis 2024-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54445-1 PMID:39627185	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠肺部黑色素瘤细胞到达后6小时内肺内皮细胞的转录重编程，发现了一个反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)，并揭示了Pim3激酶在保护血管屏障中的作用	首次发现反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)及其在转移性微环境中的作用，揭示了Pim3激酶在维持血管屏障功能中的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限；仅观察了6小时内的早期变化	探究转移性微环境中内皮细胞的分子调控机制及其在癌症转移中的作用	小鼠肺内皮细胞和黑色素瘤细胞	癌症生物学	黑色素瘤	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
197	2025-05-17	Granzyme K+CD8+ T cells interact with fibroblasts to promote neutrophilic inflammation in nasal polyps 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54685-1 PMID:39614076	research paper	该研究揭示了在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中，GZMK+CD8+ T细胞与成纤维细胞的相互作用如何促进中性粒细胞炎症	首次发现GZMK+CD8+ T细胞通过CXCR4/CXCL12轴与成纤维细胞互作，特异性地促进中性粒细胞趋化因子的产生	研究主要聚焦于CRSwNP，其他炎症性疾病中的类似机制需要进一步验证	阐明CRSwNP中中性粒细胞炎症的分子机制	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的组织样本	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞分析、空间转录组学、T细胞受体测序	NA	基因表达数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，使用CRSwNP患者组织样本
198	2025-05-17	COVID-19 progression and convalescence in common variable immunodeficiency patients show dysregulated adaptive immune responses and persistent type I interferon and inflammasome activation 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54732-x PMID:39609471	研究论文	研究常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者在COVID-19病程和恢复期间的适应性免疫反应失调以及持续的I型干扰素和炎症小体激活	首次使用单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析CVID患者在SARS-CoV-2感染前、期间和恢复后的外周血样本，揭示了持续的I型干扰素特征和适应性免疫改变	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探究CVID患者长期病毒感染对免疫反应的影响	常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq），光谱流式细胞术	NA	外周血样本	NA
199	2025-05-17	A single-cell transcriptomic census of mammalian olfactory epithelium aging 2024-11-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.020 PMID:39173624	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术对年轻和老年小鼠嗅觉上皮进行了分析，鉴定了与衰老相关的差异表达基因	首次在单细胞分辨率下揭示了嗅觉上皮衰老的细胞和分子框架，并识别了Egr1和Cebpb作为转录网络的核心调控因子	研究仅基于小鼠模型，人类嗅觉上皮衰老的机制可能有所不同	探究哺乳动物嗅觉上皮衰老的细胞和分子机制	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮细胞	单细胞转录组学	嗅觉功能障碍	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮细胞（未明确具体数量）
200	2025-05-17	Long-Term Follow-up of Levonorgestrel Intrauterine Device for Atypical Hyperplasia and Early Endometrial Cancer Reveals Relapse Characterized by Immune Exhaustion 2024-Nov-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0362 PMID:38922360	研究论文	研究左炔诺孕酮宫内节育器(LIUD)治疗非典型增生(AH)和早期子宫内膜癌(EEC)的长期随访结果，发现复发与免疫耗竭相关	首次使用空间转录组学(Nanostring GeoMX数字空间分析)结合计算机细胞类型反卷积和通路分析，揭示了LIUD治疗后的免疫机制变化	样本量较小(仅5名患者的纵向活检样本)，可能影响结果的普遍性	评估LIUD治疗AH/G1EEC的长期效果并探究复发机制	子宫内膜非典型增生(AH)和1级子宫内膜样腺癌(G1EEC)患者	数字病理学	子宫内膜癌	空间转录组学(Nanostring GeoMX数字空间分析)，计算机细胞类型反卷积	NA	转录组数据，临床随访数据	43名初始响应患者中的41名随访数据，其中5名患者的纵向活检样本