单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-01	Ontogeny-specific induction of the KMT2A::AFF1-fusion drives development of a distinct CD24 positive pre-leukemic state 2025-Sep, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02665-9 PMID:40646135	研究论文	本研究通过新型小鼠模型揭示KMT2A::AFF1融合基因在胚胎期诱导产生的独特CD24阳性前白血病状态	开发了可精确诱导致癌基因的小鼠模型，首次发现胚胎环境中特异性扩增的CD24PreProB细胞亚群具有前白血病干细胞特征	模型虽与人类疾病相关但仍属动物研究，需进一步验证临床转化价值	探究KMT2A::AFF1融合基因在胚胎发育阶段引发白血病的起始机制	小鼠造血干细胞和祖细胞（HSPCs），人类KMT2A::AFF1白血病患者数据	血液肿瘤学	急性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学，致癌基因诱导模型	基因工程小鼠模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确样本数量，但涉及小鼠模型和人类患者数据对比
102	2025-09-01	CD38⁺ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.29.667333 PMID:40766487	研究论文	本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38⁺内皮细胞重塑的空间特异性血管病变模式	首次发现CD38⁺内皮细胞扩张是快速进展性口腔炎症的空间特异性标志，并开发了三重空间分析方法AstroSuite	样本量相对有限（总计59个样本），且主要聚焦于特定炎症类型	探究快速进展性口腔炎症（种植体周围炎和重度牙周炎）的细胞机制和空间结构特征	人类口腔黏膜组织样本，包括种植体周围炎和不同严重程度的牙周炎组织	数字病理学	口腔炎症疾病	scRNA-seq, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据	总计59个样本（36个scRNA-seq样本，15个空间蛋白质组样本，8个配对活检样本），共683,792个细胞
103	2025-09-01	Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis 2025-Aug-15, ArXiv PMID:40832053	研究论文	本研究利用量子退火驱动的QUBO方法改进单细胞RNA测序数据中的特征选择	将量子退火技术应用于scRNA-seq数据特征选择，相比传统方法能识别更复杂的基因表达模式	NA	提升单细胞RNA测序数据分析中特征选择的效率和准确性	人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的scRNA-seq数据	机器学习	癌症	scRNA-seq	QUBO	基因表达数据	NA
104	2025-09-01	Exosomal gene signature in esophageal carcinoma: Insights from single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Aug-14, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102490 PMID:40816225	研究论文	本研究结合单细胞和bulk RNA测序数据，开发并验证了一个与食管癌外泌体相关的九基因风险特征模型	首次整合单细胞和bulk RNA测序数据构建外泌体相关基因特征，并实验验证HAPLN3的肿瘤抑制功能	需要在外泌体特异性免疫治疗队列中进行进一步验证	开发食管鳞状细胞癌的预后生物标志物并探索其免疫治疗指导潜力	食管鳞状细胞癌(ESCA)患者	生物信息学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归	九基因风险模型	RNA测序数据	TCGA-ESCA、GSE53625、GSE196756等多个队列数据
105	2025-09-01	Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.10.669536 PMID:40832301	研究论文	研究不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后引发的差异化炎症反应	首次通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞对Coxiella burnetii感染的异质性反应，并比较不同毒力菌株的免疫激活特征	研究仅关注体外巨噬细胞模型，未涉及体内免疫应答或临床相关性验证	解析宿主-病原体相互作用机制，为Q热靶向治疗提供理论基础	人肺泡巨噬细胞(hAMs)和三种Coxiella burnetii菌株(NMI, NMII, Dugway)	感染免疫学	Q热	RNA测序，单细胞RNA测序，细胞因子检测	NA	转录组数据	人肺泡巨噬细胞样本（具体数量未明确说明）
106	2025-09-01	Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020 PMID:40798884	研究论文	研究发现人肺来源的外泌体通过细胞间通讯增强造血干细胞的自我更新和移植能力	首次揭示肺细胞通过外泌体通讯调控造血干细胞稳态，突破传统骨髓微环境单一调控的认知	研究主要基于实验条件，临床转化潜力尚需进一步验证	探究肺源外泌体对造血干细胞功能的调控机制	人造血干细胞和肺小气道上皮细胞	细胞生物学	血液疾病（镰状细胞病、骨髓衰竭）	单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学、体内移植实验	NA	单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA（未明确样本数量，但涉及原代细胞实验和移植研究）
107	2025-09-01	Identification of a unique subpopulation of mucosal fibroblasts in colorectal cancer with tumor-restraining characteristics 2025-Aug-05, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2025.100263 PMID:40759242	研究论文	本研究通过多组学数据分析鉴定出结直肠癌中一种具有肿瘤抑制特性的独特黏膜成纤维细胞亚群	首次在结直肠癌中发现并表征表达ADAMDEC1/CXCL14/EDNRB/PROCR的肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞(Tr-CAFs)亚群	NA	探究结直肠癌中肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞的存在及其特征	结直肠癌样本中的成纤维细胞亚群	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, TCGA RNA-seq, 免疫组织化学	NA	基因组数据, 表观遗传数据, 组织学图像	多个结直肠癌数据集（包含单细胞和批量测序数据）
108	2025-09-01	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	介绍PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪方法，用于高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	开发了兼容单细胞测序和多模态成像的prime editing谱系追踪技术，可在保留组织空间背景的同时联合分析细胞状态和谱系	NA	绘制发育和疾病中细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的细胞	生物技术	肿瘤	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	空间转录组数据，成像数据	NA
109	2025-09-01	Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661563 PMID:40667010	研究论文	开发并应用高分辨率空间异构体测序技术Spl-ISO-Seq2，揭示小鼠大脑中细胞类型内空间异构体变异的新模式	实现220纳米点大小和500纳米分辨率的亚微米单细胞分辨率空间测序，首次在兴奋性神经元等特定细胞类型中证实空间异构体变异的存在	NA	解析大脑空间转录组中异构体水平的变异模式，区分细胞类型内变异与区域间细胞丰度差异	成年小鼠大脑组织	空间转录组学	NA	Spl-ISO-Seq2, 长读长测序	NA	空间转录组数据	NA
110	2025-09-01	Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation 2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	研究论文	本研究探讨肝细胞载脂蛋白J通过Ranbp2介导的SUMO化激活STAT3通路，加速损伤诱导的肝纤维化进程	首次揭示ApoJ通过促进STAT3的K679位点SUMO化增强其核转位，激活STAT3通路并驱动肝星状细胞活化的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明肝细胞ApoJ调控STAT3通路介导肝星状细胞活化的旁分泌信号机制	肝细胞、肝星状细胞、小鼠模型和肝硬化患者单细胞RNA测序数据	分子病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序、基因敲除和过表达模型、细胞培养上清处理	NA	基因表达数据、病理学数据	肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集，以及多种肝纤维化小鼠模型
111	2025-09-01	A novel frameshift mutation in Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 1 ( PIK3R1 ) causes immunodeficiency and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655625 PMID:40568112	研究论文	本文报道了一种PIK3R1基因的新型移码突变导致免疫缺陷和肌萎缩侧索硬化（ALS）的机制研究	首次发现PIK3R1 c.1710dup突变通过单倍体不足导致AKT激活、神经元电功能紊乱和凋亡增加，揭示了该突变在神经功能与存活中的新作用	NA	探究PIK3R1基因突变导致免疫缺陷和ALS的分子机制	携带PIK3R1 c.1710dup突变的患者来源iPSC、运动神经元及脑类器官	分子遗传学	肌萎缩侧索硬化	iPSC技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、通路分析	NA	基因测序数据、RNA表达数据	1例患者及匹配对照的细胞和类器官模型
112	2025-09-01	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	提出基于图神经网络的细胞分割工具Segger，用于成像空间转录组数据中快速准确的转录本-细胞分配	将细胞分割转化为转录本-细胞链接预测任务，利用异构图表示和单细胞RNA-seq信息提升分配准确性	NA	解决成像空间转录组技术中转录本细胞来源分配的准确性问题	成像空间转录组数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	成像空间转录组技术，单细胞RNA-seq	图神经网络(GNN)	空间转录组成像数据	多个Xenium数据集基准测试
113	2025-09-01	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	介绍DBiTplus技术，整合基于测序和成像的空间组学方法在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射	开发了DBiTplus多模态空间组学方法，首次在同一组织切片上结合测序空间转录组和成像空间蛋白质分析，实现单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度通路研究	NA	推进对异质性细胞过程的理解并连接细胞类型与功能	小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组测序、CODEX高复用蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送、RNaseH酶处理	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多种组织类型包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤FFPE样本
114	2025-09-01	Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624562 PMID:39605372	研究论文	本研究探讨了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用	应用单细胞RNA测序和无偏蛋白质组学方法，首次揭示DUSP1在早期宿主响应中的上调及其对NLRP3炎症信号和线粒体变化的双向调控作用	研究基于小鼠骨髓来源巨噬细胞模型，结果向人体或自然宿主的直接推广需进一步验证	解析宿主细胞对伯氏疏螺旋体脂蛋白的响应机制，并探索DUSP1作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）	免疫学与感染性疾病	莱姆病	scRNA-Seq, 蛋白质组学分析	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	用不同浓度脂蛋白处理的小鼠BMDMs样本
115	2025-09-01	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.07.622523 PMID:39605581	研究论文	提出DBiTplus方法，整合基于测序和成像的空间组学技术，在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射	开发了结合空间转录组测序和高通量蛋白质成像的统一工作流程，首次实现同一组织切片的单细胞分辨率多模态空间组学分析	NA	开发整合多模态空间组学技术的方法，以促进对异质性细胞过程的理解	小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组测序、CODEX蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多种组织类型（包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤组织）
116	2025-09-01	Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis 2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619529 PMID:39484491	研究论文	本研究整合空间转录组学和谱系追踪技术，揭示肺腺癌模型中肿瘤生长、可塑性和转移与微环境重塑的协同演化	结合高分辨率空间转录组学与动态谱系追踪技术，首次在时空维度解析肿瘤亚克隆与微环境的共进化关系	研究基于小鼠模型，人类肿瘤的适用性需进一步验证	阐明肿瘤细胞状态与微环境结构如何协同促进肿瘤进展	Kras驱动的肺腺癌小鼠模型	数字病理学	肺癌	空间转录组学, 谱系追踪	NA	空间转录组数据	小鼠模型样本（具体数量未明确说明）
117	2025-09-01	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	提出Sunbear联合建模框架，用于整合多条件和多模态单细胞时间序列数据	开发能够同时处理多条件（如性别、批次）和多模态（如scRNA-seq、scATAC-seq）数据的时序建模方法，实现单细胞时序谱的插补、对齐和外推	NA	推断小鼠胚胎发育过程中的多条件和多模态时序谱	小鼠胚胎单细胞	计算生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	联合建模框架（Sunbear）	单细胞多模态时序数据	NA
118	2025-09-01	Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States 2024-Aug-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457 PMID:39105287	研究论文	通过单细胞多模态分析揭示心血管疾病风险状态下单核细胞的异质性和功能亚群	首次结合CITE-seq和scRNA-seq技术对超过43万单核细胞进行高维多模态分析，识别出多个功能独特的亚群并验证其存在	NA	解析单核细胞在心血管疾病风险状态下的转录组和表型景观	人类和小鼠模型的单核细胞	单细胞组学	心血管疾病	CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	437,126个单核细胞
119	2025-09-01	Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data 2023-11-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03099-1 PMID:37974276	研究论文	开发了一种名为Cytomulate的CyTOF数据模拟算法，用于支持细胞计数方法的评估与开发	能够准确捕捉CyTOF数据的多种特征，并在学习整体数据分布方面优于单细胞RNA-seq方法及生成模型	NA	提供可重现且准确的CyTOF数据模拟，为方法开发和评估奠定基础	CyTOF数据	计算生物学	NA	CyTOF（飞行时间质谱流式细胞术）	生成模型	细胞计数数据	NA
120	2025-08-31	Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target 2025-Sep, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00917-5 PMID:40681672	研究论文	通过整合多组学分析探索溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并识别MMP1作为潜在治疗靶点	首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序揭示MMP1通过免疫微环境调节发挥保护作用，并预测ilomastat作为新型抑制剂	研究依赖于公共数据库数据，需实验验证MMP1机制和ilomastat疗效	解析UC相关CRC的分子机制并寻找治疗靶点	溃疡性结肠炎和结直肠癌的分子数据与基因表达谱	生物信息学	结直肠癌	多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	生物网络分析	基因组、转录组、蛋白质组数据	来自GEO、TCGA和GWAS数据库的多组学数据集