单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-16	The surface protein Gbp of Fusobacterium nucleatum inhibits osteogenic differentiation by inactivating the Wnt/β-catenin pathway via binding to Annexin A2 2025-May-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06569-1 PMID:40369630	研究论文	本研究揭示了具核梭杆菌及其效应蛋白Gbp通过结合ANXA2抑制Wnt/β-catenin通路，从而破坏成骨细胞分化的机制	首次发现具核梭杆菌的Gbp蛋白通过结合宿主蛋白ANXA2抑制Wnt/β-catenin通路，从而抑制成骨分化	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床样本验证不足	阐明牙周炎中成骨细胞功能障碍的细胞和分子机制	具核梭杆菌及其效应蛋白Gbp对成骨细胞分化的影响	分子生物学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络	小鼠牙周炎模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	人类牙龈组织样本(牙周炎患者和健康对照)、小鼠模型、原代成骨细胞培养
42	2025-05-16	Disrupting lipid homeostasis with CAV2 in OSCC triggers apoptosis, lipolysis, and mitochondrial dysfunction by transcriptional repression of PPARγ 2025-May-14, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01399-6 PMID:40369665	research paper	本研究探讨了CAV2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)脂质稳态和进展中的作用，揭示了其通过转录抑制PPARγ触发细胞凋亡、脂解和线粒体功能障碍的机制	首次揭示了CAV2通过PPARγ/NCOR1轴调控OSCC脂质稳态的具体机制，并证明靶向这一通路可作为OSCC的治疗策略	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探究CAV2在OSCC脂质代谢异常和肿瘤进展中的作用机制	口腔鳞状细胞癌细胞系和裸鼠移植瘤模型	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	转录组测序、单细胞测序、RNA测序、脂质组学、分子对接、Seahorse线粒体功能分析	基因敲低模型(shRNA)	基因表达数据、脂质组学数据、线粒体功能数据	未明确说明细胞系数量，使用裸鼠进行体内实验
43	2025-05-16	Canonical Wnt Pathway Enhanced Dental Pulp Mesenchymal Stem Cells-Mediated Cementum Regeneration 2025-May-14, Journal of oral rehabilitation IF:3.1Q1 DOI:10.1111/joor.14001 PMID:40369784	研究论文	本研究探讨了Wnt信号通路在牙骨质、牙髓和牙周韧带中的表达差异，并阐明了Wnt3a在促进牙髓间充质干细胞（DPSCs）牙骨质再生中的作用	揭示了DPSCs中非经典Wnt信号通路限制牙骨质再生效率的现象，并发现Wnt3a可通过激活经典Wnt通路提高DPSCs介导的牙骨质再生效果	研究未涉及Wnt3a在其他类型干细胞或组织再生中的作用	阐明Wnt信号通路在牙骨质再生中的分子机制，提高DPSCs介导的牙骨质再生效率	牙髓间充质干细胞（DPSCs）	组织工程与再生医学	牙周疾病	RNA Smart转录组测序、单细胞RNA测序、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
44	2025-05-16	Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation† 2025-May-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf036 PMID:39987557	研究论文	通过单细胞多组学分析牛胎盘，识别了滋养层细胞分化中的基因调控网络	首次使用10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）分析了牛胎盘发育过程中的染色质可及性景观，揭示了滋养层细胞分化的候选调控网络	研究仅关注了牛胎盘的两个发育阶段（第40天和第170天），可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	理解牛胎盘发育和滋养层细胞分化的分子机制，以探究牛妊娠失败的原因	牛胎盘中的细胞群体，特别是滋养层细胞	基因组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（snRNA-seq）、单细胞ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因组数据	两个发育阶段的牛胎盘样本（第40天和第170天）
45	2025-05-16	Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis 2025-May-13, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae374 PMID:40071389	研究论文	本研究通过构建抗NMDAR脑炎动物模型，揭示了小白蛋白神经元在抗NMDAR脑炎神经表型中的作用机制	首次阐明抗NMDAR IgG通过损害小白蛋白神经元导致认知障碍的机制，并发现光遗传学和药理遗传学激活这些神经元可逆转认知缺陷	研究主要聚焦于mPFC区域，虽然发现海马区也有类似变化，但未全面评估其他脑区的影响	探究抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理学机制	抗NMDAR脑炎患者血清提取的IgG处理的小鼠模型	神经科学	自身免疫性脑炎	免疫组化染色、电生理测试、光遗传学、药理遗传学、单细胞测序	动物模型	电生理数据、基因表达数据、行为学数据	未明确说明样本量，使用患者血清提取的IgG和健康对照IgG
46	2025-05-16	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-May-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	研究论文	本研究通过开发一种诱导系统，将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，并研究了重编程过程中的基因调控网络	揭示了SCL和LMO2转录因子的直接靶点，并发现抑制与神经元命运竞争的信号通路可以提高重编程效率	研究仅关注了成纤维细胞重编程为造血祖细胞的过程，未涉及其他细胞类型的重编程	提高体细胞重编程为造血细胞的效率，为患者特异性造血细胞的生成提供更安全的治疗策略	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控与细胞重编程	NA	转录组和表观基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
47	2025-05-16	Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease 2025-May-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019 PMID:40311614	research paper	该研究通过直接替换小胶质细胞，揭示了脑巨噬细胞在单基因神经疾病中的病理和治疗作用	使用单细胞测序揭示了早期干扰素反应特征，并通过直接替换小胶质细胞改善了疾病模型小鼠的生存和病理表现	研究主要基于小鼠模型，人类应用的有效性和安全性尚需进一步验证	探究巨噬细胞在球状细胞脑白质营养不良（GLD）病理生理和造血干细胞移植（HSCT）中的作用	球状细胞脑白质营养不良（GLD）小鼠模型和人类脑标本	神经科学	球状细胞脑白质营养不良（GLD）	单细胞测序，CNS单核细胞注射	twitcher (Galc) 小鼠模型	基因表达数据，组织病理数据	小鼠模型和人类脑标本
48	2025-05-16	Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity 2025-May-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009 PMID:40328255	review	本文探讨了不同背景下小胶质细胞转录状态的多样性及其功能意义	综述了单细胞测序技术揭示的小胶质细胞转录状态多样性，并评估了非稳态条件下特定背景特征的影响	讨论了当前对小胶质细胞转录状态与功能关系的理解及知识空白	探索驱动小胶质细胞转录多样性的各种背景，并评估非稳态条件下特定背景特征的影响	小胶质细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
49	2025-05-16	Development of a machine learning-based predictive risk model combining fatty acid metabolism and ferroptosis for immunotherapy response and prognosis in prostate cancer 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02484-5 PMID:40355680	research paper	本研究整合了多种RNA测序技术，构建了一个基于铁死亡和脂肪酸代谢基因的前列腺癌预后模型，并验证了其在免疫治疗反应和预后预测中的有效性	首次结合铁死亡和脂肪酸代谢基因构建前列腺癌预后模型，并利用机器学习优化模型性能，同时在单细胞和空间转录组水平验证了模型的生物学机制	研究主要基于TCGA数据集，需要在更多独立队列中进行外部验证	开发前列腺癌的预后预测模型并探索个性化治疗策略	前列腺癌患者	digital pathology	prostate cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, spatial transcriptomics	Lasso + Random Survival Forest (RSF)	RNA sequencing data	TCGA-PRAD数据集和DFKZ队列
50	2025-05-16	Network toxicological and single-cell sequencing reveals the potential mechanisms of psoriatic toxicity of polybrominated diphenyl ethers 2025-May-13, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118307 PMID:40367614	研究论文	本研究通过网络毒理学和单细胞测序技术探讨了多溴联苯醚（PBDEs）诱导银屑病毒性的潜在机制	首次整合网络毒理学与单细胞测序技术揭示PBDEs通过IL-24信号通路激活免疫细胞的分子机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏体内外实验验证	阐明多溴联苯醚诱导皮肤毒性的分子机制	多溴联苯醚（PBDEs）与银屑病的关联靶点	网络毒理学	银屑病	单细胞测序、分子对接分析	NA	基因组数据、蛋白质互作数据	139个PBDEs与银屑病的重叠靶点
51	2025-05-16	Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis 2025-May-13, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738 PMID:40367638	研究论文	本研究通过建立小鼠病毒性败血症模型，探讨了H1N1流感病毒通过血液传播感染肺外器官的机制及其导致的细胞损伤和功能障碍	揭示了H1N1流感病毒通过血液传播感染肝脾等肺外器官的途径，并比较了病毒性败血症与细菌性败血症在细胞死亡和器官功能障碍方面的差异	研究仅使用小鼠模型，结果可能需要进一步在人体中验证	阐明病毒性败血症中流感病毒传播和器官损伤的病理机制	C57BL/6J雄性小鼠	病毒学	病毒性败血症	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但设置了生存和致死模型组及细菌性败血症对照组
52	2025-05-16	Bile acids produced by gut microbiota activate TGR5 to promote colorectal liver metastasis progression by inducing MDSCs infiltration in liver 2025-May-13, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114829 PMID:40367692	research paper	该研究探讨了肠道微生物产生的胆汁酸通过激活TGR5促进结直肠肝转移（CRLM）进展的机制	揭示了LCA通过TGR5-CCL3-MDSCs轴促进CRLM的新机制，并发现MDSCs在肿瘤微环境中的双重作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明CRLM进展的免疫抑制机制并探索新的免疫治疗策略	结直肠癌肝转移（CRLM）小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、Luminex多重检测	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据、代谢组数据、免疫组化数据	四个小鼠队列（CRC、CRLM、LCA-fed CRC、LCA-fed CRLM）
53	2025-05-16	KLHL17 as a Prognostic Indicator and Therapeutic Target in Cervical Cancer: A Comprehensive Analysis 2025-May-13, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073378446250417123724 PMID:40370232	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了KLHL17在宫颈癌中的表达模式及其作为预后指标和治疗靶点的潜力	首次全面分析了KLHL17在宫颈癌中的表达模式、临床相关性及其与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和微卫星不稳定性的关联	研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证	阐明KLHL17在宫颈癌中的生物学功能和临床意义	宫颈癌患者样本和细胞系	生物信息学	宫颈癌	生物信息学分析、qRT-PCR、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库中的宫颈癌样本和GSE145372数据集
54	2025-05-16	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	research paper	该研究通过整合分析来自10种癌症类型的超过1400万个细胞的空间转录组学和蛋白质组学数据，揭示了四种保守的癌症相关成纤维细胞（CAFs）空间亚型	发现了四种跨癌症类型和空间组学平台保守的CAF空间亚型，并揭示了它们在空间组织模式、邻近细胞组成、互作网络和转录组特征上的差异	研究涉及10种癌症类型，但未涵盖所有癌症类型，且样本量虽大但可能仍存在某些癌症类型的代表性不足	探索癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生物学和免疫生物学的影响	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, proteomics	NA	spatial omics data	超过1400万个细胞，来自10种癌症类型
55	2025-05-16	Construction of a novel CD8T cell-related index for predicting clinical outcomes and immune landscape in ovarian cancer by combined single-cell and RNA-sequencing analysis 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02582-4 PMID:40354001	研究论文	通过结合单细胞和RNA测序分析，构建了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），用于预测卵巢癌的临床结果和免疫景观	开发了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），能够准确预测卵巢癌患者的预后并区分具有不同免疫景观特征的患者	研究依赖于特定的数据集（如EMTAB8107、TCGA-OV等），可能限制了结果的广泛适用性	探索CD8T细胞相关生物标志物在预测卵巢癌预后和免疫治疗效果中的潜在作用	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序、RNA测序	机器学习	测序数据	多个卵巢癌队列（EMTAB8107、TCGA-OV、GSE26712、GSE26193）
56	2025-05-16	Multi-omics identify ribosome related causal genes methylation, splicing, and expression in prostate cancer 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02584-2 PMID:40354008	研究论文	该研究通过整合多组学数据，探讨了核糖体相关基因与前列腺癌之间的关联	首次使用SMR和共定位分析结合单细胞分析，揭示了核糖体相关基因NSUN4和MPHOSPH6在前列腺癌中的因果作用	研究样本主要来自特定数据库(FinnGen等)，可能限制了结果的普适性	探究核糖体相关基因在前列腺癌发生发展中的作用机制	前列腺癌患者的多组学数据(基因组学、转录组学)	生物信息学	前列腺癌	SMR分析、共定位分析、单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	来自The Prostate Cancer Association Group和FinnGen研究的汇总数据
57	2025-05-16	High-resolution spatial transcriptomics and cell lineage analysis reveal spatiotemporal cell fate determination during craniofacial development 2025-May-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59206-2 PMID:40355462	研究论文	该研究通过高分辨率空间转录组学和细胞谱系分析，揭示了小鼠腭发育过程中颅神经嵴细胞(CNCCs)衍生的间充质细胞谱系多样化的时空动态	首次构建了小鼠腭发育过程中CNCCs衍生间充质细胞的高分辨率时空转录组图谱，并发现Sox9+间充质祖细胞群在腭发育起始时就存在异质性	研究仅针对小鼠模型，人类腭发育可能存在差异	阐明颅面发育过程中细胞命运决定的时空调控机制	小鼠胚胎颅神经嵴细胞(CNCCs)及其衍生的间充质细胞	发育生物学	NA	高分辨率空间转录组学、细胞谱系追踪	NA	转录组数据、空间定位数据	E10.5至E15.5的小鼠胚胎样本
58	2025-05-16	IL-11/IL-11R signal inhibition by 9MW3811 remodels immune tumor microenvironment and enhances anti-tumor efficacy of PD-1 blockade 2025-May-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00913-w PMID:40355638	research paper	该研究介绍了一种名为9MW3811的单克隆抗体，通过抑制IL-11/IL-11R信号通路，重塑肿瘤免疫微环境并增强PD-1阻断疗法的抗肿瘤效果	9MW3811作为一种新型单克隆抗体，能够有效中和IL-11，并通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞功能，增强PD-1阻断疗法的疗效，特别是在PD-1无应答模型中表现出协同效应	研究主要基于小鼠模型，临床效果尚需进一步验证	探索IL-11信号通路抑制在抗肿瘤治疗中的作用及其与PD-1阻断疗法的协同效应	IL-11信号通路、肿瘤微环境、CD8+ T细胞	肿瘤免疫治疗	癌症	单克隆抗体技术、单细胞RNA-seq分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	多种小鼠肿瘤模型
59	2025-05-16	INHBA+ macrophages and Pro-inflammatory CAFs are associated with distinctive immunosuppressive tumor microenvironment in submucous Fibrosis-Derived oral squamous cell carcinoma 2025-May-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14261-2 PMID:40355814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中独特的免疫抑制肿瘤微环境	首次揭示了INHBA+巨噬细胞和促炎性CAFs在口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中的免疫抑制作用及其与ACVR1/ACVR2A/ACVR2B的相互作用	研究主要基于转录组学和免疫荧光数据，缺乏体内功能验证实验	阐明口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中免疫抑制肿瘤微环境的特征	口腔鳞状细胞癌(OSCC)和口腔黏膜下纤维化(OSF)衍生的OSCC(ODSCC)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光染色	NA	转录组数据, 空间分布数据	来自GEO数据库的scRNA-seq和ST数据
60	2025-05-16	TCREMP: a bioinformatic pipeline for efficient embedding of T-cell receptor sequences from immune repertoire and single-cell sequencing data 2025-May-12, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205 PMID:40368275	研究论文	介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于从免疫库和单细胞测序数据中高效嵌入T细胞受体序列	开发了TCREMP流程，通过将TCR氨基酸序列数字化，基于其与常见观察序列的相似性，为比较分析提供参考点，并有助于解码TCR库样本中的抗原特异性预测	NA	改进TCR测序数据的处理，并用于追踪抗原特异性	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	序列数据	NA