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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-11-19 |
Altered Epithelial-Mesenchymal Progenitor States Lead to Matrix Deposition, Tissue Inflammation, and Transitional Epithelial State in Congenital Diaphragmatic Hernia
2025-Nov-17, Fetal and pediatric pathology
IF:0.7Q4
DOI:10.1080/15513815.2025.2585371
PMID:41246903
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示先天性膈疝肺组织中上皮-间质祖细胞状态异常导致基质沉积和组织炎症 | 首次在先天性膈疝模型中系统揭示间质祖细胞过早获得间质特征及上皮细胞进入过渡状态 | 研究仅限于大鼠模型,需要人类样本验证 | 探究先天性膈疝肺发育异常的分子机制 | 正常和先天性膈疝胎鼠肺组织 | 单细胞生物学 | 先天性膈疝 | 单细胞RNA测序 | Seurat | 单细胞基因表达数据 | E17、E19、E21时间点的正常和CDH胎鼠肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2025-11-19 |
PscOA: A Plant scRNA-seq Marker Gene Database for Enhanced Cellular Transcriptome Understanding
2025-Nov-17, Plant & cell physiology
DOI:10.1093/pcp/pcaf151
PMID:41247320
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研究论文 | 开发了一个植物单细胞RNA测序标记基因数据库PscOA,用于增强细胞转录组的理解 | 建立了首个专门针对植物的单细胞RNA测序标记基因数据库,包含39,347个标记基因,整合了BLAST同源基因挖掘和SCSA细胞类型注释工具 | NA | 解决植物科学中单细胞RNA测序标记基因资源有限的问题,促进植物细胞异质性研究 | 植物单细胞RNA测序数据,包括拟南芥、白杨和烟草等物种 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含39,347个标记基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 43 | 2025-11-19 |
Integrative multi-omics and computational modeling reveal RPL22-driven skin aging mechanisms under PM2.5 exposure and identify high-stability natural inhibitors
2025-Nov-17, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04680-0
PMID:41247455
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和计算建模揭示了PM2.5通过上调RPL22加速皮肤衰老的机制,并筛选出高稳定性的天然抑制剂 | 首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和分子动力学模拟,系统揭示PM2.5通过RPL22-MYC通路驱动皮肤衰老的因果机制 | 研究基于欧洲人群数据,结果可能不适用于其他种族群体 | 阐明PM2.5暴露与皮肤衰老之间的因果分子机制并筛选有效抑制剂 | 欧洲人群皮肤组织样本和RPL22蛋白靶点 | 计算生物学 | 皮肤衰老 | 全基因组关联研究, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 虚拟筛选, 分子动力学模拟 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据, 分子结构数据 | 基于GSE130973数据集和欧洲人群GWAS数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2025-11-19 |
Single-cell mapping reveals age-related alterations in periosteal progenitor cells and immune microenvironment
2025-Nov-17, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00263-9
PMID:41247564
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序绘制了小鼠骨膜衰老过程中的细胞图谱,揭示了祖细胞和免疫微环境的年龄相关变化 | 首次在单细胞水平系统描绘骨膜衰老过程,发现祖细胞亚群具有不同的衰老轨迹,并揭示祖细胞-免疫细胞互作在骨衰老中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究骨膜衰老的细胞和分子机制 | 3月、9月和18月龄小鼠的骨膜组织 | 单细胞生物学 | 骨骼衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个年龄组的小鼠骨膜样本(3月、9月、18月龄) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2025-11-19 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data to dissect genetic links between periodontitis and obstructive sleep apnea
2025-Nov-17, Sleep & breathing = Schlaf & Atmung
DOI:10.1007/s11325-025-03536-4
PMID:41247559
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研究论文 | 整合bulk和单细胞RNA测序数据解析牙周炎与阻塞性睡眠呼吸暂停之间的遗传关联 | 首次整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,结合机器学习算法识别牙周炎与阻塞性睡眠呼吸暂停的共同枢纽基因 | 数据来源于公共数据库GEO,样本来源和数量可能存在限制 | 探索牙周炎与阻塞性睡眠呼吸暂停之间的遗传联系和共同病理机制 | 牙周炎和阻塞性睡眠呼吸暂停患者基因表达数据 | 生物信息学 | 牙周炎,阻塞性睡眠呼吸暂停 | RNA测序,单细胞RNA测序,机器学习 | LASSO,SVM-RFE,Boruta | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2025-11-19 |
Image-enhanced Multi-Modal Contrastive Transformer for subcellular spatial transcriptomics
2025-Nov-17, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3630325
PMID:41247893
|
研究论文 | 提出一种图像增强的多模态对比Transformer框架SIMMT,用于整合空间转录组数据和形态学图像以改善亚细胞分辨率分析 | 设计了双Transformer架构分别建模转录组和形态学图像,并引入对比学习模块在细胞水平对齐组织形态和基因表达 | NA | 开发计算方法来有效整合图像特征与转录组谱,实现全面的亚细胞数据分析 | 人类肺癌组织、小鼠脑组织、人类结直肠癌组织和人类卵巢癌组织的亚细胞空间转录组数据集 | 空间转录组学 | 肺癌, 结直肠癌, 卵巢癌 | 空间分子成像技术 | Transformer, 对比学习 | 图像, 基因表达数据 | 多个组织类型的数据集(人类肺癌、小鼠脑、人类结直肠癌、人类卵巢癌) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 47 | 2025-11-19 |
Cell2Spatial is a computational framework that maps single cells to spatial transcriptomic spots to reconstruct tissue architecture
2025-Nov-17, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003477
PMID:41248160
|
研究论文 | 开发了一种名为Cell2Spatial的计算框架,可将单细胞数据映射到空间转录组spots中以重建组织架构 | 整合信息论基因选择、空间加权似然建模和空间热点检测,能在单细胞和空间转录组数据集不完全匹配的情况下实现单细胞分辨率分割 | NA | 开发计算框架以整合单细胞测序和空间转录组数据,重建组织空间结构 | 小鼠大脑、人类胸腺、小鼠肾脏和人类背外侧前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 神经网络引导聚类,成本最小化分配算法 | 单细胞测序数据,空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, Visium HD, Xenium In Situ, Slide-seqV2 | 10x Visium空间转录组平台 |
| 48 | 2025-11-19 |
Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms
2025-Nov-17, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280555.125
PMID:41249066
|
研究论文 | 提出一种名为SIID的算法,用于整合不同空间转录组技术的数据,实现基因表达的插补和解卷积 | 开发了首个能够同时处理空间转录组数据插补和解卷积的联合非负因子分解模型 | 算法性能依赖于不同平台数据的空间对齐质量 | 解决不同空间转录组技术数据整合的挑战 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 结肠癌 | 空间转录组技术 | 联合非负因子分解模型 | 基因表达数据 | 人类乳腺癌和结肠癌组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium(全转录组多细胞斑点测量), 10x Xenium(亚细胞分辨率数百个基因测量) |
| 49 | 2025-11-19 |
Breast cancer remodels lymphatics in sentinel lymph nodes
2025-Nov-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64981-z
PMID:41249124
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析乳腺癌患者前哨淋巴结中淋巴管内皮细胞亚群的重塑过程 | 首次在人类乳腺癌患者中揭示肿瘤转移导致淋巴结淋巴管内皮细胞亚群重塑,并发现MGP基因上调促进癌细胞黏附的机制 | 研究仅限于初治乳腺癌女性患者,样本来源相对有限 | 探究乳腺癌转移对前哨淋巴结淋巴管内皮细胞的影响机制 | 乳腺癌女性患者的配对转移和非转移前哨淋巴结 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 乳腺癌女性患者的配对淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 50 | 2025-11-19 |
Single-cell and spatial dissection of necroptosis spatiotemporal evolution driving lymph node metastasis in gastric cancer
2025-Nov-17, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02815-z
PMID:41249133
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析揭示了胃癌淋巴结转移过程中肿瘤细胞异质性和坏死性凋亡的时空演化机制 | 首次结合单细胞和空间技术揭示胃癌淋巴结转移中坏死性凋亡的时空演化特征,发现CHMP3基因和MDK-NCL信号通路在转移中的关键作用 | 样本量较小(仅4例患者),需要更大规模研究验证发现 | 探究胃癌淋巴结转移的驱动机制和肿瘤微环境异质性 | 胃癌患者原发肿瘤和配对转移淋巴结组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光 | 伪时间分析 | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据, 临床数据 | 4例胃癌患者(4个原发肿瘤和2个配对转移淋巴结) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 51 | 2025-11-19 |
Single-cell RNA sequencing reveals that kimchi dietary intervention modulates human antigen-presenting and CD4⁺ T cells
2025-Nov-17, NPJ science of food
IF:6.3Q1
DOI:10.1038/s41538-025-00593-7
PMID:41249184
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究泡菜饮食干预对人体抗原呈递细胞和CD4⁺ T细胞的调节作用 | 首次在人体中通过单细胞分辨率揭示泡菜通过JAK/STAT1-CIITA轴增强抗原呈递并重塑CD4 T细胞分化的免疫调节机制 | 样本量较小(13名超重成年人),研究结果需要在更大人群中验证 | 探究泡菜饮食干预对人体免疫功能的调节作用 | 超重成年人的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 代谢相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 单细胞轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 13名超重成年人,采用配对前后设计 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2025-11-19 |
Engineered long-acting Irisin-albumin binding domain fusion protein for enhanced anti-inflammatory efficacy in lipopolysaccharide-induced systemic inflammation
2025-Nov-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09000-z
PMID:41249468
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研究论文 | 本研究开发了一种白蛋白结合域融合的鸢尾素蛋白,显著延长其血浆半衰期并增强抗炎疗效 | 首次将白蛋白结合域与鸢尾素融合,显著延长半衰期从不足1小时至约10小时,并证明其在全身炎症模型中具有更强的抗炎效果 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 开发长效鸢尾素融合蛋白以增强其抗炎治疗效果 | 白蛋白结合域-鸢尾素融合蛋白及其在脂多糖诱导的全身炎症小鼠模型中的疗效 | 生物医学工程 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序,蛋白质印迹,药代动力学研究 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,病理数据 | 脂多糖诱导的全身炎症小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2025-11-19 |
Fibroblastic FLT3L supports lymph node dendritic cells in the interfollicular niche
2025-Nov-17, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02332-2
PMID:41249485
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研究论文 | 本研究揭示了表达Gremlin1的淋巴结成纤维网状细胞通过提供FLT3L支持树突状细胞稳态的机制 | 首次发现GREM1+成纤维网状细胞是淋巴结中提供FLT3L支持树突状细胞稳态的特异性生态位 | NA | 探究次级淋巴器官中维持树突状细胞稳态的特定生态位和机制 | 人和小鼠淋巴结中的树突状细胞及成纤维网状细胞 | 细胞生物学 | NA | 空间转录组学,细胞流式分析,遗传模型 | NA | 基因表达数据,细胞定位数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 54 | 2025-11-19 |
Meta single-cell atlas and xQTL post-GWAS analysis revealed the pathogenic features of thyroid cancer for target therapy: A multi-omics study
2025-Nov-17, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00988-4
PMID:41249621
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组、批量转录组和GWAS数据,揭示甲状腺癌的致病特征并构建诊断模型 | 首次将单细胞图谱与xQTL后GWAS分析相结合,识别甲状腺癌致病基因并构建多机器学习诊断模型 | 未明确说明样本来源和具体样本量 | 识别甲状腺癌的致病基因特征并开发诊断预测工具 | 甲状腺癌患者样本 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组测序, 批量转录组测序, GWAS, 免疫组织化学 | glmBoost, RF, 多机器学习组合 | 单细胞RNA-seq数据, 批量RNA-seq数据, 基因型数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 55 | 2025-11-19 |
Inhibiting cholesterol synthesis halts rhabdomyosarcoma growth via ER stress and cell cycle arrest
2025-Nov-17, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00336-x
PMID:41249736
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研究论文 | 本研究揭示胆固醇生物合成是横纹肌肉瘤的关键代谢弱点,抑制该通路可通过内质网应激和细胞周期阻滞抑制肿瘤生长 | 首次发现PROX1转录因子调控胆固醇生物合成通路,并证实RMS细胞独特依赖内源性胆固醇合成而非外源性摄取 | 未明确胆固醇生物合成如何特异性影响RMS细胞周期进程的具体分子机制 | 探索横纹肌肉瘤的代谢脆弱性及潜在治疗靶点 | 横纹肌肉瘤细胞系、正常成肌细胞和星形胶质细胞 | 癌症代谢研究 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞RNA测序、基因表达分析 | NA | 基因表达数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-11-19 |
Intercellular signaling and synaptic deconstruction uncovered by single-cell and spatial transcriptomics in an AD tauopathy model
2025-Nov-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08959-z
PMID:41249845
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研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学分析AD tau蛋白病变模型,揭示细胞间信号传导和突触解构机制 | 首次在转基因大鼠tau蛋白病变模型中结合单细胞多组学和空间转录组学,发现tau驱动的AD病理新标志物及细胞通讯改变 | 研究基于转基因动物模型,可能与人类AD病理存在差异 | 探索阿尔茨海默病发病机制,特别是tau蛋白病变对细胞通讯和突触功能的影响 | 转基因大鼠模型中的脑组织细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞多组学测序, 空间转录组学 | 转基因动物模型 | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 57 | 2025-11-19 |
The Wnt/β-catenin-P2-HNF4α feedback loop facilitates colorectal tumorigenesis and malignancy
2025-Nov-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07133-7
PMID:41250108
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研究论文 | 本研究揭示了Wnt/β-catenin信号通路通过P2-HNF4α形成正反馈环路促进结直肠癌发生发展的新机制 | 首次发现P2-HNF4α作为Wnt/β-catenin通路的下游效应因子,并鉴定出Wnt/β-catenin-P2-HNF4α正反馈环路 | NA | 探究HNF4α不同亚型在结直肠癌中对Wnt/β-catenin信号通路的调控作用 | 结直肠癌细胞系、临床肿瘤样本、裸鼠皮下移植瘤模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, ChIP测序, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 临床病理数据 | 临床肿瘤样本和体外体内模型 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 58 | 2025-11-19 |
Molecular features of congenital cytomegalovirus infection in neonatal mouse brain at single-cell resolution
2025-Nov-17, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02158-x
PMID:41250226
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析先天性巨细胞病毒感染的新生小鼠大脑,揭示了病毒感染对不同细胞类型的影响机制 | 首次在单细胞分辨率下系统分析先天性巨细胞病毒感染对新生小鼠大脑不同细胞类型的影响,揭示了神经前体细胞和单核源性巨噬细胞的感染特征及干扰素II型的关键作用 | 研究基于小鼠模型,结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 探究先天性巨细胞病毒感染的神经发病机制 | 先天性巨细胞病毒感染的新生小鼠大脑组织 | 单细胞生物学 | 先天性巨细胞病毒感染 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 新生小鼠大脑22种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2025-11-19 |
Peptide-driven identification of TCRs reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-Nov-16, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf287
PMID:41241821
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研究论文 | 本研究开发了一种名为PDI-TCR的新方法,用于识别抗原特异性T细胞受体,并应用于结核病患者的研究 | 开发了PDI-TCR检测方法,能够通过比较非重叠肽池反应来区分真正的抗原特异性TCR克隆型与非特异性旁观者激活相关的TCR | 研究中使用的PDI-TCR参数专门针对结核分枝杆菌,需要针对其他抗原系统进行调整 | 开发识别抗原特异性T细胞受体的方法并研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型 | 结核病患者和结核分枝杆菌致敏的健康个体的T细胞受体 | 免疫学 | 结核病 | 体外细胞扩增、TCR测序、单细胞RNA测序、统计分析 | NA | 序列数据、RNA测序数据 | 结核病患者和IGRA+健康个体的血液样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk TCR测序 | NA | NA |
| 60 | 2025-11-19 |
Inhibition of neutrophil infiltration and NETosis ameliorates sepsis-induced cardiac injury and reduces myocardial inflammation and apoptosis
2025-Nov-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115862
PMID:41248570
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研究论文 | 本研究探讨抑制中性粒细胞浸润和NETosis对脓毒症诱导心肌病的保护作用 | 首次系统验证NETosis在脓毒症心肌病中的关键作用,并测试多种NET靶向干预策略 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未进行临床验证 | 探索脓毒症诱导心肌病的发病机制并开发靶向治疗策略 | 小鼠模型、HL-1心肌细胞、中性粒细胞 | 心血管疾病研究 | 脓毒症心肌病 | 基因表达微阵列、单细胞RNA测序、RNA测序、免疫荧光、TUNEL检测 | 动物疾病模型(CLP/LPS)、细胞共培养模型 | 基因表达数据、影像数据、生化指标数据 | 小鼠模型分组:对照组、CLP组、LPS组及干预组 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |