单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-03	Gene print-based cell subtypes annotation of human disease across heterogeneous datasets with gPRINT 2025-Aug-07, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf001 PMID:40083145	研究论文	开发gPRINT算法用于跨异构单细胞数据集统一注释疾病特异性细胞亚型	受语音识别启发，将基因位置和表达信息转化为独特“基因指纹”模式，并集成神经网络减少背景噪声影响	NA	实现跨数据集的疾病特异性细胞亚型自动统一注释	人类疾病细胞亚型，特别是纤维化相关疾病和肌腱病中的成纤维细胞亚型	生物信息学	纤维化疾病	单细胞测序	神经网络	单细胞基因表达数据	跨不同供体、测序平台和疾病亚型的多个数据集
42	2025-09-03	Human Dermal Microvascular Arterial and Venous Blood Endothelial Cells and Their Use in Bioengineered Dermo-Epidermal Skin Substitutes 2025-Aug, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401588 PMID:39871784	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析人皮肤微血管内皮细胞标记物，并成功在三维水凝胶中生物工程化动脉和静脉毛细血管	首次在生物工程组织中同时构建动脉、静脉丛及淋巴毛细血管网络，并证明其与宿主血管快速吻合	NA	开发生物工程血管网络用于再生医学应用	人胎儿和青少年皮肤中的微血管内皮细胞	再生医学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	人胎儿和青少年皮肤样本
43	2025-09-03	Integrated Analysis of PSMB8 Expression and Its Potential Roles in Hepatocellular Carcinoma 2025-Aug, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-09040-9 PMID:40261568	研究论文	通过多组学分析探讨PSMB8在肝细胞癌中的表达、预后价值及其与免疫调节的关联	首次系统评估PSMB8在HCC中的多组学特征，并发现其与免疫检查点分子（PD-L1/CD274、CD27）的显著正相关	研究主要依赖公共数据库和回顾性数据，需进一步实验验证机制	阐明PSMB8在肝细胞癌中的功能作用和临床意义	肝细胞癌（HCC）组织和相关免疫细胞	生物信息学与癌症研究	肝细胞癌	多组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	TCGA和GSE76427数据集中的HCC样本，以及组织微阵列验证
44	2025-09-03	The Genomics of Aging at the Single-Cell Scale 2025-Aug, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genom-120523-024422 PMID:40279573	综述	总结单细胞测序技术在研究哺乳动物衰老过程中细胞类型特异性变化的应用与发现	系统整合跨器官单细胞衰老研究，揭示性别差异和抗衰老干预对细胞群体动态的影响	基于现有研究进行综述，未提出原始实验数据或验证性分析	阐明衰老对哺乳动物多器官细胞群体变化的系统性影响	哺乳动物器官的细胞类型特异性群体	基因组学	老年疾病	单细胞测序技术	NA	基因组数据	NA
45	2025-09-03	Identification of Multi-Landscape and Cell Interactions in the Tumor Microenvironment Through High-Coverage Single-Cell Sequencing 2025-Aug, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500241 PMID:40320868	研究论文	开发了一种创新的Chigene单细胞RNA测序技术，用于在单细胞水平同时分析基因表达、突变和RNA剪接景观	结合oligo-dT引物和随机桥接共标记(RBCL)测序的微流控芯片设计，实现近乎100% RNA覆盖率和多维度遗传信息分析	NA	开发高性能单细胞测序技术以探索肿瘤微环境中的多景观和细胞相互作用	临床样本中的单细胞，特别是尿路上皮癌细胞	单细胞测序技术	尿路上皮癌	scRNA-seq, 随机桥接共标记(RBCL)测序, 靶向基因突变捕获	NA	单细胞RNA测序数据	Chigene V1和V2两个版本平台，在临床样本中验证
46	2025-09-03	Integrative multi-omics reveal NSUN2 facilitates glycolysis and histone lactylation-driven immune evasion in renal carcinoma 2025-Aug, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00336-4 PMID:40413354	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示NSUN2通过促进糖酵解和组蛋白乳酸化驱动肾癌免疫逃逸的机制	首次发现NSUN2通过m5C依赖性方式调控糖酵解和组蛋白乳酸化，并揭示其通过MYC/POM121/CD274轴介导PD-L1表达的免疫逃逸新机制	NA	探究线粒体代谢基因在肾透明细胞癌中的预后价值和治疗靶点潜力	肾透明细胞癌(ccRCC)临床队列和实验模型	生物信息学	肾癌	批量RNA测序、单细胞测序、机器学习算法	集成10种机器学习算法的117个预测模型	多组学数据	多个ccRCC临床队列（具体样本数未明确说明）
47	2025-09-03	Epithelial cell dynamics: Key drivers of type 2 inflammation in eosinophilic chronic rhinosinusitis 2025-Aug, Auris, nasus, larynx DOI:10.1016/j.anl.2025.05.009 PMID:40424830	综述	本文探讨了上皮细胞在嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）中作为2型炎症关键驱动因素的作用机制	强调了上皮细胞（而非传统认为的免疫细胞）在ECRS发病机制中的核心作用，并指出靶向IL-4/IL-13和IL-5信号通路的新型生物制剂潜力	ECRS发病机制存在患者群体异质性，导致通用疗法开发困难，需分层医疗策略	研究上皮细胞在慢性鼻窦炎2型炎症中的调控机制及治疗靶点	嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）患者的上皮细胞和免疫细胞	免疫病理学	慢性鼻窦炎	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	分子生物学数据	NA
48	2025-09-03	Single-Cell Analysis Reveals that Vitamin C Inhibits Bone Metastasis of Renal Cancer via Cell Cycle Arrest and Microenvironment Remodeling 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501011 PMID:40433925	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了维生素C通过诱导细胞周期阻滞和重塑微环境抑制肾癌骨转移的机制	首次使用单细胞RNA测序技术解析维生素C在骨转移微环境中的抗肿瘤作用，并发现与CXCR2拮抗剂的协同效应	研究基于小鼠模型，临床适用性需进一步验证	探究维生素C抑制肾癌骨转移的分子机制和治疗潜力	肾癌细胞、骨转移微环境、癌症干细胞样细胞	癌症生物学	肾癌骨转移	单细胞RNA测序、3D肿瘤球培养、体内外模型	小鼠骨转移模型	基因表达数据	未明确样本数量，使用纤维蛋白凝胶诱导的3D肿瘤球衍生肾癌细胞
49	2025-09-03	PROS1-MERTK Axis Drives Tumor Microenvironment Crosstalk and Progression in Papillary Thyroid Microcarcinoma 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413474 PMID:40433916	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了PROS1-MERTK信号轴在甲状腺微小乳头状癌进展中的关键作用	首次发现PROS1-MERTK信号相互作用在PTMC进展中的核心作用，并鉴定NFYB和FOXP2作为PROS1转录激活因子	样本量相对有限（19个手术组织标本来自15例患者）	识别与甲状腺微小乳头状癌进展相关的生物标志物，实现精确风险分层和治疗规划	甲状腺微小乳头状癌（PTMC）患者的手术组织标本	肿瘤微环境研究	甲状腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学，体内外实验验证	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	19个手术组织标本（来自15例患者，包括4个癌旁组织、4个非进展性PTMC、5个进展性PTMC和6个进展性PTC）
50	2025-09-03	Comprehensive Characterization of Bihormonal Cells and Endocrine Cell Lineages in Mammalian Pancreatic Islets 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416326 PMID:40439685	研究论文	本研究全面表征了哺乳动物胰腺胰岛中的双激素细胞和内分泌细胞谱系，揭示了其稀有性和非过渡性本质	通过多技术整合（基因工程小鼠、成像流式细胞术、单细胞RNA测序和双重组酶谱系追踪）系统验证双激素细胞的稀有性，重新定义内分泌细胞分类并发现物种特异性差异	主要基于小鼠模型，人类样本分析相对有限，可能无法完全代表人类胰岛生物学的复杂性	阐明双激素细胞在胰腺胰岛中的作用、 prevalence 及其在β细胞恢复中的潜力	哺乳动物（小鼠和人类）胰腺胰岛中的内分泌细胞，特别是双激素细胞	细胞生物学	糖尿病	基因工程小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序、双重组酶谱系追踪、基因共表达网络分析	NA	单细胞转录组数据、荧光成像数据	基因工程小鼠品系和人类胰岛样本（具体数量未在摘要中说明）
51	2025-09-03	HLA-DR⁺ Tumor Cells Show an Association with a Distinct Immune Microenvironment and CD8⁺ T-Cell Exhaustion in HBV-Associated Hepatocellular Carcinoma 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502979 PMID:40464412	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和多尺度蛋白验证，揭示了HLA-DR⁺肿瘤细胞在HBV相关肝细胞癌中的独特作用及其与免疫微环境和T细胞耗竭的关联	首次在HBV相关肝癌中鉴定出HLA-DR⁺肿瘤细胞群体，并揭示其与免疫抑制微环境、CD8⁺ T细胞耗竭的特定关联机制	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证机制因果关系	探究HBV相关肝细胞癌中肿瘤微环境的免疫学特征和机制差异	HBV相关肝细胞癌患者肿瘤样本和免疫细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	scRNA-seq, 多重免疫荧光, 组织微阵列	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	160个样本（来自124名患者）的单细胞数据和198个HCC标本的蛋白验证数据
52	2025-09-03	Real-Time Evolutionary Landscape of the Bronchial Epithelium and Corresponding Dynamic Immune Cell Alterations in Lung Squamous Cell Carcinogenesis 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413256 PMID:40470646	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺鳞状细胞癌发生过程中支气管上皮细胞的进化轨迹及免疫微环境动态变化	首次在烟草致癌物诱导的大鼠模型中系统描绘从正常上皮到浸润性癌的全过程单细胞进化图谱，并发现CNV在癌前病变阶段已广泛出现	研究基于大鼠模型，与人类疾病存在物种差异；单细胞测序技术本身存在检测灵敏度限制	解析肺鳞癌发生过程中肿瘤细胞与微环境的协同进化机制	大鼠支气管上皮细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞	单细胞组学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	涵盖正常、增生、化生、异型增生、原位癌到浸润性癌的多阶段样本
53	2025-09-03	Mapping the role of cytokine signaling at single-cell and structural resolution in uveal melanoma 2025-Aug, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00337-3 PMID:40490526	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和结构生物学方法，揭示葡萄膜黑色素瘤中细胞因子信号相关基因的预后和治疗意义	首次在单细胞和结构分辨率水平整合分析葡萄膜黑色素瘤的细胞因子信号网络，并发现ISG20作为关键预后标志物和治疗靶点	样本量较小（8个原发和3个转移样本），需要更大队列验证	解析葡萄膜黑色素瘤肿瘤微环境复杂性并识别新的治疗策略	葡萄膜黑色素瘤患者组织样本（原发和转移灶）	计算生物学	葡萄膜黑色素瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, AlphaFold 2, 分子对接分析	Cox回归, LASSO风险模型	单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据	8个原发眼组织样本和3个肝转移样本
54	2025-09-03	Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500722 PMID:40492378	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的重塑机制，并发现GLO1在促进转移和维持氧化还原平衡中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序绘制乳腺癌淋巴结转移的完整生态系统图谱，并发现GLO1通过调控GSS蛋白稳定性影响微环境重塑的新机制	样本量有限（23名患者的28个淋巴结样本），且机制研究仍需进一步实验验证	探究乳腺癌淋巴结转移过程中肿瘤微环境重塑的分子机制	乳腺癌患者的淋巴结样本及其中包含的各类细胞（包括癌细胞、成纤维细胞、巨噬细胞和T细胞等）	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞RNA测序、多组学分析	NA	RNA测序数据、多组学数据	23名患者的28个淋巴结样本
55	2025-09-03	DNA damage repair (DDR) related prognostic risk model in multiple myeloma based on single-cell and bulk sequencing 2025-Aug, DNA repair IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.dnarep.2025.103857 PMID:40527059	研究论文	基于单细胞和批量测序构建多发性骨髓瘤DNA损伤修复相关预后风险模型	整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据，首次构建多发性骨髓瘤DDR相关预后模型并鉴定关键基因	NA	开发多发性骨髓瘤的预后风险分层模型并探索治疗靶点	多发性骨髓瘤患者	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA-seq, WGCNA, 差异表达分析	预后风险模型	基因组测序数据	训练队列和验证队列患者样本
56	2025-09-03	Morphodynamics of human early brain organoid development 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09151-3 PMID:40533563	研究论文	本研究通过活体光片显微镜和计算分析技术，系统追踪了人脑类器官发育过程中的形态动力学和细胞行为	开发了新型双通道多蛋白标记策略与计算解复用方法，首次实现长期同步量化脑类器官发育中多个亚细胞特征的动态变化	研究主要基于无引导脑类器官模型，可能与体内真实大脑发育存在差异	探究人脑早期发育的形态动力学机制及细胞自组织过程	人诱导多能干细胞衍生的脑类器官	发育生物学	NA	光片显微镜、单细胞转录组测序、计算解复用	NA	图像、转录组数据	未明确样本数量的人脑类器官
57	2025-09-03	[Research advances in perineural invasion of pancreatic cancer] 2025-Aug-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery] DOI:10.3760/cma.j.cn112139-20241208-00561 PMID:40556405	综述	本文系统回顾了胰腺癌神经浸润领域的最新研究进展，涵盖其解剖基础、调控网络、实验模型及手术策略创新	整合单细胞空间转录组学的手术导航策略及分子靶向探针联合神经丛精准切除技术	多学科技术临床转化融合仍面临挑战	总结胰腺癌神经浸润机制并探索治疗策略优化	胰腺癌及其神经浸润现象	数字病理	胰腺癌	单细胞空间转录组学、分子靶向探针	NA	NA	NA
58	2025-09-03	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示全基因组加倍（WGD）在高级别浆液性卵巢癌中作为持续突变过程的作用，及其对肿瘤进化与免疫逃逸的影响	开发了基于突变的WGD时序分析方法doubleTime，首次在单细胞分辨率证实WGD是持续过程，并发现其与免疫抑制表型的关联	样本仅限高级别浆液性卵巢癌，未验证其他癌种；单细胞测序技术可能存在灵敏度限制	探究全基因组加倍对肿瘤进化与免疫调控的机制影响	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，显微图像数据	41名患者的70个肿瘤样本（含30,260个肿瘤细胞基因组）
59	2025-09-03	Single-Cell RNA Sequencing Identifies MMP11+ Cancer-Associated Fibroblasts as Drivers of Angiogenesis and Bladder Cancer Progression 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502774 PMID:40552583	研究论文	通过单细胞RNA测序识别MMP11+癌症相关成纤维细胞（mCAF）作为膀胱癌血管生成和进展的关键驱动因素	首次发现并表征MMP11 mCAF亚群，揭示其通过WNT5A-MCAM轴调控内皮细胞迁移，并通过CCL11/CCL2招募SPP1巨噬细胞促进血管生成	NA	探索癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤进展中的调控作用	膀胱癌组织中的细胞亚群，包括MMP11+ CAFs、内皮细胞和巨噬细胞	单细胞生物学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
60	2025-09-03	CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574376 PMID:38903082	研究论文	本研究探讨了在酒精性慢性胰腺炎背景下，CREB与致癌Kras协同驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制	揭示了CREB在酒精性胰腺炎模型中通过持续超活化促进腺泡-导管化生（ADM）和胰腺上皮内瘤变（PanIN）的关键作用，并证明靶向CREB可抑制肿瘤进展	研究主要基于临床前小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明CREB与Kras在慢性炎症环境下促进胰腺癌进展的分子机制	遗传修饰小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）及腺泡细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、谱系追踪分析、Western blotting、磷酸激酶阵列、qPCR	NA	基因表达数据、组织学数据	多种遗传工程小鼠模型（包括KC和KCC-/-小鼠）