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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-11-19 |
stTrace: detecting spatial-temporal domains from spatial transcriptome to trace developmental path
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf606
PMID:41241818
|
研究论文 | 提出一种从空间转录组数据中检测时空域以追踪发育路径的算法stTrace | 整合细胞发育程度、基因表达和空间位置识别时空域,并揭示其层级发育关系 | NA | 开发从空间转录组数据追踪发育路径的计算方法 | 小鼠胚胎和人类乳腺癌组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | stTrace算法 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2025-11-19 |
PseudotimeDE-fast: fast testing of differential gene expression along cell pseudotime
2025-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf573
PMID:41117775
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PseudotimeDE-fast的可扩展方法,用于在细胞伪时间轴上检测差异表达基因,并提供校准良好的P值 | 该方法解决了现有方法在伪时间推断中忽略不确定性导致无效P值或难以扩展至大规模数据集的问题,在计算效率上有显著提升 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种快速且统计有效的差异基因表达检测方法,用于单细胞RNA测序数据中的动态生物过程分析 | 沿细胞伪时间轴的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2025-11-19 |
Single-Cell RNA Seq in Sydenham Chorea Shows B Cell HLA-DR/DQ Upregulation and Plasma Cell Proteasomal Activation
2025-Nov, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.70179
PMID:40859454
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究Sydenham舞蹈症患者外周免疫细胞,发现B细胞HLA-DR/DQ上调和浆细胞蛋白酶体激活 | 首次在Sydenham舞蹈症中应用单细胞RNA测序技术揭示B细胞介导的自身抗体假说的分子机制 | 样本量较小(仅1例患者和2例对照),需更大规模研究验证 | 阐明Sydenham舞蹈症的发病机制 | Sydenham舞蹈症患者和性别匹配对照的外周免疫细胞 | 单细胞测序分析 | Sydenham舞蹈症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 30,794个外周免疫细胞(1例患者+2例对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2025-11-19 |
Single-cell transcriptomics reveal circulating skin-homing CLA+ CTSW+ cytotoxic CD4+ T cells contribute to relapse of psoriasis
2025-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70518
PMID:41249858
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2025-11-19 |
Spatiotemporal mapping reveals Ccl8hi macrophages as key drivers of testicular inflammaging
2025-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70527
PMID:41251087
|
研究论文 | 本研究通过时空多组学方法揭示了Ccl8hi巨噬细胞是睾丸炎症衰老的关键驱动因子 | 首次通过时空转录组学和单细胞RNA测序系统解析睾丸巨噬细胞的异质性,发现Ccl8hi巨噬细胞亚群在睾丸炎症衰老中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究睾丸巨噬细胞在睾丸衰老过程中的异质性变化及其功能机制 | 小鼠和人类睾丸组织中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 男性生殖系统衰老 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光分析,器官型培养 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据 | 3月龄小鼠及老年小鼠睾丸组织 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2025-11-19 |
Mitochondrial and Glucose Metabolic Patterns in Pre-Granulosa Cells and Oocytes and Their Dysfunctions Induce Impaired Primordial Follicle Formation in Mice
2025-Nov, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70110
PMID:41251108
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小鼠卵巢组织中前颗粒细胞和卵母细胞的线粒体与葡萄糖代谢模式及其在原始卵泡形成中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统揭示原始卵泡形成过程中前颗粒细胞和卵母细胞的糖酵解和氧化磷酸化信号动态变化规律 | 研究仅限于小鼠模型,人类卵巢组织的适用性需要进一步验证 | 探究原始卵泡形成过程中能量代谢的供应与需求机制 | 小鼠卵巢组织中的前颗粒细胞和卵母细胞 | 单细胞组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠卵巢组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 87 | 2025-11-02 |
Duplicated genes find their space: Spatial transcriptomics illuminates evolutionary fates
2025-Oct-31, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf265
PMID:41175099
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2025-11-19 |
Comprehensive Spatial Profiling of Species-agnostic Transcriptomes via Stereo-seq
2025-Oct-31, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68619
PMID:41248068
|
研究论文 | 介绍了一种兼容FFPE组织的空间物种不可知转录组分析方法Stereo-seq | 采用随机引物空间条形码技术,可同时检测宿主和非宿主RNA,实现亚细胞分辨率 | 需要特别考虑环境和处理污染物对检测结果的影响 | 开发空间物种不可知转录组分析方法 | FFPE组织中的宿主和非宿主RNA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,随机引物探针方法 | NA | 空间RNA数据 | NA | NA | 空间转录组学 | Stereo-seq | 0.22 µm随机捕获珠阵列,每0.5 µm重复,亚细胞分辨率 |
| 89 | 2025-11-19 |
Molecular subtypes and prognostic signature rooted in disulfidptosis highlight tumor microenvironment in lung adenocarcinoma
2025-Oct-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
|
研究论文 | 本研究基于双硫死亡相关基因构建了肺腺癌分子亚型和预后标志物,揭示了其在肿瘤微环境调控中的关键作用 | 首次在肺腺癌中系统研究双硫死亡相关基因的作用,建立了基于4个关键基因的预后风险模型和列线图 | 研究样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 探索双硫死亡相关基因在肺腺癌预后预测和肿瘤微环境调控中的作用 | 肺腺癌患者组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, Western blot, RT-qPCR, 多变量Cox回归分析 | 风险评分模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 90 | 2025-11-19 |
IGF1R deficiency mitigates acute lung injury by promoting anti-inflammatory transcriptional profiles
2025-Oct-22, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03339-x
PMID:41126254
|
研究论文 | 本研究探讨IGF1R缺陷如何通过促进抗炎转录谱减轻急性肺损伤 | 首次在单细胞水平揭示IGF1R在肺损伤中的广泛表达模式,并发现其缺陷可逆转BLM诱导的转录组变化和表观遗传调控 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;未涉及临床治疗干预 | 阐明IGF1R在急性肺损伤发病机制中的作用机制 | 人类COVID-19患者肺组织、小鼠肺组织、Igf1r缺陷小鼠、原代小鼠胚胎成纤维细胞 | 单细胞组学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 蛋白质检测, DNA损伤评估, DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据 | COVID-19病例和对照捐赠者肺组织、BLM诱导的Igf1r缺陷小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 91 | 2025-11-19 |
CRATER tumor niches facilitate CD8+ T cell engagement and correspond with immunotherapy success
2025-Oct-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.09.021
PMID:41109214
|
研究论文 | 本研究通过活体成像和空间转录组学识别了促进免疫治疗的CRATER肿瘤微环境结构 | 首次发现并定义了CRATERs(抗原呈递和T细胞接触保留区)作为免疫治疗的关键功能结构 | 研究主要基于斑马鱼模型,人类样本验证相对有限 | 探索肿瘤微环境中促进T细胞介导的肿瘤杀伤机制 | 斑马鱼内源性黑色素瘤和人类黑色素瘤样本 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 长期活体成像、高分辨率空间转录组学、多重成像 | NA | 图像、空间转录组数据 | 斑马鱼和人类黑色素瘤样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学、多重成像 | NA | NA |
| 92 | 2025-11-19 |
Microglia-neuron crosstalk through Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis
2025-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09477-y
PMID:40769205
|
研究论文 | 本研究揭示了小胶质细胞通过Hex-GM2-MGL2通路与神经元进行双向通讯的新机制 | 发现了小胶质细胞向神经元传递β-己糖胺酶以降解GM2神经节苷脂的未知相互作用模式 | NA | 探究小胶质细胞与神经元之间维持大脑稳态的分子机制 | 小鼠模型和神经退行性Sandhoff病患者 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 无偏脂质组学、高分辨率空间脂质成像、深度单细胞转录组分析 | 细胞类型特异性突变体 | 脂质组数据、转录组数据、空间成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 93 | 2025-11-19 |
CREBBP Mutation as a Culprit for Negative SSTR2 PET in Neuroendocrine Tumors
2025-Oct, Molecular imaging and biology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s11307-025-02040-1
PMID:40779286
|
研究论文 | 本研究通过整合全外显子组测序和单细胞RNA测序,揭示了神经内分泌肿瘤中68Ga-DOTATATE PET成像阴性结果与CREBBP基因突变的关联 | 首次发现CREBBP突变与SSTR2表达降低相关,并证明其在神经内分泌肿瘤PET成像阴性中的关键作用 | 回顾性研究设计,样本量较小(18例患者),需要更大规模研究验证 | 阐明神经内分泌肿瘤中68Ga-DOTATATE PET成像阴性结果的分子遗传机制 | 肺、回肠或胰腺神经内分泌肿瘤患者 | 数字病理 | 神经内分泌肿瘤 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, PET/CT成像 | NA | 基因组测序数据, 基因表达数据, 医学影像数据 | 18例神经内分泌肿瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 94 | 2025-11-19 |
Inferring the burst dynamics of coupled self-feedback gene expression circuits based on single-cell data
2025-Oct, Physical review. E
DOI:10.1103/4nt8-xgs6
PMID:41250383
|
研究论文 | 基于单细胞数据推断耦合自反馈基因表达回路的爆发动态 | 首次在单细胞测序数据中研究自反馈爆发动态,提出耦合正负反馈基因表达回路的随机爆发模型 | 仅使用小鼠成纤维细胞数据,尚未在其他细胞类型或物种中验证 | 研究基因表达中自反馈调控对爆发动态的影响 | 小鼠成纤维细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机爆发模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2025-11-19 |
Tumor microenvironment delineates differential responders to trastuzumab emtansine in HER2-positive metastatic breast cancer patients previously treated with pyrotinib: an exploratory biomarker analysis of a phase II study (NJMU-BC02)
2025-Sep-29, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02409-2
PMID:41016944
|
研究论文 | 探索T-DM1在既往接受吡咯替尼治疗的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效及肿瘤微环境生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序揭示癌细胞低细胞周期活性、活化巨噬细胞和CD8+ T细胞与T-DM1良好疗效相关 | 样本量较小(36例),为探索性生物标志物分析 | 评估T-DM1在既往接受吡咯替尼和/或曲妥珠单抗+帕妥珠单抗治疗失败的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效和安全性 | HER2阳性转移性乳腺癌患者 | 单细胞测序分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 36例HER2阳性转移性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2025-11-19 |
How Single-Cell Transcriptomics of Hydractinia Is Informing the Evolution of Cnidarian Sensory Systems
2025-Sep-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf090
PMID:40504553
|
研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术构建了水螅虫成年群体的细胞图谱,探索其细胞生物学和细胞类型表达谱 | 构建了更新的水螅虫单细胞转录组图谱,首次全面探索其感觉细胞类型(包括刺细胞和神经元)及其基因表达的进化 | NA | 深入了解水螅虫的细胞生物学、细胞分化遗传调控以及感觉系统的进化 | 水螅虫(Hydractinia symbiolongicarpus 和 H. echinata)的成年群体 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因敲除,shRNA敲低,合成RNA过表达 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2025-11-19 |
Distinct roles for NF-κB in hematopoietic stem cells and the bone marrow milieu in promoting hematopoietic aging
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116193
PMID:40875292
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研究论文 | 本研究通过实验模型解析NF-κB在造血衰老中的不同作用机制 | 首次揭示NF-κB在造血干细胞自主功能和骨髓微环境中分别调控造血衰老不同表型的独立机制 | 研究基于特定基因缺陷模型,可能无法完全反映自然衰老过程 | 阐明炎症信号通路NF-κB在造血衰老过程中的具体作用机制 | 造血干细胞和骨髓微环境 | 单细胞生物学 | 造血系统衰老 | 单细胞RNA测序 | IκB缺陷小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2025-11-19 |
The single-cell landscape of the human vein after arteriovenous fistula creation and implications for maturation failure
2025-Sep-22, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.08.024
PMID:40992573
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类动静脉瘘创建后的静脉细胞景观及其对成熟失败的影响 | 首次构建了人类动静脉瘘创建前后的单细胞转录组图谱,识别了成熟失败的特征性炎症微环境和关键信号通路 | 样本量相对有限(20例单细胞测序患者),需要更大规模研究验证发现 | 探索动静脉瘘成熟的生物学机制及其失败原因 | 接受血液透析患者的静脉组织和动静脉瘘样本 | 单细胞组学 | 肾脏疾病/血管通路并发症 | 单细胞RNA测序,组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据,组织切片图像 | 23例患者(组织学研究),20例患者(单细胞测序),共70,281个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2025-11-19 |
Hypertension-Induced Neurovascular and Cognitive Dysfunction at Single-Cell Resolution
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.14.648770
PMID:41000655
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究高血压诱导的神经血管和认知功能障碍的分子机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示高血压早期(3天)就出现内皮细胞、少突胶质细胞和中间神经元的分子变化,远早于认知障碍显现 | 研究仅使用小鼠模型,需要在人类样本中验证;机制研究仍需进一步深入 | 探索高血压影响脑细胞的分子机制及其与认知功能障碍的关系 | 高血压小鼠模型的新皮层细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 高血压小鼠模型在不同时间点(3天和42天)的新皮层样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2025-11-19 |
Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials
2025-Sep, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 开发了一种导电性心脏芯片模型,用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子响应 | 首次将导电性水凝胶支架与微流控芯片系统结合,构建具有改善电生理特性的3D心脏芯片模型 | 模型仍需进一步验证其在长期培养和疾病建模中的稳定性 | 开发更仿生的体外心脏组织模型以研究心脏发育和药物反应 | 人类诱导多能干细胞来源的心肌细胞和心脏成纤维细胞 | 组织工程 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 心脏芯片模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |