单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-16	Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08852-z PMID:40205047	研究论文	本研究探讨了免疫检查点分子TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用	揭示了TIM-3通过TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态的新机制，并提出了靶向小胶质细胞TIM-3治疗阿尔茨海默病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，人类中的具体作用机制尚需进一步验证	探究TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病发病机制中的作用	小胶质细胞和阿尔茨海默病模型小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序、单细胞RNA测序	5×FAD转基因小鼠模型	基因表达数据	NA
82	2025-05-16	scSDNE: A semi-supervised method for inferring cell-cell interactions based on graph embedding 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013027 PMID:40333631	研究论文	本文介绍了一种名为scSDNE的半监督图嵌入模型，用于推断基于配体-受体（L-R）相互作用的细胞间通讯	scSDNE模型利用深度学习将相互作用细胞中的基因映射到一个共享的潜在空间，并结合基因调控信息提高推断的准确性和生物学可解释性	NA	全面理解细胞间复杂的相互作用机制	细胞间通讯中的配体-受体相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督图嵌入模型（scSDNE）	基因表达数据	NA
83	2025-05-16	Integration of Single-Cell RNA Sequencing Data and Bulk Sequencing Data to Characterise the CD8+ T-Cell Exhaustion Mediated Immune Microenvironment in CRC 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70556 PMID:40356050	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量测序数据，研究结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭介导的免疫微环境	揭示了MIF和CD99是CD8+ T细胞耗竭的关键调节因子，并开发了一个基于XGBoost的预后模型	未提及样本量是否足够大以支持广泛推广	研究结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭的机制及免疫治疗效果的潜在生物标志物	结直肠癌中的CD8+ T细胞和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量测序	XGBoost	RNA测序数据	NA
84	2025-05-16	SCGB3A1-Epi and KLK10-Epi Crosstalk With Fibroblasts Promotes Liver Metastasis of Breast Cancer and Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70904 PMID:40357856	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的关键上皮细胞亚型及其与成纤维细胞的相互作用机制	首次鉴定出SCGB3A1-Epi和KLK10-Epi作为乳腺癌和PDAC肝转移的关键驱动亚型，并揭示了它们与成纤维细胞的特定配体-受体相互作用	研究主要基于单细胞测序数据，需要进一步的体内外实验验证这些发现	阐明乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的细胞亚型及其作用机制	乳腺癌和胰腺导管腺癌(PDAC)的肝转移样本	肿瘤生物学	乳腺癌, 胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
85	2025-05-16	Decoupled GNNs based on multi-view contrastive learning for scRNA-seq data clustering 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf198 PMID:40366859	research paper	提出了一种基于多视角对比学习的解耦GNN方法（scDeGNN），用于scRNA-seq数据聚类	通过解耦GNN和多视角对比学习，解决了scRNA-seq数据高维性和复杂性带来的计算效率问题	未明确提及具体局限性	提高scRNA-seq数据聚类的准确性和效率	scRNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	GNN, 多层感知机	基因表达数据	9个真实scRNA-seq数据集，涵盖不同生物体和组织
86	2025-05-16	Identification and Validation of Potential Immune-Related Genes for Endometriosis 2025-May, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989) DOI:10.1111/aji.70091 PMID:40367358	研究论文	通过综合生物信息学分析和免疫组化验证，识别和验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因	使用单细胞RNA测序和传统批量RNA测序数据结合机器学习技术，识别出与子宫内膜异位症相关的特征性免疫基因TGFBR1和GIMAP4	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别和验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因	子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织	生物信息学	子宫内膜异位症	scRNA-seq, bulk RNA-seq, IHC	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的子宫内膜异位症患者样本
87	2025-05-16	C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies 2025-Apr-24, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	research paper	介绍了一种基于卷积神经网络的工具C-COUNT，用于自动评分红细胞集落形成实验	开发了C-COUNT工具，通过CNN自动识别和评分CFU-e集落，提高了实验的效率和准确性	未提及具体的技术局限性，但可能需要进一步验证在其他实验室的适用性	提高红细胞集落形成实验的自动化和准确性	红细胞集落形成实验中的CFU-e集落	digital pathology	hematologic disease	automated microscopy, convolutional neural network	CNN	image	未明确提及具体样本数量，但涉及CFU-e集落的图像数据
88	2025-05-16	Stratifin is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	research paper	该研究探讨了Stratifin（SFN）在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的作用	揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在急性损伤后主细胞转分化为SPEM中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM形成中的作用机制	小鼠胃主细胞和SPEM细胞	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序、免疫组化	Mist1CreERT2; LSL-tdTomato小鼠模型和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	特定基因修饰小鼠模型
89	2025-05-16	Activated polyreactive B cells are clonally expanded in autoantibody positive and patients with recent-onset type 1 diabetes 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115425 PMID:40117290	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和BCR测序分析，揭示了在自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者中，胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和克隆扩增的变化	发现了自身抗体阳性和1型糖尿病患者中胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和克隆扩增的独特变化，并识别出多反应性B细胞的存在	研究样本量有限，且仅针对特定人群（自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者）	探究自身反应性B细胞在1型糖尿病中的作用及其作为疾病风险生物标志物的潜力	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的胰岛抗原反应性B细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序，BCR测序	NA	RNA序列数据	来自非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的B细胞样本
90	2025-05-16	Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014 PMID:39753128	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据，揭示了Müller胶质细胞在视网膜发育和应激反应中的潜在表观遗传程序	首次在单细胞分辨率下鉴定了Müller胶质细胞中染色质可及性与基因表达的关系，并提出了'可塑性基因'的新概念	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据可能有限	探索视网膜发育和疾病响应中细胞类型特异的染色质结构变化	人类和小鼠视网膜中的Müller胶质细胞	表观遗传学	视网膜疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	人类和小鼠发育中的视网膜样本
91	2025-05-16	Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2025-Apr-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204346 PMID:40177910	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞特征	发现了鸡肺特有的第三种肺泡细胞类型（KRT14表达的腔细胞），并揭示了其与肺泡2型和1型细胞在空间上的分布模式	研究仅针对鸡肺，未与其他鸟类物种进行比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺的发育过程	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
92	2025-05-16	Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells 2025-Apr-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425 PMID:40054472	research paper	该研究描述了从猪诱导多能干细胞高效生成光感受器主导的视网膜类器官的方法	开发了一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的方法，为视网膜退行性疾病的研究提供了新的临床前模型	未提及具体的临床应用效果或长期安全性数据	开发一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的方法，以补充人类异种移植研究	猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官	干细胞研究	视网膜退行性疾病	免疫细胞化学(ICC)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据和图像数据	未明确提及具体样本数量
93	2025-05-16	Microglia heterogeneity, modeling and cell-state annotation in development and neurodegeneration 2025-Apr-07, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01931-4 PMID:40195564	综述	本文综述了当前对小胶质细胞转录异质性的理解，并概述了小鼠和人类小胶质细胞的多样性，包括发育、神经退行性变、性别和中枢神经系统区域等方面	提供了基于基因表达的小胶质细胞状态注释工具和建议，以及最新的技术和方法系统	NA	探讨小胶质细胞在健康和疾病中的多样性及其功能动态	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
94	2025-05-16	Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935 PMID:40127145	研究论文	本研究建立了一个Map3k3I441M敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管瘤(CCMs)的发病机制和治疗方法	首次建立了Map3k3I441M敲入小鼠模型，更准确地模拟了人类CCMs的单等位基因突变特征	模型仍需与PI3K信号通路激活相结合才能在成年小鼠中有效形成CCM样病变	研究脑海绵状血管瘤(CCMs)的发病机制和探索潜在治疗方法	Map3k3I441M敲入小鼠模型	神经血管疾病研究	脑海绵状血管瘤	基因敲入技术、磁共振成像、单细胞RNA测序、免疫染色	小鼠疾病模型	影像数据、基因表达数据	多种基因修饰小鼠模型(包括Map3k3I441M敲入小鼠、Ptenfl/fl小鼠等)
95	2025-05-16	Multi-Omic Insight Into the Molecular Networks in the Pathogenesis of Coronary Artery Disease 2025-Apr, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.037203 PMID:40135555	research paper	该研究通过整合多组学数据，揭示了与冠状动脉疾病（CAD）风险相关的基因及其分子机制	首次整合基因甲基化、表达和蛋白质水平的多组学数据，采用基于汇总数据的孟德尔随机化和共定位分析，识别出与CAD风险相关的新基因	研究结果主要基于统计关联分析，尚未通过实验验证这些基因在CAD中的具体功能机制	探索冠状动脉疾病的分子网络和潜在致病基因	冠状动脉疾病（CAD）相关基因	生物信息学	心血管疾病	summary data-based Mendelian randomization, colocalization analysis, single-cell RNA sequencing	NA	多组学数据（甲基化、基因表达、蛋白质水平）	NA
96	2025-05-16	Machine Learning Unveils Sphingolipid Metabolism's Role in Tumour Microenvironment and Immunotherapy in Lung Cancer 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70435 PMID:40159631	研究论文	本研究通过机器学习揭示了鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境（TME）和免疫治疗中的作用	首次使用机器学习算法（Lasso回归和生存SVM）结合转录组分析和单细胞RNA测序数据，识别了与肺癌TME中免疫异质性相关的鞘脂代谢基因，并发现ASAH1和SMPD1作为强预后标志物	研究主要依赖于TCGA和GTEx数据库的临床样本，可能受到样本来源和数据质量的限制	探究鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	肺癌（LUAD和LUSC）肿瘤微环境中的鞘脂代谢相关基因和免疫细胞	机器学习	肺癌	转录组分析、scRNA-seq、Lasso回归、生存SVM	Lasso回归、生存SVM	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据	TCGA和GTEx数据库中的临床样本
97	2025-05-16	Transitional CXCL14+ cancer-associated fibroblasts enhance tumour metastasis and confer resistance to EGFR-TKIs, revealing therapeutic vulnerability to filgotinib in lung adenocarcinoma 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70281 PMID:40162549	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，识别出一种独特的CXCL14+肌成纤维性癌症相关成纤维细胞（myCAFs）亚群，该亚群在肺腺癌（LUAD）中促进肿瘤转移并导致对EGFR-TKIs的耐药性，同时发现Filgotinib可逆转这种耐药性	首次识别出CXCL14+ myCAFs亚群在LUAD中的关键作用，并发现Filgotinib作为逆转EGFR-TKIs耐药性的潜在治疗药物	研究主要基于体外和动物实验，临床验证仍需进一步扩大样本量	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肺腺癌转移和EGFR-TKIs耐药性中的作用	肺腺癌（LUAD）患者和模型	癌症生物学	肺腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据, 临床样本数据	多个独立LUAD队列的临床组织样本和患者血浆样本
98	2025-05-16	Integrated multi-omics analyses provide new insights into genomic variation landscape and regulatory network candidate genes associated with walnut endocarp 2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70113 PMID:40162720	研究论文	该研究通过整合多组学分析，揭示了核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异和调控网络	构建了核桃品种'湘灵'的高质量基因组组装和八个核桃物种的图形结构泛基因组，通过GWAS鉴定了与核桃驯化和改良相关的位点，并通过多组学分析发现了与次生细胞生物合成和木质素积累相关的候选基因	研究仅针对核桃品种'湘灵'和八个核桃物种，可能无法完全代表所有核桃品种的遗传多样性	系统阐明核桃壳发育的基因组景观和基因调控网络	波斯核桃（Juglans regia）及其内果皮/壳	基因组学	NA	多组学分析（转录组学、代谢组学、DNA甲基化、空间转录组学）、GWAS	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据、DNA甲基化数据、空间转录组数据	285个核桃种质资源
99	2025-05-16	Emerging targets for advancing endometrial therapeutics 2025-04, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104785 PMID:40287196	review	本文综述了子宫内膜研究的最新靶点，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、微生物组、类器官模型、月经血分析以及较少研究的子宫内膜老化	强调了子宫内膜研究中的新兴技术和方法，如单细胞RNA测序和空间转录组学	未提及具体的研究数据或实验结果，主要是对现有研究的总结和展望	推进子宫内膜治疗的研究和理解	子宫内膜及其在妇科病理学中的作用	生物医学研究	妇科疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微生物组分析, 类器官模型	NA	NA	NA
100	2025-05-16	Programmed Cell Death 10 (PDCD10) Is a Candidate Tumor-associated Gene in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr, Anticancer research IF:1.6Q4 DOI:10.21873/anticanres.17527 PMID:40155014	研究论文	本研究通过分析染色体扩增区域，识别了食管鳞状细胞癌(ESCC)中新的候选肿瘤相关基因PDCD10，并评估了其与临床病理因素及预后的关联	首次将PDCD10识别为ESCC中的候选肿瘤相关基因，并发现其高表达与不良预后相关，同时鉴定了两种潜在的治疗药物	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	识别ESCC中新的肿瘤相关基因并探索其治疗潜力	食管鳞状细胞癌(ESCC)	肿瘤基因组学	食管癌	DNA拷贝数变异分析、单细胞RNA测序、免疫组化	NA	基因组数据、表达数据	来自TCGA和CCLE的ESCC病例数据及细胞系数据