单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-03	Reversal of injury-associated retinal ganglion cell gene expression by a phosphodiesterase anchoring disruptor peptide 2024-Sep, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110017 PMID:39097072	研究论文	研究通过干扰肽4D3(E)逆转损伤诱导的视网膜神经节细胞基因表达变化，探索其神经保护机制	首次利用单细胞RNA测序技术分析PDE4D3位移对损伤后RGC基因表达的影响，揭示其通过增强核周PKA信号通路实现神经保护	研究基于小鼠视神经压伤模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究PDE4D3位移促进神经保护的分子机制	小鼠视网膜神经节细胞(RGCs)	神经科学	青光眼等视神经病变	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、腺相关病毒载体技术	NA	基因表达数据	经视神经压伤处理并注射AAV-4D3(E)-mCherry的小鼠视网膜样本
82	2025-09-03	A Comprehensive Flow Cytometry Panel for Analysis of Idiopathic Subglottic Stenosis 2024-Sep, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.754 PMID:38606634	研究论文	本文介绍了一种用于分析特发性声门下狭窄（iSGS）的综合流式细胞术检测方案	开发了针对iSGS的全面流式细胞术检测组合，首次系统描述了瘢痕组织与正常组织在细胞组成上的差异	样本量较小（9对样本），且为单中心研究	阐明iSGS的细胞机制并建立标准化检测平台	特发性声门下狭窄患者的成对正常和瘢痕组织样本	病理学	呼吸道疾病	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞样本	9对来自iSGS患者的正常和瘢痕组织样本
83	2025-09-03	Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis 2024-Sep, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00885-8 PMID:39464736	研究论文	利用机器学习算法识别区分寨卡病毒和登革热病毒感染的基因表达生物标志物	首次结合单细胞RNA测序数据和多种机器学习分类器，筛选出10个高精度基因标志物用于两种病毒的鉴别诊断	研究仅基于体外细胞系数据（Huh7细胞），且仅分析24小时时间点，需进一步实验验证	开发基于基因表达的诊断方法以区分寨卡病毒和登革热病毒感染	人类肝癌细胞系（Huh7）感染寨卡病毒和登革热病毒后的基因表达数据	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析	Logistic回归，支持向量机，随机森林，决策树	基因表达矩阵	GSE110496数据集中的24小时时间点样本（具体数量未明确说明）
84	2025-09-03	Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development 2021-06, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/s41594-021-00590-w PMID:34045724	研究论文	本研究通过小分子筛选和单细胞RNA测序揭示视黄酸信号通路在早期哺乳动物发育全能性窗口期的关键作用	发现视黄酸是2细胞样细胞的强效诱导剂，并证明RA信号通路是胚胎全能细胞调控网络的核心组成部分	NA	识别调控2细胞阶段程序的新通路，揭示基因调控网络控制细胞可塑性和全能性程序	小鼠胚胎干细胞（ES细胞）和2细胞样细胞（2CLCs）	发育生物学	NA	小分子筛选，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
85	2025-09-02	Spatiotemporal R-loop accumulation orchestrates microenvironmental remodeling after spinal cord injury 2025-Oct-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.107055 PMID:40789519	研究论文	本研究首次报道脊髓损伤后R-loop积累通过神经炎症驱动神经退行性变，并揭示其与微环境重塑的关联	首次发现R-loop在神经损伤背景下的积累现象及其通过神经炎症介导神经退行性变的机制	研究基于动物模型（夹挫伤模型），结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究脊髓损伤后R-loop积累的时空动态及其对微环境重塑的影响	脊髓损伤模型中的新鲜脊髓组织（包括灰质和白质）	神经科学	脊髓损伤	空间转录组学、免疫荧光染色、单细胞分析、HE/LFB染色、细胞反卷积计算	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞数据、组织图像数据	损伤腔组织（50-100mg），在损伤后0、1、3、7、14天多个时间点采集
86	2025-09-02	Heterogeneity in Osteosarcoma Revealed by scRNA Sequencing: CLU+ Endothelial Cells as Key Players in Tumor Progression 2025-Sep, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70138 PMID:40623412	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤的空间异质性，发现CLU+内皮细胞在肿瘤进展中的关键作用	首次在骨肉瘤中鉴定出CLU+内皮细胞亚群，并阐明其通过ITGB1介导的肿瘤细胞互作和Nectin2-TIGIT通路诱导T细胞耗竭的双重促癌机制	样本量较小（仅6例患者），未进行功能验证实验	探究骨肉瘤瘤内异质性及其在肿瘤进展中的作用机制	骨肉瘤患者的肿瘤组织（中心区与周边区配对样本）	单细胞组学	骨肉瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	6例骨肉瘤患者的配对肿瘤样本
87	2025-09-02	Unveiling the role of TAM-derived extracellular vesicles in glioma progression through Treg polarization and immune suppression 2025-Sep, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03497-8 PMID:40681801	研究论文	本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）来源的细胞外囊泡（EVs）通过诱导调节性T细胞（Treg）分化和免疫抑制促进胶质瘤进展的机制	首次发现TAM EVs通过下调BPI蛋白诱导Treg分化，并证实其在体内促进胶质瘤生长和免疫抑制	NA	阐明TAM来源EVs在胶质瘤进展中的作用机制	胶质瘤肿瘤微环境中的TAMs和Tregs	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠胶质瘤模型
88	2025-09-02	Natural small molecule bergapten ameliorates rheumatoid arthritis by targeting STAT3 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107878 PMID:40714303	研究论文	研究发现天然小分子佛手柑素通过靶向STAT3改善类风湿性关节炎	首次报道佛手柑素作为STAT3抑制剂治疗RA，并利用scRNA-seq揭示其调控炎症细胞互作的机制	机制研究部分依赖动物模型，尚未进行临床验证	探索天然小分子治疗类风湿性关节炎的疗效与机制	胶原诱导关节炎大鼠模型及滑膜组织细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	动物疾病模型	基因表达数据	胶原诱导关节炎大鼠
89	2025-09-02	From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898 PMID:40754044	综述	本文综述了结合天然产物、人工智能和多组学技术治疗心脏肥大的创新策略	整合AI与多组学数据，提出天然产物在精准医疗中的理性应用新范式	NA	探索心脏肥大的精准药物治疗策略，实现从症状管理向疾病逆转的转变	心脏肥大（CH）的分子机制与治疗靶点	精准医疗	心血管疾病	多组学技术、单细胞空间转录组学、AI驱动方法	机器学习算法	多组学数据	NA
90	2025-09-02	Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145 PMID:40735785	研究论文	本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞的一种新型免疫调节功能，通过单细胞RNA测序和空间转录组学鉴定出一种免疫调节内皮细胞表型	首次发现并表征了心肌梗死后出现的CD45+CD11b+Cdh5+免疫调节内皮细胞表型(IMEC)，并阐明其通过IFN-γ信号通路诱导T细胞活化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性和临床转化价值需要进一步验证	探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能及其分子机制	小鼠心肌梗死模型中的内皮细胞和T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 骨髓移植, 谱系追踪实验	NA	基因表达数据, 空间定位数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
91	2025-09-02	Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147 PMID:40735767	研究论文	研究细菌感染如何通过改变心脏巨噬细胞特性加剧后续心肌缺血损伤	首次发现细菌感染后心脏巨噬细胞形成两个新亚群，并揭示其通过代谢活性和趋化特性放大缺血后炎症的机制	NA	探究细菌感染对心脏髓系细胞的长期影响及其在后续心肌缺血中的作用	心脏免疫细胞、外周白细胞、骨髓和脾脏中的造血干细胞与祖细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	NA
92	2025-09-02	CART-GPT: A T Cell-Informed AI Linguistic Framework for Interpreting Neurotoxicity and Therapeutic Outcomes in CAR-T Therapy 2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.08.669387 PMID:40832178	研究论文	开发基于Transformer的AI模型CART-GPT，利用单细胞RNA测序数据预测CAR-T细胞疗法的疗效和神经毒性风险	首个针对CAR-T疗法同时预测治疗反应和ICANS神经毒性风险的AI模型，采用新型细胞聚合策略将单细胞预测与患者层面指标关联	NA	提高CAR-T细胞疗法疗效预测精度并解析神经毒性机制	CAR-T细胞单细胞转录组数据及临床结局	机器学习	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	112万个注释临床结局的CAR-T单细胞RNA测序样本
93	2025-09-02	Translating the Transcriptome: A Connectomics Approach for Gene-Network Mapping and Clinical Application 2025-Aug-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.08.25333301 PMID:40832435	研究论文	提出一种结合空间转录组学和规范功能连接性的基因网络映射框架，用于识别与基因表达相关的脑网络	开发了基因网络映射方法，能够捕获单个基因的分布式连接模式，并聚合形成疾病网络图谱	NA	研究基因表达如何影响大脑功能连接组，并开发用于精准医学的网络信息诊断和治疗工具	基因表达、大脑功能连接组、脑部疾病相关基因	神经科学	脑部疾病	空间转录组学、规范功能连接性分析、深部脑刺激（DBS）	NA	基因表达数据、功能连接数据、临床结果数据	NA
94	2025-09-02	Regulating the cell differentiation trajectory of progenitor cells in adipose tissue fibrosis 2025-Aug-06, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102231 PMID:40780446	研究论文	本研究探讨了基质Gla蛋白（MGP）在白色脂肪组织纤维化中对祖细胞分化轨迹的调控作用	发现MGP缺失导致脂肪祖细胞从成脂分化转向纤维化分化，并鉴定出两个新的脂肪源性干细胞群体ASC1和ASC4	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明MGP在白色脂肪组织纤维化中的作用机制	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），信号通路研究	基因敲除小鼠模型	基因表达数据，表型数据	使用全局和Pdgfra-Cre介导的Mgp缺失小鼠模型
95	2025-09-02	β-Mangostin Attenuates TET2-Mediated DNA Demethylation of Prkcg in the Prevention of Intervertebral Disc Degeneration 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202505077 PMID:40558107	研究论文	本研究探讨β-芒果苷通过调控TET2介导的Prkcg基因DNA去甲基化来延缓椎间盘退变的作用机制	首次揭示β-芒果苷通过TET2-Prkcg轴调控DNA甲基化状态，同时靶向炎症失调和基质稳态的双重治疗策略	NA	开发椎间盘退变的疾病修饰疗法	髓核细胞和巨噬细胞	分子生物学	椎间盘退变	单细胞测序分析	NA	基因组学数据	NA
96	2025-09-02	Advances in Single-Cell Sequencing for Infectious Diseases: Progress and Perspectives 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415678 PMID:40613694	综述	回顾单细胞测序技术在传染病研究中的进展与应用，旨在推动精准医疗发展	系统总结真核、原核及双单细胞测序技术（如MATQ-seq、BacDrop、PatH-Cap）在解析宿主-病原体互作机制中的创新应用	NA	促进传染病精准诊断和治疗策略的开发	传染病病原体与宿主细胞互作机制	基因组学	传染病	单细胞测序（MATQ-seq, BacDrop, PatH-Cap）	NA	基因组数据	NA
97	2025-09-02	Identification of Schwann Cells in Human Intracranial Arteries: Potential Regulatory Role in Atherosclerotic Plaque Progression 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503033 PMID:40574459	研究论文	本研究通过多模态分析揭示了人类颅内动脉中雪旺细胞的存在及其在动脉粥样硬化斑块进展中的潜在调控作用	首次在人类颅内动脉中鉴定雪旺细胞，并发现其与血管平滑肌细胞的增强互作及SPP1-ITGB1信号通路的潜在介导作用	样本量较小（n=16），且依赖尸检样本，可能限制临床直接推广	探究雪旺细胞在颅内动脉粥样硬化病理生物学中的作用及神经血管调控机制	人类颅内动脉样本（含斑块与非斑块区域）及雪旺细胞	神经血管生物学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、超微结构定量评估、细胞间通信分析	NA	组织样本、基因表达数据、超微结构图像	16例尸检捐赠者的颅内动脉样本
98	2025-09-02	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本文评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型细胞组成分析中的应用与优化	利用公开scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例，并评估不同插补方法对反卷积准确性的提升	反卷积方法的准确性存在显著差异，需依赖不断增长的单细胞数据资源	开发复杂体外模型的表征方法以支持毒理学和药物研发	基于干细胞的人肠道类器官模型和新生啮齿动物睾丸模型	计算生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积分析	NA	bulk RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	两种复杂体外模型系统
99	2025-09-02	StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1063 PMID:37953308	研究论文	介绍了一个名为StemDriver的综合性知识库，专注于造血干细胞命运决定中基因功能的注释	整合了42项研究的单细胞RNA测序数据，构建了从胚胎到成年期的造血全过程谱系图谱，并提供了标准化的数据分析流程	NA	为造血干细胞命运决定研究提供基因功能注释和数据分析支持	人类和小鼠的造血干细胞及相关基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涵盖42项研究、14种组织类型，评估了人类23,839个基因和小鼠29,533个基因
100	2025-09-02	Amyloid-beta and tau pathologies act synergistically to induce novel disease stage-specific microglia subtypes 2022-12-17, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00589-x PMID:36536457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Aβ和tau病理在阿尔茨海默病进展中协同诱导新型疾病阶段特异性小胶质细胞亚型	发现了由Aβ和tau病理协同诱导的疾病阶段特异性小胶质细胞新亚型EADAM和LADAM，并鉴定Siglec基因作为AD进展的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需扩大样本量	探究Aβ和tau病理如何调控阿尔茨海默病进展中的小胶质细胞亚型	小鼠模型和人类脑组织（额上回和内嗅皮层）的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	多个疾病阶段的小鼠模型和人类脑组织样本（具体数量未明确说明）