单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-18	Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq 2025-Jul-16, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01203-2 PMID:40670609	研究论文	介绍了一种名为CELLO-seq的单细胞长读RNA测序协议，用于将转座元件(TEs)来源的读数映射到独特的基因组位点	CELLO-seq通过整合长50核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数，实现了对长读的错误校正，从而能够高保真地将表达数据映射到高度序列相似的年轻TEs以及基因和TE异构体	需要具备分子生物学和转录组分析经验的用户，且从细胞分离到定量需要一周时间完成	开发一种能够高保真映射转座元件(TEs)表达数据到独特基因组位点的单细胞长读RNA测序方法	转座元件(TEs)和基因在单细胞中的表达	基因组学	NA	长读RNA测序(CELLO-seq)	NA	RNA序列数据	NA
22	2025-07-18	Cluster-independent multiscale marker identification in single-cell RNA-seq data using localized marker detector (LMD) 2025-Jul-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08485-y PMID:40670619	研究论文	本文介绍了一种名为LMD的新型工具，用于在单细胞RNA-seq数据中识别局部基因，以多分辨率和细粒度方式表征细胞多样性	LMD通过构建细胞-细胞亲和图并在细胞图上扩散基因表达值，基于扩散动力学为每个基因分配分数，从而识别局部基因	NA	开发一种工具来准确识别单细胞RNA-seq数据中的细胞标记物，以理解细胞多样性和功能	小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集中的单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LMD	RNA-seq数据	十个单细胞RNA测序数据集，包括小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集
23	2025-07-18	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Jul-16, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	探讨全基因组加倍（WGD）对卵巢癌体细胞进化和免疫逃逸的影响	首次在单细胞分辨率下研究WGD对卵巢癌的影响，并开发了新的WGD时序分析方法doubleTime	研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，可能不适用于其他癌症类型	理解WGD在卵巢癌发展和免疫逃逸中的作用	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，图像数据	41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本（30,260个肿瘤基因组）
24	2025-07-18	Rod-shaped microglia represent a morphologically distinct subpopulation of disease-associated microglia 2025-Jul-16, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03504-5 PMID:40671004	研究论文	本研究识别了一种在谷氨酰半胱氨酸连接酶（GCLC）缺陷小鼠中独特的杆状小胶质细胞亚群，并探讨了其形成机制	首次发现杆状小胶质细胞是神经退行性疾病早期出现的一种未被认识的激活亚群，并揭示了其形成可能与uPA信号和磷酸化GAP43有关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究小胶质细胞形态变化与其基因表达谱的关系	GCLC缺陷小鼠中的杆状小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单核RNA测序（single-nucleus RNA sequencing）	GCLC-KO小鼠模型	基因表达数据	GCLC缺陷小鼠的皮质组织
25	2025-07-18	Campylobacter jejuni regulates cell cycle progression to potentiate host cell invasion 2025-Jul-16, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02348-z PMID:40671100	研究论文	本研究探讨了空肠弯曲杆菌通过调节宿主细胞周期来增强其入侵能力的机制	首次揭示了空肠弯曲杆菌通过调控宿主细胞周期（特别是G1期）来促进其入侵和炎症反应的分子机制	研究仅使用了INT 407细胞系，未在体内模型或原代细胞中验证	阐明空肠弯曲杆菌致病机制及其与宿主细胞周期的关系	空肠弯曲杆菌感染的INT 407细胞	微生物致病机制	肠道感染	流式细胞术、scRNA-seq、RT-qPCR、共聚焦显微镜、ELISA	NA	基因表达数据、细胞周期数据、细胞图像数据	未明确说明细胞数量
26	2025-07-18	Single-cell sequencing combined with spatial transcriptomics reveals the characteristics of follicle-targeted inflammation patterns in primary cicatricial alopecia 2025-Jul-16, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01447-1 PMID:40671126	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了原发性瘢痕性脱发（PCA）中毛囊靶向炎症的特征	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了LPP中CD8⁺效应记忆T细胞和巨噬细胞对毛囊的浸润及其在炎症和纤维化中的作用	样本量有限，仅分析了LPP和LS的局部头皮样本	研究原发性瘢痕性脱发（PCA）中毛囊靶向炎症的机制，寻找治疗靶点	扁平苔藓性脱发（LPP）、局限性硬皮病（LS）患者及对照组的头皮样本	数字病理学	脱发	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间定位数据	LPP、LS患者及对照组的头皮样本
27	2025-07-18	Genomic and Single-Cell Analyses Characterize Patient-Derived Tumor Organoids to Enable Personalized Therapy for Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2850 PMID:40261963	研究论文	本研究通过基因组和单细胞分析，表征了头颈部鳞状细胞癌患者来源的肿瘤类器官，以支持个性化治疗	利用患者来源的肿瘤类器官（PDO）模型，揭示了肿瘤异质性及治疗反应的预测标志物，并发现amphiregulin作为潜在的调节因子	样本量较小（31例患者），可能影响结果的广泛适用性	提高对头颈部鳞状细胞癌生物学特性的理解，开发个性化治疗方案	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者来源的肿瘤类器官	肿瘤生物学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	患者来源的肿瘤类器官（PDO）模型	基因组数据、转录组数据	31例HNSCC患者
28	2025-07-18	A Machine Learning-Based Strategy Predicts Selective and Synergistic Drug Combinations for Relapsed Acute Myeloid Leukemia 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3840 PMID:40354625	研究论文	本研究开发了一种基于机器学习的策略，用于预测复发/难治性急性髓系白血病（AML）的选择性和协同药物组合	利用单细胞转录组学和单药响应谱，结合机器学习，个性化预测针对治疗耐药性癌细胞的药物组合	初步实验仅在临床试验样本中进行，需要更大规模的验证	改善复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者的治疗效果	复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者	机器学习	急性髓系白血病	单细胞转录组学	机器学习	转录组数据	临床试验样本（具体数量未提及）
29	2025-07-18	Spatial Transcriptomics Advances the Use of Canine Patients in Cancer Research: Analysis of Osteosarcoma-Bearing Pet Dogs Enrolled in a Clinical Trial 2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0687 PMID:40392977	研究论文	本研究首次应用GeoMx Canine Cancer Atlas技术分析参与骨肉瘤临床试验的犬类患者的空间转录组数据	首次将GeoMx空间转录组技术应用于犬类骨肉瘤研究，并与人类骨肉瘤研究结果进行对比	样本量较小（每组仅8例），且仅分析了原发性骨肉瘤样本	探索犬类骨肉瘤模型在人类癌症研究中的应用价值	参与骨肉瘤临床试验的犬类患者	数字病理学	骨肉瘤	GeoMx Digital Spatial Profiler空间转录组技术	NA	空间转录组数据	16例犬类骨肉瘤样本（高DFI组8例，低DFI组8例）
30	2025-07-18	Interferon-responsive HEVs drive tumor tertiary lymphoid structure formation and predict immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jul-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102200 PMID:40543508	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和泛癌单细胞图谱，揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLSs）的特征，并发现了一类干扰素反应性高内皮小静脉（IFN-HEVs）与肿瘤特异性趋化因子CXCL9的关联	首次揭示了IFN-HEVs在肿瘤TLS形成中的作用，并开发了预测免疫检查点阻断（ICB）治疗效果的CTRscore评分系统	研究主要聚焦于鼻咽癌，其他癌症类型中IFN-HEVs的作用尚不明确	探究肿瘤TLS形成的驱动因素及其在免疫治疗中的作用	鼻咽癌患者样本	肿瘤免疫学	鼻咽癌	空间转录组学、单细胞测序	NA	转录组数据	三个独立的鼻咽癌队列
31	2025-07-18	Cardiolipin-mimic lipid nanoparticles without antibody modification delivered senolytic in vivo CAR-T therapy for inflamm-aging 2025-Jul-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102209 PMID:40602406	研究论文	本研究开发了一种基于mRNA的体内CAR-T细胞疗法，使用模拟心磷脂的脂质纳米颗粒递送senolytic药物，无需抗体修饰	首次发现心磷脂类似物二磷酰胺脂质可提高T细胞转染效率，无需靶向配体，并利用PL40脂质纳米颗粒递送靶向uPAR的CAR mRNA	未明确说明该疗法的长期安全性和潜在副作用	开发更高效的体内CAR-T细胞疗法以治疗衰老相关炎症性疾病	T细胞、衰老相关炎症性疾病（如肝纤维化和类风湿性关节炎）	生物医学工程	类风湿性关节炎、肝纤维化	mRNA递送技术、单细胞测序、scFv人源化筛选	NA	实验数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及体外和体内实验
32	2025-07-18	Deciphering the role of CAPZA2 in neurodevelopmental disorders: insights from mouse models 2025-Jul-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08385-1 PMID:40659881	research paper	本研究通过小鼠模型探讨CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用	首次使用CAPZA2杂合敲除和点突变小鼠模型揭示CAPZA2在神经发育中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明CAPZA2基因在神经发育障碍中的分子机制	CAPZA2杂合敲除(CAPZA2)和点突变(CAPZA2)小鼠模型	神经科学	神经发育障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠基因编辑模型	基因表达数据、行为学数据、形态学数据	未明确说明具体数量，使用CAPZA2和CAPZA2两种基因编辑小鼠品系
33	2025-07-18	Blocking calcium-MYC regulatory axis inhibits early dedifferentiation of chondrocytes and contributes to cartilage regeneration 2025-Jul-15, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04483-3 PMID:40660304	研究论文	本研究通过单细胞测序和转座酶可及染色质测序技术，揭示了软骨细胞体外扩增过程中的去分化现象及其机制，并提出了通过抑制钙-MYC调控轴来优化软骨再生系统的新策略	首次发现钙内流增加与软骨细胞早期去分化密切相关，并证实抑制钙信号可逆转细胞表型并促进软骨再生	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证钙-MYC调控轴的作用	阐明软骨细胞去分化机制并优化软骨再生系统	耳廓软骨细胞	组织工程	软骨缺损	单细胞测序、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	不同传代次数的软骨细胞(P3和P6)
34	2025-07-18	Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function 2025-Jul-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236 PMID:40662221	research paper	该研究探讨了经皮迷走神经刺激（tVNS）如何通过改变心脏驻留巨噬细胞功能来改善保留射血分数的心力衰竭（HFpEF）	揭示了tVNS通过减少表达Spp1的CCR2+心脏驻留巨噬细胞并诱导TLF+/MHC2+巨噬细胞表达Igf1来改善HFpEF的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究tVNS改善HFpEF的巨噬细胞介导机制	HFpEF小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、超声心动图	小鼠HFpEF模型	基因表达数据、细胞数量数据、心脏功能数据	HFpEF小鼠模型（具体数量未明确说明）
35	2025-07-18	In-depth patient-specific analysis of tumor heterogeneity in melanoma brain metastasis: Insights from spatial transcriptomics and multi-region bulk sequencing 2025-Jul-15, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102468 PMID:40669378	研究论文	本研究通过多组学方法对黑色素瘤脑转移患者的肿瘤异质性进行了深入分析	整合空间转录组学与多区域批量外显子组、蛋白质组和转录组分析，揭示了患者特异性免疫细胞浸润和肿瘤异质性	样本量较小（仅4例患者样本），可能影响结果的普遍性	探索黑色素瘤脑转移的分子和细胞特征，以指导有效治疗策略的开发	黑色素瘤脑转移患者的肿瘤组织	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学、批量外显子组测序、蛋白质组分析、转录组分析	NA	空间转录组数据、外显子组数据、蛋白质组数据、转录组数据	4例患者样本
36	2025-07-18	Exploring the Role of Cuproptosis-related Genes in Acute Myeloid Leukemia Through WGCNA, Single-cell Sequencing and Experiments 2025-Jul-15, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673363210250618120652 PMID:40671235	研究论文	本研究通过WGCNA、单细胞测序和实验探索铜死亡相关基因在急性髓系白血病(AML)中的作用	首次系统研究铜死亡在AML中的作用，并鉴定出TLR4和NCF2等新型生物标志物	样本量相对有限(151例AML患者和70例健康对照)，且机制研究仍需进一步验证	探索铜死亡在AML发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	急性髓系白血病(AML)患者和THP-1细胞系	生物信息学与肿瘤学	急性髓系白血病	RNA-seq、单细胞RNA测序、WGCNA、CIBERSORT、ssGSEA、RT-qPCR	NA	基因表达数据	151例AML患者和70例健康对照的RNA-seq数据，以及10例AML患者的单细胞RNA-seq数据
37	2025-07-18	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	研究论文	通过单细胞RNA测序分析108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，研究不同癌症谱系和亚群中细胞状态和组成的特征及重塑	首次在单细胞分辨率下构建了泛癌人类脑转移图谱，揭示了恶性细胞的共同特征和脑转移相关的免疫抑制微环境	样本量虽较前增加但仍有限，且未涉及治疗干预后的动态变化	探究跨癌种的脑转移生物学特征和共享依赖性	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本	癌症基因组学	脑转移癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	219个样本（108 BrM + 111 PT）
38	2025-07-18	ZEB2 is a master switch controlling the tumor-associated macrophage program 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.021 PMID:40215981	研究论文	该研究通过整合人类肿瘤单细胞RNA测序数据和CRISPR筛选，构建了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的调控网络，并发现ZEB2是TAM程序的主调控因子	使用深度生成模型构建基因扰动网络，首次将ZEB2鉴定为TAM程序的主调控因子，并展示其在肿瘤免疫逃避中的关键作用	研究主要基于人类肿瘤的scRNA-seq数据，可能需要在更多肿瘤类型中进行验证	探索肿瘤相关巨噬细胞的调控机制及其在肿瘤免疫逃避中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其调控网络	肿瘤免疫学	癌症	scRNA-seq, CRISPR筛选	深度生成模型	单细胞RNA测序数据	人类肿瘤样本（具体数量未提及）
39	2025-07-18	Exploring SERTAD4 as a prognostic biomarker and therapeutic target in breast cancer: insights from multidatabase analyses and in vitro studies 2025-Jul-14, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01792-y PMID:40658117	研究论文	探索SERTAD4作为乳腺癌预后生物标志物和治疗靶点的潜力，通过多数据库分析和体外研究提供见解	首次揭示SERTAD4在乳腺癌中的上调表达及其与预后的关联，并探索其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于数据库分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索SERTAD4在乳腺癌中的生物学功能及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	乳腺癌组织和细胞	癌症研究	乳腺癌	siRNA敲低、分子对接、Co-IP	NA	基因表达数据、临床样本数据、单细胞测序数据	来自多个数据库的乳腺癌样本数据及临床乳腺癌标本
40	2025-07-18	Human adipose-derived mesenchymal stem cell-derived exosomes induce epithelial remodeling and anti-scar healing revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03548-y PMID:40660260	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了人类脂肪源性间充质干细胞外泌体(hADSC-Exos)如何诱导上皮重塑和无疤痕愈合	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了hADSC-Exos通过调节上皮细胞和成纤维细胞促进无疤痕愈合的分子机制，并发现14-3-3 zeta-YES-associated protein-Hippo信号通路在抑制伤口纤维化中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索hADSC-Exos促进无疤痕伤口愈合的分子机制	野生型和hADSC-Exos处理的小鼠伤口组织	干细胞治疗	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	术后14天的野生型和hADSC-Exos处理小鼠样本