单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-01	Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624562 PMID:39605372	研究论文	本研究探讨了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用	应用单细胞RNA测序和无偏蛋白质组学方法，首次揭示DUSP1在早期宿主响应中的上调及其对NLRP3炎症信号和线粒体变化的双向调控作用	研究基于小鼠骨髓来源巨噬细胞模型，结果向人体或自然宿主的直接推广需进一步验证	解析宿主细胞对伯氏疏螺旋体脂蛋白的响应机制，并探索DUSP1作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）	免疫学与感染性疾病	莱姆病	scRNA-Seq, 蛋白质组学分析	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	用不同浓度脂蛋白处理的小鼠BMDMs样本
22	2025-09-01	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.07.622523 PMID:39605581	研究论文	提出DBiTplus方法，整合基于测序和成像的空间组学技术，在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射	开发了结合空间转录组测序和高通量蛋白质成像的统一工作流程，首次实现同一组织切片的单细胞分辨率多模态空间组学分析	NA	开发整合多模态空间组学技术的方法，以促进对异质性细胞过程的理解	小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组测序、CODEX蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多种组织类型（包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤组织）
23	2025-09-01	Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis 2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619529 PMID:39484491	研究论文	本研究整合空间转录组学和谱系追踪技术，揭示肺腺癌模型中肿瘤生长、可塑性和转移与微环境重塑的协同演化	结合高分辨率空间转录组学与动态谱系追踪技术，首次在时空维度解析肿瘤亚克隆与微环境的共进化关系	研究基于小鼠模型，人类肿瘤的适用性需进一步验证	阐明肿瘤细胞状态与微环境结构如何协同促进肿瘤进展	Kras驱动的肺腺癌小鼠模型	数字病理学	肺癌	空间转录组学, 谱系追踪	NA	空间转录组数据	小鼠模型样本（具体数量未明确说明）
24	2025-09-01	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	提出Sunbear联合建模框架，用于整合多条件和多模态单细胞时间序列数据	开发能够同时处理多条件（如性别、批次）和多模态（如scRNA-seq、scATAC-seq）数据的时序建模方法，实现单细胞时序谱的插补、对齐和外推	NA	推断小鼠胚胎发育过程中的多条件和多模态时序谱	小鼠胚胎单细胞	计算生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	联合建模框架（Sunbear）	单细胞多模态时序数据	NA
25	2025-09-01	Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States 2024-Aug-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457 PMID:39105287	研究论文	通过单细胞多模态分析揭示心血管疾病风险状态下单核细胞的异质性和功能亚群	首次结合CITE-seq和scRNA-seq技术对超过43万单核细胞进行高维多模态分析，识别出多个功能独特的亚群并验证其存在	NA	解析单核细胞在心血管疾病风险状态下的转录组和表型景观	人类和小鼠模型的单核细胞	单细胞组学	心血管疾病	CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	437,126个单核细胞
26	2025-09-01	Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data 2023-11-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03099-1 PMID:37974276	研究论文	开发了一种名为Cytomulate的CyTOF数据模拟算法，用于支持细胞计数方法的评估与开发	能够准确捕捉CyTOF数据的多种特征，并在学习整体数据分布方面优于单细胞RNA-seq方法及生成模型	NA	提供可重现且准确的CyTOF数据模拟，为方法开发和评估奠定基础	CyTOF数据	计算生物学	NA	CyTOF（飞行时间质谱流式细胞术）	生成模型	细胞计数数据	NA
27	2025-08-31	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成及转录变化之间的关联	首次通过单细胞RNA测序分析揭示ALAD进展与特定细胞类型（如基底细胞减少、细胞毒性T细胞扩增）及AI2基因评分变化的关联	样本量较小（n=20），属于初步研究	识别ALAD患者中可能进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的分子标志物	肺移植受体患者（包括ALAD患者和功能稳定的对照组）	生物医学研究	肺移植相关并发症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20例患者（8例对照，4例恢复型ALAD，5例持续型ALAD，3例进展型ALAD）
28	2025-08-31	Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target 2025-Sep, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00917-5 PMID:40681672	研究论文	通过整合多组学分析探索溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并识别MMP1作为潜在治疗靶点	首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序揭示MMP1通过免疫微环境调节发挥保护作用，并预测ilomastat作为新型抑制剂	研究依赖于公共数据库数据，需实验验证MMP1机制和ilomastat疗效	解析UC相关CRC的分子机制并寻找治疗靶点	溃疡性结肠炎和结直肠癌的分子数据与基因表达谱	生物信息学	结直肠癌	多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	生物网络分析	基因组、转录组、蛋白质组数据	来自GEO、TCGA和GWAS数据库的多组学数据集
29	2025-08-31	Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells 2025-Aug-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025 PMID:40695599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胆碱能波对小鼠视网膜神经节细胞转录组的类型特异性影响	首次在单细胞水平揭示胆碱能波对RGC转录组的调控具有类型特异性且影响程度有限，而非此前认为的广泛统一影响	研究仅关注出生后第一周末的RGC，未涵盖其他发育阶段或更长期的转录组变化	探究β2KO小鼠模型中胆碱能波缺失对功能性RGC类型基因表达的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录	NA	基因表达数据、电生理数据	野生型和β2KO雌雄小鼠出生后第一周末分离的RGCs
30	2025-08-31	Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006 PMID:40674215	研究论文	开发并应用Vivo-seq平台，在单细胞水平整合转录组和磷酸化信号信息，揭示Th17细胞分化命运	提出Vivo-seq创新平台，首次实现单细胞内转录状态和磷酸化信号状态的同时捕获	NA	研究Th17细胞分化过程中的信号网络和细胞状态决定机制	T辅助17细胞（Th17 cells）	单细胞组学	免疫相关疾病	scRNA-seq, 细胞内转录组和表位索引测序	NA	单细胞转录组数据, 磷酸化信号数据	NA
31	2025-08-31	Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039 PMID:40694474	研究论文	通过单细胞RNA测序分析乳糜泻十二指肠中免疫信号介导的基质变化以支持上皮重编程	构建了迄今最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，揭示了成纤维细胞通过IL-1β和IFN-γ介导支持上皮干细胞重编程的新机制	NA	研究乳糜泻中细胞间通信机制及组织水平细胞动态响应	乳糜泻患者和对照组的十二指肠组织样本	单细胞测序分析	乳糜泻	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本，共203,555个细胞
32	2025-08-31	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制	发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制，并建立了一个18基因特征用于生存分层	NA	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌进展中的调控机制	胰腺导管腺癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
33	2025-08-31	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018 PMID:40711881	研究论文	本研究探讨癌症相关成纤维细胞（CAFs）来源的Fibulin-5通过抑制铁死亡促进非小细胞肺癌放疗抵抗的机制	首次揭示CAFs通过分泌Fibulin-5激活整合素αVβ5/Src-STAT3通路并抑制ACSL4表达，从而削弱放疗诱导的铁死亡过程	NA	鉴定预测放疗疗效的CAF表达分子并阐明非小细胞肺癌放疗抵抗机制	非小细胞肺癌患者组织样本、癌症相关成纤维细胞及癌细胞系	肿瘤生物学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、基因敲低、临床组织分析	NA	基因表达数据、临床数据	复发患者组织样本（具体数量未明确说明）
34	2025-08-31	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本研究探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病中对斑块积累的抑制作用及其对微胶质细胞反应的关键影响	首次通过基因敲除ACAN证明其缺失导致斑块沉积增加、形态异常及微胶质细胞-斑块关联受损，并利用单细胞空间转录组学发现增强的疾病相关微胶质细胞表型	研究基于5xFAD转基因小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病病理中的作用机制	5xFAD转基因小鼠模型及ACAN条件性敲除小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	基因敲除技术、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、组织形态学数据	转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
35	2025-08-31	A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114 PMID:40782349	研究论文	本研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键作用	首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正向反馈循环驱动免疫细胞招募	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	解析2型皮肤炎症的细胞机制并识别治疗靶点	小鼠皮肤炎症模型（MC903和oxazolone诱导的皮炎）	免疫学	特应性皮炎	MERFISH, scRNA-seq	NA	单细胞空间转录组数据	约430,000个细胞
36	2025-08-31	A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047 PMID:40728928	研究论文	构建了一个包含超过15万个细胞的小鼠原肠胚形成和早期器官发生时空图谱，用于探索轴向模式	整合空间转录组学和单细胞RNA-seq数据，创建了高分辨率时空图谱，并开发了计算流程将体外模型投影到体内空间	NA	研究小鼠胚胎发育过程中的空间分化模式和细胞命运决定机制	小鼠胚胎（E6.5-E9.5天）	发育生物学	NA	空间转录组学，单细胞RNA-seq	计算投影流程	空间转录组数据，单细胞RNA-seq数据	超过150,000个细胞，涵盖E6.5至E9.5天的小鼠胚胎
37	2025-08-31	Gut commensal microbiota drive tailored macrophage responses 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116157 PMID:40828655	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类巨噬细胞对多种共生菌的响应，揭示其异质性和菌种特异性	首次大规模使用单细胞RNA测序（74,476个细胞）研究人类巨噬细胞对15种共生菌的响应，发现菌种特异性和Gram状态影响的转录簇	研究使用单核细胞衍生的巨噬细胞，可能不完全代表体内原生巨噬细胞行为	探究人类巨噬细胞对不同共生菌的异质性免疫响应机制	人类单核细胞衍生的巨噬细胞和15种主要共生细菌	免疫学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	74,476个单核细胞衍生的巨噬细胞，暴露于15种细菌
38	2025-08-31	FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence 2025-Aug-14, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494 PMID:40814172	研究论文	本研究通过多组学与因果遗传证据揭示FAHD1介导的丙酮酸代谢在肝细胞癌中的作用机制	首次整合单细胞转录组、空间图谱和遗传因果推断识别丙酮酸高活性上皮亚群，发现FAHD1作为因果驱动因子并揭示其通过ITGB2介导的细胞互作机制	NA	探究肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控因子及其空间互作机制	肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞	多组学分析	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间图谱、孟德尔随机化、分子对接	NA	转录组数据、空间数据、遗传数据	NA
39	2025-08-31	Colorectal cancer heterogeneity co-evolves with tumor architecture to determine disease outcome 2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.11.669722 PMID:40832253	研究论文	利用深度学习分析结直肠癌组织架构和细胞核形态，揭示肿瘤异质性与组织结构的协同演化关系及其对患者预后的预测价值	开发了亚细胞分辨率的高通量图像分析范式，结合空间转录组学等技术首次发现组织结构与细胞状态间的动态协同演化反馈环路	NA	探究结直肠癌异质性演化机制及其与临床预后的关系	结直肠癌患者组织样本和类器官	数字病理学	结直肠癌	深度学习、空间转录组学、多重免疫组化、患者来源类器官	深度学习	图像、转录组数据	NA
40	2025-08-31	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	本研究揭示p53功能获得性突变通过上调uPAR表达促进胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的机制	首次发现TP53 GoF突变通过持续上调PLAUR/uPAR表达介导吉西他滨耐药，并阐明其独立于EGFR的ERK1/2激活新机制	主要基于细胞系实验，临床样本验证仍需扩大；scRNA-seq分析仅显示相关性而非因果性	探究胰腺导管腺癌化疗后侵袭转移能力增强的分子机制	胰腺导管腺癌细胞系（PANC1、MIA PaCa-2）及TCGA数据库中人PDAC样本	肿瘤分子机制研究	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	两种PDAC细胞系及TCGA中PDAC患者样本