单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-21	The release of NETs during SFTSV infection downregulates the specific inflammatory factors that lead to liver and spleen damage 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf053 PMID:40275780	研究论文	本文研究了严重发热伴血小板减少综合征病毒感染过程中中性粒细胞胞外诱捕网的释放如何下调特定炎症因子，从而导致肝脏和脾脏损伤	揭示了严重发热伴血小板减少综合征病毒触发NETosis的机制，并发现中性粒细胞胞外诱捕网通过下调特定炎症因子阻碍免疫反应和器官修复过程	研究结果基于细胞和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨严重发热伴血小板减少综合征病毒感染导致组织损伤的分子机制	严重发热伴血小板减少综合征患者、细胞模型（Thp-1细胞）和动物模型	免疫学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞测序、转录组测序	NA	测序数据、组织样本	NA
122	2025-06-21	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	research paper	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征，联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架来控制错误发现率（FDR），在统计功效和计算效率上优于现有方法	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据上的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 流式细胞术	统计模型	单细胞RNA测序数据	NA
123	2025-06-21	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	本文研究了通过抑制基质机械感知来抑制心脏纤维化的机制	发现SRC激酶作为纤维化细胞富集的机械传感器，可通过药物抑制模拟基质软化效果，并与TGFβ抑制协同作用	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，人类临床应用效果尚需验证	探索治疗心血管纤维化的新型机械治疗策略	心脏成纤维细胞和肌成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、药物抑制实验	小鼠心衰模型、工程化心脏组织	基因表达数据、生理功能数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集
124	2025-06-21	Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410745 PMID:40397381	研究论文	本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞身份和功能	metaTF框架在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育和乳腺癌上皮细胞功能身份表征中表现出改进的效果，还发现了肿瘤免疫微环境中神经调节T细胞的新亚群	NA	通过推断转录因子活性来解密单细胞转录组数据中的细胞身份	小鼠造血干细胞、乳腺癌上皮细胞、肿瘤免疫微环境中的T细胞	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	metaTF	单细胞转录组数据	NA
125	2025-06-21	Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00652-y PMID:40461772	研究论文	研究低剂量IL-2在急性冠脉综合征患者中诱导BACH2抑制的效应调节T细胞克隆扩增的机制	结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示了IL-2如何克隆扩增效应T细胞，并发现这些细胞上调了关键的免疫抑制和代谢通路	研究未涉及IL-2长期治疗的安全性和有效性	探索IL-2在心血管疾病中的免疫调节作用及其治疗潜力	急性冠脉综合征患者的T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、T细胞受体分析	NA	单细胞RNA测序数据	急性冠脉综合征患者
126	2025-06-21	Single-Cell Analysis Reveals Fibroblast-Derived Migrasomes as CXCL12 Carriers Promoting Skin Wound Repair 2025-Jun, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70112 PMID:40527746	research paper	该研究揭示了成纤维细胞来源的迁移体作为CXCL12载体促进皮肤伤口修复的机制	首次报道迁移体在组织修复中的作用，并发现其通过传递CXCL12促进伤口愈合	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探索迁移体在皮肤伤口修复中的作用及其机制	人类和大鼠皮肤、口腔黏膜的成纤维细胞、HaCaT细胞、角质形成细胞和内皮细胞	细胞生物学	皮肤创伤	超分辨率共聚焦显微镜、聚焦离子束扫描电子显微镜、多重免疫荧光染色、活细胞成像、单细胞测序	NA	图像、测序数据	人类和大鼠皮肤及口腔黏膜样本
127	2025-06-21	Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654940 PMID:40475580	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病自然病程中胰腺及胰腺淋巴结的炎症反应	首次在1型糖尿病胰腺和区域淋巴结中发现淋巴毒素-β特征，并整合单细胞RNA测序数据进行多尺度分析	样本来源仅限于人类组织，未涉及动物模型验证	揭示1型糖尿病发病机制中的组织特异性炎症特征	非糖尿病患者和具有高易感性的非糖尿病自身抗体阳性个体的胰腺及胰腺淋巴结组织	数字病理学	1型糖尿病	空间转录组学(ST)，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	空间转录组数据	未明确说明具体样本数量（包含非糖尿病患者和高风险个体）
128	2025-06-21	Identification of core genes in acute kidney injury: evidence from multi-omics human transcriptomic data and in vivo models 2025-May-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2024-677 PMID:40529024	研究论文	通过整合多组学数据和实验验证，识别急性肾损伤（AKI）的核心基因并探索其机制	结合人类转录组数据和体内模型，识别出三个与AKI表型和临床肾脏参数显著相关的核心基因（EGF、VCAM1和SUGCT），并揭示了SUGCT在近端小管线粒体代谢和免疫平衡中的作用	样本量相对较小（67例AKI患者和20例对照），且仅在小鼠模型中进行了验证	识别AKI的核心基因并探索其机制，为诊断和治疗提供潜在靶点	急性肾损伤（AKI）患者和小鼠模型	生物信息学	急性肾损伤	转录组分析、WGCNA、CIBERSORT、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	nomogram模型	转录组数据	67例AKI患者和20例对照，以及小鼠模型
129	2025-06-21	Development of a prognostic model for overall survival in neuroblastoma based on Schwann cell-specific genes, clinical predictors, and MYCN amplification 2025-May-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-2048 PMID:40530123	研究论文	本研究开发了一个结合施万细胞特异性基因、临床因素和肿瘤微环境的神经母细胞瘤预后模型，以提高预测准确性和临床相关性	首次将施万细胞特异性基因与临床因素和肿瘤微环境结合，构建神经母细胞瘤预后模型	模型在测试集中的表现略低于训练集，可能需要更多数据验证	开发更准确的神经母细胞瘤总体生存预后模型	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	scRNA-seq, WGCNA, UMAP, Cox回归分析	预后预测模型	基因表达数据, 临床数据	训练集238例, 测试集106例, 单细胞数据16例患者(160,910个细胞)
130	2025-06-21	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-May-27, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性及其临床意义	提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性作为治疗挑战的新视角	这些机制的临床意义尚不明确，且相关数据有限	理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其影响	耳念珠菌	微生物学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
131	2025-06-21	3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.653559 PMID:40475416	研究论文	通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体	开发了一种新型3D器官样体模型，该模型同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程	未提及具体的样本量或实验重复次数	研究人脑发育和神经系统疾病中内皮细胞与神经细胞的相互作用	人iPSC衍生的胚胎体	干细胞与再生医学	神经系统疾病	scRNA-Seq, RNA-Seq, siRNA处理	3D器官样体模型	基因表达数据	NA
132	2025-06-21	Efficient profiling of total RNA in single cells with STORM-seq 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.03.14.484332 PMID:40475517	研究论文	本文介绍了一种名为STORM-seq的新型单细胞总RNA测序技术，能够高效检测非编码转录本、全长RNA覆盖并解析转录本水平的复杂性	STORM-seq是一种使用标准实验室设备的随机六聚体引物、核糖体减少的单细胞总RNA测序协议，能够构建迄今为止复杂度最高的scRNA-seq文库，并准确测量单细胞中的转录异构体和临床相关基因融合	NA	开发一种高效的单细胞总RNA测序技术，以解决现有技术在检测非编码转录本、全长RNA覆盖和解析转录本复杂性方面的不足	单细胞中的总RNA，包括非编码转录本、转录异构体、基因融合、转座子元件(TEs)和增强子RNA(eRNAs)	基因组学	NA	sc-total-RNA-seq	NA	RNA测序数据	人类输卵管上皮细胞
133	2025-06-21	Pseudoassembly of k-mers 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.11.653354 PMID:40463286	研究论文	介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法	提出了一种名为klue的程序，能够将k-mers组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列	NA	识别基因组序列中的变异	小鼠黑色素瘤模型中的单细胞RNA-seq数据	基因组学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	NA	基因组序列	NA
134	2025-06-21	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-May-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系谱系，恢复能够支持黏膜愈合的巨噬细胞群体，并发现了CD患者造血干细胞（HSCs）的功能异质性	样本量较小（n=19），且研究结果主要基于小鼠异种移植模型，需进一步临床验证	理解SCT后免疫系统重建机制，探索SCT作为细胞疗法恢复免疫细胞功能的潜力	难治性克罗恩病成人患者（n=19）的血液和肠道样本及HSCs	细胞治疗	克罗恩病	CyTOF、scRNA-seq、小鼠异种移植模型	NA	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞数据	19例难治性CD患者
135	2025-06-21	Single-cell transcriptome atlas of spontaneous dry age-related macular degeneration in macaques 2025-May, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.028 PMID:40528953	研究论文	构建了老年非人灵长类动物自发性干性年龄相关性黄斑变性（SD-AMD）的单细胞视网膜转录图谱，揭示了SD-AMD的分子机制	首次在非人灵长类动物模型中构建SD-AMD的单细胞转录图谱，并发现铁稳态破坏和铁死亡在SD-AMD发病中的作用	研究主要基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究自发性干性年龄相关性黄斑变性（SD-AMD）的分子机制	老年非人灵长类动物的视网膜组织	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	老年非人灵长类动物的视网膜组织样本
136	2025-06-21	Advances and challenges in cell-cell communication inference: a comprehensive review of tools, resources, and future directions 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf280 PMID:40536815	综述	本文全面回顾了细胞间通信推断的工具、资源和未来方向，总结了当前的研究现状和挑战	整合了100多种生物信息学工具和近50种资源，创建了集中式网络平台CCC-Catalog	工具和资源的多样性和差异性给用户选择带来挑战，当前方法仍存在局限性和未解决的问题	总结细胞间通信分析的研究现状，提供未来发展方向	单细胞和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
137	2025-06-21	Stratifin is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	本研究探讨了Stratifin（SFN）在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的作用	首次揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在主细胞转分化和SPEM发展中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	阐明SFN在胃黏膜损伤修复过程中主细胞转分化的分子机制	小鼠胃主细胞和SPEM细胞	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序，免疫组化	Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	基因表达数据，组织学图像	转基因小鼠模型
138	2025-06-21	In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate 2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.10.579748 PMID:38405728	research paper	研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生	揭示了特定气味经验能选择性‘放大’特定嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的神经元发生部分具有适应性功能	研究仅在小鼠中进行，未涉及其他哺乳动物	探究嗅觉刺激如何及为何加速某些嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率	小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs）	神经科学	NA	scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期标记	NA	基因表达数据	小鼠
139	2025-06-21	Spatially resolved transcriptomics reveal the determinants of primary resistance to immunotherapy in NSCLC with mature tertiary lymphoid structures 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101934 PMID:39909044	研究论文	该研究通过空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了非小细胞肺癌(NSCLC)中成熟三级淋巴结构(mTLSs)阳性患者对免疫检查点抑制剂(ICIs)原发性耐药的决定因素	发现了两种特定的癌症相关成纤维细胞(CAFs)亚群在mTLS阳性NSCLC中对ICIs原发性耐药的关键作用，并揭示了这些CAFs与免疫排斥、CD8 T细胞耗竭和调节性CD4 T细胞浸润增加的关联	研究样本量虽然较大(n=509)，但可能仍不足以覆盖所有NSCLC亚型	揭示mTLS阳性NSCLC患者对ICIs原发性耐药的决定因素，以提高免疫治疗效果	非小细胞肺癌(NSCLC)患者，特别是mTLS阳性且接受ICI治疗的患者	数字病理学	肺癌	空间转录组学、多重免疫荧光(mIF)	NA	转录组数据、免疫荧光图像	509名来自BIP研究(NCT02534649)的NSCLC患者
140	2025-06-21	High expression of CCL3/CCL4/CCL5/CCR5 promotes exhausted CD8+ T cells terminal differentiation and is associated with poor prognosis in pediatric B-ALL patients 2025 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology IF:3.0Q2 DOI:10.1177/03946320251346823 PMID:40522146	research paper	本研究旨在识别B-ALL细胞与耗竭CD8 T细胞之间差异上调的配体-受体相互作用，并基于CCL3/CCL4/CCL5表达水平开发多变量Cox回归模型预测儿童B-ALL患者的总生存期	首次报道了CCL3/CCL4/CCL5-CCR5轴在B-ALL中终末耗竭CD8 T细胞分化中的关键作用，并开发了一个创新的分层模型整合CCL3、CCL4和CCL5通过多Cox回归预测预后	研究样本量有限，且模型在成人B-ALL患者中的验证需要进一步扩大样本量	探索B-ALL细胞与耗竭CD8 T细胞的相互作用及其对预后的影响，开发预测模型	儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者	生物医学	B细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）	多变量Cox回归模型	RNA测序数据	221例儿童B-ALL样本及部分成人B-ALL患者样本