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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-11-11 |
The multifaceted roles of non-coding RNAs in cell-cell communication in cardiovascular health and disease
2025-Nov-07, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01484-w
PMID:41204346
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综述 | 探讨非编码RNA在心血管系统细胞间通讯中的多重作用及其在心脏发育、功能和疾病进展中的调控机制 | 系统对比已确立的microRNA通讯机制与新兴长链非编码RNA的重要性,并强调测序技术对解析非编码RNA通讯网络的革新性贡献 | 长链非编码RNA及其载体在心脏细胞间信号传导中的作用研究不足,非编码RNA摄取机制及其影响的理解存在空白 | 阐明非编码RNA通过细胞外囊泡等载体介导心血管系统细胞间通讯的分子机制 | 心血管系统中的非编码RNA(包括microRNA和长链非编码RNA)及其载体(细胞外囊泡、RNA结合蛋白、脂蛋白复合物) | 自然语言处理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 122 | 2025-11-11 |
Identification of gene modules associated with B cell activation and tissue remodeling in primary Sjögren's syndrome
2025-Nov-07, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00765-w
PMID:41204409
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析识别与原发性干燥综合征中B细胞激活和组织重塑相关的基因模块 | 首次应用高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)和scRank方法在单细胞水平解析pSS的基因调控网络 | 样本量较小(仅3例患者和3例对照), 需要未来功能验证 | 探索pSS中B细胞相关基因模块并发现新的治疗靶点 | 原发性干燥综合征患者的唇唾液腺细胞 | 单细胞转录组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, Gene Ontology富集分析 | hdWGCNA, scRank | 单细胞基因表达数据 | 32,337个细胞(来自3例pSS患者和3例健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2025-11-11 |
Endothelial septin 4 reduction contributes to lipopolysaccharide-induced acute lung injury by disrupting endothelial barrier integrity and promoting infiltration of ISG+ cells
2025-Nov-07, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148790
PMID:41207585
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和内皮特异性SEPT4条件性敲除小鼠模型,揭示了内皮细胞中septin 4减少通过破坏内皮屏障完整性和促进ISG+细胞浸润导致急性肺损伤的机制 | 首次阐明SEPT4在内皮细胞中的特异性分布及其在急性肺损伤中通过调节内皮屏障功能和免疫细胞浸润的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明内皮特异性septins在急性肺损伤中的作用和机制 | 小鼠肺组织、内皮细胞、成纤维细胞和ISG+免疫细胞 | 单细胞生物学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序、条件性基因敲除、组织病理学分析 | NA | 单细胞转录组数据、组织病理图像、蛋白质表达数据 | 小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 124 | 2025-11-11 |
Transcriptomic plasticity of cholinergic adipose macrophages in the acute thermogenic response
2025-Nov-07, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110925
PMID:41207622
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胆碱能脂肪巨噬细胞在急性冷暴露下的转录组可塑性及其混合起源 | 首次在单细胞水平系统揭示胆碱能脂肪巨噬细胞的转录组动态特征和混合胚胎/成体骨髓起源 | 研究仅基于小鼠模型,人类相关性尚需验证;机制性研究不足 | 探究胆碱能脂肪巨噬细胞在急性产热反应中的转录组特征和细胞起源 | 小鼠皮下白色脂肪组织中的ChAT-eGFP+胆碱能细胞 | 单细胞转录组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠皮下白色脂肪组织样本(热中性和急性冷暴露条件) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 125 | 2025-11-11 |
Single-cell RNA sequencing in high-burden viral respiratory infections: Decoding immune cell subsets and immune-related differential gene expression
2025-Nov, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
DOI:10.1016/j.meegid.2025.105834
PMID:40998072
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在研究高负担病毒性呼吸道感染免疫反应中的应用 | 系统总结了scRNA-seq在识别新型免疫细胞亚群和发现免疫相关生物标志物方面的突破性发现 | 在其他微生物来源的呼吸道感染中应用有限 | 解析高负担病毒性呼吸道感染的免疫细胞图谱和差异基因表达 | 人类外周血、支气管肺泡灌洗液、小鼠肺组织和移植组织 | 单细胞组学 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2025-11-11 |
Spatiotemporal gene expression and cellular dynamics of the developing human heart
2025-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02352-6
PMID:41162788
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研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组学结合成像验证,揭示了人类早期心脏发育的分子图谱和细胞动态 | 首次提供了人类早期心脏发育的高分辨率转录组图谱,揭示了心脏起搏传导系统、心脏瓣膜和房间隔形成的分子机制,并发现了心脏间充质细胞的意外多样性 | 研究时间窗口仅限于受孕后5.5至14周,可能无法覆盖心脏发育的完整过程 | 探索人类心脏发育过程中的时空基因表达模式和细胞动态变化 | 人类早期发育心脏组织(受孕后5.5-14周) | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,单细胞转录组学,成像验证 | NA | 空间转录组数据,单细胞转录组数据,成像数据 | 受孕后5.5至14周的人类心脏发育样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 127 | 2025-11-11 |
CXCR6 sustains TRM-driven psoriasis relapse by CXCL16 chemotaxis and curcumol targeting
2025-Nov-01, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.10.066
PMID:41177431
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研究论文 | 本研究揭示CXCR6/CXCL16轴通过调控组织驻留记忆T细胞(TRM)介导银屑病复发,并证实姜黄醇可通过靶向该轴抑制疾病复发 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和CXCR6基因敲除模型,系统阐明CXCR6/CXCL16轴在TRM细胞维持和银屑病复发中的核心调控机制,并发现姜黄醇的靶向治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床样本验证相对有限,姜黄醇的临床转化效果需进一步验证 | 阐明CXCR6/CXCL16轴在银屑病复发中的作用机制并探索靶向治疗策略 | 银屑病患者临床样本、imiquimod诱导的小鼠银屑病模型、TRM细胞 | 单细胞生物学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, 免疫荧光, 基因敲除 | CXCR6基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 细胞表型数据 | 未明确样本数量,包含临床样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 128 | 2025-11-11 |
Osteoarthritis year in review 2025: Genetics, genomics, and epigenetics
2025-Nov, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.08.004
PMID:40848985
|
综述 | 本文回顾了2024-2025年间骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学研究领域的重要进展 | 收录了迄今最大规模的骨关节炎遗传学研究,整合了染色质可及性图谱、单细胞RNA测序和空间转录组学等多种方法 | 仅选取了顶级风湿病学期刊的文献,可能遗漏其他重要研究 | 总结骨关节炎在遗传学、基因组学和表观遗传学领域的研究进展 | 骨关节炎相关研究文献 | 基因组学 | 骨关节炎 | 染色质可及性图谱、单细胞RNA测序、空间转录组学分析 | NA | 文献数据 | 从2240篇文献中筛选出42篇进行重点讨论 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 129 | 2025-11-11 |
Multi-modal spatial characterization of tumor immune microenvironments identifies targetable inflammatory niches in diffuse large B cell lymphoma
2025-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02353-5
PMID:41120574
|
研究论文 | 本研究通过多模态空间技术系统表征弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤免疫微环境 | 首次定义了DLBCL中七个不同的细胞生态位,揭示了细胞组成、空间组织和细胞间通讯的独特模式 | 样本量相对有限(78个肿瘤),且主要关注空间特征而功能验证不足 | 系统解析DLBCL肿瘤免疫微环境的空间结构和细胞相互作用 | 78个弥漫性大B细胞淋巴瘤肿瘤样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学,空间蛋白质组学,基因组分析 | NA | 空间转录组数据,空间蛋白质组数据,基因组数据 | 78个DLBCL肿瘤 | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 130 | 2025-11-11 |
Integrated Multiomics Analysis and Mendelian Randomization Identify SIRT1 as a Pivotal Aging-Associated Gene in Meningioma
2025-Nov, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70072
PMID:41208649
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研究论文 | 通过整合多组学分析和孟德尔随机化方法,鉴定SIRT1作为脑膜瘤中与衰老相关的关键基因 | 首次将衰老相关基因与脑膜瘤发病机制联系起来,并通过多种算法和单细胞RNA测序验证SIRT1的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,需要进一步实验验证 | 探索脑膜瘤中与衰老相关的分子机制 | 脑膜瘤组织和健康脑组织 | 生物信息学 | 脑膜瘤 | 转录组分析,单细胞RNA测序,qRT-PCR,Western blot | LASSO,SVM,MCODE,ssGSEA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 多个GEO数据集(GSE43290, GSE54934, GSE77259, GSE183655) | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
| 131 | 2025-11-11 |
A machine learning framework using urinary biomarkers for pancreatic ductal adenocarcinoma prediction with post hoc validation via single-cell transcriptomics
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf583
PMID:41212589
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研究论文 | 开发基于尿液生物标志物和人口统计学数据的机器学习框架用于胰腺导管腺癌预测,并通过单细胞转录组学进行验证 | 首次将尿液生物标志物与人口统计学数据结合用于PDAC预测,并采用单细胞RNA测序验证生物标志物的表达意义 | 需要在不同数据集上进一步验证框架有效性,尚未整合其他组学数据 | 开发早期准确诊断胰腺导管腺癌的预测模型 | 胰腺导管腺癌患者尿液生物标志物和人口统计学数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 深度学习 | 深度学习, 机器学习 | 生物标志物数据, 人口统计学数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 132 | 2025-11-11 |
ProjectSVR: mapping single-cell RNA-seq data to reference atlases by supported vector regression
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf586
PMID:41212590
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研究论文 | 提出一种基于支持向量回归的单细胞RNA测序数据参考图谱映射方法ProjectSVR | 将参考图谱映射问题构建为多目标回归任务,采用集成支持向量回归方法实现平台无关和集成无关的映射 | 需要依赖构建良好的参考图谱,在缺乏合适参考图谱的情况下适用性受限 | 开发单细胞RNA测序数据的参考图谱映射方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 支持向量回归(SVR) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 133 | 2025-11-11 |
Spatial Transcriptomics Reveals Injured Cells, Signature Genes, and Communication Patterns in the Cyst Microenvironment of Polycystic Kidney Disease
2025-Oct-10, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000894
PMID:41071604
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 134 | 2025-11-11 |
Exploring Sex Differences in Type 2 Diabetes via a Male-Dominant Beta-Cell Cluster from Single-Cell Pancreatic Sequencing of Public Datasets
2025-Oct, Endocrinology and metabolism (Seoul, Korea)
DOI:10.3803/EnM.2025.2297
PMID:40389209
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研究论文 | 通过分析公共单细胞数据集发现男性主导的β细胞簇,揭示2型糖尿病性别差异的分子机制 | 首次在2型糖尿病患者中识别出男性主导的β细胞亚群,该亚群具有独特的基因表达模式和细胞通讯特征 | 研究基于公共数据集,样本来源受限;需要进一步实验验证功能机制 | 探索2型糖尿病性别差异的分子基础 | 2型糖尿病患者的胰腺β细胞 | 单细胞基因组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序,轨迹推断,差异基因表达分析,基因集富集分析,细胞通讯分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据 | 四个公共数据集整合的2型糖尿病患者胰腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2025-11-11 |
Expression of marker genes to assess the spermatogenic capacity in patients with idiopathic non-obstructive azoospermia
2025-Oct, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03584-5
PMID:40681857
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研究论文 | 本研究开发了一种基于单细胞RNA测序的定量方法,用于评估特发性非梗阻性无精子症患者的睾丸生精能力 | 首次通过单细胞RNA测序技术开发了生精能力评分系统,并识别出与生精潜力相关的关键基因标记物 | 样本量相对较小(18名iNOA患者),需要在更大群体中进一步验证 | 开发评估特发性非梗阻性无精子症患者睾丸生精能力的定量方法 | 特发性非梗阻性无精子症患者 | 单细胞转录组学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序,RT-qPCR | 模糊聚类,基因表达趋势分析 | 单细胞基因表达数据 | 18名iNOA患者,近4000个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 136 | 2025-11-11 |
Single-cell sequencing analysis and multiple machine learning methods identified immune-associated SERPINB1 and CPEB4 as novel biomarkers for COVID-19-induced ARDS
2025-Sep-02, Die Naturwissenschaften
DOI:10.1007/s00114-025-02016-9
PMID:40892227
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研究论文 | 通过单细胞测序分析和多种机器学习方法鉴定SERPINB1和CPEB4作为COVID-19诱发ARDS的新型免疫相关生物标志物 | 首次通过整合单细胞RNA测序和三种机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、随机森林)识别出COVID-19诱发ARDS的新型免疫相关生物标志物 | 研究基于公共数据集,需要进一步实验验证 | 识别COVID-19诱发急性呼吸窘迫综合征的有效分子生物标志物 | COVID-19诱发的急性呼吸窘迫综合征患者 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 加权基因共表达网络分析 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | RNA测序数据 | 来自三个公共数据集(GSE172114、GSE149878、GSE213313)的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2025-11-11 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
|
综述 | 回顾基于图像的细胞表型分析领域的技术进展与新兴挑战 | 深度学习彻底重塑了基于图像的细胞表型分析,改进了特征提取、可扩展性和多模态数据整合能力 | 该领域仍面临需要创新解决方案的重大挑战 | 为研究人员提供导航这一快速发展领域进展和新挑战的路线图 | 基于图像的细胞表型分析技术 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像技术 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | 单细胞分析 | NA | NA |
| 138 | 2025-11-11 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组技术解码HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的细胞应激状态 | 应用TempO-LINC平台系统分析多种化学物质诱导的细胞应激反应通路,揭示细胞亚群异质性应激表型 | 仅使用HepaRG细胞系,未涉及原代细胞或体内模型 | 开发基于单细胞转录组学的毒理学细胞应激状态解码方法 | HepaRG肝细胞系 | 单细胞组学 | 毒理学 | 单细胞转录组测序 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 约40,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC | TempO-LINC单细胞转录组平台 |
| 139 | 2025-11-11 |
Screening of Candidate Inflammatory Markers of Epithelial Cells in Hepatocellular Carcinoma based on Integration Analysis of TCGA/ICGC Databases and Single-cell Sequencing
2025, Recent patents on anti-cancer drug discovery
IF:2.5Q3
|
研究论文 | 本研究通过整合分析TCGA/ICGC数据库和单细胞测序数据,筛选肝细胞癌上皮细胞中的炎症标志物并探索潜在治疗药物 | 首次结合多数据库转录组数据和单细胞测序技术系统分析肝细胞癌上皮细胞炎症反应机制,并通过虚拟筛选发现NADH和Deferoxamine可与炎症蛋白VIP稳定结合 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内实验验证 | 探究肝细胞癌中炎症刺激下特定细胞簇的表达谱,识别潜在治疗药物 | 肝细胞癌上皮细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,虚拟筛选,分子动力学模拟 | 预后模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | TCGA、ICGC和GEO数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 140 | 2025-11-11 |
Repetitive Trans-spinal Magnetic Stimulation Suppresses Microglia to Engulf Synapse and Promotes Nerve Repairment via cGAS-STING Signaling Pathway after Spinal Cord Injury
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.114428
PMID:41208875
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研究论文 | 本研究探讨重复经脊髓磁刺激通过cGAS-STING信号通路调控小胶质细胞突触吞噬功能促进脊髓损伤后神经修复的机制 | 首次揭示rTSMS通过抑制cGAS-STING通路调控小胶质细胞突触吞噬功能促进神经修复的新机制 | 研究主要基于大鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究重复经脊髓磁刺激在脊髓损伤修复中的作用机制 | 脊髓损伤大鼠模型 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, western blotting, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像, 行为学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |