单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-04	Accurate fusion transcript identification from long- and short-read isoform sequencing at bulk or single-cell resolution 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279200.124 PMID:40086881	研究论文	开发了一种新的计算工具CTAT-LR-Fusion，用于从长读RNA测序中检测融合转录本，适用于批量或单细胞转录组	CTAT-LR-Fusion工具能够从长读RNA测序中高精度检测融合转录本，且支持批量或单细胞样本	未明确提及具体限制，但可能依赖于长读测序技术的可用性和数据质量	提高融合转录本检测的准确性，以支持癌症临床诊断、预后和治疗开发	批量或单细胞转录组数据，包括九种肿瘤细胞系和来自黑色素瘤及三种转移性高级别浆液性卵巢癌样本的肿瘤单细胞	生物信息学	癌症（包括黑色素瘤和卵巢癌）	长读RNA测序（可能包括ONT或PacBio）和短读RNA测序（Illumina）	CTAT-LR-Fusion（专有计算工具）	RNA测序数据	九种肿瘤细胞系的批量转录组数据，以及来自黑色素瘤和三种转移性高级别浆液性卵巢癌样本的单细胞数据
122	2025-05-04	Single-cell transcriptome analysis revealing mechanotransduction via the Hippo/YAP pathway in promoting fibroblast-to-myofibroblast transition and idiopathic pulmonary fibrosis development 2025-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149271 PMID:39855369	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示机械转导通过Hippo/YAP途径促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转变及特发性肺纤维化发展的分子机制	揭示了机械转导通过Hippo/YAP途径在肌成纤维细胞转化和特发性肺纤维化发展中的关键作用	研究主要基于体外细胞实验，未涉及动物模型验证	探索特发性肺纤维化发展的潜在分子机制	特发性肺纤维化患者的肺组织样本和健康个体的样本	数字病理	特发性肺纤维化	单细胞转录组测序、GO和KEGG富集分析、免疫荧光定位	NA	转录组数据、单细胞测序数据	IPF患者和健康个体的肺组织样本
123	2025-05-04	Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations 2025-Apr-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511 PMID:39841585	research paper	本研究探讨了肥胖、瘦身和体重减轻模型下TREM2缺陷对绝经后乳腺癌生长的影响，并揭示了TREM2缺陷在瘦小鼠中独特地抑制肿瘤生长的机制	揭示了TREM2缺陷在瘦小鼠中独特抑制肿瘤生长的机制，并发现体重历史影响TREM2抑制和抗PD-1治疗的疗效	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨肥胖与乳腺癌关联的机制及体重减轻的潜在益处	瘦、肥胖和体重减轻的小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、可变-多样-连接测序（VDJ测序）	小鼠模型	RNA测序数据、免疫细胞数据	多种饮食-基因型组合的小鼠样本
124	2025-05-04	Hypoxia Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer by Inducing POSTN+ Cancer-Associated Fibroblast Formation 2025-Apr, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23882 PMID:39835715	research paper	该研究探讨了缺氧如何通过诱导POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAF）的形成促进结直肠癌（CRC）的恶性进展	识别了与缺氧密切相关的POSTN+Fib CAF亚群，并开发了POSTNFib缺氧相关风险模型（PFHRM）用于预测CRC患者的生存和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索缺氧对结直肠癌免疫微环境的调控机制	结直肠癌患者和癌症相关成纤维细胞	digital pathology	colorectal cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, bioinformatics analysis	machine learning correlation model	RNA sequencing data, clinicopathological information	来自TCGA和GEO数据库的CRC患者数据
125	2025-05-04	Spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing revealed dendritic cell-mediated inflammation in keratoconus 2025-Apr, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.01.008 PMID:39837422	研究论文	本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了树突状细胞介导的炎症在圆锥角膜中的作用	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了圆锥角膜中复杂的区域性炎症变化及树突状细胞与基质细胞的相互作用机制	研究主要关注炎症机制，可能未全面覆盖圆锥角膜的其他病理因素	探究圆锥角膜的分子和细胞变化机制，特别是炎症反应的作用	圆锥角膜患者的角膜组织	数字病理学	圆锥角膜	空间转录组学, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
126	2025-05-04	Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021 PMID:39837455	研究论文	研究黄芪多糖在高脂饮食下通过富集罗伊氏乳杆菌和丙酸盐减轻急性胰腺炎严重程度的作用机制	揭示了黄芪多糖通过调节肠道菌群和抑制NF-κB/坏死性凋亡通路减轻急性胰腺炎的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究黄芪多糖对高脂饮食诱导的急性胰腺炎的保护作用及其机制	高脂饮食诱导的急性胰腺炎小鼠模型	消化系统疾病研究	急性胰腺炎	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	分子生物学数据、微生物组数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠模型
127	2025-05-04	Single-cell RNA sequencing reveals the role of immune-related autophagy in aseptic loosening of biomaterials bone-implant 2025-Apr, Biomaterials advances IF:5.5Q2 DOI:10.1016/j.bioadv.2025.214190 PMID:39842168	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了免疫相关自噬在生物材料骨植入物无菌性松动（AL）机制中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示AL组织中细胞景观，并发现自噬相关基因Ctsb在AL中下调，特别是在巨噬细胞中	未明确说明样本量大小及具体实验验证的详细数据	研究免疫相关自噬在生物材料骨植入物无菌性松动机制中的作用	AL组织中的免疫细胞亚群（巨噬细胞和中性粒细胞）	生物医学工程	骨科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
128	2025-05-04	M2 macrophages regulate nucleus pulposus cell extracellular matrix synthesis through the OPN-CD44 axis in intervertebral disc degeneration 2025-Apr, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.12.007 PMID:39842659	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成在椎间盘退变中的作用	揭示了巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成的新机制，为椎间盘退变的治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究巨噬细胞在椎间盘退变中的作用机制	巨噬细胞和髓核细胞	生物医学	椎间盘退变	单细胞转录组测序、免疫中和抗体和siRNA干扰	NA	转录组数据和细胞培养数据	人类髓核标本、腰椎不稳小鼠和纤维环穿刺小鼠
129	2025-05-04	Deciphering chondrocyte diversity in diabetic osteoarthritis through single-cell transcriptomics 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108356 PMID:39848169	research paper	通过单细胞转录组学解析糖尿病骨关节炎中软骨细胞的多样性	发现了一种新的软骨细胞亚群——'热休克'软骨细胞，并揭示了糖尿病骨关节炎中炎症通路的显著上调及细胞间信号传导的减弱	未提及样本量或实验设计的详细限制	阐明骨关节炎和糖尿病骨关节炎在细胞和分子机制上的差异	软骨细胞	digital pathology	骨关节炎, 糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
130	2025-05-04	Insulin-like growth factor 2 as a driving force for exponential expansion and differentiation of the neonatal thymus 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204347 PMID:40110795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胰岛素样生长因子2（IGF2）在新生儿胸腺扩张和分化中的关键作用	首次发现成纤维细胞衍生的IGF2在促进皮质胸腺上皮细胞增殖和分化中的核心作用，并揭示了其在胸腺生长转变中的严格调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限	探究胸腺从快速生长期向稳态转变的分子机制	小鼠和人类胸腺基质细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类胸腺组织
131	2025-05-04	Resolving spatiotemporal dynamics in bacterial multicellular populations: approaches and challenges 2025-Mar-27, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR IF:8.0Q1 DOI:10.1128/mmbr.00138-24 PMID:39853129	综述	本文综述了研究细菌多细胞群体时空动态的方法与挑战	强调了单细胞技术在细菌多细胞性研究中的创新应用，包括新型显微技术、质谱成像、流式细胞术、空间转录组学等	未提及具体技术的操作限制或数据解释的潜在偏差	探索细菌多细胞群体的组装与动态，理解个体细胞对集体功能的贡献	分化的细菌生物膜（菌落）中的个体细胞	微生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、显微技术、质谱成像、流式细胞术、微流体培养系统	NA	单细胞时空转录组数据、显微图像	未明确样本量，聚焦于技术方法而非具体实验样本
132	2025-05-04	Identify and analyze ferroptosis-related molecular modules and immune signatures in epilepsy using microarray-based transcriptome profiling and single-cell sequencing 2025-Mar-20, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149227 PMID:39848347	research paper	通过微阵列转录组分析和单细胞测序技术，研究癫痫中铁死亡相关分子模块和免疫特征的识别与分析	首次结合两种机器学习算法识别出癫痫中铁死亡相关的三个Hub基因（RELA、TFRC、QSOX1），并通过单细胞分析揭示了SPP1信号通路在星形胶质细胞和小胶质细胞中的过度激活	研究主要基于公开数据库的数据，可能需要进一步实验验证	探索癫痫中铁死亡相关基因的分子机制和免疫学特征	癫痫患者的血液和脑组织样本	生物信息学	癫痫	微阵列转录组分析、单细胞测序、RT-qPCR、Western Blot	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的癫痫血液和脑组织数据集
133	2025-05-04	The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity 2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240776 PMID:39841133	研究论文	研究XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留记忆T细胞（TRM）形成和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了XCL1-XCR1轴在指导肠道CD8+ TRM空间分化和肿瘤控制中的非细胞自主作用	未明确XCL1-XCR1轴在其他组织或疾病模型中的作用	探究TRM分化和功能的细胞间相互作用机制	小鼠遗传模型、人类肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和TRM	免疫学	肿瘤	靶向空间转录组学	NA	转录组数据	NA
134	2025-05-04	Novel Meningoencephalomyelitis Associated With Vimentin IgG Autoantibodies 2025-Mar-01, JAMA neurology IF:20.4Q1 DOI:10.1001/jamaneurol.2024.4763 PMID:39836414	研究论文	本研究描述了一种与抗波形蛋白IgG自身抗体相关的新型脑膜脑脊髓炎综合征	首次在未分型的脑膜脑脊髓炎患者中发现针对星形胶质细胞中间丝蛋白波形蛋白的自身抗体	样本量较小（14例患者），且为回顾性研究	鉴定中枢神经系统自身免疫性疾病中未知的星形胶质细胞自身抗体	未分型中枢神经系统自身免疫性疾病患者	神经免疫学	脑膜脑脊髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于细胞的检测、基于组织的检测	NA	临床数据、影像学数据、实验室检测数据	14例患者（10例女性，中位年龄33岁）
135	2025-05-04	Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009 PMID:39837466	review	本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点介绍了数据处理和分析方法	通过保留细胞的空间定位信息，空间转录组学技术提供了传统转录组学方法无法获得的组织结构和细胞相互作用的关键见解	NA	探讨空间转录组学技术在过敏和炎症研究中的应用及其对疾病机制理解的贡献	过敏和炎症相关疾病（如特应性皮炎和慢性阻塞性肺病）中的细胞网络和相互作用	digital pathology	allergy and inflammation	spatial transcriptomics	NA	gene-level expression data with spatial localization	NA
136	2025-05-04	Targeting MAPK14 by Lobeline Upregulates Slurp1-Mediated Inhibition of Alternative Activation of TAM and Retards Colorectal Cancer Growth 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407900 PMID:39840525	research paper	该研究探讨了洛贝林通过靶向MAPK14上调Slurp1介导的TAM替代激活抑制，从而延缓结直肠癌生长的机制	发现洛贝林通过Slurp1依赖性方式发挥抗肿瘤作用，并揭示其通过抑制MAPK14核转位增强SLURP1转录和分泌的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索结直肠癌免疫抑制微环境的调控机制及潜在治疗策略	结直肠癌小鼠模型、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、Slurp1蛋白	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	scRNA-seq分析、靶向响应可及性分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠肿瘤模型进行研究
137	2025-05-04	Syringin inhibits the crosstalk between macrophages and fibroblast-like synoviocytes to treat rheumatoid arthritis via PDE4 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156401 PMID:39842374	研究论文	研究探讨了丁香苷（SRG）通过抑制巨噬细胞和成纤维样滑膜细胞（FLS）之间的相互作用，以及调节PDE4来治疗类风湿性关节炎（RA）的机制	首次整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析和体内外验证，揭示了SRG通过阻断巨噬细胞与RA-FLS的相互作用发挥抗RA作用，并确定了PDE4在其中的核心作用	SRG在体外对RA-FLS无直接影响，其作用依赖于巨噬细胞的调节	探究SRG抗RA的药理机制	胶原诱导性关节炎（CIA）大鼠模型、THP-1细胞、RA-FLS	药理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CIA大鼠模型	基因表达数据、细胞培养数据	NA
138	2025-05-04	Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08466-x PMID:39843748	研究论文	本研究探讨了小肠组织中组织驻留记忆CD8 T细胞的多样性及其空间和时间印记	利用空间转录组学和小鼠模型揭示了小肠不同组织微环境如何驱动T细胞表型异质性	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能不完全反映人类T细胞多样性的全部情况	揭示组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的起源和调控机制	小肠组织中的组织驻留记忆CD8 T细胞	免疫学	NA	空间转录组学、单转录本分辨率分析、光学编码基因扰动策略	NA	转录组数据、空间定位数据	人类样本和小鼠模型
139	2025-05-04	Monocyte-Derived cxcl12 Guides a Directional Migration of Blood Vessels in Zebrafish 2025-Mar, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321588 PMID:39846165	研究论文	本研究揭示了斑马鱼胸鳍血管定向迁移的分子机制，发现单核细胞来源的Cxcl12a引导血管定向生长	首次发现gata1阳性单核细胞表达Cxcl12a，并证实其引导斑马鱼胸鳍血管与节间血管的长距离迁移和吻合	研究仅针对斑马鱼模型，尚未在高等脊椎动物中验证	探索血管定向生长的分子调控机制	斑马鱼胸鳍血管系统	发育生物学	NA	活体成像分析、全标本原位杂交、荧光原位杂交、单细胞测序	NA	影像数据、基因表达数据、单细胞测序数据	斑马鱼胚胎模型
140	2025-05-04	Assessing spatial sequencing and imaging approaches to capture the molecular and pathological heterogeneity of archived cancer tissues 2025-Mar, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6383 PMID:39846232	研究论文	评估空间转录组学和成像方法在捕捉存档癌症组织分子和病理异质性方面的应用	优化了两种基于测序的空间转录组学协议，使其适用于具有挑战性的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织，并评估了多种成像方法在量化肿瘤异质性方面的表现	研究的组织样本存储时间跨度较大（4至14年），RNA质量不一，可能影响结果的稳定性	探索空间转录组学在解密存档癌症组织异质性中的应用	存档的皮肤福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织	数字病理学	癌症	空间转录组学（ST）、RNAScope单分子成像、CODEX多重蛋白成像	NA	RNA表达谱、蛋白质成像数据	覆盖存储时间4至14年的FFPE组织样本，RNA质量不一