单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-23	miR-190 is a Key Regulator in Establishing Cell Polarity and Specification in the Drosophila Nervous System 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656688 PMID:40501908	研究论文	本文发现miR-190在果蝇神经系统细胞极性和分化中起关键调控作用	首次揭示miR-190通过调控Par复合体和基底决定因子的定位来建立神经母细胞极性和命运决定	研究仅限于果蝇胚胎神经系统，尚未在哺乳动物系统中验证	探究miR-190在神经母细胞不对称分裂和命运决定中的分子机制	果蝇胚胎神经母细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、转录组分析、qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	NA
42	2025-06-23	Multitissue single-cell analysis reveals differential cellular and molecular sensitivity between fructose and high-fat high-sucrose diets 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115690 PMID:40349341	研究论文	通过多组织单细胞分析揭示了果糖和高脂高糖饮食在细胞和分子敏感性上的差异	首次在单细胞水平上比较了高脂高糖饮食和果糖饮食对不同组织和细胞类型的影响，并发现mt-Rnr2作为共同调节因子	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	阐明不同饮食诱导代谢综合征的细胞和分子机制	小鼠的下丘脑、肝脏、脂肪组织和小肠	单细胞测序	代谢综合征	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠的多个组织样本
43	2025-06-23	NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes 2025-May-08, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110206 PMID:40345585	研究论文	本研究探讨了NOTCH2信号在软骨细胞中对转录组和细胞群体的影响，特别是在炎症反应和骨关节炎中的作用	揭示了NOTCH2通过改变软骨细胞和关节滑膜成纤维细胞的转录组，增强炎症相关通路的活动	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病	探究NOTCH2信号如何修改转录组和细胞群体，及其在骨关节炎中的作用	小鼠的软骨细胞和关节滑膜成纤维细胞	分子生物学	骨关节炎	RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	转录组数据	两种功能获得性突变小鼠模型的原代骺细胞
44	2025-06-23	Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis 2025-Mar-29, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01623-8 PMID:40156736	研究论文	通过全基因组分析揭示前列腺癌中的体细胞遗传驱动因素	识别了150个与前列腺癌有因果关联的基因，其中MSMB基因在所有四项评估中均表现出一致性	仅44.67%的基因在TCGA数据集与孟德尔随机化分析中结果一致	探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素	前列腺癌相关基因	基因组学	前列腺癌	eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA-seq、共定位分析	NA	基因组数据、表达数据	UK Biobank（9131病例和173,493对照）、PRACTICAL研究（79,148病例和61,106对照）、FinnGen队列（13,216病例和119,948对照）
45	2025-06-23	Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010871 PMID:40050043	研究论文	探讨三阴性乳腺癌肝转移患者化疗效果较差的免疫微环境机制	揭示了肝转移瘤中CD8+T细胞浸润受阻和巨噬细胞活化降低导致化疗效果差的机制，并提出NET抑制剂或巨噬细胞激活剂与化疗联用的新策略	研究主要基于小鼠模型和公共数据库的单细胞RNA测序数据，需要在临床样本中进一步验证	阐明三阴性乳腺癌肝转移化疗效果差的免疫微环境机制	三阴性乳腺癌肝转移瘤和原发瘤	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、伤口愈合实验、集落形成实验	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据、图像数据	公共数据库单细胞RNA测序数据和小鼠模型
46	2025-06-23	SenSkin™: a human skin-specific cellular senescence gene set 2025-Feb-25, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01568-y PMID:39998731	research paper	该研究开发并验证了一个名为SenSkin™的人类皮肤特异性细胞衰老基因集，用于更有效地检测皮肤中的衰老细胞	开发了首个针对人类皮肤的细胞衰老特异性基因集SenSkin™，并通过多种RNA测序数据集验证其在时间衰老和光老化中的有效性	研究主要基于现有文献和有限的数据集验证，可能未涵盖所有皮肤细胞类型或衰老条件	开发并验证一个皮肤特异性的细胞衰老基因集，以提高皮肤衰老细胞检测的敏感性和特异性	人类皮肤细胞及其在时间衰老和光老化过程中的基因表达变化	生物信息学	皮肤老化	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个RNA测序数据集（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集）
47	2025-06-23	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Feb-20, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次揭示了紫杉醇诱导的内皮细胞衰老通过转录变化和细胞间信号改变驱动血脑屏障功能障碍的分子机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何影响血脑屏障完整性的基因表达模式	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	转录组学	化疗引起的认知障碍	scRNA-seq	小鼠模型	转录组数据	紫杉醇处理组和对照组小鼠的脑组织样本
48	2025-06-23	A multi-omic single-cell landscape of the aging mouse ovary 2025-Feb-11, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01556-2 PMID:39934558	研究论文	本研究通过结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，描绘了小鼠年轻和年老卵巢的单细胞多组学图谱，揭示了卵巢衰老过程中的细胞类型特异性分子特征	首次利用单细胞多组学数据揭示了小鼠卵巢衰老过程中七种主要细胞类型的转录变化及其调控元件，特别是发现了间质细胞中TGF-β信号通路和颗粒细胞中内质网应激的转录改变	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究卵巢衰老的分子机制，为理解女性年龄相关生育功能障碍提供基础	年轻和年老小鼠的卵巢组织	单细胞组学	生殖系统衰老	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	年轻和年老小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明）
49	2025-06-23	Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts 2025-Jan-18, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01507-x PMID:39826027	研究论文	研究机械张力如何通过细胞培养基质刚度影响衰老细胞标志物和分泌表型	揭示了机械张力对衰老细胞标志物和分泌表型的独特影响，特别是在高刚度条件下	研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨机械力如何影响细胞衰老及其分泌表型	人类原代肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、蛋白质组数据	人类原代肺成纤维细胞(IMR-90)在不同刚度基质上培养
50	2025-06-23	Spatial Transcriptomics: Integrating Morphology and Molecular Mechanisms of Kidney Diseases 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.012 PMID:39097166	综述	本文综述了当前可用的主要空间转录组学技术及其在肾脏疾病研究中的应用	整合形态学和分子生物学，提供对组织生物学和疾病的新理解	讨论了这些新兴技术的挑战和前景，但未提及具体的技术限制	提高对组织生物学和疾病的理解，并提供潜在的临床见解	肾脏疾病	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学(ST)	NA	分子和形态学数据	NA
51	2024-12-28	Advances in Single-Cell Sequencing and Spatial Profiling of Kidney Disease 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.10.010 PMID:39722281	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
52	2025-06-23	Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02238-2 PMID:36879130	研究论文	通过多组学分析探讨神经发育程序在脑蛛网膜囊肿发病机制中的作用	首次整合患者-父母三人体外显子组测序、单细胞RNA测序转录组和患者病历自然语言处理数据，揭示脑蛛网膜囊肿的发病机制	研究结果仅为初步发现，需进一步验证	阐明脑蛛网膜囊肿的发病机制	617例患者-父母三人体外显子组测序数据、152,898个人类大脑和小鼠脑膜单细胞RNA测序转录组数据及患者病历自然语言处理数据	数字病理学	脑蛛网膜囊肿	外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理	NA	基因组数据、转录组数据、文本数据	617例患者-父母三人体外显子组测序数据、152,898个单细胞RNA测序转录组数据
53	2025-06-22	FCGR2A contributes to M2 macrophages polarization in HCC through IL-4/JAK/STAT6 axis 2025-Aug, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102429 PMID:40482466	研究论文	本文研究了FCGR2A在肝细胞癌（HCC）中通过IL-4/JAK/STAT6轴促进M2巨噬细胞极化的机制	揭示了FCGR2A通过IL-4/JAK/STAT6轴促进M2巨噬细胞极化的新机制，并提供了针对HCC的巨噬细胞靶向治疗的理论基础	未明确说明样本量及实验设计的详细情况	探究FCGR2A在HCC中M2巨噬细胞极化的具体机制及其对HCC发展的影响	肝细胞癌（HCC）中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
54	2025-06-22	Single-cell transcriptomic atlas reveals the underlying mechanism of indole-3-acetic acid in protecting against acute cholestatic liver injury 2025-Aug, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156942 PMID:40513326	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱揭示了吲哚-3-乙酸（3-IAA）在预防急性胆汁淤积性肝损伤中的潜在机制	首次通过单细胞RNA测序全面绘制了3-IAA缓解急性胆汁淤积性肝损伤的单细胞图谱，并揭示了其通过调节GZMAGZMK效应NK细胞和扩增肝脏抗炎CD59巨噬细胞的免疫机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究3-IAA在急性胆汁淤积性肝损伤中的治疗潜力及其作用机制	急性胆汁淤积性肝损伤大鼠模型	生物医学	肝病	单细胞RNA测序、转录组学、代谢组学	NA	单细胞转录组数据	NA
55	2025-06-22	Novel Cell-to-Cell Communications Between Macrophages and Fibroblasts Regulate Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis 2025-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究探讨了肥胖诱导的脂肪组织纤维化中巨噬细胞和成纤维细胞之间的新型细胞间通讯机制	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群通过分泌Osm调控脂肪组织成纤维细胞胶原基因表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限	阐明肥胖诱导脂肪组织纤维化的细胞间通讯机制	饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织巨噬细胞和成纤维细胞	细胞生物学	肥胖	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本
56	2025-06-22	TMEM55A-mediated PI5P signalling regulates alpha cell actin depolymerisation and glucagon secretion 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06411-9 PMID:40140059	研究论文	本文揭示了TMEM55A通过调控细胞内PI5P和F-actin网络来调节α细胞胞吐作用和胰高血糖素分泌的新途径	发现TMEM55A通过PI5P信号通路调控α细胞肌动蛋白解聚和胰高血糖素分泌的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证	验证TMEM55A及其潜在信号分子在α细胞功能和胰高血糖素分泌中的作用	人和小鼠的胰岛α细胞	细胞生物学	糖尿病	膜片钳电生理学、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	NA	电生理数据、RNA测序数据、显微镜图像	人类和小鼠胰岛α细胞
57	2025-06-22	RFX3 is essential for the generation of functional human pancreatic islets from stem cells 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06424-4 PMID:40263183	研究论文	本研究探讨了调控因子X3（RFX3）在人类胰岛发育中的功能，使用诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官进行研究	首次揭示了RFX3在人类胰岛细胞分化中的关键作用及其对肠嗜铬细胞（ECs）分化的抑制作用	研究主要基于体外类器官模型，未涉及体内验证	探究RFX3在人类胰岛发育中的功能及其机制	人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官	干细胞生物学	糖尿病	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、批量RNA测序	基因敲除（KO）和过表达模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用了iPSC衍生的胰岛类器官
58	2025-06-22	Abundance of a metabolically active subpopulation in dedifferentiated adipocytes inversely correlates with body mass index 2025-Jul, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102161 PMID:40348015	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术鉴定了人类脂肪细胞中一个具有高代谢活性的亚群，并发现其丰度与体重指数呈负相关	首次在人类去分化脂肪细胞中发现具有肌肉细胞基因特征的高代谢活性亚群，并揭示其与体重指数的负相关性	研究样本量相对有限（11名供体），且机制研究有待深入	探究脂肪组织中不同亚群的细胞组成和功能特性与代谢疾病的关系	人类去分化脂肪细胞（DFAT）和皮下脂肪组织	代谢组学	肥胖症	单细胞RNA测序（10x Genomics）、流式细胞分选（FACS）、批量RNA测序	NA	基因表达数据	11名人类供体的脂肪细胞样本+1759名供体的皮下脂肪组织基因表达数据
59	2025-06-22	The Role of Omics Techniques in Diabetic Wound Healing: Recent Insights into the Application of Single-Cell RNA Sequencing, Bulk RNA Sequencing, Spatial Transcriptomics, and Proteomics 2025-Jul, Advances in therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12325-025-03212-9 PMID:40381157	综述	本文综述了组学技术在糖尿病伤口愈合中的最新应用，包括单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学	概述了高通量组学技术在糖尿病足溃疡分子功能和机制研究中的最新进展，为靶向治疗提供了潜力	NA	探讨组学技术在糖尿病伤口愈合研究中的应用，以开发新型、经济高效且个性化的治疗方法	糖尿病足溃疡(DFUs)的分子功能和机制	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、空间转录组学、蛋白质组学	NA	分子数据	临床前动物和人类临床研究
60	2025-06-22	The co-location of MARCO+ tumor-associated macrophages and CTSE+ tumor cells determined the poor prognosis in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001138 PMID:39471066	研究论文	本研究通过空间转录组和单细胞转录组数据，详细分析了肝内胆管癌（ICC）中的免疫浸润模式，并发现MARCO+肿瘤相关巨噬细胞与CTSE+肿瘤细胞的共定位与患者不良预后相关	首次在ICC中鉴定了两种肿瘤内免疫浸润模式（巨噬细胞+和浆细胞+），并揭示了MARCO+ TAMs与CTSE+肿瘤细胞的共定位如何促进免疫抵抗性微环境的形成	样本量相对较小（6个空间转录组样本和35个单细胞样本），且仅在20个ICC样本中通过多重免疫荧光验证了共定位结果	探究肝内胆管癌中免疫细胞的具体表型及其在肿瘤微环境中的空间分布	肝内胆管癌（ICC）患者	数字病理	肝内胆管癌	空间转录组学、单细胞转录组学、多重免疫荧光	NA	转录组数据、图像数据	6个空间转录组样本（29,632个点）、35个单细胞样本（21,158个细胞）、20个ICC验证样本