单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-06-21	Copper Metabolism-Related Genes as Biomarkers in Colon Adenoma and Cancer 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S521512 PMID:40524750	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨铜代谢在结肠腺瘤进展为结直肠癌中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	首次将铜代谢相关基因与结肠腺瘤至结直肠癌的进展关联，并利用多种机器学习算法和单细胞RNA测序技术识别了五个新的生物标志物	需要进一步的临床验证来确认这些生物标志物的诊断和治疗价值	阐明铜代谢在结肠腺瘤至结直肠癌进展中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	结肠腺瘤和结直肠癌患者样本	生物信息学	结直肠癌	生物信息学分析、机器学习算法、单样本基因集富集分析(ssGSEA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量聚合酶链反应(qPCR)	五种机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的结肠腺瘤样本和正常对照样本，以及通过qPCR和HPA数据库验证的患者样本
142	2025-06-21	Single-cell sequencing reveals cellular differences and potential mechanisms in congenital pulmonary airway malformation 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1548177 PMID:40529122	研究论文	通过单细胞测序技术分析先天性肺气道畸形(CPAM)病变组织与正常组织的细胞差异，揭示关键细胞类型和功能	首次使用单细胞测序技术深入分析CPAM病变组织与正常组织的细胞差异，发现关键细胞类型和功能	研究样本量未明确说明，且未进行功能验证实验	探究先天性肺气道畸形(CPAM)的病理过程	CPAM病变组织和正常组织	数字病理学	肺发育异常	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
143	2025-06-21	Research advances in the study of traditional Chinese medicine formula granules on signaling pathway-mediated disease mechanisms 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1609211 PMID:40529488	综述	本文系统回顾了中药配方颗粒在信号通路介导的疾病机制研究中的进展，并展望了其在现代精准医学中的应用前景	整合多组学技术探索复方混合物的超分子协同效应，并强调大规模临床试验在验证其精准医学潜力中的重要性	当前研究面临单组分分析、复方混合物协同机制不明确以及转化应用临床证据不足等挑战	阐明中药配方颗粒通过调控信号通路治疗复杂疾病的多靶点调控机制	中药配方颗粒及其活性代谢物	中医药研究	炎症、肿瘤、代谢紊乱、纤维化、骨关节炎和骨质疏松等复杂疾病	多组学技术（如代谢组学、空间转录组学）	NA	NA	NA
144	2025-06-21	Cancer-Derived Exosomal LINC01615 Induces M2 Polarization of Tumor-Associated Macrophages via RBMX-EZH2 Axis to Promote Colorectal Cancer Progression 2025, International journal of nanomedicine IF:6.6Q1 DOI:10.2147/IJN.S499381 PMID:40529536	研究论文	探讨癌症来源的外泌体LINC01615通过RBMX-EZH2轴诱导肿瘤相关巨噬细胞M2极化促进结直肠癌进展的机制	首次揭示了外泌体LINC01615通过RBMX-EZH2轴调控巨噬细胞M2极化的分子机制	未涉及LINC01615在其他癌症类型中的作用及临床转化潜力	阐明外泌体lncRNA在肿瘤微环境调控中的作用机制	结直肠癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤微环境	结直肠癌	单细胞RNA测序、RNA免疫沉淀、染色质免疫沉淀、Western blot等	NA	RNA测序数据、蛋白质印迹数据	未明确说明样本数量（涉及体外和体内实验）
145	2025-06-21	Integrated machine learning and single-cell analysis reveal the prognostic and therapeutic potential of SUMOylation-related genes in ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1577781 PMID:40534859	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞分析，揭示了SUMOylation相关基因在卵巢癌中的预后和治疗潜力	首次整合机器学习和单细胞RNA测序数据，鉴定出与卵巢癌预后和治疗相关的关键SUMOylation相关基因	研究样本主要来自TCGA-OV队列和一家医院的213名患者，可能存在样本选择偏差	探索SUMOylation及其调控因子在卵巢癌中的作用，寻找潜在的生物标志物和治疗靶点	卵巢癌患者样本和ID8小鼠模型	精准医学	卵巢癌	单细胞RNA测序、机器学习	NA	多组学数据	TCGA-OV队列和213名卵巢癌患者样本
146	2025-06-21	Cancer-associated fibroblasts in clear cell renal cell carcinoma: functional heterogeneity, tumor microenvironment crosstalk, and therapeutic opportunities 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1617968 PMID:40534854	research paper	该研究探讨了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的功能异质性、肿瘤微环境（TME）的相互作用及治疗机会	揭示了CAFs通过代谢重编程和免疫抑制网络促进ccRCC进展的新机制，并探讨了针对CAFs的新型治疗策略	CAFs的异质性和双重功能角色限制了临床转化，且缺乏特异性生物标志物	研究ccRCC中CAFs的功能异质性及其在肿瘤微环境中的作用，探索潜在的治疗策略	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤学	肾癌	单细胞测序、空间多组学技术	NA	NA	NA
147	2025-06-21	Role of CD28+ PD-1+ Tc cells in immune response and prognosis prediction in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1576193 PMID:40534863	研究论文	本研究探讨了CD28+PD-1+ Tc细胞在肝细胞癌（HCC）中的免疫反应作用和预后预测价值	首次建立了单细胞HCC转录图谱，聚焦于CD28+PD-1+ Tc细胞的细胞间通讯和轨迹分析，揭示了其在HCC中的预后意义和分子特征	样本量较小（仅10例HCC样本），且未探讨CD28+PD-1+ Tc细胞功能异常的具体分子机制	阐明CD28+PD-1+ Tc细胞在HCC中的预后意义和分子特征	肝细胞癌（HCC）组织和对应正常组织中的CD28+PD-1+ Tc细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、富集分析	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	10例HCC样本及其对应正常组织样本，共鉴定25644个T细胞
148	2025-06-21	Integrated transcriptomics and machine learning reveal REN as a dual regulator of tumor stemness and NK cell evasion in Wilms tumor progression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612987 PMID:40534868	research paper	该研究通过整合转录组学和机器学习技术，揭示了REN基因在Wilms肿瘤进展中作为肿瘤干性和自然杀伤细胞逃逸的双重调节因子的作用	首次发现REN基因在Wilms肿瘤中同时调控肿瘤干性和NK细胞逃逸的双重功能，并开发了新的癌症干性预后指数(CSPI)用于风险分层	研究主要基于体外实验和计算模拟，需要进一步的体内实验验证	探索Wilms肿瘤进展中肿瘤干性和免疫逃逸的分子机制	Wilms肿瘤(WT)患者样本和肿瘤细胞	digital pathology	Wilms tumor	scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 分子对接模拟	machine learning	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
149	2025-06-21	Aging induces T cells with distinct transcriptomic profiles and functions in brain-associated tissues 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1619196 PMID:40534878	研究论文	研究探讨了衰老对脑相关组织中CD4和CD8 T细胞转录组和功能的影响	揭示了衰老诱导的CD153表达CD4+ T细胞在脑相关组织中的积累及其潜在保护作用	研究仅在小鼠模型中进行，人类相关性尚不明确	了解衰老对非淋巴组织中T细胞转录组和功能的影响	年轻和老年小鼠脑相关组织中的CD4+和CD8+ T细胞	免疫学	老年疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	年轻和老年小鼠的脑膜、脉络丛和海马体组织
150	2025-06-21	Role of ADME genes in breast cancer prognosis: an analysis of risk scoring models based on multi-omics data 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1582862 PMID:40535120	研究论文	本研究通过多组学数据分析ADME基因在乳腺癌预后中的作用，并构建了一个基于ADME相关基因的风险评分模型	首次结合多组学数据（包括批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组数据）分析ADME基因在乳腺癌预后中的作用，并构建了一个新的风险评分模型（ARPS）	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证，且机制研究尚不充分	探讨ADME相关基因在乳腺癌预后中的作用及其在个性化治疗中的潜在应用	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组	Cox回归模型、stepAIC分析	多组学数据	TCGA-BRCA、METABRIC和GSE58812队列中的患者数据
151	2025-06-21	Current status, hotspots and frontiers of ion channel-related research in glioblastoma: a bibliometric analysis from 2005 to 2024 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1588598 PMID:40535121	研究论文	通过文献计量学方法分析2005年至2024年间胶质母细胞瘤离子通道相关研究的现状、热点和前沿	首次系统性地整合和可视化胶质母细胞瘤离子通道领域的知识结构和研究焦点，并识别出新兴研究方向如离子通道与肿瘤微环境的相互作用	研究仅基于Web of Science数据库的文献，可能遗漏其他数据库的重要研究	探索胶质母细胞瘤中离子通道的作用机制及其与肿瘤生物学过程的关系	胶质母细胞瘤及其相关离子通道	生物医学研究	胶质母细胞瘤	文献计量学分析、单细胞空间转录组学、纳米颗粒技术	NA	文献数据	764篇文章和234篇综述
152	2025-06-21	Identifying a prognostic signature for clear cell renal cell carcinoma: the convergence of single-cell and bulk sequencing with machine learning 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1560095 PMID:40535574	研究论文	通过单细胞和批量测序与机器学习的结合，构建了一个预测透明细胞肾细胞癌预后的机器学习相关特征（MLRS）	使用了一个新颖的计算框架构建MLRS，整合了10种机器学习方法，并在多个独立数据集中验证了其预测预后的能力	未提及具体的研究样本量限制或数据来源的局限性	预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后并筛选可能受益于免疫治疗的患者	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	机器学习	肾癌	单细胞RNA测序、qRT-PCR、CCK-8检测	机器学习（整合10种方法）	基因表达数据	NA
153	2025-06-21	Revealing Potential Therapeutic Targets in Gastric Cancer through Inflammation and Protein-Protein Interaction Hub Networks 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.112218 PMID:40535808	研究论文	通过炎症和蛋白质-蛋白质相互作用中心网络揭示胃癌的潜在治疗靶点	发现了18个可作为胃癌靶向治疗的生物标志物，特别是SPP1-CD44配体-受体轴的新炎症信号通路	研究基于公共数据库的数据，未进行实验验证	探索胃癌的潜在治疗靶点和生物标志物	胃癌相关基因和免疫细胞	生物信息学	胃癌	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集
154	2025-06-21	A Comprehensive Analysis of the Role of DSN1 in Pan-Cancer Prognosis and Immunotherapy 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.111585 PMID:40535813	研究论文	本文通过公共数据库分析了DSN1在多种癌症中的表达模式及其与预后的关系，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用	首次全面分析了DSN1在泛癌中的表达模式、预后价值及其与免疫治疗反应的相关性	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探索DSN1在癌症发生、发展和免疫治疗中的作用	多种癌症类型（如COAD、LUAD、UCEC等）	癌症基因组学	泛癌	mRNA测序、蛋白质组学、单细胞测序、基因集富集分析	生存分析模型	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	多种癌症类型的公共数据库样本
155	2025-06-21	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-06-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	research paper	该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并形成驻留记忆细胞的灵活性	发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)尽管不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留的能力	研究主要基于小鼠模型，人类中的类似机制尚需验证	探究KLRG1+记忆T细胞在二次感染后的分化潜能和组织驻留能力	KLRG1+ CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
156	2025-06-21	Glutamatergic neuronal activity regulates angiogenesis and blood-retinal barrier maturation via Norrin/β-catenin signaling 2024-Jun-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.03.011 PMID:38599212	研究论文	本文探讨了谷氨酸能神经元活动通过Norrin/β-catenin信号通路对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的影响	揭示了谷氨酸能神经元活动通过调节内皮Norrin/β-catenin信号通路来调控视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	研究谷氨酸能神经元活动对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的调控机制	小鼠视网膜中的谷氨酸能神经元和血管系统	神经血管生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体内遗传学研究, 功能验证	小鼠遗传模型(Vglut1和Gnat1视网膜)	基因表达数据, 功能实验数据	未明确说明小鼠数量
157	2025-06-21	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	research paper	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测多个组学研究中的多类生物标志物	MICA框架能够检测多个组学研究中的多类生物标志物，并通过全局测试和事后分析提高检测的准确性和稳健性	现有方法主要针对两类别场景，MICA虽然解决了多类别问题，但在某些特定情况下可能仍需进一步优化	提高生物标志物检测的统计功效、准确性和稳健性	多类设计的组学研究（如多种疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本）	生物信息学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	四个小鼠代谢相关转录组研究组织和三个雌激素治疗表达谱来源
158	2025-06-21	leptin b and its regeneration enhancer illustrate the regenerative features of zebrafish hearts 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.556 PMID:36495292	研究论文	该研究利用leptin b（lepb）及其组织再生增强子元素（TREE）解析了斑马鱼心脏再生过程中非心肌细胞的异质性	发现lepb可作为再生特异性标记物，用于区分损伤激活的内皮细胞，并揭示了lepb+内皮细胞作为信号中心与其他心脏细胞互动的促再生作用	研究局限于斑马鱼模型，未验证在高等哺乳动物中的保守性	解析心脏再生过程中的细胞异质性和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的非心肌细胞（内皮细胞、心外膜细胞等）	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析、转基因品系	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量，使用斑马鱼心脏损伤模型
159	2025-06-21	BOTH THE INFECTION STATUS AND INFLAMMATORY MICROENVIRONMENT INDUCE TRANSCRIPTIONAL REMODELING IN MACROPHAGES IN MURINE LEISHMANIAL LESIONS 2023-05-01, The Journal of parasitology IF:1.0Q4 DOI:10.1645/22-94 PMID:37270767	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了感染利什曼原虫的巨噬细胞与未感染的旁观者巨噬细胞在转录水平上的差异，揭示了寄生虫和炎症微环境对巨噬细胞转录重塑的独立影响	首次在体内模型中区分了寄生虫感染和炎症微环境对巨噬细胞转录组的独立影响，并发现两者均能下调EIF2信号通路	研究仅限于小鼠利什曼病模型，人类样本中的适用性尚需验证	探究利什曼原虫感染和炎症微环境对巨噬细胞转录组的独立影响	感染利什曼原虫的小鼠皮肤巨噬细胞	免疫学	皮肤利什曼病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
160	2025-06-20	Predictive significance of MPT-driven necrosis-related genes signature in gastric cancer and their impact on the tumor microenvironment 2025-Jul, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03832-7 PMID:39690336	research paper	该研究探讨了MPT驱动的坏死相关基因（MPTDNRGs）在胃癌中的预测意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	首次揭示了MPTDNRGs在胃癌中的突变率和表达差异，并构建了一个预后风险模型，能够有效预测患者生存期和免疫治疗反应	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证	研究MPT驱动的坏死相关基因在胃癌中的预测价值及其对肿瘤免疫微环境的影响	胃癌患者及其肿瘤组织样本	digital pathology	gastric cancer	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO regression	RNA sequencing data	来自TCGA和GEO数据库的胃癌患者样本