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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-11-11 |
DPP7 promotes fatty acid β-oxidation in tumor-associated macrophages and determines immunosuppressive microenvironment in colorectal cancer
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.117909
PMID:41208881
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研究论文 | 本研究揭示了DPP7通过增强脂肪酸β-氧化促进结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制功能 | 首次发现DPP7通过结合CPT1A减少其泛素化降解,增强脂肪酸氧化,从而驱动肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制表型 | 研究主要基于临床队列和动物模型,需要进一步验证在人类患者中的治疗潜力 | 探索肿瘤相关巨噬细胞中影响免疫治疗效果的基因及其作用机制 | 结直肠癌患者样本、肿瘤相关巨噬细胞、骨髓来源巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 飞行时间质谱流式细胞术, 多重免疫荧光, RNA测序, 液相色谱-串联质谱, 靶向脂质代谢组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据, 临床数据 | 华东医院和TCGA数据库的多个临床队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-11-11 |
TTC36-Mediated Tumor Suppression via YBX3/SPRED1 Axis Paradoxically Reduces Sorafenib Sensitivity in Hepatocellular Carcinoma
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.115727
PMID:41208883
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研究论文 | 本研究揭示了TTC36通过YBX3/SPRED1轴抑制肝癌生长但意外导致索拉非尼耐药的机制 | 首次发现TTC36通过稳定YBX3上调SPRED1抑制Ras/MAPK信号通路,同时揭示TTC36高表达通过PI3K/Akt过度激活导致索拉非尼耐药的新机制 | 未明确说明样本量大小及具体实验模型细节 | 探究TTC36在肝细胞癌中的肿瘤抑制功能及其对靶向治疗反应的影响 | 肝细胞癌组织和细胞系 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 质谱分析, 分子对接, RNA pulldown, 双荧光素酶报告基因检测, IHC染色, TUNEL染色 | 动物模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 143 | 2025-11-11 |
Comparative transcriptomic analysis of tumor- infiltrating canine natural killer cells and candidate biomarkers from first-in-dog NK immunotherapy trials
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1646849
PMID:41208961
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较犬类和人类肉瘤中肿瘤浸润自然杀伤细胞的转录组特征,并分析犬类NK免疫疗法试验中的候选生物标志物 | 首次在犬类肉瘤中系统分析肿瘤浸润NK细胞的转录特征,并将犬类作为连接小鼠研究和人类临床试验的重要桥梁 | 样本量相对有限,需要更大规模的验证研究 | 改善实体癌中自然杀伤细胞免疫疗法的疗效并识别反应生物标志物 | 犬类和人类供体的血液、组织和肿瘤样本中的自然杀伤细胞 | 单细胞转录组学 | 肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 犬类和人类供体的多组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 144 | 2025-11-11 |
Identification of CAF signature genes and construction of CAF-based risk signature in hepatocellular carcinoma by multi-omics analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1690174
PMID:41208981
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研究论文 | 通过多组学分析识别肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞特征基因并构建基于CAF的风险预测模型 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学识别CAF特征基因,并构建了基于四个CAF基因的风险预测模型 | 研究样本量有限,需要更大规模验证 | 开发基于CAF的风险特征模型以预测肝细胞癌预后并识别潜在治疗靶点 | 肝细胞癌组织和HepG2细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学,多变量Cox回归 | 多变量Cox回归模型 | 基因表达数据,空间分布数据,蛋白质表达数据 | 数据集GSE242889中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 145 | 2025-11-11 |
Identification of sex- and inflammation-associated heterogeneity in the mouse omentum
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1670112
PMID:41208978
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序系统解析小鼠大网膜在生理和炎症状态下的细胞异质性 | 首次建立按性别和激活状态分层的大网膜细胞图谱,发现未表征的免疫和基质细胞亚群及性别二态性调控机制 | 研究局限于小鼠模型,人类大网膜的细胞组成可能有所不同 | 系统解析大网膜细胞组成及其在炎症和肿瘤转移中的作用 | 小鼠大网膜组织(包括雄性和雌性) | 单细胞组学 | 卵巢癌转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠大网膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 146 | 2025-11-11 |
Single-cell and machine learning-based pyroptosis-related gene signature predicts prognosis and immunotherapy response in glioblastoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1693940
PMID:41208987
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和机器学习方法构建了焦亡相关基因特征,用于预测胶质母细胞瘤的预后和免疫治疗反应 | 首次系统整合单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法,构建胶质母细胞瘤焦亡相关基因特征,并揭示其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要更多功能实验进一步证实 | 探索焦亡在胶质母细胞瘤中的作用机制,并开发预后预测模型 | 胶质母细胞瘤患者样本和细胞系 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,机器学习算法,转录组分析 | StepCox[both]+Ridge,十种机器学习算法组合 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | TCGA-GBM、CGGA、GEO数据集,GSE141383和GSE223063单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 147 | 2025-11-11 |
Correction: Exposing the cellular situation: findings from single-cell RNA sequencing in breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1709624
PMID:41208986
|
correction | 对乳腺癌单细胞RNA测序研究文章的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | breast cancer | single-cell RNA sequencing | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 148 | 2025-11-11 |
Dysregulated arginine metabolism is associated with pro-tumor neutrophil polarization in liver cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1673665
PMID:41208994
|
研究论文 | 本研究通过整合多种测序数据揭示了精氨酸代谢在肝细胞癌中性粒细胞极化中的作用 | 首次发现精氨酸代谢状态决定中性粒细胞功能极化,并鉴定出PADI4作为关键调控基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探究肝细胞癌肿瘤微环境中中性粒细胞的代谢异质性及其功能调控机制 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的中性粒细胞 | 生物信息学 | 肝癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习 | CytoTRACE, monocle2, CellChat, 七种机器学习算法 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的多个数据集(GSE39791, GSE149614, GSE290925) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 149 | 2025-11-11 |
Monocyte-driven IFN and TNF programs orchestrate inflammatory networks in antisynthetase syndrome-associated interstitial lung disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1652999
PMID:41209011
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了抗合成酶综合征相关间质性肺病中单核细胞驱动的干扰素和肿瘤坏死因子信号网络 | 首次在单细胞水平识别了ASS-ILD中单核细胞特异性干扰素刺激基因活性,并发现mono2亚群在炎症轨迹中的关键作用 | 样本量较小(仅3名患者和3名对照),且为治疗初治患者 | 阐明ASS-ILD的免疫致病机制和细胞特异性干扰素免疫特征 | 抗合成酶综合征相关间质性肺病患者的外周血单个核细胞 | 单细胞基因组学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序 | AUCell, Seurat, Monocle, CellChat, decoupleR | 单细胞转录组数据 | 3名ASS-ILD患者和3名健康对照的67,421个细胞,整合队列共126,026个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-11-11 |
Integrated bioinformatic analysis and machine learning developed a prognostic model based on mitochondrial function for acute myeloid leukemia
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1597633
PMID:41209008
|
研究论文 | 本研究通过整合线粒体基因表达数据和机器学习算法,开发了基于线粒体功能的急性髓系白血病预后模型MitoScore | 首次整合14种机器学习算法构建线粒体功能相关预后评分系统,并结合单细胞测序分析线粒体基因在免疫细胞中的表达模式 | 未明确说明样本来源和具体样本量,需要进一步验证模型的临床适用性 | 开发基于线粒体功能的急性髓系白血病预后评估工具 | 急性髓系白血病患者样本 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | bulk RNA测序, 单细胞测序 | 机器学习集成算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2025-11-11 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals the critical role of fibroblasts in aortic progeria-associated vascular remodeling in Hutchinson-Gilford progeria syndrome mice
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1638083
PMID:41209003
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示了成纤维细胞在HGPS小鼠主动脉早衰相关血管重塑中的关键作用 | 首次在HGPS小鼠模型中系统揭示成纤维细胞的异质性、发育轨迹及其与血管平滑肌细胞的异常通讯机制,并鉴定Lgals3bp为新的潜在治疗靶点 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究成纤维细胞在早衰综合征主动脉病变中的作用机制 | HGPS小鼠主动脉组织 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 基因表达谱分析, GO分析, 细胞通讯网络分析, 基因敲低 | NA | 单细胞转录组数据 | HGPS小鼠主动脉组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 152 | 2025-11-11 |
HOXA5-mediated spatial remodeling of tumor-immune interfaces across cancers promotes AML pathogenesis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1677713
PMID:41209012
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据揭示了HOXA5在多种癌症中的空间免疫调控功能及其在AML发病机制中的关键作用 | 首次系统揭示HOXA5在泛癌水平上的空间免疫调控功能,发现其在AML中通过胆固醇生物合成和ECM重塑维持疾病进展 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于AML细胞系,缺乏体内实验验证 | 探究HOXA5在泛癌中的空间免疫调控功能及治疗潜力 | 33种癌症类型的多组学数据和AML细胞系(U937, KG-1) | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 多组学整合分析、空间转录组学、分子对接 | NA | 基因组、转录组、空间转录组数据 | TCGA数据库11,096例样本,GTEx数据库7,469例样本,细胞系实验每组3个生物学重复 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 153 | 2025-11-11 |
Elevated KNSTRN as a potential indicator for triple-negative breast cancer progression and immune infiltration
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1572359
PMID:41209020
|
研究论文 | 本研究探讨KNSTRN基因在三阴性乳腺癌中的表达及其与预后和免疫浸润的关系 | 首次确认KNSTRN在三阴性乳腺癌中的过表达与不良预后和CD8+ T细胞浸润减少相关 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内实验验证 | 确定KNSTRN在三阴性乳腺癌预后、免疫浸润和进展中的潜在作用 | 三阴性乳腺癌细胞系(MDA-MB-231和BT549)及患者组织样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞转录组, siRNA敲低, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 临床数据, 细胞实验数据 | TCGA、GEO和METABRIC数据库中的三阴性乳腺癌样本 | NA | RNA-seq, 单细胞转录组 | NA | NA |
| 154 | 2025-11-11 |
Profiling Shared Cytotoxic Immune Signatures in SLE-Associated Coronary Injury Through Transcriptomics and Machine Learning
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S539756
PMID:41209049
|
研究论文 | 通过转录组学和机器学习分析系统性红斑狼疮与冠状动脉疾病共享的细胞毒性免疫特征 | 首次识别SLE和CAD共享的细胞毒性淋巴细胞驱动分子轴,发现GZMK/KLRK1介导的免疫失调是SLE冠状动脉损伤的关键机制 | 在冠状动脉微血管功能障碍SLE患者亚组(n=4)中观察到的完美区分(AUC=1.000)需要在扩大队列中进一步验证 | 揭示系统性红斑狼疮与冠状动脉疾病之间的共享分子通路和冠状动脉损伤机制 | 系统性红斑狼疮患者、冠状动脉疾病患者、外周血单个核细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 转录组学分析, 机器学习, qPCR, 单细胞RNA测序 | 诊断模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集(GSE45291, GSE61145, GSE49454, GSE179789, GSE264125, GSE135779)和患者PBMCs样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 155 | 2025-11-11 |
Mathematical strategies for predicting resistant subpopulations from scRNAseq data of a PANC-1 3D tissue model: Insight into gemcitabine resistance and TGFB1-induced invasion and EMT
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.10.032
PMID:41209344
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据和新型机器学习方法研究胰腺癌3D组织模型中吉西他滨耐药性及TGFB1诱导的侵袭和上皮间质转化 | 开发了基于互信息的机器学习框架(gSELECT)和新型数学方法预测耐药亚群,并在3D组织模型中验证 | 研究仅基于PANC-1细胞系,未在其他胰腺癌细胞系或患者样本中验证 | 研究胰腺癌吉西他滨耐药机制及TGFB1诱导的侵袭表型 | PANC-1胰腺癌细胞系的3D组织模型 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 基于互信息的机器学习框架(gSELECT) | 单细胞RNA测序数据 | PANC-1细胞3D培养模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 156 | 2025-11-11 |
Single-cell analysis decodes cellular dynamics in clear cell renal cell carcinoma with tumor thrombus
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.10.019
PMID:41209347
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析透明细胞肾细胞癌肿瘤血栓形成过程中的细胞动态变化 | 首次对原发性ccRCC肿瘤及其匹配静脉肿瘤血栓进行系统单细胞分析,揭示血栓特异性免疫抑制微环境和促肿瘤巨噬细胞亚群 | 样本量有限,未涉及不同临床分期比较 | 阐明透明细胞肾细胞癌肿瘤血栓形成的细胞和分子机制 | 原发性透明细胞肾细胞癌肿瘤及其匹配静脉肿瘤血栓 | 单细胞组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 匹配的原发肿瘤和肿瘤血栓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2025-11-11 |
The Alterations in the Osteoimmune Microenvironment of STZ-Induced Type 2 Diabetic Mice:A Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S544316
PMID:41209384
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示STZ诱导的2型糖尿病小鼠骨免疫微环境的改变 | 首次在单细胞水平系统描绘2型糖尿病小鼠骨髓免疫细胞的转录组特征和细胞间通讯网络 | 研究仅限于STZ诱导的糖尿病小鼠模型,未在人类样本中验证 | 阐明2型糖尿病骨免疫微环境的细胞组成和功能改变 | 野生型和STZ诱导的2型糖尿病小鼠的骨髓细胞 | 单细胞组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR | UMAP,伪时间分析,CellphoneDB | 单细胞转录组数据 | 9,360个野生型细胞和10,885个糖尿病细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 158 | 2025-11-11 |
Kushe Tincture Ameliorates DNCB-Induced Atopic Dermatitis by Affecting NF-Kb/JAK-STAT3 Pathway: Bioinformatics Analysis and Animal Experiment Verification
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S562462
PMID:41209388
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和动物实验验证苦参酊剂通过影响NF-Kb/JAK-STAT3通路改善DNCB诱导的特应性皮炎 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和动物实验系统揭示苦参酊剂治疗特应性皮炎的分子机制 | 研究主要聚焦于NF-Kb和STAT3通路,可能忽略其他潜在作用机制 | 探索苦参酊剂治疗特应性皮炎的作用机制 | DNCB诱导的特应性皮炎小鼠模型 | 生物信息学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, 蛋白质印迹 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | DNCB诱导的AD样小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 159 | 2025-11-11 |
Retinoic Acid-Loaded Cartilage Organoids Attenuate Chondrocyte Senescence in Osteoarthritis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S545622
PMID:41209382
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研究论文 | 本研究开发了一种负载视黄酸的仿生软骨类器官系统,用于减轻骨关节炎中的软骨细胞衰老 | 结合多组学分析和机器学习识别关键衰老相关基因,开发新型三相GelMA/HAMA软骨类器官系统实现视黄酸的时空控释 | 研究主要基于大鼠DMM模型,尚未在更大型动物或临床试验中验证 | 开发针对软骨细胞衰老的骨关节炎治疗策略 | 骨关节炎中的软骨细胞和软骨组织 | 生物医学工程 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,机器学习,分子对接,分子动力学模拟 | 机器学习算法,临床预测模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 大鼠骨关节炎模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2025-11-11 |
CORTADO: Hill Climbing Optimization for Cell-Type Specific Marker Gene Discovery
2024-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.23.630040
PMID:39763976
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研究论文 | 本文介绍了一种基于爬山优化算法的计算框架CORTADO,用于高效发现细胞类型特异性标记基因 | CORTADO通过优化差异表达、基因表达谱独特性和稀疏性三个关键特性,克服了传统方法仅依赖p值排序的局限性 | NA | 开发高效发现细胞类型特异性标记基因的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群和标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 爬山优化算法 | 基因表达数据 | 多个数据集(包括DLPFC 151507、Zeisel小鼠脑数据集和外周血单核细胞数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |