单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-09-25	Decoding functional and developmental trajectories of tissue-resident uterine dendritic cells through integrative omics 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113351 PMID:40949104	研究论文	通过整合组学技术解析子宫组织驻留树突状细胞的功能和发育轨迹	首次利用单细胞RNA测序和CITE-seq技术系统揭示人类子宫内膜中树突状细胞的发育轨迹和功能亚型	研究样本仅限于特定月经周期和早孕期，未涵盖完整生殖周期	阐明子宫树突状细胞的起源、发育路径和功能多样性	人类子宫内膜组织中的树突状细胞	单细胞组学	生殖系统疾病	scRNA-seq, CITE-seq	NA	单细胞转录组数据、表面蛋白表达数据	不同月经周期和早孕期的子宫组织样本
142	2025-09-25	Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to attenuate cortical excitability during TDP-43-related neurodegeneration 2025-Sep-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.016 PMID:40975067	研究论文	本研究揭示了杆状小胶质细胞通过与神经元树突相互作用抑制TDP-43相关神经退行性疾病中皮层过度兴奋的神经保护机制	首次发现杆状小胶质细胞特定亚群通过重塑兴奋性突触输入直接调控皮层神经元过度活跃的新机制	研究局限于TDP-43神经退行性疾病的小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探究小胶质细胞在神经退行性疾病相关皮层兴奋性异常中的具体作用机制	TDP-43神经退行性疾病小鼠模型（rNLS8转基因小鼠）的皮层神经元和微胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	多通道探针记录、纵向活体钙成像、空间转录组测序、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	电生理记录数据、钙成像数据、RNA测序数据	rNLS8转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
143	2025-09-25	Multi-omics integrated analysis identifies key biomarkers for hepatocellular carcinoma 2025-Sep-19, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000044642 PMID:40988212	研究论文	通过多组学整合分析鉴定肝细胞癌的关键生物标志物CNIH4	首次将空间转录组学、瘤内感染数据与免疫微环境分析相结合，系统揭示CNIH4在肝细胞癌中的异质性及其与免疫调控的关联	需要临床样本进一步验证结论	探索肝细胞癌的关键病因和新治疗方法	肝细胞癌生物标志物CNIH4	生物信息学	肝细胞癌	转录组全关联研究、孟德尔随机化分析、加权相关网络分析、空间转录组学、分子对接、虚拟筛选	机器学习	多组学数据（转录组、空间转录组、感染数据）	NA
144	2025-09-25	Single-vessel transcriptome map pathological landscapes and reveal NR2F2-mediated smooth muscle cell phenotype acquisition in capillary malformations 2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.02.673874 PMID:40950147	研究论文	通过单血管空间转录组技术揭示毛细血管畸形中NR2F2介导的平滑肌细胞表型获得的病理机制	首次在单血管水平构建毛细血管畸形的空间转录组图谱，发现NR2F2是调控平滑肌细胞表型获得的关键因子	研究样本量有限，主要基于体外iPSC模型验证机制	解析毛细血管畸形的血管病理发生机制	毛细血管畸形患者的血管组织样本和iPSC衍生细胞	血管生物学	毛细血管畸形	空间全转录组分析(GeoMx)、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、计算机基因扰动预测	iPSC分化模型、Tet-on基因表达系统	转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	未明确具体样本数量，使用毛细血管畸形病变组织进行多组学分析
145	2025-09-25	A 30-gene classifier distinguishes low-risk MDS HSPCs from healthy HSPCs 2025-Sep-17, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.105252 PMID:40972808	研究论文	本研究利用单细胞转录组学开发了一个30基因分类器，用于区分低风险骨髓增生异常综合征与健康的造血干细胞和祖细胞	首次通过单细胞转录组学分析揭示了LR-MDS HSPCs的分子特征，并开发了能够区分病变与正常HSPCs的30基因标志物	研究样本量未明确说明，需要进一步验证该基因分类器的临床适用性	探索低风险骨髓增生异常综合征的病理生理学机制并发现潜在治疗靶点	低风险MDS患者的造血干细胞和祖细胞	生物信息学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组学、网络分析、分类算法	基因分类器	单细胞RNA测序数据	NA
146	2025-09-25	Single-cell transcriptome combined with genetic tracing reveals a roadmap of fibrosis formation during proliferative vitreoretinopathy 2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424487122 PMID:40920930	研究论文	结合单细胞转录组和遗传谱系追踪技术，揭示增殖性玻璃体视网膜病变中纤维化形成的细胞路径	首次整合单细胞转录组学与遗传谱系追踪技术，系统阐明RPE细胞在PVR纤维化过程中的动态转化路径并发现TSP-1的关键调控作用	NA	解析PVR相关成纤维细胞的细胞起源及纤维化形成机制	视网膜色素上皮细胞、免疫细胞和Müller细胞	单细胞生物学	增殖性玻璃体视网膜病变	单细胞转录组测序、遗传谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	NA
147	2025-09-25	Dynamic and precise electromagnetic levitation of single cells 2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2512246122 PMID:40920932	研究论文	介绍一种名为Electro-LEV的新型平台，通过电磁和磁悬浮原理实现单细胞在3D微流体环境中的动态精确操控	首次将电磁与磁悬浮原理结合，实现单细胞在三维空间的动态精确操控，并能区分单细胞与细胞簇的悬浮行为差异	NA	开发新型细胞操控技术以提高细胞分选的纯度和效率	单细胞和细胞簇	生物医学工程	NA	电磁悬浮技术	NA	细胞位置追踪数据	多种颗粒和细胞类型
148	2025-09-25	Sorting nexin 3 promotes ischemic retinopathy through RIP1- and RIP3-mediated myeloid cell necroptosis and mitochondrial fission 2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426578122 PMID:40924459	研究论文	本研究揭示了分选连接蛋白3通过调控髓系细胞坏死性凋亡和线粒体分裂促进缺血性视网膜病变的分子机制	首次发现SNX3在缺血性视网膜病变髓系细胞中特异性上调，并阐明其通过RIP1/RIP3信号通路调控坏死性凋亡的新机制	研究主要基于小鼠OIR模型，人类临床相关性需进一步验证	探究SNX3在缺血性视网膜病变中的作用机制	小鼠视网膜髓系细胞（小胶质细胞/巨噬细胞）	分子病理学	视网膜病变	单细胞RNA测序、免疫染色、GST pull-down、免疫共沉淀	氧诱导视网膜病变模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
149	2025-09-25	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing identifies oxidative stress signatures of radiation-induced lung injury in mice through machine learning 2025-Sep-16, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106863 PMID:40967560	研究论文	本研究通过整合bulk RNA和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法系统分析了小鼠放射性肺损伤的氧化应激特征	首次整合bulk和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法识别放射性肺损伤的氧化应激特征生物标志物	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探索放射性肺损伤的早期诊断生物标志物和分子机制	小鼠放射性肺损伤模型	生物信息学	放射性肺损伤	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、RT-PCR、免疫组化	随机森林、支持向量机、LASSO回归	RNA测序数据	NA
150	2025-09-25	Revealing the core immunotoxicity of di-n-pentyl phthalate exposure in murine models using single-cell RNA sequencing 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118754 PMID:40753775	研究论文	通过单细胞RNA测序技术系统评估邻苯二甲酸二正戊酯（DNPP）暴露对小鼠免疫系统的毒性影响	首次在单细胞分辨率水平全面揭示DNPP对免疫系统的特异性毒性作用机制	研究局限于小鼠模型，需进一步验证对人类免疫系统的潜在影响	系统评估DNPP暴露引起的免疫系统改变	小鼠脾脏组织及外周血免疫细胞	毒理学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠体内模型和体外实验	基因表达数据	不同DNPP剂量暴露的多个小鼠模型
151	2025-09-25	The food-derived metabolite trimethylamine and trimethylamine-N-oxide promote colorectal cancer progression via SREBF1 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118996 PMID:40912095	研究论文	本研究揭示食物源性代谢物TMA和TMAO通过调控SREBF1激活PI3K/AKT信号通路促进结直肠癌进展的机制	首次证实TMA和TMAO通过SREBF1介导的PI3K/AKT信号通路促进结直肠癌细胞增殖	机制研究主要基于细胞和动物模型，需进一步临床验证	探究TMA和TMAO对结直肠癌进展的影响及其分子机制	结直肠癌细胞系和小鼠肿瘤模型	癌症生物学	结直肠癌	实时PCR、Western blotting、细胞活力与迁移实验、凋亡分析、单细胞RNA测序、肿瘤异种移植模型	NA	分子生物学数据、基因表达数据、体内外功能实验数据	细胞实验和动物模型（具体样本量未明确说明）
152	2025-09-25	Decoding coal-induced pulmonary endothelial injury using single-cell omics 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118989 PMID:40914082	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析煤尘暴露导致肺内皮细胞损伤的分子机制	首次在煤工尘肺模型中应用单细胞测序技术系统鉴定四种内皮细胞亚群的损伤差异	研究仅使用小鼠模型，未验证人类样本中的相关性	揭示煤尘诱导肺内皮细胞损伤的具体分子机制	煤工尘肺小鼠模型的肺组织内皮细胞	单细胞组学	煤工尘肺	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，CellChat分析	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据	煤尘暴露组和对照组小鼠肺组织样本
153	2025-09-25	Integration of network toxicology, machine learning and single-cell sequencing reveals the effects of soil pollutants on prostate cancer 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119010 PMID:40925179	研究论文	整合网络毒理学、机器学习和单细胞测序技术研究土壤污染物通过关键分子靶点影响前列腺癌的机制	首次将网络毒理学、101种机器学习算法与单细胞测序技术相结合，系统揭示土壤污染物与前列腺癌的分子关联机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有待进一步加强	探究土壤污染物促进前列腺癌发展的分子机制	前列腺癌患者样本和10种常见土壤污染物	生物信息学	前列腺癌	网络毒理学、单细胞测序、分子对接、机器学习算法	预后风险模型（包含101种机器学习算法）	基因组数据、蛋白质互作数据、临床预后数据	涉及242个潜在靶点，最终确定26个风险靶分子
154	2025-09-25	Spatial transcriptomics meets diabetic kidney disease: Illuminating the path to precision medicine 2025-Sep-15, World journal of diabetes IF:4.2Q1 DOI:10.4239/wjd.v16.i9.107663 PMID:40980298	综述	本微型综述探讨空间转录组学技术在糖尿病肾病研究中的应用与前景	首次系统阐述空间转录组学如何通过保留空间位置信息揭示糖尿病肾病的微环境异质性和细胞间通讯机制	空间分辨率有限、数据复杂度高、计算需求大	推动糖尿病肾病的精准医疗发展	糖尿病肾病患者的肾脏组织（肾小球和肾小管）	数字病理	糖尿病肾病	空间转录组学（Slide-seqV2）、单细胞RNA测序	机器学习、网络分析	空间基因表达数据	NA
155	2025-09-25	Spatial transcriptomics unravels the interactive network of aflatoxin B1-driven gastric cancer: Multi-omics integration of transcriptome and mendelian randomization 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118919 PMID:40850114	研究论文	通过空间转录组学和多组学整合揭示黄曲霉毒素B1诱导胃癌的分子调控网络	首次构建AFB1诱导胃癌的多层次分子调控图谱，建立环境致癌物毒理机制研究的多组学整合新范式	NA	阐明黄曲霉毒素B1驱动胃癌恶性进展的分子机制	人胃癌组织样本及AFB1核心调控基因	生物信息学	胃癌	空间转录组学(10X Visium)、单细胞RNA测序、分子对接、多组学整合	NA	转录组数据、空间转录组数据	NA
156	2025-09-25	Polyethylene terephthalate microplastics promote pulmonary fibrosis via AKT1, PIK3CD, and PIM1: A network toxicology and multi-omics analysis 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118954 PMID:40876188	研究论文	通过网络毒理学和多组学分析揭示PET微塑料通过AKT1、PIK3CD和PIM1蛋白加剧特发性肺纤维化的分子机制	首次结合网络毒理学、分子对接、孟德尔随机化和单细胞测序分析系统揭示PET微塑料致肺纤维化的新机制	研究主要基于生物信息学预测，需要实验验证核心靶点的功能机制	探究PET微塑料在特发性肺纤维化恶化中的作用机制	聚乙烯对苯二甲酸酯微塑料（PET-MPs）及其与肺纤维化的关联	毒理学	特发性肺纤维化	网络毒理学、分子对接、孟德尔随机化、单细胞测序分析、生物信息学数据库分析	NA	基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞测序数据	从多个数据库获得120个潜在靶点和81个交叉靶点（基于GEO数据库的IPF基因集）
157	2025-09-25	Major PM2.5 components promote intracranial aneurysm via TP53: Insights from a comprehensive network analysis 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118953 PMID:40886600	研究论文	结合网络毒理学和双样本孟德尔随机化分析PM2.5主要成分通过TP53基因促进颅内动脉瘤形成的机制	首次整合网络毒理学、孟德尔随机化、分子对接和单细胞RNA测序等多维度方法，揭示PM2.5成分通过TP53通路促进动脉瘤的新机制	NA	探究PM2.5主要成分影响颅内动脉瘤发展的潜在分子机制	六种PM2.5代表性成分（铅、镉、砷、苯并[a]芘、甲醛、苯）及其与TP53基因的相互作用	网络毒理学	颅内动脉瘤	网络毒理学、双样本孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟、单细胞RNA测序、基因集富集分析	NA	基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞转录组数据	NA
158	2025-09-25	Pathogenic Mechanism of the Lactylation-Related Gene DCBLD1 in Ulcerative Colitis: A Multi-Omics and Machine Learning Analysis 2025-09-11, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073403664250911055311 PMID:40947685	研究论文	通过多组学和机器学习方法探讨乳酰化相关基因DCBLD1在溃疡性结肠炎发病机制中的作用	首次将乳酰化修饰与UC发病机制联系，并采用SMR分析、单细胞测序和多种机器学习算法构建诊断模型	需要未来进一步研究DCBLD1通过乳酰化调控免疫代谢的具体机制	探索DCBLD1基因在溃疡性结肠炎发病中的致病机制和潜在治疗靶点	溃疡性结肠炎患者肠道组织样本和健康对照组织	生物信息学	溃疡性结肠炎	多组学分析、SMR、scRNA-seq、RNA-seq、qPCR、机器学习	CATboost、XGBoost、NGboost	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	未明确具体样本数量，包含UC患者和健康对照的肠道组织样本
159	2025-09-25	Single-cell transcriptomic profiling reveals diet-dependent dynamics of glucosinolate sulfatases expression and cellular origin in the midgut of Plutella xylostella 2025-Sep-09, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104399 PMID:40930467	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示小菜蛾中肠细胞在取食不同寄主植物时葡萄糖硫苷硫酸酯酶的表达动态及细胞起源	首次构建小菜蛾中肠单细胞图谱，解析特定细胞类型中GSS基因的饮食依赖性表达模式及分化轨迹	研究聚焦于中肠细胞，未涉及其他组织器官；仅比较两种寄主植物的影响	探究不同寄主植物如何调控小菜蛾中肠细胞GSS基因表达及细胞分化命运	小菜蛾幼虫中肠细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、免疫组织化学	伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据	28,451个中肠细胞（分别取食萝卜和豌豆叶片）
160	2025-09-25	Single-cell profiling reveals immunoregulation of artemisinin on CD8+GZMB+ T cells via JAK2-STAT3 in malaria-infected mice 2025-Sep-08, Innovation (Cambridge (Mass.)) DOI:10.1016/j.xinn.2025.101080 PMID:40979296	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示青蒿素通过JAK2-STAT3通路调控CD8+GZMB+ T细胞的免疫调节作用	首次利用单细胞RNA测序技术系统描绘疟疾感染及青蒿素治疗下的免疫细胞图谱，并发现青蒿素通过JAK2-STAT3通路调控致病性CD8+GZMB+ T细胞的新机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究青蒿素在疟疾感染宿主中的免疫调节机制	疟疾感染小鼠的肝脏、脾脏和外周血免疫细胞	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	241,837个细胞来自多个小鼠组织