单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-09-25	AEnet: a practical tool to construct the splicing-associated phenotype atlas at a single cell level 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf110 PMID:40990037	研究论文	提出一种名为AEnet的新方法，通过结合基因表达水平和可变剪接模式在单细胞水平构建剪接相关表型图谱	首次将基因表达与可变剪接模式整合用于定义细胞亚群，克服了传统聚类方法忽视两者相互作用的局限	单细胞测序技术固有的测序深度浅、高丢失率和批次效应等问题	开发能够更精确解析细胞异质性的计算方法	肿瘤细胞、泛癌免疫细胞和胚胎细胞	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	AEnet网络模型	单细胞RNA测序数据	NA
182	2025-09-25	Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate 2025-Jan-02, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wraf046 PMID:40057978	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术分析非模式微真核生物Ochromonas triangulata的代谢异质性和相关微生物组	首次在没有参考基因组的情况下对非模式微真核生物进行单细胞转录组分析，发现了与生长阶段相关的第三种转录状态	研究对象为单一非模式物种，结果可能不具有普遍代表性	探索微真核生物的代谢异质性和微生物组相互作用	Ochromonas triangulata（一种微真核生物）及其共培养细菌群落	单细胞生物学	NA	Smart-seq2单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	单个微真核生物细胞的转录组分析
183	2025-09-25	Artemisinin derivatives modulate KEAP1-NRF2-xCT pathway to alleviate Sjögren's disease: insights from scRNA-seq and systems biology 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626230 PMID:40934008	研究论文	本研究通过单细胞测序和系统生物学方法，揭示青蒿素衍生物通过调控KEAP1-NRF2-xCT通路抑制唾液腺上皮细胞铁死亡，从而缓解干燥综合征	首次发现青蒿素可通过KEAP1-NRF2通路调控铁死亡来治疗干燥综合征，并利用单细胞测序技术解析其作用机制	研究仅限于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探讨青蒿素衍生物通过调控铁死亡通路治疗干燥综合征的分子机制	NOD/Ltj小鼠模型、干燥综合征患者样本、唾液腺上皮细胞	系统生物学	干燥综合征	scRNA-seq、RNA-seq、Western blotting、免疫荧光、分子对接、透射电镜	动物模型	基因组数据、蛋白质数据、形态学数据	NOD/Ltj小鼠模型组和青蒿素治疗组，具体样本数量未明确说明
184	2025-09-25	FLT3L combined with GM-CSF induced dendritic cells drive broad tumor-specific CD8+ T cell responses and remodel the tumor microenvironment to enhance anti-tumor efficacy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1649891 PMID:40977690	研究论文	本研究比较了FLT3L联合GM-CSF诱导的树突状细胞与传统GM-CSF/IL-4方案诱导的树突状细胞在抗肿瘤免疫应答中的功能差异	首次系统比较FL/GM-DCs与常规GM/IL4-DCs的功能特性，发现FL/GM-DCs具有独特的亚群分布和更强的交叉抗原呈递能力，能诱导更广泛的肿瘤特异性CD8+ T细胞应答	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	开发更有效的树突状细胞免疫治疗方法	小鼠骨髓来源的树突状细胞和肿瘤微环境	免疫治疗	肿瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)	动物肿瘤模型	细胞实验数据、基因表达数据	小鼠骨髓细胞体外培养9天
185	2025-09-25	The interplay between mesenchymal stem cells and the immune microenvironment in rotator cuff tendon-to-bone healing: current progress and future directions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1661340 PMID:40977708	综述	本文综述了间充质干细胞与免疫微环境在肩袖肌腱-骨愈合中的相互作用机制及治疗前景	聚焦于MSCs与免疫细胞的双向调控机制，并提出整合单细胞转录组等AI预测工具的个性化治疗新方向	存在MSCs异质性、患者免疫反应差异及临床转化障碍等挑战	探讨MSCs通过免疫调节促进肩袖肌腱-骨愈合的机制与治疗策略	间充质干细胞、巨噬细胞、T细胞、NK细胞等免疫细胞	再生医学	肩袖损伤	单细胞转录组测序、细胞因子特征分析	AI算法	文本综述	NA
186	2025-09-23	Opportunities, challenges, and future perspectives of oncolytic virus therapy for malignant melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1653683 PMID:40977706	综述	本文综述溶瘤病毒疗法在恶性黑色素瘤治疗中的机遇、挑战和未来前景	系统阐述溶瘤病毒通过cGAS-STING通路将'冷'肿瘤转化为'热'肿瘤的新机制，并提出结合单细胞测序、CRISPR/Cas系统及人工智能的个性化治疗新策略	面临肿瘤异质性、核心机制限制、病毒脱落风险和监管障碍等挑战	探讨溶瘤病毒疗法在恶性黑色素瘤治疗中的发展路径	恶性黑色素瘤患者及肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	恶性黑色素瘤	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas系统、人工智能	NA	临床研究数据	NA
187	2025-09-25	Single-cell and bulk transcriptomic analyses reveal PANoptosis-associated immune dysregulation of fibroblasts in periodontitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1671919 PMID:40977731	研究论文	通过单细胞和批量转录组分析揭示牙周炎中成纤维细胞的PANoptosis相关免疫失调机制	首次在牙周炎中系统研究PANoptosis的作用机制，整合单细胞/空间转录组与113种机器学习模型鉴定关键基因	研究样本量有限，机制验证主要依赖动物模型和体外实验	探究PANoptosis在牙周炎发病机制中的作用及免疫调控功能	人牙龈成纤维细胞(HGFs)、牙周炎患者牙龈组织、PD模型小鼠	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、免疫荧光染色、qPCR、空间转录组分析	机器学习集成模型(113种)	转录组数据、空间定位数据、免疫染色数据	牙周炎患者与健康个体的牙龈组织样本、PD模型小鼠组织
188	2025-09-25	Myeloid-specific S100A8/A9 deficiency attenuates atrial fibrillation through prevention of TLR4/NF-kB-mediated immune cell recruitment and inflammation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1623486 PMID:40977740	研究论文	本研究通过基因敲除模型揭示髓系来源的S100A8/A9通过TLR4/NF-κB轴促进心房颤动发生的新机制	首次阐明髓系特异性S100A8/A9缺失通过抑制TLR4/NF-κB信号通路减轻心房颤动的分子机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究髓系来源S100A8/A9在心房颤动发病机制中的作用及治疗潜力	心房颤动患者样本、单核细胞/巨噬细胞特异性S100A9条件性敲除小鼠	心血管疾病机制研究	心房颤动	转录组测序、单细胞RNA测序、基因敲除技术	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、电生理数据、组织病理数据	AF患者组织样本及小鼠模型（具体数量未明确说明）
189	2025-09-25	ANXA1 and ARG2 drive T cell proliferation in ischemia-reperfusion injury: integrated bulk and single-cell transcriptomic analysis 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1673163 PMID:40977888	研究论文	通过整合批量与单细胞转录组数据分析，揭示ANXA1和ARG2基因在缺血再灌注损伤中驱动T细胞增殖的分子机制	首次通过多器官模型整合分析发现ANXA1和ARG2作为跨器官IRI生物标志物，并预测出靶向T细胞增殖的潜在治疗药物	NA	探究缺血再灌注损伤中T细胞增殖相关基因的作用机制	T细胞（中央记忆CD4 T细胞和Th17细胞）及缺血再灌注损伤模型	生物信息学	缺血再灌注损伤（涉及急性肾损伤、心肌梗死、脑卒中）	批量转录组测序、单细胞RNA测序、免疫浸润分析、药物预测、分子动力学模拟	NA	转录组数据	多器官模型转录组数据集（具体样本量未明确说明）
190	2025-09-25	Multi-transcriptomics analysis of ferroptosis related genes reveals CAFs exosomal COX4I2 as a novel therapeutic target in osteosarcoma 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1620648 PMID:40977891	研究论文	通过多组学分析发现CAFs外泌体COX4I2可作为骨肉瘤铁死亡治疗的新靶点	首次构建骨肉瘤铁死亡相关基因预后模型，并鉴定CAFs来源的外泌体COX4I2具有抑制铁死亡的新功能	研究主要基于细胞系和动物模型，临床样本验证有待加强	探索铁死亡在骨肉瘤中的预后价值及调控机制	骨肉瘤细胞系143B、癌症相关成纤维细胞(CAFs)、裸鼠模型	计算生物学	骨肉瘤	转录组测序、单细胞RNA测序、机器学习算法(LASSO、SVM、RF、XGBoost、BORUTA)、Western blot、共聚焦显微镜、透射电镜	预后风险模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	两个独立GEO队列(GSE21257和GSE39055)、体外细胞实验、裸鼠体内实验
191	2025-09-25	scAGG: Sample-level embedding and classification of Alzheimer's disease from single-nucleus data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.08.009 PMID:40977903	研究论文	提出scAGG模型用于从单细胞RNA测序数据进行阿尔茨海默病的样本级分类	开发了样本级池化机制来聚合单细胞嵌入，能够通过学习细胞疾病严重程度排序来识别关键基因和通路	基于注意力的模型可解释性有限	利用单细胞RNA测序数据进行阿尔茨海默病的样本级分类和疾病机制研究	阿尔茨海默病患者和健康对照者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序技术(scRNAseq)	scAGG（单细胞聚合模型）和基于注意力的模型	单细胞基因表达数据	NA
192	2025-09-25	The immune checkpoint TIM-3/HMGB-1 axis in myocardial infarction 2025, NPJ cardiovascular health DOI:10.1038/s44325-025-00061-x PMID:40978514	研究论文	本研究探讨了心肌梗死后TIM-3/HMGB-1免疫检查点轴在心脏炎症中的作用机制	首次在心血管疾病中系统研究TIM-3通路，通过多组学方法揭示TIM-3/HMGB-1轴在心肌梗死后的动态变化规律	样本量相对有限，需要更大规模研究验证临床转化价值	探究TIM-3免疫检查点通路在心肌梗死后的作用机制	心肌梗死患者血清、外周血单核细胞和心脏组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、单核RNA测序	NA	血清样本、单细胞转录组数据、空间转录组数据	357例血清样本，76例PBMCs样本（38例心梗患者+38例对照），心脏组织样本
193	2025-09-25	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular Heterogeneity and Microenvironmental Remodeling in Human Ureteral Scar Stricture Tissue 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S540340 PMID:40979497	研究论文	通过单细胞RNA测序构建人输尿管瘢痕狭窄组织的单细胞转录组图谱，揭示细胞异质性和微环境重塑	首次呈现输尿管瘢痕狭窄组织的高分辨率单细胞图谱，发现炎症性成纤维细胞和混合极化巨噬细胞等新型细胞亚群	样本量较小（3例正常对照+3例患者），需更大队列验证发现	解析输尿管瘢痕狭窄的细胞异质性和微环境重塑机制	人输尿管组织（正常对照与瘢痕狭窄患者）	单细胞组学	泌尿系统疾病	scRNA-seq, 多重免疫荧光, 免疫组化	Seurat, Harmony, Monocle2, CellChat	单细胞转录组数据	6例样本（3正常+3患者）
194	2025-09-25	Integrative analysis of single-cell and microarray data reveals SPI1-centered macrophage regulatory signatures in ulcerative colitis 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1617834 PMID:40979590	研究论文	本研究通过整合单细胞和微阵列数据分析，揭示了转录因子SPI1在溃疡性结肠炎巨噬细胞极化中的核心调控作用	首次结合单细胞RNA测序和微阵列数据构建基因调控网络，发现SPI1作为关键转录因子通过下游靶基因调控巨噬细胞极化	研究主要基于体外实验验证，需要进一步在体实验确认SPI1在UC发病中的具体机制	探索溃疡性结肠炎中巨噬细胞极化的分子调控机制	溃疡性结肠炎患者的肠道组织巨噬细胞和体外培养的M1极化巨噬细胞	生物信息学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序、微阵列分析、Western blot、流式细胞术、ELISA	LASSO、随机森林、支持向量机	基因表达数据、蛋白质表达数据	UC患者肠道组织样本和体外巨噬细胞模型
195	2025-09-25	Single-cell RNA sequencing in studies of type 1 diabetes mellitus: modern state-of-the-art and technical peculiarities 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1663728 PMID:40979707	综述	本文综述单细胞RNA测序技术在1型糖尿病研究中的应用现状与技术特点	系统总结scRNA-seq在揭示1型糖尿病免疫细胞亚群异质性和分子机制中的最新应用进展	NA	探讨scRNA-seq技术在1型糖尿病发病机制研究中的应用价值	胰腺内分泌/外分泌细胞、免疫细胞、PBMC及实验性1型糖尿病模型动物	生物信息学	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	涉及多种人类组织细胞类型及模型动物研究
196	2025-09-25	Blood memory CD8 T cell phenotypes in lung cancer patients predict immune checkpoint treatment responses 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1629802 PMID:40989699	研究论文	通过单细胞测序技术分析肺癌患者外周血CD8+ T细胞表型，建立预测免疫检查点治疗反应的机器学习模型	首次在单细胞水平系统鉴定CD8+ T细胞表型特征与免疫治疗反应的关系，发现效应记忆T细胞的预测价值最高	研究样本量有限，需要外部数据集验证模型的泛化能力	开发可预测肺癌患者免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物	非小细胞肺癌患者的外周血CD8+ T细胞	生物信息学	肺癌	单细胞测序（scRNA-seq）、生物信息学分析、机器学习	机器学习模型	单细胞转录组数据、表面标志物表达数据、TCR序列数据	包含长期应答者、新治疗应答者和新治疗无应答者三个队列的肺癌患者样本
197	2025-09-25	Identification of Core SASP-Related Genes TGFBI and ANXA6 for Diagnosing Ulcerative Colitis-Related Colorectal Cancer Through Machine Learning 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S538960 PMID:40989757	研究论文	通过机器学习方法识别TGFBI和ANXA6作为溃疡性结肠炎相关结直肠癌的核心诊断标志物	首次结合10种机器学习算法的113种组合筛选SASP相关核心基因，并系统验证其在诊断、预后和免疫治疗响应中的价值	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型	探索衰老相关分泌表型在溃疡性结肠炎相关结直肠癌精准诊断和发病机制中的作用	溃疡性结肠炎和结直肠癌患者数据及小鼠模型	生物信息学	结直肠癌	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序、机器学习	10种机器学习算法组合	基因表达数据	UC和CRC数据集（具体样本数未明确说明）
198	2025-09-25	Multi-omics reveals immune features in immune and non-immune cells, an IFN-γ/IFN-α-B2M positive feedback loop, and targeted metabolic therapy in multiple myeloma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575079 PMID:40990011	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了多发性骨髓瘤的免疫特征、IFN-γ/IFN-α-B2M正反馈环路及靶向代谢治疗策略	首次发现骨髓瘤激活的造血干细胞和ISG15+B细胞等新型亚群，揭示IFN-γ/α-B2M正反馈环路机制	NA	建立多发性骨髓瘤的多组学图谱，解析驱动免疫逃逸和疾病进展的细胞亚群与信号通路	多发性骨髓瘤患者样本和骨髓瘤细胞系	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、单细胞代谢分析、多重免疫荧光、CCK-8检测、流式细胞术、Western blotting	NA	单细胞转录组数据、批量转录组数据、代谢组数据	NA
199	2025-09-25	FCRLs and atypical transcriptional pattern in tumor infiltrating B cells from lung and renal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587088 PMID:40990023	研究论文	通过转录组分析揭示肺癌和肾癌中肿瘤浸润B细胞亚群的异质性及其与预后的关联	首次发现sIgA+ B细胞中FCRL4、PDCD1和RUNX2的过表达特征，并证实FCRL4/CD20表达比与生存率的相关性	研究主要基于转录组数据，需要进一步功能实验验证B细胞亚群的具体作用机制	探究肿瘤浸润B细胞不同亚型的功能差异及其在肿瘤微环境中的作用	肺癌和肾癌患者的肿瘤浸润B细胞	肿瘤免疫学	肺癌、肾癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、转录组分析	NA	转录组数据、临床生存数据	TCGA肺癌队列及肾癌患者样本
200	2025-09-25	Glycolysis-Driven Immune Evasion in Microsatellite Instability-High Colorectal Cancer: An Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomics Study 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S538018 PMID:40990035	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示MSI-H结直肠癌中糖酵解富集肿瘤亚群驱动免疫逃逸的机制	首次在MSI-H结直肠癌中发现糖酵解富集肿瘤亚群（MP2）与免疫抑制微空间共定位的机制，并阐明乳酸介导的免疫逃逸通路	样本量有限，需进一步验证临床转化价值	探究MSI-H结直肠癌肿瘤细胞功能异质性在免疫逃逸中的作用	微卫星不稳定性高（MSI-H）结直肠癌患者样本	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、拷贝数变异分析、非负矩阵分解	NA	转录组数据、空间定位数据	MSI-H结直肠癌患者队列（具体数量未明确说明）