单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-08-09	CXCR4-Mediated Chemokine Signaling Orchestrates the Progression of Conjunctival Melanocytic Lesions 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.23 PMID:40778698	研究论文	本研究探讨了CXCR4介导的趋化因子信号在结膜黑色素瘤病变进展中的作用	揭示了CXCR4在结膜黑色素瘤恶性病变中的显著上调及其通过PI3K/Akt和MEK/ERK通路的作用机制	研究样本量有限，且未涉及CXCR4靶向治疗的长期效果评估	阐明结膜黑色素瘤病变微环境差异及CXCR4信号通路的调控作用	结膜黑色素瘤细胞系(CRMM1、CRMM2、CM2005.1)及PIG1黑色素细胞	肿瘤微环境研究	结膜黑色素瘤	RNA测序（bulk和单细胞）、定量实时PCR、Western blotting、免疫组化、免疫荧光	体外细胞模型和体内肿瘤模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	多个结膜黑色素瘤细胞系和黑色素细胞系
182	2025-08-09	Innate Immune Remodeling Drives Therapy Resistance via Macrophage-NK Cell Crosstalk 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.666055 PMID:40777338	研究论文	研究探讨了靶向治疗过程中肿瘤免疫微环境（TME）的动态演变及其对治疗反应和耐药性的影响	发现了一个之前未被识别的转折点，即在肿瘤消退期间炎症性TME（以NK细胞浸润为特征）转变为药物耐受残留疾病时的免疫排斥状态，并揭示了一种独特的巨噬细胞亚群（F4/80+CCL5⁺MHCII⁺CD63⁺）通过CCR2/5信号在消退期间调控NK细胞招募	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探究靶向治疗过程中免疫微环境的动态变化及其对治疗耐药性的影响	小鼠黑色素瘤模型和人类黑色素瘤及肺癌患者样本	肿瘤免疫学	黑色素瘤, 肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型和人类黑色素瘤及肺癌患者样本
183	2025-08-09	Spatial transcriptomic profiling uncovers the molecular effects of the neurotoxicant polychlorinated biphenyls (PCBs) in the brains of adult mice 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.665575 PMID:40777386	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探讨了多氯联苯（PCBs）对成年小鼠大脑功能和认知的分子影响	首次使用空间转录组学技术揭示PCBs对小鼠大脑多个区域的基因表达影响及其与血脑屏障完整性的关联	研究仅使用雄性小鼠，未考虑性别差异；样本量未明确说明	评估与人类相关的PCB混合物如何影响大脑功能和认知	成年雄性C57BL/6J小鼠	神经科学	神经退行性疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
184	2025-08-09	Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation 2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.21.665156 PMID:40777431	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究人类骶尾部畸胎瘤的细胞组成异质性和X染色体失活现象	首次揭示了骶尾部畸胎瘤中X染色体失活失败或重新激活与细胞身份及免疫景观的关联	样本量较小（仅8例），且未检测到假定的多能细胞群	探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层及性别偏好的分子机制	人类骶尾部畸胎瘤（6例产后和2例产前样本）	数字病理学	畸胎瘤	单核RNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	8例骶尾部畸胎瘤样本（1例男性，7例女性）
185	2025-08-09	Programmable microparticles rewire CAR signaling to enable super-physiological expansion of human T cells in vitro 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665438 PMID:40777491	research paper	该研究利用可编程PLGA微粒（CAREp）重新连接CAR信号，实现人类T细胞在体外的超生理扩增	首次证明通过纳米级控制的细胞外信号可重新编程CAR-T细胞的增殖能力，实现持续100天以上的扩增和10^5倍的累积扩增	研究仅限于体外实验，尚未进行体内疗效验证	探索如何通过外部编程最大化人类CAR-T细胞的增殖能力	人类CD8 CAR-T细胞	免疫治疗	NA	单细胞测序、转录组分析	NA	基因表达数据	NA
186	2025-08-09	Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.665939 PMID:40777494	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和Xenium空间转录组学技术，构建了人类小肠发育过程中间充质细胞的全面组织尺度图谱	首次定义了人类小肠发育中的5种主要间充质细胞群，并揭示了它们在发育过程中的动态空间重构	研究主要关注发育阶段，对成年组织的适用性尚不明确	解析人类肠道发育过程中间充质细胞的多样性及其空间分布	人类小肠发育过程中的间充质细胞群	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，Xenium空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包含人类小肠发育不同阶段的组织样本
187	2025-08-09	Activation of IL-17+ ILC subsets in IL-18R-deficient mice during fungal allergen exposure 2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665289 PMID:40777291	research paper	该研究探讨了IL-18/IL-18R在真菌过敏原暴露期间对ILC2s反应的影响	揭示了IL-18信号如何防止ILC2s产生IL-17A及其后续的嗜酸性粒细胞增多	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究IL-18/IL-18R对肺部ILC2s反应的调控机制	ILC2s和IL-18受体缺陷小鼠	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	IL-18受体敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠肺部细胞
188	2025-08-09	ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving in vivo Metastasis and Immune Evasion 2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665404 PMID:40777467	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了ETS1作为上呼吸道鳞状细胞癌（UASCC）中转移和免疫逃逸的双重驱动因子	发现ETS1作为hEMT程序的主调控因子，同时促进肿瘤远端转移和免疫逃逸，并提出了HSP90抑制剂作为针对ETS1驱动肿瘤的定制治疗策略	研究主要基于UASCC，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探究转录异质性程序如何驱动肿瘤转移和免疫逃逸	上呼吸道鳞状细胞癌（UASCC）细胞和患者肿瘤	肿瘤学	上呼吸道鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个队列的UASCC患者肿瘤样本
189	2025-08-09	Disruption of E-cadherin in the airway led to dysplastic stressed cells and asthma-like phenotypes 2025-Jul-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.030 PMID:40683251	research paper	研究揭示了E-cadherin在气道细胞命运调控中的作用及其缺失如何导致气道重塑和类似哮喘的表型	首次展示了E-cadherin在气道上皮祖细胞中的特异性缺失如何独立于过敏原暴露引发哮喘样表型，并揭示了上皮细胞内在的免疫防御机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究E-cadherin在气道细胞命运调控和气道重塑中的作用机制	小鼠气道上皮细胞（特别是club细胞）	分子生物学	哮喘	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
190	2025-08-09	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	研究论文	通过单细胞RNA测序分析108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，研究跨癌症谱系和亚群的细胞状态和组成的特征及重塑	首次在单细胞分辨率下构建了泛癌人类脑转移图谱，揭示了恶性细胞的染色体不稳定性、增殖和血管生成特征，以及神经样脑转移相关元程序	样本量虽较以往研究有所增加，但仍可能不足以涵盖所有癌症类型的脑转移特征	探索脑转移生物学特征及其与临床特征的关系	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本	癌症生物学	脑转移	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本
191	2025-08-09	Gland- and cell-level heterogeneity in the prostate: A narrative review of related diseases 2025-Jul, Current urology IF:0.9Q4 DOI:10.1097/CU9.0000000000000269 PMID:40765528	review	本文综述了前列腺在腺体和细胞水平上的异质性及其与良性前列腺增生(BPH)和前列腺癌(PCa)的关系	探讨了新发现的细胞类型对BPH和PCa治疗的意义，以及单细胞测序技术在解析前列腺不同区域细胞类型和基因表达模式中的应用	当前研究尚无法精确回答前列腺异质性的相关问题	研究前列腺异质性及其与疾病分布、表现和特征的关系	前列腺腺体和细胞	digital pathology	prostate cancer	单细胞测序技术	NA	NA	NA
192	2025-08-09	Mosaic loss of chromosome Y in blood is associated with male susceptibility for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-28, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00966-9 PMID:40581694	研究论文	该研究探讨了男性血液中Y染色体嵌合缺失（mLOY）与特发性肺纤维化（IPF）易感性之间的关系	首次在人类中证实mLOY通过上调促纤维化基因和增强TGF-β信号传导加剧IPF的疾病机制	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证mLOY与IPF之间的因果关系	探究mLOY是否是人类纤维化疾病的危险因素	男性特发性肺纤维化患者	医学遗传学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因组数据和临床数据	UK Biobank数据库和两个队列研究的数据
193	2025-08-09	Lineage-resolved analysis of embryonic gene expression evolution in C. elegans and C. briggsae 2025-Jun-19, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adu8249 PMID:40536976	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，比较秀丽隐杆线虫和布氏隐杆线虫胚胎发育过程中基因表达的进化约束	首次在两种线虫中系统地比较了胚胎发育过程中细胞类型特异性基因表达的进化差异	研究仅针对两种线虫，结果可能不适用于其他物种	探究发育过程中基因表达模式的进化约束	秀丽隐杆线虫(C. elegans)和布氏隐杆线虫(C. briggsae)的胚胎发育过程	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	两种线虫的胚胎发育过程
194	2025-08-09	Single-cell transcriptome sequencing reveals new epithelial-stromal associated mesenchymal-like subsets in recurrent gliomas 2025-06-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02036-6 PMID:40483536	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示复发性胶质瘤中新的上皮-基质相关间充质样亚群	发现了复发性胶质母细胞瘤中富含EMT相关基因的新间充质样亚群，并验证了SERPINE1在细胞增殖和迁移中的关键作用	样本量相对较小（52例），且仅针对IDH野生型GBM	探索驱动胶质瘤复发的转录和调控机制	IDH野生型胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤亚群	数字病理学	胶质瘤	单核RNA测序、空间转录组学	非负矩阵分解	转录组数据	52例IDH野生型GBM标本（26例原发肿瘤和26例复发性肿瘤）
195	2025-08-09	Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-May-20, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070248 PMID:40071347	研究论文	该研究探讨了髓系脂肪酸代谢如何激活邻近的造血干细胞，从而促进射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）的发展	发现了心脏代谢性HFpEF患者外周血造血干细胞增多的现象，并揭示了髓系脂肪酸代谢通过调控Vcam1表达促进系统性炎症和心脏舒张功能障碍的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证仍需进一步扩展	阐明HFpEF的发病机制，特别是炎症和代谢异常在其中的作用	HFpEF患者样本、动物模型（高脂饮食和高血压小鼠）和体外培养的巨噬细胞	心血管疾病研究	心力衰竭	流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记	高脂饮食和高血压诱导的HFpEF小鼠模型	临床样本数据、实验数据	患者样本和动物模型（具体数量未明确说明）
196	2025-08-09	Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 2025-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.28.530247 PMID:38915659	研究论文	通过深度全长单细胞RNA测序技术，研究人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态及其在视网膜母细胞瘤发生中的特异性特征	揭示了先前未解决的视锥细胞和视杆细胞前体状态，并提出了早期视锥前体内在表达在视网膜母细胞瘤起始中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的实验验证	理解人类视锥细胞和视杆细胞发育的差异及其在视网膜母细胞瘤发生中的作用	人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态	生物医学	视网膜母细胞瘤	全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
197	2025-08-09	Single-cell and spatial genomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastases 2025-Apr, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03530-z PMID:40016452	研究论文	本研究通过多模态单核RNA和T细胞受体测序、单细胞空间转录组和全基因组测序，探索了非小细胞肺癌脑转移的基因组和肿瘤微环境特征	揭示了脑转移瘤中染色体不稳定性（CIN）的显著特征，并发现了一个在脑转移中显著富集的具有神经样特征的癌细胞亚群	研究主要基于治疗初治患者的样本，可能无法完全反映治疗后的肿瘤生物学特征	深入理解非小细胞肺癌脑转移的生物学机制	非小细胞肺癌患者的脑转移瘤和原发肿瘤	基因组学	肺癌	单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组、全基因组测序、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	初治患者样本（具体数量未明确说明）及独立验证队列（4,869名和12,275名患者）
198	2025-08-09	STANCE: a unified statistical model to detect cell-type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57117-w PMID:39979358	研究论文	提出了一种名为STANCE的统一统计模型，用于检测空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因	STANCE模型在线性混合效应模型框架下整合基因表达、空间位置和细胞类型组成信息，确保组织旋转不变的结果，并采用两阶段方法进行检测	未提及具体局限性	检测空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因	空间转录组学数据中的基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	线性混合效应模型	基因表达数据	公共数据集
199	2025-08-09	The use of deidentified organ donor testes for research 2025-Feb-06, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70008 PMID:39912553	综述	本文讨论了使用去标识化的人类睾丸捐赠组织进行基础科学研究的重要性和应用	强调了使用人类睾丸组织而非小鼠模型进行研究的必要性，以更准确地理解人类睾丸发育和功能	活检材料通常体积过小，不适合进行全面研究	增进对人类睾丸发育和功能的理解，改进不育症的治疗和诊断方法	人类睾丸组织，特别是来自去标识化捐赠者的完整睾丸	生殖医学	不育症	单细胞转录组和表观基因组分析	NA	组织样本	NA
200	2025-08-09	Identification of therapeutic targets for Alzheimer's Disease Treatment using bioinformatics and machine learning 2025-01-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88134-w PMID:39890844	研究论文	本研究利用生物信息学和机器学习方法识别阿尔茨海默病的潜在治疗靶点	整合多种生物信息学方法和机器学习算法，识别出五个与阿尔茨海默病相关的关键基因，并筛选出潜在治疗药物	未提及实验验证或临床试验结果	识别阿尔茨海默病的潜在治疗靶点	阿尔茨海默病相关基因	生物信息学	阿尔茨海默病	差异基因表达分析、加权基因共表达网络分析、Mfuzz聚类、单细胞RNA测序	LASSO回归、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	NA