单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-25	Single-cell multi-omics data reveal heterogeneity in liver tissue microenvironment induced by hypertension 2025-Dec-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102696 PMID:40989794	研究论文	通过单细胞多组学技术揭示高血压诱导的肝脏组织微环境异质性	首次结合scRNA-seq、scATAC-seq和组蛋白ChIP-seq揭示高血压相关肝细胞亚群及其表观遗传调控网络	未明确说明样本规模和临床验证的局限性	探究高血压对肝脏细胞亚群微环境的影响机制	高血压与正常肝脏组织细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞多组学、scRNA-seq、scATAC-seq、组蛋白ChIP-seq	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据	NA
2	2025-09-25	Single-cell profiling of long non-coding RNAs in the hematopoietic system 2025-Dec, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000240 PMID:40979441	研究论文	本研究通过整合9个单细胞RNA测序数据集，构建了包含207,113个细胞的造血系统单细胞lncRNA图谱	首次在单细胞水平系统描绘造血系统中长链非编码RNA的表达图谱，发现谱系特异性lncRNA并验证其与白血病的潜在关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于部分选定的lncRNA	揭示lncRNA在正常和异常造血过程中的功能作用	造血干细胞和祖细胞至分化血细胞的全谱系细胞	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	207,113个细胞（来自30名健康供体）
3	2025-09-25	Microfluidic chip-integrated vascularized endometrial complexes: Mitochondrial function and paracrine crosstalk enhance regenerative potential 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.035 PMID:40980506	研究论文	本研究开发了一种集成微流控芯片的血管化三重细胞子宫内膜复合体，用于增强子宫内膜损伤的再生修复能力	首次在微流控芯片中构建包含子宫内膜上皮类器官、基质细胞和内皮细胞的三重细胞血管化复合体，揭示了细胞间双向旁分泌互作机制	研究仅在免疫缺陷小鼠模型中进行验证，缺乏人类临床试验数据	开发具有生理相关性的子宫内膜再生模型并探究其修复机制	血管化三重细胞子宫内膜复合体（包含上皮类器官、基质细胞和内皮细胞）	组织工程与再生医学	子宫内膜损伤	微流控芯片技术、单细胞RNA测序、复合水凝胶（Matrigel与纤维蛋白）	NA	基因表达数据、功能实验数据	免疫缺陷小鼠子宫内膜损伤模型
4	2025-09-25	A human-mouse atlas of intrarenal myeloid cells identifies conserved disease-associated macrophages in lupus nephritis 2025-Nov-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241873 PMID:40900124	研究论文	通过跨物种分析比较人类和小鼠狼疮性肾炎肾脏髓系细胞，鉴定出保守的疾病相关巨噬细胞	首次建立人类-小鼠肾脏髓系细胞图谱，发现跨物种保守的疾病相关单核/巨噬细胞亚群及其基因表达特征	研究局限于狼疮性肾炎特定疾病模型，未验证其他肾脏疾病中的普适性	探索小鼠模型在狼疮性肾炎治疗研究中的适用性及髓系细胞的作用机制	155名狼疮性肾炎患者和四种小鼠模型的肾脏髓系细胞	数字病理	狼疮性肾炎	单细胞分析、空间转录组学、功能研究	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	155名患者样本+四种小鼠模型
5	2025-09-25	Hyperactivation of the m6A demethylase FTO to down-regulate SLC7A11/xCT-mediated redox homeostasis and epigenetic remodeling in facial infiltrating lipomatosis 2025-Nov, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.08.001 PMID:40769313	研究论文	本研究揭示了FTO通过m6A依赖性抑制SLC7A11破坏氧化还原平衡并调控SIRT6-H3K9ac介导的表观遗传重编程促进面部浸润性脂肪瘤病（FIL）进展的分子机制	首次发现FTO/SLC7A11/GSH/SIRT6轴在FIL发病机制中的关键作用，阐明了m6A修饰通过氧化还原-表观遗传轴调控脂肪生成的新机制	研究聚焦于分子机制探索，临床转化应用仍需进一步验证	探究FIL的分子发病机制并寻找潜在治疗靶点	面部浸润性脂肪瘤病组织样本和脂肪干细胞/祖细胞	分子病理学	面部浸润性脂肪瘤病	Western blotting、qPCR、免疫组化、单细胞RNA测序、MeRIP-seq、RIP-qPCR、荧光素酶报告基因检测、ATAC-seq、ChIP-qPCR	异种移植模型、AAV8介导的基因过表达模型	分子生物学数据、测序数据	FIL患者组织样本及相应细胞模型
6	2025-09-25	Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia 2025-Oct, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035 PMID:40164294	研究论文	本研究通过小鼠模型验证围产期使用达格列净对叠加性子痫前期孕鼠远期心血管功能的保护作用	首次在叠加性子痫前期动物模型中探索SGLT2抑制剂在妊娠期和产褥期的干预效果，并采用空间转录组学揭示分子机制	研究局限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	评估达格列净对叠加性子痫前期模型妊娠期及远期心血管结局的影响	BPH/2J妊娠小鼠（叠加性子痫前期模型）	心血管疾病研究	子痫前期/心血管疾病	连续超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色	BPH/2J小鼠模型	生理参数、分子标记、组织病理数据	植入遥测装置的妊娠BPH/2J小鼠（分组对照实验）
7	2025-09-25	Molecular Mechanisms of Human Pancreatic Islet Dysfunction Under Overnutrition Metabolic Stress 2025-Oct-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-1038 PMID:40773375	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类胰岛细胞在高营养代谢压力下的分子机制	首次在单细胞水平系统分析人类胰岛不同内分泌细胞类型对糖脂毒性的响应差异，并发现组蛋白甲基转移酶G9a/GLP在β细胞应激反应中的关键作用	研究仅使用体外培养的人类胰岛模型，未验证在体情况	阐明营养过剩条件下人类胰岛功能异常的分子机制	人类胰岛细胞（包括α细胞和β细胞等内分泌细胞）	分子生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序、靶向药物筛选	NA	基因表达数据	人类胰岛样本（具体数量未明确说明）
8	2025-09-25	New Insights Into Diabetes-Induced Cell-Type-Specific Responses in the Neural Retina via Single-Cell Transcriptomics: A Report on Research Supported by Pathway to Stop Diabetes 2025-Oct-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/dbi24-0009 PMID:40794446	综述	通过单细胞转录组学技术探讨糖尿病引发的神经视网膜细胞特异性反应及其在糖尿病视网膜病变中的作用	首次系统性地利用单细胞转录组学技术在单细胞分辨率层面揭示糖尿病模型中神经视网膜的细胞类型特异性转录变化	存在未解决的议题和局限性需要进一步研究验证	阐明糖尿病视网膜病变发展过程中特定细胞类型的分子机制	糖尿病动物模型的神经视网膜细胞	生物信息学	糖尿病视网膜病变	单细胞转录组学/单核转录组学	NA	转录组数据	多种糖尿病动物模型（具体数量未明确）
9	2025-09-25	Gene Therapy Targeting Pkp2 Deficiency Attenuates Cardiac Fibrosis: Insights From Single-Cell Transcriptomics in Pkp2-Knockout Rats 2025-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70392 PMID:40979216	研究论文	本研究通过基因疗法恢复PKP2表达，揭示其在调控心脏成纤维细胞活化中的作用，为心衰治疗提供新策略	首次发现PKP2缺失导致病理性成纤维细胞富集，并通过AAV9基因疗法实现成纤维细胞表型逆转	研究主要基于动物模型，临床转化效果需进一步验证	探讨PKP2基因缺陷与心纤维化的关系，开发靶向基因治疗方法	PKP2基因敲除大鼠、心衰小鼠模型、人诱导多能干细胞来源的心脏类器官	基因治疗	心血管疾病	单细胞RNA测序、腺相关病毒(AAV9)基因递送、生物信息学分析	基因敲除动物模型	转录组数据	PKP2敲除大鼠模型、心衰小鼠模型及hiPSC来源心脏类器官
10	2025-09-25	Conjugated bile acid-driven CD14+CD16+ monocyte infiltration promotes cholestatic liver injury by enhancing hepatocyte necroptosis 2025-Oct, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101517 PMID:40980164	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现CD14+CD16+单核细胞浸润通过促进肝细胞坏死性凋亡加剧胆汁淤积性肝损伤	首次揭示结合胆汁酸驱动CD14+CD16+单核细胞通过TNFα/FASL-RIPK1-RIPK3-MLKL轴促进肝细胞坏死性凋亡的新机制	样本量有限（人类样本n=3-20，小鼠样本n=5），需要更大规模研究验证	探究单核细胞在胆汁淤积性肝病中的作用机制	梗阻性胆汁淤积患者肝组织、小鼠模型、CD14+CD16+单核细胞	病理机制研究	胆汁淤积性肝病	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、流式细胞术、RT-qPCR、Western blotting	动物模型（小鼠）	基因表达数据、蛋白质数据、病理图像	人类样本5-20例，小鼠每组5只，体外实验3-20次重复
11	2025-09-25	Multimodal single-cell transcriptomics with patient-specific iPSC-derived airway organoids as a drug screening approach for cystic fibrosis with nonsense mutations 2025-Oct, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118476 PMID:40829314	研究论文	利用患者特异性iPSC来源的气道类器官建立囊性纤维化无义突变模型，通过多模态单细胞转录组学进行药物筛选研究	首次结合患者特异性iPSC来源的3D气道类器官与多模态单细胞转录组学分析，建立囊性纤维化无义突变的药物筛选平台	研究仅针对CFTR-S308X特定无义突变模型，尚未验证其他类型突变	开发针对囊性纤维化无义突变的药物筛选方法并探索其分子发病机制	携带CFTR-S308X无义突变的患者特异性iPSC来源的气道类器官	干细胞与类器官研究	囊性纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CellChat细胞通讯分析、RNA velocity转录组动力学分析	3D气道类器官模型、ASGARD分析框架	单细胞转录组数据、批量RNA测序数据	CFTR-S308X突变患者特异性iPSC来源的气道类器官
12	2025-09-25	Biomarkers of immune dysregulation and posttreatment inflammation in spinal muscular atrophy 2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2506976122 PMID:40986347	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序技术，系统揭示了脊髓性肌萎缩症（SMA）中的免疫失调特征及其与基因治疗后的炎症反应关联	首次在SMA中通过单细胞分辨率揭示CD4+ T细胞的G1期阻滞和非经典NF-κB信号转换，并发现基因治疗后NF-κB相关炎症基因的异常升高	样本量较小（SMA患者n=7/4，对照组n=4/6），年龄范围局限（<25月龄），缺乏长期随访数据	阐明SMA疾病进展中的免疫失调机制及其对基因治疗反应的影响	婴幼儿SMA患者（<25月龄）和年龄匹配的健康对照者的外周血样本	生物医学研究	脊髓性肌萎缩症	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	SMA患者：批量RNA-seq（n=7），scRNA-seq（n=4）；健康对照：批量RNA-seq（n=4），scRNA-seq（n=6）
13	2025-09-25	ALKBH5 demethylates the m6A modification of SOCS3 in microglia/macrophages and alleviates neuroinflammation after brain injury 2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2504697122 PMID:40986354	研究论文	本研究揭示了ALKBH5通过去甲基化SOCS3的m6A修饰调控小胶质细胞/巨噬细胞驱动的神经炎症的新机制	首次发现ALKBH5-m6A-SOCS3调控轴在脑损伤后神经炎症中的关键作用，阐明了m6A RNA修饰在神经免疫调节中的新功能	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床验证	探究m6A RNA修饰在脑损伤后神经炎症调控中的作用机制	小胶质细胞/巨噬细胞及创伤性脑损伤模型	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、m6A RNA免疫沉淀测序、MeRIP-qPCR、RNA pull-down	控制性皮质撞击模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，采用多时间点采样策略
14	2025-09-25	Prolonged immune activation in post-acute sequelae of SARS-CoV-2: neutrophil dynamics and therapeutic insights 2025-Sep-24, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01539-5 PMID:40987794	研究论文	通过仓鼠模型揭示中性粒细胞活化在SARS-CoV-2感染后急性后遗症(PASC)中的关键作用及潜在治疗策略	首次建立PASC动物模型并发现中性粒细胞持续活化是驱动长期炎症的核心机制，筛选出Sivelestat作为有效治疗药物	研究基于仓鼠模型，临床转化需进一步验证；样本量有限（13.75%的SARS-CoV-2存活仓鼠发展为PASC）	阐明SARS-CoV-2感染后急性后遗症的免疫学机制并探索治疗策略	罗伯罗夫斯基仓鼠（Phodopus roborovskii）感染模型	免疫病理学	COVID-19后遗症	单细胞RNA测序、免疫组织化学	动物疾病模型	基因表达数据、组织病理数据	SARS-CoV-2感染存活仓鼠中13.75%发展为PASC表型
15	2025-09-25	Next-generation translational genomics for developing future crops 2025-Sep-24, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01704-z PMID:40987990	综述	本文综述了现代转化基因组学在作物育种中的应用进展与创新策略	从单一基因组转向泛基因组分析，从批量转录组转向单细胞转录组技术，结合人工智能实现高通量表型分析	NA	通过整合基因组学、转录组学和表型数据加速作物改良	农作物	基因组学	NA	基因组测序、转录组分析、单细胞转录组、高通量基因分型与表型分析	机器学习、人工智能模型	基因组数据、转录组数据、表型数据	NA
16	2025-09-25	Homocysteine Exacerbates Pulmonary Fibrosis via Orchestrating Syntaxin 17 Homocysteinylation of Alveolar Type II Cells 2025-Sep-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202507803 PMID:40990430	研究论文	本研究揭示了高同型半胱氨酸血症通过调控肺泡II型细胞中Syntaxin 17的同型半胱氨酸化加剧肺纤维化的分子机制	首次发现同型半胱氨酸通过诱导STX17蛋白的同型半胱氨酸化-泛素化级联反应导致自噬流障碍的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步开展	探究高同型半胱氨酸血症在特发性肺纤维化发病机制中的作用	特发性肺纤维化患者样本和小鼠模型	分子病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学分析	NA	分子生物学数据、测序数据	特发性肺纤维化患者与健康对照的血液和肺泡灌洗液样本
17	2025-09-25	A novel ZIKV-targeted scRNA-seq method for precise quantification of ZIKV RNA 2025-Sep-24, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01114-25 PMID:40990513	研究论文	开发了一种新型寨卡病毒靶向单细胞RNA测序方法，用于精确量化单个细胞中的寨卡病毒RNA	首创寨卡病毒靶向scRNA-seq技术，克服传统方法因病毒RNA缺乏poly(A)尾而难以检测的局限性	研究仅使用免疫健全乳鼠模型，尚未在人类样本或其它动物模型中验证	建立精确量化寨卡病毒RNA的单细胞检测方法并鉴定易感细胞类型	寨卡病毒感染乳鼠的脑组织细胞	单细胞测序技术	寨卡病毒感染	靶向scRNA-seq, 10× Genomics scRNA-seq, 免疫荧光分析(IFA)	NA	单细胞RNA测序数据	寨卡病毒感染10天后的乳鼠脑组织样本（具体数量未明确说明）
18	2025-09-25	DisConST: Distribution-aware Contrastive Learning for Spatial Domain Identification 2025-Sep-24, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf085 PMID:40990806	研究论文	提出一种名为DisConST的分布感知对比学习方法，用于提升空间转录组数据中的空间域识别精度	首次将零膨胀负二项分布与图对比学习相结合，生成能同时整合空间位置、转录组谱和细胞类型比例的潜在表示	NA	改进空间转录组数据中的空间域识别方法	多种测序平台下的正常和疾病状态的组织、器官和胚胎空间转录组数据	生物信息学	肿瘤	空间转录组测序	对比学习、深度学习	空间转录组数据	多种组织和胚胎数据集（具体数量未明确说明）
19	2025-09-25	Airway Epithelial Heterogeneity and Mucus Plugging in Asthmatic Bronchioles 2025-Sep-23, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202409-1849OC PMID:40986379	研究论文	本研究通过多组学技术揭示哮喘患者细支气管上皮细胞异质性与MUC5AC主导的黏液栓形成机制	首次发现哮喘细支气管存在MUC5AC高表达杯状细胞生态位，并证明其分布与免疫细胞定位无关	样本来源为离体组织，缺乏动态病理过程观察；免疫细胞与黏液栓形成的因果关系未明确	探究哮喘细支气管上皮生物学紊乱导致黏液栓形成的分子病理机制	重度哮喘患者和致命性哮喘患者的周边肺组织及细支气管基底细胞	呼吸病理学	哮喘	组织病理学、RNA原位杂交、免疫组化、空间转录组学、多重免疫表型分析	NA	组织切片图像、基因表达数据、蛋白质表达数据	重度哮喘患者、致命性哮喘患者和对照组的周边肺组织样本
20	2025-09-25	PASSpedia: A Polyadenylation Site Database Across Different Species at Single Cell Resolution 2025-Sep-23, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf089 PMID:40986375	研究论文	本研究开发了PASSpedia数据库，通过深度学习工具SCAPTURE v2分析了七种物种的单细胞RNA测序数据，构建了跨物种多聚腺苷酸化位点图谱	首次在单细胞分辨率下构建跨物种PAS数据库，利用深度学习工具从1330个单细胞RNA-seq数据集系统分析PAS使用偏好	NA	建立跨物种多聚腺苷酸化位点综合数据库并分析PAS使用规律	七种不同物种的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	3'标签测序、单细胞RNA-seq、长读长测序	深度学习	单细胞RNA测序数据	1330个已发表的3'标签单细胞RNA-seq数据集，涵盖七种物种