单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-07	Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis 2025-Sep-01, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001185 PMID:40501369	综述	本文综述了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）的发病机制和临床管理的最新进展，包括对激素途径、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制及LAM微环境的理解，以及新型治疗方法的开发	探讨了LAM细胞的子宫起源、免疫逃逸机制、新一代mTOR通路阻断剂的应用，以及单细胞RNA测序和空间转录组学在LAM研究中的应用	NA	总结LAM的发病机制和临床管理的最新研究进展，探索新型诊断和治疗方法	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者及其相关生物学机制	医学研究	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序、空间转录组学、人工智能	NA	生物标志物数据、转录组数据	NA
2	2025-08-07	Single-cell transcriptomic analyses reveal cellular and molecular patterns of rose petal responses to gray mold infection 2025-Sep, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf152 PMID:40756631	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了玫瑰花瓣对灰霉病感染的细胞和分子响应模式	首次在单细胞水平上解析了玫瑰花瓣对灰霉病感染的防御机制，鉴定了7个不同的细胞群和多个关键基因	研究仅针对'Jumilia'玫瑰品种，结果可能不适用于其他玫瑰品种	探究玫瑰花瓣对灰霉病感染的防御机制	玫瑰花瓣细胞	植物病理学	灰霉病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量（玫瑰花瓣细胞）
3	2025-08-07	Single-cell transcriptome sequencing reveals the sphingolipid metabolism pathway plays an important role in leaf senescence in tobacco 2025-Aug-06, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-07051-2 PMID:40764913	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究烟草叶片衰老过程中鞘脂代谢途径的作用	首次在衰老烟草叶片中分析单细胞转录组，发现鞘脂代谢途径基因在衰老过程中显著上调	研究仅聚焦于烟草叶片，结果可能不适用于其他植物或组织	阐明烟草叶片衰老的分子机制	烟草叶片组织	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	17,100个高质量细胞，分为15个簇和10种细胞类型
4	2025-08-07	Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 2025-Aug-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101918 PMID:40767624	研究论文	通过深度全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）区分人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态，并鉴定与视网膜母细胞瘤发生相关的视锥细胞特异性特征	揭示了先前未解决的视锥细胞前体状态，并提出了早期视锥前体内在表达在视网膜母细胞瘤起始中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏功能实验验证	理解人类视锥细胞和视杆细胞发育差异及其与视网膜母细胞瘤发生的关系	人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态	单细胞转录组学	视网膜母细胞瘤	全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
5	2025-08-07	WGCNA and single-cell analysis reveal ferroptosis-related gene signatures for hepatocellular carcinoma prognosis and therapy 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03335-z PMID:40767898	研究论文	通过WGCNA和单细胞分析揭示与肝细胞癌预后和治疗相关的铁死亡相关基因特征	结合WGCNA和单细胞RNA测序技术，首次系统地研究了铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达异质性及其与临床预后的关联	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	探索铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达模式及其临床意义	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	WGCNA, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本
6	2025-08-07	Cellular senescence in renal ischemia-reperfusion injury 2025-Aug-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003698 PMID:40625295	综述	本文综述了肾缺血再灌注损伤（IRI）中的细胞衰老现象及其在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转化中的关键作用	探讨了细胞衰老在IRI-AKI向慢性肾损伤转变中的核心机制，并讨论了针对细胞衰老的新兴疗法如senolytics和senomorphics	综述性质的文章，未涉及具体实验数据或样本量的限制	阐明细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的作用及其治疗潜力	肾缺血再灌注损伤（IRI）及其相关细胞衰老过程	病理学	肾病	单细胞测序技术、人工智能辅助药物筛选	NA	NA	NA
7	2025-08-07	Decoding the immune microenvironment of secondary chronic myelomonocytic leukemia due to diffuse large B-cell lymphoma with CD19 CAR-T failure by single-cell RNA-sequencing 2025-Aug-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003690 PMID:40625291	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解码了因CD19 CAR-T治疗失败导致的弥漫性大B细胞淋巴瘤继发慢性粒单核细胞白血病的免疫微环境	首次报道了CAR-T治疗后出现的一种新型继发肿瘤CMML，并详细描述了其免疫微环境特征	研究样本量较小，仅基于单个病例	阐明CAR-T治疗后继发肿瘤的发病机制并寻找潜在治疗靶点	CD19 CAR-T治疗失败的DLBCL患者继发CMML的骨髓样本	数字病理学	慢性粒单核细胞白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例患者的治疗前后骨髓样本
8	2025-08-07	High-resolution spatial transcriptomics in fixed tissue using a cost-effective PCL-seq workflow 2025-Aug-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279906.124 PMID:40764053	研究论文	介绍了一种名为PCL-seq的空间转录组学技术，用于固定组织中的高分辨率基因表达分析	开发了光控DNA标记策略的空间索引方法PCL-seq，适用于冷冻和FFPE组织，并实现亚细胞分辨率	NA	开发一种成本效益高且通用的空间转录组学工作流程	小鼠胚胎冷冻和FFPE组织切片	空间转录组学	NA	PCL-seq（光解和连接测序）	NA	基因表达数据	小鼠胚胎冷冻和FFPE组织切片，检测到约170,000个UMIs和8,600个基因
9	2025-08-07	Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology 2025-Aug-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62593-1 PMID:40764306	research paper	介绍了一个名为Thor的综合平台，用于细胞级别的空间转录组学和组织学图像分析	Thor平台采用抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效结合基因表达和细胞形态	未提及具体局限性	开发一个综合平台，用于空间转录组学和组织学图像的细胞级别分析	空间转录组学数据和组织学图像	digital pathology	heart failure, breast cancer	spatial transcriptomics, ISH, MERFISH, Xenium, Stereo-seq, Visium HD	anti-shrinking Markov diffusion method	gene expression data, histological images	模拟数据和多个空间平台数据（ISH、MERFISH、Xenium、Stereo-seq）
10	2025-08-07	Clock pathway inhibitor overcomes tumor immune-exclusion via regulation of fibrocyte differentiation 2025-Aug-05, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01066-6 PMID:40764393	研究论文	该研究探讨了时钟通路抑制剂通过调节纤维细胞分化来克服肿瘤免疫排斥的机制	首次揭示了时钟基因在纤维细胞分化中的作用，并展示了时钟通路抑制剂KL001在转化免疫排斥肿瘤为免疫活跃肿瘤方面的潜力	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索克服肿瘤免疫排斥的新方法	肺腺癌组织中的纤维细胞和αSMA阳性癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
11	2025-08-07	Role of T cell exhaustion and tissue-resident memory T cells in the expression and prognosis of colorectal cancer 2025-Aug-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14409-x PMID:40764738	研究论文	探讨T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌表达和预后中的作用	首次通过单细胞测序数据分析了结直肠癌患者T细胞亚型的免疫景观，并揭示了Tex和pf-Trm细胞在不同临床阶段的功能变化及其预后意义	研究主要基于单细胞测序和流式细胞术数据，未涉及体内或体外功能验证实验	研究T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌中的表达及其对预后的影响	结直肠癌患者的T细胞亚型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序, 流式细胞术	NA	单细胞测序数据, 流式细胞术数据	结直肠癌患者队列（具体数量未提及）
12	2025-08-07	Epithelial characteristics of ovarian clear cell carcinoma at single-cell resolution 2025-Aug-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08617-4 PMID:40764744	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了卵巢透明细胞癌(OCCC)的转录组图谱，并分析了正常卵巢、卵巢子宫内膜异位症、原发性OCCC和复发性OCCC组织中上皮细胞的特性	首次在单细胞分辨率下鉴定了OCCC恶性上皮细胞的特定亚群，并发现了173个与OCCC相关的候选因子，揭示了6个转录因子及其靶标在OCCC发生和复发中的作用	研究样本量有限，且仅针对OCCC这一罕见亚型	探究卵巢透明细胞癌恶性上皮细胞的分子特征及其在肿瘤发生和复发中的作用	正常卵巢、卵巢子宫内膜异位症、原发性OCCC和复发性OCCC组织	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，包括正常卵巢、卵巢子宫内膜异位症、原发性OCCC和复发性OCCC组织
13	2025-08-07	Microneedle Delivery of Small Extracellular Vesicles From Young Blood to Treat Endothelial Senescence 2025-Aug-05, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202418352 PMID:40765122	研究论文	该研究探讨了年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs）通过微针贴片递送对老年小鼠内皮细胞衰老的调节作用	首次使用微针贴片递送年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs），并证明其能有效减轻老年小鼠的内皮细胞衰老和炎症	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	研究年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs）对老年内皮细胞衰老的调节作用	老年小鼠（22-24个月大）的内皮细胞	生物医学工程	老年疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	老年小鼠（22-24个月大）
14	2025-08-07	Multi-omics prediction of axillary treatment response and tumour microenvironment alterations in lymph node-positive luminal breast cancer 2025-Aug-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07877-6 PMID:40759637	研究论文	本研究通过多组学模型预测淋巴结阳性luminal乳腺癌患者的腋窝治疗反应及肿瘤微环境变化	首次构建多组学模型预测病理淋巴结完全缓解(pLCR)，并通过单细胞RNA测序分析揭示不同疗效患者的肿瘤免疫微环境差异	研究样本量较小(5名患者的14个样本)，且为回顾性研究	开发术前评估腋窝淋巴结转移患者对NAC治疗反应的方法	淋巴结阳性的luminal乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序, 放射组学分析	多组学预测模型	影像数据, 临床数据, 病理数据, 单细胞RNA测序数据	两个中心的患者数据(具体数量未明确), 5名患者的14个单细胞样本
15	2025-08-07	Optimized summary-statistic-based single-cell eQTL meta-analysis 2025-Aug-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08808-3 PMID:40759673	research paper	本文探讨了基于优化汇总统计的单细胞eQTL元分析方法，以提高细胞类型特异性eQTL的检测能力	提出了一种联合加权元分析（WMA）方法，整合不同scRNA-seq数据集的汇总统计，解决了样本量小和数据共享隐私限制的问题	未提及具体样本量或数据集数量，可能影响方法验证的广泛性	提高单细胞研究中细胞类型特异性eQTL的检测能力	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	WMA（加权元分析）	基因表达数据	NA
16	2025-08-07	Semi-supervised contrastive learning variational autoencoder Integrating single-cell multimodal mosaic datasets 2025-Aug-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06239-5 PMID:40759922	研究论文	提出了一种基于变分自编码器的半监督对比学习框架scGCM，用于整合单细胞多模态马赛克数据集并消除批次效应	开发了灵活的scGCM框架，能够有效整合缺失模态的单细胞多模态数据，并在聚类准确性和数据一致性方面优于现有方法	未提及该方法在超大规模数据集上的计算效率问题	解决单细胞多模态马赛克数据集整合和批次效应消除的挑战	单细胞多模态马赛克数据集	生物信息学	NA	单细胞测序技术	变分自编码器(VAE)	单细胞多模态组学数据	多个包含不同单细胞数据模态的数据集
17	2025-08-07	Repurposed clindamycin suppresses pyroptosis in tumor-associated macrophages through Inhibition of caspase-1 2025-Aug-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03478-5 PMID:40759978	研究论文	本研究通过计算和实验方法，发现克林霉素可抑制肿瘤相关巨噬细胞中的caspase-1活性，从而减少炎症小体激活和细胞焦亡	开发了一种结合单细胞转录组学、网络分析和药物对接的计算流程，用于筛选可重新利用的药物，并首次发现克林霉素对caspase-1的抑制作用	研究仅在体外实验验证了克林霉素的作用，尚未进行体内实验	探索肿瘤相关巨噬细胞的免疫调节方法，以改善葡萄膜黑色素瘤的肿瘤微环境	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	计算生物学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞转录组学、网络分析、多标准决策技术、药效团对接模拟	NA	转录组数据	NA
18	2025-08-07	Identification of IQGAP3 prognostic potential and involvement in immune cell infiltration in LUAD 2025-Aug-04, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02976-8 PMID:40760442	研究论文	本研究探讨了IQGAP3在肺腺癌(LUAD)中的预后潜力及其在免疫细胞浸润中的作用	首次揭示了IQGAP3通过RAS-ERK信号通路调控细胞周期并诱导T细胞耗竭的机制，并验证了IQGAP3敲低与抗PD-1联合治疗的疗效	研究主要基于临床样本和动物模型，尚未在更大规模的人群中进行验证	阐明IQGAP3在LUAD进展和肿瘤免疫微环境调控中的作用机制	肺腺癌(LUAD)组织和细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	RNA测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-qPCR、Western blotting、多重免疫荧光染色	C57BL/6皮下移植瘤模型	基因表达数据、蛋白质数据、图像数据	临床标本和动物模型
19	2025-08-04	Rotation-invariance is essential for accurate detection of spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62574-4 PMID:40753081	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
20	2025-08-07	A multi-tissue human knee single-cell atlas identifies that osteoarthritis reduces regenerative tissue stem cells while increasing inflammatory pain macrophages 2025-Aug-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08586-8 PMID:40753276	研究论文	构建了首个膝关节骨关节炎的单细胞RNA测序图谱，揭示了骨关节炎中组织干细胞减少和炎症性疼痛巨噬细胞增加的分子机制	首次构建了膝关节多组织的单细胞RNA测序图谱，揭示了骨关节炎中组织干细胞和免疫细胞的显著变化	研究仅关注了膝关节的四种组织，未涉及其他关节或更广泛的骨关节炎病理机制	揭示骨关节炎的分子机制，为靶向治疗提供基础	膝关节的关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨	单细胞测序	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种膝关节组织（关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨）的单细胞数据