单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-25	Shear stress-induced endothelial HEG1 signalling regulates vascular tone and blood pressure 2025-Sep-23, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf742 PMID:40986512	研究论文	本研究揭示了内皮细胞HEG1蛋白通过剪切应力感应调控血管张力和血压的新机制	首次发现HEG1作为剪切应力敏感蛋白通过CUL3介导的PHACTR1降解途径调节eNOS转录和NO产生	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化需要进一步验证	阐明内皮HEG1在血压调控中的作用及分子机制	内皮细胞、小鼠模型、人类动脉和血浆样本	心血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、转录组学、泛素化分析、计算流体动力学	内皮特异性Heg1基因敲除小鼠模型	基因组数据、蛋白质数据、血流动力学数据	多个独立队列的人类样本和转基因小鼠模型
22	2025-09-25	Comprehensive characterization of the molecular feature of acetylation in colorectal cancer using integrated single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Sep-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-21081-8 PMID:40987803	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，系统表征结直肠癌中的乙酰化分子特征及其与预后和免疫微环境的关系	首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析结直肠癌乙酰化特征，开发了包含101种机器学习算法的乙酰化相关预后标志物	NA	探索结直肠癌中乙酰化特征与预后及免疫微环境的关联	结直肠癌患者样本	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、ssGSEA方法	机器学习算法	RNA测序数据	两个来自GEO数据库的单细胞RNA测序数据集
23	2025-09-25	Cholesterol metabolic reprogramming mediates microglia-induced chronic neuroinflammation and hinders neurorestoration following stroke 2025-Sep-23, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-025-01379-7 PMID:40987840	研究论文	本研究揭示了胆固醇代谢重编程在脑卒中后小胶质细胞介导的慢性神经炎症中的作用机制	首次发现缺血性损伤通过胆固醇积累诱导小胶质细胞代谢重编程，并证实CYP46A1激活可促进白质修复和功能恢复	研究仅使用雄性小鼠模型，缺乏雌性动物验证	探究脑卒中后慢性神经炎症的分子机制及治疗策略	小鼠小胶质细胞和脑卒中模型	神经科学	脑卒中	单细胞RNA测序、基因编辑、药理学干预	动物模型	基因表达数据、行为学数据	雄性小鼠模型
24	2025-09-25	A Systematic Review on the Role of the Stria Vascularis in Menière's Disease Pathogenesis 2025-Sep-23, Journal of the Association for Research in Otolaryngology : JARO DOI:10.1007/s10162-025-01006-y PMID:40987969	系统综述	本文通过系统综述探讨了血管纹基因表达与梅尼埃病发病机制的关联	首次系统整合血管纹三种细胞类型（边缘细胞、中间细胞、基底细胞）的基因表达谱与梅尼埃病的病理联系	纳入研究数量有限（130篇），且人类研究仅占26篇	评估血管纹基因在梅尼埃病发病机制中的病理生理学作用	血管纹细胞（边缘细胞/中间细胞/基底细胞）及缝隙连接蛋白	医学病理学	梅尼埃病	系统综述、基因集富集分析、单细胞RNA测序	NA	文献数据、基因表达数据	130项研究（26项人类研究、101项动物研究、3项人-动物联合研究）
25	2025-09-25	Impaired early type I interferon responses to influenza virus infection in aged mice are associated with subsequent increased pulmonary inflammation 2025-Sep-23, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01892-3 PMID:40987991	研究论文	本研究通过比较年轻和老年小鼠对甲型流感病毒感染的先天免疫反应差异，揭示年龄相关的早期I型干扰素反应受损导致病毒复制增强和后期肺部炎症加重的机制	首次结合scRNA-seq技术系统揭示老年小鼠流感感染中I型/III型干扰素反应时序失调与肺部炎症动态变化的细胞分子机制	研究仅限于C57BL/6J小鼠模型，未验证人类临床样本的相关性	探究年龄因素对流感病毒感染先天免疫反应调控的影响机制	12周龄（年轻）和70周龄（老年）C57BL/6J小鼠	免疫病理学	流感病毒感染	qRT-PCR, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 组织病理学分析	NA	基因表达数据、病理评分数据、单细胞转录组数据	年轻与老年小鼠群体的对比实验（具体数量未明确说明）
26	2025-09-25	Fibroblast Dysregulation in Multiple Idiopathic External Cervical Resorption: Laboratory Investigation From a Rare Case of 13 Affected Teeth 2025-Sep-23, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.70037 PMID:40988149	研究论文	通过实验室研究探讨多发性特发性颈外吸收病例中成纤维细胞的异常调控机制	首次结合全外显子测序、单细胞RNA测序和体外实验揭示GNAS错义突变通过PI3K/Akt通路导致成纤维细胞异常活化在MIECR发病中的作用	基于单个罕见病例的研究，样本量有限	阐明多发性特发性颈外吸收的发病机制	一名影响13颗牙齿的MIECR患者的手术样本（肉芽组织和拔除牙齿）	口腔病理学	牙科疾病	全外显子测序、单细胞RNA测序、组织病理学分析、体外细胞实验	NA	基因组数据、转录组数据、组织学数据	1例患者（13颗受影响牙齿的手术样本）
27	2025-09-25	Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids 2025-Sep-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024 PMID:40412386	研究论文	本研究通过工程化血管系统成功诱导人多能干细胞来源的胰岛类器官实现功能成熟	首次构建了具有血管化的三维SC-胰岛类器官模型，揭示了血管通过形成胰岛样基底膜和BMP信号通路促进β细胞功能成熟的机制	研究主要基于体外模型和小鼠实验，尚未在更大动物模型或临床环境中验证	开发具有血管功能的干细胞衍生胰岛类器官以改善糖尿病治疗	人多能干细胞来源的胰岛细胞、人原代内皮细胞和成纤维细胞	组织工程与再生医学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微流体装置、三维细胞培养	NA	基因表达数据、钙成像数据、功能测试数据	涉及人多能干细胞、人原代内皮细胞和成纤维细胞共培养体系
28	2025-09-25	Identification of type 2 diabetes- and obesity-associated human β-cells using deep transfer learning 2025-Sep-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96713 PMID:40982369	研究论文	应用深度迁移学习工具DEGAS识别与2型糖尿病和肥胖相关的人类β细胞亚群	首次将深度迁移学习工具DEGAS应用于单细胞RNA-seq数据，将疾病关联从批量表达数据映射到单细胞水平	研究样本量有限，未来需要扩展更多人类胰岛组学数据集	优先识别疾病相关的β细胞亚群以理解2型糖尿病发病机制并发现靶向治疗基因	人类胰腺胰岛β细胞	生物信息学	2型糖尿病	单细胞RNA-seq、免疫染色、深度迁移学习	DEGAS（深度迁移学习工具）	单细胞转录组数据、批量表达数据、组织切片图像	来自健康供体和2型糖尿病供体的人类胰腺样本
29	2025-09-25	Neuroprotective role of DNTαβ Cell transplantation on modulating immune microenvironment in spinal cord injured mice 2025-Sep-22, Neurotherapeutics : the journal of the American Society for Experimental NeuroTherapeutics IF:5.6Q1 DOI:10.1016/j.neurot.2025.e00743 PMID:40987706	研究论文	本研究探讨DNTαβ细胞移植通过调节免疫微环境对脊髓损伤小鼠的神经保护作用	首次发现DNTαβ细胞移植可通过Gzmb和IFN通路调节免疫反应促进脊髓损伤修复	研究仅限于小鼠模型，尚未进行临床验证	验证DNTαβ细胞移植对脊髓损伤免疫微环境的调节作用及治疗效果	脊髓损伤小鼠模型	神经免疫学	脊髓损伤	流式细胞术、单细胞测序、转录组测序、免疫组织化学	动物模型	流式数据、测序数据、行为学数据	小鼠实验模型（具体数量未明确说明）
30	2025-09-25	Leveraging single-cell transcriptomics of developing rat ocular outflow tissues to prioritize congenital glaucoma candidate genes 2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672439 PMID:40909638	研究论文	本研究通过构建发育期大鼠眼房水流出通路组织的单细胞转录组图谱，筛选先天性青光眼候选基因	首次生成发育期AHOP组织的单细胞RNA测序数据集，鉴定出395个在发育TM/SC亚型中特异性上调的基因	研究局限于大鼠模型，人类临床样本验证尚未进行	探索先天性青光眼的遗传机制并筛选候选基因	发育期大鼠眼房水流出通路组织（小梁网和Schlemm管）	生物信息学	先天性青光眼	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	86,653个细胞（包含超过10,000个TM/SC相关细胞），覆盖29,626个基因
31	2025-09-25	Decoding functional and developmental trajectories of tissue-resident uterine dendritic cells through integrative omics 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113351 PMID:40949104	研究论文	通过整合组学技术解析子宫组织驻留树突状细胞的功能和发育轨迹	首次利用单细胞RNA测序和CITE-seq技术系统揭示人类子宫内膜中树突状细胞的发育轨迹和功能亚型	研究样本仅限于特定月经周期和早孕期，未涵盖完整生殖周期	阐明子宫树突状细胞的起源、发育路径和功能多样性	人类子宫内膜组织中的树突状细胞	单细胞组学	生殖系统疾病	scRNA-seq, CITE-seq	NA	单细胞转录组数据、表面蛋白表达数据	不同月经周期和早孕期的子宫组织样本
32	2025-09-25	Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to attenuate cortical excitability during TDP-43-related neurodegeneration 2025-Sep-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.016 PMID:40975067	研究论文	本研究揭示了杆状小胶质细胞通过与神经元树突相互作用抑制TDP-43相关神经退行性疾病中皮层过度兴奋的神经保护机制	首次发现杆状小胶质细胞特定亚群通过重塑兴奋性突触输入直接调控皮层神经元过度活跃的新机制	研究局限于TDP-43神经退行性疾病的小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探究小胶质细胞在神经退行性疾病相关皮层兴奋性异常中的具体作用机制	TDP-43神经退行性疾病小鼠模型（rNLS8转基因小鼠）的皮层神经元和微胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	多通道探针记录、纵向活体钙成像、空间转录组测序、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	电生理记录数据、钙成像数据、RNA测序数据	rNLS8转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
33	2025-09-25	Multi-omics integrated analysis identifies key biomarkers for hepatocellular carcinoma 2025-Sep-19, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000044642 PMID:40988212	研究论文	通过多组学整合分析鉴定肝细胞癌的关键生物标志物CNIH4	首次将空间转录组学、瘤内感染数据与免疫微环境分析相结合，系统揭示CNIH4在肝细胞癌中的异质性及其与免疫调控的关联	需要临床样本进一步验证结论	探索肝细胞癌的关键病因和新治疗方法	肝细胞癌生物标志物CNIH4	生物信息学	肝细胞癌	转录组全关联研究、孟德尔随机化分析、加权相关网络分析、空间转录组学、分子对接、虚拟筛选	机器学习	多组学数据（转录组、空间转录组、感染数据）	NA
34	2025-09-25	Single-vessel transcriptome map pathological landscapes and reveal NR2F2-mediated smooth muscle cell phenotype acquisition in capillary malformations 2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.02.673874 PMID:40950147	研究论文	通过单血管空间转录组技术揭示毛细血管畸形中NR2F2介导的平滑肌细胞表型获得的病理机制	首次在单血管水平构建毛细血管畸形的空间转录组图谱，发现NR2F2是调控平滑肌细胞表型获得的关键因子	研究样本量有限，主要基于体外iPSC模型验证机制	解析毛细血管畸形的血管病理发生机制	毛细血管畸形患者的血管组织样本和iPSC衍生细胞	血管生物学	毛细血管畸形	空间全转录组分析(GeoMx)、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、计算机基因扰动预测	iPSC分化模型、Tet-on基因表达系统	转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	未明确具体样本数量，使用毛细血管畸形病变组织进行多组学分析
35	2025-09-25	A 30-gene classifier distinguishes low-risk MDS HSPCs from healthy HSPCs 2025-Sep-17, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.105252 PMID:40972808	研究论文	本研究利用单细胞转录组学开发了一个30基因分类器，用于区分低风险骨髓增生异常综合征与健康的造血干细胞和祖细胞	首次通过单细胞转录组学分析揭示了LR-MDS HSPCs的分子特征，并开发了能够区分病变与正常HSPCs的30基因标志物	研究样本量未明确说明，需要进一步验证该基因分类器的临床适用性	探索低风险骨髓增生异常综合征的病理生理学机制并发现潜在治疗靶点	低风险MDS患者的造血干细胞和祖细胞	生物信息学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组学、网络分析、分类算法	基因分类器	单细胞RNA测序数据	NA
36	2025-09-25	Single-cell transcriptome combined with genetic tracing reveals a roadmap of fibrosis formation during proliferative vitreoretinopathy 2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424487122 PMID:40920930	研究论文	结合单细胞转录组和遗传谱系追踪技术，揭示增殖性玻璃体视网膜病变中纤维化形成的细胞路径	首次整合单细胞转录组学与遗传谱系追踪技术，系统阐明RPE细胞在PVR纤维化过程中的动态转化路径并发现TSP-1的关键调控作用	NA	解析PVR相关成纤维细胞的细胞起源及纤维化形成机制	视网膜色素上皮细胞、免疫细胞和Müller细胞	单细胞生物学	增殖性玻璃体视网膜病变	单细胞转录组测序、遗传谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	NA
37	2025-09-25	Dynamic and precise electromagnetic levitation of single cells 2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2512246122 PMID:40920932	研究论文	介绍一种名为Electro-LEV的新型平台，通过电磁和磁悬浮原理实现单细胞在3D微流体环境中的动态精确操控	首次将电磁与磁悬浮原理结合，实现单细胞在三维空间的动态精确操控，并能区分单细胞与细胞簇的悬浮行为差异	NA	开发新型细胞操控技术以提高细胞分选的纯度和效率	单细胞和细胞簇	生物医学工程	NA	电磁悬浮技术	NA	细胞位置追踪数据	多种颗粒和细胞类型
38	2025-09-25	Sorting nexin 3 promotes ischemic retinopathy through RIP1- and RIP3-mediated myeloid cell necroptosis and mitochondrial fission 2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426578122 PMID:40924459	研究论文	本研究揭示了分选连接蛋白3通过调控髓系细胞坏死性凋亡和线粒体分裂促进缺血性视网膜病变的分子机制	首次发现SNX3在缺血性视网膜病变髓系细胞中特异性上调，并阐明其通过RIP1/RIP3信号通路调控坏死性凋亡的新机制	研究主要基于小鼠OIR模型，人类临床相关性需进一步验证	探究SNX3在缺血性视网膜病变中的作用机制	小鼠视网膜髓系细胞（小胶质细胞/巨噬细胞）	分子病理学	视网膜病变	单细胞RNA测序、免疫染色、GST pull-down、免疫共沉淀	氧诱导视网膜病变模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
39	2025-09-25	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing identifies oxidative stress signatures of radiation-induced lung injury in mice through machine learning 2025-Sep-16, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106863 PMID:40967560	研究论文	本研究通过整合bulk RNA和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法系统分析了小鼠放射性肺损伤的氧化应激特征	首次整合bulk和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法识别放射性肺损伤的氧化应激特征生物标志物	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探索放射性肺损伤的早期诊断生物标志物和分子机制	小鼠放射性肺损伤模型	生物信息学	放射性肺损伤	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、RT-PCR、免疫组化	随机森林、支持向量机、LASSO回归	RNA测序数据	NA
40	2025-09-25	Revealing the core immunotoxicity of di-n-pentyl phthalate exposure in murine models using single-cell RNA sequencing 2025-Sep-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118754 PMID:40753775	研究论文	通过单细胞RNA测序技术系统评估邻苯二甲酸二正戊酯（DNPP）暴露对小鼠免疫系统的毒性影响	首次在单细胞分辨率水平全面揭示DNPP对免疫系统的特异性毒性作用机制	研究局限于小鼠模型，需进一步验证对人类免疫系统的潜在影响	系统评估DNPP暴露引起的免疫系统改变	小鼠脾脏组织及外周血免疫细胞	毒理学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠体内模型和体外实验	基因表达数据	不同DNPP剂量暴露的多个小鼠模型