单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-07	Identification of prognostic genes related to T cell proliferation in papillary thyroid cancer based on single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data 2025-Aug-02, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01826-5 PMID:40753315	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与甲状腺乳头状癌（PTC）中T细胞增殖相关的预后基因	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了KLRB1、TSHZ2和TRABD2A作为PTC的新型预后基因，并构建了风险模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索T细胞增殖相关基因在PTC中的预后价值和潜在分子机制	甲状腺乳头状癌（PTC）患者	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox回归、机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的PTC样本
22	2025-08-07	Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.657506 PMID:40766395	研究论文	利用单细胞转录组学技术解码细胞应激状态，以应用于毒理学研究	使用TempO-LINC®平台生成单细胞转录组数据，详细分析多种应激反应通路，并揭示细胞亚群对化学物质的动态响应	研究仅针对HepaRG细胞，未涉及其他细胞类型或体内环境	解码细胞应激状态，以理解毒理学中的细胞适应性和终末转变	约40,000个暴露于不同化学物质的HepaRG细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序(SCTr)	NA	转录组数据	约40,000个HepaRG细胞
23	2025-08-07	OmniCellAgent: Towards AI Co-Scientists for Scientific Discovery in Precision Medicine 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667797 PMID:40766492	研究论文	开发了一种名为OmniCellAgent的新型AI代理，旨在帮助非计算专家用户进行单细胞RNA测序数据驱动的生物医学研究	首次设计了能够系统整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、累积的生物医学知识和文献检索的AI代理，以促进精准医学中的自主科学发现	未提及具体的性能评估或用户反馈数据	促进精准医学中的自主科学发现	非计算专家用户（如患者、家庭成员、临床医生和实验室研究人员）	精准医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	大型语言模型（LLMs）	单细胞组学数据	NA
24	2025-08-07	PTEN restrains SHH medulloblastma growth through cell autonomous and nonautonomous mechanisms 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667996 PMID:40766638	research paper	该研究探讨了PTEN在抑制SHH髓母细胞瘤生长中的作用，通过细胞自主和非自主机制	揭示了PTEN缺失如何通过影响细胞增殖、分化状态及肿瘤微环境中的巨噬细胞浸润，加速SHH髓母细胞瘤的生长	研究主要基于小鼠模型，结果在人类患者中的适用性尚需进一步验证	阐明PTEN在SHH髓母细胞瘤生长中的调控机制及其对疾病预后的影响	SHH髓母细胞瘤小鼠模型及小脑颗粒细胞前体细胞(GCPs)	肿瘤生物学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个小鼠模型
25	2025-08-07	Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's Disease (AD) 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667719 PMID:40766691	研究论文	本研究通过多区域空间转录组学技术，揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对β-淀粉样蛋白斑块诱导变化的区域特异性差异	首次在多个脑区同时进行空间转录组学和Aβ免疫荧光染色分析，揭示了神经元亚型和分子机制在区域特异性差异中的作用	研究仅基于两名Braak III和Thal 4期AD患者的样本，样本量较小	探究阿尔茨海默病中不同脑区对Aβ斑块诱导变化的区域特异性差异的细胞和分子机制	阿尔茨海默病患者的内嗅皮层、枕颞皮层、背外侧前额叶皮层和纹状皮层	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 图像数据	两名Braak III和Thal 4期AD患者的多个脑区样本
26	2025-08-07	Predicting Single-Cell Drug Sensitivity Utilizing Adaptive Weighted Features for Multi-Source Domain Adaptation 2025-Aug, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3553126 PMID:40111773	研究论文	本文提出了一种名为scAdaDrug的新型多源域适应模型，用于预测单个细胞的药物反应	引入了自适应重要性感知表示学习的多源域适应模型，通过对抗域适应提取与药物反应相关的域不变特征，并采用即插即用模块生成重要性感知且相互独立的权重	未明确提及具体局限性	提高单细胞水平药物反应预测的准确性	单细胞转录组数据	机器学习	肿瘤	单细胞测序技术	多源域适应模型	单细胞转录组数据	多个独立数据集，包括细胞系、PDX模型和临床肿瘤患者队列的单细胞数据集
27	2025-08-07	Association of DNA damage response signals and oxidative stress status with nivolumab efficacy in patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03032-2 PMID:40410274	research paper	该研究探讨了DNA损伤反应信号和氧化应激状态与头颈部鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的关联	首次在PBMCs中测量DDR相关信号和氧化应激状态，并发现其与免疫检查点抑制剂疗效的相关性	样本量较小（50名患者），需要进一步验证	探索DDR相关信号和氧化应激状态作为nivolumab疗效预测生物标志物的潜力	头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学	NA	PBMCs样本和活检组织RNA数据	50名复发/转移性HNSCC患者和26名健康对照
28	2025-08-07	Remodelling hypoxic TNBC microenvironment restores antitumor efficacy of Vγ9Vδ2 T cell therapy 2025-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03045-x PMID:40437021	研究论文	本研究探讨了通过重塑缺氧的TNBC微环境来恢复Vγ9Vδ2 T细胞治疗的抗肿瘤效果	揭示了γδ T细胞在TNBC微环境中的功能异质性，并提出了通过抑制HIF-1信号通路来增强Vγ9Vδ2 T细胞治疗效果的策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	提高Vγ9Vδ2 T细胞治疗在晚期乳腺癌中的疗效	三阴性乳腺癌（TNBC）微环境中的γδ T细胞	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	流式细胞术、原子力显微镜、共聚焦激光扫描显微镜、小鼠模型	小鼠模型	scRNA-seq数据、TCGA数据	TNBC、非TNBC及健康个体的样本
29	2025-08-07	Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer 2025-Aug, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03434-9 PMID:40442475	研究论文	该研究探讨了胰腺癌中巨噬细胞激活对肌肉消耗的影响	通过单细胞RNA测序分析，确定了CHI3L1和CHI3L3在巨噬细胞中的差异表达，揭示了它们在早期肌肉消耗中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究胰腺癌中非肿瘤微环境对恶病质的贡献	转基因Kras;Trp53;Pdx1-Cre (KPC) GEMM小鼠模型和C2C12成肌细胞	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	转基因小鼠模型	基因表达数据	PBMC (29,615个细胞) 和 MDST (23,151个细胞)
30	2025-08-07	Patterns of intra- and intertumor phenotypic heterogeneity in lethal prostate cancer 2025-Aug-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186599 PMID:40493417	研究论文	本研究探讨了致死性前列腺癌中肿瘤内和肿瘤间的表型异质性模式	结合原位组织学和测序方法，揭示了患者、转移灶和细胞水平的表型异质性，并发现患者内肿瘤间分子亚型异质性与基因组和临床特征相关	样本量相对有限（52名患者），且仅针对致死性前列腺癌，可能不适用于其他阶段或类型的癌症	定义致死性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内异质性的模式、程度和后果	52名转移性前列腺癌患者的630多个肿瘤样本	数字病理学	前列腺癌	原位组织学分析、测序技术、单细胞测序	NA	组织样本、测序数据	52名患者的630多个肿瘤样本
31	2025-08-07	Targeting the HNRNPA2B1/HDGF/PTN Axis to Overcome Radioresistance in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Aug, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2024.0808 PMID:40643435	research paper	本研究探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）中放射抗性的分子机制，聚焦于HNRNPA2B1/HDGF/PTN信号通路及其在自噬依赖性铁死亡调控中的作用	揭示了HNRNPA2B1/HDGF/PTN通路通过调控自噬依赖性铁死亡促进放射抗性的新机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探索克服非小细胞肺癌放射抗性的潜在治疗靶点	非小细胞肺癌细胞系和小鼠肿瘤模型	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、生化染色、RT-qPCR、Western blot、MeRIP-qPCR	放射抗性肺癌细胞系和小鼠肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、RNA修饰数据	43-214个样本（具体数量未明确说明）
32	2025-08-07	Defining the Ovarian Cancer Precancerous Landscape through Modeling Fallopian Tube Epithelium Reprogramming Driven by Extracellular Vesicles 2025-Aug-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0064 PMID:40689422	研究论文	本研究通过微流体组织培养平台结合空间转录组学和蛋白质组学，探索了卵巢癌来源的小细胞外囊泡（sEV）对人类输卵管上皮（hFTE）的早期分子变化影响	开发了一种新的微流体组织培养平台，结合空间转录组学和蛋白质组学，首次系统地研究了sEV对hFTE的短期和长期影响	研究仅针对体外模型，未涉及体内环境的复杂性	探索卵巢癌前病变的分子机制，特别是sEV在其中的作用	人类输卵管上皮（hFTE）和卵巢癌来源的小细胞外囊泡（sEV）	癌症生物学	卵巢癌	微流体组织培养、空间转录组学、蛋白质组学	体外组织培养模型	转录组数据、蛋白质组数据	NA
33	2025-08-07	Developing risk stratification strategies and biomarkers for recurrent hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70410 PMID:40741894	research paper	该研究旨在开发肝细胞癌（HCC）复发的风险分层策略和生物标志物	结合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学生物标志物、液体活检技术以及AI驱动的组织学和放射组学分析，优化复发风险分层	传统临床和病理预测因子在准确识别高风险患者方面存在不足	提高肝细胞癌（HCC）复发的风险分层准确性并指导围手术期治疗	肝细胞癌（HCC）患者	digital pathology	liver cancer	genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic biomarkers, liquid biopsy, AI-driven histological and radiomic analyses, single-cell and spatial transcriptomics	NA	genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic data, histological and radiomic images	NA
34	2025-08-07	Dynamical systems theory as an organizing principle for single-cell biology 2025-Aug-01, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00565-3 PMID:40750599	research paper	本文探讨了动力系统理论作为单细胞生物学组织原则的潜力	提出动力系统理论作为解释单细胞基因表达数据的理论框架	NA	为单细胞基因表达数据提供可解释、因果和定量的分析视角	单细胞转录组数据	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
35	2025-08-07	Single-cell spatial atlas of smoking-induced changes in human gingival tissues 2025-Aug-01, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00385-5 PMID:40750693	研究论文	利用单细胞空间转录组学技术研究吸烟对人类牙龈组织的影响及其与牙周炎的关联	首次使用Visium HD单细胞空间转录组学技术，揭示了吸烟通过破坏上皮屏障完整性、改变成纤维细胞功能及调控细胞间通讯加剧牙周炎的机制	样本量较小（12人），且仅针对牙龈组织进行研究	探究吸烟导致牙周炎的具体分子机制	人类牙龈组织	数字病理学	牙周炎	Visium HD单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	12名个体（包括牙周炎患者、吸烟相关牙周炎患者和健康对照）
36	2025-08-07	Aberrant pace of cortical neuron development in brain organoids from patients with 22q11.2 deletion syndrome-associated schizophrenia 2025-Aug-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62187-x PMID:40750773	research paper	研究22q11.2缺失综合征相关精神分裂症患者大脑类器官中皮质神经元发育异常的机制	首次在22q11.2DS和SCZ患者的大脑类器官中发现细胞类型特异的发育异常，揭示了DGCR8单倍体不足通过调控成熟速度基因导致神经元发育延迟的机制	研究仅基于类器官模型，未在完整人脑组织中验证	探究22q11.2缺失如何影响早期人脑发育	22q11.2缺失综合征和精神分裂症患者的大脑类器官	神经科学	精神分裂症	单细胞RNA测序、微RNA分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	大脑类器官模型	基因表达数据、钙成像数据	22q11.2DS和SCZ患者来源的类器官样本
37	2025-08-07	SCENE: Signature Collection for Endometrial Cancer Prognosis 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70762 PMID:40754672	研究论文	本文介绍了SCENE数据库，该数据库收集子宫内膜癌（EC）的转录组特征，以关联这些特征与患者预后	创建了SCENE数据库，首次系统地收集和注释了EC的转录组特征及其与预后的关联	数据库依赖于已有文献，可能无法涵盖所有相关研究或最新发现	提高子宫内膜癌预后的预测准确性	子宫内膜癌患者的转录组特征	数字病理学	子宫内膜癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	约200项研究，包括700个mRNA特征、60个miRNA和150个lncRNA
38	2025-08-07	Unravelling Osteoporosis: Key Genes and Potential Therapies 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70759 PMID:40764749	研究论文	通过GWAS数据和多种组学技术，识别与骨质疏松症相关的关键基因及其潜在治疗靶点	首次通过孟德尔随机化结合单细胞RNA测序和免疫浸润分析，鉴定出FMO4、PSMA4和VEGFA三个骨质疏松症相关基因，并揭示其分子机制和调控网络	研究主要基于欧洲人群的GWAS数据，结果可能不适用于其他种族群体	探索骨质疏松症的新治疗靶点	骨质疏松症相关基因及其调控网络	基因组学	骨质疏松症	GWAS、scRNA-seq、免疫浸润分析、基因集富集分析	孟德尔随机化(MR)	基因组数据、转录组数据	FinnGen联盟的GWAS数据（具体样本量未提及）
39	2025-08-07	New insights into interstitial cystitis/bladder pain syndrome at single-cell resolution 2025-Aug, BJUI compass IF:1.6Q3 DOI:10.1002/bco2.70051 PMID:40765664	综述	本文总结了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征（IC/BPS）研究中的最新发现，重点关注膀胱细胞群体，特别是尿路上皮细胞、间质细胞和免疫细胞	通过scRNA-seq揭示了IC/BPS中膀胱细胞亚型的异质性，包括尿路上皮细胞的改变、间质细胞亚型的发现以及免疫细胞的特征，并提出了潜在的病毒病因和性别差异	需要整合多组学方法，并探索非侵入性尿液scRNA-seq以改进诊断和治疗	深入了解IC/BPS的细胞异质性及其潜在机制	健康人和IC/BPS患者的膀胱细胞	数字病理学	间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	已发表的scRNA-seq研究
40	2025-08-07	CD38⁺ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation 2025-Aug-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.29.667333 PMID:40766487	研究论文	本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学技术，揭示了口腔炎症疾病中血管病变的空间多样性模式	首次发现CD38+内皮细胞重塑在快速进展性口腔炎症中的空间特异性分布模式，并建立了与血管病变前缘模式的关联	样本量相对有限（总计59个样本），且主要关注特定类型的口腔炎症疾病	阐明快速进展性口腔炎症疾病的细胞机制和空间结构特征	种植体周围炎和重度牙周炎患者的组织样本	数字病理	口腔炎症疾病	scRNA-seq, 空间蛋白质组学(sp-proteomics), 激光捕获显微切割, 微生物组分析	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据	总计59个样本（36个scRNA-seq样本，15个空间蛋白质组样本，8个匹配活检样本），共683,792个细胞