单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-26	Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics 2024-05-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adh2602 PMID:38781372	研究论文	通过单细胞基因组学技术揭示自闭症谱系障碍（ASD）中细胞类型特异性的分子级联反应和基因特征	首次整合单核RNA测序（snRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq）和空间转录组学，系统揭示ASD中细胞类型特异性的基因调控网络失调	研究基于死后脑组织样本，无法动态观察发育过程中的分子变化	解析自闭症谱系障碍的分子驱动机制及其与遗传易感性的关联	自闭症患者死后脑组织样本	基因组学	自闭症谱系障碍	单核RNA测序（snRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq）、空间转录组学	NA	基因组测序数据、表观基因组数据、空间转录组数据	未明确样本数量的自闭症患者死后脑组织
62	2025-09-26	Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma 2024-04-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2023.7.JNS23122 PMID:37773782	研究论文	通过单细胞分析评估5-ALA在胶质母细胞瘤术中标记的特异性	首次在单细胞水平上验证5-ALA标记胶质瘤细胞的特异性，结合SCOPE-seq2技术实现荧光成像与RNA测序的同步分析	需要进一步系统比较5-ALA与其它荧光引导手术替代方案的性能	确定5-ALA在胶质母细胞瘤中标记不同细胞类型的特异性	人类胶质母细胞瘤手术标本、细胞共培养模型和小鼠胶质瘤模型	数字病理学	胶质母细胞瘤	SCOPE-seq2（单细胞光学表型与表达测序）、单细胞RNA测序、荧光成像	NA	单细胞图像数据、RNA测序数据	人类胶质母细胞瘤手术标本（具体数量未明确）、细胞培养模型和小鼠模型样本
63	2025-09-26	Deep scRNA sequencing reveals a broadly applicable Regeneration Classifier and implicates antioxidant response in corticospinal axon regeneration 2023-12-20, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.09.019 PMID:37848024	研究论文	通过深度单细胞RNA测序发现广泛适用的再生分类器，并揭示抗氧化反应在皮质脊髓轴突再生中的作用	开发了可广泛预测不同神经元类型再生潜能的再生分类器，首次发现抗氧化反应和线粒体生物合成在皮质脊髓束再生中的关键作用	仅对数百个表型鉴定的神经元进行测序，样本规模相对有限	研究中枢神经系统轴突再生的生物学机制，特别是皮质脊髓束的再生潜力	皮质脊髓束神经元，特别是PTEN和SOCS3缺失后的再生神经元	再生生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Garnett监督分类	分类器模型	单细胞转录组数据	数百个表型鉴定的神经元
64	2025-09-26	Brain-wide correspondence of neuronal epigenomics and distant projections 2023-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06823-w PMID:38092919	研究论文	通过epi-retro-seq技术将小鼠全脑33,034个神经元的表观基因组与远距离投射特征进行关联分析	首次在全脑范围内建立神经元表观基因组与投射特征的系统性对应关系，开发了225种源-目标组合的分析框架	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他物种中验证	解析神经元细胞类型的长距离投射功能与表观遗传特征之间的关联机制	小鼠全脑32个不同脑区投射至24个目标的33,034个神经元	神经科学	NA	epi-retro-seq、空间转录组学	NA	表观基因组数据、投射追踪数据、转录组数据	32个脑区来源的33,034个神经元，涵盖225种源-目标投射组合
65	2025-09-26	Single-cell DNA methylome and 3D multi-omic atlas of the adult mouse brain 2023-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06805-y PMID:38092913	研究论文	本研究通过单细胞甲基组测序技术构建了成年小鼠大脑的全脑DNA甲基化和3D多组学图谱	首次在单细胞分辨率下实现了全脑空间表观基因组图谱的构建，整合了甲基化、染色质构象和转录组多模态数据	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类大脑中验证	构建完整的脑细胞类型分子图谱及其基因调控景观	成年小鼠大脑的117个解剖区域	表观基因组学	神经系统疾病	snmC-seq3单核甲基组测序、snm3C-seq多组学测序、空间转录组学	迭代聚类分析	单细胞甲基化数据、染色质构象数据、转录组数据	301,626个甲基组和176,003个染色质构象-甲基组联合图谱
66	2025-09-26	The molecular cytoarchitecture of the adult mouse brain 2023-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06818-7 PMID:38092915	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了成年小鼠大脑的全面细胞类型图谱	首次将高通量单核RNA测序与近细胞级分辨率的Slide-seq空间转录组技术相结合，系统绘制全脑细胞类型空间分布图谱	研究仅限于小鼠模型，人类大脑的细胞类型架构可能存在差异	构建哺乳动物大脑细胞类型的综合空间图谱	成年小鼠大脑的各类细胞	神经科学	NA	单核RNA测序、Slide-seq空间转录组学	NA	基因表达数据、空间定位数据	覆盖整个成年小鼠大脑的全面采样
67	2025-09-26	Molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain 2023-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06808-9 PMID:38092912	研究论文	本研究通过空间分辨单细胞转录组技术构建了首个全小鼠大脑的分子定义细胞图谱	首次实现全脑范围的单细胞空间转录组分析，整合MERFISH和scRNA-seq数据，识别了5000多个转录 distinct 细胞簇	研究仅限于成年小鼠大脑，未涉及其他发育阶段或物种	建立全脑细胞空间图谱并解析细胞类型组成与相互作用网络	成年小鼠全脑约1000万个细胞	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）、单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据、单细胞基因表达数据	约1000万个细胞（覆盖整个成年小鼠大脑）
68	2025-09-26	Differences in cell shape, motility, and growth reflect chromosomal number variations that can be visualized with live-cell ChReporters 2023-12-01, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E23-06-0207 PMID:37903225	研究论文	本研究利用活细胞染色体报告系统探究染色体数目变化对癌细胞形态、运动性和生长的影响	开发活细胞ChReporter方法实时识别单染色体缺失细胞，首次系统揭示染色体5缺失通过调控微管相关肿瘤抑制因子影响细胞力学表型	研究仅针对标准癌细胞系，临床相关性需进一步验证；机制关系较为复杂，需更多实验验证	阐明染色体数目变异与细胞力学表型之间的基因型-机制型关系	标准癌细胞系及其单染色体缺失克隆	细胞生物学	癌症	活细胞ChReporter成像、单细胞RNA测序、药物反应测试	NA	活细胞成像数据、基因表达数据、药物反应数据	标准癌细胞系克隆种群（具体数量未明确说明）
69	2025-09-26	A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain 2023-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06812-z PMID:38092916	研究论文	本研究构建了成年小鼠全脑的高分辨率转录组和空间细胞类型图谱	首次结合700万单细胞RNA测序和430万细胞空间转录组数据，建立了包含5,322个细胞簇的层次分类系统	研究仅限于小鼠模型，人类大脑的适用性需要进一步验证	创建哺乳动物全脑细胞类型的综合参考图谱	成年小鼠全脑细胞	空间转录组学	NA	scRNA-seq, MERFISH	NA	转录组数据、空间定位数据	约700万细胞（400万通过质控）的单细胞RNA测序数据，430万细胞的空间转录组数据
70	2025-02-01	Latent human herpesvirus 6 is reactivated in CAR T cells 2023-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06704-2 PMID:37938768	研究论文	本文通过大规模病毒基因组挖掘，研究了人类潜在病毒再激活的景观，并证明了HHV-6B可以在人类CD4 T细胞培养中被再激活	发现了HHV-6 '超级表达者'这一罕见细胞群体，并证实了其在接受细胞治疗的患者体内存在	研究主要基于实验室培养的细胞和临床数据，未涉及大规模临床试验	探讨细胞治疗产品中潜在病毒再激活的机制及其对临床的影响	人类CD4 T细胞和CAR T细胞	基因组学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	研究级异体CAR T细胞和接受细胞治疗的患者
71	2025-09-26	CD201+ fascia progenitors choreograph injury repair 2023-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06725-x PMID:37968392	研究论文	本研究通过识别筋膜中的CD201+成纤维细胞祖细胞，揭示了其在皮肤损伤修复过程中协调炎症反应和瘢痕形成的时空调控机制	首次发现CD201标记的多能成纤维细胞祖细胞及其通过视黄酸和缺氧信号通路调控修复进程的新机制	研究局限于小鼠皮肤损伤模型，人类临床适用性需进一步验证	探究组织损伤修复的细胞调控机制	小鼠皮肤筋膜中的CD201+成纤维细胞祖细胞	组织再生医学	皮肤损伤修复	单细胞转录组学、遗传谱系追踪、基因敲除模型	NA	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠皮肤损伤模型
72	2025-09-26	Single-cell, whole-embryo phenotyping of mammalian developmental disorders 2023-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06548-w PMID:37968388	研究论文	本研究建立了基于单细胞RNA测序的全胚胎表型分析平台，用于系统表征哺乳动物发育障碍模型	首次将组合索引单细胞RNA测序技术应用于全胚胎水平，实现了对22种基因突变模型的大规模系统性表型分析	研究仅针对胚胎期13.5天的小鼠模型，尚未验证其他发育阶段或物种的适用性	建立可扩展的单细胞全胚胎表型分析平台，系统研究哺乳动物发育障碍	101个小鼠胚胎（包含22种突变型和4种野生型基因型）	发育生物学	发育障碍	单细胞RNA测序（组合索引技术）	NA	单细胞转录组数据	101个小鼠胚胎，超过160万个细胞核
73	2025-09-26	Self-patterning of human stem cells into post-implantation lineages 2023-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06354-4 PMID:37369348	研究论文	人类多能干细胞自组织形成模拟早期胚胎着床后发育的三维结构	首次实现人类干细胞自组织模拟胚胎着床后关键发育事件，建立可重复的体外人类发育模型	未建立胎盘细胞类型，仅覆盖Carnegie第4-7阶段发育特征	理解人类早期胚胎发育的细胞和分子机制	人类多能干细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学	三维自组织模型	基因表达数据	NA
74	2025-09-26	Spatial atlas of the mouse central nervous system at molecular resolution 2023-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06569-5 PMID:37758947	研究论文	利用STARmap PLUS原位测序技术构建小鼠中枢神经系统分子分辨率空间图谱	开发STARmap PLUS方法实现1022个基因的3D原位测序，首次在单细胞分辨率绘制全脑分子空间图谱	NA	建立小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱	成年小鼠大脑和脊髓组织	空间转录组学	NA	STARmap PLUS原位测序、单细胞RNA测序	NA	空间基因表达数据、单细胞转录组数据	109万个高质量细胞（覆盖全脑和脊髓）
75	2025-09-26	A molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain 2023-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.06.531348 PMID:36945367	研究论文	通过整合MERFISH和scRNA-seq技术，构建了首个全小鼠大脑的高分辨率空间细胞图谱	首次实现全脑范围的单细胞空间转录组分析，整合分子定义和空间定位信息，识别了5000多个转录 distinct 细胞簇	仅针对成年小鼠大脑，尚未验证人类或其他物种的适用性	解析大脑的分子和细胞结构基础，为神经环路功能研究提供资源	成年小鼠全脑约800万个细胞	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差稳健荧光原位杂交）、scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	空间转录组数据、单细胞基因表达数据	约800万个细胞，覆盖整个成年小鼠大脑
76	2025-09-26	A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain 2023-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.06.531121 PMID:37034735	研究论文	本研究构建了成年小鼠全脑的高分辨率转录组和空间细胞类型图谱	结合700万单细胞RNA测序和430万MERFISH空间转录组数据，首次创建了涵盖5个层级分类的全脑细胞图谱	研究仅限于成年小鼠脑部，未涉及其他发育阶段或物种	建立哺乳动物大脑细胞类型的完整分类目录	成年小鼠全脑细胞	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、MERFISH空间转录组技术	NA	转录组数据、空间定位数据	约1130万个细胞（700万scRNA-seq + 430万MERFISH）
77	2025-09-25	Single-cell multi-omics data reveal heterogeneity in liver tissue microenvironment induced by hypertension 2025-Dec-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102696 PMID:40989794	研究论文	通过单细胞多组学技术揭示高血压诱导的肝脏组织微环境异质性	首次结合scRNA-seq、scATAC-seq和组蛋白ChIP-seq揭示高血压相关肝细胞亚群及其表观遗传调控网络	未明确说明样本规模和临床验证的局限性	探究高血压对肝脏细胞亚群微环境的影响机制	高血压与正常肝脏组织细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞多组学、scRNA-seq、scATAC-seq、组蛋白ChIP-seq	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据	NA
78	2025-09-25	Single-cell profiling of long non-coding RNAs in the hematopoietic system 2025-Dec, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000240 PMID:40979441	研究论文	本研究通过整合9个单细胞RNA测序数据集，构建了包含207,113个细胞的造血系统单细胞lncRNA图谱	首次在单细胞水平系统描绘造血系统中长链非编码RNA的表达图谱，发现谱系特异性lncRNA并验证其与白血病的潜在关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于部分选定的lncRNA	揭示lncRNA在正常和异常造血过程中的功能作用	造血干细胞和祖细胞至分化血细胞的全谱系细胞	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	207,113个细胞（来自30名健康供体）
79	2025-09-25	Microfluidic chip-integrated vascularized endometrial complexes: Mitochondrial function and paracrine crosstalk enhance regenerative potential 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.035 PMID:40980506	研究论文	本研究开发了一种集成微流控芯片的血管化三重细胞子宫内膜复合体，用于增强子宫内膜损伤的再生修复能力	首次在微流控芯片中构建包含子宫内膜上皮类器官、基质细胞和内皮细胞的三重细胞血管化复合体，揭示了细胞间双向旁分泌互作机制	研究仅在免疫缺陷小鼠模型中进行验证，缺乏人类临床试验数据	开发具有生理相关性的子宫内膜再生模型并探究其修复机制	血管化三重细胞子宫内膜复合体（包含上皮类器官、基质细胞和内皮细胞）	组织工程与再生医学	子宫内膜损伤	微流控芯片技术、单细胞RNA测序、复合水凝胶（Matrigel与纤维蛋白）	NA	基因表达数据、功能实验数据	免疫缺陷小鼠子宫内膜损伤模型
80	2025-09-25	A human-mouse atlas of intrarenal myeloid cells identifies conserved disease-associated macrophages in lupus nephritis 2025-Nov-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241873 PMID:40900124	研究论文	通过跨物种分析比较人类和小鼠狼疮性肾炎肾脏髓系细胞，鉴定出保守的疾病相关巨噬细胞	首次建立人类-小鼠肾脏髓系细胞图谱，发现跨物种保守的疾病相关单核/巨噬细胞亚群及其基因表达特征	研究局限于狼疮性肾炎特定疾病模型，未验证其他肾脏疾病中的普适性	探索小鼠模型在狼疮性肾炎治疗研究中的适用性及髓系细胞的作用机制	155名狼疮性肾炎患者和四种小鼠模型的肾脏髓系细胞	数字病理	狼疮性肾炎	单细胞分析、空间转录组学、功能研究	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	155名患者样本+四种小鼠模型