单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-06	A spatially resolved transcriptome landscape during thyroid cancer progression 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102043 PMID:40157360	research paper	本研究整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境（TME）的空间动态变化图谱	揭示了甲状腺癌进展过程中分子和细胞异质性，鉴定了三个不同的甲状腺细胞元簇，并建立了高置信度的细胞间相互作用	NA	探究甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的空间动态变化	甲状腺癌组织（包括旁甲状腺组织、乳头状甲状腺癌、局部晚期乳头状甲状腺癌和未分化甲状腺癌）	digital pathology	thyroid cancer	spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	多种甲状腺癌组织样本（具体数量未提及）
62	2025-05-06	Altered baseline immunological state and impaired immune response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination in lung transplant recipients 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102050 PMID:40187358	研究论文	研究探讨了肺移植受者在基线状态和接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫状态变化，并与健康对照组进行比较	采用多组学方法揭示了肺移植受者基线免疫状态与严重COVID-19和败血症相似，并发现其疫苗接种后免疫反应受损	研究未涉及其他器官移植受者，且样本量可能有限	评估肺移植受者接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫反应	肺移植受者和健康对照组	免疫学	COVID-19	多组学方法、单细胞RNA测序	NA	免疫学数据、RNA测序数据	肺移植受者和健康对照组
63	2025-05-06	Deconvoluting single-cell transcriptomics reveals cellular programs regulated by cell-cell communication in colorectal cancer 2025-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.09.648030 PMID:40321215	meta-analysis	通过单细胞转录组学解析结直肠癌中细胞间通讯调控的细胞程序	提出了一种新颖的分析框架，利用分层语言模型识别基因表达模块（GEMs），并通过因果发现方法系统地揭示配体-受体信号传导和跨细胞类型通讯调控的GEMs	NA	深入理解结直肠癌中细胞间通讯（CCC）网络的复杂性	153名患者的279个单细胞样本	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞转录组学、空间转录组学	分层语言模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	153名患者的279个样本
64	2025-05-06	The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion 2025-Apr-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6248794/v1 PMID:40321776	research paper	研究揭示了转录因子HHEX在维持肾上腺糖皮质激素水平和保护肾上腺免受雄激素诱导的脂质耗竭中的关键作用	首次发现HHEX是雄激素受体靶基因，通过抑制雌性转录程序塑造肾上腺性别二态性，同时通过保护脂滴免受雄激素诱导的自噬维持胆固醇酯含量	研究主要基于小鼠模型，人类肾上腺中的类似机制尚需验证	探究维持肾上腺皮质细胞差异响应能力的分子机制	小鼠肾上腺皮质糖皮质激素产生细胞	分子生物学	内分泌疾病	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本量（使用报告基因小鼠）
65	2025-05-06	TransST: Transfer Learning Embedded Spatial Factor Modeling of Spatial Transcriptomics Data 2025-Apr-15, ArXiv PMID:40321945	research paper	提出了一种名为TransST的新型迁移学习框架，用于从空间转录组数据中推断细胞水平的异质性	TransST框架能够自适应地利用外部来源的细胞标记信息，显著提高了现有技术在细胞亚群识别和生物标志物检测上的性能	技术限制包括空间转录组技术的分辨率较低和测序深度相对不足	提高空间转录组数据分析的可靠性和准确性	空间转录组数据	生物医学研究	乳腺癌	空间转录组技术	迁移学习框架TransST	RNA转录组数据	多个真实研究和模拟设置
66	2025-05-06	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279281.124 PMID:40107722	研究论文	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，用于从高质量的长读单细胞RNA测序数据中检测体细胞变异	LongSom能够在不需要正常样本的情况下进行从头变异检测，包括线粒体SNVs、拷贝数变异和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	NA	研究癌症进化、克隆异质性和治疗耐药性	人类卵巢癌样本	数字病理学	卵巢癌	长读单细胞RNA测序（LR scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
67	2025-05-06	De novo antibody identification in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotype-resolved germline assemblies 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279392.124 PMID:40118521	研究论文	通过全长单B细胞转录组学和匹配的单倍型解析种系组装，从人类血液中鉴定新抗体	结合种系IG位点的基因组测序和同一供体B细胞的单细胞转录组测序，首次实现了对种系IG单倍型的全面解析及其与表达抗体库的关联分析	研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞，可能无法全面反映其他免疫挑战下的抗体库特征	理解种系IG单倍型如何影响表达的抗体库	人类B细胞及其表达的抗体	免疫组学	麻疹	全长单细胞转录组测序、单倍型解析种系组装	NA	基因组序列、转录组序列	来自同一供体的B细胞（具体数量未明确说明）
68	2025-05-06	Costunolide: Targeting endothelial cell PANoptosis to mitigate lung injury in acute pancreatitis mice 2025-Apr-14, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156767 PMID:40318531	research paper	研究探讨了costunolide（COS）通过抑制内皮细胞PANoptosis来减轻急性胰腺炎（AP）小鼠肺损伤的治疗效果和机制	首次发现COS可作为新型ALDH2激活剂，通过抑制ZBP1介导的内皮细胞PANoptosis来治疗AP相关急性肺损伤（ALI）	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究COS对AP相关ALI的治疗效果及其分子机制	急性胰腺炎小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	生物医学	急性胰腺炎	转录组测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟、Western blot、ELISA	小鼠AP模型（部分胰管结扎联合雨蛙素注射）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本量，但涉及健康小鼠、AP模型小鼠和体外培养的人脐静脉内皮细胞
69	2025-05-06	Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator 2025-Apr-06, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001 PMID:40195115	研究论文	本研究通过比较旱稻和灌溉稻的根系发育，揭示了旱稻适应旱地的分子和发育机制，并发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系伸长和增粗，从而增强抗旱性	首次生成了旱稻和灌溉稻的根系空间转录组图谱，揭示了旱稻适应旱地的分子机制，并鉴定出HMGB1作为关键调控因子	研究仅关注了旱稻和灌溉稻的根系发育，未涉及其他可能影响抗旱性的因素	揭示旱稻适应旱地的分子和发育机制，为培育抗旱水稻提供遗传资源	旱稻和灌溉稻的根系发育	植物分子生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	旱稻和灌溉稻的根系样本
70	2025-05-06	Single-cell transcriptome analyses of PBMCs reveal the immunological characteristics of individuals with phlegm-dampness constitution 2025-Apr, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1113-3 PMID:40126771	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示痰湿体质个体的免疫学特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析痰湿体质个体的外周血单核细胞，揭示其免疫学特征	样本量较小，仅为初步研究	探索中医体质分类的分子免疫学基础	痰湿体质个体的外周血单核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	代谢性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	痰湿体质个体的PBMCs样本
71	2025-05-06	SLC27A2 marks lipid peroxidation in nasal epithelial cells driven by type 2 inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Apr, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01440-1 PMID:40195539	研究论文	本文揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)中鼻息肉上皮细胞脂质代谢失调和脂质过氧化增加在疾病发病机制中的作用	首次发现SLC27A2/FATP2在鼻息肉上皮细胞中的上调与脂质过氧化增加相关，并证实FATP2介导的脂质过氧化是CRSwNP上皮功能障碍和炎症的关键驱动因素	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏动物模型验证	阐明慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发病机制并寻找潜在治疗靶点	鼻息肉上皮细胞	NA	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
72	2025-05-06	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data identifies BHLHE40 as a key gene in pancreatic cancer progression and gemcitabine resistance 2025-Apr, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152338 PMID:40250076	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别BHLHE40作为胰腺癌进展和吉西他滨耐药的关键基因	首次发现BHLHE40通过调控SAT1和免疫逃逸机制与胰腺癌的恶性和化疗耐药性显著相关	研究主要基于公共数据集，缺乏实验验证	研究胰腺导管腺癌（PDAC）进展和化疗耐药的分子机制，寻找新的治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq	NA	基因表达数据	公共数据集（TCGA和GEO）
73	2025-05-06	Development of a hypoxia-responsive macrophage prognostic model using single-cell and bulk RNA sequencing in pancreatic cancer 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322618 PMID:40315225	research paper	开发了一种基于单细胞和批量RNA测序的低氧响应性巨噬细胞预后模型，用于胰腺癌	整合了单细胞RNA测序数据和TCGA-PAAD数据库，构建了一个包含13个关键基因的低氧相关预后模型，该模型在预测化疗反应和不良预后方面优于传统临床病理特征	未明确说明样本量的具体数量，且模型的泛化能力需进一步验证	研究胰腺导管腺癌（PDAC）中低氧肿瘤微环境的复杂动态，构建低氧相关预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing	Cox regression, Lasso regression	RNA sequencing data	NA
74	2025-05-06	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing identifies and validates T cell-related prognostic model in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322706 PMID:40315269	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与T细胞相关的肝细胞癌预后模型	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别T细胞相关基因并构建预后模型，模型包含PTTG1、LMNB1、SLC38A1和BATF等基因	样本量相对较小，单细胞数据仅来自10名患者，外部验证数据集有限	开发肝细胞癌患者的预后风险模型，以改善个性化治疗策略	肝细胞癌患者及其T细胞相关基因	数字病理学	肝细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, IHC	LASSO回归	RNA测序数据	10名患者的scRNA-seq数据，TCGA数据库的批量RNA-seq数据，25名患者的IHC验证数据
75	2025-05-06	Multiomics Approach Distinguishes SPTBN4 as a Key Molecule in Diagnosis, Prognosis, and Immune Suppression of Testicular Seminomas 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3530098 PMID:40321316	research paper	该研究通过多组学方法鉴定SPTBN4作为睾丸精原细胞瘤诊断、预后和免疫抑制的关键分子	利用单细胞RNA转录组测序和高维加权基因共表达网络分析，揭示了SPTBN4在睾丸精原细胞瘤中的关键作用及其与免疫抑制微环境的关联	研究主要基于公共数据集和实验室分析，需要进一步的临床验证	探索睾丸精原细胞瘤的分子异质性并鉴定关键生物标志物	睾丸精原细胞瘤的细胞和转录组异质性	生物信息学	睾丸精原细胞瘤	scRNA-seq, hdWGCNA	NA	基因表达数据	公共数据集和GDSC数据库
76	2025-05-06	Inferred developmental origins of brain tumors from single-cell RNA-sequencing data 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdaf016 PMID:40321621	研究论文	利用单细胞RNA测序数据推断脑肿瘤的发育起源	开发了COORS计算工具，用于注释脑肿瘤中的“发育样”细胞状态，并识别潜在的起源细胞	未提及具体的技术或样本限制	理解脑肿瘤中发育程序的失调和重新启动，以识别潜在的治疗靶点	脑肿瘤，包括髓母细胞瘤(MB)、胶质瘤和弥漫性中线胶质瘤(DMG)	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	多层感知机(MLP)	单细胞RNA测序数据	多种脑癌数据集，具体样本数量未提及
77	2025-05-06	A prognostic glycolysis-related gene signature in osteosarcoma: implications for metabolic programming, immune microenvironment, and drug response 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19369 PMID:40321814	研究论文	本研究旨在建立骨肉瘤（OS）中与糖酵解相关基因（GRG）的风险特征，以全面评估其致病性、预后及在预测药物反应中的应用	通过非负矩阵分解（NMF）算法和单变量Cox分析，识别出四个GRGs（CHPF、RRAGD、TPR、VCAN）构成的风险特征，并验证其在预后评估和药物反应预测中的有效性	研究依赖于公共数据库的mRNA表达谱，样本量可能有限，且体外验证仅通过RT-PCR进行	建立骨肉瘤中糖酵解相关基因的风险特征，用于预后评估和药物反应预测	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	非负矩阵分解（NMF）、单变量Cox回归分析、RT-PCR、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	mRNA表达谱	来自GEO数据库的三个数据集（GSE16091、GSE39058、GSE21257）的骨肉瘤患者样本
78	2025-05-04	Integrating RNA-seq and scRNA-seq to explore the prognostic features and immune landscape of exosome-related genes in breast cancer metastasis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2447917 PMID:39847423	research paper	通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据，探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的预后特征和免疫景观	开发了一个基于外泌体相关基因的新型风险评分模型，并通过RNA-seq和scRNA-seq数据的综合分析验证了其预测准确性	模型的预测性能AUC值在0.602至0.654之间，仍有提升空间	探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的作用，并开发可靠的预后模型	乳腺癌（BRCA）样本	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, scRNA-seq	Lasso-Cox regression	RNA-seq数据, scRNA-seq数据	TCGA数据库中的BRCA队列样本
79	2025-05-04	Revealing the role of natural killer cells in ankylosing spondylitis: identifying diagnostic biomarkers and therapeutic targets 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2457523 PMID:39853176	研究论文	本研究通过生物信息学方法和实验验证探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）在强直性脊柱炎（AS）中的作用	揭示了NK细胞在AS发病机制中的潜在作用，并鉴定出与NK细胞相关的关键基因作为AS的诊断生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公共数据集，样本量可能有限，且实验验证部分仅进行了RT-PCR验证	探索NK细胞在AS发病机制中的作用，并寻找诊断生物标志物和治疗靶点	强直性脊柱炎（AS）患者和对照组的NK细胞	生物信息学	强直性脊柱炎	微阵列数据分析、scRNA-seq、WGCNA、RT-PCR	NA	基因表达数据	来自公共数据集GSE25101、GSE73754、GSE194315和Liu的研究的样本
80	2025-05-04	Unraveling diabetic kidney disease: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04362-z PMID:39799255	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病肾病的发病机制和诊断方法	采用单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液中的基因表达，揭示组织功能、细胞相互作用和疾病进展	未提及具体样本量或实验设计的局限性	提高对糖尿病肾病（DKD）的理解，改善早期筛查和个性化管理	糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液	digital pathology	diabetic kidney disease	scRNA-seq	NA	gene expression data	NA