单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-25	MitoScribe single-cell molecular recorder logs graded signaling dynamics into mitochondrial DNA 2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.05.674553 PMID:40949974	研究论文	介绍一种基于线粒体DNA的分子记录平台MitoScribe，能够将分级生物信号转化为稳定的线粒体DNA突变	首次利用线粒体DNA作为分子记录介质，通过碱基编辑器实现信号强度的分级记录，突破了传统基因组记录技术的灵敏度限制	NA	开发高灵敏度分子记录技术用于重建细胞历史状态	人类诱导多能干细胞（iPSCs）及其向中胚层分化过程	合成生物学	NA	单细胞RNA测序、线粒体转录富集、DdCBEs碱基编辑技术	NA	基因组测序数据、转录组数据	NA
162	2025-09-25	Targeting RPE Senescence Via Suppressing IL-6/IL-6R Signaling for Treating Retinal Degenerative Diseases 2025-Sep-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.12.44 PMID:40970669	研究论文	本研究通过抑制IL-6/IL-6R信号通路靶向RPE细胞衰老，为治疗视网膜退行性疾病提供新策略	首次揭示IL-6/IL-6R/STAT3信号轴在RPE细胞衰老中的关键作用，并验证托珠单抗的治疗潜力	研究主要基于NaIO3诱导的小鼠模型，人类临床应用效果需进一步验证	探索IL-6/IL-6R轴在RPE细胞衰老中的作用机制并评估其抑制剂的治疗效果	视网膜色素上皮细胞和NaIO3诱导的视网膜退行性病变小鼠模型	眼科疾病研究	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序、qPCR、Western blotting、免疫荧光染色、OCT、H&E染色、ERG	小鼠疾病模型	基因表达数据、影像学数据、电生理数据	NaIO3诱导的视网膜退化小鼠模型（具体数量未明确说明）
163	2025-09-25	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Sep, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文综述了显微分辨率空间转录组学（μST）的技术进展、当前挑战及未来发展方向	系统阐述了μST技术实现细胞和亚细胞尺度转录组图谱绘制的最新突破，并首次整合讨论了多组学整合和AI驱动分析等新兴解决方案	存在每个微米级空间单元转录本发现稀疏、跨平台数据碎片化等技术瓶颈	探讨显微分辨率空间转录组学领域的发展机遇与挑战	空间转录组学技术及其数据分析方法	空间组学	NA	测序和成像为基础的空间转录组学技术	人工智能（AI）驱动的空间分析方法	空间转录组数据	NA
164	2025-09-25	High-Fat and High-Sugar Diet Induces Murine Premature Ovarian Failure by Promoting Mitochondrial Oxidative Phosphorylation Response 2025-Sep, Food science & nutrition IF:3.5Q2 DOI:10.1002/fsn3.70973 PMID:40979580	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示高脂高糖饮食通过激活卵巢细胞线粒体氧化磷酸化通路诱导小鼠早发性卵巢功能不全的机制	首次应用单细胞RNA测序技术系统分析高脂高糖饮食诱导的小鼠卵巢细胞图谱，并验证氧化磷酸化信号通路在POF发生中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类临床验证	探究高脂高糖饮食诱导早发性卵巢功能不全的分子机制	C57BL/6品系小鼠的卵巢组织	分子病理学	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫荧光染色、qPCR	NA	单细胞转录组数据、病理图像数据、分子实验数据	实验组与对照组小鼠卵巢组织样本（具体数量未明确说明）
165	2025-09-25	Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Reveals Immune Microenvironment Remodelling in Lymph Node Metastasis of Lung Adenocarcinoma 2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70859 PMID:40988131	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析揭示了肺腺癌淋巴结转移中的免疫微环境重塑机制	整合单细胞测序与多组学特征开发了LNRScore风险预测模型，并鉴定出HMGA1作为转移进展的核心基因	NA	探究肺腺癌淋巴结转移对肿瘤微环境的影响并开发风险预测模型	转移性和非转移性淋巴结组织样本	数字病理	肺腺癌	单细胞RNA测序、多组学分析、机器学习	集成机器学习模型	基因表达数据	NA
166	2025-09-25	A comparative transcriptomic analysis at single-cell resolution reveals acral melanoma features distinct from cutaneous melanoma 2025-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.04.09 PMID:40979667	研究论文	通过单细胞转录组分析比较肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤的分子差异	首次在单细胞分辨率下系统比较AM与CM的转录组特征，发现具有施万细胞特性的MPZ+黑色素瘤细胞亚群在AM中的关键作用	样本量相对有限（39例AM和18例CM），需要更大规模验证	揭示肢端黑色素瘤与皮肤黑色素瘤在分子水平的差异特征	肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤患者组织样本	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生物信息学分析工具（细胞聚类、差异表达分析、细胞通讯网络推断）	单细胞转录组数据	39例肢端黑色素瘤患者和18例皮肤黑色素瘤病例
167	2025-09-25	SMOC2 high myofibroblastic cancer-associated fibroblast drives primary cilia-associated tumor microenvironment remodeling and poor prognosis in gastric cancer 2025-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.04.12 PMID:40979668	研究论文	本研究通过整合多组学数据定义了胃癌原纤毛亚型，并建立了预后标志物PCS，发现SMOC2高表达肌成纤维癌相关成纤维细胞是驱动肿瘤微环境重塑的关键因素	首次系统鉴定胃癌原纤毛亚型，建立多机器学习算法融合的预后标志物，并通过单细胞测序发现SMOC2高表达mCAF新亚群	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性临床试验验证治疗策略的有效性	建立胃癌原纤毛相关预后标志物并探索肿瘤微环境调控机制	胃癌患者样本和细胞系模型	数字病理学	胃癌	批量转录组测序、单细胞RNA测序、WGCNA分析、细胞培养实验、异种移植模型	多机器学习生存分析框架（包含10种算法）	转录组数据、单细胞测序数据	超过1500例胃癌样本的多队列数据
168	2025-09-25	Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006 PMID:40674215	研究论文	开发了Vivo-seq单细胞多组学平台，整合转录组和磷酸化信号检测揭示Th17细胞命运决定机制	首创能够同时捕获单细胞转录组和磷酸化信号状态的Vivo-seq技术平台	技术平台尚未在其他细胞类型或疾病模型中验证	解析Th17细胞分化过程中信号传导与转录调控的协同机制	T辅助17细胞（Th17细胞）	单细胞多组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、磷酸化信号检测、Vivo-seq平台	NA	单细胞转录组数据、磷酸化蛋白数据	未明确样本数量（Th17细胞单细胞水平分析）
169	2025-09-25	Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.17.648995 PMID:40313919	研究论文	本研究通过分析HIV感染者黑色素瘤的临床特征和免疫微环境，揭示其预后较差的内在机制	首次结合电子健康记录大数据与空间免疫转录组学技术，系统揭示HIV感染者黑色素瘤特有的免疫抑制微环境特征	样本量相对有限（空间转录组n=11，多重免疫荧光n=29），需要更大规模验证	解析HIV感染者黑色素瘤的临床预后差异及其免疫学机制	HIV感染者（PLWH）与HIV阴性者（PLw/oH）的黑色素瘤患者	数字病理学	黑色素瘤	空间免疫转录组学、多重免疫荧光、电子健康记录分析	NA	临床记录、基因表达数据、免疫组织化学数据	电子健康记录：1,019例PLWH，373,121例PLw/oH；空间转录组：11例样本；多重免疫荧光：15例PLWH，14例PLw/oH
170	2025-09-25	Single-cell transcriptomic analysis highlights specific cell types manipulated by Fusarium head blight fungus leading to wheat susceptibility 2025-Aug-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.022 PMID:40845857	研究论文	通过单细胞转录组测序技术分析小麦胚芽鞘对不同镰刀菌感染的细胞类型特异性响应机制	首次应用单细胞RNA测序技术揭示小麦对适应性和非适应性镰刀菌感染的细胞类型特异性防御策略	研究仅聚焦于小麦胚芽鞘组织，未涵盖其他组织器官的响应机制	解析小麦细胞类型特异性免疫响应在真菌侵染过程中的动态变化	小麦胚芽鞘细胞	植物病理学	小麦赤霉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过90,000个细胞
171	2025-09-25	Precision T cell correction platform for inborn errors of immunity 2025-Aug-12, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.018 PMID:40808259	研究论文	开发基于CRISPR-Cas9和同源定向修复的T细胞单核苷酸变异精准校正平台，用于治疗先天性免疫缺陷病	首次建立高效T细胞SNV校正平台，实现高达80%的校正效率，并通过多组学分析验证安全性	不适用于晚期疾病、存在炎症或急性感染的患者	开发精准基因编辑平台用于先天性免疫缺陷病的自体T细胞治疗	T细胞和四种先天性免疫缺陷病模型（STAT1功能增益、软骨毛发发育不全、ADA2缺乏症、自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良）	基因治疗	先天性免疫缺陷病	CRISPR-Cas9基因编辑、同源定向修复、GUIDE-seq、单细胞RNA测序、长读长基因组测序、蛋白质组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	四种先天性免疫缺陷病模型
172	2025-09-25	Evolutionary trends in the emergence of skeletal cell types 2025-Aug, Evolution letters IF:3.4Q2 DOI:10.1093/evlett/qraf012 PMID:40980705	研究论文	通过整合基因组系统发育地层学和单细胞转录组学，探索骨骼细胞类型特异性基因表达程序组装中的进化趋势	首次将基因组系统发育地层学与单细胞转录组学结合，挑战了关于脊椎动物骨骼结构进化的传统观点	NA	探索骨骼细胞类型特异性基因表达程序的进化组装趋势	成骨细胞、肥大软骨细胞和未成熟软骨细胞	进化生物学	NA	基因组系统发育地层学、单细胞转录组学	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
173	2025-09-25	TREM2-Mediated Myeloid Cells Protect Against Pathological Choroidal Neovascularization 2025-Jul-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501793R PMID:40716081	研究论文	本研究通过多组学方法揭示TREM2在病理性脉络膜新生血管形成中的保护作用机制	首次系统阐明TREM2通过调节髓系细胞功能抑制脉络膜新生血管的分子机制，并发现TREM2与SOCS3协同作用的抗血管生成新通路	研究主要基于激光诱导的动物模型，人类临床相关性需进一步验证	探究TREM2在脉络膜新生血管病理过程中的功能作用机制	激光诱导脉络膜新生血管小鼠模型及其髓系细胞	眼科疾病机制研究	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序、免疫染色、转录组分析、基因工程小鼠模型	动物疾病模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、病理图像数据	未明确具体样本数量，使用基因工程小鼠进行实验
174	2025-09-25	Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation 2025-Jul-21, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590 PMID:40701368	研究论文	通过单细胞RNA测序研究Sox10Dom突变对肠道神经系统发育中神经元轨迹分配的影响	首次发现Hox基因（特别是Hoxa6）表达变化与肠道神经元轨迹改变相关	研究局限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究Sox10缺陷如何改变肠道神经元比例和发育轨迹	小鼠肠道神经嵴来源的祖细胞和发育中的神经元	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、杂交链式反应（HCR）	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠道神经系统细胞
175	2025-07-23	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jul-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法，用于将空间转录组学数据中的mRNA映射到单个细胞，并揭示了肠道中基因表达程序的区域化	开发了SMURF算法，能够将mRNA从条形码捕获点映射到附近的细胞核，并将复杂组织结构中的细胞展开到标准笛卡尔坐标系中	未明确提及算法的适用范围或与其他方法的比较	研究肠道中基因表达程序的区域化及其调控机制	肠道中的细胞及其基因表达程序	空间转录组学	NA	空间转录组学	SMURF算法	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
176	2025-09-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173 PMID:40401371	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4/5在肺动脉高压中调控内皮细胞糖代谢和动脉编程的关键作用	首次发现内皮细胞FABP4/5通过调控糖酵解和动脉编程促进肺动脉高压的血管重构，并证实双基因敲除可缓解疾病表型	研究主要基于基因工程小鼠模型，人类临床样本的验证仍需进一步扩大	探究内皮细胞FABP4/5在肺动脉高压发病机制中的具体作用	肺动脉内皮细胞、基因敲除小鼠模型、特发性肺动脉高压患者样本	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、空间转录组学、RNA-seq、蛋白质组学分析	基因敲除小鼠模型	转录组数据、蛋白质组数据、影像学数据	包含人类PAH样本、PH大鼠模型和多种基因工程小鼠模型
177	2025-09-25	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	本研究通过代谢算法Compass发现糖酵解酶PGAM负向调控Th17细胞的致病性分化	首次揭示PGAM酶（而非其他糖酵解酶）对Th17细胞致病性具有抑制作用，颠覆了糖代谢普遍促进T细胞活化的传统认知	研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，临床相关性需进一步验证	探究糖酵解反应对Th17细胞致病性的调控机制	T辅助17细胞（Th17细胞）及其代谢通路	免疫代谢学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序、Compass代谢算法、酶活性扰动实验	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）过继转移模型	基因表达数据	NA
178	2025-09-25	WFDC3 identified as a prognostic and immune biomarker in pancreatic cancer 2025-May-08, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12444 PMID:40350979	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，发现WFDC3是胰腺癌的预后和免疫生物标志物	首次系统研究WFDC家族在胰腺癌中的作用，并明确WFDC3通过诱导上皮间质转化和抑制T细胞毒性促进肿瘤进展	WFDCs在肿瘤进展中的背景依赖性角色仍需进一步研究	探究WFDC家族特别是WFDC3在胰腺癌发生发展中的作用机制	胰腺癌（PAAD）组织和细胞	生物信息学	胰腺癌	RNA测序（单细胞和批量）、功能富集分析、免疫浸润评估、CCK-8、EdU、transwell、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、qPCR、LASSO回归	LASSO回归模型	基因表达数据、实验数据	TCGA和GEO数据库中的胰腺癌数据集
179	2025-09-25	distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647121 PMID:40291679	研究论文	本研究开发了基于群体规模单细胞数据的分布数量性状基因座识别方法distQTL	首次将Fréchet回归应用于单细胞数据，利用完整经验分布而非简单汇总统计量来识别调控异质性	方法验证主要基于外周血单核细胞数据，在其他组织类型中的普适性有待进一步验证	开发更精确的基因表达数量性状基因座识别方法	982名捐赠者的外周血单核细胞单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Fréchet回归	单细胞基因表达数据	982名捐赠者的外周血单核细胞
180	2025-09-25	Single-cell-guided identification of logic-gated antigen combinations for designing effective and safe CAR therapy 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644074 PMID:40568068	研究论文	开发了一种基于单细胞转录组数据的计算方法，用于设计具有逻辑门控抗原组合的CAR疗法	首次系统量化所有可能CAR电路的疗效和安全性，提出个性化CAR电路设计方法	即使优化后的共享电路对部分患者仍显不足	设计针对实体瘤的安全有效的CAR-T细胞疗法	乳腺癌患者肿瘤细胞和正常细胞	计算生物学	乳腺癌	单细胞转录组测序	逻辑门电路模型（AND/OR/NOT）	单细胞RNA测序数据	342例临床患者样本，约200万个细胞（含62万以上肿瘤细胞）