单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-26	Brain-wide correspondence of neuronal epigenomics and distant projections 2023-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06823-w PMID:38092919	研究论文	通过epi-retro-seq技术将小鼠全脑33,034个神经元的表观基因组与远距离投射特征进行关联分析	首次在全脑范围内建立神经元表观基因组与投射特征的系统性对应关系，开发了225种源-目标组合的分析框架	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他物种中验证	解析神经元细胞类型的长距离投射功能与表观遗传特征之间的关联机制	小鼠全脑32个不同脑区投射至24个目标的33,034个神经元	神经科学	NA	epi-retro-seq、空间转录组学	NA	表观基因组数据、投射追踪数据、转录组数据	32个脑区来源的33,034个神经元，涵盖225种源-目标投射组合
102	2025-09-26	Single-cell DNA methylome and 3D multi-omic atlas of the adult mouse brain 2023-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06805-y PMID:38092913	研究论文	本研究通过单细胞甲基组测序技术构建了成年小鼠大脑的全脑DNA甲基化和3D多组学图谱	首次在单细胞分辨率下实现了全脑空间表观基因组图谱的构建，整合了甲基化、染色质构象和转录组多模态数据	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类大脑中验证	构建完整的脑细胞类型分子图谱及其基因调控景观	成年小鼠大脑的117个解剖区域	表观基因组学	神经系统疾病	snmC-seq3单核甲基组测序、snm3C-seq多组学测序、空间转录组学	迭代聚类分析	单细胞甲基化数据、染色质构象数据、转录组数据	301,626个甲基组和176,003个染色质构象-甲基组联合图谱
103	2025-09-26	The molecular cytoarchitecture of the adult mouse brain 2023-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06818-7 PMID:38092915	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了成年小鼠大脑的全面细胞类型图谱	首次将高通量单核RNA测序与近细胞级分辨率的Slide-seq空间转录组技术相结合，系统绘制全脑细胞类型空间分布图谱	研究仅限于小鼠模型，人类大脑的细胞类型架构可能存在差异	构建哺乳动物大脑细胞类型的综合空间图谱	成年小鼠大脑的各类细胞	神经科学	NA	单核RNA测序、Slide-seq空间转录组学	NA	基因表达数据、空间定位数据	覆盖整个成年小鼠大脑的全面采样
104	2025-09-26	Molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain 2023-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06808-9 PMID:38092912	研究论文	本研究通过空间分辨单细胞转录组技术构建了首个全小鼠大脑的分子定义细胞图谱	首次实现全脑范围的单细胞空间转录组分析，整合MERFISH和scRNA-seq数据，识别了5000多个转录 distinct 细胞簇	研究仅限于成年小鼠大脑，未涉及其他发育阶段或物种	建立全脑细胞空间图谱并解析细胞类型组成与相互作用网络	成年小鼠全脑约1000万个细胞	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）、单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据、单细胞基因表达数据	约1000万个细胞（覆盖整个成年小鼠大脑）
105	2025-09-26	Differences in cell shape, motility, and growth reflect chromosomal number variations that can be visualized with live-cell ChReporters 2023-12-01, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E23-06-0207 PMID:37903225	研究论文	本研究利用活细胞染色体报告系统探究染色体数目变化对癌细胞形态、运动性和生长的影响	开发活细胞ChReporter方法实时识别单染色体缺失细胞，首次系统揭示染色体5缺失通过调控微管相关肿瘤抑制因子影响细胞力学表型	研究仅针对标准癌细胞系，临床相关性需进一步验证；机制关系较为复杂，需更多实验验证	阐明染色体数目变异与细胞力学表型之间的基因型-机制型关系	标准癌细胞系及其单染色体缺失克隆	细胞生物学	癌症	活细胞ChReporter成像、单细胞RNA测序、药物反应测试	NA	活细胞成像数据、基因表达数据、药物反应数据	标准癌细胞系克隆种群（具体数量未明确说明）
106	2025-09-26	A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain 2023-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06812-z PMID:38092916	研究论文	本研究构建了成年小鼠全脑的高分辨率转录组和空间细胞类型图谱	首次结合700万单细胞RNA测序和430万细胞空间转录组数据，建立了包含5,322个细胞簇的层次分类系统	研究仅限于小鼠模型，人类大脑的适用性需要进一步验证	创建哺乳动物全脑细胞类型的综合参考图谱	成年小鼠全脑细胞	空间转录组学	NA	scRNA-seq, MERFISH	NA	转录组数据、空间定位数据	约700万细胞（400万通过质控）的单细胞RNA测序数据，430万细胞的空间转录组数据
107	2025-02-01	Latent human herpesvirus 6 is reactivated in CAR T cells 2023-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06704-2 PMID:37938768	研究论文	本文通过大规模病毒基因组挖掘，研究了人类潜在病毒再激活的景观，并证明了HHV-6B可以在人类CD4 T细胞培养中被再激活	发现了HHV-6 '超级表达者'这一罕见细胞群体，并证实了其在接受细胞治疗的患者体内存在	研究主要基于实验室培养的细胞和临床数据，未涉及大规模临床试验	探讨细胞治疗产品中潜在病毒再激活的机制及其对临床的影响	人类CD4 T细胞和CAR T细胞	基因组学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	研究级异体CAR T细胞和接受细胞治疗的患者
108	2025-09-26	CD201+ fascia progenitors choreograph injury repair 2023-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06725-x PMID:37968392	研究论文	本研究通过识别筋膜中的CD201+成纤维细胞祖细胞，揭示了其在皮肤损伤修复过程中协调炎症反应和瘢痕形成的时空调控机制	首次发现CD201标记的多能成纤维细胞祖细胞及其通过视黄酸和缺氧信号通路调控修复进程的新机制	研究局限于小鼠皮肤损伤模型，人类临床适用性需进一步验证	探究组织损伤修复的细胞调控机制	小鼠皮肤筋膜中的CD201+成纤维细胞祖细胞	组织再生医学	皮肤损伤修复	单细胞转录组学、遗传谱系追踪、基因敲除模型	NA	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠皮肤损伤模型
109	2025-09-26	Single-cell, whole-embryo phenotyping of mammalian developmental disorders 2023-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06548-w PMID:37968388	研究论文	本研究建立了基于单细胞RNA测序的全胚胎表型分析平台，用于系统表征哺乳动物发育障碍模型	首次将组合索引单细胞RNA测序技术应用于全胚胎水平，实现了对22种基因突变模型的大规模系统性表型分析	研究仅针对胚胎期13.5天的小鼠模型，尚未验证其他发育阶段或物种的适用性	建立可扩展的单细胞全胚胎表型分析平台，系统研究哺乳动物发育障碍	101个小鼠胚胎（包含22种突变型和4种野生型基因型）	发育生物学	发育障碍	单细胞RNA测序（组合索引技术）	NA	单细胞转录组数据	101个小鼠胚胎，超过160万个细胞核
110	2025-09-26	Self-patterning of human stem cells into post-implantation lineages 2023-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06354-4 PMID:37369348	研究论文	人类多能干细胞自组织形成模拟早期胚胎着床后发育的三维结构	首次实现人类干细胞自组织模拟胚胎着床后关键发育事件，建立可重复的体外人类发育模型	未建立胎盘细胞类型，仅覆盖Carnegie第4-7阶段发育特征	理解人类早期胚胎发育的细胞和分子机制	人类多能干细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学	三维自组织模型	基因表达数据	NA
111	2025-09-26	Spatial atlas of the mouse central nervous system at molecular resolution 2023-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06569-5 PMID:37758947	研究论文	利用STARmap PLUS原位测序技术构建小鼠中枢神经系统分子分辨率空间图谱	开发STARmap PLUS方法实现1022个基因的3D原位测序，首次在单细胞分辨率绘制全脑分子空间图谱	NA	建立小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱	成年小鼠大脑和脊髓组织	空间转录组学	NA	STARmap PLUS原位测序、单细胞RNA测序	NA	空间基因表达数据、单细胞转录组数据	109万个高质量细胞（覆盖全脑和脊髓）
112	2025-09-26	A molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain 2023-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.06.531348 PMID:36945367	研究论文	通过整合MERFISH和scRNA-seq技术，构建了首个全小鼠大脑的高分辨率空间细胞图谱	首次实现全脑范围的单细胞空间转录组分析，整合分子定义和空间定位信息，识别了5000多个转录 distinct 细胞簇	仅针对成年小鼠大脑，尚未验证人类或其他物种的适用性	解析大脑的分子和细胞结构基础，为神经环路功能研究提供资源	成年小鼠全脑约800万个细胞	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差稳健荧光原位杂交）、scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	空间转录组数据、单细胞基因表达数据	约800万个细胞，覆盖整个成年小鼠大脑
113	2025-09-26	A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain 2023-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.06.531121 PMID:37034735	研究论文	本研究构建了成年小鼠全脑的高分辨率转录组和空间细胞类型图谱	结合700万单细胞RNA测序和430万MERFISH空间转录组数据，首次创建了涵盖5个层级分类的全脑细胞图谱	研究仅限于成年小鼠脑部，未涉及其他发育阶段或物种	建立哺乳动物大脑细胞类型的完整分类目录	成年小鼠全脑细胞	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、MERFISH空间转录组技术	NA	转录组数据、空间定位数据	约1130万个细胞（700万scRNA-seq + 430万MERFISH）
114	2025-09-25	Single-cell multi-omics data reveal heterogeneity in liver tissue microenvironment induced by hypertension 2025-Dec-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102696 PMID:40989794	研究论文	通过单细胞多组学技术揭示高血压诱导的肝脏组织微环境异质性	首次结合scRNA-seq、scATAC-seq和组蛋白ChIP-seq揭示高血压相关肝细胞亚群及其表观遗传调控网络	未明确说明样本规模和临床验证的局限性	探究高血压对肝脏细胞亚群微环境的影响机制	高血压与正常肝脏组织细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞多组学、scRNA-seq、scATAC-seq、组蛋白ChIP-seq	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据	NA
115	2025-09-25	Single-cell profiling of long non-coding RNAs in the hematopoietic system 2025-Dec, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000240 PMID:40979441	研究论文	本研究通过整合9个单细胞RNA测序数据集，构建了包含207,113个细胞的造血系统单细胞lncRNA图谱	首次在单细胞水平系统描绘造血系统中长链非编码RNA的表达图谱，发现谱系特异性lncRNA并验证其与白血病的潜在关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于部分选定的lncRNA	揭示lncRNA在正常和异常造血过程中的功能作用	造血干细胞和祖细胞至分化血细胞的全谱系细胞	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	207,113个细胞（来自30名健康供体）
116	2025-09-25	Microfluidic chip-integrated vascularized endometrial complexes: Mitochondrial function and paracrine crosstalk enhance regenerative potential 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.035 PMID:40980506	研究论文	本研究开发了一种集成微流控芯片的血管化三重细胞子宫内膜复合体，用于增强子宫内膜损伤的再生修复能力	首次在微流控芯片中构建包含子宫内膜上皮类器官、基质细胞和内皮细胞的三重细胞血管化复合体，揭示了细胞间双向旁分泌互作机制	研究仅在免疫缺陷小鼠模型中进行验证，缺乏人类临床试验数据	开发具有生理相关性的子宫内膜再生模型并探究其修复机制	血管化三重细胞子宫内膜复合体（包含上皮类器官、基质细胞和内皮细胞）	组织工程与再生医学	子宫内膜损伤	微流控芯片技术、单细胞RNA测序、复合水凝胶（Matrigel与纤维蛋白）	NA	基因表达数据、功能实验数据	免疫缺陷小鼠子宫内膜损伤模型
117	2025-09-25	A human-mouse atlas of intrarenal myeloid cells identifies conserved disease-associated macrophages in lupus nephritis 2025-Nov-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241873 PMID:40900124	研究论文	通过跨物种分析比较人类和小鼠狼疮性肾炎肾脏髓系细胞，鉴定出保守的疾病相关巨噬细胞	首次建立人类-小鼠肾脏髓系细胞图谱，发现跨物种保守的疾病相关单核/巨噬细胞亚群及其基因表达特征	研究局限于狼疮性肾炎特定疾病模型，未验证其他肾脏疾病中的普适性	探索小鼠模型在狼疮性肾炎治疗研究中的适用性及髓系细胞的作用机制	155名狼疮性肾炎患者和四种小鼠模型的肾脏髓系细胞	数字病理	狼疮性肾炎	单细胞分析、空间转录组学、功能研究	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	155名患者样本+四种小鼠模型
118	2025-09-25	Hyperactivation of the m6A demethylase FTO to down-regulate SLC7A11/xCT-mediated redox homeostasis and epigenetic remodeling in facial infiltrating lipomatosis 2025-Nov, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.08.001 PMID:40769313	研究论文	本研究揭示了FTO通过m6A依赖性抑制SLC7A11破坏氧化还原平衡并调控SIRT6-H3K9ac介导的表观遗传重编程促进面部浸润性脂肪瘤病（FIL）进展的分子机制	首次发现FTO/SLC7A11/GSH/SIRT6轴在FIL发病机制中的关键作用，阐明了m6A修饰通过氧化还原-表观遗传轴调控脂肪生成的新机制	研究聚焦于分子机制探索，临床转化应用仍需进一步验证	探究FIL的分子发病机制并寻找潜在治疗靶点	面部浸润性脂肪瘤病组织样本和脂肪干细胞/祖细胞	分子病理学	面部浸润性脂肪瘤病	Western blotting、qPCR、免疫组化、单细胞RNA测序、MeRIP-seq、RIP-qPCR、荧光素酶报告基因检测、ATAC-seq、ChIP-qPCR	异种移植模型、AAV8介导的基因过表达模型	分子生物学数据、测序数据	FIL患者组织样本及相应细胞模型
119	2025-09-25	Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia 2025-Oct, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035 PMID:40164294	研究论文	本研究通过小鼠模型验证围产期使用达格列净对叠加性子痫前期孕鼠远期心血管功能的保护作用	首次在叠加性子痫前期动物模型中探索SGLT2抑制剂在妊娠期和产褥期的干预效果，并采用空间转录组学揭示分子机制	研究局限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	评估达格列净对叠加性子痫前期模型妊娠期及远期心血管结局的影响	BPH/2J妊娠小鼠（叠加性子痫前期模型）	心血管疾病研究	子痫前期/心血管疾病	连续超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色	BPH/2J小鼠模型	生理参数、分子标记、组织病理数据	植入遥测装置的妊娠BPH/2J小鼠（分组对照实验）
120	2025-09-25	Molecular Mechanisms of Human Pancreatic Islet Dysfunction Under Overnutrition Metabolic Stress 2025-Oct-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-1038 PMID:40773375	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类胰岛细胞在高营养代谢压力下的分子机制	首次在单细胞水平系统分析人类胰岛不同内分泌细胞类型对糖脂毒性的响应差异，并发现组蛋白甲基转移酶G9a/GLP在β细胞应激反应中的关键作用	研究仅使用体外培养的人类胰岛模型，未验证在体情况	阐明营养过剩条件下人类胰岛功能异常的分子机制	人类胰岛细胞（包括α细胞和β细胞等内分泌细胞）	分子生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序、靶向药物筛选	NA	基因表达数据	人类胰岛样本（具体数量未明确说明）