单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-09-25	Inducible pluripotent stem cells to study human mast cell trajectories 2024-Oct, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.07.003 PMID:39038754	研究论文	本研究开发了一种从诱导多能干细胞分化人类肥大细胞的体外模型，用于研究其发育轨迹和亚型	首次建立基于iPSC的人类肥大细胞分化模型，通过单细胞RNA测序揭示了肥大细胞前体亚型和成熟状态的转录特征	模型系统仍处于体外研究阶段，需要进一步验证其与体内生理条件的相关性	研究人类肥大细胞的分化轨迹和亚型特征	人类诱导多能干细胞分化的肥大细胞及其前体细胞	细胞生物学	炎症性疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞培养技术	体外细胞分化模型	单细胞转录组数据、流式细胞数据	单细胞RNA测序分析2056个细胞（包括547个单核细胞/粒细胞前体、599个肥大细胞前体1型等）
202	2025-09-25	Identification of Regulatory RNA-Binding Proteins Associated with Immune Infiltration in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma 2024-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300498 PMID:38912837	研究论文	通过分析RNA测序数据鉴定与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的调控性RNA结合蛋白	首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，系统分析RNA结合蛋白调控的选择性剪接事件与喉癌免疫浸润的关联	样本量有限（20对癌与癌旁组织），验证数据主要来自公共数据库	探索RNA结合蛋白调控的选择性剪接在喉鳞癌免疫微环境中的作用机制	喉鳞状细胞癌患者组织样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	生物信息学	喉癌	RNA测序（bulk RNA-seq和scRNA-seq）、选择性剪接分析、生物信息学分析	edgeR差异表达分析、科学反卷积算法	基因表达数据、单细胞转录组数据	20对喉癌与癌旁组织（自有数据）+117例TCGA样本+2例scRNA-seq样本
203	2025-09-25	Single-Cell RNA Sequencing Identifies WARS1+ Mesenchymal Stem Cells with Enhanced Immunomodulatory Capacity and Improved Therapeutic Efficacy 2024-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300752 PMID:38856632	研究论文	通过单细胞RNA测序鉴定具有增强免疫调节能力的WARS1+间充质干细胞，并提升其对银屑病的治疗效果	首次发现TNF-α和IFN-γ刺激可增强脐带源MSCs的免疫调节能力，并鉴定WARS1作为调控RhoA-Akt轴的关键分子	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	提高脐带源间充质干细胞对银屑病的免疫治疗效果	脐带源间充质干细胞（UC-MSCs）和银屑病小鼠模型	干细胞治疗	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	动物疾病模型	基因表达数据	未明确样本数量的小鼠模型实验
204	2025-09-25	Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to regulate cortical excitability in TDP-43 related neurodegeneration 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.30.601396 PMID:39005475	研究论文	本研究揭示了杆状小胶质细胞通过与神经元树突相互作用调节TDP-43相关神经退行性疾病中皮质兴奋性的新机制	首次发现具有独特形态和转录特征的杆状小胶质细胞亚群在调节运动皮质过度兴奋中的神经保护作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中得到验证	探究小胶质细胞在TDP-43神经退行性疾病运动皮质回路过度兴奋中的调控机制	rNLS8小鼠模型的运动皮质回路、神经元和小胶质细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	多通道探针记录、纵向钙成像、空间和单细胞RNA测序	rNLS8小鼠模型（TDP-43神经退行性疾病模型）	电生理记录数据、成像数据、转录组数据	使用rNLS8转基因小鼠模型进行实验
205	2025-09-25	Single-cell landscape of functionally cured chronic hepatitis B patients reveals activation of innate and altered CD4-CTL-driven adaptive immunity 2024-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.017 PMID:38423478	研究论文	通过单细胞技术解析功能性治愈慢性乙肝患者的免疫细胞图谱，揭示先天免疫激活和CD4-CTL驱动的适应性免疫改变	首次在单细胞分辨率下系统比较CHB与FC患者的肝内和外周免疫特征，发现MHC II类分子表达肝细胞、CD4细胞毒性T细胞等新免疫亚群	样本量有限，需更大队列验证；机制研究主要基于相关性分析	阐明慢性乙肝功能性治愈的免疫病理机制和生物标志物	慢性乙肝患者和功能性治愈患者的肝组织及匹配外周血单核细胞	免疫学	慢性乙肝	单细胞转录组测序、多参数流式细胞术、多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像	慢性乙肝和功能性治愈患者队列（具体数量未明确说明）
206	2025-09-25	Lupus dermal fibroblasts are proinflammatory and exhibit a profibrotic phenotype in scarring skin disease 2024-02-15, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.173437 PMID:38358820	研究论文	本研究探讨狼疮患者真皮成纤维细胞在炎症反应和瘢痕形成中的特异性表现	首次揭示SFRP2+成纤维细胞亚群在瘢痕性皮肤狼疮病变中的关键作用，并发现 scarring 与非 scarring 患者成纤维细胞对TGF-β的差异化响应	样本量有限（22例患者+34例对照），仅针对皮肤病变机制进行研究	阐明皮肤红斑狼疮患者瘢痕形成的细胞机制	系统性红斑狼疮和皮肤红斑狼疮患者的真皮成纤维细胞	皮肤病学	红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、体外细胞因子刺激实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	22例SLE/CLE患者和34例健康对照的非损伤皮肤样本
207	2025-09-25	Single-cell analyses of metastatic bone marrow in human neuroblastoma reveals microenvironmental remodeling and metastatic signature 2024-02-15, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.173337 PMID:38358826	研究论文	通过单细胞RNA测序分析神经母细胞瘤骨转移微环境的细胞组成和分子特征	首次在单细胞分辨率下揭示神经母细胞瘤骨转移微环境的免疫细胞重构和细胞间通讯网络	样本来源仅限于骨转移灶，未涉及其他转移部位或原发灶的对比分析	解析神经母细胞瘤骨转移的微环境特征及其临床意义	神经母细胞瘤患者的骨髓转移样本	单细胞基因组学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	包含转移与非转移患者的骨髓样本（具体数量未明确说明）
208	2025-09-25	Identification of type 2 diabetes- and obesity-associated human β-cells using deep transfer learning 2024-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576260 PMID:38328172	研究论文	本研究利用深度迁移学习工具DEGAS识别与2型糖尿病和肥胖相关的人类β细胞亚群	首次将深度迁移学习工具DEGAS应用于单细胞RNA-seq数据，将疾病关联从批量表达数据映射到单细胞水平	研究仅基于现有数据集，未来需要扩展更多人类胰岛组学数据	优先识别疾病相关的β细胞亚群以理解2型糖尿病发病机制并发现靶向治疗基因	人类胰腺胰岛β细胞	机器学习	2型糖尿病	单细胞RNA-seq、深度迁移学习、免疫染色	DEGAS（深度迁移学习工具）	基因表达数据、图像数据	来自健康供体和2型糖尿病供体的人类胰腺切片
209	2025-09-25	Identification of tumor immunophenotypes associated with immunotherapy response in bladder cancer 2023-12, International journal of urology : official journal of the Japanese Urological Association IF:1.8Q3 DOI:10.1111/iju.15276 PMID:37602677	研究论文	本研究通过分析膀胱癌的免疫表型特征，建立与免疫治疗反应相关的基因标记模型	首次基于肿瘤免疫细胞评分表征膀胱癌炎症性和免疫排斥性免疫表型，并建立可预测免疫检查点抑制剂治疗反应的风险评分模型	研究依赖于公共数据库的回顾性数据，需要前瞻性临床研究验证	揭示膀胱癌免疫治疗反应相关的免疫表型特征并寻找新的分子靶点	膀胱癌患者及其肿瘤组织样本	生物信息学	膀胱癌	RNA测序（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	风险评分模型	基因表达数据	GSE32894、Imvigor210和GSE145140等多个公共数据集中的膀胱癌样本
210	2025-09-25	An integrated study to decipher immunosuppressive cellular communication in the PDAC environment 2023-11-10, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-023-00320-6 PMID:37945567	研究论文	本研究通过整合空间转录组学、单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示胰腺导管腺癌微环境中肿瘤相关巨噬细胞通过LGALS9基因介导的免疫抑制细胞通讯机制	首次整合多组学数据系统解析PDAC免疫抑制微环境中细胞通讯网络，发现TAMs通过LGALS9-P4HB相互作用轴的核心调控作用	NA	破译胰腺导管腺癌免疫抑制微环境中的细胞通讯机制	胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的细胞相互作用	肿瘤免疫学	胰腺癌	空间转录组学、scRNA-seq、bulk RNA-seq	NA	转录组数据	NA
211	2025-09-25	Transgenic ferret models define pulmonary ionocyte diversity and function 2023-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06549-9 PMID:37730992	研究论文	本研究通过构建转基因雪貂模型揭示肺离子细胞的多样性及其在囊性纤维化中的关键功能	首次在非啮齿类哺乳动物（雪貂）中建立条件性遗传模型，解析人类与小鼠生物学差异显著的稀有细胞功能	研究聚焦于近端气道，未涉及远端气道或肺泡区域的离子细胞功能	阐明肺离子细胞在气道液体调节和囊性纤维化病理机制中的作用	转基因雪貂模型（FOXI1-Cre::ROSA-TG、FOXI1-KO、FOXI1-Cre::CFTR）	疾病模型研究	囊性纤维化	条件性基因编辑、单细胞转录组学、谱系追踪	转基因动物模型	基因表达数据、生理功能数据	多种遗传修饰雪貂模型（具体数量未明确说明）
212	2025-09-25	Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism 2023-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06473-y PMID:37704762	研究论文	开发CHOOSE系统用于自闭症高风险基因的脑类器官高通量筛选研究	首次建立CRISPR-人类类器官-单细胞RNA测序整合系统，实现脑类器官中36个自闭症高风险基因的并行功能缺失筛选	研究主要基于类器官模型，与真实人脑发育环境存在差异	鉴定自闭症谱系障碍相关基因在神经发育过程中的功能缺陷	人脑类器官模型及36个自闭症高风险基因	发育神经生物学	自闭症谱系障碍	CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、染色质分析	CHOOSE系统（CRISPR-human organoids-single-cell RNA sequencing）	单细胞转录组数据、染色质模态数据	包含36个高风险基因的脑类器官模型
213	2025-09-25	Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids 2023-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05279-8 PMID:36198796	研究论文	本研究利用人多能干细胞衍生的自组织神经类器官结合单细胞基因组技术，推断并扰动人脑发育过程中的细胞命运调控组	开发了Pando框架整合多组学数据和转录因子结合位点预测，首次在人类脑类器官中通过单细胞水平遗传扰动揭示GLI3转录因子在皮层命运决定中的双重调控作用	研究基于体外类器官模型，可能与体内真实脑发育存在差异	重建人类大脑发育过程中的基因调控网络	人多能干细胞衍生的神经类器官	发育生物学	NA	单细胞转录组测序、单细胞染色质可及性检测、遗传扰动技术	Pando框架（基因调控网络推断框架）	单细胞多组学数据（转录组+染色质可及性）	密集时间序列的人类脑类器官样本（涵盖神经上皮形成、模式形成、脑区域化和神经发生阶段）
214	2025-09-25	Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06367-z PMID:37532934	研究论文	本研究探讨了Netrin-1阻断在子宫内膜癌治疗中的作用及机制	首次报道Netrin-1在子宫内膜癌中的上调现象，并证实其阻断剂NP137可通过抑制上皮间质转化(EMT)发挥抗肿瘤作用	I期临床试验样本量较小（14例患者），需更大规模研究验证	评估Netrin-1阻断策略在子宫内膜癌治疗中的疗效和作用机制	子宫内膜癌患者（临床试验）和子宫内膜癌小鼠模型	肿瘤治疗学	子宫内膜癌	RNA-seq、空间转录组学、单细胞RNA-seq、基因表达谱分析	NA	基因表达数据、临床疗效数据	14例晚期子宫内膜癌患者（临床试验）和子宫内膜癌小鼠模型
215	2025-09-25	A spatially resolved single-cell genomic atlas of the adult human breast 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06252-9 PMID:37380767	研究论文	构建了首个成人正常乳腺组织的单细胞和空间分辨率综合图谱	首次在单细胞和空间分辨率层面系统揭示乳腺非上皮细胞类型的多样性，发现组织驻留免疫细胞的丰富生态系统	NA	建立成人正常乳腺组织的细胞参考图谱用于乳腺生物学和疾病研究	126名女性的714,331个细胞和20名女性的117,346个细胞核	单细胞基因组学	乳腺癌	单细胞转录组学、空间转录组技术	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	来自126名女性的714,331个细胞和20名女性的117,346个细胞核
216	2025-09-25	Mammary duct luminal epithelium controls adipocyte thermogenic programme 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06361-5 PMID:37495690	研究论文	本研究揭示乳腺导管上皮细胞通过分泌因子调控雌性小鼠皮下白色脂肪组织的产热程序	首次发现乳腺导管上皮细胞通过分泌'mammokines'（特别是脂质运载蛋白2）抑制脂肪细胞UCP1表达，揭示交感神经-导管接触点的作用机制	研究仅限于小鼠模型，人类乳腺组织的类似机制尚未验证	探究乳腺导管上皮细胞在脂肪细胞产热调控中的作用机制	雌性小鼠的皮下白色脂肪组织和乳腺导管上皮细胞	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序、3D全组织免疫荧光成像、体内外上皮细胞消融实验	NA	基因表达数据、影像数据	雌性和雄性小鼠的脂肪组织样本
217	2025-09-25	Mitochondrial integrated stress response controls lung epithelial cell fate 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06423-8 PMID:37558881	研究论文	本研究揭示了线粒体复合物I通过NAD再生调控肺泡上皮细胞命运的新机制	首次发现线粒体复合物I的NAD再生功能（而非质子泵功能）对肺泡上皮细胞命运决定的关键作用，并阐明整合应激反应在此过程中的病理诱导机制	研究局限于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证	探究线粒体代谢对肺上皮细胞命运决定的调控机制	小鼠肺泡上皮细胞（AT1和AT2细胞）	细胞生物学	肺发育疾病	条件性基因敲除、单细胞RNA测序、ISR抑制剂干预	NA	基因表达数据	转基因小鼠模型
218	2025-09-25	Diverse clonal fates emerge upon drug treatment of homogeneous cancer cells 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06342-8 PMID:37468627	研究论文	本研究通过开发FateMap框架揭示同质癌细胞在药物治疗后产生多样化耐药类型的机制	首次结合DNA条形码与单细胞RNA测序技术，实现数十万个克隆的命运追踪，发现耐药类型由用药前细胞内在状态预先决定	NA	探究同源癌细胞群体产生多样化耐药类型的机制和决定因素	单细胞来源的癌细胞系及患者样本	单细胞生物学	癌症	DNA条形码技术、单细胞RNA测序	NA	单细胞基因表达数据	数十万个癌细胞克隆
219	2025-09-25	Pharmacological targeting of netrin-1 inhibits EMT in cancer 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06372-2 PMID:37532929	研究论文	本研究通过药理抑制netrin-1蛋白，发现可阻止癌症上皮-间质转化进程并增强化疗敏感性	首次发现netrin-1可作为EMT的药物治疗靶点，并验证临床阶段抗体NP137的疗效	动物模型研究需进一步验证人体适用性	探索靶向EMT过程的癌症治疗新策略	皮肤鳞状细胞癌小鼠模型和A549人类癌细胞系	癌症生物学	皮肤鳞癌	单细胞RNA测序、shRNA敲低技术	NA	基因表达数据	小鼠模型及人类癌细胞系（具体数量未明确说明）
220	2025-09-25	A spatially resolved single cell genomic atlas of the adult human breast 2023-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.22.537946 PMID:37163043	研究论文	构建了首个成人正常乳腺组织的单细胞和空间分辨率综合图谱	首次在单细胞和空间分辨率层面系统揭示乳腺非上皮细胞群体的多样性及导管与小叶区域的分子差异	样本来源仅限于成年女性正常组织，未涉及病变或发育阶段样本	建立成人乳腺组织的高分辨率细胞参考图谱	62名女性的535,941个细胞和20名女性的120,024个细胞核	单细胞基因组学	乳腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组技术	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	62名女性（535,941个细胞）和20名女性（120,024个细胞核）