单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11441	2024-08-05	Fourteen years of cellular deconvolution: methodology, applications, technical evaluation and outstanding challenges 2024-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae267 PMID:38619038	综述	本文提供了关于53种细胞去卷积方法的全面综述	本文通过对53种方法进行基准测试，填补了细胞去卷积方法选择的空白	缺乏足够的文档和性能评估，使得生命科学家难以选择合适的方法	研究细胞去卷积方法及其在生物医学研究中的应用	对53种细胞去卷积方法的技术评估和应用现状进行综述	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	RNA数据	63名个体的30种组织中283种细胞类型
11442	2024-08-04	PRKDC-Mediated NHEJ May Play a Crucial Role in Aneuploidy of Chromosome 8-Driven Progression of Ovarian Cancer 2024-Apr-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25094825 PMID:38732044	研究论文	本研究探讨了PRKDC介导的非同源末端连接（NHEJ）在卵巢癌染色体8非整倍体进展中的重要作用	该研究揭示了剪接的功能分析和非同源末端连接途径如何影响卵巢癌的后期非整倍体特征，具有重要的创新意义	该研究的局限性在于缺乏对其他染色体非整倍体的全面分析	研究卵巢癌进展中的非整倍体特征及其分子机制	卵巢上皮癌中的非整倍体和拷贝数变异	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序和荧光原位杂交（FISH）	NA	基因组数据	使用了癌症基因组图谱（TCGA）和基因表达综合数据库（GEO）中的相关数据
11443	2024-08-04	Single-Cell Transcriptional Profile Construction of Rat Pituitary Glands before and after Sexual Maturation and Identification of Novel Marker Spp1 in Gonadotropes 2024-Apr-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25094694 PMID:38731915	研究论文	本文通过单细胞转录组技术构建了大鼠垂体在性成熟前后的转录谱并识别出新的标记物Spp1。	首次研究了性成熟前后大鼠垂体组织的单细胞差异，发现106个差异表达基因并确认Spp1作为新标记物。	未涉及不同物种或性别在性成熟前后的细胞差异。	探讨性成熟对大鼠垂体细胞转录组特征的影响。	大鼠垂体细胞，特别是促性腺细胞。	数字病理学	NA	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	NA
11444	2024-08-05	The nociceptive activity of peripheral sensory neurons is modulated by the neuronal membrane proteasome 2024-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114058 PMID:38614084	研究论文	本研究调查了周围神经系统中的神经膜蛋白酶体对感觉神经元的痛觉活动的调节作用	揭示了神经膜蛋白酶体在小鼠后爪远端神经纤维上的特定抑制及其对机械和疼痛敏感性减少的影响	研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全代表其他物种的情况	探讨周围神经系统中神经膜蛋白酶体的功能及其对疼痛信号的调节	研究对象为表达神经膜蛋白酶体的背根神经节（DRG）神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞信号传导数据	小鼠模型中使用的特定DRG神经元
11445	2024-08-04	Investigating the basis of lineage decisions and developmental trajectories in the dorsal spinal cord through pseudotime analyses 2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.24.550380 PMID:37546781	研究论文	本研究探讨了背侧脊髓内部神经元的发展轨迹和谱系决策的基础	开发了一种结合单细胞RNA测序与伪时间分析的资源，以识别影响背侧内部神经元不同谱系的基因	对背侧内部神经元产生的分子细节仍不完全	探索背侧脊髓内部神经元的命运特征和发育时间	小鼠胚胎干细胞衍生的背侧内部神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
11446	2024-08-05	Comprehensive single-cell atlas of the mouse retina 2024-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.24.577060 PMID:38328114	研究论文	本文建立了小鼠视网膜的综合单细胞图谱	生成了迄今为止最大的视网膜单细胞RNA测序数据集，并整合了公共数据集以构建小鼠视网膜细胞图谱	样本可能局限于特定小鼠品系，可能无法代表全部生物学变异	建立小鼠视网膜的统一参考数据集	C57BL/6J小鼠全视网膜中的单细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	大约190,000个单细胞
11447	2024-08-05	A targeted CRISPR-Cas9 mediated F0 screen identifies genes involved in establishment of the enteric nervous system 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0303914 PMID:38809858	研究论文	本研究利用CRISPR-Cas9介导的F0筛选，识别与肠神经系统建立相关的基因	提出了一种新颖且高效的CRISPR筛选方法，专注于肠神经系统的发展	该研究未详细探讨所识别基因的功能机制	旨在揭示参与肠神经系统建立的基因	主要研究对象为斑马鱼中的肠神经嵴细胞及其相关基因	数字病理学	Hirschsprung病	CRISPR-Cas9	NA	单细胞RNA测序	使用斑马鱼作为模型生物，具体样本数量未说明
11448	2024-08-05	A targeted CRISPR-Cas9 mediated F0 screen identifies genes involved in establishment of the enteric nervous system 2023-Dec-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.28.573581 PMID:38234831	研究论文	本研究利用CRISPR-Cas9介导的筛查识别参与肠神经系统建立的基因	使用高效的CRISPR筛查方法，发现新基因进而推动肠神经系统的研究	研究仅限于斑马鱼模型，可能不完全适用于其他脊椎动物	探讨和识别参与肠神经系统发育的基因	以斑马鱼为模型研究肠神经系统的形成与基因调控	数字病理学	Hirschsprung病	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	NA	NA	NA
11449	2024-08-04	Combined near infrared photoacoustic imaging and ultrasound detects vulnerable atherosclerotic plaque 2023-11, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2023.122314 PMID:37776766	研究论文	该研究显示近红外自发光声成像(NIRAPA)与超声联合可检测易损的动脉粥样硬化斑块	创新点在于首次将近红外自发光声成像与超声成像结合，用于区分稳定与易损斑块	研究的局限性在于仅在25名患者的切除斑块上进行的体外研究	研究旨在通过成像技术有效管理动脉粥样硬化疾病	研究对象为25例患者的切除动脉粥样硬化斑块	数字病理学	心血管疾病	近红外自发光声成像(NIRAPA)与超声成像	NA	图像	25个切除的动脉粥样硬化斑块样本
11450	2024-08-05	Hypoxic, glycolytic metabolism is a vulnerability of B-acute lymphoblastic leukemia-initiating cells 2022-04-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110752 PMID:35476984	研究论文	这篇文章探讨了高风险B-急性淋巴细胞白血病（B-ALL）中白血病起始细胞（LICs）的特性及其代谢弱点	发现抑制缺氧和糖酵解对MLL-r B-ALL LICs有害，提供了治疗靶向的新思路	对高风险B-ALL中LICs的特性理解仍不完全	研究高风险B-急性淋巴细胞白血病中的白血病起始细胞及其代谢特性	MLL重排的B-ALL中的白血病起始细胞	数字病理学	骨髓瘤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
11451	2024-08-05	Spatial transcriptional mapping of the human nephrogenic program 2021-08-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.07.017 PMID:34428401	研究论文	本文建立了人类肾小管发育的空间转录组图谱	首次通过空间解析手段揭示了人类肾小管发育的过程，并构建了蛋白质三维图谱	样本数量和来源可能影响结果的普遍性	旨在建立人类肾小管发育的框架，以促进对肾脏发展和疾病的理解	人类肾小管的前体细胞及其发育	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	三维蛋白质图谱	一百万个肾小管前体细胞
11452	2024-08-05	Genome-wide CRISPRi/a screens in human neurons link lysosomal failure to ferroptosis 2021-07, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00862-0 PMID:34031600	研究论文	本文展示了在人类神经元中进行的首个全基因组CRISPR干扰和激活筛选。	揭示了溶酶体蛋白prosaposin的下调如何选择性地增强神经元对氧化压力的敏感性，从而引发铁死亡的机制。	研究主要集中在神经元类型，其他细胞类型的反应未全面阐述。	系统理解不同人类细胞类型的基因功能。	人类神经元及其对慢性氧化压力的响应机制。	功能基因组学	神经退行性疾病	CRISPR干扰和激活	NA	转录组数据	NA
11453	2024-08-05	Regulation of Immune Responses by Nonhematopoietic Cells in Asthma 2021-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2000885 PMID:33397743	研究论文	非造血细胞在哮喘中调节免疫反应的重要性	本研究揭示了不同肺驻留非造血细胞群体中的单个基因如何影响哮喘的发起和维持	本研究未详细探讨所有非造血细胞的免疫功能和相互作用	研究非造血细胞在哮喘中的作用及其对免疫反应的调节	不同肺驻留非造血细胞和传统免疫细胞的相互作用	数字病理学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
11454	2024-08-05	Neurog3-Independent Methylation Is the Earliest Detectable Mark Distinguishing Pancreatic Progenitor Identity 2019-01-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.11.048 PMID:30620902	研究论文	本文展示了Neurog3独立的甲基化是区分胰腺祖细胞身份的最早可检测标志	通过单细胞RNA-seq和轨迹分析，揭示了Myt1与Neurog3的共表达在胰腺细胞命运选择中的作用	研究中甲基化状态的变化与能否定义的亚群体之间的关系尚不明确	探讨Neurog3细胞在胰腺发育中的细胞命运选择机制	胰腺内的Neurog3表达祖细胞及其甲基化状态	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq，轨迹分析	NA	RNA数据	NA
11455	2024-08-05	Quantitative Clonal Analysis and Single-Cell Transcriptomics Reveal Division Kinetics, Hierarchy, and Fate of Oral Epithelial Progenitor Cells 2019-01-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.015 PMID:30472156	研究论文	本文探讨了口腔上皮祖细胞的分裂动力学、层级和命运	通过定量克隆分析和单细胞转录组学，揭示了口腔上皮祖细胞的独特分裂特性和细胞组织模型	没有提供具体的临床数据支持研究结果	了解口腔上皮祖细胞在稳态和疾病中的角色	口腔上皮祖细胞（OEPCs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
11456	2024-08-05	Successful Anti-PD-1 Cancer Immunotherapy Requires T Cell-Dendritic Cell Crosstalk Involving the Cytokines IFN-γ and IL-12 2018-12-18, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.09.024 PMID:30552023	研究论文	本研究揭示了抗PD-1免疫疗法中T细胞与树突细胞之间的相互作用及其依赖的细胞因子IFN-γ和IL-12	揭示了树突细胞产生IL-12的机制及其在抗肿瘤免疫中的关键作用	本研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	研究抗PD-1免疫疗法在肿瘤内的作用机制	重点研究肿瘤浸润性树突细胞的功能和T细胞的作用	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序和活体实时成像	小鼠模型	细胞和分子水平的数据	特定小鼠模型的树突细胞样本，具体数量未提供
11457	2024-08-05	Single-cell transcriptional analysis reveals ILC-like cells in zebrafish 2018-11-16, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aau5265 PMID:30446505	研究论文	这篇文章利用单细胞RNA测序生成了斑马鱼淋巴细胞的全面图谱	发现了斑马鱼中存在ILC样细胞，并识别了新的免疫型受体和标记	对其他脊椎动物ILCs的存在和功能了解较少	研究斑马鱼中ILCs的存在及其在组织稳态和免疫应答中的功能	斑马鱼的淋巴细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	14,080个细胞
11458	2024-08-05	Renal compartment-specific genetic variation analyses identify new pathways in chronic kidney disease 2018-11, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0194-4 PMID:30275566	研究论文	本文探讨了肾脏慢性疾病的基因变异及相关通路	通过建立肾脏不同部分的表达数量性状位点（eQTL）图谱，识别了与慢性肾病相关的新基因	GWAS结果的生物学基础仍然不够清晰	识别与慢性肾病发展相关的新基因和细胞通路	人类肾脏的肾小球和肾小管部分	数字病理学	慢性肾病	单细胞RNA测序、表达数量性状位点图谱	NA	基因组数据、RNA序列数据	NA
11459	2024-08-05	LC3-Associated Phagocytosis in Myeloid Cells Promotes Tumor Immune Tolerance 2018-10-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.08.061 PMID:30245008	研究论文	本文展示了髓系细胞中的LC3相关吞噬作用在肿瘤免疫耐受中的作用	研究指出LAP在髓系细胞中影响肿瘤生长，而不仅仅是经典自噬	本文未探讨不同类型肿瘤对LAP的影响	探讨自噬在肿瘤微环境中的不同功能及其对免疫反应的影响	研究重点为肿瘤相关巨噬细胞及其对肿瘤细胞的吞噬作用	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
11460	2024-08-05	Regulated Capture of Vκ Gene Topologically Associating Domains by Transcription Factories 2018-08-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.091 PMID:30157436	研究论文	本文探讨了淋巴细胞抗原受体多样性表达的机制，重点研究了Vκ基因的转录和重组过程	该研究首次揭示了Vκ基因如何通过转录工厂在核矩阵上被选择性捕获，从而实现单拷贝基因的转录	本文未提供单细胞转录组数据的详细样本量和具体实验条件	研究Vκ基因在淋巴细胞中的单拷贝转录与重组的机制	研究对象为预B细胞中Vκ基因的转录和重组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA	NA