单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-26	SpatialCVGAE: Consensus Clustering Improves Spatial Domain Identification of Spatial Transcriptomics Using VGAE 2025-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00676-1 PMID:39680300	研究论文	提出了一种名为SpatialCVGAE的共识聚类框架，用于提高空间转录组学数据中空间域识别的稳定性和准确性	采用变分图自编码器(VGAE)和共识聚类方法，整合多个潜在表示和聚类结果，增强了模型的稳定性和鲁棒性	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决空间转录组学数据聚类中的不稳定性和噪声问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学(SRT)、变分图自编码器(VGAE)、共识聚类	VGAE	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
2	2025-07-26	Self-Supervised Graph Representation Learning for Single-Cell Classification 2025-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00700-y PMID:40180773	研究论文	本文提出了一种名为scSSGC的自监督图表示学习框架，用于单细胞RNA测序数据中的细胞分类	提出了一种结合K-means聚类任务的自监督学习预训练阶段，以及局部增强的图神经网络来捕获细胞间潜在相互作用	未明确提及具体局限性	开发计算生物学方法以提高单细胞RNA测序数据中细胞分类的准确性和泛化能力	单细胞RNA测序数据中的细胞	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3	2025-07-26	ScAGCN: Graph Convolutional Network with Adaptive Aggregation Mechanism for scRNA-seq Data Dimensionality Reduction 2025-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00702-w PMID:40281370	研究论文	本文提出了一种名为scAGCN的新型图卷积网络，用于单细胞RNA测序数据的降维	设计了具有自适应聚合机制的图卷积网络，通过基于节点分布和相似性箱线图的邻域选择策略优化聚合函数	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据的高维度、高噪声和高稀疏性问题，实现准确的低维表示	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	图卷积网络(GCN)	基因表达数据	15个真实的scRNA-seq数据集，其中10个是大规模数据集
4	2025-07-26	Advances in single-cell omics: Transformative applications in basic and clinical research 2025-Aug, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102548 PMID:40517461	综述	本文综述了单细胞组学技术在基础和临床研究中的变革性应用	强调了单细胞RNA测序、空间转录组学及多组学整合在解析复杂组织和识别独特功能状态细胞群体中的创新应用	未具体提及技术的局限性，如数据解析的复杂性或技术成本	探讨单细胞组学技术在生物学知识进步及临床应用中的关键作用	癌症研究和发育生物学等领域中的细胞群体	生物信息学	癌症和神经发育障碍	单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学整合	NA	单细胞组学数据	NA
5	2025-07-26	Investigating intestinal farnesoid X receptor functions at the intestinal mucosal barrier and in the intestinal microbiota in a biliary obstruction mouse model 2025-Aug-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00223.2024 PMID:40623002	研究论文	本研究探讨了肠道法尼醇X受体（FXR）在胆道梗阻模型中对肠道黏膜屏障和肠道微生物群的功能	揭示了FXR在生理和胆道梗阻条件下的肠道作用，并提出了可能的分子靶点，为胆道梗阻疾病的肠道治疗提供了新见解	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明FXR在肠道中的作用及其在胆道梗阻疾病中的治疗潜力	肠道法尼醇X受体（FXR）和胆道梗阻小鼠模型	分子生物学	胆道梗阻疾病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了肠道特异性敲除小鼠和胆道梗阻模型
6	2025-07-26	Insights into chondrocyte populations in cartilaginous tissues at the single-cell level 2025-Aug, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-025-01275-0 PMID:40640375	research paper	该论文探讨了单细胞多组学技术在揭示软骨组织中软骨细胞异质性方面的应用及其在疾病治疗中的潜力	利用单细胞转录组学技术对软骨细胞亚型进行更精细的功能注释分类，为软骨相关疾病的精准治疗提供新思路	需要整合先进的单细胞技术与计算模型以进一步揭示软骨细胞群体的动态相互作用	研究软骨细胞亚型在软骨形成、维持和疾病进展中的作用	软骨组织中的软骨细胞群体	生物医学	骨关节炎和椎间盘疾病	单细胞多组学技术和单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
7	2025-07-26	Bioinspired 3D hydrogel scaffold to mimic tumor microenvironment for investigating into the anoikis resistance mechanisms in colorectal cancer 2025-Aug, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102061 PMID:40697318	研究论文	本研究开发了一种仿生复合水凝胶支架（GHP），用于模拟肿瘤微环境（TME），以研究结直肠癌中的失巢凋亡抵抗机制	开发了一种新型仿生复合水凝胶（GHP），能够更好地模拟TME的复杂性，并促进细胞增殖和分化，同时揭示了T细胞介导的抗肿瘤免疫新调控机制	研究主要基于Caco-2细胞系，可能无法完全反映所有结直肠癌细胞的特性	研究结直肠癌中失巢凋亡抵抗的机制	结直肠癌细胞（Caco-2细胞）	生物医学工程	结直肠癌	单细胞RNA测序、放射组学分析	3D细胞培养模型	基因表达数据、影像数据	使用Caco-2细胞进行实验
8	2025-07-26	The potential role of BCL2A1⁺ tissue-resident macrophages in the prognosis of Wilms tumor 2025-Jul-25, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02935-3 PMID:40707992	研究论文	本研究探讨了BCL2A1⁺组织驻留巨噬细胞在Wilms肿瘤预后中的潜在作用	首次在Wilms肿瘤中鉴定出BCL2A1⁺组织驻留巨噬细胞亚群，并揭示其在肿瘤进展中的关键作用	样本量相对较小（120例患者），需要更大规模的研究验证结果	探索Wilms肿瘤进展和免疫治疗的关键机制	Wilms肿瘤患者及其肿瘤和邻近组织	肿瘤免疫学	Wilms肿瘤	CIBERSORT, scRNA-seq, IHC, IF	NA	RNA测序数据, 免疫组织化学数据	120例Wilms肿瘤患者
9	2025-07-26	Metabolic stress and early cell death in photoreceptor precursor cells following retinal transplantation 2025-Jul-25, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04509-w PMID:40708039	研究论文	本研究探讨了视网膜移植后光感受器前体细胞（PRPCs）早期死亡的机制，并评估了宿主视网膜对移植的反应	首次通过单细胞RNA测序（scRNAseq）揭示了代谢应激是早期供体细胞死亡的关键驱动因素，并发现宿主视网膜退化状态对供体细胞存活和整合的影响	研究仅使用了犬类模型，结果可能无法完全转化到人类临床应用中	阐明PRPCs早期损失的机制并优化视网膜退行性疾病的移植策略	人胚胎干细胞（hESC）来源的光感受器前体细胞（PRPCs）和犬类视网膜	视网膜疾病研究	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、非侵入性多模态视网膜成像、免疫组织化学分析	NA	RNA测序数据、图像数据	正常和退化犬类视网膜模型
10	2025-07-26	Activation of S1PR1 by Ponesimod for Multiple Sclerosis Therapy: Uncovering MAPK and PI3K Pathway Mechanisms and Repurposing Potential 2025-Jul-25, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/chem.202404742 PMID:40708468	研究论文	本研究探讨了ponesimod通过激活S1PR1受体治疗多发性硬化症（MS）的机制，并探索了药物再利用的潜力	揭示了ponesimod与S1PR1结合的具体机制，包括W269氨基酸的翻转及其对Gi信号通路的激活作用，同时通过药物再利用发现丙戊酸（VPA）可作为辅助治疗减少肝毒性	研究主要基于计算模拟和动物实验，尚未在人体临床试验中验证VPA的辅助治疗效果	阐明ponesimod治疗多发性硬化症的作用机制并探索优化治疗的策略	S1PR1受体及其信号通路、多发性硬化症	分子药理学	多发性硬化症	元动力学模拟、单细胞转录组学、药物再利用	NA	分子模拟数据、转录组数据	NA
11	2025-07-26	Circulating Immune Cell Signature Analysis in HFpEF Across Species 2025-Jul-25, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326249 PMID:40709473	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了HFpEF患者、HFrEF患者和健康对照者的外周血单核细胞，揭示了HFpEF特有的炎症特征	首次在HFpEF患者中识别出与肥胖相关和肥胖无关的特定炎症转录特征，并在小鼠模型中验证了抗炎药物硝基油酸的部分治疗效果	样本量较小（人类n=21，小鼠模型未明确数量），且未探索其他潜在治疗靶点	探究HFpEF的系统性炎症特征及其治疗可能性	HFpEF患者、HFrEF患者、健康对照者及HFpEF小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	人类样本21例（HFpEF=6，HFrEF=8，对照=7）+小鼠模型
12	2025-07-26	Unraveling the Role of MDK-SDC4 Interaction in Pancreatic Cancer-Associated New-Onset Diabetes by Single-Cell Transcriptomic Analysis 2025-Jul-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409987 PMID:40709672	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示MDK-SDC4相互作用在胰腺癌相关新发糖尿病中的作用	首次发现MDK作为肿瘤细胞与β细胞间相互作用的关键介质，并可能作为区分PCAND和T2DM的血液生物标志物	研究未涉及MDK-SDC4相互作用在其他类型糖尿病中的潜在影响	探索胰腺癌相关新发糖尿病(PCAND)的发病机制并寻找早期诊断标志物	胰腺导管腺癌细胞和β细胞	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及PCAND和T2DM患者血浆样本
13	2025-07-26	Inhibition of interferon signaling improves rabbit calicivirus replication in biliary organoid cultures 2025-Jul-25, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00574-25 PMID:40709942	研究论文	本文研究了干扰素信号通路抑制剂Ruxolitinib如何促进兔杯状病毒在胆管类器官培养物中的复制和连续传代	首次实现了兔杯状病毒在细胞培养中的连续传代，并发现干扰素抑制剂能显著提高病毒感染效率	仅实现了四次连续传代，病毒培养系统仍需优化	建立可靠的兔杯状病毒体外培养系统并研究其复制机制	兔杯状病毒(RHDV)和兔肝脏来源的胆管类器官	病毒学	病毒感染	实时定量PCR、免疫荧光分析、单细胞RNA测序	胆管类器官培养系统	分子生物学数据、图像数据	兔肝脏来源的胆管类器官培养物
14	2025-07-26	Single-Cell Sequencing Identifies the Crucial Role of Mitochondrial Fission-Fusion Imbalance in Heart Failure Progression 2025-Jul-25, Journal of cardiovascular translational research IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12265-025-10662-7 PMID:40711504	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组学比较了病理性和生理性心脏肥大的差异，揭示了线粒体融合/分裂失衡在心力衰竭进展中的关键作用	首次在单细胞水平上揭示了线粒体融合/分裂失衡是心力衰竭进展的关键驱动因素，并明确了不同时间点的动态变化	研究仅基于动物模型，尚未在人类样本中验证	阐明心力衰竭的发病机制	病理性和生理性心脏肥大模型	生物医学研究	心血管疾病	单细胞测序，批量转录组学	NA	转录组数据	TAC诱导和运动诱导的心脏肥大模型
15	2025-07-26	Deletion of gasdermin D promotes granulocytic myeloid-derived suppressor cell differentiation by decreased release of mitochondrial DNA to promote tumor escape 2025-Jul-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04104-1 PMID:40711527	研究论文	研究探讨了Gasdermin D（GSDMD）在髓源性抑制细胞（MDSCs）中的激活模式及其对肿瘤逃逸的促进作用	揭示了GSDMD缺失通过减少线粒体DNA释放促进粒细胞性髓源性抑制细胞（G-MDSCs）分化，从而促进肿瘤逃逸的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究GSDMD在MDSCs中的功能及其对肿瘤免疫逃逸的影响	髓源性抑制细胞（MDSCs）和结直肠癌（CRC）	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序分析、免疫组化	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	结直肠癌患者外周血样本和小鼠模型
16	2025-07-26	Combined bulk and single-cell transcriptomic analysis reveals cell-type-specific inflammatory crosstalk in pancreatic cancer 2025-Jul-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01815-8 PMID:40711603	研究论文	通过整合批量转录组和单细胞转录组分析，揭示胰腺导管腺癌(PDAC)中细胞类型特异性的炎症互作网络	结合批量转录组和单细胞转录组数据，系统解析了PDAC中非编码RNA、枢纽蛋白编码基因及细胞间通讯通路的调控网络，并发现巨噬细胞-内皮细胞CXCL8-ACKR1信号轴可能驱动肿瘤相关血管生成	研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证所发现的分子靶点和信号通路的生物学功能	阐明PDAC的复杂分子和细胞景观，寻找潜在的预后生物标志物和治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)及其肿瘤微环境(TME)	生物信息学	胰腺癌	批量转录组测序、单细胞RNA-seq(scRNA-seq)、生物信息学分析(GEO2R、DAVID、STRING、GEPIA2、CellChat)	竞争性内源RNA(ceRNA)网络、蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络	转录组数据(mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA)	来自NCBI GEO数据库的多个PDAC及癌旁正常组织转录组数据集
17	2025-07-26	NKG2D-mediated cytotoxicity of CD4 cytotoxic T cells in multiple myeloma 2025-Jul-24, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025875 PMID:40106762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了多发性骨髓瘤患者骨髓中CD4+细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）的独特状态及其在抗肿瘤免疫中的作用	首次在多发性骨髓瘤患者中鉴定出NKG2D+CD4+ CTLs亚群，并证明其细胞毒性功能及与患者生存率的相关性	研究样本仅限于多发性骨髓瘤患者，未在其他癌症类型中验证	探索CD4+ T细胞在多发性骨髓瘤抗肿瘤免疫中的具体作用机制	多发性骨髓瘤患者的骨髓CD4+ T细胞	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, T细胞受体测序	NA	单细胞转录组数据	多发性骨髓瘤患者骨髓样本（具体数量未明确说明）
18	2025-07-26	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	介绍了一种名为PEtracer的基于prime editing的进化谱系追踪技术，用于高分辨率空间映射细胞状态和谱系动态	开发了PEtracer技术，结合单细胞测序和多模态成像方法，能够在保留组织细胞上下文的同时高分辨率地分析细胞状态和谱系	NA	研究细胞命运决定的时空动态，特别是在发育和疾病中	细胞状态和谱系动态	数字病理	肿瘤转移	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	单细胞测序数据, 多模态成像数据	同源小鼠肿瘤转移模型
19	2025-07-26	Single-cell transcriptomics redefines focal neuroendocrine differentiation as a distinct prostate cancer pathology 2025-Jul-24, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70099 PMID:40705968	研究论文	通过单细胞转录组学重新定义局灶性神经内分泌分化作为一种独特的前列腺癌病理学	揭示了神经内分泌前列腺癌（NEPC）不同病理类型之间的独特转录特征，特别是局灶性神经内分泌分化（Focal NED）的独特生物学背景	研究样本量较小，仅包含9个患者来源的异种移植模型	探索神经内分泌前列腺癌不同病理类型的转录异质性	神经内分泌前列腺癌（NEPC）的肿瘤细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	18,632个肿瘤细胞，来自9个患者来源的异种移植模型
20	2025-07-26	Single-Cell Transcription Reveals the Fibroblast Heterogeneity and Neural Cells' Significance in Desmoid Fibromatosis 2025-Jul-24, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70160 PMID:40706632	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示硬纤维瘤中成纤维细胞的异质性及神经细胞在肿瘤微环境中的重要作用	首次揭示了硬纤维瘤中成纤维细胞的异质性，鉴定了硬纤维瘤的特异性标记基因ADAM12和转录因子CREB3L1，并发现神经细胞在维持促纤维化微环境中的主导作用	研究依赖于公共数据(GSE163973)进行比较分析，可能受限于数据的质量和覆盖范围	探索硬纤维瘤的细胞特征及其微环境，为靶向治疗提供新方向	硬纤维瘤(DF)、瘢痕疙瘩成纤维细胞(KF)和正常成纤维细胞(NF)	数字病理学	硬纤维瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包含硬纤维瘤样本及公共数据集GSE163973中的KF和NF样本