单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11461	2024-08-05	RNA velocity of single cells 2018-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0414-6 PMID:30089906	研究论文	本文展示了如何通过区分未剪接和剪接的mRNA来直接估计单细胞RNA测序中的RNA速度	提出了RNA速度作为时间导数来预测单个细胞未来状态的创新方法	没有提及具体的限制因素	研究RNA速度在分析发育谱系和细胞动态中的应用	单细胞RNA测序数据，特别是在神经嵴谱系和人类胚胎大脑中	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	高维向量模型	RNA数据	多种发布的数据集和技术平台
11462	2024-08-05	Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing 2018-05-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.03.041 PMID:29681456	研究论文	该文章探讨了三阴性乳腺癌中的化疗耐药性演变	该研究使用单细胞测序揭示了耐药基因型的存在与适应选择	样本数量较小，仅涉及20名患者，可能限制了结论的普遍性	研究三阴性乳腺癌在新辅助化疗中的耐药性机制	20名接受新辅助化疗的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞DNA和RNA测序，整体外显子组测序	NA	细胞数据	20名三阴性乳腺癌患者，分析900个单细胞和6862个单细胞RNA
11463	2024-08-05	Developmental and oncogenic programs in H3K27M gliomas dissected by single-cell RNA-seq 2018-04-20, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aao4750 PMID:29674595	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了H3K27M胶质瘤中的致癌和发育程序。	首次使用单细胞分辨率解析H3K27M胶质瘤的细胞架构和发育程序，提供了潜在的治疗靶点。	研究仅在六个原发H3K27M胶质瘤模型中进行，样本数量相对较少，可能限制结果的普适性。	探索H3K27M胶质瘤的细胞组成及其发展机制。	本研究的对象为六个原发H3K27M胶质瘤和相匹配的模型中的细胞。	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	3321个细胞来自六个原发H3K27M胶质瘤
11464	2024-08-05	Early emergence of cortical interneuron diversity in the mouse embryo 2018-04-06, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aar6821 PMID:29472441	研究论文	本研究使用单细胞转录组学研究小鼠胚胎中皮层抑制神经元的多样性起源	首次揭示了小鼠胚胎中皮层抑制神经元前体细胞和新生神经元的不同类型	研究主要集中在小鼠模型上，可能不适用于其他物种	探讨小鼠胚胎中皮层抑制神经元的多样性及其起源	小鼠胚胎中皮层抑制神经元的前体细胞和新生神经元	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
11465	2024-08-05	Depletion of Maternal Cyclin B3 Contributes to Zygotic Genome Activation in the Ciona Embryo 2018-04-02, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2018.02.046 PMID:29576477	研究论文	本文探讨了母体Cyclin B3在Ciona胚胎中对合子基因组激活的影响	揭示母体Cyclin B3在合子转录激活过程中的重要作用	研究主要基于Ciona intestinalis，可能不适用于所有动物	探索Ciona胚胎中合子基因组激活的机制	Ciona intestinalis的胚胎	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	8细胞和16细胞阶段的胚胎
11466	2024-08-05	Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons 2018-03-22, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25999 PMID:29513653	研究论文	本文探讨了皮层抑制性中间神经元的发育多样性及其生成机制	通过单细胞RNA测序揭示了小鼠细胞的转录组异质性及其在发育过程中的动态变化	NA	研究皮层内神经元如何在发育过程中产生多样性	小鼠的皮层抑制性中间神经元及其前体细胞	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠细胞沿发展时间过程的样本
11467	2024-08-05	A Novel Approach to Single Cell RNA-Sequence Analysis Facilitates In Silico Gene Reporting of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Retinal Cell Types 2018-03, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.2755 PMID:29230913	研究论文	本研究提出了一种新的单细胞RNA测序分析方法，以促进对人类多能干细胞衍生视网膜细胞类型的基因报告。	创新点在于开发了一种简单、通用的方法，通过排名单个细胞的基因表达水平来生成与报告基因线相似的表达数据。	传统单细胞RNA测序分析方法基于无偏算法的应用未能揭示结果，可能限制了细胞鉴定的明确性。	研究旨在分析人类多能干细胞衍生的多种视网膜细胞类型的基因表达谱。	研究对象为人类多能干细胞衍生的视网膜细胞类型及其基因表达特征。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自光感受器样结构的单细胞
11468	2024-08-05	Single-cell analysis of experience-dependent transcriptomic states in the mouse visual cortex 2018-01, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-017-0029-5 PMID:29230054	研究论文	本文探讨了小鼠视觉皮层中经历依赖的转录组状态的单细胞分析	识别了30种细胞类型中显著且不同的刺激响应，揭示了611个刺激响应基因	尚缺乏对所有皮层细胞类型转录响应多样性的全面理解	研究小鼠视觉皮层在光照刺激后的转录变化	小鼠视觉皮层中的不同细胞类型	数字病理学	发育性脑障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	30种细胞类型
11469	2024-08-05	Somatic Mutations Activating the mTOR Pathway in Dorsal Telencephalic Progenitors Cause a Continuum of Cortical Dysplasias 2017-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.11.106 PMID:29281825	研究论文	本文探讨了在背侧端脑祖细胞中激活mTOR通路的体细胞突变导致皮层发育不良的连续性。	本研究揭示了mTOR通路基因突变导致的局灶性皮层发育不良和半侧脑巨头症之间的连续性，并且确认了特定神经元谱系中激活mTOR的机制。	样本数量相对有限，仅涵盖66个病例，可能影响结果的普遍适用性。	研究mTOR通路突变在神经发育缺陷中的作用，特别是在皮层发育不良和半侧脑巨头症中的作用。	研究对象为局灶性皮层发育不良和半侧脑巨头症脑组织中的mTOR通路基因变异。	数字病理	NA	深度测序	小鼠模型	脑组织样本	66个病例
11470	2024-08-05	Dissecting Cell-Type Composition and Activity-Dependent Transcriptional State in Mammalian Brains by Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq 2017-Dec-07, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2017.11.017 PMID:29220646	研究论文	本文提出了一种新的单核RNA测序方法，可以有效地分析成年哺乳动物大脑中的细胞类型组成和活性依赖的转录状态	创新点在于结合了蔗糖梯度纯化和液滴微流体技术，开发出无酶解和无核Sorting的高通量单核RNA-seq方法	研究未提及样本来源的具体多样性和可能的生物学变异性	研究成年哺乳动物大脑中细胞多样性及其活性依赖的转录状态	成年小鼠皮层组织中的约18,000个细胞核	数字病理学	NA	单核RNA-seq	NA	RNA数据	约18,000个细胞核
11471	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reconstructs fate conversion from fibroblast to cardiomyocyte 2017-11-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24454 PMID:29072293	研究论文	本研究通过单细胞转录组学重构了成纤维细胞向心肌细胞的命运转换	揭示了在成纤维细胞转化为心肌细胞过程中，细胞异质性及重编程的分子机制	重编程过程的异步特性以及细胞间的固有异质性使得传统的批量基因组技术难以研究这一过程	探索成纤维细胞向心肌细胞转化的机制及相关基因表达变化	小鼠成纤维细胞及其转化为诱导心肌细胞的过程	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
11472	2024-08-05	Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease 2017-10-06, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aan6828 PMID:28983043	研究论文	本文概述了单细胞转录组学在健康与疾病中的应用，探讨免疫系统的复杂性	提出了利用单细胞RNA测序等最新技术推动免疫学研究的创新观点	未提及具体的实验数据或样本研究结果	研究单细胞分辨率下的免疫系统的多样性和复杂性	免疫细胞及其在健康和疾病状态下的表型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
11473	2024-08-05	The neuropeptide NMU amplifies ILC2-driven allergic lung inflammation 2017-09-21, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24029 PMID:28902842	研究论文	这篇文章探讨了神经肽NMU在ILC2驱动的过敏性肺炎症中的作用	首次揭示了NMUR1信号通路在促进ILC2炎性反应中的重要性	尚未详细阐明ILC2在维持稳态与促进炎症之间的信号转导机制	识别指引ILC2促进稳态与炎症的分子信号	小鼠肺部常驻ILC的单细胞RNA测序和刺激后的分析	数字病理学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型
11474	2024-08-05	CBP/Catenin antagonists: Targeting LSCs' Achilles heel 2017-08, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2017.04.010 PMID:28479420	评论	这篇文章讨论了利用小分子特异性CBP/catenin拮抗剂靶向白血病干细胞的机制	创新点在于识别和验证了一种针对LSCs/CSCs的共同“阿基琉斯之踵”的安全有效机制	对LSCs和正常内源性造血干细胞之间关键机制的识别仍然是一个主要挑战	本文旨在研究针对白血病干细胞的治疗策略	研究对象为慢性髓细胞白血病和急性淋巴细胞白血病中的白血病干细胞	数字病理学	白血病	下一代测序，单细胞测序	NA	NA	NA
11475	2024-08-05	Aging increases cell-to-cell transcriptional variability upon immune stimulation 2017-03-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aah4115 PMID:28360329	研究论文	本研究探讨了衰老如何影响在免疫刺激下的转录动态	发现衰老增加了细胞间的转录变异性，这是衰老的一个显著特征	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的衰老过程	揭示衰老对免疫细胞转录动态的影响	来自年轻和老年小鼠的天真和效应记忆CD4 T细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	来自两个不同物种的年轻和老年小鼠中的天真和效应记忆CD4 T细胞
11476	2024-08-05	Single-cell RNA-seq and computational analysis using temporal mixture modelling resolves Th1/Tfh fate bifurcation in malaria 2017-Mar-03, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aal2192 PMID:28345074	研究论文	该研究利用单细胞转录组学和计算分析重构了小鼠血液阶段感染中的Th1和Tfh细胞的发育轨迹	研究首次在种群和单克隆水平上展示了Th1/Tfh分叉的发生，并揭示了Galectin-1在支持Th1分化中的T细胞内在作用	研究未讨论单细胞RNA测序和模型的潜在偏差或限制	阐明CD4 T细胞在疟疾感染中的分化过程和命运分叉机制	小鼠的CD4 T细胞及其向Th1和Tfh的分化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	高斯过程模型	转录组数据	NA
11477	2024-08-05	Single-Cell Profiling of an In Vitro Model of Human Interneuron Development Reveals Temporal Dynamics of Cell Type Production and Maturation 2017-Mar-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2017.02.014 PMID:28279351	research paper	这篇文章描述了一种从人类胚胎干细胞生成皮质抑制神经元的协议，并分析了不同细胞类型的特性和成熟时间过程	文章创新性在于揭示了细胞类型的产生和成熟时间动态，模拟了体内神经元和胶质细胞的生成时间模式	文中未具体提及实验样本的多样性和研究的长期效果	研究人类抑制神经元的生成及其在神经精神疾病中的潜在应用	主要研究对象为从人类胚胎干细胞生成的皮质抑制神经元	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	表达数据	使用人类胚胎干细胞产生的皮质抑制神经元样本
11478	2024-08-05	Single-Cell Resolution of Temporal Gene Expression during Heart Development 2016-11-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2016.10.001 PMID:27840107	研究论文	本文研究了小鼠心脏发育过程中单细胞水平的基因表达特征	揭示了特定细胞谱系在心脏发育中具有时间和空间特异性的基因程序	未提及具体的实验局限性和样本限制	探究心脏发育过程中细胞谱系特异性的基因表达动态	对来自多个时间点的小鼠心脏细胞进行分析	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过1200个小鼠细胞
11479	2024-08-07	Single-cell analysis of mixed-lineage states leading to a binary cell fate choice 2016-09-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature19348 PMID:27580035	研究论文	本文利用单细胞RNA测序结合新的分析工具，揭示了在小鼠中导致中性粒细胞或巨噬细胞分化的基因组和调控状态	本文引入了一种新的分析工具——迭代聚类和指导基因选择，并结合克隆形成实验，揭示了混合谱系中间状态及其动态不稳定性	NA	阐明细胞分化的层次状态，包括稀有的中间状态和调控基因网络	造血多能祖细胞和双潜能中间体的混合谱系基因表达模式	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
11480	2024-08-05	Resolving early mesoderm diversification through single-cell expression profiling 2016-07-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature18633 PMID:27383781	研究论文	本研究通过单细胞表达分析解决了早期中胚层的多样化问题	首次通过单细胞RNA测序提供了哺乳动物胚胎发育中早期中胚层形成的转录组全景视图	研究中未明确细胞类型特异性转录因子的功能	探索小鼠胚胎中中胚层形成的分子机制	分析小鼠胚胎中来自胚胎上胚层和新生Flk1(+)中胚层的1,205个细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1,205个细胞