单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11481	2024-08-05	Somatic Mutations Activating the mTOR Pathway in Dorsal Telencephalic Progenitors Cause a Continuum of Cortical Dysplasias 2017-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.11.106 PMID:29281825	研究论文	本文探讨了在背侧端脑祖细胞中激活mTOR通路的体细胞突变导致皮层发育不良的连续性。	本研究揭示了mTOR通路基因突变导致的局灶性皮层发育不良和半侧脑巨头症之间的连续性，并且确认了特定神经元谱系中激活mTOR的机制。	样本数量相对有限，仅涵盖66个病例，可能影响结果的普遍适用性。	研究mTOR通路突变在神经发育缺陷中的作用，特别是在皮层发育不良和半侧脑巨头症中的作用。	研究对象为局灶性皮层发育不良和半侧脑巨头症脑组织中的mTOR通路基因变异。	数字病理	NA	深度测序	小鼠模型	脑组织样本	66个病例
11482	2024-08-05	Dissecting Cell-Type Composition and Activity-Dependent Transcriptional State in Mammalian Brains by Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq 2017-Dec-07, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2017.11.017 PMID:29220646	研究论文	本文提出了一种新的单核RNA测序方法，可以有效地分析成年哺乳动物大脑中的细胞类型组成和活性依赖的转录状态	创新点在于结合了蔗糖梯度纯化和液滴微流体技术，开发出无酶解和无核Sorting的高通量单核RNA-seq方法	研究未提及样本来源的具体多样性和可能的生物学变异性	研究成年哺乳动物大脑中细胞多样性及其活性依赖的转录状态	成年小鼠皮层组织中的约18,000个细胞核	数字病理学	NA	单核RNA-seq	NA	RNA数据	约18,000个细胞核
11483	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reconstructs fate conversion from fibroblast to cardiomyocyte 2017-11-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24454 PMID:29072293	研究论文	本研究通过单细胞转录组学重构了成纤维细胞向心肌细胞的命运转换	揭示了在成纤维细胞转化为心肌细胞过程中，细胞异质性及重编程的分子机制	重编程过程的异步特性以及细胞间的固有异质性使得传统的批量基因组技术难以研究这一过程	探索成纤维细胞向心肌细胞转化的机制及相关基因表达变化	小鼠成纤维细胞及其转化为诱导心肌细胞的过程	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
11484	2024-08-05	Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease 2017-10-06, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aan6828 PMID:28983043	研究论文	本文概述了单细胞转录组学在健康与疾病中的应用，探讨免疫系统的复杂性	提出了利用单细胞RNA测序等最新技术推动免疫学研究的创新观点	未提及具体的实验数据或样本研究结果	研究单细胞分辨率下的免疫系统的多样性和复杂性	免疫细胞及其在健康和疾病状态下的表型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
11485	2024-08-05	The neuropeptide NMU amplifies ILC2-driven allergic lung inflammation 2017-09-21, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24029 PMID:28902842	研究论文	这篇文章探讨了神经肽NMU在ILC2驱动的过敏性肺炎症中的作用	首次揭示了NMUR1信号通路在促进ILC2炎性反应中的重要性	尚未详细阐明ILC2在维持稳态与促进炎症之间的信号转导机制	识别指引ILC2促进稳态与炎症的分子信号	小鼠肺部常驻ILC的单细胞RNA测序和刺激后的分析	数字病理学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型
11486	2024-08-05	CBP/Catenin antagonists: Targeting LSCs' Achilles heel 2017-08, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2017.04.010 PMID:28479420	评论	这篇文章讨论了利用小分子特异性CBP/catenin拮抗剂靶向白血病干细胞的机制	创新点在于识别和验证了一种针对LSCs/CSCs的共同“阿基琉斯之踵”的安全有效机制	对LSCs和正常内源性造血干细胞之间关键机制的识别仍然是一个主要挑战	本文旨在研究针对白血病干细胞的治疗策略	研究对象为慢性髓细胞白血病和急性淋巴细胞白血病中的白血病干细胞	数字病理学	白血病	下一代测序，单细胞测序	NA	NA	NA
11487	2024-08-05	Aging increases cell-to-cell transcriptional variability upon immune stimulation 2017-03-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aah4115 PMID:28360329	研究论文	本研究探讨了衰老如何影响在免疫刺激下的转录动态	发现衰老增加了细胞间的转录变异性，这是衰老的一个显著特征	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的衰老过程	揭示衰老对免疫细胞转录动态的影响	来自年轻和老年小鼠的天真和效应记忆CD4 T细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	来自两个不同物种的年轻和老年小鼠中的天真和效应记忆CD4 T细胞
11488	2024-08-05	Single-cell RNA-seq and computational analysis using temporal mixture modelling resolves Th1/Tfh fate bifurcation in malaria 2017-Mar-03, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aal2192 PMID:28345074	研究论文	该研究利用单细胞转录组学和计算分析重构了小鼠血液阶段感染中的Th1和Tfh细胞的发育轨迹	研究首次在种群和单克隆水平上展示了Th1/Tfh分叉的发生，并揭示了Galectin-1在支持Th1分化中的T细胞内在作用	研究未讨论单细胞RNA测序和模型的潜在偏差或限制	阐明CD4 T细胞在疟疾感染中的分化过程和命运分叉机制	小鼠的CD4 T细胞及其向Th1和Tfh的分化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	高斯过程模型	转录组数据	NA
11489	2024-08-05	Single-Cell Profiling of an In Vitro Model of Human Interneuron Development Reveals Temporal Dynamics of Cell Type Production and Maturation 2017-Mar-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2017.02.014 PMID:28279351	research paper	这篇文章描述了一种从人类胚胎干细胞生成皮质抑制神经元的协议，并分析了不同细胞类型的特性和成熟时间过程	文章创新性在于揭示了细胞类型的产生和成熟时间动态，模拟了体内神经元和胶质细胞的生成时间模式	文中未具体提及实验样本的多样性和研究的长期效果	研究人类抑制神经元的生成及其在神经精神疾病中的潜在应用	主要研究对象为从人类胚胎干细胞生成的皮质抑制神经元	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	表达数据	使用人类胚胎干细胞产生的皮质抑制神经元样本
11490	2024-08-05	Single-Cell Resolution of Temporal Gene Expression during Heart Development 2016-11-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2016.10.001 PMID:27840107	研究论文	本文研究了小鼠心脏发育过程中单细胞水平的基因表达特征	揭示了特定细胞谱系在心脏发育中具有时间和空间特异性的基因程序	未提及具体的实验局限性和样本限制	探究心脏发育过程中细胞谱系特异性的基因表达动态	对来自多个时间点的小鼠心脏细胞进行分析	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过1200个小鼠细胞
11491	2024-08-07	Single-cell analysis of mixed-lineage states leading to a binary cell fate choice 2016-09-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature19348 PMID:27580035	研究论文	本文利用单细胞RNA测序结合新的分析工具，揭示了在小鼠中导致中性粒细胞或巨噬细胞分化的基因组和调控状态	本文引入了一种新的分析工具——迭代聚类和指导基因选择，并结合克隆形成实验，揭示了混合谱系中间状态及其动态不稳定性	NA	阐明细胞分化的层次状态，包括稀有的中间状态和调控基因网络	造血多能祖细胞和双潜能中间体的混合谱系基因表达模式	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
11492	2024-08-05	Resolving early mesoderm diversification through single-cell expression profiling 2016-07-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature18633 PMID:27383781	研究论文	本研究通过单细胞表达分析解决了早期中胚层的多样化问题	首次通过单细胞RNA测序提供了哺乳动物胚胎发育中早期中胚层形成的转录组全景视图	研究中未明确细胞类型特异性转录因子的功能	探索小鼠胚胎中中胚层形成的分子机制	分析小鼠胚胎中来自胚胎上胚层和新生Flk1(+)中胚层的1,205个细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1,205个细胞
11493	2024-08-05	Oligodendrocyte heterogeneity in the mouse juvenile and adult central nervous system 2016-Jun-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaf6463 PMID:27284195	研究论文	本研究揭示了小鼠中枢神经系统中少突胶质细胞的异质性和分化动态	首次通过单细胞RNA测序识别出13个不同的少突胶质细胞群体，阐明了其分化与成熟的动态过程	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全推导至其他物种	探索小鼠中枢神经系统中少突胶质细胞的异质性及其功能	5072个来自小鼠不同区域的少突胶质细胞谱系细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	5072个细胞
11494	2024-08-05	Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq 2016-Apr-08, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aad0501 PMID:27124452	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索转移性黑色素瘤的多细胞生态系统	揭示了黑色素瘤肿瘤中细胞的转录异质性及其与细胞周期和空间背景的关系	研究仅分析了19名患者的样本，样本量相对较小	探讨黑色素瘤肿瘤的基因型和表型状态	4645个来自19名患者的单细胞	数字病理学	黑色素瘤	RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	4645个单细胞来自19名患者
11495	2024-08-05	Parallel single-cell sequencing links transcriptional and epigenetic heterogeneity 2016-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3728 PMID:26752769	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞基因组范围内的甲基组和转录组平行测序方法	该方法揭示了异质甲基化的远程调控元件与关键多能性基因转录之间的未知关联	NA	探索转录变异与表观遗传变异之间的关联	61个小鼠胚胎干细胞	数字病理学	NA	scM&T-seq	NA	基因组甲基组和转录组数据	61个小鼠胚胎干细胞
11496	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis reveals coordinated ectopic gene-expression patterns in medullary thymic epithelial cells 2015-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3246 PMID:26237553	研究论文	本研究揭示了髓质胸腺上皮细胞中组织特异性自身抗原的表达模式	首次通过单细胞RNA测序揭示了髓质胸腺上皮细胞中TRAs的协同表达模式	研究未阐明单个mTEC中TRAs表达的具体调控机制	探讨髓质胸腺上皮细胞中自身抗原表达的调控机制	针对髓质胸腺上皮细胞中的组织特异性自身抗原进行研究	数字病理学	自体免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个mTECs样本
11497	2024-08-05	Aire controls gene expression in the thymic epithelium with ordered stochasticity 2015-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3247 PMID:26237550	研究论文	Aire转录因子通过诱导外源性胸腺特异性基因的表达来控制免疫耐受性	本研究揭示了Aire靶基因在小部分胸腺髓样上皮细胞中的特异性激活，与DNA甲基化模式无关	未提及具体样本数量和限制因素	探讨Aire对胸腺上皮基因表达的特异性调控机制	Aire充足和缺乏的胸腺髓样上皮细胞(mTECs)	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和DNA甲基化分析	NA	NA	NA
11498	2024-08-05	Droplet barcoding for single-cell transcriptomics applied to embryonic stem cells 2015-May-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.04.044 PMID:26000487	研究论文	该文章介绍了一种用于单细胞转录组学的高通量液滴条形码技术。	提出了一种高效的液滴微流控方法，可以从成千上万个单细胞中标记RNA，并进行后续的下一代测序分析。	没有明确提到该方法在特定样本上的适用性或潜在的技术障碍	旨在有效识别和分析单细胞水平的基因表达。	分析小鼠胚胎干细胞以揭示细胞群体结构和分化异质性。	数字病理学	NA	下一代测序	NA	RNA数据	数千个单细胞
11499	2024-08-05	Recent advances in genomic DNA sequencing of microbial species from single cells 2014-Sep, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg3785 PMID:25091868	研究论文	本文讨论了通过单细胞测序对微生物物种的基因组DNA进行测序的最新进展	揭示了通过单细胞测序技术填补未培养物种的基因组序列空白的潜力	对微生物物种的研究仍然受到技术和样本可得性的限制	研究未培养微生物的基本生物学、分类和进化	未培养的微生物物种及其基因组	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组DNA	NA
11500	2024-08-05	Quantitative assessment of single-cell RNA-sequencing methods 2014-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2694 PMID:24141493	研究论文	该文章比较了不同的单细胞RNA扩增方法的敏感性和准确性	系统评估了多种单细胞RNA-seq方法的性能，并显示出在较小的测序读取数下仍能准确测量单细胞转录组	未提及具体的限制	探讨单细胞转录组分析的有效性	比较不同的单细胞RNA扩增方法	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	RNA序列	使用了不同数量的单细胞样本