单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-26	Single-cell transcriptomics identifies PDGFRA+ progenitors orchestrating angiogenesis and periodontal tissue regeneration 2025-Jul-24, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00384-6 PMID:40707447	研究论文	通过单细胞转录组学技术，识别了在血管生成和牙周组织再生中起关键作用的PDGFRA+祖细胞	揭示了PDGFRA+间充质干细胞与内皮细胞之间的旁分泌相互作用机制，及其在血管生成-骨生成耦合中的作用	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索牙周组织再生的细胞协调机制	人牙囊和牙乳头细胞	再生医学	牙周病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
22	2025-07-26	A Bayesian nonparametric method for jointly clustering multiple spatial transcriptomic datasets and simultaneous gene selection 2025-Jul-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11693-5 PMID:40707561	研究论文	提出一种贝叶斯非参数聚类算法，用于联合聚类多个空间转录组数据集并同时进行基因选择	能够整合多个供体的空间转录组数据，识别所有供体共有的和每个供体特有的簇，进行信息基因的变量选择，并自动确定簇的数量	未提及具体局限性	解决现有空间转录组聚类算法的局限性，如需要预先知道簇的数量、仅能推断单一供体数据以及无法识别多个供体间的共同信息	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	贝叶斯非参数聚类算法	空间转录组数据	未提及具体样本数量
23	2025-07-26	Single-cell RNA sequencing analysis revealed the immunosuppressive remodeling of tumor-associated macrophages mediated by the MIF-CD74 axis in gastric cancer 2025-Jul-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10301-w PMID:40707596	research paper	通过单细胞RNA测序分析揭示了胃癌中MIF-CD74轴介导的肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制重塑	识别了四种不同的TAM亚群，并揭示了MIF-CD74轴在TAM介导的免疫抑制中的关键作用	样本量较小，仅包含11个胃癌组织	研究胃癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其与肿瘤细胞的代谢相互作用	胃癌组织和肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	75,743个细胞来自11个胃癌组织
24	2025-07-26	Interpretable machine learning-guided single-cell mapping deciphers multi-lineage pancreatic dysregulation in type 2 diabetes 2025-Jul-24, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-025-02865-8 PMID:40707916	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序与机器学习框架，解析了2型糖尿病中胰腺细胞异质性的病理重塑	开发了PanSubPred和PSC-Stat两种新型工具，用于多谱系注释和星状细胞激活分析，并发现了38个新的细胞类型特异性标记物	NA	解析2型糖尿病中胰腺细胞异质性的病理重塑	胰腺细胞	机器学习	2型糖尿病	单细胞RNA测序	XGBoost	RNA测序数据	NA
25	2025-07-26	A multi-omic single-cell landscape reveals transcription and epigenetic regulatory features of t(8;21) AML 2025-Jul-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06659-0 PMID:40707954	研究论文	通过单细胞转录组和染色质可及性的综合分析，揭示了t(8;21)急性髓系白血病(AML)的转录和表观遗传调控特征	整合单细胞转录组和染色质可及性数据，鉴定出TCF12作为AML1-ETO转录因子复合物的核心组分，并发现两个功能不同的T细胞亚群及一个新的白血病CMP样细胞群	研究样本量有限，且仅针对t(8;21) AML亚型	解析t(8;21) AML的异质性细胞特性和基因调控程序	新诊断的t(8;21) AML患者和健康对照的骨髓样本	生物信息学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序	机器学习	单细胞多组学数据	来自t(8;21) AML患者和健康对照的骨髓样本，并在三个独立队列(德国AMLCG1999、GSE106291和TCGA LAML)中验证
26	2025-07-26	Developing a novel aging assessment model to uncover heterogeneity in organ aging and screening of aging-related drugs 2025-Jul-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01501-0 PMID:40708007	研究论文	开发了一种新型的多器官衰老评估模型（2A模型），用于揭示器官衰老的异质性并筛选抗衰老药物	构建了小鼠多器官衰老图谱，开发了2A模型，能够有效评估人类和小鼠组织的衰老状态，并筛选出潜在的抗衰老药物	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	评估和延缓器官衰老，筛选抗衰老药物	小鼠和人类的16种器官	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序、随机游走算法、加权整合方法	2A模型	基因表达谱、药物基因组数据	小鼠多器官样本和人类组织样本
27	2025-07-26	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular Origin and Pathogenesis of Myofibroma in a Neonate: Case Report 2025-Jul-24, Pediatric blood & cancer IF:2.4Q1 DOI:10.1002/pbc.31924 PMID:40708206	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
28	2025-07-26	Metabolic reprogramming through histone lactylation in microglia and macrophages recruits CD8+ T lymphocytes and aggravates spinal cord injury 2025-Jul-23, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.04.003 PMID:40328251	研究论文	本文研究了脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞的代谢重编程如何通过组蛋白乳酸化招募CD8+ T淋巴细胞并加剧神经功能损伤	揭示了糖酵解重编程通过组蛋白乳酸化调控Cxcl16转录的新机制，并提出了针对CXCL16-CXCR6轴的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和患者脑脊液样本，人类脊髓组织的直接证据有限	探究脊髓损伤后先天免疫与适应性免疫的相互作用机制	脊髓损伤患者和小鼠模型中的小胶质细胞、巨噬细胞及CD8+ T淋巴细胞	神经免疫学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	脊髓损伤患者脑脊液样本和受伤小鼠脊髓组织
29	2025-07-26	Subtypes and proliferation patterns of small intestine neuroendocrine tumors revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jul-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101153 PMID:40699214	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了小肠神经内分泌肿瘤的亚型和增殖模式	首次使用单细胞或单核RNA测序技术对低级别小肠神经内分泌肿瘤（SiNET）样本进行分析，揭示了两种不同的亚型，并发现神经内分泌细胞在两种亚型中均呈现非增殖状态，而B细胞和浆细胞在上皮样SiNET亚型中高度增殖	样本量较小，仅分析了10个SiNET样本和1个混合肺肿瘤样本	深入了解神经内分泌肿瘤的生物学特性，包括其肿瘤发生、肿瘤组成和混合神经内分泌非神经内分泌肿瘤（MiNEN）的现象	低级别小肠神经内分泌肿瘤（SiNET）和混合肺肿瘤	数字病理学	神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）或单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10个SiNET样本和1个混合肺肿瘤样本
30	2025-07-26	Multi-omic Data Integration Reveals Drug Targets of Skin Fibrosis 2025-Jul-23, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673379521250630140948 PMID:40708517	研究论文	该研究通过多组学数据整合揭示了皮肤纤维化的药物靶点	首次在系统、局部和单细胞水平上通过双样本孟德尔随机化研究确定了瘢痕亚型特异性靶点，特别是NUDT2和PARK7	需要多民族队列研究来验证靶点的普遍性	寻找针对不同类型瘢痕（正常瘢痕、增生性瘢痕和瘢痕疙瘩）的药物靶点	正常瘢痕(NS)、增生性瘢痕(HS)和瘢痕疙瘩	生物信息学	皮肤纤维化	双样本孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序	NA	多组学数据（蛋白质、mRNA、组织、单细胞）	来自DECODE、EQTLGen、GTEx、ScQTLbase和FinnGen数据库的数据
31	2025-07-26	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	研究BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	首次证明BMP-eBM能够支持造血干细胞和CAR细胞，并可作为功能性造血器官移植	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索BMP-2在生成功能性异位骨髓中的作用及其潜在应用	BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）及其微环境	生物医学工程	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序和移植模型	NA	RNA测序数据和移植实验数据	小鼠模型
32	2025-07-26	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115909 PMID:40570367	研究论文	研究探讨了细胞因子混合物对人类THP-1巨噬细胞的重新编程，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型	首次使用细胞因子混合物（IL-4、CSF1、IL-34和TGF-β）成功将人类THP-1巨噬细胞重编程为与阿尔茨海默病相关的表型	研究仅限于体外模型，未在体内验证	探究细胞因子对巨噬细胞重编程的作用及其在神经退行性疾病中的潜在应用	人类THP-1巨噬细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	基因表达数据	NA
33	2025-07-26	Gene-regulatory programs that specify age-related differences during thymocyte development 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115903 PMID:40570375	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和染色质可及性图谱，揭示了不同基因调控程序的个体发育及其与年龄相关差异的联系	识别了一个从发育早期阶段就随年龄变化的基因模块，并揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育阶段具有更高的染色质可及性	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探索T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控机制	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、CRISPR扰动技术	NA	转录组数据、染色质可及性数据	新生和成年小鼠的T细胞样本
34	2025-07-26	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907 PMID:40580476	研究论文	研究探讨了多次COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	首次通过3年跟踪研究揭示了多次疫苗接种后T细胞反应的稳定性和多样性	样本量较小(78人)，且仅针对无症状感染者	评估COVID-19疫苗加强针接种对免疫系统的长期影响	78名未报告症状性感染的个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	78名未感染症状的个体
35	2025-07-26	Lymph node fibroblast phenotypes and immune crosstalk regulated by podoplanin activity 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115908 PMID:40581928	研究论文	研究探讨了淋巴节点中成纤维细胞表型及免疫细胞间相互作用受podoplanin活性调控的机制	首次直接测试了PDPN信号在成年淋巴节点成纤维网状细胞中的需求，揭示了PDPN缺失如何增加炎症信号并破坏基质-免疫细胞间的稳态和适应性免疫反应中的交流	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	探索PDPN在淋巴节点成纤维细胞功能和免疫调控中的作用	淋巴节点中的成纤维网状细胞(FRCs)及其与免疫细胞的相互作用	免疫学	NA	条件性体内删除模型PDGFRα, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
36	2025-07-26	Ex vivo model of functioning human lymph node reveals role for innate lymphocytes and stroma in response to vaccine adjuvant 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115938 PMID:40608517	研究论文	本文描述了一种精确切割的人类淋巴结切片模型，用于研究疫苗佐剂在淋巴组织中的免疫激活过程	开发了一种保留结构完整性的全器官横截面模型系统，结合单细胞转录组学和多重成像技术，揭示了先天淋巴细胞和基质在疫苗佐剂反应中的作用	模型可能无法完全模拟体内复杂环境，研究仅关注早期炎症反应	阐明人类对疫苗佐剂的免疫反应机制	人类淋巴结组织及其免疫细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学、多重成像	精确切割的人类淋巴结切片模型	转录组数据、图像数据	未明确说明样本数量的人类淋巴结组织
37	2025-07-26	Controlling mitochondrial membrane architecture via MIC60 determines viral replication to promote anti-viral immunity 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115922 PMID:40628273	研究论文	探讨线粒体内膜结构对病毒复制及抗病毒免疫的影响	揭示了线粒体内膜结构（特别是FF ATP合成酶和MICOS复合物）与病毒复制及免疫激活之间的新联系	研究主要基于小鼠模型和特定细胞类型（树突状细胞），结果在人类或其他细胞类型中的普适性尚需验证	研究线粒体结构如何影响病毒复制和免疫反应	线粒体内膜结构、病毒复制、免疫反应	细胞生物学	病毒感染	单细胞转录组学、基因敲除小鼠模型	Mic60CD11c-Cre小鼠模型	基因表达数据	NA
38	2025-07-26	Horizontal gene transfer-mediated enhancement of gut antifungal defense facilitates host plant adaptation in an invasive pest 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115970 PMID:40638393	研究论文	本文研究了入侵性害虫通过水平基因转移（HGT）获得几丁质酶基因（HcuChiA）以增强肠道抗真菌防御能力，从而促进对新宿主水杉的适应	揭示了HGT来源的酶通过增强免疫防御促进入侵性害虫的宿主扩展，为多宿主适应和HGT的进化意义提供了新见解	未明确说明实验样本的具体数量或范围	探究水平基因转移在入侵性害虫适应新宿主中的作用机制	入侵性害虫美国白蛾（Hyphantria cunea）及其新宿主水杉（Metasequoia glyptostroboides）	进化生物学	NA	比较转录组学、单细胞转录组学、系统发育分析、RNAi敲除	NA	基因表达数据	五种宿主植物和一种人工饲料
39	2025-07-26	Integrating transcriptomics, network analysis, and single-cell RNA sequencing to identify and validate key target genes of gynostemma in the treatment of non-alcoholic fatty liver disease 2025-Jul-22, European journal of pharmaceutical sciences : official journal of the European Federation for Pharmaceutical Sciences IF:4.3Q1 DOI:10.1016/j.ejps.2025.107214 PMID:40706769	研究论文	本研究通过整合转录组学、网络分析和单细胞RNA测序技术，探索了绞股蓝在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）治疗中的靶基因及其作用机制	结合多种生物信息学方法和单细胞RNA测序技术，首次系统地鉴定了绞股蓝在NAFLD治疗中的关键靶基因PIM1、TYMS和SLC29A1，并验证了其调控机制	研究主要基于体外细胞模型和生物信息学分析，缺乏体内动物实验验证	探索绞股蓝治疗非酒精性脂肪肝病的分子机制和潜在靶点	绞股蓝活性代谢物在NAFLD中的靶基因	生物信息学	非酒精性脂肪肝病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, 机器学习算法, RT-qPCR	NA	基因表达数据	涉及2569个差异表达基因、1279个关键模块基因和532个靶基因的分析，使用HepG2、HuH7和QSG7701细胞系进行体外验证
40	2025-07-26	Prkcq in ILC2 cells-enhanced the amounts of tissue-resident macrophages promotes pancreatic fibrosis in chronic pancreatitis 2025-Jul-22, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110559 PMID:40706949	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了Prkcq在ILC2细胞中的作用及其通过调节组织驻留巨噬细胞（TRMs）促进慢性胰腺炎（CP）纤维化的机制	首次发现Prkcq在ILC2细胞中通过调节IL-4等细胞因子影响TRMs的数量和功能，进而调控胰腺纤维化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索慢性胰腺炎纤维化的分子机制及潜在治疗靶点	小鼠模型中的ILC2细胞和组织驻留巨噬细胞（TRMs）	分子生物学	慢性胰腺炎	单细胞测序、H&E染色、Masson染色、Sirius Red染色	小鼠慢性胰腺炎模型	基因表达数据、组织病理学图像	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型