单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 32755 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-11-17 |
Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2023-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02941-4
PMID:38037097
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Lrg1在脑缺血再灌注损伤中通过调节多种细胞功能状态的作用机制 | 首次在单细胞水平上系统阐明Lrg1通过调控多种细胞类型功能状态参与脑缺血再灌注损伤的机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究Lrg1在脑缺血再灌注损伤中的具体作用机制 | 野生型和Lrg1敲除小鼠的脑组织 | 单细胞组学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 微血管白蛋白渗漏检测 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 组织染色图像 | 野生型和Lrg1敲除小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 282 | 2025-11-16 |
Periostin-positive stellate cells associated with perineural invasion in pancreatic adenocarcinoma
2026-Jan-01, Molecular and cellular endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1016/j.mce.2025.112678
PMID:41106801
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了胰腺星状细胞在胰腺癌神经侵袭中的关键作用 | 首次发现高表达Periostin的胰腺星状细胞在神经侵袭阳性样本中富集，并揭示了ANXA1-SPP1/PLAU信号轴在促进神经侵袭中的协调作用 | 样本量相对有限（24个活检标本），需要进一步功能验证实验确认机制 | 阐明胰腺导管腺癌中神经侵袭的细胞和分子机制 | 胰腺导管腺癌患者活检组织中的细胞群体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 24个PDAC活检标本，约60,000个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 283 | 2025-11-16 |
Cell-type deconvolution methods for spatial transcriptomics
2025-Dec, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-025-00845-y
PMID:40369312
|
综述 | 本文系统评述了空间转录组学中细胞类型反卷积方法的类型、功能对比，并创建了在线交互式表格以促进方法选择 | 开发了基于网络的交互式表格工具，帮助研究人员更高效地选择适合的空间转录组细胞类型反卷积方法 | NA | 评述空间转录组学中细胞类型反卷积方法的现状与发展 | 空间转录组学数据中的细胞类型组成 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 284 | 2025-11-16 |
Simultaneously infer cell pseudotime, velocity field, and gene interaction from multi-branch scRNA-seq data with scPN
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf144
PMID:41229398
|
研究论文 | 提出一种名为scPN的新型高维动力学建模方法，可从单细胞RNA测序数据同时推断细胞伪时间、速度场和基因相互作用 | 首次能够在多分支数据集上同时恢复伪时间、速度场和基因相互作用，使用分段基因-基因相互作用网络建模基因调控动力学 | NA | 从单细胞RNA测序数据建模细胞动力学，理解细胞发育和基因调控关系 | 单细胞RNA测序数据中的细胞发育过程和基因相互作用网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高维动力学模型，分段网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 285 | 2025-11-16 |
Allele-specific immune gene quantification and expression analysis in single-cell RNA-seq data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf149
PMID:41229397
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据中免疫基因等位基因特异性表达定量的新型计算方法 | 开发了新型R/Bioconductor数据结构，可处理多个免疫遗传注释层的表达数据，并支持免疫基因表达的交互式探索 | NA | 研究人类免疫基因组多样性中的等位基因特异性表达模式 | 人类免疫基因（如HLA和KIR基因） | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 286 | 2025-11-16 |
Clinical characteristics and target exploration via scRNA-seq and high-throughput drug screening of FOXO1 fusion positive rhabdomyosarcoma
2025-Nov-15, Pediatric surgery international
IF:1.5Q3
DOI:10.1007/s00383-025-06241-1
PMID:41240117
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高通量药物筛选探索FOXO1融合阳性横纹肌肉瘤的临床特征和治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA测序与高通量药物筛选系统研究FOXO1融合状态对横纹肌肉瘤的影响，并发现MET作为潜在治疗靶点 | 样本量相对有限（65例患者），且包含罕见病例类型 | 研究FOXO1融合状态对横纹肌肉瘤临床特征和治疗靶点的影响 | 65例儿童横纹肌肉瘤患者及其肿瘤组织 | 数字病理学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞RNA测序，高通量药物筛选，患者来源异种移植模型 | Cox回归分析，Kaplan-Meier估计 | 临床数据，单细胞转录组数据 | 65例儿童横纹肌肉瘤患者（36例胚胎型，15例腺泡型，14例其他类型） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 287 | 2025-11-16 |
Targeting the HMGB1-IL32 pathway to alleviate T cell exhaustion in epithelial ovarian cancer
2025-Nov-15, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01963-5
PMID:41240232
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了卵巢癌细胞通过HMGB1-IL32信号通路影响终末耗竭CD8+T细胞的机制 | 首次发现HMGB1-HAVCR2配体-受体对介导卵巢癌细胞与终末耗竭CD8+T细胞的通讯，并阐明HMGB1通过NFKB1和TP53调控IL32表达的新信号通路 | NA | 解析卵巢癌微环境中细胞间通讯对终末耗竭CD8+T细胞的影响机制 | 卵巢癌微环境中的癌细胞和CD8+T细胞 | 单细胞基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 288 | 2025-11-16 |
Single-cell analysis of adult mouse testes exposed to cigarette smoke
2025-Nov-15, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03703-2
PMID:41240254
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析香烟烟雾暴露对成年小鼠睾丸的影响 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示香烟烟雾暴露导致睾丸细胞类型比例变化及多细胞类型的转录组改变 | 研究仅使用小鼠模型，样本量相对有限 | 探究香烟烟雾暴露对睾丸组织结构和精子发生过程的影响机制 | 成年小鼠睾丸组织 | 单细胞组学 | 男性生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因本体分析(GO分析), 基因集富集分析(GSEA) | NA | 单细胞转录组数据, 病理学数据 | 成年小鼠睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 289 | 2025-11-16 |
Identification of key diagnostic and prognostic biomarkers for aortic valve stenosis with coronary artery disease through immunological profiling integrating proteomics, single-cell sequencing, and machine learning
2025-Nov-14, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152855
PMID:41151411
|
研究论文 | 通过整合蛋白质组学、单细胞测序和机器学习的免疫学分析，识别主动脉瓣狭窄合并冠状动脉疾病的关键诊断和预后生物标志物 | 首次系统整合多组学数据和机器学习方法识别AS-CAD特异性生物标志物FGL1，并验证其诊断和预后价值 | 样本量有限，需要更大规模的多中心研究验证 | 系统识别AS-CAD的分子生物标志物并评估其临床预后相关性 | 主动脉瓣狭窄合并冠状动脉疾病患者组织样本、ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化模型、RAW264.7巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、机器学习、LASSO回归、ELISA、免疫组化、Western blotting | LASSO回归 | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据、临床数据 | AS-CAD患者组织样本、独立临床队列、多中心前瞻性TAVI患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 290 | 2025-11-16 |
Immunosuppression of HMOX1 contributes to metastasis and poor prognosis in glioma
2025-Nov-14, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152848
PMID:41151408
|
研究论文 | 本研究探讨HMOX1在胶质瘤免疫抑制和转移中的作用机制 | 首次系统揭示HMOX1通过促进M2巨噬细胞极化介导胶质瘤免疫抑制和转移的分子机制 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证 | 阐明HMOX1与胶质瘤免疫抑制和转移的关系 | 胶质瘤患者样本和细胞系 | 肿瘤免疫学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 细胞实验, 异种移植模型 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | CGGA数据库693例患者, TCGA数据库702例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2025-11-16 |
Fibroblast-Mediated MMP2 Contribution to Nonresponse in Anti-TNFα Therapy for Crohn's Disease
2025-Nov-14, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izaf263
PMID:41236836
|
研究论文 | 本研究探讨了克罗恩病患者对抗TNFα疗法无应答的机制，重点关注成纤维细胞介导的细胞外基质重塑作用 | 首次通过单细胞分析识别CD81+成纤维细胞亚群是ECM重塑的主要贡献者，并发现MMP2在成纤维细胞-巨噬细胞串扰中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，需要进一步体内验证 | 探索抗TNFα疗法耐药性的潜在机制 | 克罗恩病患者样本和原代细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞转录组测序, 批量转录组测序, 多重免疫荧光, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 图像数据 | 公共数据库中的克罗恩病患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 292 | 2025-11-16 |
FastSCODE: an accelerated SCODE algorithm for inferring gene regulatory networks on manycore processors
2025-Nov-14, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf624
PMID:41237047
|
研究论文 | 开发了FastSCODE算法，通过GPU加速显著提升单细胞RNA测序数据中基因调控网络推断的计算效率 | 将SCODE算法改造为支持批量计算的版本，利用众核处理器（如GPU）实现并行优化，性能提升高达6000倍 | 未明确说明算法在其他类型数据集上的适用性和性能表现 | 提高单细胞RNA测序数据中基因调控网络推断的计算效率 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | ODE模型 | 基因表达数据 | CeNGEN单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 293 | 2025-11-16 |
Spider: a flexible and unified framework for simulating spatial transcriptomics data
2025-Nov-14, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf562
PMID:41237053
|
研究论文 | 提出了一种无需真实数据参考的灵活空间转录组学数据模拟框架 | 通过细胞类型比例和相邻细胞间转移矩阵表征空间模式，提供比现有方法更真实多样的模拟数据和建模灵活性 | 未明确说明框架在特定生物场景或技术平台下的验证局限性 | 解决空间转录组学分析工具基准测试中标准数据集多样性和准确性不足的问题 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据模拟 | Python框架 | 空间转录组学模拟数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 294 | 2025-11-16 |
An islet-resident macrophage antioxidant program preserves β cell physiology
2025-Nov-14, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adz5181
PMID:41237222
|
研究论文 | 本研究揭示了胰岛驻留巨噬细胞的抗氧化程序如何保护β细胞生理功能 | 首次发现SLC7A11驱动的转录程序在CD9阳性胰岛巨噬细胞中增强抗氧化防御，并确定这些巨噬细胞作为内分泌胰腺中专化免疫哨兵的功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类胰岛巨噬细胞的功能验证仍需进一步研究 | 探究胰岛驻留巨噬细胞的起源、异质性和功能作用 | 小鼠和人类胰岛中的驻留巨噬细胞 | 免疫学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序，命运图谱系统 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 295 | 2025-11-16 |
Lipidomics and single-cell transcriptomics uncover aberrant lipid metabolism in metaplasia lesions during gastric carcinogenesis
2025-Nov-14, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-025-02315-y
PMID:41239006
|
研究论文 | 本研究通过脂质组学和单细胞转录组学揭示了胃癌发生过程中化生病变的异常脂质代谢特征 | 首次结合脂质组学和单细胞转录组学技术系统揭示胃肠化生病变中甘油三酯和脂滴积累的独特脂质特征，并验证脂质代谢抑制剂的治疗潜力 | 研究主要基于动物模型和有限的人类样本，需要更大规模的人类队列研究验证 | 明确胃癌发生过程中化生病变的脂质特征及其在恶性转化中的作用 | 幽门螺杆菌感染的Ddit4缺陷小鼠、人类胃肠化生组织、慢性非萎缩性胃炎组织、患者来源的胃癌类器官 | 单细胞组学 | 胃癌 | 脂质组学分析, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 免疫荧光, BODIPY染色 | NA | 脂质组数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 | 小鼠模型和人类组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序, 脂质组学 | NA | NA |
| 296 | 2025-11-16 |
Immune cell-specific gene expression and its causal role in osteoporosis and bone mineral density: Insights from single-cell eQTL and GWAS data integration
2025-Nov-14, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045869
PMID:41239652
|
研究论文 | 通过整合单细胞eQTL和GWAS数据，系统研究免疫细胞特异性基因表达与骨质疏松症风险的因果关系 | 首次在免疫细胞亚型水平上探索基因表达与骨质疏松症的因果关联，识别出7个关键基因 | NA | 探究免疫细胞特异性基因表达在骨质疏松症和骨密度中的因果作用 | 骨质疏松症患者和骨密度数据 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析, 孟德尔随机化 | NA | 基因表达数据, 基因型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 297 | 2025-11-16 |
Hepatocyte metabolic adaptations during pregnancy and lactation
2025-Nov-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.08.007
PMID:40882627
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序系统揭示了小鼠在妊娠和哺乳期间肝细胞的代谢适应机制 | 发现了控制妊娠代谢变化的'妊娠时钟'周期性轨迹，并揭示了哺乳期独特的脂质合成分支轨迹 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明妊娠和哺乳期间肝细胞代谢适应的精确过程和调控机制 | 小鼠肝细胞，绵羊肝细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠妊娠和产后多个阶段的肝细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 高分辨率单细胞RNA测序 |
| 298 | 2025-11-16 |
Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution
2025-Nov-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.08.008
PMID:40882628
|
研究论文 | 介绍Stereo-seq V2技术，能够在FFPE组织切片上实现高分辨率全RNA空间图谱分析 | 采用随机引物策略在FFPE切片上实现原位RNA捕获测序，提供单细胞分辨率，具有无偏转录本捕获和均匀基因覆盖特性 | NA | 开发适用于FFPE样本的空间转录组技术，提升临床样本的RNA分析能力 | 三阴性乳腺癌组织切片、结核分枝杆菌感染小鼠模型、人类结核肺样本 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 结核病 | 空间转录组测序 | NA | 空间RNA表达数据 | 临床FFPE样本、小鼠感染模型、人类结核样本 | 华大基因(BGI) | 空间转录组学 | Stereo-seq V2 | 基于随机引物的FFPE切片空间全RNA分析技术 |
| 299 | 2025-11-16 |
Protocol for preparation of mouse synovium for flow cytometry and RNA-seq
2025-Nov-13, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104207
PMID:41236928
|
研究论文 | 本文提供了一种从小鼠滑膜制备单细胞悬液的详细实验方案，用于关节炎模型研究 | 开发了包含血管内标记的滑膜单细胞悬液制备流程，适用于多种下游分析 | NA | 建立小鼠滑膜单细胞悬液标准化制备方法 | 小鼠滑膜组织 | NA | 关节炎 | 流式细胞术,RNA测序 | NA | 单细胞悬液 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 300 | 2025-11-16 |
Mendelian Randomization and ScTranscriptomics Reveal a Lipid Low Malignant Cells Driving Immunosuppression and Matrix Remodeling in Oral squamous cell carcinoma
2025-Nov-13, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.104009
PMID:41237591
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，发现口腔鳞状细胞癌中脂质低恶性细胞亚群与不良预后相关 | 首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术鉴定出与甘油磷脂代谢低相关的Lipid_Low恶性细胞亚群 | NA | 探索口腔鳞状细胞癌中脂质代谢与预后的关系 | 口腔鳞状细胞癌患者 | 单细胞转录组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |