单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 40234 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2026-06-07 |
4D single-cell spatial transcriptomics reveals dynamic morphogenetic gradients and regenerative domains in planarians
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag064
PMID:42172041
|
研究论文 | 利用高分辨率空间转录组技术构建了包含超过350万个细胞的四维再生图谱，揭示了涡虫全身再生过程中动态形态发生梯度和再生域 | 首次在生物体尺度上实现连续时空动态重建，发现由Mediator 8调控的前沿再生区，并揭示位置控制基因以欠阻尼控制系统类似的自组织动力学恢复 | NA | 解析涡虫全身再生过程中基因表达和细胞反应的时空动态机制 | 涡虫（plannarians）全身再生过程 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 超过350万个细胞，来自8个不同再生时间点的完整涡虫 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 高清晰度空间转录组学平台 |
| 242 | 2026-06-07 |
Integrative single-cell transcriptomics and proteomics reveal an immunometabolic framework for MSC-exosome-mediated remodeling of expanded NK cells
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag049
PMID:42008150
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和蛋白质组学整合分析，揭示了间充质干细胞外泌体对扩增NK细胞免疫代谢重塑的机制 | 首次结合单细胞转录组与蛋白质组学系统解析MSC-Exos对NK细胞功能状态的调控，发现其通过FcγR/CD16信号和NRF2氧化还原程序增强NK细胞杀伤活性 | 仍需进一步的因果验证实验来确认外泌体组成与表型变化之间的直接关联 | 探究间充质干细胞外泌体对离体扩增后NK细胞存活率及功能状态的影响机制 | 人NK细胞和间充质干细胞来源的外泌体 | 单细胞组学，蛋白质组学 | 肿瘤免疫治疗 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞转录组学的10x Chromium平台 |
| 243 | 2026-06-07 |
BCG vaccination induces antibacterial effector functions among Vδ1/3 T cells that are associated with protection against tuberculosis
2026-Jan-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102536
PMID:41529694
|
research paper | 研究发现BCG疫苗能诱导Vδ1/3 T细胞产生抗菌效应功能，从而保护机体免受结核分枝杆菌感染 | 首次揭示Vδ1/3 T细胞在BCG疫苗接种后的克隆扩增和分化，以及与结核保护作用的关联 | 研究主要基于婴儿和猕猴模型，还需验证在人类成年人群中的普适性 | 探究BCG疫苗诱导Vδ1/3 T细胞在抗结核免疫中的作用机制 | 人类婴儿和猕猴中的Vδ1/3 γδ T细胞 | machine learning | tuberculosis | single-cell RNA-seq, mass cytometry, flow cytometry | NA | single-cell RNA sequencing data, mass cytometry data, flow cytometry data | 人类婴儿和猕猴样本，具体数量未提及 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, mass cytometry | 10x Chromium | 多模态单细胞RNA测序平台，结合质谱流式和流式细胞术 |
| 244 | 2026-06-07 |
Robust and interpretable prediction of gene markers and cell types from spatial transcriptomics data
2026-Jan-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68487-0
PMID:41545411
|
研究论文 | 提出STimage框架，从H&E图像直接预测空间基因表达和细胞类型，增强鲁棒性和可解释性 | 通过集成基础模型估计基因表达分布并量化两种不确定性（数据驱动的偶然不确定性和模型驱动的认知不确定性），结合单细胞分辨率的归因分析与组织病理学注释、功能基因和潜在表征实现可解释性 | NA | 开发从常规H&E图像预测空间基因表达和分类细胞类型的可解释且鲁棒的方法，以推进数字病理学 | 来自不同平台的空间转录组数据集及对应的H&E图像 | 数字病理学, 计算机视觉, 机器学习 | NA | 空间转录组学, H&E染色 | 基础模型, 集成模型 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 245 | 2026-06-07 |
Unveiling cholesterol metabolism-related gene ACOX2: a multi-omics discovery of a novel biomarker in IgA nephropathy
2026-Jan-15, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-026-00639-0
PMID:41540492
|
研究论文 | 通过多组学整合框架发现胆固醇代谢相关基因ACOX2作为IgA肾病的新型保护性生物标志物 | 首次将GWAS、SMR、贝叶斯共定位、单细胞RNA测序、分子对接和分子动力学模拟等多组学方法系统整合，揭示ACOX2在IgAN中的保护作用及FAD作为潜在治疗配体 | 未提及具体局限性 | 揭示胆固醇代谢在IgA肾病中的作用并鉴定关键调控基因 | 胆固醇代谢相关基因ACOX2在IgA肾病中的表达和功能 | 机器学习 | 肾病 | GWAS, SMR, MR, 贝叶斯共定位, scRNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 246 | 2026-06-07 |
Network Hypoactivity in ALG13-CDG: Disrupted Developmental Pathways and E/I Imbalance as Early Drivers of Neurological Features in CDG
2026-Jan-14, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15020147
PMID:41597222
|
研究论文 | 本研究通过诱导多能干细胞来源的人脑类器官模型，揭示了ALG13-CDG中脑特异性低糖基化导致神经发育通路紊乱和兴奋/抑制失衡，进而引发皮层网络功能异常的机制 | 首次整合多组学与电生理分析，阐明ALG13-CDG中脑特异性低糖基化导致早期网络低活性、神经成熟时序错位及代偿性过度兴奋的病理机制 | 未明确说明 | 探究ALG13-CDG中脑特异性低糖基化对神经发育和皮层网络功能障碍的影响 | ALG13-CDG患者来源的诱导多能干细胞分化的人脑类器官 | 数字病理学 | 遗传性疾病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 糖蛋白组学, N-聚糖成像, 脂质组学, 代谢组学, 微电极阵列记录 | 类器官 | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 电生理数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 247 | 2026-06-07 |
Integrative Network Analysis of Single-Cell RNA Findings and a Priori Knowledge Highlights Gene Regulators in Multiple Myeloma Progression
2026-Jan-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020793
PMID:41596441
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序结果与先验知识，揭示多发性骨髓瘤进展中的基因调控因子 | 首次将单细胞RNA测序数据与多发性骨髓瘤的先验生物学知识整合，构建合成基因网络图谱，并利用综合影响力指标识别跨疾病阶段的关键调控因子 | 未明确说明，但可能涉及样本量有限或验证不足 | 揭示多发性骨髓瘤从无症状前驱阶段进展为活动性疾病的关键调控因子 | 多发性骨髓瘤患者的CD138浆细胞 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 248 | 2026-06-07 |
Integrated Analyses Identify CDH2 as a Hub Gene Associated with Cisplatin Resistance and Prognosis in Ovarian Cancer
2026-Jan-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020713
PMID:41596365
|
研究论文 | 通过整合分析识别出CDH2是与卵巢癌顺铂耐药和预后相关的枢纽基因 | 首次利用转录组数据构建加权基因共表达网络并鉴定出CDH2为与顺铂耐药相关的关键基因，结合单细胞RNA-seq数据验证其在耐药肿瘤细胞亚群中的富集，并通过虚拟筛选识别潜在FDA批准药物 | 主要基于公共数据库和体外实验验证，缺乏大规模临床队列前瞻性验证；CDH2作为耐药标志物的具体分子机制仍需进一步阐明 | 识别与卵巢癌顺铂耐药和预后相关的候选生物标志物并探索其潜在机制 | 卵巢癌顺铂耐药相关的基因表达和免疫微环境特征 | 生物信息学, 数字病理学 | 卵巢癌 | 加权基因共表达网络分析, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qPCR, 免疫组化, 虚拟筛选 | 加权基因共表达网络模型 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | GSE73935数据集（转录组数据）；GSE211956数据集（临床单细胞RNA-seq数据）；A2780/CP70细胞系；顺铂耐药组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 249 | 2026-06-07 |
S2potAE: multimodal spatial spot autoencoder integrating image and transcriptomic features for deconvolution
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag020
PMID:41619214
|
研究论文 | 提出S²potAE框架，整合基因表达、空间坐标和组织学图像特征，实现空间转录组斑点的细胞类型去卷积 | 创新性地融合多级特征聚合策略，包括基于图的空间编码器和组织学图像感知嵌入，并引入辅助病理分类任务增强生物学相关性和模型可解释性 | 未明确提及其他局限性，可能依赖高质量的图像和转录组数据，且对复杂组织类型的适应性有待进一步验证 | 解决空间转录组数据处理中颗粒度差异、批次效应和空间异质性导致的细胞类型比例推断难题 | 人类乳腺癌、小鼠大脑前部和人类背外侧前额叶皮层组织 | 机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 自编码器 | 图像、基因表达数据、空间坐标 | 多个模拟和真实数据集，包括人类乳腺癌、小鼠大脑前部和人类背外侧前额叶皮层样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 250 | 2026-06-07 |
PathCLAST: pathway-augmented contrastive learning with attention for interpretable spatial transcriptomics
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag029
PMID:41627343
|
研究论文 | PathCLAST是一种结合通路图与组织病理学图像的对比学习框架，用于空间转录组数据的可解释性分析 | 首次通过双模态对比学习整合基因表达、组织病理学图像和通路图，实现基于通路级别的注意力机制的可解释性空间域识别 | 未提及具体局限性，但可能受限于公共数据集的标注质量及计算资源需求 | 开发能同时利用通路结构和空间匹配组织病理学的空间域识别方法，以提升准确性和生物学可解释性 | 空间转录组数据中的基因表达、组织病理学图像及通路图 | 数字病理学 | 肿瘤（未指定具体类型） | 空间转录组学、对比学习、图神经网络 | 对比学习模型（PathCLAST） | 空间转录组表达数据、组织病理学图像、通路图 | 多个公共数据集（未量化具体样本数） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 251 | 2026-06-07 |
Plant bZIPs in Root Environmental Adaptation: From Single-Cell Expression Atlas to Functional Insights
2026-Jan-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020568
PMID:41596219
|
综述 | 本文综述了植物bZIP转录因子在根系环境适应中的作用，从单细胞表达图谱到功能见解 | 整合单细胞RNA测序数据与功能遗传学，揭示了bZIP转录因子在根系细胞中的详细表达模式及其调控网络 | 未提及具体局限性 | 全面概述bZIP转录因子在植物根系环境适应中的功能和调控机制 | 植物bZIP转录因子及其在根系中的表达和功能 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 252 | 2026-06-07 |
Chronic Kidney Disease in Metabolic Disease: Regulation of SGLT2 and Transcriptomic-Epigenetic Effects of Its Pharmacological Inhibition
2026-Jan-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020589
PMID:41596241
|
综述 | 探讨SGLT2在代谢性疾病相关慢性肾病中的表达调控及其药物抑制的转录组与表观遗传效应 | 整合SGLT2表达调控、表观遗传机制及单细胞转录组数据，提出SGLT2抑制剂通过恢复能量稳态缓解代谢应激的模型 | 仅有一项人类单细胞RNA测序研究直接关联SGLT2i治疗与肾小管代谢重编程，数据来源有限 | 阐明SGLT2在健康与代谢疾病中的表达调控机制及其药理抑制的转录组与表观遗传后果 | SGLT2表达、肾小管细胞、代谢疾病相关慢性肾病 | NA | 慢性肾病、代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 人类单细胞RNA测序研究（具体样本量未提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 253 | 2026-06-07 |
Estimates of molecular convergence reveal multiple genes with adaptive variation across teleost fish
2026-Jan-03, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msag015
PMID:41604226
|
研究论文 | 通过对硬骨鱼类143个染色体级基因组的无监督分析，发现89个编码蛋白基因家族存在趋同进化，并整合多组学数据评估其功能影响 | 首次在硬骨鱼类中利用无监督方法大规模检测趋同进化信号，并联合单细胞转录组和基因扰动实验揭示趋同基因的多效性 | 未具体说明局限性 | 揭示硬骨鱼类适应性进化的分子基础 | 硬骨鱼类的蛋白编码基因家族 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 无监督方法 | 基因组序列、基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 143个染色体级基因组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 254 | 2026-06-07 |
Molecular Mechanisms of DBNL in Heart Failure: From Macrophage Immunometabolism to Therapeutic Implications
2026-Jan-02, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69756
PMID:41553874
|
研究论文 | 利用多组学方法整合孟德尔随机化和单细胞RNA测序，探讨DBNL在心力衰竭中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力 | 首次通过多组学整合分析揭示DBNL在心脏巨噬细胞免疫代谢和促纤维化通路中的动态调控作用，并预测吡啶酸作为DBNL潜在调节剂 | 治疗相关性仅基于计算预测，缺乏额外的实验验证和临床前研究来证实DBNL作为治疗靶点的临床疗效 | 寻找心力衰竭的潜在生物标志物和治疗靶点，阐明DBNL在心力衰竭进展中的作用机制 | 心脏巨噬细胞中的DBNL基因表达及其在心力衰竭病理条件下的调控 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 255 | 2026-06-07 |
Itaconate-Related Gene Signatures as Prognostic Markers in Colon Cancer: Insights From Transcriptomic and Spatial Analysis
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/7928082
PMID:41523911
|
研究论文 | 基于转录组和空间分析，首次全面研究衣康酸及Hallmark通路相关基因在结肠癌中的表达、生物学作用和预后价值 | 首次结合批量转录组、单细胞转录组和空间转录组数据，系统分析衣康酸相关基因标志物在结肠癌中的预后作用，并构建优于传统临床特征和已有模型的预后预测模型 | 仅基于公开数据库（TCGA和GEO），需进一步在更大规模、多中心临床样本中验证 | 开发结肠癌的衣康酸相关基因预后标志物，为精准预后和分层治疗提供理论依据 | 结肠癌患者（TCGA数据库448例训练集，GEO数据库1473例验证集） | 计算机视觉 | 结肠癌 | 批量转录组、单细胞转录组、空间转录组、组织微阵列 | 弹性网络（alpha=0.2） | 转录组数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据、组织微阵列数据 | 448例训练集，1473例验证集（共7个GEO数据集） | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 256 | 2026-06-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Correlation Between Immune Cell Composition and Gene Expression in Cervical Cancer
2026-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70998
PMID:41588920
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序分析揭示宫颈癌中免疫细胞组成与基因表达之间的相关性 | 首次通过单细胞RNA测序全面描绘宫颈癌肿瘤微环境中免疫细胞亚群分布模式，并系统分析关键基因如TNFRSF18与免疫细胞比例的关系 | 样本量可能有限，未明确说明；具体免疫细胞亚群功能验证及因果关系尚需进一步实验 | 探讨基于单细胞RNA测序数据的宫颈癌患者免疫细胞亚群分布模式及其与特定基因表达的相关性 | 宫颈癌患者单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 257 | 2026-06-07 |
Evaluation of the causal effects of PFOS on atherosclerosis and its potential toxicological mechanisms: Integrated Mendelian randomization and network toxicology analysis
2026-Jan-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119618
PMID:41601048
|
研究论文 | 结合孟德尔随机化和网络毒理学分析，评估全氟辛烷磺酸对动脉粥样硬化的因果效应及其潜在毒理学机制 | 首次将孟德尔随机化分析与网络毒理学相结合，系统探究PFOS与AS的因果关系及潜在毒理机制 | 数据主要来自公共数据库，可能无法完全反映实际暴露水平和人群异质性 | 阐明PFOS对动脉粥样硬化的因果关系及其毒理学机制，为心血管毒性评估和疾病防治提供科学依据 | 全氟辛烷磺酸与动脉粥样硬化之间的因果关系及潜在毒理学机制 | 机器学习 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化分析、网络毒理学、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 基因表达数据、蛋白质互作数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用单细胞RNA测序分析动脉粥样硬化斑块中不同细胞亚群的核心靶基因表达 |
| 258 | 2026-06-07 |
Combining multi-omics analysis and network toxicology to explore the role and underlying mechanisms of an environmental pollutant in gastric cancer: A study of Diisononyl Phthalate
2026-Jan-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119645
PMID:41601071
|
研究论文 | 通过整合多组学分析与网络毒理学，探究环境污染物邻苯二甲酸二异壬酯在胃癌中的作用及分子机制 | 首次结合计算毒理学、网络毒理学与多组学分析揭示DINP对胃癌的潜在致癌机制，并构建基于四个核心基因的预后风险模型 | DINP的急性细胞毒性较弱，需要进一步验证其长期暴露效应及体内实验数据 | 阐明环境污染物DINP与胃癌之间的分子关联机制 | DINP、胃癌细胞系（AGS）、TCGA-STAD队列样本 | 计算毒理学、网络毒理学、多组学分析 | 胃癌 | 网络毒理学、单细胞RNA测序、qRT-PCR、分子对接 | 预后风险模型 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | TCGA-STAD队列、AGS细胞系实验数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 259 | 2026-06-07 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Prostate Cancer: Unraveling Mechanisms and Therapeutic Implications
2026, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2025.073265
PMID:41613792
|
综述 | 全面总结前列腺癌中癌症相关成纤维细胞的起源、异质性、功能及治疗意义 | 整合单细胞和空间转录组学的最新进展，提供理解CAF生物学的整体框架，并强调基质重编程作为辅助治疗的可能性 | 未明确说明局限性 | 揭示CAF在前列腺癌中的生物学机制及潜在的靶向治疗策略 | 前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞 | NA | 前列腺癌 | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组, 空间转录组学 | NA | NA |
| 260 | 2026-06-07 |
From Laser Microdissection to Spatial Glycomics: Lectin Microarray Protocols for Tissue Glycome Mapping with High-End Scanners
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5154-4_3
PMID:41629708
|
研究论文 | 提出了将激光显微切割与凝集素微阵列结合的方法，用于福尔马林固定石蜡包埋组织的空间糖组学分析 | 利用高灵敏度倏逝场荧光扫描仪GSR2300提升检测灵敏度并降低背景噪声，实现微尺度组织区域的精确、可重复糖组学分析 | 可能受限于凝集素微阵列的抗体特异性和组织样本的复杂性，需要进一步验证跨平台通用性 | 开发并优化激光显微切割整合凝集素微阵列的工作流程，实现组织糖组图谱的空间解析 | 福尔马林固定石蜡包埋组织样本 | 计算机视觉 | NA | 激光显微切割，凝集素微阵列，荧光扫描 | NA | 图像 | 微米级组织区域（约0.1 mm²区域，5 μm厚度） | NA | 空间糖组学 | GSR2300 | 高端倏逝场荧光扫描仪GSR2300 |