单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-16	snPATHO-seq: A Detailed Protocol for Single Nucleus RNA Sequencing From FFPE 2025-May-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5291 PMID:40364991	research paper	介绍了一种名为snPATHO-seq的稳健且适应性强的单核RNA测序方法，用于从FFPE组织中生成高质量的转录组数据	snPATHO-seq通过优化的核分离和10× Genomics Flex检测，有效减少了组织碎片并保持了RNA完整性，优于现有的FFPE工作流程	未明确提及方法的局限性	开发一种能够从FFPE组织中生成高质量单核转录组数据的方法，以推动单细胞组学在转化和临床研究中的应用	FFPE组织样本，包括乳腺癌等疾病组织	单细胞组学	乳腺癌	单核RNA测序（snRNA-seq），10× Genomics Flex检测	NA	转录组数据	多样化的FFPE样本，包括疾病组织
262	2025-05-16	A Cold-Active Protease Tissue Dissociation Protocol for the Preservation of the Tendon Fibroblast Transcriptome 2025-May-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5293 PMID:40364987	research paper	该研究提出了一种使用冷活性蛋白酶在4°C下解离组织的方案，以保护肌腱成纤维细胞的转录组	使用冷活性蛋白酶在低温下解离组织，减少细胞应激并更好地保留细胞类型特异性转录	研究主要针对斑马鱼的肌腱和韧带，未在其他组织或物种中验证	开发一种能减少转录伪影并提高RNA测序数据质量的组织解离方法	斑马鱼的肌腱和韧带组织	digital pathology	NA	bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	斑马鱼肌腱和韧带组织样本
263	2025-05-16	Intercellular communication after myocardial infarction: Macrophage as the centerpiece 2025-May-02, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102757 PMID:40320153	review	本文综述了心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及其在细胞间通讯中的核心作用，探讨了针对巨噬细胞的靶向治疗策略	揭示了巨噬细胞亚群在心肌梗死后不同时期的动态变化及其功能特性，特别关注了乳酸化修饰在巨噬细胞亚群转化和细胞间通讯中的调控潜力	NA	探讨心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及其在细胞间通讯中的核心作用，为心肌梗死的临床治疗提供新思路	心肌梗死后巨噬细胞亚群及其与心肌细胞、中性粒细胞、成纤维细胞、内皮细胞等其他心脏细胞的相互作用	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
264	2025-05-16	CALB1 and RPL23 Are Essential for Maintaining Oocyte Quality and Function During Aging 2025-May, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14466 PMID:39748132	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和蛋白质组分析，揭示了衰老卵母细胞中钙离子稳态失调的关键机制，并确定了Calb1和Rpl23两个基因在卵母细胞衰老过程中的重要作用	首次在单细胞分辨率下揭示了衰老卵母细胞中钙离子稳态失调的机制，并确定了Calb1和Rpl23两个关键基因的功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类卵母细胞中验证	探究卵母细胞衰老的分子机制	年轻和老年雌性小鼠的卵母细胞	生殖生物学	生殖健康问题	单细胞转录组测序	小鼠模型	转录组数据	年轻和老年雌性小鼠的卵母细胞
265	2025-05-16	Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization 2025-May, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0233 PMID:39849979	research paper	该研究通过机器学习、单细胞转录组和孟德尔随机化方法，揭示了VCAN作为糖尿病肾病肾小管和肾小球共同诊断生物标志物的潜力	首次将VCAN识别为糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断标志物，并通过多种方法验证其诊断价值	未提及样本量大小，且仅针对糖尿病肾病进行研究	寻找糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小球和肾小管组织	machine learning	diabetic kidney disease	单细胞转录组分析、孟德尔随机化	NA	基因表达数据	NA
266	2025-05-16	Transcriptional Heterogeneity and Differential Response of Rod Photoreceptor Pathway Uncovered by Single-Cell RNA Sequencing of the Aging Mouse Retina 2025-May, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70001 PMID:39954235	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究小鼠视网膜衰老过程中的转录异质性和视杆细胞通路的差异反应	揭示了视网膜衰老过程中不同细胞类型的转录失调动态，并发现了视杆细胞和双极细胞的转录异质性亚群	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究视网膜衰老的分子机制，寻找与衰老相关视力障碍的生物标志物	小鼠视网膜	生物医学	老年性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3、12、18和24个月大的小鼠视网膜
267	2025-05-16	CTHRC1 expresses in cancer-associated fibroblasts and is associated with resistance to anti-androgen therapy in prostate cancer 2025-May, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01624-z PMID:40009323	research paper	本研究探讨了CTHRC1在前列腺癌中的表达及其对治疗抵抗的影响	首次揭示了CTHRC1在前列腺癌相关成纤维细胞中的表达及其与抗雄激素治疗抵抗的关联	研究主要基于公开数据库数据，缺乏实验验证	探索CTHRC1在前列腺癌中的表达及其对预后和治疗的影响	前列腺癌组织和正常前列腺组织	digital pathology	prostate cancer	RNA-seq, 单细胞RNA测序, CIBERSORT算法	NA	RNA测序数据, 免疫组织化学数据	1999例前列腺癌病例和531例正常对照，以及来自7个前列腺原发肿瘤的62,995个细胞的单细胞RNA测序数据
268	2025-05-16	Randomized phase 2 trial of pembrolizumab alone or in combination with low dose chemotherapy for patients with non-small cell lung cancer and poor performance status 2025-May, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108513 PMID:40203764	研究论文	比较单药pembrolizumab与pembrolizumab联合低剂量化疗在非小细胞肺癌（NSCLC）且体能状态较差患者中的疗效	首次在体能状态较差的NSCLC患者中比较了单药免疫治疗与免疫联合低剂量化疗的疗效，并探索了生物标志物对治疗反应的预测作用	样本量较小（43例患者），且生物标志物分析仅基于部分患者的可选血液样本	评估免疫治疗单独或联合低剂量化疗对体能状态较差的晚期NSCLC患者的疗效	晚期非小细胞肺癌且ECOG体能状态评分为2的患者	肿瘤学	非小细胞肺癌	流式细胞术、单细胞测序	NA	临床数据、血液样本	43例患者（每组20例可评估疗效）
269	2025-05-16	scSDNE: A semi-supervised method for inferring cell-cell interactions based on graph embedding 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013027 PMID:40333631	研究论文	本文介绍了一种名为scSDNE的半监督图嵌入模型，用于推断基于配体-受体（L-R）相互作用的细胞间通讯	scSDNE模型利用深度学习将相互作用细胞中的基因映射到一个共享的潜在空间，并结合基因调控信息提高推断的准确性和生物学可解释性	NA	全面理解细胞间复杂的相互作用机制	细胞间通讯中的配体-受体相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督图嵌入模型（scSDNE）	基因表达数据	NA
270	2025-05-16	Integration of Single-Cell RNA Sequencing Data and Bulk Sequencing Data to Characterise the CD8+ T-Cell Exhaustion Mediated Immune Microenvironment in CRC 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70556 PMID:40356050	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量测序数据，研究结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭介导的免疫微环境	揭示了MIF和CD99是CD8+ T细胞耗竭的关键调节因子，并开发了一个基于XGBoost的预后模型	未提及样本量是否足够大以支持广泛推广	研究结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭的机制及免疫治疗效果的潜在生物标志物	结直肠癌中的CD8+ T细胞和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量测序	XGBoost	RNA测序数据	NA
271	2025-05-16	SCGB3A1-Epi and KLK10-Epi Crosstalk With Fibroblasts Promotes Liver Metastasis of Breast Cancer and Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70904 PMID:40357856	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的关键上皮细胞亚型及其与成纤维细胞的相互作用机制	首次鉴定出SCGB3A1-Epi和KLK10-Epi作为乳腺癌和PDAC肝转移的关键驱动亚型，并揭示了它们与成纤维细胞的特定配体-受体相互作用	研究主要基于单细胞测序数据，需要进一步的体内外实验验证这些发现	阐明乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的细胞亚型及其作用机制	乳腺癌和胰腺导管腺癌(PDAC)的肝转移样本	肿瘤生物学	乳腺癌, 胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
272	2025-05-16	Identification and Validation of Potential Immune-Related Genes for Endometriosis 2025-May, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989) DOI:10.1111/aji.70091 PMID:40367358	研究论文	通过综合生物信息学分析和免疫组化验证，识别和验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因	使用单细胞RNA测序和传统批量RNA测序数据结合机器学习技术，识别出与子宫内膜异位症相关的特征性免疫基因TGFBR1和GIMAP4	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别和验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因	子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织	生物信息学	子宫内膜异位症	scRNA-seq, bulk RNA-seq, IHC	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的子宫内膜异位症患者样本
273	2025-05-16	C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies 2025-Apr-24, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	research paper	介绍了一种基于卷积神经网络的工具C-COUNT，用于自动评分红细胞集落形成实验	开发了C-COUNT工具，通过CNN自动识别和评分CFU-e集落，提高了实验的效率和准确性	未提及具体的技术局限性，但可能需要进一步验证在其他实验室的适用性	提高红细胞集落形成实验的自动化和准确性	红细胞集落形成实验中的CFU-e集落	digital pathology	hematologic disease	automated microscopy, convolutional neural network	CNN	image	未明确提及具体样本数量，但涉及CFU-e集落的图像数据
274	2025-05-16	Stratifin is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	research paper	该研究探讨了Stratifin（SFN）在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的作用	揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在急性损伤后主细胞转分化为SPEM中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM形成中的作用机制	小鼠胃主细胞和SPEM细胞	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序、免疫组化	Mist1CreERT2; LSL-tdTomato小鼠模型和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	特定基因修饰小鼠模型
275	2025-05-16	Activated polyreactive B cells are clonally expanded in autoantibody positive and patients with recent-onset type 1 diabetes 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115425 PMID:40117290	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和BCR测序分析，揭示了在自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者中，胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和克隆扩增的变化	发现了自身抗体阳性和1型糖尿病患者中胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和克隆扩增的独特变化，并识别出多反应性B细胞的存在	研究样本量有限，且仅针对特定人群（自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者）	探究自身反应性B细胞在1型糖尿病中的作用及其作为疾病风险生物标志物的潜力	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的胰岛抗原反应性B细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序，BCR测序	NA	RNA序列数据	来自非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的B细胞样本
276	2025-05-16	Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014 PMID:39753128	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据，揭示了Müller胶质细胞在视网膜发育和应激反应中的潜在表观遗传程序	首次在单细胞分辨率下鉴定了Müller胶质细胞中染色质可及性与基因表达的关系，并提出了'可塑性基因'的新概念	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据可能有限	探索视网膜发育和疾病响应中细胞类型特异的染色质结构变化	人类和小鼠视网膜中的Müller胶质细胞	表观遗传学	视网膜疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	人类和小鼠发育中的视网膜样本
277	2025-05-16	Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2025-Apr-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204346 PMID:40177910	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞特征	发现了鸡肺特有的第三种肺泡细胞类型（KRT14表达的腔细胞），并揭示了其与肺泡2型和1型细胞在空间上的分布模式	研究仅针对鸡肺，未与其他鸟类物种进行比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺的发育过程	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
278	2025-05-16	Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells 2025-Apr-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425 PMID:40054472	research paper	该研究描述了从猪诱导多能干细胞高效生成光感受器主导的视网膜类器官的方法	开发了一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的方法，为视网膜退行性疾病的研究提供了新的临床前模型	未提及具体的临床应用效果或长期安全性数据	开发一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的方法，以补充人类异种移植研究	猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官	干细胞研究	视网膜退行性疾病	免疫细胞化学(ICC)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据和图像数据	未明确提及具体样本数量
279	2025-05-16	Microglia heterogeneity, modeling and cell-state annotation in development and neurodegeneration 2025-Apr-07, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01931-4 PMID:40195564	综述	本文综述了当前对小胶质细胞转录异质性的理解，并概述了小鼠和人类小胶质细胞的多样性，包括发育、神经退行性变、性别和中枢神经系统区域等方面	提供了基于基因表达的小胶质细胞状态注释工具和建议，以及最新的技术和方法系统	NA	探讨小胶质细胞在健康和疾病中的多样性及其功能动态	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
280	2025-05-16	Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935 PMID:40127145	研究论文	本研究建立了一个Map3k3I441M敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管瘤(CCMs)的发病机制和治疗方法	首次建立了Map3k3I441M敲入小鼠模型，更准确地模拟了人类CCMs的单等位基因突变特征	模型仍需与PI3K信号通路激活相结合才能在成年小鼠中有效形成CCM样病变	研究脑海绵状血管瘤(CCMs)的发病机制和探索潜在治疗方法	Map3k3I441M敲入小鼠模型	神经血管疾病研究	脑海绵状血管瘤	基因敲入技术、磁共振成像、单细胞RNA测序、免疫染色	小鼠疾病模型	影像数据、基因表达数据	多种基因修饰小鼠模型(包括Map3k3I441M敲入小鼠、Ptenfl/fl小鼠等)