单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12261	2024-08-05	Lysosomal exocytosis of HSP70 stimulates monocytic BMP6 expression in Sjögren's syndrome 2022-03-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI152780 PMID:35113815	研究论文	本研究揭示了HSP70的溶酶体外排对干燥综合症中的BMP6表达的刺激作用	首次确认HSP70作为TLR4的内源性配体，揭示了LAMP3/HSP70/BMP6在干燥综合症中的作用机制	研究主要依赖于细胞实验和小鼠模型，缺乏大规模临床验证	探讨干燥综合症中BMP6的产生机制及其调控因子	主要研究SS患者的唾液腺以及与之相关的细胞机制	数字病理学	干燥综合症	RNA测序, 反转录PCR	NA	RNA	使用SS患者的唾液腺样本及小鼠实验
12262	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals expression profiles of Trypanosoma brucei sexual stages 2022-03, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1010346 PMID:35255094	研究论文	本研究揭示了植物瘤虫Trypanosoma brucei性阶段的表达谱。	使用单细胞RNA测序技术分析了感染了茧蝇的三种不同组织中的植物瘤虫，通过电子基因表达来识别组织特异性细胞类型	需要进一步实验以确定未知功能的蛋白质是否在配子形成和/或融合中起到作用	本研究旨在探索植物瘤虫的性生殖分子特征及其进化	研究对象为388个来自感染茧蝇的不同组织的单个植物瘤虫	生物信息学	非洲锥虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	388个植物瘤虫样本
12263	2024-08-05	Endothelial Reprogramming by Disturbed Flow Revealed by Single-Cell RNA and Chromatin Accessibility Study 2020-12-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108491 PMID:33326796	研究论文	这篇文章研究了受扰流对内皮细胞的重编程影响	该研究揭示了扰流如何导致内皮细胞从抗动脉粥样硬化表型转变为促动脉粥样硬化表型及其潜在的新型免疫细胞样表型	NA	深入理解扰流对内皮细胞基因表达的机制	来自小鼠部分颈动脉结扎模型的内皮细胞	数字病理学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	细胞数据	来自左侧和右侧颈动脉的内皮细胞
12264	2024-08-04	The role of FERMT2 in the tumor microenvironment and immunotherapy in pan-cancer using comprehensive single-cell and bulk sequencing 2024-May-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e30505 PMID:38726194	研究论文	该文章探讨了FERMT2在肿瘤微环境及免疫治疗中的作用	该研究结合单细胞和大规模测序技术，首次全面分析了FERMT2在不同癌症类型中的免疫特征和预后意义	研究的具体方法和样本数量在摘要中未提及，可能影响结果的普适性	本研究旨在评估FERMT2在肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	研究对象为在肿瘤微环境中表达FERMT2的不同癌症类型的细胞	数字病理学	泛癌症	单细胞测序、复合免疫荧光染色	NA	组织切片数据	NA
12265	2024-08-04	Pan-cancer analysis for the prognostic and immunological role of CD47: interact with TNFRSF9 inducing CD8 + T cell exhaustion 2024-May-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-00951-z PMID:38720108	研究论文	本研究探讨了CD47在癌症免疫治疗中的作用及其与CD8+ T细胞耗竭的关系	揭示了CD47影响多种癌症类型中CD8+ T细胞耗竭的机制，并提出将CD47和TNFRSF9作为免疫治疗的新靶点	未详细讨论CD47在不同癌症微环境中的具体作用机制	阐明CD47在癌症免疫微环境中的预后和免疫学相关性	本研究对象包括多种癌症类型的患者及其肿瘤样本	数字病理学	泛癌症	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	多个癌症类型的患者队列
12266	2024-08-05	Transcriptomic imputation of genetic risk variants uncovers novel whole-blood biomarkers of Parkinson's disease 2024-May-08, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-024-00698-y PMID:38719867	研究论文	本研究探讨了基因表达特征作为帕金森病生物标志物的潜力	发现PATL2基因作为临床和前驱性帕金森病的潜在生物标志物	未在不同人群中验证结果的广泛性	通过转录组插补发现新的全血生物标志物用于帕金森病	转录组插补生成的全血基因表达签名	数字病理学	帕金森病	RNA测序	随机森林分类器	基因表达数据	1176个帕金森病患者、254个前驱症状患者和860个健康对照
12267	2024-08-05	Molecular Basis of Neuronal and Microglial States in the Aging Brain and Impact on Cerebral Blood Vessels 2024-Apr-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25084443 PMID:38674028	综述	本文介绍了神经元和胶质细胞在衰老过程中的变化及其对大脑微环境的影响	探讨了单细胞RNA测序和蛋白质组学等技术在研究大脑衰老过程中动态变化的应用	未明确指出具体的研究限制	理解大脑衰老过程中神经元和胶质细胞的状态变化	研究大脑衰老中神经元、胶质细胞及其相互作用	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
12268	2024-08-04	Integrating bulk and single-cell sequencing data to construct a Scissor+ dendritic cells prognostic model for predicting prognosis and immune responses in ESCC 2024-Apr-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03683-9 PMID:38619620	研究论文	该文章主要构建了一种Scissor+树突状细胞预后模型，以预测食管鳞状细胞癌患者的预后和免疫反应	文章首次结合大规模与单细胞测序数据，提供了树突状细胞在食管鳞状细胞癌中的重要性及其子群体的分层	文章中未明确提及模型在其他类型癌症中的适用性和泛化能力	研究旨在揭示食管鳞状细胞癌中树突状细胞的异质性及其与预后的关系	研究对象为60名食管鳞状细胞癌患者的单细胞数据和肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	未适用	细胞数据	包含60名患者的192,078个单细胞数据
12269	2024-08-05	Cell-type-specific and disease-associated expression quantitative trait loci in the human lung 2024-Apr, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01702-0 PMID:38548990	研究论文	研究人类肺部特定细胞类型和疾病相关的表达数量性状位点	首次在38种细胞类型中绘制了表达数量性状位点(eQTL)，揭示了细胞特异性调控效应	研究仅涉及肺纤维化患者和未受影响供体，可能限制了结果的普遍性	阐明遗传变异如何影响组织特定基因表达与疾病的机制	对66名肺纤维化患者和48名未受影响供体的肺组织进行单细胞RNA测序	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	66名肺纤维化患者和48名未受影响供体
12270	2024-08-05	Neutrophil extracellular traps promoting fibroblast activation and aggravating limb ischemia through Wnt5a pathway 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/SQOC7984 PMID:38726275	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）在肢体缺血病理进展中的作用	首次揭示了NETs通过Wnt5a通路在肢体缺血中促进成纤维细胞激活的机制	尚未在人类样本中验证结果的临床相关性	研究NETs在肢体缺血中的功能及其与成纤维细胞的相互作用	主要研究对象为缺血小鼠模型中的成纤维细胞和光滑肌细胞	数字病理学	肢体缺血	单细胞RNA测序，免疫组化，西方印迹	NA	组织样本	9个不同细胞簇
12271	2024-08-05	Cancer cell-derived extracellular vesicles drive pre-metastatic niche formation of lymph node via IFNGR1/JAK1/STAT1-activated-PD-L1 expression on FRCs in head and neck cancer 2023-10, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2023.106524 PMID:37482043	研究论文	本研究评估了癌细胞来源的细胞外囊泡（CEVs）调节的成纤维网状细胞（FRCs）在淋巴结（LN）前转移生态位形成中的作用	发现癌细胞来源的细胞外囊泡通过IFNGR1/JAK1/STAT1通路促进FRCs上PD-L1的表达，进而导致CD8+ T细胞耗竭	本研究仅基于有限的样本数量，需进一步验证	评估癌细胞来源的细胞外囊泡在前转移生态位形成中的角色	来自20例癌症患者的60个新鲜颈部淋巴结中的FRCs	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序、质谱分析、蛋白质印迹法	NA	细胞、蛋白质	60个颈部淋巴结样本来自20位患者
12272	2024-08-04	Enrichment of carcinogen-driven "mitochondria-primed" human skin stem cells and their identification using single-cell analyses 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102545 PMID:37690024	研究论文	该文描述了富集和鉴定“线粒体启动”的人类皮肤干细胞的协议	创新点在于提出了通过环境致癌物富集和表征线粒体启动的干细胞的新方法	该研究未提及样本规模和是否可推广应用于其他类型的干细胞	研究旨在富集和鉴定皮肤干细胞中的线粒体启动特性	研究对象为环境致癌物影响下的人类皮肤干细胞	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组学和单细胞显微镜分析	NA	NA	涉及环境致癌物2,3,7,8-四氯二苯并对二恶英的实验样本
12273	2024-08-05	Lymphoid tissues contribute to viral clonotypes present in plasma at early post-ATI in SIV-infected rhesus macaques 2023-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.30.542512 PMID:37398418	研究论文	本研究揭示了淋巴组织在抗逆转录病毒治疗干预后早期对血浆中病毒克隆型的贡献	通过使用条形码SIVmac239M感染狒狒，监测病毒条形码克隆型的动态，这为减小复发病毒储存库提供了新见解	样本量有限，仅涉及七只狒狒，并且在某些情况下血浆病毒RNA仍然低于检测阈值	探究抗逆转录病毒治疗干预后，病毒群体的细胞和组织来源以及动态变化	感染了SIV的狒狒，具体分析了其血液和多种淋巴及非淋巴组织样本	数字病理学	NA	条形码测序、完整前病毒DNA检测、单细胞RNA测序、结合CODEX/RNAscope/杂交	NA	血液和组织样本	七只狒狒
12274	2024-08-05	Senolysis induced by 25-hydroxycholesterol targets CRYAB in multiple cell types 2022-Feb-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103848 PMID:35198901	研究论文	这篇文章探讨了25-羟基胆固醇诱导的衰老细胞自杀，并确定了CRYAB作为潜在的靶标	首次识别出CRYAB作为一个重要的衰老诱导基因，并发现25-羟基胆固醇是一个有效的衰老细胞自杀药物	尚未在临床试验中验证25-羟基胆固醇的疗效和安全性	探索靶向衰老细胞的药物，寻找能够消除衰老细胞的新方法	以小鼠和人类细胞为研究对象，探讨25-羟基胆固醇的作用	数字病理学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠和人类细胞群体
12275	2024-08-05	Development of human alveolar epithelial cell models to study distal lung biology and disease 2022-Feb-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103780 PMID:35169685	研究论文	本文开发了人类肺泡上皮细胞模型以研究远端肺生物学和疾病	本文创新性地使用去标识的肾移植人肺建立肺泡上皮细胞系，并展示了2D和3D培养对细胞特性的影响	研究中未具体提及样本的多样性和长期培育的潜在影响	研究肺泡上皮细胞模型以更好地模拟和研究远端肺的疾病	建立和分析人类肺泡上皮细胞系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞培养	使用了去标识的人类肾移植肺样本
12276	2024-08-05	Single-Cell Analysis of Blood-Brain Barrier Response to Pericyte Loss 2021-02-19, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.120.317473 PMID:33375813	研究论文	本研究揭示了缺失周细胞对脑内皮细胞转录变化的影响	首次从单细胞层面揭示了缺失周细胞对血脑屏障的复杂影响及其分子机制	研究中使用的是基因诱导的周细胞缺失小鼠模型，可能不完全反映人类病理状态	映射缺失周细胞接触对脑内皮细胞转录变化的影响，并与血脑屏障功能和血管表型的区域异质性进行关联	缺失周细胞接触的脑内皮细胞	数字病理学	脑部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	使用了成年Pdgfbret/ret小鼠进行研究
12277	2024-08-05	A Single-Cell Transcriptional Roadmap of the Mouse and Human Lymph Node Lymphatic Vasculature 2020, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2020.00052 PMID:32426372	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究小鼠和人类淋巴结淋巴血管的细胞异质性和组织结构	识别出淋巴小结中的五个明确的细胞亚群，并揭示了新的淋巴血管组织特征	NA	深入理解淋巴血管的发育与构建	小鼠淋巴结淋巴内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
12278	2024-08-05	Integration analysis of cell division cycle-associated family genes revealed potential mechanisms of gliomagenesis and constructed an artificial intelligence-driven prognostic signature 2024-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111168 PMID:38599441	研究论文	本研究揭示了CDCA基因家族在胶质瘤中的潜在机制并构建了人工智能驱动的预后标志。	本研究首次系统分析了CDCA基因家族在胶质瘤中的作用，并基于机器学习构建了新的预后评分系统。	本研究未深入探讨CDCA基因家族的所有成员在不同类型胶质瘤中的具体机制。	阐明CDCA基因家族在胶质瘤中的功能及其在预后中的作用。	包括八个胶质瘤队列的病人样本。	数字病理	胶质瘤	多组学数据分析，单细胞RNA测序，空间转录组测序	机器学习	生物信息数据，组织样本	八个胶质瘤队列的样本
12279	2024-08-05	Integrated enhancer regulatory network by enhancer-promoter looping in gastric cancer 2024-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcae020 PMID:38720882	研究论文	本研究分析了胃癌细胞中增强子-启动子环状相互作用的调控网络	发现胃癌特异性增强子通过增强子-启动子环与近邻启动子相互作用激活多个基因，尤其是在胃癌细胞中表达的肿瘤相关基因	未提及具体的局限性	研究胃癌细胞中增强子如何调控癌基因转录	胃癌细胞系与正常胃上皮细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，CRISPR干扰	NA	基因表达数据	使用了两种胃癌细胞系和临床胃癌样本
12280	2024-08-05	Rethinking eco-evo studies of gene expression for non-model organisms in the genomic era 2024-May-09, Molecular ecology IF:4.5Q1 DOI:10.1111/mec.17378 PMID:38721834	评论	本文回顾了基因表达研究中最新的基因组技术对非模式生物的影响	提出了长读序列技术和单细胞RNA测序方法在生态基因组学中的应用潜力	传统的RNA测序方法无法捕捉稀有细胞群体的表达变化	探讨基因组技术如何提高对基因表达变化的理解	非模式生物的基因表达和细胞异质性	生态基因组学	NA	长读测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA