单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 12201 - 12220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12201 | 2024-08-05 |
Renal enhanced CT images reveal the tandem mechanism between tumor cells and immunocytes based on bulk/single-cell RNA sequencing
2023-Mar-18, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01011-5
PMID:36933049
|
研究论文 | 这篇文章探讨了代谢重编程在透明细胞肾癌中的作用，尤其是谷氨酰胺代谢对肿瘤微环境的影响 | 文章首次揭示了谷氨酰胺代谢在透明细胞肾癌的免疫微环境形成中的关键作用，并构建了有效的影像基因组模型 | 样本主要来源于公开数据库，可能存在选择偏差，且未能全面覆盖不同的肾癌亚型 | 研究透明细胞肾癌中谷氨酰胺代谢的作用及其对肿瘤微环境和免疫细胞浸润的影响 | 涉及539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本的数据分析 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | 转录组数据 | 539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本 |
| 12202 | 2024-08-04 |
Identifying strengths and weaknesses of methods for computational network inference from single-cell RNA-seq data
2023-03-09, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad004
PMID:36626328
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研究论文 | 本文对十一种近期的网络推断方法在七个已发布的单细胞RNA测序数据集上的性能进行评估 | 扩展的基准研究评估了不同类型的黄金标准网络和评估指标 | 推断网络准确性的改进方法和更好的黄金标准仍然需要 | 研究不同方法在单细胞RNA测序数据上推断转录基因调控网络的有效性 | 评估十一种方法在不同物种（人类、小鼠和酵母）上处理的scRNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | SCENIC, PIDC, MERLIN, Correlation | 转录组数据 | 七个已发布的数据集 |
| 12203 | 2024-08-05 |
LDL delivery of microbial small RNAs drives atherosclerosis through macrophage TLR8
2022-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-01030-7
PMID:36474072
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研究论文 | 本研究表明微生物小RNA（msRNA）通过低密度脂蛋白（LDL）驱动促炎性巨噬细胞极化和细胞因子分泌。 | 确定了LDL-msRNA作为动脉粥样硬化相关炎症的诱因，揭示了LDL在胆固醇运输之外的其他功能。 | NA | 研究微生物小RNA在动脉粥样硬化中通过巨噬细胞TLR8的作用机制。 | 聚焦于巨噬细胞表型及其在动脉粥样硬化病理中的作用。 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | NA | 小鼠模型中的不同动脉粥样硬化模型 |
| 12204 | 2024-08-05 |
Modular derivation of diverse, regionally discrete human posterior CNS neurons enables discovery of transcriptomic patterns
2022-09-30, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abn7430
PMID:36179024
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研究论文 | 本文建立了一种模块化的单层分化范式，用于衍生具有区域特异性的多样化人类后中枢神经系统神经元 | 创新性地使用调节D/V信号来导向不同类型的后中枢神经系统神经元，并利用单细胞RNA测序和计算管道发现区域特异性的转录标记 | 研究可能在hPSCs的来源以及特定神经元类型的功能验证方面存在局限 | 旨在通过衍生人类后中枢神经系统神经元来加深对人类神经发育和疾病的理解 | 研究对象为由人类多能干细胞衍生的后中枢神经系统神经元前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12205 | 2024-08-05 |
Dissociation and inDrops microfluidic encapsulation of human gut tissues for single-cell atlasing studies
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101570
PMID:35880121
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研究论文 | 本文详细介绍了人肠组织解离和在inDrops微流体平台上的单细胞RNA测序的步骤 | 创新点在于使用冷激活蛋白酶进行人肠组织解离，并在inDrops平台上进行单细胞封装 | 此方法的适用性尚需进一步验证，尤其是在不同类型的肠组织中 | 研究人肠组织的单细胞RNA测序，以帮助了解细胞的多样性和功能 | 人肠组织中的单个上皮细胞 | 数字病理 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 使用了多种病变和炎症状态的组织样本 |
| 12206 | 2024-08-05 |
Dysfunctional ERG signaling drives pulmonary vascular aging and persistent fibrosis
2022-07-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31890-4
PMID:35879310
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研究论文 | 本文探讨了老年小鼠肺内皮细胞在肺纤维化恢复或进展过程中的表观遗传和转录分析 | 识别了转录因子ETS相关基因(ERG)作为肺毛细血管稳态和修复的潜在调节因子，并揭示了其在衰老中的功能失调 | 研究主要基于小鼠模型，结果可能无法完全转化到人类 | 探究血管在肺部修复和纤维化中的作用及其衰老的影响 | 年轻和老年小鼠的肺内皮细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠，具体样本数量未提及 |
| 12207 | 2024-08-05 |
A brain precursor atlas reveals the acquisition of developmental-like states in adult cerebral tumours
2022-07-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31408-y
PMID:35853870
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研究论文 | 本研究揭示了人类脑肿瘤中细胞类型与神经发育各个阶段的相似性 | 该研究首次建立了小鼠大脑发展过程的单细胞转录组图谱，并与人类脑肿瘤中的单细胞数据进行对比，发现肿瘤细胞表现出与胚胎放射神经前体细胞的表达特征重叠 | 本研究主要基于小鼠模型与人类细胞数据的比较，可能无法完全反映人类脑肿瘤的所有特征 | 本研究旨在阐明人类脑胶质瘤的起源及其细胞类型特征 | 研究对象为鼠类大脑发育过程中的细胞及人类胚胎和儿童胶质肿瘤的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞转录组数据 | 超过100,000个细胞，以及超过100个成人和儿童脑肿瘤样本 |
| 12208 | 2024-08-05 |
Orexin neurons inhibit sleep to promote arousal
2022-07-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31591-y
PMID:35851580
|
研究论文 | 本研究展示了orexin神经元通过间接抑制促进睡眠的神经元来维持觉醒 | 发现了一个新的前馈电路，通过这个电路，orexin和共同释放的谷氨酸作用于并抑制促睡眠的神经元 | 未明确提及 | 探讨orexin神经元在维持觉醒中的作用机制 | orexin神经元及其在觉醒和睡眠之间的调节作用 | 神经科学 | 睡眠障碍 | 体内光遗传学、体外光遗传学电路映射和单细胞转录组学 | NA | 光学数据、转录组数据 | 涉及了多个动物样本，但具体样本数量未提及 |
| 12209 | 2024-08-05 |
Group 3 innate lymphocytes make a distinct contribution to type 17 immunity in bladder defence
2022-Jul-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104660
PMID:35845169
|
研究论文 | 该文章探讨了3型天生淋巴细胞在膀胱防御中的17型免疫中的独特贡献 | 发现组3天生淋巴细胞(ILC3s)在膀胱感染后释放IL17，并探讨了ILC3和髓系细胞之间的相互作用 | 对人类膀胱的具体机制分析还不完全 | 旨在深入理解膀胱免疫，特别是17型免疫的调控机制 | 研究对象为小鼠和人类的膀胱样本 | NA | 膀胱感染 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 研究涉及小鼠和人类样本 |
| 12210 | 2024-08-05 |
Immune landscape of a genetically engineered murine model of glioma compared with human glioma
2022-06-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.148990
PMID:35653194
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研究论文 | 本研究比较了基因工程小鼠模型与人类胶质瘤的免疫微环境 | 本研究利用Qk/Trp53/Pten三重敲除小鼠模型，探讨了胶质瘤的免疫微环境与人类胶质瘤的比较 | 该研究主要集中在小鼠模型中，可能不能完全代表人类疾病的复杂性 | 阐明胶质瘤的肿瘤生理病理及对治疗药物的前临床评估 | 研究对象包括QPP小鼠和患者来源的胶质瘤肿瘤 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞测序 | QPP三重敲除模型 | 免疫谱分析 | 包括QPP小鼠以及人类胶质瘤样本 |
| 12211 | 2024-08-05 |
Localization of T cell clonotypes using the Visium spatial transcriptomics platform
2022-06-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101391
PMID:35707680
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用Visium空间转录组平台定位T细胞克隆的新协议 | 该方法允许在组织切片中同时定位基因表达和T细胞克隆类型 | NA | 研究人类T细胞库的空间组织 | T细胞受体克隆和其在肿瘤微环境中的定位 | 数字病理 | NA | 空间转录组 | NA | NA | NA |
| 12212 | 2024-08-05 |
Endothelial plasticity drives aberrant vascularization and impedes cardiac repair after myocardial infarction
2022-Apr, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-022-00047-3
PMID:35571674
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研究论文 | 本文探讨了心肌梗死后内皮细胞的可塑性如何驱动异常血管化并妨碍心脏修复 | 提出针对获得性内皮细胞变化的靶向治疗，以正常化血管并促进心脏修复 | 目前仅在小鼠模型中进行了验证，临床适用性尚需进一步研究 | 研究心肌梗死后血管异常的机制及相关治疗策略 | 主要关注与心肌梗死相关的内皮细胞 | 数字病理学 | 心脏病 | 单细胞转录组分析 | NA | NA | 小鼠模型 |
| 12213 | 2024-08-05 |
The landscape of human tissue and cell type specific expression and co-regulation of senescence genes
2022-01-09, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-021-00507-7
PMID:35000600
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研究论文 | 这项研究揭示了人类组织和细胞类型特异的衰老基因的共调控特征 | 系统地分析了健康人类组织中衰老基因的表达模式及其细胞类型特异性 | 对健康人类组织中的衰老细胞的普遍性理解仍然有限 | 研究衰老基因在不同类细胞中的共表达特征及其特异性 | 非疾病人类组织中的衰老基因及其相关网络 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 网络分析 | 转录组数据 | 50种人类组织 |
| 12214 | 2024-08-05 |
The immune landscape of common CNS malignancies: implications for immunotherapy
2021-11, Nature reviews. Clinical oncology
DOI:10.1038/s41571-021-00518-9
PMID:34117475
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评论 | 本文回顾了中央神经系统恶性肿瘤的免疫景观及其对免疫治疗的影响 | 本文揭示了免疫组成和免疫生物学的基本差异，为胶质瘤的免疫治疗策略奠定基础 | 关于脑瘤对免疫检查点抑制剂反应的患者子集的研究限制了总体结果的推广 | 探讨中央神经系统恶性肿瘤中的免疫细胞组成和功能差异以及这些差异对免疫疗法的影响 | 对患有中央神经系统恶性肿瘤的患者样本进行免疫分析 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 质谱细胞术和单细胞测序 | 基因工程小鼠模型 | 样本 | NA |
| 12215 | 2024-08-05 |
SCINA: A Semi-Supervised Subtyping Algorithm of Single Cells and Bulk Samples
2019-07-12, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes10070531
PMID:31336988
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研究论文 | 本研究开发了SCINA，一个半监督模型，用于单细胞和大样本的分类。 | SCINA利用期望最大化算法，结合已有的基因特征进行分析，提供了不同于传统方法的新方法论和生物学见解。 | 本研究在于模型的应用依赖于事先建立的基因特征，可能限制其在某些数据集上的通用性。 | 解决单细胞RNA测序数据分析中的主观性和准确性问题。 | 包括小鼠大脑的单细胞RNA测序数据和基因工程小鼠模型中的细胞群体变化。 | 数字病理学 | 肾癌 | scRNA-Seq，流式细胞术/CyTOF数据 | 半监督模型 | 基因表达数据 | 应用于多种数据集，具体样本数量未提及 |
| 12216 | 2024-08-04 |
Loss of PBX1 function in Leydig cells causes testicular dysgenesis and male sterility
2024-May-09, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05249-5
PMID:38724675
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研究论文 | 本文研究了PBX1在莱迪格细胞分化和睾酮产生中的作用 | 发现PBX1是小鼠莱迪格细胞分化和睾酮产生的主要调控因子 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类 | 探讨PBX1在莱迪格细胞功能和生育中的作用 | 小鼠的莱迪格细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 小鼠 |
| 12217 | 2024-08-05 |
Identification of Novel Regulators of Leaf Senescence Using a Deep Learning Model
2024-May-05, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants13091276
PMID:38732491
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研究论文 | 本文开发了DEGRN深度学习模型，以识别叶片衰老的调节因子 | 提出了一种创新的深度学习模型DEGRN，能够通过整合丰富的表达数据解析基因相互作用 | 对基因调控的研究仍专注于有限的实例，许多相互作用尚未全面探索 | 研究基因调控网络，特别是叶片衰老过程中的调节因子 | 621个转录因子和13739个非转录因子基因的交互作用 | 机器学习 | NA | RNA-Seq | 深度学习模型 | 表达数据 | 大量数据，包括bulk RNA-Seq和scRNA-Seq数据 |
| 12218 | 2024-08-04 |
Time-course RNAseq data of murine AB1 mesothelioma and Renca renal cancer following immune checkpoint therapy
2024-May-03, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03294-0
PMID:38702329
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研究论文 | 本研究提供了小鼠AB1间皮瘤和Renca肾癌在免疫检查点治疗下的RNA测序数据 | 本研究通过时间序列RNA测序和单细胞测序技术，首次全面表征了免疫微环境中转录事件及其对ICB响应的重要性 | 该研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性 | 本研究旨在通过RNA测序数据，揭示免疫检查点治疗对肿瘤微环境转录特征的影响 | 研究对象包括小鼠模型的AB1间皮瘤和Renca肾细胞癌 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序 | NA | RNAseq数据 | 144个肿瘤样本和12个单细胞样本 |
| 12219 | 2024-08-04 |
New genetic insights into immunotherapy outcomes in gastric cancer via single-cell RNA sequencing and random forest model
2024-May-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03684-8
PMID:38693422
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序及随机森林模型，探索胃癌免疫治疗结果的新遗传学见解 | 使用单细胞测序识别基因并开发随机森林模型来预测胃癌患者的免疫治疗敏感性 | 该研究的具体样本数量及相应的临床数据未详细说明 | 旨在识别胃癌患者对免疫治疗的敏感性新生物标志物 | 胃癌患者的基因表达及其与免疫治疗敏感性的相关性 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 随机森林模型 | 基因表达数据 | NA |
| 12220 | 2024-08-04 |
Neuroinflammation generated by HIV-infected microglia promotes dysfunction and death of neurons in human brain organoids
2024-May, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgae179
PMID:38737767
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研究论文 | 本文研究了HIV感染的微胶质细胞如何促进神经元功能障碍和死亡的机制 | 提出HIV感染导致微胶质细胞产生的炎症反应可扩展到多个未感染的旁观者细胞，最终影响神经元功能 | 本研究主要依赖于体外模型，尚需在更复杂的生物系统中验证结果 | 探讨HIV感染微胶质细胞后，神经炎症与神经元功能障碍之间的关联 | 使用人类诱导多能干细胞来源的脑类器官模型进行研究 | 数字病理学 | HIV相关神经认知障碍 | 单细胞RNA测序 | 脑类器官模型 | 基因表达数据 | 使用了两种不同的脑类器官模型（大脑和脉络丛类器官） |