本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12281 | 2025-10-06 |
Nicotinamide boosts oocyte quantity and quality by promoting N4-acetylation modification in lupus mice
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adu0955
PMID:40680131
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示烟酰胺通过促进N4-乙酰化修饰改善狼疮小鼠卵母细胞数量和质量的作用机制 | 首次绘制狼疮小鼠卵母细胞acC修饰图谱,揭示NAT10介导的acC修饰在卵母细胞发育异常中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究系统性红斑狼疮影响卵母细胞发育的分子机制及烟酰胺的治疗潜力 | 系统性红斑狼疮小鼠模型的卵母细胞 | 生殖医学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞转录组测序, 翻译组测序, acC-RNA免疫沉淀测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, 翻译组数据, 表观遗传修饰数据 | 狼疮小鼠卵母细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 翻译组测序, 表观遗传学测序 | NA | NA |
| 12282 | 2025-10-06 |
NPLOC4 constructs tumor immunosuppressive microenvironment in pan-cancer and hepatocellular carcinoma
2025-Jul-17, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究探讨NPLOC4在泛癌和肝细胞癌肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力 | 首次系统揭示NPLOC4在肿瘤免疫微环境中的免疫抑制作用及其作为免疫治疗新靶点的潜力 | 研究主要基于公共数据库数据,部分发现需进一步实验验证 | 探究NPLOC4在肿瘤免疫微环境中的作用机制和治疗价值 | 多种肿瘤类型和肝细胞癌患者组织样本及肿瘤细胞系 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | qRT-PCR, 免疫组织化学, 单细胞测序分析 | NA | mRNA表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞测序数据 | 多个公共数据库数据及肝细胞癌患者癌组织和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12283 | 2025-10-06 |
Mechanism of Initial Favorable Response to Decitabine in TP53-Mutated MDS/AML and Potential Mechanisms of Subsequent Relapse
2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3192
PMID:40397797
|
研究论文 | 本研究探讨了TP53突变MDS/AML患者对地西他滨初始治疗产生良好反应及后续复发的潜在机制 | 首次通过整合靶向测序、纳米孔DNA甲基化测序和单细胞转录组学,系统分析TP53突变患者在地西他滨治疗过程中白血病细胞与免疫群体的动态变化 | 样本量有限,属于II期临床研究,需要更大规模研究验证 | 阐明TP53突变MDS/AML患者对地西他滨治疗反应及复发的分子机制 | 骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者 | 血液肿瘤学 | 骨髓增生异常综合征,急性髓系白血病 | 靶向髓系panel测序,纳米孔DNA胞嘧啶甲基化测序,单细胞转录组学 | NA | 基因组测序数据,甲基化数据,单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但为系列样本(治疗前、治疗完成时、形态学缓解期和复发期) | NA | 单细胞RNA-seq,DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 12284 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing in Hirschsprung's disease tissues reveals lack of neuronal differentiation in the aganglionic colon segment
2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662516
PMID:40631286
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析先天性巨结肠症组织,揭示无神经节结肠段中神经元分化缺失的机制 | 首次结合单细胞RNA测序和全基因组测序系统比较先天性巨结肠患者健康与无神经节结肠段的细胞组成差异 | 样本量有限,未明确说明具体患者数量 | 探究先天性巨结肠症无神经节结肠段神经元分化障碍的分子机制 | 先天性巨结肠患者的健康与无神经节结肠组织 | 单细胞组学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序, 全基因组测序 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12285 | 2025-10-06 |
Examination of an iPSC model of human eye development reveals progressive emergence of critical embryonic cell types
2025-Jul-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06602-9
PMID:40596144
|
研究论文 | 通过多时间点形态学和转录组分析研究人类iPSC衍生的眼发育模型(SEAM)中关键胚胎细胞类型的渐进出现过程 | 开发了模拟人类全眼发育早期阶段的2D模型,首次实现了多种胚胎细胞类型的同步发育研究 | 模型仅覆盖28天的分化过程,可能无法完全模拟更长期的发育事件 | 建立人类眼发育的体外模型并解析关键细胞类型的发育轨迹 | 人类iPSC衍生的SEAM眼细胞模型 | 发育生物学 | 眼发育疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | SEAM模型 | 转录组数据, 形态学数据 | 多时间点(第0、14、28天)的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 12286 | 2025-10-06 |
A spatial transcriptomic atlas of the host response to oropharyngeal candidiasis
2025-Jun-30, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00849-25
PMID:40586608
|
研究论文 | 利用空间转录组学技术构建宿主对口腔念珠菌病免疫反应的细胞图谱 | 首次通过空间转录组学揭示口腔念珠菌感染微环境中2型免疫反应和M2巨噬细胞的平衡作用,发现新型富含脯氨酸抗菌蛋白家族 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探索口腔念珠菌病感染环境中免疫平衡机制 | 小鼠口腔念珠菌感染模型中的舌组织 | 空间转录组学 | 口腔念珠菌病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术 |
| 12287 | 2025-10-06 |
Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data
2025-Jun-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768
PMID:40232935
|
研究论文 | 介绍使用SIMS工具进行单细胞RNA测序数据中细胞类型标签转移的详细操作流程 | 提出了一个基于深度学习的标准化协议,用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移,支持多种使用方式 | NA | 开发单细胞RNA测序数据中细胞类型标签转移的标准化操作流程 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12288 | 2025-10-06 |
Identifying condition-related cell-cell communication events using supervised tensor analysis
2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.15.571918
PMID:38168391
|
研究论文 | 开发了一种名为STACCato的监督张量分析工具,用于识别与生物条件相关的细胞间通讯事件 | 首次将监督张量分析方法应用于细胞间通讯研究,能够同时调整混杂因素和考虑CCC事件间的依赖关系 | 方法主要基于scRNA-seq数据,可能不适用于其他类型的数据 | 开发统计方法来识别与生物条件相关的细胞间通讯事件 | 细胞间通讯事件 | 生物信息学 | 狼疮,自闭症 | 单细胞RNA测序 | 张量回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12289 | 2025-10-06 |
Habitual Exercise Modulates Neuroimmune Interaction to Mitigate Aortic Stiffness
2025-Jun-06, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325656
PMID:40304034
|
研究论文 | 本研究探讨了习惯性运动通过调节神经免疫相互作用缓解血管紧张素II诱导的主动脉硬化的机制 | 首次揭示了运动通过β2-肾上腺素能受体调节巨噬细胞与交感神经的相互作用,进而抑制成纤维细胞活化和细胞外基质沉积的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体验证;神经免疫相互作用的详细分子通路仍需进一步阐明 | 探究运动如何调节交感神经与免疫细胞的相互作用以缓解主动脉硬化 | C57BL/6小鼠模型,包括野生型、Ccr2敲除小鼠和Col1a1-tdT报告基因小鼠 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,神经化学去神经术,细胞通讯分析 | 动物模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据,生理测量数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12290 | 2025-10-06 |
Transcriptomic profiling after B cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis
2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182790
PMID:40067358
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索B细胞耗竭疗法如何调节多发性硬化症患者的免疫景观 | 首次使用单细胞RNA测序全面分析B细胞耗竭治疗后中枢和外周免疫细胞的变化,揭示细胞类型特异性重编程 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 研究B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫系统的调节机制 | 多发性硬化症患者在接受B细胞耗竭治疗前后的脑脊液和外周血免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12291 | 2025-10-06 |
Spatial characterization of interface dermatitis in cutaneous lupus reveals novel chemokine ligand-receptor pairs that drive disease
2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574422
PMID:38260617
|
研究论文 | 本研究通过空间多组学技术揭示了皮肤红斑狼疮界面皮炎中角质细胞损伤驱动淋巴细胞募集的分子机制 | 首次系统描绘了皮肤红斑狼疮界面皮炎中角质细胞损伤到免疫细胞募集的完整信号通路,并鉴定出AIM2-Casp8-IL-18-CXCL6/CXCR1和CCL8/CCR2等新型趋化因子配体-受体对 | 样本量相对有限,研究主要聚焦于特定临床亚型 | 阐明皮肤红斑狼疮界面皮炎的免疫发病机制 | 皮肤红斑狼疮患者的水疱活检组织和穿刺活检组织 | 数字病理学 | 皮肤红斑狼疮 | 光谱流式细胞术, 96重免疫分析靶向蛋白质组学, 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 数字空间分析 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据, 流式细胞数据 | 皮肤红斑狼疮患者和健康供者的活检样本 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 靶向蛋白质组学 | 数字空间分析技术 | 96重免疫分析靶向蛋白质组学检测皮肤间质液中184种蛋白质分析物 |
| 12292 | 2025-10-06 |
High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas
2025-May-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17101681
PMID:40427178
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现KYNU基因在肺腺癌中的双峰表达模式与患者预后不良相关,并揭示了其在免疫抑制代谢中的作用 | 首次系统揭示KYNU在肺腺癌中的双峰表达特征及其与KEAP1/STK11共突变的关联,发现其在人类与小鼠模型中表达模式的物种特异性差异 | 人类与小鼠模型中KYNU表达模式存在显著差异,这为临床前建模带来挑战 | 发现与肺腺癌患者预后相关的双峰表达基因,揭示其潜在的致癌基因型和治疗靶点 | 肺腺癌患者样本和鼠类肺腺癌模型 | 癌症基因组学 | 肺腺癌 | 单细胞转录组学、代谢组学、批量转录组分析 | 模型聚类分析 | 基因表达数据、突变数据、代谢物数据 | 多个肺腺癌数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 12293 | 2025-10-06 |
Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.630541
PMID:40654890
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析性别共享神经系统中神经元水平的分子二态性 | 首次在单神经元分辨率揭示性别共享神经系统的广泛分子二态性,发现神经肽和信号相关基因的强烈性别偏好表达 | 研究仅针对成年雄性和雌雄同体线虫,未涵盖其他发育阶段或物种 | 探究遗传性别如何在单神经元水平塑造神经系统的分子结构 | 成年雄性和雌雄同体线虫的性别共享神经元 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年雄性和雌雄同体线虫的神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12294 | 2025-10-06 |
CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity
2025-May-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182709
PMID:40309773
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现淋巴结中CXCL12高表达的成纤维网状细胞通过调节T细胞介导的同种免疫反应促进移植耐受 | 首次鉴定出淋巴结中特定的CXCL12hi FRCs亚群,并证明其在调节移植免疫耐受中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步深入 | 探究特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用机制 | 小鼠和人类淋巴结中的成纤维网状细胞及T细胞 | 免疫学 | 移植免疫 | 单细胞RNA测序, 遗传缺失技术, 纳米递送技术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 心脏移植小鼠的初始和引流淋巴结, 人类淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12295 | 2025-10-06 |
Dissection of tumoral niches using spatial transcriptomics and deep learning
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112214
PMID:40230519
|
研究论文 | 本研究开发了TG-ME计算框架,通过整合空间转录组学数据和形态学图像来解析肿瘤微环境中的生态位 | 提出结合Transformer和图变分自编码器(GraphVAE)的创新计算框架,能够同时利用空间转录组数据和形态学图像进行肿瘤生态位分析 | NA | 开发计算工具解析肿瘤微环境的空间组织结构 | 肿瘤生态位和肿瘤微环境 | 空间转录组学,深度学习 | 非小细胞肺癌 | 空间转录组学,深度学习 | Transformer,GraphVAE | 空间转录组数据,形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 12296 | 2025-10-06 |
Progesterone signaling in oviductal epithelial cells modulates the immune response to support preimplantation embryonic development
2025-Apr-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt6113
PMID:40249812
|
研究论文 | 本研究探讨孕酮信号通过调控输卵管上皮细胞免疫反应支持胚胎着床前发育的机制 | 首次揭示输卵管上皮细胞中孕酮受体通过抑制IL-22等促炎基因表达来保障胚胎正常发育的新机制 | 研究仅使用小鼠模型,人类临床适用性需进一步验证 | 阐明孕酮信号在胚胎着床前发育过程中的免疫调节作用 | 条件性敲除孕酮受体的小鼠模型及其胚胎 | 生殖生物学 | 妊娠丢失 | 单细胞RNA测序,药理学抑制,共培养实验 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,胚胎发育表型数据 | 未明确样本数量的小鼠模型和胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12297 | 2025-10-06 |
Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2025-Apr-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204346
PMID:40177910
|
研究论文 | 本研究通过多尺度成像和单细胞转录组学揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制 | 发现了鸡特有的表达KRT14的肺泡细胞类型(命名为腔细胞),并揭示了肺分支融合形成副支气管和径向肺泡生成的新机制 | 研究主要集中于鸡肺发育过程,与哺乳动物肺的比较分析相对有限 | 阐明鸟类肺中单向气流的发育适应机制及其与哺乳动物双向气流的差异 | 鸡肺发育过程中的关键阶段 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多尺度3D成像 | NA | 基因表达数据, 成像数据 | 鸡肺发育关键阶段的多个样本 | 华大基因 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | Stereo-seq | Stereo-seq空间转录组技术 |
| 12298 | 2025-10-06 |
The essential role of connective-tissue cells during axolotl limb regeneration
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.30.645595
PMID:40236065
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中构成高达75%的芽基细胞并证明其必要性 | 首次通过空间转录组学量化结缔组织细胞在再生芽基中的比例,并利用基因消融实验证实其功能必要性 | 未详细探讨其他类型细胞在再生过程中的具体作用机制 | 阐明结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中的细胞组成和功能必要性 | 墨西哥钝口螈(Ambystoma mexicanum)的肢体再生过程 | 发育生物学 | 组织再生 | 空间转录组学、基因消融 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 选择性探针阵列 |
| 12299 | 2025-10-06 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
|
研究论文 | 开发了一个用于单细胞测序数据解复用和环境RNA分析的计算工具包CellBouncer | 提出能够分离和量化多物种、多个体细胞混合物,识别未知线粒体单倍型,分配脂质偶联条形码或CRISPR sgRNAs处理,并推断池组成的统一工具包 | NA | 开发用于分析混合单细胞测序数据的计算方法 | 多物种和多个体细胞混合物,四倍体复合细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 计算工具包 | 单细胞测序数据 | 10个细胞融合系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴单细胞测序 |
| 12300 | 2025-10-06 |
Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636
PMID:39946238
|
研究论文 | 提出一种从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱的计算协议 | 开发了scResolve协议,能够在集群计算环境中通过并行计算加速数据处理,从多细胞分辨率数据中恢复单细胞级表达谱 | NA | 解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组技术 |