单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-07-03	Molecular mechanisms of diquat-induced brain injury: Insights from network toxicology and single-cell RNA sequencing 2025-Jun-30, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118597 PMID:40592154	研究论文	本研究通过整合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术，探讨了敌草快(DQ)诱导脑损伤的分子机制	结合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术，首次系统性地揭示了DQ诱导脑损伤的分子机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验验证，缺乏体内实验数据支持	探究敌草快(DQ)诱导脑损伤的分子机制	敌草快(DQ)及其诱导的脑损伤相关分子靶点	分子毒理学	脑损伤	单细胞RNA测序、分子对接、网络毒理学	NA	基因表达数据	NA
102	2025-07-03	Peritoneal cavity-derived GATA6+ macrophages inhibit fibrosis through IL33 in endometrium 2025-Jun-29, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.06.088 PMID:40592367	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了正常子宫内膜和损伤引起的宫腔粘连(IUA)患者的子宫内膜，发现了一种独特的GATA6+巨噬细胞亚群，并揭示了其在抑制子宫内膜纤维化中的作用机制	首次发现并证实了腹膜腔来源的GATA6+巨噬细胞通过IL33抑制子宫内膜纤维化的新机制	研究样本仅限于正常子宫内膜和IUA患者，未涉及其他子宫内膜疾病	探索子宫内膜巨噬细胞的来源和功能，特别是在子宫内膜修复和纤维化中的作用	正常子宫内膜和宫腔粘连(IUA)患者的子宫内膜组织	生殖医学	宫腔粘连	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，涉及正常子宫内膜和IUA患者样本
103	2025-07-03	Mosaic loss of chromosome Y in blood is associated with male susceptibility for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-28, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00966-9 PMID:40581694	研究论文	探讨男性特发性肺纤维化（IPF）中Y染色体嵌合缺失（mLOY）与疾病易感性及严重性的关联	首次在人类中验证mLOY通过上调促纤维化基因和增强TGF-β信号通路加剧IPF的机制，此前仅在鼠类模型中发现	研究主要基于流行病学和临床数据集，未进行实验验证mLOY与IPF的直接因果关系	揭示男性IPF发病率高于女性的生物学机制	男性IPF患者及血液中检测到mLOY的个体	医学遗传学	特发性肺纤维化（IPF）	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因组数据、临床数据	UK Biobank及两个队列中的男性受试者
104	2025-07-03	Multi-omics analysis of polyamine metabolism implicates NT5E/CD73 in the progression of pancreatic cancer 2025-Jun-27, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217887 PMID:40582491	研究论文	通过多组学分析探究多胺代谢在胰腺癌进展中的作用，并鉴定NT5E/CD73作为关键调控基因	首次系统性地通过多组学方法（包括转录组和单细胞RNA测序）分析多胺代谢在胰腺癌中的作用，并开发了基于多胺代谢的预后模型（PMscore）	研究主要基于体外和体内功能实验，临床转化潜力尚需进一步验证	探究多胺代谢在胰腺导管腺癌（PDAC）中的全面作用和临床意义	胰腺导管腺癌（PDAC）及其肿瘤微环境（TME）	肿瘤代谢	胰腺癌	bulk transcriptomics, scRNA-seq, 随机森林算法	随机森林算法	转录组数据	未明确提及具体样本数量
105	2025-07-03	CCR1hi/CCL5hi macrophage-mediated CCL5hi T cell chemotaxis in salivary gland aggravates Sjögren's syndrome 2025-Jun-27, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.06.076 PMID:40582566	research paper	该研究揭示了CCR1hi/CCL5hi巨噬细胞通过CCL5介导的T细胞趋化作用在唾液腺中加剧干燥综合征(SS)的发病机制	首次揭示了CCR1hi/CCL5hi巨噬细胞通过CCL5介导的T/B细胞顺序浸润在SS发病中的关键作用，并提出了CCR1/CCL5作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证仍需扩大样本量	探究CCR1/CCL5在唾液腺淋巴细胞浸润和SS进展中的作用	干燥综合征患者和NOD小鼠的唾液腺组织	免疫学	干燥综合征	scRNA-seq, bulk RNA-seq, mIF	NOD小鼠模型	RNA测序数据, 免疫荧光图像	SS患者和NOD小鼠的唾液腺组织样本
106	2025-07-03	The progress and trends of the mechanism of cardiopulmonary bypass-associated acute lung injury: A narrative review 2025-Jun-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000043019 PMID:40587734	综述	本文综述了心肺转流相关急性肺损伤机制的研究进展与趋势	提出未来研究应聚焦于炎症关键靶点（如中性粒细胞、巨噬细胞和糖萼细胞外衣）及先进技术（如基因编辑和单细胞测序）的应用	未提及具体研究数据或实验验证	揭示心肺转流相关急性肺损伤的潜在机制并寻找有效防治策略	心肺转流相关急性肺损伤的机制	临床医学	心血管疾病	基因编辑、单细胞测序	NA	NA	NA
107	2025-07-03	Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids 2025-Jun-27, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041 PMID:40592324	研究论文	通过共分化中胚层和内胚层在同一个球体中，实现了从诱导多能干细胞（iPSCs）生成血管化的肺和肠道类器官	利用BMP信号调节内胚层与中胚层的比例，生成具有组织特异性的内皮和上皮祖细胞，揭示了内皮特异性驱动的关键配体	NA	研究人类器官发生和疾病中复杂的细胞间通讯	肺和肠道类器官	干细胞与再生医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
108	2025-07-03	Targeting Annexin A2 to reactivate tumor-associated antigens presentation and relieve immune tolerance in liver cancer 2025-Jun-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011716 PMID:40571481	研究论文	本研究探讨了靶向Annexin A2在肝癌中重新激活肿瘤相关抗原呈递和缓解免疫耐受的作用	揭示了Annexin A2在肿瘤相关抗原呈递和免疫逃逸中的新机制，并验证了其作为癌症免疫治疗靶点的可行性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索肝癌免疫逃逸的分子机制并寻找干预措施	肝癌细胞和CD8+ T细胞	癌症免疫治疗	肝癌	CRISPR-Cas9基因敲除、单细胞测序、免疫共沉淀结合液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)	化学和基因诱导的原发性肝癌模型、原位植入肝肿瘤模型	测序数据、质谱数据、细胞实验数据	未明确说明具体样本数量，使用了多种肝癌模型和体外实验
109	2025-07-03	Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes 2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426339122 PMID:40526717	研究论文	该研究揭示了Sp140L作为一种限制因子，在抑制疱疹病毒转录和激活干扰素刺激基因中的作用	首次发现Sp140L作为限制因子在抗疱疹病毒免疫反应中的作用，并揭示其与干扰素无关的先天免疫反应机制	研究主要聚焦于EB病毒和疱疹病毒saimiri，对其他DNA病毒的适用性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制以及宿主限制因子的作用	EB病毒(EBV)和疱疹病毒saimiri	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	EBNA-LP敲除模型	RNA测序数据	EBNA-LP敲除感染的B细胞
110	2025-07-03	Cell-specific nanoengineering strategy to disrupt tolerogenic signaling from myeloid-derived suppressor cells and invigorate antitumor immunity in pancreatic cancer 2025-Jun-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04096-y PMID:40549154	research paper	开发了一种纳米工程策略，特异性靶向PMN-MDSCs，以破坏其免疫抑制信号并增强胰腺癌的抗肿瘤免疫	利用CXCR2作为PMN-MDSC特异性靶点，设计了CXCR2-NP纳米颗粒，实现了对PMN-MDSCs的特异性药物递送，避免了系统性抑制的副作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性	开发一种特异性靶向PMN-MDSCs的纳米工程策略，以克服系统性抑制的局限性并增强抗肿瘤免疫	胰腺导管腺癌（PDAC）中的PMN-MDSCs	纳米医学	胰腺癌	单细胞RNA测序，流式细胞术，纳米颗粒工程	KPC小鼠模型	RNA测序数据，流式细胞数据，体内外实验数据	人类和小鼠PDAC样本，治疗初治PDAC患者的外周血细胞
111	2025-07-03	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages 2025-Jun-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08387-z PMID:40550904	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类多个组织及炎症条件下，分析了脂质相关巨噬细胞（LAMs）的多样性，定义了共享的LAM转录特征及组织特异性基因程序	首次在多组织和炎症条件下系统分析LAMs的转录特征，发现其标记基因在人类炎症中高度保守，为LAMs在疾病中的治疗干预提供了分子靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	揭示脂质相关巨噬细胞在不同组织和炎症条件下的转录特征，为相关疾病治疗提供靶点	小鼠和人类多个组织中的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	免疫学	动脉粥样硬化, 肥胖症, 代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多组织来源的小鼠和人类样本（具体数量未明确说明）
112	2025-07-03	Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf600 PMID:40598893	研究论文	本研究探讨了脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA）在脑脊液中注射后在大脑中的传输路径及细胞类型依赖性基因沉默效果	开发了一种新型脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA），在脑脊液中注射后能有效传输至全脑，并在单次注射后5个月内实现持久基因沉默且无毒性	研究主要基于小鼠和大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索脂质-siRNA共轭物在大脑中的传输机制及其在神经系统疾病治疗中的应用潜力	小鼠和大鼠的大脑组织	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠和大鼠模型
113	2025-07-03	Spatial and genomic profiling of residual breast cancer after neoadjuvant chemotherapy unveil divergent fates for each breast cancer subtype 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102164 PMID:40482645	研究论文	通过单细胞空间转录组学和基因组分析，研究乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征	揭示了不同乳腺癌亚型在新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征，以及这些特征如何影响预后	研究仅针对乳腺癌，未涉及其他癌症类型	探索乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征及其对预后的影响	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞空间转录组学、基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
114	2025-07-03	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188 PMID:40499545	研究论文	通过多组学分析揭示食管腺癌的肿瘤微环境特征、恶性细胞程序及其与临床结果的关系	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，同时预测了这些细胞与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在更大规模的队列中进行验证	理解食管腺癌的异质性、疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组测序、染色质可及性测序、空间分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
115	2025-07-03	Positionally distinct interferon-stimulated dermal immune-acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet syndrome 2025-Jun-16, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.029 PMID:40516577	研究论文	该研究通过单细胞和批量转录组学分析，揭示了Sweet综合征皮肤中的干扰素特征及其在成纤维细胞中的表达，阐明了该疾病中中性粒细胞浸润的分子机制	首次在Sweet综合征皮肤中鉴定出显著的干扰素特征，并发现位置不同的干扰素激活成纤维细胞亚群在疾病发病机制中的作用	研究样本来自存档的临床皮肤样本，可能影响细胞活性分析；样本量未明确说明	明确Sweet综合征患者皮肤的细胞和分子特征	Sweet综合征患者、坏疽性脓皮症患者和健康对照者的皮肤样本	皮肤病理学	Sweet综合征	单细胞转录组学、批量转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
116	2025-07-03	Gene Spatial Integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本文提出了一种名为Gene Spatial Integration (GSI)的深度学习方法，用于增强空间转录组学分析，通过整合多个ST数据并解决批次效应问题	利用表示学习方法提取基因的空间分布特征，并将其与基因表达特征整合到同一特征空间，同时解决了批次效应问题	方法仅在人类DLPFC数据集上进行了验证，未在其他组织或疾病类型中测试	提高空间转录组学数据分析的性能，特别是基因空间分布特征的利用	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	Autoencoder	基因表达数据	人类DLPFC数据集（具体样本包括151673和151672）
117	2025-07-03	EZH2 inhibition and 5-azacytidine enhance antitumor immunity in PTEN-deficient glioblastoma by activation viral mimicry response 2025-Jun-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011650 PMID:40514071	研究论文	本研究探讨了PTEN缺陷型胶质母细胞瘤(GBM)中EZH2抑制和5-氮杂胞苷通过激活病毒模拟反应增强抗肿瘤免疫的机制	首次揭示了PTEN缺陷通过ERV-MAVS-IFN通路失调抑制I型干扰素反应的机制，并开发了EZH2i联合5-AZA的新型联合疗法	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索PTEN缺陷型GBM免疫逃逸机制并开发新型免疫治疗策略	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序、表观遗传调控分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量
118	2025-07-03	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jun-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的新功能，填补了该领域的研究空白	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型
119	2025-07-03	A single-cell RNA-seq dataset of synovial fluid from rheumatoid arthritis treated with TNF-α/JAK inhibitor 2025-Jun-10, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05339-4 PMID:40494845	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了类风湿关节炎患者在接受TNF-α/JAK抑制剂治疗前后的滑液样本	首次对TNF-α和JAK抑制剂在类风湿关节炎治疗中的单细胞水平影响进行了全面分析，并提供了治疗前后的配对比较数据	研究仅关注滑液样本，未涉及滑膜组织等其他可能相关的组织类型	探索TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎的治疗机制，并寻找新的治疗靶点	类风湿关节炎患者的滑液样本	数字病理学	类风湿关节炎	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	100,387个高质量细胞
120	2025-07-03	Single-Cell RNA Sequencing of Rabbit Sclera at Different Developmental Stages: Unveiling Scleral Cells Atlas and the Heterogeneity of Fibroblasts 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.83 PMID:40576432	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了兔巩膜发育的单细胞转录组图谱，揭示了成纤维细胞的异质性、分化轨迹、基质体表达模式及细胞间通讯	首次构建兔巩膜发育的单细胞图谱，揭示成纤维细胞异质性及跨物种保守特征	研究仅针对新西兰兔，未验证其他物种或临床样本的普适性	阐明巩膜成纤维细胞的异质性及其在发育过程中的分子特征	新西兰兔胚胎期25天及出生后7天、21天、180天的巩膜组织	单细胞转录组学	近视	scRNA-seq	Seurat/VIA/CellChat/AUCell/CACIMAR/hdWGCNA	单细胞转录组数据	4个发育时间点（E25/P7/P21/P180）的新西兰兔巩膜组织