单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-03	Pan-cancer analysis and validation of NT5DC2: emphasizing its prognostic significance and immunological role in TNBC 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02995-1 PMID:40591089	研究论文	本研究通过泛癌分析和实验验证，探讨了NT5DC2在多种癌症中的预后意义及其在三阴性乳腺癌（TNBC）中的免疫学作用	首次全面评估NT5DC2在多种癌症中的预后价值，并揭示其在TNBC中通过MIF信号通路调控免疫细胞行为的机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明NT5DC2在多种癌症中的作用，并确认其在TNBC中的致癌意义	多种癌症类型，特别关注三阴性乳腺癌（TNBC）	肿瘤学	三阴性乳腺癌	基因表达谱分析、单细胞RNA测序、免疫浸润分析、GSEA、体外实验	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	多个数据库的癌症样本（具体数量未说明）
42	2025-07-03	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis establishes a cancer associated fibroblast-related signature for predicting prognosis and therapeutic responses in neuroblastoma 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03023-y PMID:40591170	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析，建立了一个与癌症相关成纤维细胞相关的特征，用于预测神经母细胞瘤的预后和治疗反应	构建了一个八基因的CAF相关预后特征，并验证了其作为独立预后指标的有效性，为抗CAF免疫治疗策略提供了新的基因组证据	样本量较小，仅包含8个神经母细胞瘤样本的scRNA-seq数据	预测神经母细胞瘤的预后和治疗反应	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫组化	LASSO回归分析	RNA测序数据	8个神经母细胞瘤样本的scRNA-seq数据，以及来自GEO、TCGA和ArrayExpress数据库的批量基因表达数据
43	2025-07-03	Integrating single-cell sequencing analysis, bioinformatics analysis, and Mendelian randomization analysis to explore FABP4 prediction of prognosis and immune microenvironment in patients with lung squamous cell carcinoma 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02774-y PMID:40591173	研究论文	通过单细胞测序分析、生物信息学分析和孟德尔随机化分析，探索FABP4在肺鳞癌患者预后和免疫微环境中的预测作用	首次通过多种分析方法明确了FABP4在肺鳞癌发生和预后中的作用，为未来肺鳞癌的预防和治疗提供了重要依据	未提及具体样本量，可能影响结果的普遍性	寻找能预测肺鳞癌发病、患者预后及肿瘤微环境中巨噬细胞浸润的‘明星’分子FABP4	肺鳞癌患者及其肿瘤微环境	生物信息学	肺癌	单细胞测序分析、生物信息学分析、孟德尔随机化分析	NA	测序数据	NA
44	2025-07-03	ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data 2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060 PMID:40591481	research paper	本文提出了一种名为ScReNI的新算法，用于通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）数据推断单细胞水平的基因调控网络	ScReNI算法通过整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，利用最近邻算法和修改后的随机森林推断基因表达与染色质可及性之间的非线性调控关系，能够分析配对和非配对数据集，并在基于网络的细胞聚类中表现出更高的准确性	NA	开发一种能够推断单细胞特异性调控网络的新算法	单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	随机森林	单细胞测序数据	NA
45	2025-07-03	LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data 2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056 PMID:40591483	研究论文	介绍了一种名为LEGEND的计算方法，用于整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，以识别共表达基因	LEGEND是一种新颖的计算方法，首次整合了scRNA-seq和SRT数据，采用创新的层次聚类算法，最大化簇内冗余和簇间互补性，从而更有效地捕捉基因共表达和空间一致性的细微模式	未明确提及具体限制，但可能包括数据整合的复杂性和计算资源需求	揭示生物或病理过程中共功能基因的共表达模式	共表达基因	生物信息学	NA	scRNA-seq, SRT	层次聚类算法	转录组数据	NA
46	2025-07-03	Cardiac fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development in the murine heart via the collagen signaling pathway 2025-Jul-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102305 PMID:40591485	研究论文	本研究通过RNA染色和单细胞mRNA测序技术，揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状动脉血管发育的机制	首次系统性地揭示了心脏成纤维细胞在心脏发育过程中通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究心脏成纤维细胞在心脏发育过程中的功能及其分子机制	小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、白喉毒素A(DTA)消融系统	小鼠发育模型	基因表达数据、单细胞测序数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织
47	2025-07-03	Klf5-adjacent super-enhancer functions as a 3D genome structure-dependent transcriptional driver to safeguard ESC identity 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60389-x PMID:40592854	研究论文	本研究揭示了Klf5邻近超级增强子（K5aSE）通过3D基因组结构依赖的转录驱动机制保护胚胎干细胞（ESC）身份	首次揭示了K5aSE通过染色质环激活远端基因，并通过CTCF介导的TADs维持其活性，协调转录因子相互作用和多基因调控	研究主要基于体外ESC模型，体内功能验证不足	阐明超级增强子和主转录因子在维持胚胎干细胞身份中的调控机制	小鼠胚胎干细胞（ESC）	表观遗传学	NA	多组学数据整合（H3K27ac、Hi-C、scRNA-seq）、CRISPRa、3D基因组筛选	NA	基因组学数据、转录组数据	NA
48	2025-07-03	Identification of pyroptosis related genes and subtypes in atherosclerosis using multiomic and single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04398-2 PMID:40592922	研究论文	本研究通过多组学和单细胞分析识别了与动脉粥样硬化相关的细胞焦亡基因及其亚型	整合了转录组学、单细胞RNA测序和机器学习，识别并优先考虑了与细胞焦亡相关的基因，并验证了TREM2在动脉粥样硬化中的双重作用	研究结果需要在更大规模的临床样本中进一步验证	探索细胞焦亡在动脉粥样硬化中的分子机制和治疗潜力	动脉粥样硬化患者及体外和体内模型	生物信息学	心血管疾病	转录组学、单细胞RNA测序、机器学习	NA	转录组数据、单细胞数据	内部和外部数据集中的动脉粥样硬化患者样本
49	2025-07-03	miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08646-3 PMID:40593296	研究论文	本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别出miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素	利用miRNA中心的调控网络结合调节组数据，构建了预测性能优越的转移预测模型（AUC 0.805），并首次揭示了miR-27b通过负调控FN1表达影响转移的机制	研究样本量虽然较大（333例），但仍需更多独立队列验证模型的普适性	阐明HPV阴性头颈部鳞癌转移的调控机制并开发预测模型	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	肿瘤基因组学	头颈部鳞癌	转录组测序、单细胞RNA-seq	miRNA调控网络模型	RNA-seq数据	333例HPV阴性HNSC肿瘤样本
50	2025-07-03	Integrated eQTL-pQTL Mendelian randomization and single-cell sequencing reveal therapeutic targets in ovarian clear cell cancer 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03043-8 PMID:40593373	研究论文	通过整合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术，探索卵巢透明细胞癌的治疗靶点	结合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术，首次在卵巢透明细胞癌中鉴定出潜在的治疗靶点PPP1R14A和PTGS2	研究结果需要进一步的实验验证和机制阐明	寻找卵巢透明细胞癌的新治疗靶点	卵巢透明细胞癌(OCCC)	基因组学	卵巢癌	eQTL-pQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞测序、药物筛选、分子对接	NA	基因组数据、单细胞测序数据	来自eQTLGen consortium和deCODE的大规模GWAS队列数据，以及GEO数据库中的单细胞测序数据
51	2025-07-03	Spatially resolved C1QC+ macrophage-CD4+ T cell niche in colorectal cancer microenvironment: implications for immunotherapy response 2025-Jul-01, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-025-00811-2 PMID:40593467	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了结直肠癌微环境中C1QC+巨噬细胞与CD4+ T细胞的空间相互作用及其对免疫治疗反应的影响	首次构建了包含314,774个细胞的空间免疫图谱，揭示了C1QC+组织驻留巨噬细胞与CD4+ T细胞共定位对免疫治疗反应的调控机制	样本量相对有限（空间转录组仅9例），且仅针对转移性结直肠癌患者	探究结直肠癌微环境空间特征与免疫治疗反应的关系	转移性结直肠癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	成像质谱流式技术、空间蛋白质组学、空间转录组学、单细胞RNA测序、全基因组筛选	NA	空间多组学数据、单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据、蛋白质组数据	成像质谱流式50例、空间蛋白质组50例、空间转录组9例
52	2025-07-03	Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60704-6 PMID:40593535	研究论文	本文研究了肌腱外膜来源的祖细胞在肌腱损伤后对纤维化和再生过程的空间依赖性影响	首次明确了肌腱外膜是肌腱损伤后纤维化和再生过程中重要祖细胞的主要来源，并通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术进行了验证	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肌腱损伤后纤维化和再生过程的细胞机制	小鼠和人类肌腱组织	组织再生医学	肌腱损伤	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、组织图像数据	小鼠模型和人类瘢痕组织样本（具体数量未明确说明）
53	2025-07-03	Production of live monkeys and their genetically matched embryonic stem cells from single embryos 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60694-5 PMID:40593544	研究论文	该研究成功从单个胚胎中培育出活猴及其基因匹配的胚胎干细胞，为再生医学提供了新的研究模型	首次通过胚胎分裂技术同时获得活猴及其基因匹配的自体胚胎干细胞，并比较了不同类型干细胞的特性	研究样本量较小，仅涉及三只猴子，且人类胚胎干细胞的应用潜力仍需进一步验证	开发基因匹配的胚胎干细胞用于再生医学	非人灵长类动物（猴子）和人类胚胎	再生医学	NA	胚胎分裂技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三只活猴及其干细胞
54	2025-07-03	An improved reference library and method for accurate cell-type deconvolution of bulk-tissue miRNA data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60521-x PMID:40593558	研究论文	本文介绍了一种改进的参考库和方法，用于准确解卷积批量组织miRNA数据的细胞类型	开发了一种新的miRNA表达参考库和解卷积工具，用于复杂组织的细胞类型组成估计	当前单细胞RNA-Seq协议在miRNA表达定量方面滞后，且大多数miRNA分析样本缺乏匹配的mRNA表达或DNA甲基化数据	开发计算方法来估计批量组织miRNA数据的细胞类型比例	miRNA数据	生物信息学	人类癌症、COVID-19	RNA-Seq	NA	miRNA表达数据	NA
55	2025-07-03	Different tumour-resident memory T-cell subsets regulate responses to anti-PD-1 and anti-CTLA-4 cancer immunotherapies 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60657-w PMID:40593647	research paper	该研究探讨了肿瘤驻留记忆T细胞亚群在抗PD-1和抗CTLA-4癌症免疫治疗中的作用	揭示了CD49aCD4 T细胞在抗CTLA-4治疗中的关键作用，并提出了其作为联合免疫治疗反应预测生物标志物的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大	阐明不同肿瘤驻留记忆T细胞亚群在免疫检查点抑制剂治疗中的作用机制	肿瘤驻留记忆T细胞（CD103CD8 T和CD49aCD4 T细胞）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序、多重免疫组化	小鼠模型	基因表达数据、免疫组化数据	临床前小鼠模型和人类黑色素瘤患者队列
56	2025-07-03	Axon targeting of transcriptionally distinct pioneer neurons is regulated by retinoic acid signaling 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61044-1 PMID:40593691	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼后侧线感觉神经元中先驱神经元和跟随神经元在转录水平上的差异，并发现视黄酸信号在先驱神经元轴突正确靶向中的关键作用	首次证明先驱神经元与跟随神经元存在转录差异，并揭示视黄酸信号下调对先驱神经元轴突靶向的关键调控机制	研究仅针对斑马鱼后侧线感觉神经系统，结论在其他神经系统中的普适性有待验证	探究神经系统发育过程中先驱神经元与跟随神经元的分子差异及其轴突导向机制	斑马鱼后侧线感觉神经元（先驱神经元和跟随神经元）	神经发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	斑马鱼后侧线感觉神经元群体（未明确具体数量）
57	2025-07-03	α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61167-5 PMID:40593693	研究论文	本研究阐明了尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）在人类皮层发育过程中对祖细胞和放射状胶质细胞（RG）的作用	揭示了CHRNA7和人类特有的CHRFAM7A在SOX2+祖细胞和神经元中的表达模式，以及nAChR激活对RG增殖和神经元分化的影响	研究主要基于体外实验，可能无法完全反映体内情况	探究尼古丁乙酰胆碱受体在人类皮层发育中的细胞机制	人类皮层发育中的祖细胞和放射状胶质细胞	神经科学	神经发育疾病	单细胞RNA测序、器官型切片培养	NA	基因表达数据	NA
58	2025-07-03	Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61375-z PMID:40593761	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，对代谢RNA标记技术进行了基准测试，以优化基因表达动态的测量	首次对十种化学转化方法进行了全面比较，并优化了在斑马鱼胚胎细胞中的应用，提高了合子基因的检测能力	研究仅基于Drop-seq平台和斑马鱼胚胎细胞，可能不适用于其他平台或生物系统	优化代谢RNA标记技术在高通量单细胞RNA测序中的应用，以提高基因表达动态的测量精度	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）	单细胞RNA测序	NA	代谢RNA标记技术、高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）
59	2025-07-03	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61149-7 PMID:40593827	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的路径间串扰	提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC路径间的串扰，填补了现有方法在此领域的空白	NA	分析细胞间通讯诱导的调控网络，特别是路径间的串扰	单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯路径	生物信息学	NA	scRNA-seq	超图学习	单细胞RNA测序数据	NA
60	2025-07-03	GPerturb: Gaussian process modelling of single-cell perturbation data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61165-7 PMID:40593897	研究论文	本文介绍了一种基于高斯过程的稀疏扰动回归模型GPerturb，用于估计单细胞水平上的基因扰动效应	GPerturb采用加性结构分离信号与噪声，能够从离散和连续响应中捕获稀疏、可解释的效应，并提供扰动效应存在和强度的不确定性估计	NA	揭示基因表达与扰动之间的复杂依赖关系，增进对单细胞水平基因调控的理解	单细胞RNA测序和CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR筛选	高斯过程模型	基因表达数据	模拟和真实世界数据集