单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-03	Systematic screening of metabolic pathways to identify two breast cancer subtypes with divergent immune characteristics 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05179-7 PMID:40594370	研究论文	通过系统筛选代谢途径，识别出两种具有不同免疫特征的乳腺癌亚型	建立了基于代谢途径分析的乳腺癌代谢分型系统（BCMSS），揭示了乳腺癌在代谢特征、免疫特性、临床预后和药物敏感性方面的异质性	研究依赖于已有的转录组数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	识别乳腺癌的代谢亚型，并研究其与免疫特征、临床预后和药物敏感性的关系	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, spRNA-seq	随机森林分类	转录组数据	TCGA BRCA发现队列（n=1094）和9个独立转录组队列（总n>4000）
62	2025-07-03	Single cell sequencing and computational findings reveal anti-estrogen receptor-positive breast cancer roles of formononetin 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06133-3 PMID:40594685	研究论文	本研究通过单细胞测序和计算生物学方法揭示了染料木素在抗雌激素受体阳性乳腺癌中的作用	首次在单细胞水平上使用系统生物学方法研究染料木素的靶点及其抗ER阳性乳腺癌的机制	缺乏单细胞水平的药物发现研究	探究染料木素在ER阳性乳腺癌中的靶点和分子机制	ER阳性乳腺癌细胞和正常乳腺组织	计算生物学	乳腺癌	单细胞测序、网络药理学	NA	基因表达数据	多种细胞类型（基质细胞、上皮细胞、成纤维细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和巨噬细胞）的差异表达基因分析
63	2025-07-03	Causal effects of brain subregion gene expression on inflammatory bowel diseases revealed by Mendelian randomization and single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08633-8 PMID:40594700	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞分析揭示脑部亚区基因表达对炎症性肠病的因果影响	整合多组学数据（脑部、肠道单细胞RNA测序和基因组eQTLs）识别关键基因的细胞来源，并发现多个脑区与IBD的显著关联	eQTL样本量对显著关联的检测有显著影响（r=0.53-0.90），跨组织直接定量比较需谨慎解释	探究脑-肠轴在IBD发病机制中的作用	炎症性肠病（IBD，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病）	基因组学	炎症性肠病	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、PheWAS	NA	基因组eQTLs、单细胞RNA测序数据	多个独立队列（IIBDGC、UKB、FinnGen）
64	2025-07-03	Single-cell RNA-seq analysis of mouse carotid artery under disturbed flow and human carotid plaques identifies key cell populations in atherosclerosis development 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07395-7 PMID:40594772	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠颈动脉在扰动血流和人类颈动脉斑块中的细胞群，揭示了动脉粥样硬化发展的关键细胞群	首次系统性地阐明了扰动血流下细胞群的功能变化，并识别了CD36阳性内皮细胞、VEGFA巨噬细胞和外膜成纤维细胞在动脉粥样硬化中的关键作用	研究依赖于公共数据库数据，可能受限于原始数据的质量和样本量	探究扰动血流如何加剧动脉粥样硬化的发展	小鼠颈动脉和人类颈动脉斑块	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, GSEA, GO, scFEA, CellChat, Cytosig	NA	RNA测序数据	多个公共数据库数据集(GSE159677, GSE43292, GSE163154, GSE41571, PRJNA722117)
65	2025-07-03	Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06241-0 PMID:40594834	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的破坏	首次在肝转移癌中揭示了NK-T细胞相互作用网络的功能意义及其通过CD48-CD244和TNF-TNFR信号通路激活NK细胞抗肿瘤活性的机制	研究样本来自多种癌症类型，可能限制了特定癌症类型中NK-T细胞相互作用的深入分析	探索肝转移癌中NK细胞和T细胞的相互作用网络及其功能影响	鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌的肝转移组织和邻近组织	数字病理学	肝转移癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多种癌症类型的肝转移组织和邻近组织样本
66	2025-07-03	Identification of clusters related to programmed cell death and potential prognostic biomarkers for immunotherapy response in endometrial cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06672-9 PMID:40595063	研究论文	本研究通过整合多种程序性细胞死亡（PCD）通路和多组学数据，识别了子宫内膜癌（EC）中与免疫治疗反应相关的预后生物标志物	发现了两个具有不同预后、肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的EC亚组，并建立了一个基于7个关键PCD相关基因的新型预后评分系统（RS）	当前预测免疫治疗反应和预后的方法和生物标志物仍然有限	探索子宫内膜癌中程序性细胞死亡通路与免疫治疗反应及预后的关系	子宫内膜癌患者	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序分析	NA	多组学数据	来自TCGA-EC和GEO数据库的数据
67	2025-07-03	Potential role of TNFRSF12A in linking glioblastoma and alzheimer's disease via shared tumour suppressor pathways 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08000-7 PMID:40595248	研究论文	本研究通过整合分析探讨了肿瘤抑制基因TNFRSF12A在胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病中的潜在共同作用机制	首次发现TNFRSF12A基因在胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病中的共同失调，并验证其与免疫相关通路及疾病相关转录程序的关联	仅进行了部分功能验证，需要进一步的机制研究	探索肿瘤抑制基因在神经退行性疾病和癌症中的共同分子机制	胶质母细胞瘤(GBM)和阿尔茨海默病(AD)	生物医学	胶质母细胞瘤,阿尔茨海默病	孟德尔随机化,转录组分析(批量RNA-seq和单细胞RNA-seq),细胞间通讯推断,体外验证	NA	转录组数据	1,217个肿瘤抑制基因的筛选
68	2025-07-03	Reprogramming of human urine cells into cardiomyocytes via a small molecule cocktail in xeno-free conditions 2025-Jul-01, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00963-y PMID:40595290	研究论文	研究通过小分子鸡尾酒法在无外源条件下将人类尿液细胞重编程为心肌细胞	首次在无外源条件下使用15种小分子鸡尾酒将人类尿液细胞直接重编程为功能性心肌细胞样细胞	重编程效率仍有提升空间(30天15.08%)，且仅在小鼠和猪心肌梗死模型中验证了治疗效果	开发一种可扩展的自体细胞来源用于心脏修复的再生疗法	人类尿液来源细胞(hUCs)及其重编程产物心肌细胞样细胞(hCiCMs)	再生医学	心血管疾病	小分子重编程技术、单细胞RNA测序、膜片钳记录、细胞内钙离子测量	NA	基因表达数据、电生理数据、影像数据	人类尿液细胞样本，并在小鼠和猪心肌梗死模型中进行验证
69	2025-07-03	Single-cell transcriptomics reveals BMP4-BMPR2 signaling promotes radiation resistance in hematopoietic stem cells following injury 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60557-z PMID:40595466	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了BMP4-BMPR2信号通路在造血干细胞辐射抗性中的作用	首次揭示了BMP4-BMPR2信号通路在造血干细胞辐射抗性中的关键作用，并发现BMPR2 HSCs是一个具有辐射抗性的亚群	研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证	探索造血干细胞在辐射损伤后的异质性及其分子机制	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)及骨髓微环境	单细胞转录组学	辐射损伤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠模型
70	2025-07-03	Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60882-3 PMID:40595535	研究论文	本文介绍了一种名为spatial FFPE-ATAC-seq的新方法，用于在存档的FFPE组织中原位分析染色质可及性	克服了福尔马林诱导的交联挑战，实现了染色质景观的高分辨率映射，同时保留了组织结构	NA	开发一种新方法以解锁存档FFPE样本在表观基因组研究中的潜力	小鼠和人类组织（包括脑和胸腺）以及人类黑色素瘤	表观基因组学	黑色素瘤	spatial FFPE-ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	染色质可及性数据, RNA测序数据	小鼠和人类组织样本，包括脑、胸腺和人类黑色素瘤样本
71	2025-07-03	Facilitate integrated analysis of single cell multiomic data by binarizing gene expression values 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60899-8 PMID:40595539	研究论文	本文提出了一种通过二值化基因表达值来促进单细胞多组学数据整合分析的方法	直接拼接二值化的scRNA-seq数据和标准scATAC-seq数据，结合TF-IDF和LSI算法进行垂直整合聚类分析，无需将scATAC-seq数据转换为基因活性分数	仅适用于使用配对多组学技术收集的两种数据模态	促进单细胞多组学数据的整合分析	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, TF-IDF, LSI	NA	基因表达数据	NA
72	2025-07-03	Single cell transcriptomics of human kidney organoid endothelium reveals vessel growth processes and arterial maturation upon transplantation 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00418-x PMID:40595660	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析人类肾脏类器官内皮细胞，揭示了移植后血管生长过程和动脉成熟	首次使用单细胞RNA测序技术分析移植后肾脏类器官内皮细胞的分子景观，并发现静脉到动脉的表型转变	研究仅基于鸡胚胎移植模型，可能不完全反映人类体内情况	探索人类肾脏类器官血管化的分子机制	人类诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官内皮细胞	单细胞转录组学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	约12,000个类器官内皮细胞
73	2025-07-03	Unraveling the role of HIF2α in melanoma progression and epithelial-mesenchymal transition 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02384-2 PMID:40595758	研究论文	本研究探讨了HIF2α在黑色素瘤进展和上皮-间质转化(EMT)中的作用	首次系统性地研究了HIF2α在黑色素瘤中的功能，揭示了其通过调节肿瘤微环境和相关代谢途径促进肿瘤进展的机制	研究主要基于体外实验，需要更多体内实验验证	阐明HIF2α在黑色素瘤进展中的分子机制	黑色素瘤患者样本和A375细胞系	肿瘤生物学	黑色素瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、实时PCR	NA	基因表达数据	未明确说明患者样本数量，使用A375细胞系
74	2025-07-03	Modulating immune-stem cell crosstalk enables robust bone regeneration via tuning compositions of macroporous scaffolds 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00421-2 PMID:40595820	研究论文	本研究通过调节巨噬细胞与间充质干细胞之间的相互作用，开发了一种具有可调比例的明胶和硫酸软骨素的宏观多孔微带支架，实现了无需外源生长因子或细胞的快速内源性骨再生	首次报道了通过调节免疫-干细胞相互作用增强骨再生的潜力，并开发了具有特定比例的Gel50_CS50宏观多孔微带支架	研究仅在小鼠临界尺寸骨缺损模型中进行，尚未在更大型动物或人体中进行验证	探索通过调节免疫-干细胞相互作用增强骨再生的方法	巨噬细胞(Mφ)和间充质干细胞(MSC)的相互作用	组织工程	骨缺损	单细胞测序(scRNAseq)和CellChat分析	3D MSC/Mφ共培养模型	基因表达数据	小鼠临界尺寸骨缺损模型
75	2025-07-03	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of Postn(+) fibroblasts in promoting the progression of myocardial fibrosis after myocardial infarction 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04990-6 PMID:40595870	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究Postn(+)成纤维细胞在心肌梗死后心肌纤维化进展中的潜在作用	发现了一个高度增殖的成纤维细胞亚群C1 Postn+ Fibroblasts，揭示了其在心肌纤维化中的关键作用及其与多种细胞的相互作用机制	需要进一步的实验验证Tead1和Hdac2作为抑制心肌纤维化的潜在靶点	探索心肌梗死后心肌纤维化的细胞机制及其与心力衰竭的关系	心肌梗死后心肌组织中的成纤维细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
76	2025-07-03	Leveraging autoencoder models and data augmentation to uncover transcriptomic diversity of gingival keratinocytes in single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08027-w PMID:40596529	研究论文	本研究利用自编码器模型和数据增强技术，探索牙龈角质形成细胞在单细胞水平上的转录组多样性	采用自编码器模型和数据增强技术揭示牙龈角质形成细胞的转录组多样性，发现其亚群和差异基因表达谱	研究仅基于GSE266897的单细胞RNA测序数据，可能受限于样本来源和数据质量	深入了解牙龈角质形成细胞的转录组多样性及其在牙周健康和炎症反应中的作用	牙龈角质形成细胞	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序	自编码器（AE）、变分自编码器（VAE）、去噪自编码器（DAE）	RNA-seq数据	GSE266897数据集中的单细胞RNA测序数据
77	2025-07-03	A novel necroptosis related prognostic signature for skin cutaneous melanoma based on transcriptome and single cell sequencing analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07829-2 PMID:40596554	研究论文	该研究基于转录组和单细胞测序分析，构建了一个与坏死性凋亡相关的皮肤黑色素瘤预后特征模型	首次在皮肤黑色素瘤中构建了基于坏死性凋亡相关基因的预后模型，并通过实验验证了关键基因TUFM的表达差异	研究样本主要来自公共数据库，缺乏更多独立队列验证	探索坏死性凋亡在皮肤黑色素瘤中的作用并建立预后预测模型	皮肤黑色素瘤患者和A375细胞系	数字病理学	皮肤黑色素瘤	转录组测序、单细胞测序、WGCNA、实时PCR	COX和LASSO回归模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的多个数据集（SKCM-TCGA、GSE65904、GSE215120）
78	2025-07-03	The Key Role of COA6 in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: Metabolic Reprogramming and Regulation of the Immune Microenvironment 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70685 PMID:40596639	research paper	本研究探讨了COA6在胰腺导管腺癌(PDAC)中的关键作用，特别是在代谢重编程和免疫微环境调控方面	首次揭示了COA6通过调控OXPHOS途径影响PDAC的肿瘤微环境并促进药物耐药性	需要进一步研究开发针对COA6的靶向治疗方法	探索COA6在PDAC中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	胰腺导管腺癌细胞系SW1990和PANC-1	肿瘤生物学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 药物预测, 分子对接	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	PDAC肿瘤组织与正常组织的比较
79	2025-07-03	Global Thyroid Cancer Patterns and Predictive Analytics: Integrating Machine Learning for Advanced Diagnostic Modelling 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70676 PMID:40596746	研究论文	本研究通过整合机器学习技术，探讨了甲状腺癌的分子特征和诊断标志物，以促进早期检测和靶向治疗的发展	揭示了甲状腺癌中髓系细胞介导的MIF和GALECTIN信号网络在肿瘤发展和免疫抑制中的关键作用，并开发了具有高区分能力的计算诊断算法	需要在更大规模和异质性患者群体中进行前瞻性验证以确认临床效用	提高对甲状腺癌分子发病机制的理解并开发先进的诊断模型	甲状腺癌标本	机器学习	甲状腺癌	定量PCR、ELISA、单细胞转录组学	惩罚回归模型（Ridge, Lasso）	基因表达数据、细胞因子浓度数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GSE27155数据集进行外部验证
80	2025-07-03	Ensemble machine learning-based pre-trained annotation approach for scRNA-seq data using gradient boosting with genetic optimizer 2025-Jul-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06151-y PMID:40596854	研究论文	提出一种基于集成机器学习的预训练注释框架，用于单细胞RNA测序数据的注释	整合梯度提升和遗传优化进行稳健特征选择，利用集成学习提高数据稀缺情况下的注释准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据的注释准确性和泛化能力	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	集成学习（梯度提升+遗传优化）	基因表达数据	未明确提及具体样本量