单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-14	MuCST: restoring and integrating heterogeneous morphology images and spatial transcriptomics data with contrastive learning 2025-Mar-13, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01449-1 PMID:40082941	research paper	提出了一种名为MuCST的多模态对比学习方法，用于整合空间转录组学数据，包括去噪、异质性消除和兼容特征学习	MuCST通过对比学习整合多模态空间转录组学数据，能够准确识别空间域，并适用于不同数据集平台	未提及具体的局限性	开发一种灵活的多模态对比学习方法，用于整合空间转录组学数据	空间转录组学数据，包括空间位置、组织学图像和转录谱	生物信息学	NA	对比学习	MuCST	图像、空间位置、转录谱	NA
82	2025-05-14	Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways 2025-Mar-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57667-z PMID:40069153	研究论文	本研究探讨了人类和大鼠气道中粘液纤毛清除的结构与功能关系，揭示了物种间的差异及其对清除效率的影响	通过单细胞转录组学和基于物理的建模，建立了评估人类气道功能的通用基准，并揭示了实验室培养物与人类气道在清除效率上的结构差异	研究主要基于女性大鼠和人类气道的比较，可能无法完全代表其他物种或性别的差异	研究人类和大鼠气道中粘液纤毛清除的结构与功能关系，以更好地理解气道疾病的特异性损伤	人类和雌性大鼠的气道	生物医学研究	慢性阻塞性肺病(COPD)和哮喘	单细胞转录组学和基于物理的建模	NA	生物样本数据和实验数据	NA
83	2025-05-14	Integrative single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies lactylation-related signature in osteosarcoma 2025-Mar-12, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01559-4 PMID:40072643	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别了与骨肉瘤中乳酸化相关的基因特征，旨在提高预后准确性和免疫治疗效果	首次整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别了与乳酸代谢密切相关的277个基因，并从中筛选出9个关键基因，这些基因在骨肉瘤患者的预后预测中表现出强大的预测能力	研究依赖于公共数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	阐明乳酸化相关基因在骨肉瘤中的作用，以提高预后准确性和免疫治疗效果	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq，批量RNA-seq	LASSO算法，uni-Cox回归	RNA-seq数据	NA
84	2025-05-14	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2025-Mar-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.95566 PMID:40073070	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术在酵母中绘制了eQTL图谱，揭示了生长与繁殖之间的权衡关系	开发了一种一锅法方法，通过单细胞RNA测序绘制eQTL图谱，并识别了等位基因特异性表达噪声和影响细胞周期进程的位点	研究仅基于酵母细胞，可能不直接适用于更复杂的生物系统	探索遗传变异对基因表达及其下游性状的影响	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据	超过100,000个单细胞，来自三个杂交系
85	2025-05-14	Heterogeneous cellular responses to hyperthermia support combined intraperitoneal hyperthermic immunotherapy for ovarian cancer mouse models 2025-Mar-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adp2124 PMID:40073154	研究论文	本研究探讨了高温腹腔化疗（HIPEC）在卵巢癌中的效果，并通过单细胞RNA测序分析了高温（HT）对肿瘤和微环境的同质和异质细胞反应	通过单细胞RNA测序和CUT&Tag技术揭示了HSF1在常温和高温下的差异结合程序和转录调控机制，并证实了HT与PD-L1阻断的联合抗肿瘤效果	研究结果基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中得到验证	探索高温腹腔化疗（HIPEC）在卵巢癌治疗中的效果及其与免疫治疗的联合应用	卵巢癌小鼠模型及肿瘤微环境中的细胞反应	肿瘤学	卵巢癌	单细胞RNA测序、CUT&Tag、RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
86	2025-05-14	Spatial transcriptomics of the epipharynx in long COVID identifies SARS-CoV-2 signalling pathways and the therapeutic potential of epipharyngeal abrasive therapy 2025-Mar-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92908-7 PMID:40074801	研究论文	通过空间基因表达分析研究长期COVID-19中咽部的关键作用及残留SARS-CoV-2 RNA对信号通路的影响，并探讨咽部摩擦疗法（EAT）对改善长期COVID症状的潜力	首次使用空间基因表达分析（Visium HD）研究长期COVID-19患者咽部残留SARS-CoV-2 RNA对信号通路的影响，并提出EAT作为一种潜在治疗方法	样本量较小（3名长期COVID患者和2名对照个体），需要更大规模研究验证结果	探究长期COVID-19中咽部的作用机制及潜在治疗方法	长期COVID-19患者和健康对照个体的咽部组织	空间转录组学	COVID-19	Visium HD空间基因表达分析	NA	空间基因表达数据	3名长期COVID患者和2名对照个体
87	2025-05-14	A dataset of single-cell transcriptomic atlas of Bama pig and potential marker genes across seven tissues 2025-Mar-12, BMC genomic data IF:1.9Q3 DOI:10.1186/s12863-025-01308-3 PMID:40075302	research paper	该研究利用单细胞和单核测序技术对巴马猪的多种解剖组织和器官进行了单细胞转录组学研究，识别了独特的标记基因及其转录组特征	首次在巴马猪中构建了跨七种组织的单细胞转录组图谱，并识别了潜在的标记基因	研究仅针对巴马猪，可能不适用于其他猪种或物种	通过单细胞转录组学研究巴马猪不同组织的细胞类型和标记基因	巴马猪的皮下脂肪、内脏脂肪、腰大肌、肝脏、脾脏、肺和肾脏	单细胞转录组学	NA	单细胞测序、单核测序	NA	转录组数据	巴马猪的七种组织
88	2025-05-14	A dynamic transcriptional cell atlas of testes development after birth in Hu sheep 2025-Mar-12, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02186-y PMID:40075363	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了湖羊出生后睾丸发育的动态转录细胞图谱	揭示了湖羊睾丸发育过程中精原细胞亚型的动态基因表达模式，以及支持细胞和间质细胞的成熟过程	研究仅针对湖羊这一大型动物模型，结果在其他物种中的普适性有待验证	探究大型动物睾丸发育过程中细胞增殖和成熟的调控机制	湖羊睾丸细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	近10万个细胞，覆盖7个发育阶段(出生、青春期前、青春期和成年期)
89	2025-05-14	Harnessing the power of traceable system C-GAP: homologous-targeting to fire up T-cell immune responses with low-dose irradiation 2025-Mar-12, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03281-6 PMID:40075499	研究论文	本研究开发了一种仿生纳米平台C-GAP，用于增强低剂量放疗的免疫治疗效果	开发了具有同源和可追踪靶向特性的C-GAP纳米平台，通过低剂量放疗增强免疫原性细胞死亡和系统性免疫激活	NA	探索安全有效的放射免疫治疗新方法	肿瘤微环境和免疫系统	纳米医学	癌症	单细胞RNA测序	NA	分子数据和免疫学数据	NA
90	2025-05-14	Spatial transcriptomics identifies novel Pseudomonas aeruginosa virulence factors 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100805 PMID:40081336	研究论文	本研究利用双重空间转录组学方法，同时捕获铜绿假单胞菌基因和宿主转录组的表达，揭示了感染角膜中病原体和宿主特异性基因表达的差异模式	结合细菌和宿主空间转录组学，发现了新的毒力介质PA2590，并开发了预测细菌负荷分布的岭回归模型	研究仅使用了小鼠眼部感染模型，可能不适用于其他感染模型或人类	研究宿主-病原体相互作用，识别新的铜绿假单胞菌毒力因子	铜绿假单胞菌和小鼠眼部感染模型	空间转录组学	眼部感染	空间转录组学	岭回归模型	转录组数据	小鼠眼部感染模型样本
91	2025-05-14	Single-cell profiling reveals the intratumor heterogeneity and immunosuppressive microenvironment in cervical adenocarcinoma 2025-Mar-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97335 PMID:40066698	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了宫颈腺癌（ADC）与鳞状细胞癌（SCC）在肿瘤免疫微环境（TIME）和肿瘤异质性方面的差异	发现ADC特有的Epi_10_CYSTM1上皮细胞亚群及其通过ALCAM-CD6信号招募调节性T细胞（Tregs）的机制，同时Tregs通过TGFβ信号诱导该亚群的干性特征	样本量较小（11例ADC和4例SCC），可能影响结果的普适性	探究宫颈腺癌与鳞癌在肿瘤微环境和异质性方面的差异	宫颈腺癌（ADC）和鳞状细胞癌（SCC）患者肿瘤组织	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	15例（11例ADC+4例SCC）
92	2025-05-14	Infusing structural assumptions into dimensionality reduction for single-cell RNA sequencing data to identify small gene sets 2025-Mar-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07872-9 PMID:40069486	研究论文	本文提出了一种称为提升自编码器（BAE）的方法，用于单细胞RNA测序数据的降维，并结合生物学假设来识别小基因集	结合无监督深度学习和提升方法，将生物学假设融入降维过程，并选择小基因集来解释潜在维度	未提及具体的数据集规模或实验验证的广泛性	改进单细胞RNA测序数据的降维方法，以更好地探索细胞异质性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器（BAE）	基因表达数据	未明确提及
93	2025-05-14	PTN activity in quiescent neural stem cells mediates Shank3 overexpression-induced manic behavior 2025-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57699-5 PMID:40069581	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了Shank3过表达导致的躁狂行为中静止神经干细胞（qNSC）的异常活动及其分泌的多效生长因子（PTN）在其中的关键作用	发现PTN作为由失调qNSCs释放的关键因子，在Shank3过表达小鼠模型中促进躁狂样表型，并提出了通过调节PTN活性治疗躁狂的新策略	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索躁狂发病机制中的分子靶点及潜在治疗方法	Shank3过表达的小鼠模型和静止神经干细胞（qNSC）	神经科学	精神疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	NA
94	2025-05-14	mpECs with high Piezo2 expression promote fracture healing by driving angiogenesis through the Notch signaling pathway 2025-Mar-11, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-025-08476-4 PMID:40069682	研究论文	研究探讨了高表达Piezo2的mpECs通过Notch信号通路促进血管生成从而加速骨折愈合的机制	首次发现Piezo2通过调节Notch信号通路影响内皮细胞表型并促进血管生成	研究主要基于体外实验(HUVECs)，需要进一步体内实验验证	探索促进骨折愈合的血管生成机制	内皮细胞亚群(mpECs)和人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)	细胞生物学	骨折	scRNA-seq, shRNA转染, CCK-8检测, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
95	2025-05-14	Single-cell analysis identifies MKI67+ microglia as drivers of neovascularization in proliferative diabetic retinopathy 2025-Mar-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06320-w PMID:40069725	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术识别了一种新型小胶质细胞亚群MKI67+ microglia，揭示了其在糖尿病视网膜病变(PDR)中通过乳酸代谢促进病理性新血管形成的机制	首次鉴定出与乳酸代谢密切相关的MKI67+小胶质细胞亚群，并阐明其通过SPP1-ITGA4信号通路促进血管新生的分子机制	研究主要基于体外高糖培养模型和动物模型，尚未在人体内直接验证相关机制	探究糖尿病视网膜病变中乳酸代谢与病理性新血管形成的关系	PDR患者的视网膜组织、体外培养的小胶质细胞、氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠模型	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq、体外细胞培养、动物模型	OIR小鼠模型	单细胞转录组数据、体外实验数据、体内实验数据	未明确说明患者样本量，使用体外培养细胞和小鼠模型
96	2025-05-14	AnomalGRN: deciphering single-cell gene regulation network with graph anomaly detection 2025-Mar-11, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02177-z PMID:40069807	research paper	提出了一种名为AnomalGRN的模型，通过图异常检测技术解析单细胞基因调控网络	首次将异常检测技术应用于基因调控网络分析，并引入余弦度量规则和图形结构稀疏化技术来优化节点表示	未提及具体实验样本量或数据集的详细描述	解析单细胞基因调控网络中的复杂调控机制	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	machine learning	NA	scRNA-seq	AnomalGRN	gene expression data	NA
97	2025-05-13	Single-cell RNA-seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-seq by genetic and contextual information 2025-Mar-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03495-9 PMID:40069819	研究论文	本文提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离血液污染细胞和预期组织驻留细胞	开发了Originator这一新计算框架，能够根据遗传起源和上下文信息分离单细胞RNA测序数据中的血液污染细胞	NA	解决单细胞RNA测序数据中普遍存在的血液细胞污染问题	单细胞RNA测序数据中的血液污染细胞和组织驻留细胞	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Originator	单细胞RNA测序数据	多种人工混合和真实数据集，包括胰腺癌和胎盘样本
98	2025-05-14	Young fibroblast-derived migrasomes alleviate keratinocyte senescence and enhance wound healing in aged skin 2025-Mar-11, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03293-2 PMID:40069826	研究论文	研究年轻成纤维细胞来源的迁移体对衰老角质形成细胞的影响及其在老年皮肤伤口愈合中的作用	首次报道了细胞衰老与迁移体形成之间的关系，并发现年轻成纤维细胞来源的迁移体能够减轻角质形成细胞的衰老并促进老年皮肤的伤口愈合	研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的效果尚需进一步验证	探索细胞衰老与迁移体形成的关系，以及年轻成纤维细胞来源的迁移体对衰老角质形成细胞和老年皮肤伤口愈合的影响	成纤维细胞、角质形成细胞、老年皮肤	细胞生物学	皮肤衰老	scRNA-seq、mIHC、TEM、SEM、WGA染色	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠皮肤样本及HaCaT细胞
99	2025-05-14	Single-cell transcriptomics analysis reveals that the tumor-infiltrating B cells determine the indolent fate of papillary thyroid carcinoma 2025-Mar-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03341-7 PMID:40069827	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肿瘤浸润B细胞决定乳头状甲状腺癌的惰性命运	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肿瘤浸润B细胞（特别是生发中心B细胞）在惰性乳头状甲状腺癌中的关键作用，并提出了PTPRC-CD22相互作用作为潜在的驱动机制	样本量相对较小（初始分析10例，验证25例），且主要关注早期病例	识别惰性与进展性乳头状甲状腺癌的差异，寻找新的生物标志物和治疗靶点	早期乳头状甲状腺癌肿瘤组织	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞共培养，迁移实验，免疫荧光染色，流式细胞术，TCGA数据分析	NA	单细胞转录组数据	初始10例，验证25例早期PTC肿瘤样本
100	2025-05-14	Enhanced mitochondrial function and delivery from adipose-derived stem cell spheres via the EZH2-H3K27me3-PPARγ pathway for advanced therapy 2025-Mar-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04164-1 PMID:40069892	研究论文	本研究探讨了人类脂肪源性干细胞（ASCs）在形态转变过程中组蛋白修饰和线粒体动力学的具体作用，揭示了ASCs球体形成通过EZH2-H3K27me3-PPARγ通路增强线粒体功能和递送效率的机制	首次发现ASCs球体形成通过EZH2-H3K27me3-PPARγ通路增强线粒体功能和递送效率，为再生医学提供了新的治疗策略	研究仅针对体外培养的ASCs，未进行体内实验验证	阐明ASCs球体形成增强线粒体功能、递送和救援效率的机制	人类脂肪源性干细胞（ASCs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序、Ingenuity Pathway Analysis (IPA)、MitoTracker染色、Seahorse XF分析、ATP发光检测	NA	基因表达数据、线粒体活性数据	NA