单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-03	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing reveals a cuproptosis-related LncRNA prognostic signature in neuroblastoma 2025-Jul-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14463-8 PMID:40596995	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铜死亡相关长链非编码RNA在神经母细胞瘤中的预后特征	首次构建了基于铜死亡相关lncRNA的神经母细胞瘤预后模型，并整合单细胞测序分析验证其临床价值	研究样本量有限，需要更大规模队列验证模型的普适性	探索铜死亡相关lncRNA在神经母细胞瘤预后评估中的作用	神经母细胞瘤患者RNA测序数据和单细胞测序数据	生物信息学	神经母细胞瘤	RNA-seq, scRNA-seq, Lasso回归, CIBERSORT, inferCNV	Cox回归风险模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
82	2025-07-03	A dynamic molecular landscape in colorectal cancer progression at single-cell resolution 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06785-9 PMID:40597160	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究结直肠癌发展过程中的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序技术全面分析结直肠癌发展过程中的细胞多样性和转录组差异，并揭示了配体-受体基因在调控免疫反应和微环境变化中的特定作用	样本量较小，仅分析了十个临床结直肠样本	理解结直肠癌发生和发展的分子机制	结直肠癌及其前体病变（如息肉和腺瘤）	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫组化, 生物信息学分析	NA	RNA测序数据, 公共TCGA和GEO数据集	十个临床结直肠样本，外加一个独立的人类结直肠组织队列用于验证
83	2025-07-03	stGRL: spatial domain identification, denoising, and imputation algorithm for spatial transcriptome data based on multi-task graph contrastive representation learning 2025-Jul-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02290-z PMID:40597202	研究论文	提出了一种名为stGRL的新型深度多任务图神经网络模型，用于解决空间转录组数据的高丢失率和噪声问题	stGRL采用编码器-解码器架构和ZINB分布来重建输入数据，并结合图对比表示学习以提高节点嵌入的一致性，从而提升聚类性能	NA	解决空间转录组数据的高丢失率和噪声问题，提升下游分析性能	空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌, 卵巢癌	空间转录组学	多任务图神经网络	空间转录组数据	多种空间转录组数据集
84	2025-07-03	A rare IDH-Mutant glioma case: insights from single-cell transcriptomic analysis of tumor recurrences 2025-Jul-01, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03913-z PMID:40597255	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了一例罕见的IDH突变型胶质瘤多灶性复发病例	揭示了多灶性复发胶质瘤的细胞异质性和恶性细胞间的谱系关系	仅分析单一病例，样本量有限	探究IDH突变型胶质瘤多灶性复发的分子机制	一例36岁男性IDH突变型少突胶质细胞瘤患者的多灶性复发肿瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序	NA	转录组数据	1例患者的两个复发灶样本
85	2025-07-03	Gremlin1 repression-mediated mitochondrial network hyperfunction contributes to TCE-induced zebrafish cardiac defects 2025-Jul-01, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02314-9 PMID:40597303	研究论文	本研究探讨了三氯乙烯（TCE）通过抑制Gremlin1基因导致线粒体网络功能亢进，进而引发斑马鱼心脏缺陷的机制	首次揭示了TCE通过抑制grem1a基因导致线粒体功能亢进，从而干扰心肌细胞发育的新机制	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究TCE诱发先天性心脏病的分子机制	斑马鱼胚胎和人类多能干细胞来源的心肌细胞（hPSC-CMs）	发育生物学	先天性心脏病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR/dCas9系统	斑马鱼模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
86	2025-07-03	Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA 2025-Jul-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11747-y PMID:40597567	research paper	提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA，用于研究乳腺癌中基质-上皮细胞的通讯	开发了crossWGCNA方法，能够无偏地识别高度相互作用的基因，并适用于批量、单细胞和空间转录组数据	未提及具体局限性	研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用	乳腺癌中的基质-上皮细胞通讯	生物信息学	乳腺癌	bulk, single cell和spatial transcriptomics	crossWGCNA	转录组数据	NA
87	2025-07-03	Multiple cell types guided by neurocytes orchestrate horn bud initiation in dairy goats 2025-Jul-01, Genetics, selection, evolution : GSE DOI:10.1186/s12711-025-00981-3 PMID:40597626	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了山羊早期角芽形成过程中的细胞异质性和命运轨迹，揭示了关键基因表达谱	首次揭示了神经细胞在角芽起始中的引导作用，并详细描述了多种细胞类型在角芽发育中的协作机制	研究仅针对山羊胎儿特定发育阶段(E50-E70)，结果可能不适用于其他物种或发育时期	探究山羊角芽发育的细胞和分子机制	山羊胎儿角芽组织	发育生物学	NA	scRNA-seq, HE染色, 免疫组织化学分析	NA	单细胞转录组数据, 组织学图像	山羊胎儿角芽组织在不同发育阶段(E50, E60, E70)的样本
88	2025-07-03	Single-cell transcriptome of mouse hippocampus identifies neural precursor-like cells, and reveals IL15Rα knock out-mediated neuron remodeling 2025-Jul-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11785-6 PMID:40597645	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了IL15Rα敲除对小鼠海马体细胞功能的影响，并发现了一种具有前体样属性的神经元（PLN）	发现了一种新型的神经元类型PLN，并提出了其在调节兴奋-抑制平衡中的潜在作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	研究IL15Rα敲除对成年小鼠海马体细胞功能的影响	小鼠海马体细胞	神经科学	精神疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	64,399个单细胞转录组（来自野生型和敲除型小鼠）
89	2025-07-03	Single-cell sequencing reveals the role of SALL4 in cervical cancer development 2025-Jul-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14469-2 PMID:40597906	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探讨了SALL4在宫颈癌发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次利用单细胞测序技术揭示了SALL4在宫颈癌细胞增殖、迁移和粘附中的关键作用	研究主要基于HeLa细胞系，可能无法完全代表所有宫颈癌亚型的生物学特性	探究SALL4在宫颈癌发展中的作用及其治疗潜力	宫颈癌细胞（HeLa细胞）	肿瘤生物学	宫颈癌	单细胞测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量（使用HeLa细胞系进行实验）
90	2025-07-03	Single-cell transcriptomics and time-series metabolite profiling reveal the spatiotemporal regulation of flavonoid biosynthesis genes and phytohormone homeostasis by PAP1 in Arabidopsis 2025-Jul-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02297-6 PMID:40598113	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和时间序列代谢物分析，揭示了PAP1在拟南芥中调控黄酮类生物合成基因和植物激素平衡的时空调控机制	首次整合单细胞转录组和代谢组数据，揭示了PAP1在不同细胞类型中对苯丙烷途径基因的时空特异性调控及其对糖基化过程的广泛上调作用	研究仅针对拟南芥模型，结果在其他植物中的普适性需要进一步验证	阐明植物特化代谢的时空调控机制，为优化代谢工程策略提供理论基础	拟南芥野生型和pap1-D突变体叶片	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 时间序列代谢物分析	NA	转录组数据, 代谢组数据	拟南芥野生型和pap1-D突变体叶片样本
91	2025-07-03	Mechanical force-induced oncostatin M secretion by Jun-positive neutrophils promotes craniofacial bone regeneration for midface hypoplasia treatment 2025-Jul-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04458-4 PMID:40598376	研究论文	本研究探讨了机械力诱导的中性粒细胞分泌oncostatin M（OSM）在颅面骨再生中的作用，为治疗中面部发育不全提供了新的机制理解	首次揭示了Jun阳性中性粒细胞（Jun-Neu）通过分泌OSM促进骨再生的机制，并明确了机械力通过PI3K-AKT通路激活中性粒细胞的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	阐明经缝牵引成骨（TSDO）诱导骨再生的分子机制	小鼠模型中的颧颌缝（ZMS）区域和中性粒细胞	骨再生医学	颅面畸形	单细胞RNA测序，CellChat分析，体外拉伸实验	小鼠TSDO模型	基因表达数据，细胞信号数据	4周龄C57BL/6小鼠和中性粒细胞耗竭小鼠
92	2025-07-03	Spatial transcriptomics and multi-omics reveal relapse and resistance mechanisms of EndMT-derived CAFs mediated by TNC and FLNC in glioblastoma 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06743-5 PMID:40598496	research paper	该研究通过空间转录组学和多组学分析，揭示了胶质母细胞瘤中由TNC和FLNC介导的内皮-间质转化(EndMT)衍生的癌症相关成纤维细胞(CAFs)在复发和耐药机制中的作用	首次发现TNC和FLNC通过介导EndMT过程促进CAFs形成，并揭示了天然产物punicalin(PNC)通过靶向TNC和FLNC逆转耐药性的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	探索胶质母细胞瘤复发和化疗耐药的分子机制	胶质母细胞瘤组织样本、TMZ敏感和耐药细胞系、HCMECs细胞	digital pathology	glioblastoma	spatial transcriptome sequencing, RNA-seq, LFQ proteomics, immunohistochemical staining	in vivo TMZ-resistant model	transcriptomic data, proteomic data, histological image	原发性和复发性胶质瘤组织芯片样本、建立的TMZ耐药模型
93	2025-07-03	Construction of a prostate adenocarcinoma molecular classification: integrating spatial transcriptomics with retrospective cohort validation 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06661-6 PMID:40598508	研究论文	本研究通过空间转录组分析构建了前列腺腺癌的分子分类系统，并验证了其预后预测价值	整合空间转录组学与回顾性队列验证，构建了基于恶性细胞分化相关预后基因的前列腺腺癌分子分类系统	研究依赖于回顾性队列数据，需要前瞻性研究进一步验证	建立更精确的前列腺腺癌分子分类系统以改善患者预后分层	前列腺腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	空间转录组分析，免疫组化染色	ConsensusClusterPlus算法	转录组数据，临床随访数据	TCGA-PRAD队列及回顾性队列患者
94	2025-07-03	Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06733-7 PMID:40598539	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习算法，识别肝细胞癌（HCC）中与基质硬度相关的分子亚型	结合10种聚类算法和101种机器学习算法组合，构建了一个包含57个基因的基质硬度相关特征，并验证了关键基因PPARG的作用	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	研究基质硬度在肝细胞癌（HCC）预后和治疗反应中的作用	肝细胞癌（HCC）患者的多组学数据	数字病理学	肝癌	多组学分析、scRNA-seq、空间转录组学（ST）	机器学习算法组合	多组学数据	NA
95	2025-07-03	A single-cell transcriptomic atlas of human lens epithelium: identification and functional insights into lens stem/progenitor cells 2025-Jul-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04436-w PMID:40598599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了人类晶状体上皮细胞的转录组图谱，并鉴定了晶状体干细胞/祖细胞	首次在人类晶状体上皮中鉴定出四种亚型细胞及其发育轨迹，发现TOP2A可作为TAC细胞的生物标志物，ID1维持LPLCs的去分化状态，PTN信号通路在晶状体稳态中的重要作用	样本量相对较小（8对供体样本），未探讨其他潜在影响因素	揭示人类晶状体上皮细胞的异质性及其与年龄相关性白内障的关系	人类供体晶状体上皮样本（4对<65岁和4对>65岁）、晶状体类器官、兔再生晶状体、小鼠晶状体和细胞系	单细胞转录组学	白内障	scRNA-seq、免疫荧光、轨迹推断、细胞间通讯分析	UMAP、CytoTRACE	单细胞转录组数据	8对人类供体晶状体上皮样本（4年轻+4老年）及多种验证模型
96	2025-07-03	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Conserved IFNγ-IL8 Signaling-Induced Antibacterial Neutrophil States during Bacterial Infection 2025-Jul-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504840 PMID:40598825	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了细菌感染期间保守的IFNγ-IL8信号通路诱导的抗菌中性粒细胞状态	首次在尼罗罗非鱼中通过单细胞转录组和流式细胞术分析揭示了IFNγ驱动的il8⁺中性粒细胞转变，并验证了IL8在增强抗菌反应中的作用	研究主要基于尼罗罗非鱼模型，人类中性粒细胞验证数据有限	探究细菌感染期间免疫细胞亚型的动态变化及其调控机制	尼罗罗非鱼和人类的中性粒细胞	免疫学	细菌感染	单细胞转录组测序，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞数据	113,356个来自头肾和脾脏的免疫单细胞，多个感染时间点
97	2025-07-03	Identification of Crucial Genes Associated With MYCN-Driven Neuroblastoma Based on Single-Cell Analysis and Machine Learning 2025-Jul, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71008 PMID:40600620	研究论文	通过单细胞分析和机器学习识别与MYCN驱动的神经母细胞瘤相关的关键基因	结合单细胞转录组分析和机器学习方法（随机生存森林和列线图分析）识别与MYCN扩增神经母细胞瘤预后相关的关键基因，并探讨这些基因在免疫浸润和肿瘤进展中的作用	研究样本量有限，且仅基于转录组数据，未进行功能实验验证基因的具体作用机制	阐明MYCN扩增神经母细胞瘤的分子机制，为个性化治疗提供潜在靶点	神经母细胞瘤（NB）患者样本和细胞系	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、随机生存森林（RSF）、列线图分析、RT-qPCR	随机生存森林（RSF）	转录组数据	GSE218450数据集中的神经母细胞瘤样本
98	2025-07-03	CD38 ligation in sepsis promotes nicotinamide phosphoribosyltransferase-mediated IL-6 production in kidney stromal cells 2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae269 PMID:39568061	研究论文	本研究通过单细胞和单核RNA测序技术，探讨了CD38连接在脓毒症中对肾脏基质细胞产生IL-6的影响，并提出了NAMPT信号作为治疗靶点的新发现	揭示了CD38连接通过NAMPT信号促进肾脏基质细胞产生IL-6的新机制，并验证了其在人和小鼠脓毒症模型中的一致性	研究主要基于LPS诱导的脓毒症模型，可能无法完全反映其他类型脓毒症的病理过程	阐明CD38连接在脓毒症中的作用机制并寻找新的治疗靶点	小鼠腹膜免疫细胞、LPS诱导的脓毒症模型、人类脓毒症组织	免疫学	脓毒症	scRNA-seq, snRNA-seq	LPS诱导的脓毒症小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	小鼠模型和人类脓毒症组织样本（具体数量未明确说明）
99	2025-07-03	Low-dose radiotherapy enhances the efficacy of PD-L1 blockade and induces the abscopal effect 2025-Jun-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011487 PMID:40588370	研究论文	本研究探讨了低剂量放疗（RT）如何增强PD-L1阻断的疗效并诱导远隔效应	首次证明低剂量RT结合抗PD-L1治疗在远隔未照射肿瘤中产生与高剂量RT相当的远隔效应，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在其中的关键作用	研究仅在免疫健全小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索低剂量放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗癌症的优化策略	携带MC38或CT26小鼠肿瘤模型的免疫健全小鼠	肿瘤免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	使用不同剂量RT处理的小鼠肿瘤模型（具体数量未明确说明）
100	2025-07-03	The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy 2025-Jun-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01498-6 PMID:40588764	研究论文	研究探讨了CXCL16/CXCR6轴在嵌合抗原受体（CAR）T细胞治疗中与免疫效应细胞相关神经毒性综合征（ICANS）的关联	首次揭示了CXCL16/CXCR6轴在ICANS中的作用，为CAR T细胞相关神经毒性的机制提供了新见解	样本量较小（n=11），且仅分析了特定时间点的样本	探索CAR T细胞治疗中ICANS的潜在机制	CAR T细胞治疗患者（n=11）及对照组的血液和脑脊液样本	免疫治疗	癌症（CAR T细胞治疗相关并发症）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多模态空间转录组学、免疫荧光	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、空间转录组数据	11例ICANS患者（不同严重程度分级）及对照组患者