单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-14	High-resolution spatial transcriptomics and cell lineage analysis reveal spatiotemporal cell fate determination during craniofacial development 2025-May-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59206-2 PMID:40355462	research paper	该研究通过高分辨率空间转录组学和细胞谱系分析，揭示了颅面发育过程中时空细胞命运决定的分子和细胞图谱	首次报道了小鼠腭发育过程中颅神经嵴细胞(CNCCs)来源间充质细胞谱系多样化的高分辨率时空转录组和细胞类型图谱，并发现了一个异质性的Sox9+间充质祖细胞群	研究主要基于小鼠模型，人类颅面发育可能存在差异	揭示颅面发育过程中细胞命运决定的分子机制	小鼠颅神经嵴细胞(CNCCs)及其衍生的间充质细胞谱系	发育生物学	NA	高分辨率空间转录组学, 细胞谱系追踪	NA	转录组数据, 空间定位数据	E10.5至E15.5胚胎期小鼠样本
22	2025-05-14	Simultaneous single-cell sequencing of RNA and DNA at scale with DEFND-seq 2025-May-12, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00853-y PMID:40355601	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23	2025-05-14	IL-11/IL-11R signal inhibition by 9MW3811 remodels immune tumor microenvironment and enhances anti-tumor efficacy of PD-1 blockade 2025-May-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00913-w PMID:40355638	研究论文	本文介绍了一种名为9MW3811的单克隆抗体，通过抑制IL-11/IL-11R信号通路，重塑肿瘤免疫微环境，并增强PD-1阻断的抗肿瘤效果	9MW3811单克隆抗体通过抑制IL-11信号通路，重塑肿瘤微环境，增强CD8+ T细胞浸润并逆转T细胞耗竭，与抗PD-1疗法协同作用，即使在PD-1无应答模型中也能显著抑制肿瘤生长	研究主要基于小鼠模型，临床效果尚需进一步验证	探索靶向IL-11信号通路的治疗策略，以增强抗肿瘤免疫治疗的疗效	IL-11/IL-11R信号通路及肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	癌症	单细胞RNA-seq分析	小鼠模型	RNA-seq数据	多种小鼠模型（如CT26）
24	2025-05-14	Upregulation of YY1/EZH2 and MLH1 as Therapeutic Targets for Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma 2025-May-12, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70095 PMID:40355804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了YY1/EZH2和MLH1在成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）中的调控作用，并探讨了其作为治疗靶点的潜力	首次在ATLL中鉴定出YY1/EZH2表观遗传调控轴，并发现MLH1的下调与YY1/EZH2抑制相关，为治疗侵袭性ATLL提供了新策略	研究主要基于体外实验和有限的患者样本，需要更大规模的临床研究验证这些发现	探索ATLL的表观遗传调控机制并寻找新的治疗靶点	成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）细胞	肿瘤生物学	白血病/淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、计算机启动子分析（in silico promoter analysis）	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	原发性ATLL细胞和ATLL细胞系
25	2025-05-14	INHBA+ macrophages and Pro-inflammatory CAFs are associated with distinctive immunosuppressive tumor microenvironment in submucous Fibrosis-Derived oral squamous cell carcinoma 2025-May-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14261-2 PMID:40355814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌(ODSCC)中独特的免疫抑制肿瘤微环境(TISME)	首次发现ODSCC中INHBA+巨噬细胞和促炎性CAFs的存在及其在免疫抑制微环境中的关键作用，并揭示了INHBA-ACVR1/ACVR2A/ACVR2B相互作用区域的共定位特征	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明ODSCC中免疫抑制微环境的细胞组成和分子机制	口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌(ODSCC)和普通口腔鳞癌(NODSCC)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq, 空间转录组学(ST), 多重免疫荧光染色(mIF)	NA	转录组数据, 空间定位数据	GEO数据库中的scRNA-seq和ST数据，THP-1细胞体外实验
26	2025-05-14	Spatial transcriptomics highlights B cells as key contributors to a complete and durable response to chemo-immunotherapy in a patient with resectable NSCLC 2025-May-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011563 PMID:40350207	研究论文	本研究通过空间转录组学、单细胞RNA测序和血清蛋白质组学分析，揭示B淋巴细胞在可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫治疗产生完全和持久反应中的关键作用	首次通过多组学整合分析揭示B淋巴细胞在化疗免疫治疗中的关键作用，并观察到治疗后原发肿瘤中三级淋巴结构的形成	仅基于单个病例的研究结果，需要更大样本量验证	探索可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫治疗产生完全反应的分子机制	ALK/EGFR野生型可切除非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、血清蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	1例可切除NSCLC伴同步脑转移患者
27	2025-05-14	Integrated bioinformatic analysis identifies GADD45B as an immune-related prognostic biomarker in skin cutaneous melanoma 2025-May-11, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00437-0 PMID:40350499	research paper	该研究通过整合多个数据库和实验方法，全面探讨了GADD45B在皮肤黑色素瘤（SKCM）中的功能及其作为免疫相关预后生物标志物的潜力	首次发现GADD45B在SKCM中作为新型免疫检查点的作用，并证实其通过促进M1型巨噬细胞极化抑制肿瘤生长	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，临床样本验证仍需进一步开展	探究GADD45B在皮肤黑色素瘤中的生物学功能及临床价值	皮肤黑色素瘤细胞系和患者样本	digital pathology	skin cutaneous melanoma	RNA-seq, 单细胞测序, 免疫浸润分析	xenograft mouse model	转录组数据, 单细胞数据, 临床数据	26个SKCM数据集、30个人类SKCM细胞系、29个SKCM体外表型特征分析
28	2025-05-14	Anti-Müllerian hormone signalling sustains circadian homeostasis in zebrafish 2025-May-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59528-1 PMID:40348785	研究论文	该研究揭示了抗穆勒氏管激素（Amh）信号在维持斑马鱼昼夜节律稳态中的重要作用	首次发现Amh信号通路通过激活Smad1/5/9磷酸化来调控昼夜节律基因表达，揭示了新的激素信号通路在昼夜节律稳态中的作用	研究仅基于斑马鱼模型，尚未在高等生物中验证	探索维持昼夜节律稳态的关键信号通路	斑马鱼的昼夜节律系统	生物节律研究	NA	基因敲除、单细胞转录组分析	斑马鱼模型	基因表达数据、行为数据	NA
29	2025-05-14	KDELR3 and YOD1 proteins as critical endoplasmic reticulum stress mediators and potential therapeutic targets in diabetic foot ulcers: An integrated bioinformatics analysis 2025-May-10, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144095 PMID:40354856	research paper	该研究通过生物信息学方法鉴定了与糖尿病足溃疡(DFU)相关的内质网应激反应蛋白，并评估了其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统鉴定了32个DFU相关内质网应激蛋白，发现KDELR3和YOD1等关键蛋白的诊断价值，并确定甲硝唑作为潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于qRT-PCR，需要更多体内外实验进一步验证	探索内质网应激反应蛋白在糖尿病足溃疡发病机制中的作用并寻找新的生物标志物和治疗靶点	糖尿病足溃疡患者组织样本及相关基因表达数据	生物信息学	糖尿病足溃疡	WGCNA, 机器学习算法, 分子对接, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, qRT-PCR	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的DFU数据集
30	2025-05-14	Air pollutants and lung regeneration: impact on the fate of lung stem cells 2025-May-09, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109525 PMID:40354720	review	本文综述了空气污染物对肺干细胞命运的影响及其在肺疾病中的作用	从组织再生的角度探讨吸入污染物与肺干细胞的相互作用，并介绍了类器官和单细胞测序技术在这一领域的应用	NA	探讨空气污染物如何影响肺干细胞的再生能力及其在肺疾病中的作用	肺干细胞和空气污染物	毒理学	肺疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
31	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for clustering and hidden driver inference from single-cell transcriptomics data 2025-May-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59620-6 PMID:40341143	研究论文	介绍了一个基于互信息的框架scMINER，用于单细胞转录组数据的聚类和隐藏驱动因子推断	scMINER在细胞聚类和网络推断方面表现出更高的准确性，特别是在区分密切相关的细胞群和揭示关键转录因子驱动因子方面优于现有方法	NA	解决单细胞转录组数据由于固有的随机性和稀疏性带来的聚类和网络推断挑战	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	互信息框架	单细胞转录组数据	NA
32	2025-05-14	Patient-derived models of UBA5-associated encephalopathy identify defects in neurodevelopment and highlight potential therapeutic avenues 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8417 PMID:40333994	研究论文	本研究开发了患者来源的皮质类器官模型，用于研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷及潜在治疗途径	首次建立了人类神经元模型研究UBA5致病变异的细胞和分子后果，并评估了两种潜在治疗方式	研究仅基于两名患者的样本，样本量较小	研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷及潜在治疗方法	UBA5相关脑病患者来源的皮质类器官	神经科学	脑病	单细胞RNA测序、CRISPRa、SINEUP	皮质类器官模型	RNA测序数据	两名患者的皮质类器官
33	2025-05-14	Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development 2025-May-07, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02669-4 PMID:40335707	research paper	该研究扩展了2D胃泌素样体的培养时间，以模拟人类中胚层发育	发现了在2至4天期间高度可重复的形态发生阶段，并揭示了中胚层分化和形态发生的空间组织	NA	研究人类中胚层发育的模型	人类多能干细胞衍生的2D胃泌素样体	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	2D胃泌素样体模型	转录组数据	NA
34	2025-05-14	Blocking LIF and PD-L1 enhances the antitumor efficacy of SBRT in murine PDAC models 2025-May-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010820 PMID:40341024	研究论文	本研究探讨了在鼠类胰腺导管腺癌模型中，通过阻断LIF和PD-L1增强立体定向体部放疗（SBRT）的抗肿瘤效果	首次展示了LIF和PD-L1同时抑制与SBRT联合治疗的协同抗肿瘤效应，并详细描述了其对肿瘤微环境的免疫调节作用	研究仅限于鼠类模型，尚未在人类临床试验中验证	探索LIF阻断与标准治疗（化疗、放疗和免疫治疗）联合应用的潜在治疗效果	鼠类原位胰腺肿瘤模型	肿瘤免疫治疗	胰腺导管腺癌	流式细胞术、Luminex检测、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	鼠类肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞分析数据	多个鼠类原位胰腺肿瘤模型
35	2025-05-14	A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment 2025-May-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687 PMID:40343798	research paper	该研究揭示了视黄酸（RA）与YAP1信号轴在心脏祖细胞（CPCs）中调控心房谱系基因表达和心房细胞命运决定的机制	发现了Hippo效应子YAP1和TEAD4与心房转录因子增强子网络的整合，以及YAP1在CPCs中激活RA增强子的新功能	研究主要基于人类胚胎干细胞（hESC）和小鼠模型，尚未在更复杂的生理系统中验证	阐明视黄酸信号在心脏祖细胞中诱导心房谱系分化的分子机制	心脏祖细胞（CPCs）、人类胚胎干细胞（hESC）和小鼠胚胎	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq和snATAC-seq	hESC-derived CPCs和小鼠胚胎模型	基因组学和转录组学数据	未明确说明样本数量，涉及hESC来源的CPCs和小鼠胚胎
36	2025-05-14	NEUROD1 efficiently converts peripheral blood cells into neurons with partial reprogramming by pluripotency factors 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401387122 PMID:40299704	研究论文	本研究介绍了一种优化的方法，通过外周血细胞将体细胞转化为神经元，避免了诱导多能干细胞(iPSC)中间体的需求	使用NEUROD1和四种Yamanaka重编程因子的独特组合，在3周内生成谷氨酸能神经元，提供了一种非侵入性、高效、快速且便捷的方法	虽然外周血细胞提供了潜在的替代方案，但该方法在特定临床环境中的适用性仍需进一步验证	开发一种非侵入性方法，将外周血细胞直接重编程为神经元，用于神经疾病建模和药物发现	外周血细胞	细胞重编程	神经疾病	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序、Cre-LoxP系统谱系追踪	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
37	2025-05-14	Induced B cell receptor diversity predicts PD-1 blockade immunotherapy response 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501269122 PMID:40314973	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和高清空间转录组学等方法，分析了接受PD-1阻断免疫治疗的基底细胞癌患者，发现B细胞受体（BCR）克隆多样性的诱导与治疗成功相关	揭示了PD-1阻断免疫治疗中B细胞受体克隆多样性的动态作用及其作为预后标志物的潜力	研究样本主要来自基底细胞癌患者，尽管在其他癌症类型中进行了验证，但样本多样性可能有限	探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理学	基底细胞癌、胶质母细胞瘤、黑色素瘤、头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、高清空间转录组学、空间免疫受体分析	机器学习模型	RNA测序数据、空间转录组数据	一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及更大的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列
38	2025-05-14	Proximal Tubule Cells Contribute to the Thin Descending Limb of the Loop of Henle during Mouse Kidney Development 2025-May-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000721 PMID:40327839	研究论文	本研究通过整合小鼠肾脏发育的单细胞RNA测序数据，揭示了近端小管细胞在肾单位薄壁降支形成中的作用，并发现转录因子Hnf4a对此过程的关键调控	首次证实近端小管细胞可发育为薄壁降支细胞，并揭示Hnf4a转录因子在调控这一过程中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究肾单位薄壁降支细胞的发育起源及其调控机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和薄壁降支细胞	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	整合多个非突变发育小鼠肾脏数据集
39	2025-05-14	Vagus nerve modulates acute-on-chronic liver failure progression via CXCL9 2025-May-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003104 PMID:38945689	研究论文	本研究揭示了迷走神经通过调控CXCL9在急性慢性肝衰竭(ACLF)发展中的作用机制	首次发现迷走神经-巨噬细胞-CXCL9轴的神经免疫通讯在ACLF发展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明迷走神经如何通过调控CXCL9影响ACLF的进展	ACLF小鼠模型和ACLF患者	神经免疫学	肝病	蛋白质组学分析、scRNA-seq、流式细胞术、免疫组化、CRISPR/Cas9技术	ACLF小鼠模型	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、流式细胞数据	ACLF小鼠模型和ACLF患者样本(具体数量未明确说明)
40	2025-05-14	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强阿尔茨海默病相关表型的差异基因表达分析结果	首次整合空间转录组学(ST)和单核RNA测序(snRNA-seq)数据，提升空间信息差异基因表达(DGE)分析能力	空间转录组学数据样本量较小可能影响分析结果	增强阿尔茨海默病(AD)相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病(AD)相关表型(β-淀粉样蛋白、神经纤维缠结密度和认知衰退)	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)	线性混合模型	基因表达数据	436例死后大脑背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织的约150万个细胞