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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2025-12-14
Artificial Intelligence Revolution in Transcriptomics: From Single Cells to Spatial Atlases
2025-Dec-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
综述 本文综述了人工智能在单细胞RNA测序和空间转录组学数据分析中的应用、发展趋势及挑战 系统性地追踪了AI模型在转录组分析工作流程中的发展轨迹和演变趋势,并提供了模型选择的实用指南 作为综述文章,未涉及原始实验数据或新模型开发,主要基于现有文献进行总结 探讨人工智能如何变革转录组学数据分析,特别是在单细胞和空间转录组学领域 单细胞RNA测序和空间转录组学数据及其分析工作流程 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
22 2025-12-14
Colorectal Cancer Cell's Weapon: RNF32 Engages SPP1+ Macrophages to Foster Liver Metastasis, Targeted by Indole-3-Acetic Acid
2025-Dec-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过整合多组学数据,揭示了RNF32基因通过调控Wnt信号通路和招募SPP1+巨噬细胞,驱动结直肠癌肝转移的分子机制,并发现吲哚-3-乙酸可作为RNF32抑制剂抑制转移 首次发现RNF32通过催化GSK3β的K48连接泛素化稳定β-catenin激活Wnt通路,并鉴定其通过CCL2招募SPP1+巨噬细胞重塑转移前微环境,同时通过虚拟筛选发现吲哚-3-乙酸作为新型RNF32抑制剂 研究主要基于体外实验和动物模型,临床转化效果需进一步验证;虚拟筛选发现的抑制剂IAA在人体内的安全性和有效性尚未评估 阐明结直肠癌肝转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点 结直肠癌细胞、巨噬细胞、小鼠肝转移模型 肿瘤生物学 结直肠癌 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、虚拟筛选、Cox回归、WGCNA NA 基因表达数据、单细胞转录组数据、蛋白质互作数据 基于TCGA数据库的结直肠癌样本及单细胞测序数据,具体样本数未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
23 2025-12-14
Proteome-Wide Mendelian Randomization Implicates Shared Necroptosis-Ferroptosis Effectors in Causal Pathways of Multiple Sclerosis Susceptibility
2025-Dec-12, Annals of the New York Academy of Sciences IF:4.1Q1
研究论文 本研究采用蛋白质组范围的孟德尔随机化方法,揭示了铁死亡和坏死性凋亡通路在多发硬化症易感性中的因果作用,并识别出关键效应蛋白如IFNA4和TNFAIP3 首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化验证了铁死亡和坏死性凋亡通路在多发硬化症易感性中的因果关联,并识别出新的治疗靶点 研究依赖于遗传工具变量,可能存在多效性偏倚,且转录组验证主要基于现有数据,缺乏实验功能验证 探究铁死亡和坏死性凋亡通路及其上游调节因子与多发硬化症风险之间的因果联系 与铁死亡和坏死性凋亡通路相关的蛋白质、上游免疫调节因子以及多发硬化症患者样本 生物信息学 多发硬化症 孟德尔随机化、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq 孟德尔随机化模型 蛋白质组数据、转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
24 2025-12-14
HIDF: Integrating Tree-Structured scRNA-seq Heterogeneity for Hierarchical Deconvolution of Spatial Transcriptomics
2025-Dec-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本文提出了一种名为HIDF的分层迭代去卷积框架,用于整合树状结构的单细胞RNA测序异质性,以从空间转录组数据中恢复单细胞空间分布 HIDF通过分层迭代优化机制,结合簇树引导,逐步从粗到细解析细胞异质性,并引入空间邻域和跨层正则化约束以增强稳定性,从而揭示传统方法无法检测的细胞亚型空间异质模式 NA 解决主流空间转录组技术因空间分辨率有限而掩盖单细胞信息的问题,通过整合单细胞RNA测序参考数据推断细胞组成 空间转录组数据中的细胞异质性和空间组织 数字病理学 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 分层迭代优化框架 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
25 2025-12-14
The long non-coding RNA UGDH-AS1 encodes an NK-cell-inhibiting micropeptide in triple-negative breast cancers
2025-Dec-12, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序,在三阴性乳腺癌中发现了一个表达长链非编码RNA UGDH-AS1的NK细胞亚群,并揭示其编码的微肽NKSM通过抑制Myc活性导致NK细胞功能失调,从而促进肿瘤进展 首次发现长链非编码RNA UGDH-AS1在三阴性乳腺癌特异性NK细胞亚群中编码功能性微肽NKSM,并阐明了其通过TGF-β信号通路上调后抑制Myc磷酸化,进而导致NK细胞失活的分子机制 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据,尚未在大量临床样本中验证;NKSM靶向治疗的人体安全性和有效性仍需进一步评估 探究三阴性乳腺癌中NK细胞功能失调的分子机制,并开发靶向NK细胞的免疫治疗策略 三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的NK细胞 单细胞组学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量,使用三阴性乳腺癌小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
26 2025-12-14
Hic-5 drives epithelial mechanotransduction promoting a feed-forward cycle of bronchoconstriction
2025-Dec-12, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文揭示了Hic-5作为上皮细胞机械转导的关键调节因子,在哮喘中通过促进支气管收缩的正反馈循环驱动疾病进展 首次将Hic-5鉴定为气道上皮细胞机械转导的核心调节因子,并阐明其通过ET-1分泌介导支气管收缩正反馈循环的新机制 研究主要基于体外细胞模型和单细胞RNA-seq数据重分析,缺乏体内实验直接验证Hic-5在哮喘动物模型中的功能 探究哮喘中支气管收缩诱导的机械力如何通过上皮细胞机械转导驱动疾病进展 人气道上皮细胞(体外ALI培养模型)和哮喘患者单细胞RNA-seq数据 细胞生物学与呼吸病学 哮喘 单细胞RNA-seq,基因敲低,免疫荧光染色,ELISA 体外气液界面(ALI)上皮细胞压缩模型 基因表达数据,蛋白质分泌数据,细胞形态数据 未明确样本数量,但包括体外培养细胞和公共单细胞RNA-seq数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
27 2025-12-14
Interferon-stimulated gene GALNT2 restricts respiratory virus infections
2025-Dec-12, Nature microbiology IF:20.5Q1
研究论文 本研究通过转录组分析和单细胞RNA测序,揭示了干扰素刺激基因GALNT2作为抗病毒因子,通过O-糖基化机制限制多种冠状病毒和甲型流感病毒的复制,影响病毒清除和疾病严重程度 首次将GALNT2鉴定为抗病毒干扰素刺激基因,并阐明其通过O-糖基化调控病毒糖蛋白加工和病毒-细胞融合的机制,同时发现病毒刺突蛋白的丝氨酸残基是GALNT2敏感性的关键遗传决定因素 研究主要基于体外和体内实验,人类遗传数据分析可能受样本量限制,且GALNT2在其他呼吸道病毒中的作用尚未全面探索 探究干扰素刺激基因在抗呼吸道病毒感染中的功能和机制 野生型和IFNAR缺陷小鼠的肺组织、COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞,以及多种冠状病毒和甲型流感病毒 自然语言处理 NA 转录组分析、单细胞RNA测序 NA RNA序列数据 野生型和IFNAR小鼠的肺组织样本、COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
28 2025-12-14
S1PR3 Inhibition in alveolar epithelial cells alleviates pulmonary fibrosis by enhancing alveolar barrier function
2025-Dec-12, Respiratory research IF:4.7Q1
研究论文 本研究探讨了S1PR3在肺泡上皮细胞中的表达及其在肺纤维化中对肺泡-毛细血管屏障功能的影响 首次在肺纤维化模型中系统研究了肺泡上皮细胞特异性S1PR3的功能,并验证了其作为治疗靶点的潜力 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人体中进行临床验证 探究S1PR3在肺纤维化发病机制中的作用,并评估其作为治疗靶点的可行性 肺泡上皮细胞、肺纤维化小鼠模型、特发性肺纤维化患者样本 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序、siRNA敲低、选择性拮抗剂抑制 条件性基因敲除小鼠模型 基因表达数据、组织病理学图像 公共单细胞RNA测序数据集中的特发性肺纤维化患者样本及博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
29 2025-12-14
Multiomics insights into rumen microbiome and function in grazing lambs: implications for nutrient absorption and grassland sustainability
2025-Dec-12, Microbiome IF:13.8Q1
研究论文 本研究通过多组学分析揭示了放牧羔羊瘤胃微生物组与功能在营养吸收和草地可持续性中的作用 首次结合宏基因组、宏转录组、单细胞RNA测序和血清代谢组学,系统解析了瘤胃微生物与上皮细胞亚型在草料消化和短链脂肪酸代谢中的相互作用 研究仅针对羔羊,结果可能不适用于其他反刍动物;实验设计为双因素(放牧强度和精料补充),但未考虑长期效应 探究瘤胃微生物组如何调控草料摄入和宿主代谢,以优化反刍动物管理策略并促进草地可持续性 72只放牧羔羊的瘤胃微生物组、瘤胃壁上皮细胞和血清代谢物 微生物组学 NA 宏基因组分析、宏转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、血清代谢组学 NA 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据、代谢组数据 72只羔羊 NA 单细胞RNA测序 NA NA
30 2025-12-14
Lifestyle shapes preclinical social and microglial deficits in an Alzheimer's disease mouse model
2025-Dec-12, Molecular psychiatry IF:9.6Q1
研究论文 本研究利用App敲入小鼠模型,探索生活方式干预如何影响阿尔茨海默病临床前阶段的社会行为、小胶质细胞功能及免疫反应 首次在阿尔茨海默病小鼠模型中,通过连续追踪至7月龄,结合单细胞RNA测序技术,揭示了临床前阶段社会行为缺陷与小胶质细胞免疫监视功能受损的早期关联,并发现环境富集可调节干扰素反应性小胶质细胞 研究基于还原论的小鼠模型,可能无法完全模拟人类阿尔茨海默病的复杂性;样本量未明确说明;结果主要聚焦于临床前阶段,未延伸至疾病晚期表现 探究生活方式因素(通过环境富集模拟)对阿尔茨海默病临床前阶段行为、神经可塑性和免疫系统的影响 App敲入小鼠(阿尔茨海默病模型小鼠) 神经科学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序、血浆分析、行为追踪 NA 基因表达数据、行为数据、血浆生物标志物数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
31 2025-12-14
Single-Cell and Multiomic Analysis Reveals Neutrophil Heterogeneity and Prognostic Value in Cervical Lesions
2025-Dec-12, Cancer science IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了宫颈病变中中性粒细胞的异质性及其在疾病进展和预后中的关键作用 首次在宫颈癌中鉴定出五个中性粒细胞亚群(N0-N4),并发现N4亚群在疾病进展中显著增加,通过空间转录组学和组织微阵列分析证实了N4在肿瘤区域的富集及其与增殖、转移和免疫逃逸相关基因的关联 研究样本量相对较小(20例宫颈活检样本),且主要基于单中心数据,需要更大规模的多中心验证 探究中性粒细胞在宫颈癌肿瘤微环境中的异质性及其在疾病进展和预后中的作用 宫颈活检样本,涵盖不同疾病阶段的宫颈病变 数字病理学 宫颈癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,组织微阵列分析,多组学分析 NA 单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据,组织微阵列数据 20例宫颈活检样本 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
32 2025-12-14
CD9-positive tumor-associated macrophages promote renal cell carcinoma progression by activating the orphan nuclear receptor Nor1/Nr4a3
2025-Dec-12, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析发现CD9阳性肿瘤相关巨噬细胞通过激活孤儿核受体Nor1/Nr4a3促进肾细胞癌进展 首次在肾细胞癌肿瘤组织中鉴定出CD9巨噬细胞亚群,并揭示其通过激活Nor1/Nr4a3通路促进肿瘤发展的新机制 研究样本量较小(仅3例患者),且机制研究主要依赖体外和体内实验,临床验证不足 探究肾细胞癌肿瘤微环境中巨噬细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用机制 肾细胞癌患者肿瘤组织、外周血免疫细胞及体外培养的巨噬细胞 单细胞组学 肾细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 3例肾细胞癌患者的肿瘤组织及匹配的外周血样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
33 2025-12-14
Nuclear PD-L1 drives IFN-γ-promoted lung metastasis of triple-negative breast cancer via POLR2A-mediated transcriptional activation of LY6E
2025-Dec-12, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1
研究论文 本文揭示了核PD-L1通过POLR2A介导的LY6E转录激活,驱动IFN-γ促进的三阴性乳腺癌肺转移的新机制 发现了IFN-γ-核PD-L1/POLR2A-LY6E信号轴在TNBC肺转移中的关键作用,揭示了PD-L1在免疫检查点功能之外的转录调控新角色 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证有限,且机制细节如HDAC2介导的去乙酰化具体过程需进一步探索 探究PD-L1在免疫检查点功能之外对三阴性乳腺癌肺转移的影响及机制 三阴性乳腺癌细胞系(小鼠和人类)、免疫健全和免疫缺陷小鼠模型、TNBC患者样本 癌症生物学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序、RNA测序、染色质免疫沉淀测序、CRISPR/Cas9基因编辑、共免疫沉淀、生物信息学分析 NA 测序数据、蛋白质相互作用数据、体内实验数据 未明确指定具体样本数量,涉及TNBC肺转移的scRNA-seq数据、细胞系及小鼠模型 NA 单细胞RNA测序, RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 NA NA
34 2025-12-14
Identification of diagnostic and prognostic phospholipid biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis via machine learning and in vivo validation
2025-Dec-12, Human genomics IF:3.8Q2
研究论文 本研究通过整合多组学数据,利用机器学习方法识别了特发性肺纤维化(IPF)中与磷脂相关的诊断和预后生物标志物,并进行了体内验证 结合WGCNA、差异表达基因分析和机器学习,首次构建了基于磷脂相关基因的IPF诊断和预后模型,并通过单细胞测序和动物模型验证了关键基因 需要进一步验证以评估其临床适用性 识别特发性肺纤维化的诊断和预后生物标志物 特发性肺纤维化患者数据及小鼠模型 机器学习 特发性肺纤维化 微阵列数据整合、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单细胞测序 机器学习模型 基因表达数据 八个数据集,涉及920个差异表达基因 NA 单细胞RNA-seq NA NA
35 2025-12-14
Orthologous genes of the red flour beetle Tribolium castaneum and the vinegar fly Drosophila melanogaster
2025-Dec-12, BMC genomic data IF:1.9Q3
研究论文 本文通过OrthoFinder平台和eggNOG数据库分析,生成了赤拟谷盗和黑腹果蝇之间超过9,000个直系同源基因的列表,为比较基因组学研究提供资源 首次系统性地编译了赤拟谷盗和黑腹果蝇之间的直系同源基因列表,结合自动推断和手动系统发育树分析验证结果 分析基于参考蛋白质组数据,可能未涵盖所有基因变体或物种特异性基因 为赤拟谷盗和黑腹果蝇的比较基因组学和基因功能研究提供直系同源基因资源 赤拟谷盗和黑腹果蝇的基因组和蛋白质组数据 比较基因组学 NA 系统发育直系同源推断,手动系统发育树分析 NA 蛋白质组数据 两个物种的参考蛋白质组 NA NA OrthoFinder平台,eggNOG 6.0数据库 使用OrthoFinder平台进行直系同源推断,结合eggNOG 6.0数据库进行结果评估
36 2025-12-14
Multimodal analysis reveals potential association of CDH13 with endothelial cells and its overexpression in hepatocellular carcinoma
2025-Dec-12, European journal of medical research IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过多组学策略系统探讨了CDH13在肝细胞癌中的表达、调控机制及潜在功能 首次整合空间转录组学、单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9基因编辑等多模态方法,系统揭示了CDH13通过FOXA1-CDH13轴促进血管生成、免疫逃逸和代谢重编程的新机制 研究主要基于回顾性队列和体外细胞实验,缺乏前瞻性临床验证和体内动物模型实验 探索CDH13在肝细胞癌发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力 肝细胞癌组织样本、肝癌细胞系、内皮细胞 数字病理学 肝细胞癌 转录组学、蛋白质组学、空间转录组学、单细胞RNA测序、免疫组化、CRISPR/Cas9基因编辑、ChIP-seq、WGCNA、GSVA、分子对接 NA 基因表达数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据、单细胞测序数据、临床病理数据 5145个HCC样本(mRNA分析),165个公共样本和476个临床配对样本(蛋白质分析),包括361个来自广西医科大学和115个来自玉林红十字医院的样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
37 2025-12-14
Uncovering functional divergence and cellular clusters with specific gene signatures in HNSCC clonal spheroids
2025-Dec-12, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 本研究通过生成头颈鳞状细胞癌的克隆球体,揭示了其功能异质性,并利用单细胞RNA测序鉴定了与增殖和迁移相关的细胞簇及基因特征 首次在HNSCC克隆球体中识别出超增殖和低增殖球体的功能差异,并通过scRNA-seq发现与肿瘤微环境相关的细胞簇,其基因表达模式与TCGA数据集匹配 研究仅基于细胞系和患者肿瘤细胞生成的球体,样本量有限,且未涵盖所有HNSCC亚型 探究HNSCC克隆球体的功能异质性及其与肿瘤进展的关系 HNSCC细胞系和患者肿瘤细胞生成的克隆球体 单细胞组学 头颈鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 来自HNSCC细胞系和患者肿瘤细胞的克隆球体,具体数量未明确 NA 单细胞RNA-seq NA NA
38 2025-12-14
Tumor-stromal crosstalk and macrophage enrichment are associated with chemotherapy response in bladder cancer
2025-Dec-12, FEBS open bio IF:2.8Q3
研究论文 本研究通过功能性离体膀胱癌组织切片模型结合空间转录组学,揭示了肿瘤-基质相互作用和巨噬细胞富集与膀胱癌化疗反应的关系 首次使用功能性离体膀胱癌组织切片模型结合空间转录组学分析,发现SPP1基因作为潜在预测生物标志物,并揭示了巨噬细胞招募在化疗耐药中的新机制 样本量相对较小(n=64),且为离体模型,可能无法完全模拟体内复杂微环境 探究肿瘤-基质相互作用和巨噬细胞招募在膀胱癌化疗耐药中的作用机制 肌肉浸润性膀胱癌(MIBC)患者组织样本 数字病理学 膀胱癌 空间转录组学 NA 空间转录组数据 64个空间转录组样本 NA 空间转录组学 NA NA
39 2025-12-14
Systemic immune activity occurs during human immune system maturation
2025-Dec-11, Cell IF:45.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序,分析了321个样本中2,868,420个免疫细胞,揭示了人类免疫系统在妊娠中期成熟过程中的系统性免疫活动 发现了胸腺外CD4 T细胞亚群介导TOX2前体细胞向成熟初始CD4 T细胞的转变,挑战了胎儿免疫静默的现有范式,揭示了跨器官共享的记忆/活化T细胞和驻留记忆克隆,并识别了两种抑制胎儿T细胞活化的耐受机制 NA 探究人类免疫系统在妊娠中期的成熟过程和耐受机制 人类胎儿和成人组织中的免疫细胞,包括23个器官的样本 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 NA 单细胞RNA测序数据, T细胞受体测序数据 321个样本,涵盖23个器官,包括成人组织作为对照 NA 单细胞RNA-seq, T细胞受体测序 NA NA
40 2025-12-14
Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genetic regulation in lung cancer
2025-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞eQTL图谱揭示了肺癌中细胞类型特异性的遗传调控机制 构建了迄今最大规模的人类肺组织单细胞eQTL图谱,发现超过60%的sc-eQTLs具有细胞类型特异性,且47%的已知NSCLC易感位点表现出细胞类型特异性的多效性遗传调控 研究未明确说明样本的临床分期或亚型分布,可能影响结果的普适性 阐明肺癌遗传易感性的细胞类型特异性调控机制 222名捐赠者的肺组织单细胞RNA测序数据 单细胞组学 肺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) eQTL分析 单细胞转录组数据 222名捐赠者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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