单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-14	Overcoming immunotherapy resistance in colorectal cancer through nano-selenium probiotic complexes and IL-32 modulation 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123233 PMID:40081224	研究论文	本研究提出了一种利用纳米硒益生菌复合物和IL-32调节来克服结直肠癌免疫治疗耐药性的创新方法	首次将硒纳米颗粒负载的细胞外囊泡与IL-32和工程益生菌大肠杆菌Nissle 1917结合，形成SeNVs@NE-IL32-EcN复合物，用于增强CD8+ T细胞介导的免疫反应	研究主要在人类化异种移植小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	克服结直肠癌免疫治疗耐药性，增强CD8+ T细胞介导的免疫反应	结直肠癌患者和人类化异种移植小鼠模型	癌症免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、电子显微镜、动态光散射(DLS)	人类化异种移植小鼠模型	RNA测序数据、显微镜图像、光散射数据	未明确提及具体样本数量，但包括结直肠癌患者样本和人类化小鼠模型
2	2025-05-14	Exploration of immune cell heterogeneity by single-cell RNA sequencing and identification of secretory leukocyte protease inhibitor as an oncogene in pancreatic cancer 2025-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24200 PMID:38476085	研究论文	通过单细胞RNA测序探索胰腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞异质性，并鉴定分泌性白细胞蛋白酶抑制剂（SLPI）作为胰腺癌的致癌基因	利用单细胞测序技术鉴定了胰腺癌肿瘤微环境中的八种细胞亚群，并揭示了SLPI在胰腺癌中的致癌作用	研究未涉及SLPI作为治疗靶点的临床前或临床试验验证	探索胰腺癌肿瘤微环境的细胞异质性及潜在治疗靶点	胰腺癌肿瘤微环境中的细胞亚群及SLPI基因	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3	2025-05-14	RETRACTED: Exploring the tumor microenvironment: Chemokine-related genes and immunotherapy/chemotherapy response in clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24190 PMID:38488671	research paper	本研究通过分析透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的肿瘤微环境，识别了与化疗/免疫治疗反应相关的趋化因子相关基因，并构建了一个预后模型	构建了一个基于趋化因子相关基因的新型预后模型，并发现IGF2BP3在调节ccRCC对舒尼替尼耐药性中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证	探索肿瘤微环境中趋化因子相关基因对ccRCC治疗反应的影响	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者和细胞系	digital pathology	肾癌	RNA-seq, scRNA-seq, CCK-8, Western blot, RT-qPCR	预后模型	转录组数据	531例批量转录组数据，单细胞RNA测序数据集GSE159115，786-O和A498细胞系
4	2025-05-14	Single-cell analysis of diquat-induced oxidative stress and its impact on organ-specific toxicity 2025-Jun-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118246 PMID:40327929	研究论文	通过单细胞/单核RNA测序技术，研究了敌草快（DQ）中毒后小鼠肺、肝和肾在多时间点的氧化应激微环境及其对多器官损伤的影响	首次构建了包含超过27万个细胞的多器官单细胞图谱，揭示了DQ诱导的氧化应激微环境在血管内皮细胞和实质细胞中的核心作用及其通过代谢重编程加剧组织损伤的机制	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本；未探讨长期暴露于DQ的效应	阐明敌草快中毒导致多器官损伤的病理生理学和复杂分子机制	敌草快中毒小鼠的肺、肝和肾组织	单细胞组学	中毒性疾病	scRNA-seq/snRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	超过27万个细胞（来自不同时间点的肺、肝、肾组织及对照组）
5	2025-05-14	Hypoxia-induced RHCG as a key regulator in psoriasis and its modulation by secukinumab 2025-Jun, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250742 PMID:40351602	研究论文	本文研究了缺氧诱导的RHCG在银屑病中的关键调控作用及其通过secukinumab的调节机制	揭示了RHCG在缺氧条件下对银屑病发病机制的新作用，并比较了不同治疗方法对RHCG表达的影响	RHCG在银屑病中的具体分子机制尚未完全阐明	探究RHCG在银屑病发病机制中的作用及其治疗潜力	角质形成细胞（KCs）和免疫细胞	生物信息学	银屑病	空间转录组学分析、单细胞转录组学分析、批量数据分析	NA	转录组数据、临床样本数据	未明确说明样本数量
6	2025-05-14	Unraveling the Heterogeneity of CD8+ T-Cell Subsets in Liver Cirrhosis: Implications for Disease Progression 2025-May-15, Gut and liver IF:3.4Q2 DOI:10.5009/gnl230345 PMID:38623058	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序数据分析，揭示了肝硬化中CD8+ T细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	首次在肝硬化中鉴定出八种CD8+ T细胞亚型，特别是发现CXCL13+ Tex细胞与疾病严重程度和不良预后相关	研究主要基于转录组数据，缺乏对CD8+ T细胞功能机制的深入实验验证	阐明CD8+ T细胞在肝硬化中的分子调控机制及其对疾病进展的影响	肝硬化患者的CD8+ T细胞	免疫学	肝硬化	转录组测序, 单细胞测序	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据	NA
7	2025-05-14	Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403195R PMID:40322970	研究论文	本文研究了遗传学和脂质代谢物与严重SARS-CoV-2感染的关系，通过RNA-seq和脂肪酸分析揭示了特定脂质介质和DNA损伤通路与疾病严重程度的相关性	首次发现特定脂质介质（如AA和EPA）及其合成基因与SARS-CoV-2感染严重程度显著相关，并揭示了DNA损伤通路在疾病进程中的作用	样本量较小（仅10名感染者和10名未感染者），且未考虑其他潜在影响因素	探究遗传学和脂质代谢物在严重SARS-CoV-2感染中的作用机制	SARS-CoV-2感染患者的外周血单核细胞（PBMCs）和血浆样本，以及鼻咽拭子样本	生物医学	COVID-19	bulk RNA-seq, 脂肪酸面板分析, scRNA-seq数据分析	NA	RNA-seq数据, 脂质代谢数据, 单细胞转录组数据	20名患者（10名感染者和10名未感染者）的PBMCs和血浆样本，58名健康与COVID-19参与者的鼻咽拭子样本
8	2025-05-14	Development of a machine learning-based predictive risk model combining fatty acid metabolism and ferroptosis for immunotherapy response and prognosis in prostate cancer 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02484-5 PMID:40355680	研究论文	本研究结合铁死亡和脂肪酸代谢基因，开发了一种基于机器学习的预测风险模型，用于前列腺癌的免疫治疗反应和预后	整合了批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据，构建了一个结合铁死亡和脂肪酸代谢基因的预后模型，并通过实验验证了CD38过表达对铁死亡的影响	模型仅在TCGA-PRAD和DFKZ队列中进行了验证，需要更多独立队列的进一步验证	开发前列腺癌的预后模型和个性化治疗策略	前列腺癌患者	机器学习	前列腺癌	RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	Lasso + Random Survival Forest (RSF)	RNA测序数据	TCGA-PRAD数据集和DFKZ队列
9	2025-05-14	MHCIIhiLYVE1loCCR2hi Interstitial Macrophages Promote Medial Fibrosis in Pulmonary Arterioles and Contribute to Pulmonary Hypertension 2025-May-13, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326173 PMID:40357547	research paper	该研究探讨了间质巨噬细胞（iMΦ）在肺动脉高压（PH）中促进肺动脉纤维化的机制	首次发现MHCIIhiLYVE1loCCR2hi iMΦs通过WNT11/PCP通路促进肺动脉平滑肌细胞向成纤维细胞样表型转变	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本验证有限	阐明肺动脉高压中肺动脉纤维化的细胞和分子机制	肺动脉高压患者和实验性PH动物的肺组织样本	病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、谱系追踪、组织学分析、共培养实验、转基因动物实验	NA	基因表达数据、组织学图像	患者和实验动物样本（具体数量未明确说明）
10	2025-05-14	Cambridge Neoadjuvant Cancer of the Prostate (CANCAP03): A Window Study into the Effects of Olaparib ± Degarelix in Primary Prostate Cancer 2025-May-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1304 PMID:40358364	研究论文	研究PARP抑制剂和雄激素阻断联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	首次在无同源重组修复通路突变的患者中研究PARP抑制剂与雄激素阻断联合治疗的临床效果及生物学机制	样本量较小，且仅观察了短期治疗效果	探究PARP抑制剂与雄激素阻断联合治疗在原发性前列腺癌中的效果及作用机制	原发性前列腺癌患者	肿瘤学	前列腺癌	IHC, 肿瘤基因测序, 突变分析, RNA-seq (包括bulk和single-cell RNA-seq)	NA	组织样本, 基因表达数据	NA (未明确提及具体样本数量)
11	2025-05-14	RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Sequencing Analysis Reveals Intra-Tumor Heterogeneity in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-May-13, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24542 PMID:40358431	撤稿声明	该文章因提交和同行评审过程存在问题，且作者未回应验证肿瘤样本和细胞系来源的要求，被撤稿	NA	文章因提交和同行评审过程被破坏，且作者未提供样本来源验证，导致撤稿	NA	NA	NA	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	NA	NA
12	2025-05-14	Epigenetic dynamics and molecular mechanisms in oncogenesis, tumor progression, and therapy resistance 2025-May-13, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04217-5 PMID:40358685	综述	本文综述了癌症进展中遗传、表观遗传和分子机制的动态相互作用，重点关注致癌基因和肿瘤抑制基因的遗传改变、表观遗传修饰及其对肿瘤发生、发展和治疗抵抗的影响	整合了分子、遗传和表观遗传视角，强调了创新靶向治疗方法的必要性，并探讨了CRISPR-Cas9介导的表观基因组编辑和单细胞RNA测序等前沿技术在癌症研究中的应用	作为综述文章，未提出新的实验数据或临床验证	探讨癌症发生、发展和治疗抵抗的分子机制，为开发更有效的治疗方法提供理论基础	癌症细胞及其微环境	肿瘤生物学	癌症	CRISPR-Cas9介导的表观基因组编辑、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
13	2025-05-14	Characterization of ROMK cellular heterogeneity along the mouse kidney thick ascending limb 2025-May-13, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-025-03086-4 PMID:40358700	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光成像技术，揭示了小鼠肾脏厚升支（TAL）中ROMK通道的细胞异质性及其与分子标记的关联	首次发现ROMK蛋白在TAL细胞中的分布与分子标记（Ptger3和Foxq1 mRNA）相关，揭示了TAL细胞的功能异质性	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究肾脏厚升支（TAL）中ROMK通道的细胞异质性及其功能意义	小鼠肾脏厚升支（TAL）细胞	分子生物学	NA	RNAscope原位杂交（ISH）、迭代间接免疫荧光成像（4i多重标记）、机器学习	NA	RNA测序数据、图像数据	未明确提及样本数量，但使用小鼠肾脏组织
14	2025-05-14	Multi-omics Analysis Reveals the Propagation Mechanism of Ferroptosis in Acute Kidney Injury 2025-May-13, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02311-7 PMID:40358793	研究论文	通过多组学分析揭示了急性肾损伤中铁死亡的传播机制	首次揭示了GPX4、FTH1和FTL基因在急性肾损伤中铁死亡传播中的关键作用，并发现KLF6作为铁死亡相关基因的抑制因子	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本数据，需要在更大规模的人类研究中验证	探究急性肾损伤中铁死亡的传播机制	急性肾损伤患者的肾脏组织和双侧肾缺血再灌注损伤小鼠模型	生物医学	急性肾损伤	snRNA-seq、空间转录组学、染色质可及性分析	小鼠模型	基因表达数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，包括AKI患者和健康人的肾脏组织以及小鼠模型
15	2025-05-14	Cancer-associated fibroblasts and metabolic reprogramming predict pathologic response to neoadjuvant PD-1 blockade in resected non-small cell lung cancer 2025-May-13, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01067-4 PMID:40358847	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）和代谢重编程在预测非小细胞肺癌（NSCLC）新辅助PD-1阻断治疗病理反应中的作用	发现了CAFs和T细胞亚群在免疫治疗中的功能变化，以及甲硫氨酸循环作为T细胞分化和良好病理反应的预测因子	研究依赖于已发表的单细胞RNA测序数据集和局部队列，可能受限于样本量和数据来源的多样性	揭示免疫治疗抵抗的潜在机制，以改善非小细胞肺癌患者的治疗效果	非小细胞肺癌患者，特别是接受新辅助免疫治疗的III期患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	两个已发表的scRNA-seq数据集和一个局部队列，以及四个公共ICI转录组队列
16	2025-05-14	AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation 2025-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640907 PMID:40093069	研究论文	利用AI驱动的单细胞RNA测序分析揭示了视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态	首次在炎症视网膜中识别出九个Müller细胞亚群和五个T细胞亚群，并发现激活的Müller细胞表现出巨噬细胞样表型	研究仅基于Aire-/-小鼠模型，可能无法完全反映人类视网膜自身免疫炎症的情况	探索视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态及其与T细胞的相互作用	Aire-/-小鼠视网膜中的Müller细胞和T细胞	数字病理学	视网膜自身免疫炎症	scRNA-seq, AI分析	SCassist	单细胞RNA测序数据	Aire-/-小鼠视网膜样本
17	2025-05-14	Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data 2025-May-12, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279857.124 PMID:40262896	研究论文	本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路	stMLnet方法首次整合了空间信息和多层信号调控机制，以识别空间转录组数据中的多层细胞间通讯及信号反馈环路	NA	开发一种能够整合空间信息和复杂信号机制的方法，以推断功能性细胞间通讯	空间转录组数据中的多层细胞间通讯及信号反馈环路	空间转录组学	COVID-19感染的肺组织	seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq	stMLnet	空间转录组数据	多种空间分辨率和基因覆盖率的ST数据
18	2025-05-14	A Machine Learning-Based Strategy Predicts Selective and Synergistic Drug Combinations for Relapsed Acute Myeloid Leukemia 2025-May-12, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3840 PMID:40354625	research paper	该研究开发了一种基于机器学习的策略，用于预测复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者的个性化药物组合	利用单细胞转录组学和单药反应谱数据，通过机器学习优先考虑最有前景的药物组合，针对治疗耐药的白血病细胞进行个性化治疗	初步实验仅在临床试验样本中进行，需要进一步验证	提高复发/难治性急性髓系白血病患者的治疗效果	复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者	machine learning	acute myeloid leukemia	single-cell transcriptomics	machine learning	transcriptomics data, drug response profiles	primary patient samples from clinical trials
19	2025-05-14	Inhibition of DOCK1 suppresses Notch signalling pathway and impairs leukaemogenesis 2025-May-12, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.20140 PMID:40355246	研究论文	本研究探讨了DOCK1在急性髓系白血病(AML)中的临床和致病作用，并验证了其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了DOCK1在AML中的病理作用及其通过Notch信号通路促进白血病发生的机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本数量有限(341例)	探究DOCK1在AML发生发展中的作用及其分子机制	急性髓系白血病(AML)患者样本、细胞系、异种移植模型和Dock1条件性敲除小鼠	肿瘤生物学	急性髓系白血病	转录组分析、单细胞RNA测序	Dock1条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、临床数据	341例新发非M3型AML患者样本、细胞系和小鼠模型
20	2025-05-14	STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data 2025-May-12, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280031.124 PMID:40355284	research paper	提出了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合多种空间转录组学数据分析工具的结果，以提高空间域检测的准确性和稳定性	开发了STCC框架，通过多种共识策略（如Onehot-based、average-based、hypergraph-based和wNMF-based方法）整合现有工具的结果，显著提高了空间域检测的准确性和稳定性	未明确提及具体局限性，但可能包括对不同实验平台和数据类型的适应性有待进一步验证	提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	共识聚类策略（Onehot-based、average-based、hypergraph-based、wNMF-based）	NA	空间转录组学数据	模拟数据和真实数据（未明确提及具体样本数量）