单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4841	2025-01-12	Identification of cancer cell-intrinsic biomarkers associated with tumor progression and characterization of SFTA3 as a tumor suppressor in lung adenocarcinomas 2025-Jan-08, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13395-z PMID:39780110	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据识别了与肺腺癌进展相关的癌症细胞内在基因特征，并全面分析了SFTA3在肺腺癌中的作用	构建了一个包含八个基因的预后模型，并首次揭示了SFTA3在肺腺癌中的肿瘤抑制作用及其潜在诊断价值	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量有限，且未进行大规模临床验证	识别与肺腺癌进展相关的癌症细胞内在生物标志物，并探讨SFTA3在肺腺癌中的作用	肺腺癌患者及其血清样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
4842	2025-01-12	Tokay gecko tail regeneration involves temporally collinear expression of HOXC genes and early expression of satellite cell markers 2025-Jan-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-02111-9 PMID:39780185	研究论文	本研究探讨了托卡壁虎尾部再生过程中的基因表达模式，并与胚胎尾部发育进行了比较	揭示了托卡壁虎尾部再生过程中HOXC基因的时间共线性表达及卫星细胞标记物的早期表达，与胚胎发育模式不同	研究仅限于托卡壁虎，未涉及其他蜥蜴物种的尾部再生机制	探究托卡壁虎尾部再生的分子机制及其与胚胎发育的差异	托卡壁虎的尾部再生和胚胎尾部发育	发育生物学	NA	转录组学、单细胞测序、原位杂交	NA	基因表达数据	托卡壁虎尾部再生的七个阶段和胚胎尾部发育的三个阶段
4843	2025-01-12	Role and mechanism of LINC02390 and its potential target genes, CLECL1 and CD69, in immune microenvironment of lung adenocarcinoma 2025, Technology and health care : official journal of the European Society for Engineering and Medicine IF:1.4Q3 DOI:10.3233/THC-241452 PMID:39269874	研究论文	本文探讨了LINC02390及其潜在靶基因CLECL1和CD69在肺腺癌免疫微环境中的作用和机制	首次发现LINC02390及其靶基因CLECL1和CD69与肺腺癌患者预后及免疫微环境的关系	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	寻找能预测肺腺癌预后的生物标志物，并探索其在免疫微环境中的作用	肺腺癌患者及其相关基因表达	生物信息学	肺腺癌	生存分析、GO和KEGG分析、单细胞测序、免疫组化染色	NA	基因表达数据、临床组织样本	在线数据库cbioportal和TIMER中的基因突变数据，单细胞测序数据集GSE111894，临床组织样本
4844	2025-01-12	Tertiary Lymphoid Structure in Dental Pulp: The Role in Combating Bacterial Infections 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406684 PMID:39465672	研究论文	本研究探讨了牙髓中三级淋巴结构（TLS）在对抗细菌感染中的作用	首次在牙髓中揭示了TLS的形成及其在感染反应中的功能，并识别了可能驱动TLS形成的关键分子CCL3	研究中使用的样本量未明确说明，且主要基于单细胞RNA测序和免疫荧光染色，可能限制了结果的广泛适用性	研究牙髓中TLS的形成及其在免疫反应中的作用	健康和发炎的人牙髓样本及小鼠牙髓炎模型	免疫学	牙髓炎	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	RNA序列数据，图像数据	未明确说明
4845	2025-01-12	Targeting SLITRK4 Restrains Proliferation and Liver Metastasis in Colorectal Cancer via Regulating PI3K/AKT/NFκB Pathway and Tumor-Associated Macrophage 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400367 PMID:39499724	研究论文	本文研究了SLITRK4在结直肠癌（CRC）肝转移中的作用及其通过调节PI3K/AKT/NFκB通路和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的机制	首次发现SLITRK4在CRC肝转移中的关键作用，并通过系统性siRNA递送的脂质-聚合物杂化纳米颗粒（NPs）验证了其治疗潜力	研究主要依赖于体外和体内模型，尚未进行大规模临床试验	探索CRC肝转移的新驱动因素及其治疗策略	结直肠癌患者及其肝转移组织	癌症研究	结直肠癌	转录组分析、单细胞RNA测序、脂质-聚合物杂化纳米颗粒	体外和体内模型	RNA测序数据、细胞培养数据	人类患者的原发癌旁组织、结直肠肿瘤和转移组织
4846	2025-01-12	Identifying Multiomic Signatures of X-Linked Retinoschisis-Derived Retinal Organoids and Mice Harboring Patient-Specific Mutation Using Spatiotemporal Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405818 PMID:39503290	研究论文	本文通过多组学方法结合单细胞RNA测序和时空转录组学，揭示了X连锁视网膜劈裂症（XLRS）的转录组特征，并验证了潜在的治疗靶点	首次结合高吞吐量单细胞RNA测序和时空转录组学，解析XLRS特异性转录组特征，并验证了慢性内质网应激/eIF2α信号通路的治疗潜力	研究仅限于两种XLRS样模型（基因工程小鼠和患者来源的视网膜类器官），未涉及其他XLRS突变模型	解析XLRS的分子病理机制并探索潜在治疗靶点	基因工程小鼠和患者来源的视网膜类器官	数字病理	视网膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、时空转录组学（ST）、蛋白质组学分析	NA	转录组数据、蛋白质数据	两种XLRS样模型（基因工程小鼠和患者来源的视网膜类器官）
4847	2025-01-12	Advances on the Role of Lung Macrophages in the Pathogenesis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease in the Era of Single-Cell Genomics 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.100160 PMID:39781522	综述	本文综述了肺巨噬细胞在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的作用，特别是在单细胞基因组学时代的新发现	利用单细胞RNA测序技术揭示了COPD中巨噬细胞的分子异质性，提供了对巨噬细胞在COPD中作用的新见解	文章主要基于已有文献综述，缺乏新的实验数据支持	探讨肺巨噬细胞在COPD发病机制中的复杂作用	肺巨噬细胞及其在COPD中的亚群	单细胞基因组学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4848	2025-01-12	Construction and validation of prognosis and treatment outcome models based on plasma membrane tension characteristics in bladder cancer 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18816 PMID:39790460	研究论文	本研究基于膀胱癌患者的血浆膜张力相关基因（MTRGs）构建并验证了预后和治疗结果模型	首次揭示了MTRGs在膀胱癌肿瘤微环境中的预后意义及其与免疫浸润模式的相关性，并发现DCBLD2作为潜在的治疗靶点	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨MTRGs在膀胱癌中的具体机制及其对预后的影响	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	转录组分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、伤口愈合实验、Transwell实验	LASSO回归、Cox回归分析	转录组数据、临床数据、突变数据	来自TCGA和GEO数据库的膀胱癌患者数据
4849	2025-01-12	PD-1+CD8+ T Cell-Mediated Hepatocyte Pyroptosis Promotes Progression of Murine Autoimmune Liver Disease 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407284 PMID:39494472	研究论文	本文探讨了自身免疫性肝病中效应途径的具体机制，通过单细胞测序和体外分析，识别了肝脏中PD-1+CD8+ T细胞的一个特定致病亚群，并揭示了其通过GSDMD介导的细胞焦亡促进疾病进展的机制	本文首次识别了肝脏中PD-1+CD8+ T细胞的一个特定致病亚群，并揭示了其通过GSDMD介导的细胞焦亡促进疾病进展的机制，为自身免疫性肝病的治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨自身免疫性肝病中效应途径的具体机制，并寻找潜在的治疗靶点	dnTGFβRII Aire小鼠模型中的PD-1+CD8+ T细胞	免疫学	自身免疫性肝病	单细胞测序，体外分析	小鼠模型	单细胞数据，体外实验数据	dnTGFβRII Aire小鼠模型
4850	2025-01-12	Landscape of the Peripheral Immune Response Induced by Intraoperative Radiotherapy Combined with Surgery in Early Breast Cancer Patients 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308174 PMID:39494578	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序，分析了早期乳腺癌患者在接受术中放疗（IORT）联合手术前后的外周血单核细胞（PBMCs）的免疫反应	首次全面分析了IORT联合手术对早期乳腺癌患者外周血免疫细胞的影响，揭示了IORT对T细胞、单核吞噬细胞和浆细胞比例的调节作用，以及其对CD8Teff_GZMK细胞毒性评分和T细胞克隆扩增的显著影响	研究样本量有限，且仅针对早期乳腺癌患者，未涉及其他类型癌症或晚期患者	探讨IORT联合手术对早期乳腺癌患者外周血免疫反应的影响	早期乳腺癌患者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	早期乳腺癌患者的外周血单核细胞样本
4851	2025-01-12	Are oligodendrocytes bystanders or drivers of Parkinson's disease pathology? 2025-Jan, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002977 PMID:39777410	评论	本文探讨了少突胶质细胞在帕金森病病理中的潜在作用，强调了其在疾病早期阶段的重要性	提出了少突胶质细胞在帕金森病早期阶段可能扮演重要角色的新观点，挑战了传统上认为帕金森病仅是神经元疾病的观点	目前对少突胶质细胞在帕金森病中的实际功能角色仍高度推测性，需要更多科学研究来深入理解	探讨少突胶质细胞在帕金森病病理中的作用，以寻找有效的疾病修饰疗法	少突胶质细胞	神经科学	帕金森病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
4852	2025-01-12	Inhibition of Abdominal Aortic Aneurysm Progression Through the CXCL12/CXCR4 Axis via MiR206-3p Sponge 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70328 PMID:39779470	研究论文	本文研究了通过MiR206-3p海绵抑制CXCL12/CXCR4轴对腹主动脉瘤（AAA）进展的影响	提出MiR206-3p海绵作为一种创新治疗策略，通过抑制CXCL12/CXCR4信号通路来减缓AAA的进展和破裂风险	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究仍需进一步验证	探讨CXCL12/CXCR4信号通路在AAA发展中的具体作用及其作为治疗靶点的潜力	腹主动脉瘤（AAA）小鼠模型和人类AAA患者	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序分析、血清ELISA、体内外实验	小鼠模型	RNA测序数据、血清数据	人类AAA患者和小鼠模型
4853	2025-01-12	Lactylation-driven TNFR2 expression in regulatory T cells promotes the progression of malignant pleural effusion 2024-Dec-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010040 PMID:39721754	研究论文	本研究探讨了乳酸通过组蛋白H3K18乳酸化调控TNFR2在调节性T细胞中的表达及其在恶性胸腔积液（MPE）进展中的作用	揭示了乳酸通过组蛋白H3K18乳酸化调控TNFR2表达的机制，并提出了针对Treg细胞乳酸代谢的MPE治疗新策略	研究主要基于单细胞RNA测序和动物模型，尚未在更大规模的人体临床试验中验证	探究TNFR2在调节性T细胞中的表达调控机制及其在MPE进展中的作用	TNFR2+和TNFR2-调节性T细胞，以及人类和小鼠的恶性胸腔积液	肿瘤免疫学	恶性胸腔积液	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类和小鼠的恶性胸腔积液样本
4854	2025-01-12	Global identification of mammalian host and nested gene pairs reveal tissue-specific transcriptional interplay 2024-Dec-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279430.124 PMID:39578100	研究论文	本文提供了一个关于小鼠和人类中宿主/嵌套基因对的最新目录，揭示了这些基因对在组织特异性转录中的相互作用	首次全面注释了宿主/嵌套基因对的位置及其表达模式，并发现这些基因对的转录共现具有组织特异性，尤其是在睾丸中	研究主要集中在小鼠和人类，未涉及其他哺乳动物	研究宿主/嵌套基因对在哺乳动物基因组中的转录相互作用	小鼠和人类的宿主/嵌套基因对	基因组学	NA	scRNA-seq分析	NA	基因序列数据	小鼠和人类的基因数据
4855	2025-01-12	Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships 2024-Dec-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279037.124 PMID:39438113	研究论文	本文介绍了modENCODE和modERN联盟在果蝇和线虫中系统测定转录因子（TF）结合事件的研究成果	揭示了TF与染色质结合形成“metapeaks”的现象，并结合ChIP-seq和单细胞RNA-seq数据，通过机器学习模型识别了在特定细胞类型中促进目标基因表达的TF	研究主要局限于果蝇和线虫两种模式生物，可能不适用于其他生物	解析转录因子在基因组中的结合位点，以揭示调控关系	果蝇和线虫的转录因子	基因组学	NA	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	基因组数据, 单细胞RNA-seq数据	605个果蝇TF和356个线虫TF，分别识别了360万和90万个结合位点
4856	2025-01-12	Protocol for Xenium spatial transcriptomics studies using fixed frozen mouse brain sections 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103420 PMID:39535916	研究论文	本文介绍了一种使用固定冷冻小鼠脑切片进行Xenium空间转录组学研究的协议	除了10× Genomics验证的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）和新鲜冷冻切片外，固定冷冻薄脑切片也与Xenium平台兼容，并提供出色的成像和定量结果	NA	开发一种用于Xenium空间转录组学研究的协议	固定冷冻小鼠脑切片	数字病理学	NA	Xenium空间转录组学	NA	图像	NA
4857	2025-01-12	Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma 2024-Dec-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001191 PMID:39666875	研究论文	本研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，深入解析了多灶性肝细胞癌（HCC）中肿瘤微环境（TME）的异质性	首次在单细胞分辨率下对多灶性HCC的TME进行全外显子测序和单细胞RNA测序的综合分析，揭示了IM和MO之间TME的显著差异	样本量较小，仅包括7名患者的23个样本，可能限制结果的普遍性	解析多灶性肝细胞癌中肿瘤微环境的异质性，以改善诊断和治疗策略	多灶性肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	全外显子测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA数据	7名患者的23个样本
4858	2025-01-12	Single-Cell Transcriptomics Sheds Light on Tumor Evolution: Perspectives from City of Hope's Clinical Trial Teams 2024-Dec-10, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm13247507 PMID:39768430	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在肿瘤进化研究中的应用，特别是其在临床试验设计中的实施挑战和技术考虑	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，在个体细胞水平上分析肿瘤异质性，从而更深入地理解肿瘤生长、进展和药物反应	实施单细胞方法在临床试验中面临挑战，如获取高质量细胞、技术变异性和需要复杂的计算分析	研究肿瘤异质性如何影响肿瘤进化和治疗反应，以开发更有效的治疗方法并改善患者预后	乳腺癌、脑癌和卵巢癌的肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌、脑癌、卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
4859	2025-01-12	Deciphering progressive lesion areas in breast cancer spatial transcriptomics via TGR-NMF 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae707 PMID:39780487	研究论文	本研究通过开发三图正则化非负矩阵分解（TGR-NMF）方法，旨在解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	提出了TGR-NMF方法，通过整合基因表达邻域拓扑和空间位置邻域拓扑，构建了可解释的低维空间转录组数据表示，并揭示了乳腺癌进展的病变区域	NA	解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	乳腺癌组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	TGR-NMF	基因表达数据	NA
4860	2025-01-12	Targeting squalene epoxidase restores anti-PD-1 efficacy in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis-induced hepatocellular carcinoma 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331117 PMID:38744443	研究论文	本研究探讨了角鲨烯环氧化酶（SQLE）在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎诱导的肝细胞癌（MASH-HCC）中的作用，特别是其在调节肿瘤免疫微环境中的角色	首次揭示了SQLE通过影响CD8+ T细胞功能和增加免疫抑制性髓源性抑制细胞（MDSCs）来抑制抗肿瘤反应，并证明靶向SQLE可以恢复抗PD-1治疗在MASH-HCC模型中的疗效	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨SQLE在MASH-HCC中的免疫调节作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞特异性SQLE转基因和敲除小鼠，以及MASH-HCC模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确提及具体样本数量