单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4821	2025-01-14	Size matters: the impact of nucleus size on results from spatial transcriptomics 2023-04-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04129-z PMID:37081484	研究论文	本文研究了连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响，特别是在人类死后大脑中的应用	提出了连续切片数据整合（CSDI）方法，以提高空间转录组学数据的聚类和解卷积准确性	研究主要针对人类死后大脑，可能不适用于其他组织或活体样本	探讨连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响	人类死后大脑	空间转录组学	NA	Visium Spatial Gene Expression (ST), 单核RNA-seq	NA	空间转录组学数据	人类死后大脑样本
4822	2025-01-13	Functional analysis of yak alveolar type II epithelial cells at high and low altitudes based on single-cell sequencing 2025-Feb, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119889 PMID:39681250	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了高海拔和低海拔环境下牦牛肺泡II型上皮细胞的功能差异	首次构建了牦牛肺组织的单细胞图谱，揭示了高海拔环境下AEC II的免疫调节、粘附和代谢活动的增强	研究仅针对牦牛，未涉及其他高原动物或人类的适应性机制	探讨牦牛肺泡II型上皮细胞在高海拔和低海拔环境下的适应性差异	牦牛肺泡II型上皮细胞	单细胞测序	NA	10×单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	高海拔（4000米）和低海拔（2600米）的牦牛肺组织样本
4823	2025-01-13	Identification and Construction of a R-loop Mediated Diagnostic Model and Associated Immune Microenvironment of COPD through Machine Learning and Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan-11, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02232-x PMID:39798034	研究论文	本文通过机器学习和单细胞转录组学技术，识别并构建了R-loop介导的慢性阻塞性肺疾病（COPD）诊断模型及其相关的免疫微环境	首次利用12种机器学习算法（150种组合）识别出14个与COPD相关的核心R-loop调节因子（RLRs），并基于这些RLRs构建了COPD风险评分模型，区分出两种不同的COPD亚型	研究主要基于转录组数据，未涉及其他类型的数据验证，且样本量未明确说明	探讨R-loop调节因子在COPD中的作用，并构建基于RLRs的COPD诊断模型	COPD患者的肺组织样本和COPD小鼠的肺组织	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序、RT-PCR	机器学习模型	转录组数据	NA
4824	2025-01-11	Targeting pathological brain activity-related to neuroinflammation through scRNA-seq for new personalized therapies in Parkinson's disease 2025-Jan-10, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02086-7 PMID:39788941	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4825	2025-01-13	The role of histone lactylation genes in hepatocellular carcinoma prognostic models and their immune cell infiltration features: a comprehensive analysis of single-cell, spatial transcriptome, Mendelian randomization and experiment 2025-Jan-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01775-1 PMID:39789404	研究论文	本文通过多种机器学习方法构建并验证了与组蛋白赖氨酸乳酸化（Kla）相关的基因模型，探讨了这些基因在肝细胞癌（HCC）预后模型中的作用及其与免疫细胞浸润特征的关系	首次构建了基于Kla相关基因的HCC预后模型，并结合单细胞分析、空间转录组学、孟德尔随机化和实验验证，全面探讨了Kla基因在HCC中的作用	研究依赖于多个数据库的整合数据，可能存在数据异质性问题，且实验验证仅限于Huh7和LO2细胞系	探索Kla相关基因在HCC预后模型中的作用及其与免疫细胞浸润特征的关系	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因和免疫细胞	机器学习	肝细胞癌	qRT-PCR, 单细胞分析, 空间转录组学, 孟德尔随机化	ROC, Kaplan‒Meier曲线, Cox回归, 决策曲线	基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	多个数据库的整合数据，Huh7和LO2细胞系
4826	2025-01-13	An antagonistic role of clock genes and lima1 in kidney regeneration 2025-Jan-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07455-8 PMID:39789202	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼在急性肾损伤后的基因表达动态和细胞状态，揭示了时钟基因per1a和nr1d1在肾脏再生中的重要作用	首次揭示了时钟基因per1a和nr1d1通过抑制lima1a在肾脏再生中的关键作用，并发现lima1a是时钟蛋白的直接靶标	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中进行验证	探讨时钟基因在肾脏再生中的作用机制	斑马鱼的肾脏再生过程	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	斑马鱼突变体模型	基因表达数据	斑马鱼急性肾损伤模型
4827	2025-01-13	Rapamycin improves satellite cells' autophagy and muscle regeneration during hypercapnia 2025-Jan-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182842 PMID:39589836	研究论文	本文研究了高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并探讨了雷帕霉素在改善这些过程中的作用	首次在体内研究了高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并发现雷帕霉素可以改善这些过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并测试雷帕霉素是否能逆转这些影响	卫星细胞和肌肉再生	生物医学	肌肉疾病	单细胞测序、批量测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
4828	2025-01-13	Idebenone Protects Photoreceptors Impaired by Oxidative Phosphorylation Disorder in Retinal Detachment 2025-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.1.17 PMID:39774627	研究论文	本文研究了氧化磷酸化（OXPHOS）功能障碍在视网膜脱离（RD）中的作用，并探讨了idebenone对RD模型中的OXPHOS功能障碍的改善作用	首次系统地研究了视网膜脱离后视网膜细胞的代谢变化，并验证了idebenone在改善OXPHOS功能障碍中的潜在作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍的机制及其对光感受器的影响	人类视网膜细胞和小鼠视网膜脱离模型	数字病理学	视网膜脱离	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4829	2025-01-13	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-Jan-02, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	研究论文	本研究通过结合定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，揭示了小鼠肠道上皮细胞更新的细胞机制	提出了基于两个循环群体的隐窝维持模型，并验证了干细胞区室在分泌和吸收谱系命运决定中的作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨肠道上皮细胞更新的细胞机制	小鼠肠道上皮细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射、数学建模、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	三种互补的小鼠模型
4830	2025-01-13	Single-cell transcriptomics of pediatric Burkitt lymphoma reveals intra-tumor heterogeneity and markers of therapy resistance 2025-Jan, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02431-3 PMID:39424708	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析了儿童伯基特淋巴瘤（BL）的肿瘤异质性及治疗抵抗的标志物	揭示了BL肿瘤内部的异质性，并识别了与治疗抵抗相关的候选生物标志物TPM2	研究样本仅限于EBV阴性的BL标本，可能不适用于所有BL患者	研究BL的异质性及区分治疗响应者与非响应者的特征	儿童伯基特淋巴瘤（BL）患者	数字病理学	伯基特淋巴瘤	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组数据	EBV阴性的BL标本
4831	2025-01-13	Harnessing machine learning and multi-omics to explore tumor evolutionary characteristics and the role of AMOTL1 in prostate cancer 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138402 PMID:39643184	研究论文	本研究利用单细胞测序和批量RNA测序，结合机器学习和多组学技术，开发并验证了肿瘤进化特征预测指标（TECPI），以探索前列腺癌的肿瘤进化特征及AMOTL1的作用	结合机器学习和多组学技术开发了TECPI，相比传统临床预测指标和81个已发表模型，TECPI在预后预测和患者治疗效果方面表现更优，并验证了AMOTL1在前列腺癌药效学中的关键作用	NA	探索前列腺癌的肿瘤进化特征及其在个性化精准医学中的应用	前列腺癌（PCa）	机器学习	前列腺癌	单细胞测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4832	2025-01-13	Autophagy Associated Genes (ARGs) -Based Predictive Model AIDPS for Prostate Cancer 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70213 PMID:39789383	研究论文	本研究旨在通过自噬相关基因（ARGs）构建预测模型AIDPS，用于前列腺癌的临床结果预测	利用单细胞测序数据和RNA测序数据，结合101种机器学习算法，构建了基于人工智能的预后签名（AIDPS）模型，该模型在前列腺癌的预后预测中表现优于其他已发表模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	识别和评估自噬相关特征，以预测前列腺癌患者的临床结果	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, RNA测序	Ridge模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的公共数据
4833	2025-01-13	Miltefosine reinvigorates exhausted T cells by targeting their bioenergetic state 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101869 PMID:39657666	研究论文	本文研究了米替福新如何通过改善T细胞的生物能量状态来恢复耗竭T细胞的功能	发现米替福新能够以不依赖PD-1/PD-L1的方式恢复CAR-T细胞的功能，并在终末耗竭状态下仍有效	研究主要基于体外模型和小鼠肿瘤模型，尚未进行人体临床试验	探索恢复耗竭T细胞功能的新方法，以提高免疫治疗的疗效	耗竭的CAR-T细胞和T细胞	免疫治疗	癌症	单细胞测序分析	CAR-T细胞模型	细胞实验数据	NA
4834	2025-01-13	Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq 2024-Nov-12, Aging DOI:10.18632/aging.206151 PMID:39537209	研究论文	本研究通过bulk和单细胞RNA-seq分析，揭示了与肝细胞癌（HCC）预后不良和免疫浸润相关的多个关键分子的上调	结合bulk和单细胞RNA-seq数据，构建了一个基于关键基因的HCC预后预测模型，并揭示了这些基因在免疫细胞中的高表达	由于肝癌的高度异质性，预测患者预后仍然具有挑战性	构建一个预测HCC预后的模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	LASSO回归模型	RNA表达数据和临床数据	TCGA提供的RNA表达和临床数据
4835	2025-01-13	New tools to study renal fibrogenesis 2024-07-01, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000988 PMID:38587103	综述	本文综述了单细胞和空间多组学技术在研究人类肾脏纤维化发展中的应用	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，识别了PDGFRα+/PDGFRβ+间充质细胞作为人类肾脏纤维化的主要细胞来源，并揭示了成纤维细胞和肌成纤维细胞的共同细胞状态及分子调控机制	需要精心设计和优化多组学实验，以解决与细胞谱系、可塑性和细胞间通讯相关的问题	探索人类肾脏纤维化发展的研究问题	健康人类肾脏和慢性肾脏病（CKD）患者的肾脏样本	生物医学研究	慢性肾脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	健康人类肾脏和CKD患者的肾脏样本
4836	2025-01-13	Differences in cell shape, motility, and growth reflect chromosomal number variations that can be visualized with live-cell ChReporters 2023-Dec-01, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E23-06-0207 PMID:37903225	研究论文	本文使用活细胞ChReporter方法识别单染色体缺失的细胞，以更好地理解细胞形状、运动性和生长差异	使用活细胞ChReporter方法可视化染色体数量变化，揭示细胞形态、运动性和生长差异	机械型-基因型关系复杂，需要进一步研究	理解染色体数量变化对细胞形态、运动性和生长的影响	标准癌细胞系	细胞生物学	癌症	活细胞ChReporter方法、单细胞RNA测序	NA	细胞图像、基因表达数据	标准癌细胞系的克隆群体
4837	2025-01-13	Sex specific molecular networks and key drivers of Alzheimer's disease 2023-06-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-023-00624-5 PMID:37340466	研究论文	本研究通过系统生物学方法探讨了阿尔茨海默病（AD）的性别特异性分子网络，并识别了关键驱动因素	首次整合大规模人类死后脑转录组数据，通过多尺度网络分析识别性别特异性分子网络和关键驱动因素，特别是LRP10在AD发病机制中的性别差异作用	研究主要依赖于死后脑样本，可能无法完全反映活体中的分子变化	探讨阿尔茨海默病的性别特异性分子机制，以促进性别和APOE基因型特异性治疗的发展	人类死后脑样本和AD小鼠模型	生物信息学	阿尔茨海默病	多尺度网络分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酵母双杂交系统筛选	EFAD小鼠模型	转录组数据	两个队列（MSBB和ROSMAP）的人类死后脑样本和AD小鼠模型
4838	2025-01-13	The hepatocyte growth factor/c-met pathway is a key determinant of the fibrotic kidney local microenvironment 2021-Oct-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103112 PMID:34622165	研究论文	本文研究了肝细胞生长因子/c-met信号通路在慢性肾病（CKD）模型中调节肾脏局部微环境（KLM）形成的作用	通过多学科方法，结合单细胞RNA测序数据和数学建模，揭示了c-met在肾小管细胞和巨噬细胞中的不同作用，并验证了c-met缺失对上皮细胞可塑性、肌成纤维细胞活化和细胞外基质合成/降解的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索肝细胞生长因子/c-met信号通路在慢性肾病中调节肾脏局部微环境的作用	慢性肾病模型中的肾脏局部微环境	生物医学研究	慢性肾病	单细胞RNA测序	数学建模	RNA测序数据	多种慢性肾病模型中的小鼠样本
4839	2025-01-13	Defining the nature of human pluripotent stem cell-derived interneurons via single-cell analysis 2021-10-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.08.006 PMID:34506726	研究论文	本文通过单细胞分析定义了人类多能干细胞衍生的中间神经元的性质	首次直接比较了多种体外中间神经元衍生方法的同质性，并发现PSC衍生的中间神经元仅代表大脑中潜在亚型的一小部分	研究主要关注体外和体内中间神经元的相似性，未深入探讨其功能差异	确定体外方法生成的人类中间神经元是否包含大脑中发现的所有亚型，并比较体外和体内中间神经元的相似性	人类皮质和PSC衍生的中间神经元	单细胞分析	NA	单核和单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
4840	2025-01-13	Transcriptome analysis of heterogeneity in mouse model of metastatic breast cancer 2021-09-27, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-021-01468-x PMID:34579762	研究论文	本文通过对MMTV-PyMT小鼠模型中转移性乳腺癌细胞的转录组分析，探讨了肿瘤异质性和器官趋向性	使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析转移性乳腺癌细胞的转录组，揭示了肿瘤异质性和器官趋向性的基因表达模式	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性	探讨乳腺癌转移过程中的肿瘤异质性和器官趋向性	MMTV-PyMT小鼠模型中的转移性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10只雌性MMTV-PyMT小鼠的器官来源的转移性细胞系