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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4821 | 2025-10-06 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596861
PMID:38895230
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研究论文 | 开发了一种名为TACIT的无监督算法,用于空间生物学中的细胞类型和状态识别 | 提出无需训练数据的无监督细胞注释算法,使用无偏阈值区分阳性细胞与背景,专注于相关标记识别多组学检测中的模糊细胞 | NA | 解决空间生物学中细胞类型和状态识别的挑战 | 细胞类型和细胞状态 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 空间转录组学,空间蛋白质组学,多组学检测 | 无监督算法 | 空间生物学数据 | 5个数据集(5,000,000个细胞;51种细胞类型) | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学,单细胞多组学 | NA | NA |
4822 | 2025-10-06 |
Targeting ARNT attenuates chemoresistance through destabilizing p38α-MAPK signaling in glioblastoma
2024-05-28, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06735-1
PMID:38806469
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研究论文 | 本研究探讨了ARNT在胶质母细胞瘤中的致癌功能及其通过稳定p38α-MAPK信号通路促进化疗耐药的作用机制 | 首次揭示ARNT通过激活p38 MAPK信号通路驱动胶质母细胞瘤化疗耐药,并证明靶向ARNT PAS-A结构域可恢复替莫唑胺敏感性 | NA | 研究ARNT在胶质母细胞瘤发病机制中的功能意义 | 胶质母细胞瘤组织和细胞系 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 慢病毒shRNA沉默, 蛋白质相互作用分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 公共数据集中的胶质母细胞瘤组织样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4823 | 2025-10-06 |
Cannabidiol protects against acute aortic dissection by inhibiting macrophage infiltration and PMAIP1-induced vascular smooth muscle cell apoptosis
2024-04, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.02.006
PMID:38387723
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研究论文 | 本研究探讨了大麻二酚通过抑制巨噬细胞浸润和PMAIP1诱导的血管平滑肌细胞凋亡来预防急性主动脉夹层的作用机制 | 首次揭示CBD通过调控巨噬细胞中PMAIP1表达来抑制血管平滑肌细胞线粒体依赖性凋亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,尚未进行人体临床试验验证 | 探究大麻二酚对急性主动脉夹层的保护作用及其分子机制 | 小鼠急性主动脉夹层模型、人主动脉血管平滑肌细胞、M1巨噬细胞 | 单细胞测序分析 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 病理学检测, 体外共培养实验 | 动物疾病模型 | 基因表达数据, 病理图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
4824 | 2025-10-06 |
Quantification of spatial pharmacogene expression heterogeneity in breast tumors
2023-01, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.1686
PMID:35906899
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研究论文 | 本研究利用空间转录组技术分析乳腺癌组织中286个药物基因的空间表达异质性 | 首次在乳腺癌组织中系统量化药物基因的空间表达异质性,并识别出与活性氧处理和解毒机制相关的关键异质性基因 | 样本量较小(仅6个乳腺癌样本),且主要基于观察性数据 | 确定药物基因在肿瘤组织中是否存在空间表达异质性,并识别最具异质性的药物基因 | 乳腺癌组织样本 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组测序 | NA | 空间基因表达数据 | 6个乳腺癌样本(4个来自生物样本库,2个来自10x Genomics数据集) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组平台,55微米直径条形码区域 |
4825 | 2025-10-06 |
Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells
2025-Aug, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.70028
PMID:40222951
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研究论文 | 本研究评估羟氯喹通过抑制CXCL16/CXCR6轴治疗自身免疫性心肌炎的疗效 | 首次揭示羟氯喹通过下调YY1转录因子抑制CXCL16表达,从而减少巨噬细胞对Th17和NKT细胞的趋化作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 评估羟氯喹治疗心肌炎的效果及作用机制 | 实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型 | 免疫学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,蛋白质印迹,超声心动图 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4826 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus
2025-Aug, Molecular oral microbiology
IF:2.8Q3
DOI:10.1111/omi.12495
PMID:40366262
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示口腔扁平苔藓中T细胞功能耗竭的机制 | 首次在单细胞水平系统揭示OLP中T细胞组成异质性及CD8+耗竭T细胞的终末分化特征 | 样本量较小(3例患者+3例对照),动物模型与人类疾病存在物种差异 | 解析口腔扁平苔藓免疫微环境中T细胞的组成和功能状态 | 口腔黏膜组织(人类患者和健康个体)、小鼠慢性炎症模型 | 单细胞组学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序、RT-qPCR、免疫荧光染色、HE染色 | NA | 单细胞转录组数据、基因表达数据、组织病理图像 | 3例OLP患者+3例健康个体的人类组织,小鼠慢性炎症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4827 | 2025-10-06 |
BDNF as a Key Mediator in Eosinophilic Inflammation in CRSwNP: Insights From Transcriptomic and Functional Analysis
2025-Jul-02, International forum of allergy & rhinology
IF:7.2Q1
DOI:10.1002/alr.23628
PMID:40600933
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研究论文 | 本研究通过转录组学和功能分析揭示了BDNF在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中作为嗜酸性炎症关键介质的作用机制 | 首次系统阐明BDNF在CRSwNP中的表达特征、调控机制和功能作用,确立了BDNF-TrkB轴在嗜酸性炎症中的核心地位 | 样本量相对有限(23例组织样本和95例鼻腔分泌物),需要更大规模研究验证 | 探究BDNF在慢性鼻窦炎伴鼻息肉嗜酸性炎症中的作用机制 | 鼻腔黏膜组织、鼻腔分泌物、原代人鼻上皮细胞和嗜酸性粒细胞 | 生物医学研究 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、ELISA、免疫荧光染色、流式细胞术、transwell迁移实验 | NA | 转录组数据、蛋白质定量数据、细胞功能数据 | 23例鼻腔黏膜样本和95例鼻腔分泌物样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
4828 | 2025-10-06 |
Exploring the interconnection between PANoptosis and chronic inflammatory diseases: identifying key targets and therapeutic strategies for periodontitis and ulcerative colitis
2025-Jul-02, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04320-7
PMID:40600991
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,探索了PANoptosis在牙周炎和溃疡性结肠炎这两种慢性炎症疾病中的关键作用 | 首次将PANoptosis概念与牙周炎和溃疡性结肠炎联系起来,识别了BAG3、LYN和APOE作为核心治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学预测和动物模型验证,需要在人类临床样本中进一步验证 | 识别牙周炎和溃疡性结肠炎的共同分子机制,探索PANoptosis相关基因的相互作用,预测潜在治疗靶点和药物 | 牙周炎和溃疡性结肠炎的基因表达数据、DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型 | 生物信息学 | 慢性炎症疾病 | 差异表达分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、GO和KEGG富集分析、LASSO和SVM-RFE算法、单细胞RNA测序、分子对接模拟 | LASSO、SVM-RFE | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | GSE16134(牙周炎数据集)和GSE87466(溃疡性结肠炎数据集) | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
4829 | 2025-10-06 |
Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs
2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition
DOI:10.1080/09205063.2024.2445376
PMID:39729311
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综述 | 本文综述骨质疏松症的分子机制与临床突破,重点关注基因表达和激素信号调控 | 整合单细胞RNA测序、长链非编码RNA等最新技术,提出基于遗传和激素变异的个体化治疗策略 | 未涉及具体实验验证,主要基于现有文献的综合分析 | 探讨骨质疏松症的分子机制并推动临床治疗突破 | 骨质疏松症的基因表达调控和激素信号通路 | 医学研究 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4830 | 2025-10-06 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
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研究论文 | 比较基于液滴和微孔板的两种单细胞RNA测序方法在分析冷冻保存人支气管肺泡灌洗液细胞中的表现 | 首次系统比较两种scRNA-seq平台在冷冻保存人BALF细胞分析中的性能差异,特别发现微孔板方法能独特识别脆性嗜酸性粒细胞 | 仅使用4个BALF样本,样本量较小;仅比较两种技术平台 | 评估不同单细胞RNA测序方法在分析冷冻保存人支气管肺泡灌洗液细胞中的适用性 | 人支气管肺泡灌洗液细胞 | 单细胞测序 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4个BALF样本 | NA | 单细胞RNA测序 | 液滴平台,微孔板平台 | 基于液滴的单细胞RNA测序方法,基于微孔板捕获的单细胞RNA测序方法 |
4831 | 2025-10-06 |
Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer
2025-Jul, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432
PMID:40424767
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研究论文 | 通过整合AI/ML和多组学方法研究TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在靶点 | 首次将空间转录组学、ceRNA网络分析与基于Transformer的深度学习模型SELFormer结合,用于胰腺癌药物靶点发现 | 研究主要基于计算预测和体外模拟,需要实验验证 | 发现胰腺导管腺癌的新治疗靶点和药物 | 胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的癌细胞 | 机器学习 | 胰腺癌 | 多组学分析、深度学习、分子动力学模拟、虚拟筛选 | Transformer、SELFormer、QSAR模型 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学、bulk基因组学、蛋白质组学 | NA | NA |
4832 | 2025-10-06 |
Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics
2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70172
PMID:40522253
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研究论文 | 通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆 | 首次结合多重免疫荧光-RNA原位杂交和单细胞空间转录组学技术,在单细胞水平定位和表征SVALI中的超扩增T细胞克隆 | 仅分析单个患者的肝脏样本,样本量有限 | 表征严重SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤患者的免疫浸润特征 | SVALI患者的肝脏移植样本 | 数字病理学 | 肝损伤 | T细胞受体测序, 多重免疫荧光, RNA原位杂交, 单细胞空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据, 序列数据 | 1例严重SVALI患者的肝脏移植样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞分析 | Xenium | Xenium原位平台用于单细胞空间转录组学分析 |
4833 | 2025-10-06 |
Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma
2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16985
PMID:40296254
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研究论文 | 通过整合机器学习算法和单细胞测序分析,揭示了结肠腺癌中胞葬作用相关的分子亚型和预后评分系统 | 首次系统鉴定结肠腺癌中胞葬作用相关基因并建立预后评分模型,结合单细胞测序验证关键基因TIMP1的功能 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 探索胞葬作用相关基因在结肠腺癌中的预后价值和治疗意义 | 结肠腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 结肠癌 | 单细胞测序,多组学整合分析,体外功能实验 | 机器学习算法 | 多组学数据,单细胞测序数据 | 162个胞葬作用相关基因,22个在结肠腺癌中异常表达 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4834 | 2025-10-06 |
Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae
2025-Jul-01, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/eraf245
PMID:40590299
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序揭示了Moricandia arvensis中束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用光呼吸穿梭中的功能 | 首次在十字花科C3-C4中间型植物中应用单细胞转录组测序技术,揭示了光呼吸相关基因在束鞘细胞中的特异性表达模式 | 研究仅限于十字花科的一种C3-C4中间型植物,样本代表性有限 | 探究C3-C4中间型植物中细胞特化如何影响相互关联的代谢途径 | Moricandia arvensis(十字花科C3-C4中间型植物)和拟南芥(C3植物)的叶片组织 | 植物生物学 | NA | 单核RNA测序,免疫金标记电子显微镜 | NA | 单细胞转录组数据,显微镜图像 | 一种C3-C4中间型植物和一种C3植物的叶片组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4835 | 2025-10-06 |
Salidroside Alleviates Renal Ischemia-reperfusion Injury by Inhibiting Macrophage Pyroptosis Through HIF Signaling
2025-Jul-01, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02328-y
PMID:40591075
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研究论文 | 本研究探讨红景天活性成分红景天苷通过抑制巨噬细胞焦亡减轻肾缺血再灌注损伤的作用机制 | 首次揭示红景天苷通过ROS-HIF-1α正反馈环路调控巨噬细胞焦亡的新机制 | 需要进一步研究验证其临床潜力和分子特异性 | 探究红景天苷对肾缺血再灌注损伤的保护作用及机制 | 小鼠肾缺血再灌注损伤模型和巨噬细胞 | 生物医学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 功能实验 | 动物模型 | 基因表达数据, 功能实验数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4836 | 2025-10-06 |
ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data
2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060
PMID:40591481
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研究论文 | 开发了一种名为ScReNI的新型算法,通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据推断单细胞水平的基因调控网络 | 提出首个能够同时分析配对和非配对scRNA-seq与scATAC-seq数据的细胞特异性调控网络推断方法,并具备识别细胞富集调控因子的独特功能 | NA | 开发单细胞水平基因调控网络推断算法 | 单细胞基因表达和染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 最近邻算法, 改进的随机森林 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
4837 | 2025-10-06 |
LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data
2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056
PMID:40591483
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研究论文 | 提出一种名为LEGEND的计算方法,整合单细胞RNA测序和空间转录组数据识别共表达基因 | 开发了创新的分层聚类算法,最大化簇内冗余和簇间互补性,首次实现跨数据类型的共表达基因识别 | NA | 识别跨组织区域和细胞类型的共表达基因,揭示生物或病理过程中的共功能基因 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | 分层聚类算法 | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
4838 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Conserved IFNγ-IL8 Signaling-Induced Antibacterial Neutrophil States during Bacterial Infection
2025-Jul-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504840
PMID:40598825
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了细菌感染期间IFNγ-IL8信号通路诱导的保守性抗菌中性粒细胞状态 | 首次在尼罗罗非鱼模型中系统描绘了细菌感染期间的免疫细胞动态,并发现IFNγ-IL8信号通路在脊椎动物中的保守性机制 | 研究主要基于鱼类模型,在人类中的验证仍需进一步研究 | 探究细菌感染期间免疫细胞亚型的动态变化和调控机制 | 尼罗罗非鱼的头肾和脾脏免疫细胞 | 单细胞组学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 113,356个单免疫细胞,涵盖多个感染时间点(0,1,5,10,75天感染后和3天再感染后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4839 | 2025-10-06 |
CD38 ligation in sepsis promotes nicotinamide phosphoribosyltransferase-mediated IL-6 production in kidney stromal cells
2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfae269
PMID:39568061
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研究论文 | 本研究通过单细胞和单核RNA测序技术揭示了CD38连接在脓毒症中通过NAMPT信号通路促进肾脏基质细胞产生IL-6的机制 | 首次发现CD38连接通过NAMPT信号通路诱导肾脏基质细胞产生IL-6,并证实该信号通路在小鼠和人类脓毒症中具有保守性 | 研究主要基于LPS诱导的脓毒症模型,需要在其他脓毒症模型中进一步验证 | 阐明CD38连接在脓毒症中的作用机制并寻找新的治疗靶点 | 小鼠腹膜免疫细胞、肾脏组织以及人类脓毒症组织 | 单细胞测序分析 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、组织学分析 | LPS诱导的脓毒症小鼠模型 | RNA测序数据、组织学数据 | 小鼠模型和人类脓毒症组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
4840 | 2025-10-06 |
Molecular mechanisms of diquat-induced brain injury: Insights from network toxicology and single-cell RNA sequencing
2025-Jun-30, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118597
PMID:40592154
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术,探讨了敌草快诱导脑损伤的分子机制 | 首次结合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术系统研究敌草快脑毒性机制,识别出五个核心靶点并验证其结合亲和力 | 研究主要基于数据库预测和计算分析,缺乏实验验证 | 阐明敌草快诱导脑损伤的分子机制 | 敌草快靶向基因和脑损伤相关基因 | 生物信息学 | 脑损伤 | 网络毒理学, 单细胞RNA测序, 分子对接 | PPI网络分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |