单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4801	2025-01-14	Dissecting the cellular reprogramming and tumor microenvironment in left- and right-sided Colorectal Cancer by single cell RNA sequencing 2025-Feb, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.12.002 PMID:39675521	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究左右侧结直肠癌的细胞重编程和肿瘤微环境差异	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析左右侧结直肠癌的细胞组成、转录特征及功能差异，揭示了右侧结直肠癌中更复杂的细胞间相互作用和免疫抑制模式	研究依赖于公开数据库中的单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差或样本选择限制	探究左右侧结直肠癌在细胞组成、转录特征及肿瘤微环境中的差异，以优化个性化治疗方案	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞
4802	2025-01-14	Recent advancement in the spatial immuno-oncology 2025-Feb, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.12.003 PMID:39705969	综述	本文总结了空间转录组学和空间蛋白质组学在免疫肿瘤学领域的最新进展，包括单细胞或多细胞类型及细胞状态的高通量分析及其在肿瘤微环境中的应用	总结了空间组学数据的概念框架，并强调了空间免疫肿瘤学的最新知识	NA	总结和更新空间组学在免疫肿瘤学领域的应用和知识	肿瘤微环境中的单细胞或多细胞类型及细胞状态	数字病理学	癌症	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	空间组学数据	NA
4803	2025-01-14	Unraveling diabetic kidney disease: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jan-11, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04362-z PMID:39799255	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术深入研究了糖尿病肾病（DKD）的病理机制	利用单细胞RNA测序技术分析DKD患者的肾组织、血液和尿液中的基因表达，以揭示组织功能、细胞相互作用和疾病进展的新见解	NA	提高对糖尿病肾病（DKD）的理解，促进早期筛查和个性化管理	糖尿病肾病（DKD）患者	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
4804	2025-01-14	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-Jan-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠胚胎生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的X染色体再激活过程	研究女性原始生殖细胞（PGCs）在基因组重编程过程中X染色体再激活的分子机制	小鼠胚胎的生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序，染色质分析	NA	RNA测序数据，染色质数据	从小鼠胚胎中提取的生殖细胞
4805	2025-01-14	Identification of cancer-associated fibroblast subtypes and prognostic model development in breast cancer: role of the RUNX1/SDC1 axis in promoting invasion and metastasis 2025-01-03, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09950-w PMID:39753834	研究论文	本研究识别了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）的分子亚型，并开发了基于CAF的预后模型	发现了RUNX1/SDC1轴在促进乳腺癌细胞侵袭和转移中的作用，并开发了高精度的预后预测模型	未提及具体的研究局限性	研究乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的分子亚型及其在肿瘤微环境中的作用	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	预后预测模型	RNA测序数据	未提及具体样本数量
4806	2025-01-14	Expansion of peripheral cytotoxic CD4+ T cells in Alzheimer's disease: New insights from multi-omics evidence 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110976 PMID:39657893	研究论文	本文通过分析阿尔茨海默病（AD）患者的单细胞RNA测序数据，揭示了外周血单核细胞中CD4+细胞毒性T细胞（CD4-CTLs）的显著增加，并验证了其在体内和体外的相关性	首次发现CD4-CTLs在AD患者外周血中的扩张，并识别了转录因子TBX21和MYBL1作为关键驱动因素，同时通过孟德尔随机化识别了风险基因SRGN和ITGB1	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的功能实验验证这些发现的生物学意义	探讨CD4+细胞毒性T细胞在阿尔茨海默病中的作用及其扩张机制	阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4807	2025-01-14	Single-cell RNA sequencing unveils dynamic transcriptional profiles during the process of donkey spermatogenesis and maturation 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110974 PMID:39694081	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了驴精子发生和成熟过程中的动态转录谱	首次在单细胞分辨率下提供了驴睾丸和附睾的全面转录图谱，并识别了特定生殖细胞和附睾主细胞中的关键基因表达模式	研究局限于驴的生殖细胞，未涉及其他物种或更广泛的生殖生物学问题	提供驴精子发生和成熟过程的全面单细胞景观分析	驴的睾丸和附睾细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，但涉及驴的睾丸和附睾细胞
4808	2025-01-14	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of myofibroblasts in wound repair 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110982 PMID:39706310	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肌成纤维细胞在伤口修复中的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了肌成纤维细胞在不同伤口愈合情况下的多样性，并识别出11个亚群	研究样本主要来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕，可能无法完全代表所有类型的伤口修复情况	探索肌成纤维细胞在伤口修复中的多样性和功能	肌成纤维细胞	生物信息学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	89,148个细胞，来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕
4809	2025-01-14	Genetic analysis uncovers potential mechanisms linking juvenile ldiopathic arthritisto breast cancer: A Bioinformatic Pilot study 2025-Jan, Cancer genetics IF:1.4Q4 DOI:10.1016/j.cancergen.2024.09.004 PMID:39729926	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨青少年特发性关节炎（JIA）与乳腺癌风险之间的潜在机制	首次使用WGCNA和共识机器学习标签方法，结合Bulk-seq和scRNA-seq数据分析，揭示了JIA与乳腺癌风险之间的潜在基因联系	研究为初步探索，样本量有限，需进一步实验验证	探讨JIA对癌症风险的潜在机制	青少年特发性关节炎（JIA）和乳腺癌	生物信息学	乳腺癌	Bulk-seq, scRNA-seq, WGCNA, 共识机器学习标签	NA	基因表达数据	从GEO数据库和TCGA数据库中选取的Bulk-seq数据，以及scRNA-seq数据
4810	2025-01-14	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.30.629739 PMID:39803459	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了与年龄相关的T细胞亚群在症状性良性前列腺增生（BPH）中的作用	首次将年龄相关的CD8 T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并发现其通过Granzyme K介导的机制促进前列腺炎症	研究主要基于体外实验和相关性分析，缺乏直接的体内机制验证	探讨年龄相关免疫细胞变化在BPH中的作用	人类前列腺组织及BPH患者来源的前列腺成纤维细胞	单细胞RNA测序	前列腺增生	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类前列腺组织及BPH患者来源的细胞
4811	2025-01-14	Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630257 PMID:39763863	研究论文	本文研究了HIV-1病毒在停止治疗后重新激活时的免疫反应，通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学数据，发现病毒反弹前CD16单核细胞的显著增加和抗病毒基因表达的增加	首次在病毒反弹前观察到独特的转录特征，特别是CD16单核细胞的增加和抗病毒基因表达的增加	研究样本量较小，且仅关注了外周血单核细胞，未涉及其他免疫细胞类型	研究HIV-1病毒在停止治疗后重新激活时的免疫反应，以开发延长病毒反弹时间的策略	外周血单核细胞（PBMCs）和血浆	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学和单细胞转录组学	NA	蛋白质组学和转录组学数据	NA
4812	2025-01-14	Preclinical Models for Functional Precision Lung Cancer Research 2024-Dec-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17010022 PMID:39796653	研究论文	本文探讨了肺癌功能精准医学研究中的临床前模型及其技术进展	介绍了患者来源的肺癌类器官（LCOs）作为一种新型体外工具，其在生长和维持方面具有高成功率，并能准确反映原始肿瘤的组织学和基因组学特征	尽管这些体内模型（如PDXs、GEMMs）具有重要价值，但它们成本高、劳动强度大且耗时	推动肺癌的个体化精准治疗，通过临床前模型提高系统治疗的选择准确性	肺癌的临床前模型，包括患者来源的异种移植模型（PDXs）、人源化PDX小鼠模型、同基因小鼠模型、基因工程小鼠模型（GEMMs）和肺癌类器官（LCOs）	数字病理学	肺癌	成像技术、空间和单细胞转录组学、蛋白质组学、人工智能	NA	NA	NA
4813	2025-01-14	Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment 2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629650 PMID:39764057	研究论文	本文介绍了一种名为IN-DEPTH的空间多组学整合方法，用于在同一张切片上进行高分辨率转录组和蛋白质组的分析，揭示了肿瘤微环境中的空间重组	提出了IN-DEPTH方法，结合k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC)进行空间多组学整合分析，能够在同一张切片上进行单细胞表型和转录组捕获，解决了现有方法在plex、空间分辨率和分析方法的局限性	虽然IN-DEPTH方法在空间分辨率和资源效率上有显著提升，但其在更大规模的组织样本中的应用仍需进一步验证	研究肿瘤微环境中的空间重组及其与肿瘤病毒的关系	EBV阳性和EBV阴性的弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	空间转录组学、空间蛋白质组学	k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC)	空间多组学数据	EBV阳性和EBV阴性的DLBCL样本
4814	2025-01-14	Mechanistic insights into sevoflurane-induced hippocampal neuronal damage and cognitive dysfunction through the NEAT1/Nrf2 signaling axis in aged rats 2024-12-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09964-4 PMID:39707048	研究论文	本研究探讨了七氟醚通过NEAT1/Nrf2信号轴诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	首次揭示了lncRNA NEAT1通过抑制Nrf2/ARE/HO-1通路相关因子，促进七氟醚诱导的氧化应激和神经元凋亡的分子机制	研究仅限于老年大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨七氟醚诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	老年大鼠	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组评估、TUNEL染色、H&E染色、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术	大鼠模型	RNA测序数据、图像数据	老年大鼠
4815	2025-01-14	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627834 PMID:39763937	研究论文	本文介绍了MatriCom，一个用于挖掘单细胞RNA测序数据并推断ECM-ECM和细胞-ECM通信系统的网络应用和R包	MatriCom依赖于一个独特的数据库MatriComDB，包含超过25,000个经过整理的涉及基质组分的相互作用，能够处理用户生成的数据集，并提供了定制输出的选项	NA	开发一个工具来挖掘单细胞RNA测序数据，推断ECM-ECM和细胞-ECM通信系统	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症或纤维化	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	46个scRNA-Seq数据集
4816	2025-01-14	Dynamic Evolution of Fibroblasts Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Human Pancreatic Cancer 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489 PMID:39485038	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化	利用单细胞RNA测序技术深入研究了胰腺癌中成纤维细胞的动态变化，为治疗干预提供了新的视角	NA	研究胰腺癌中基质与癌细胞之间的相互作用，以发现新的治疗机会	人类胰腺癌中的成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4817	2025-01-14	Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310 PMID:39485042	研究论文	本文通过单细胞分析研究了骨髓CD8+ T细胞在骨髓增生异常综合征（MDS）和急性髓系白血病（AML）中的作用，揭示了与疾病进展和治疗反应相关的信号通路	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了IFN信号通路与治疗反应相关，而TGF-β信号通路与治疗失败相关，为新的治疗方法提供了见解	研究样本量有限，且仅针对MDS和AML患者，未涵盖其他类型的骨髓增生异常	研究骨髓CD8+ T细胞在MDS和AML中的作用，特别是与疾病进展和治疗反应相关的信号通路	骨髓CD8+ T细胞	数字病理学	骨髓增生异常综合征（MDS）和急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MDS和AML患者的骨髓样本
4818	2025-01-14	Spatial multiomics atlas reveals smooth muscle phenotypic transformation and metabolic reprogramming in diabetic macroangiopathy 2024-10-12, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-024-02458-x PMID:39395983	研究论文	本研究通过单细胞转录组、空间转录组和空间代谢组测序，构建了糖尿病大血管病变的空间多组学图谱，揭示了平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的特征	首次构建了糖尿病大血管病变的空间基因-代谢图谱，揭示了血管钙化特征、平滑肌细胞表型转化趋势及其转录驱动网络	研究样本量较小，仅包括11名糖尿病截肢患者的前胫动脉样本	探索糖尿病大血管病变中平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的分子机制	糖尿病大血管病变患者的前胫动脉样本	数字病理学	糖尿病大血管病变	单细胞转录组测序、空间转录组测序、空间代谢组测序	NA	转录组数据、代谢组数据	11名糖尿病截肢患者的前胫动脉样本
4819	2025-01-14	Spatial transcriptomics reveals gene interactions and signaling pathway dynamics in rat embryos with anorectal malformation 2024-05-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09878-1 PMID:38769159	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了正常和肛门直肠畸形（ARM）大鼠胚胎中基因相互作用和信号通路动态	首次在ARM胚胎中应用空间转录组学技术，结合多种生物信息学分析方法，揭示了位置特异性的基因表达和信号通路动态	研究仅针对大鼠胚胎，未涉及人类样本，且样本量有限	研究肛门直肠畸形（ARM）的分子机制和基因调控	大鼠胚胎的肛门直肠区域	数字病理学	肛门直肠畸形	空间转录组学，WGCNA，GSEA，PROGENy，免疫荧光染色	NA	基因表达数据	妊娠14至16天的大鼠胚胎，包括正常和ARM病例
4820	2025-01-14	Bioinformatics and system biology analysis revealed the crosstalk between COVID-19 and osteoarthritis 2023-12, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1123 PMID:38156385	研究论文	本文通过生物信息学和系统生物学分析揭示了COVID-19与骨关节炎之间的相互作用	首次通过生物信息学方法系统地分析了COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，并筛选出关键基因、miRNAs、转录因子和潜在药物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现的临床意义	探索COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，寻找潜在的治疗靶点	COVID-19患者和骨关节炎患者的基因表达数据	生物信息学	COVID-19, 骨关节炎	RNA-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 免疫浸润分析	NA	基因表达数据	74个共同差异表达基因，外部数据集和OA小鼠模型验证