单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-12	Comprehensive profiling of cell type-specific expression and distribution of complement genes in mouse and human kidneys: insights into normal physiology and response to kidney transplantations 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2471568 PMID:40015727	研究论文	通过分析小鼠和人类肾脏的单细胞RNA测序数据，全面描绘了补体基因在细胞类型特异性表达和分布中的特征，并探讨了其在肾脏移植反应中的作用	首次在肾脏细胞动态变化的背景下，全面分析了补体基因的表达模式，并比较了小鼠和人类肾脏之间的相似性及其在肾脏损伤中的响应性	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行功能验证实验	研究补体基因在肾脏中的表达分布及其在生理功能和病理条件下的作用	健康人类、C57BL/6小鼠及肾脏移植排斥小鼠的肾脏细胞	生物信息学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康人类、C57BL/6小鼠及肾脏移植排斥小鼠的肾脏单细胞RNA测序数据
2	2025-05-12	Reading of human acute immune dynamics in omicron SARS-CoV-2 breakthrough infection 2025-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2494705 PMID:40231451	研究论文	本研究通过纵向前瞻性队列研究，探讨了人类对SARS-CoV-2突破性感染的急性免疫动态反应	揭示了突破性感染期间外周血从2型细胞因子反应向1型细胞因子反应的转变，并发现S100A8/A9在轻度病例早期显著增加	样本量较小，仅包含13名参与者	解析SARS-CoV-2突破性感染的免疫反应动态	13名SARS-CoV-2突破性感染参与者	免疫学	COVID-19	转录组测序、单细胞测序、TCR测序、BCR测序、Olink蛋白质组学、抗原-抗体结合实验	NA	血液样本、转录组数据、蛋白质组数据	13名参与者
3	2025-05-12	Revealing NAPSA's role in ccRCC: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Aug-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149478 PMID:40194687	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了NAPSA在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的表达特征及其潜在作用	首次在单细胞水平上研究了NAPSA在ccRCC中的表达模式及其与肿瘤微环境的相互作用	样本量较小(7个肿瘤样本和2个正常样本)，且需要进一步实验验证NAPSA的具体作用机制	探索NAPSA在ccRCC中的分子特征及其临床意义	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和细胞系	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	7个肿瘤样本和2个正常样本
4	2025-05-12	Lamb1-mediated Wnt/β-catenin signaling pathway drives endothelial angiogenesis for fracture healing 2025-Aug-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149481 PMID:40221061	research paper	该研究探讨了Lamb1通过Wnt/β-catenin信号通路促进内皮细胞血管生成以加速骨折愈合的机制	揭示了Lamb1在骨折愈合过程中通过激活Wnt信号通路上调VEGFA表达，进而促进内皮细胞生长、迁移和血管生成的新机制	研究主要基于体外实验和公共数据集分析，缺乏体内动物模型的验证	探究内皮细胞在骨折愈合中的作用及其分子机制	内皮细胞（ECs）和骨折愈合过程	分子生物学与细胞生物学	骨折	scRNA-seq, qRT-PCR, 细胞免疫荧光染色, transwell实验	NA	单细胞RNA测序数据, 体外实验数据	公共数据集中的单细胞数据，具体样本数量未明确说明
5	2025-05-12	RNA methylation: A new perspective in osteoarthritis research 2025-Aug-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149518 PMID:40254081	综述	本文系统总结了RNA修饰在骨关节炎(OA)中的主要类型及其调控作用，并探讨了未来研究方向	聚焦RNA甲基化在OA中的动态调控功能，提出利用单细胞测序解析RNA修饰动态变化的新方向	未涉及具体实验验证数据，主要基于现有文献进行理论分析	探索RNA修饰在骨关节炎发病机制中的作用及其诊疗潜力	软骨细胞自噬、炎症反应及关键信号通路	表观遗传学	骨关节炎	单细胞测序	NA	文献数据	NA
6	2025-05-12	Immunogenic cuproptosis in cancer immunotherapy via an in situ cuproptosis-inducing system 2025-Aug, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123201 PMID:40020502	research paper	该研究探讨了铜死亡在结直肠癌免疫治疗中的免疫原性及其与免疫治疗的联合应用	首次评估了铜死亡在结直肠癌中的免疫原性，并开发了一种原位铜死亡诱导系统以增强免疫治疗效果	研究主要集中于结直肠癌，其他癌症类型的适用性尚待验证	探索铜死亡在癌症免疫治疗中的潜在应用	结直肠癌(CRC)细胞及肿瘤微环境(TME)	癌症免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外和体内实验	NA	基因表达数据, 实验数据	内部队列和其他独立队列的样本
7	2025-05-12	Pan-cancer analysis reveals BAF complexes as immune-related biomarkers and validation in triple-negative breast cancer 2025-Jul-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123607 PMID:40194763	研究论文	一项泛癌分析揭示了BAF复合物作为免疫相关生物标志物的潜力，并在三阴性乳腺癌中进行了验证	首次强调了一种新型BAFs模型对患者预后的重要性，并证实了BAFs作为免疫相关生物标志物在泛癌进展中的重要作用	NA	解码特定BAFs在癌症病理学、免疫学和靶向治疗中的潜力	BAF复合物及其在多种人类癌症中的表达	癌症研究	三阴性乳腺癌	RNA测序和单细胞RNA测序	BAFs模型和列线图	基因表达数据	来自The Cancer Genome Atlas、Gene Expression Omnibus和IMvigor210数据库的数据
8	2025-05-12	Fibroblast to macrophage-like cell transition in renal inflammatory injury through the MR/CSF1 pathway induced by aldosterone 2025-Jul-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123627 PMID:40216224	research paper	研究揭示了醛固酮通过MR/CSF1通路诱导成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变，参与肾脏炎症损伤的新机制	首次发现成纤维细胞可通过MR/CSF1信号通路转变为巨噬细胞样细胞，为器官纤维化机制提供了新见解	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，人类临床样本验证有限	验证成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变是参与肾脏炎症损伤的巨噬细胞新来源	Wistar大鼠肾脏间质成纤维细胞(RKF)和CKD患者肾活检样本	肾脏病学	慢性肾脏病(CKD)	流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	动物模型(大鼠)	基因表达数据、细胞表型数据	Wistar大鼠分组实验(Sham/ALD/ESA组)和人类CKD患者肾活检样本
9	2025-05-12	Identification of KANK1 as a tumor suppressor gene in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-06-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151885 PMID:40288262	研究论文	本研究通过整合mRNA-蛋白质丰度相关性分析，鉴定出KANK1作为胰腺导管腺癌（PDAC）中的新型肿瘤抑制基因	首次将KANK1鉴定为PDAC中的肿瘤抑制基因，并揭示其通过拷贝数缺失和肿瘤缺氧下调的机制	未涉及KANK1在PDAC中的具体分子机制及其作为治疗靶点的临床验证	鉴定PDAC中的关键肿瘤抑制基因并探索其功能机制	胰腺导管腺癌（PDAC）	肿瘤生物学	胰腺癌	mRNA-蛋白质丰度相关性分析、单细胞RNA测序、免疫印迹分析	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据	多个数据集（包括TCGA和CCLE数据库）的样本
10	2025-05-12	The integration of scRNA-seq with microarray and in-vivo experiments facilitates a comprehensive elucidation of the molecular mechanisms underlying endothelial cell involvement in myocardial infarction 2025-06-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151820 PMID:40288264	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，揭示了内皮细胞在心肌梗死中的关键基因及其分子机制	结合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，首次鉴定并验证了DBP、NR1D1和TEF在心肌梗死发展中的关键作用	研究依赖于公开数据库数据，样本量可能有限，且体内实验仅在特定模型中进行验证	阐明内皮细胞在心肌梗死发展中的分子机制	内皮细胞及其在心肌梗死中的功能	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, 微阵列, WB, qPCR, 免疫荧光	hdWGCNA, scCODE, FindMarkers, PPI分析	基因表达数据, 图像数据	16个不同的细胞簇，涵盖7种独特的细胞类型，内皮细胞分为8个亚群
11	2025-05-12	Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex 2025-Jun-15, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909 PMID:40220916	research paper	本研究通过RNA测序和转录组分析，探讨了阿尔茨海默病（AD）中性别差异对转录组特征和药物重定位的影响	揭示了AD患者外周血和前额叶皮层组织中性别相关的转录组差异，并预测了性别特异性药物	样本量较小，可能影响结果的普遍性	研究AD中性别差异对转录组特征和药物反应的影响	AD患者、轻度认知障碍（MCI）患者和健康对照者的外周血和前额叶皮层组织	digital pathology	geriatric disease	RNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA sequencing data	54名患者（包括AD、MCI患者和健康对照者）的外周血样本，以及来自GEO数据库的前额叶皮层组织snRNA-seq数据集
12	2025-05-12	IL-4 alters TLR7-induced B cell developmental program in lupus 2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110472 PMID:40068727	research paper	研究IL-4如何改变TLR7诱导的B细胞发育程序，从而影响系统性红斑狼疮（SLE）中的自身抗体形成	首次揭示IL-4通过重编程B细胞发育路径，抑制TLR7诱导的DN2和GC B细胞，从而减少自身抗体的产生	研究主要在BXD2小鼠模型和体外SLE患者B细胞中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究IL-4在系统性红斑狼疮（SLE）中对B细胞发育和自身抗体形成的调控作用	BXD2小鼠模型和SLE患者的B细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组学分析	NA	基因表达数据	BXD2小鼠和SLE患者B细胞样本（具体数量未明确说明）
13	2025-05-12	Single-cell sequencing reveals alterations in the ovarian immune microenvironment regulated by 17β-estradiol in neonatal mice 2025-May-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.355 PMID:40343417	研究论文	通过单细胞测序技术研究17β-雌二醇对新生小鼠卵巢免疫微环境的调控作用	首次全面描述了新生小鼠卵巢免疫微环境在17β-雌二醇调控下的动态变化，揭示了雌激素对巨噬细胞表型转换的影响	研究仅针对新生小鼠模型，结果可能无法完全反映成年个体的情况	探究雌激素在卵巢免疫微环境中的调控机制	C57BL/6J新生小鼠的卵巢组织	单细胞生物学	生殖系统疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	新生小鼠卵巢组织样本
14	2025-05-12	CIEC: Cross-tissue Immune Cell Type Enrichment and Expression Map Visualization for Cancer 2025-May-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae067 PMID:39363510	research paper	介绍了一个名为CIEC的基于网络的应用程序，用于跨组织免疫细胞类型或状态的富集分析和基因表达图谱可视化	首次开发了一个整合数据库和富集分析的网络应用程序，用于估计跨组织免疫细胞类型或状态	样本量相对有限，仅包含323名癌症患者的480个样本	深入理解肿瘤免疫系统中免疫细胞的跨组织特性和功能	癌症患者的免疫细胞	digital pathology	cancer	single-cell transcriptome sequencing	KOBAS	gene expression data	480 samples from 323 cancer patients
15	2025-05-12	RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in Lung Adenocarcinoma 2025-May-10, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24531 PMID:40346999	撤稿声明	该文章因同行评审过程存在问题而被撤稿	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
16	2025-05-12	Spatial transcriptomic applications in orthopedics 2025-May-10, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2025.2501703 PMID:40347072	综述	本文综述了空间转录组学在骨科研究中的应用，特别是在解析肌肉骨骼组织中复杂基因表达模式方面的变革性影响	强调了空间转录组学在识别新的细胞群体和细胞信号通路方面的创新应用	未提及具体的技术限制或研究中的不足	探讨空间转录组学在骨科研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜）	数字病理学	骨科疾病	10X Visium, 10X Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP	NA	空间转录组数据	29篇已发表的手稿，涉及软骨、骨、肌腱、滑膜和椎间盘
17	2025-05-12	Inhibition of SIRT1/HSF1 pathway contributes to doxorubicin-induced nephrotoxicity in ovarian tumor-bearing mice 2025-May-10, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02122-z PMID:40347321	research paper	本研究探讨了SIRT1/HSF1通路在多柔比星（DOX）诱导的卵巢肿瘤小鼠肾毒性中的作用	揭示了SIRT1/HSF1通路在DOX诱导的肾毒性中的新机制，并发现HSF1A和SIRT1激动剂RSV可减轻这种损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探究DOX诱导的肾毒性机制及SIRT1/HSF1通路的作用	卵巢肿瘤小鼠模型及小鼠足细胞	生物医学	卵巢癌	scRNA-seq, 基因集富集分析	小鼠模型	RNA-seq数据, 组织样本数据	小鼠肾脏组织及足细胞样本
18	2025-05-12	Diversity and functional specialization of oyster immune cells uncovered by integrative single-cell level investigations 2025-May-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102622 PMID:40343849	研究论文	通过整合单细胞水平的研究，揭示了牡蛎免疫细胞的多样性和功能特化	首次全面表征了牡蛎的多种血细胞，并识别出至少七种功能不同的细胞类型和三种造血谱系	研究仅限于太平洋牡蛎，未涵盖其他软体动物或非模式无脊椎动物	深入理解牡蛎免疫细胞的多样性和功能特化	太平洋牡蛎的血细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、定量细胞学、细胞分选、功能测定和伪时间分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
19	2025-05-12	Microvascular immunity is organ-specific and remodeled after kidney injury in mice 2025-May-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59609-1 PMID:40346040	研究论文	本研究探讨了小鼠在急性肾损伤（AKI）前后肾脏、肝脏和肺中微血管白细胞表型的独特特征	揭示了微血管作为免疫细胞活动的独特位点，并发现了肾脏微血管中免疫细胞的显著扩增	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究微血管免疫细胞在急性肾损伤中的动态变化	小鼠的肾脏、肝脏和肺中的微血管白细胞	免疫学	急性肾损伤	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
20	2025-05-12	Identification of programmed cell death-related genes and construction of a prognostic model in oral squamous cell carcinoma using single-cell and transcriptome analysis 2025-May-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02520-4 PMID:40346375	研究论文	通过单细胞和转录组分析，识别程序性细胞死亡相关基因并构建口腔鳞状细胞癌的预后模型	基于程序性细胞死亡相关基因构建了一个新的五基因预后特征，并在单细胞水平上验证了这些基因的表达模式	研究样本量有限，且依赖公开数据库的数据	探索程序性细胞死亡相关基因在口腔鳞状细胞癌预后中的作用	口腔鳞状细胞癌患者和健康对照的肿瘤组织	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	RNA测序、单细胞RNA测序	Cox回归模型	转录组数据	341个OSCC肿瘤组织和31个健康样本（TCGA数据库），76个验证样本（GSE41613），6个OSCC单细胞样本（GSE172577）