单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4901	2025-01-07	MUSTANG: Multi-sample spatial transcriptomics data analysis with cross-sample transcriptional similarity guidance 2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.100986 PMID:38800365	研究论文	本文介绍了一种名为MUSTANG的空间转录组数据分析框架，能够通过跨样本表达相似性信息共享和样本内基因表达模式的空间相关性进行多样本空间转录组数据的细胞去卷积	MUSTANG框架创新性地结合了跨样本表达相似性信息共享和样本内基因表达模式的空间相关性，提升了多样本空间转录组数据的分析能力	NA	开发一种能够有效分析多样本空间转录组数据的框架，以揭示组织样本细胞特征中的生物学见解	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	一个半合成空间转录组数据集和三个真实世界空间转录组数据集
4902	2025-01-07	DeepDecon accurately estimates cancer cell fractions in bulk RNA-seq data 2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.100969 PMID:38800361	研究论文	本文介绍了DeepDecon，一种利用单细胞基因表达信息准确预测大块组织中癌细胞比例的深度神经网络模型	DeepDecon通过迭代估计癌细胞比例的策略，提高了大块RNA-seq数据中细胞组成分解的准确性	NA	研究目的是提高大块RNA-seq数据中癌细胞比例的估计准确性	大块RNA-seq数据中的癌细胞比例	机器学习	癌症	RNA-seq	深度神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据
4903	2025-01-07	Comprehensive integration of single-cell transcriptomic data illuminates the regulatory network architecture of plant cell fate specification 2024-May, Plant diversity IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.pld.2024.03.008 PMID:38798726	研究论文	本文通过整合63个已发表的单细胞转录组数据集，构建了一个全面的植物幼苗单细胞转录组图谱，揭示了细胞类型特异性基因调控网络	首次整合大量单细胞转录组数据，构建了涵盖广泛组织的植物细胞图谱，并系统性地构建了细胞类型特异性基因调控网络	NA	揭示植物细胞命运决定的调控网络架构	植物幼苗	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	整合了63个已发表的scRNA-seq数据集
4904	2025-01-07	Spatial transcriptomics in breast cancer: providing insight into tumor heterogeneity and promoting individualized therapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1499301 PMID:39749323	研究论文	本文综述了空间转录组学的关键技术方法、最新进展及其在乳腺癌中的应用，并讨论了当前空间转录组学方法的局限性和未来发展前景	空间转录组学解决了单细胞RNA测序缺乏空间信息的问题，能够定位和区分特定组织区域内功能基因的活跃表达，有助于识别新的乳腺癌亚型和空间区分特征，促进个体化精准治疗	当前空间转录组学方法仍存在局限性，未来需要进一步发展和改进	推进乳腺癌研究，全面理解肿瘤异质性、肿瘤微环境和耐药机制	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	RNA-seq数据	NA
4905	2025-01-07	New Posttranslational Modification Lactylation Brings New Inspiration for the Treatment of Rheumatoid Arthritis 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497240 PMID:39758940	综述	本文综述了乳酸化在类风湿性关节炎（RA）相关细胞和机制中的研究，为RA的发病机制、诊断和治疗提供了新的见解	提出了乳酸化作为一种新的翻译后修饰在RA中的关键作用，并发现了潜在的生物标志物	本文为综述文章，未涉及具体实验数据，缺乏直接的研究验证	探讨乳酸化在类风湿性关节炎中的作用及其潜在的治疗应用	类风湿性关节炎相关细胞，如成纤维样滑膜细胞（FLSs）和巨噬细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞测序	NA	NA	NA
4906	2025-01-07	Unveiling Ventilator-Associated Pneumonia: S100A8 as a Promising Biomarker Through Integrated RNA-Seq Analysis 2024, Journal of multidisciplinary healthcare IF:2.7Q2 DOI:10.2147/JMDH.S495121 PMID:39759083	研究论文	本研究通过整合RNA-Seq分析，揭示了S100A8作为呼吸机相关性肺炎（VAP）的潜在生物标志物	结合bulk RNA-seq和scRNA-seq分析，筛选并验证了S100A8作为VAP诊断的潜在生物标志物，为VAP诊断提供了新的视角	样本量相对较小，仅分析了46个VAP样本和48个正常样本	探索VAP的发病机制并识别潜在的生物标志物	呼吸机相关性肺炎（VAP）患者	生物信息学	肺炎	RNA-Seq, scRNA-seq, Western blot	NA	RNA序列数据	46个VAP样本和48个正常样本
4907	2025-01-07	Unveiling the NEFH+ malignant cell subtype: Insights from single-cell RNA sequencing in prostate cancer progression and tumor microenvironment interactions 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1517679 PMID:39759507	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌中NEFH+恶性细胞亚型的存在，并探讨了其与肿瘤微环境的相互作用	首次识别出与高级别前列腺癌密切相关的NEFH+恶性细胞亚型，并揭示了其与肿瘤微环境的复杂相互作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证其临床应用的可行性	提高前列腺癌的预防、诊断和治疗水平，改善患者预后和生活质量	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风险评分模型	RNA测序数据	从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据，并使用MDA PCa 2b和VCap细胞系进行验证
4908	2025-01-07	Spatially-resolved analyses of muscle invasive bladder cancer microenvironment unveil a distinct fibroblast cluster associated with prognosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522582 PMID:39759522	研究论文	本研究利用成像质谱流式细胞术（IMC）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，分析了肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）微环境的空间异质性，并揭示了一个与预后相关的特定成纤维细胞簇	通过IMC和scRNA-seq技术结合空间转录组学（ST），首次揭示了MIBC微环境中特定成纤维细胞簇（S3）与内皮细胞之间的相互作用及其对预后的影响	样本量相对较小（40个组织样本），且研究结果需要进一步验证	评估MIBC微环境的空间异质性，并探索其临床意义	肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）的微环境	数字病理学	膀胱癌	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	机器学习算法	图像、RNA序列数据	40个组织样本中的185个感兴趣区域
4909	2025-01-07	Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization 2023-03-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102047 PMID:36853708	研究论文	本文提供了整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间基因表达数据的协议，并展示了如何创建交互式网络应用来可视化和分享结果	提供了使用Seurat和Giotto软件包整合scRNA-seq和空间转录组数据的详细协议，并展示了如何创建交互式网络应用	协议仅适用于特定数据集，可能不适用于所有类型的scRNA-seq和空间转录组数据	整合单细胞RNA测序和空间基因表达数据，以解析细胞类型分布	人类输尿管scRNA-seq数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据，空间基因表达数据	NA
4910	2025-01-06	Increased lamina propria B cells play roles in fructose-induced hypertension of Dahl salt-sensitive rats 2025-Jan-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123314 PMID:39675553	研究论文	本文研究了高果糖饮食对Dahl盐敏感大鼠高血压的影响，特别是肠道固有层B细胞的作用	通过单细胞RNA测序技术，首次揭示了高果糖饮食诱导的高血压中肠道固有层B细胞的作用	研究仅针对Dahl盐敏感大鼠，未涉及其他动物模型或人类样本	探讨高果糖饮食诱导的高血压中免疫细胞的作用	Dahl盐敏感大鼠和Dahl盐抵抗大鼠	免疫学	高血压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	Dahl盐敏感大鼠和Dahl盐抵抗大鼠，每组接受自来水或20%果糖溶液4周
4911	2025-01-06	Transcriptomic DN3 clock neuron subtypes regulate Drosophila sleep 2025-Jan-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr4580 PMID:39752484	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，对果蝇大脑中的时钟神经元进行了全面的转录组细胞类型普查，特别关注了DN3神经元亚型及其在睡眠调节中的作用	首次对果蝇大脑中DN3时钟神经元进行了全面的转录组分析，揭示了其12个不同的基因表达簇，并发现这些神经元通过G蛋白偶联受体促进睡眠	研究主要集中于果蝇模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性尚不明确	探索时钟神经元在睡眠调节中的作用	果蝇大脑中的DN3时钟神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	果蝇大脑中的DN3时钟神经元
4912	2025-01-06	Transcriptome and DNA methylation profiling during the NSN to SN transition in mouse oocytes 2025-Jan-03, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-024-00527-3 PMID:39754059	研究论文	本研究通过单细胞转录组和DNA甲基化分析，探讨了小鼠卵母细胞从非包围核仁（NSN）到包围核仁（SN）阶段的转变过程中的分子变化	开发了一个分类器，能够从单细胞或批量RNA-seq数据中推断染色质状态，并识别了SN卵母细胞中与不寻常染色质修饰组合相关的晚期甲基化区域	研究主要集中在小鼠卵母细胞，结果可能不直接适用于其他物种	探讨小鼠卵母细胞在NSN到SN转变过程中的转录组和DNA甲基化变化	小鼠卵母细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞亚硫酸氢盐测序（scBS-seq）	NA	单细胞转录组数据、DNA甲基化数据	NA
4913	2025-01-06	Inhibition of METTL14 overcomes CDK4/6 inhibitor resistance driven by METTL14-m6A-E2F1-axis in ERα-positive breast cancer 2025-Jan-03, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03021-2 PMID:39754249	研究论文	本文研究了ERα阳性乳腺癌中CDK4/6抑制剂耐药性的机制，并提出了通过抑制METTL14来克服耐药性的策略	首次通过全基因组CRISPR/Cas9文库筛选结合单细胞测序技术，鉴定出METTL14是CDK4/6抑制剂敏感性的决定因素，并发现了一种新型METTL14抑制剂WKYMVM	研究主要基于实验室模型和临床样本，尚未进行大规模临床试验验证	探索ERα阳性乳腺癌中CDK4/6抑制剂耐药性的机制，并寻找克服耐药性的方法	ERα阳性乳腺癌细胞和临床样本	癌症研究	乳腺癌	全基因组CRISPR/Cas9文库筛选、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床样本数据	临床样本和实验室模型
4914	2025-01-06	Exploring the Molecular Mechanisms of Fisetin in Treating Periodontitis Through Multiomics and Network Pharmacology 2025-Jan-03, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.12.012 PMID:39755534	研究论文	本研究通过多组学和网络药理学方法探索了非瑟酮治疗牙周炎的分子机制	首次结合单细胞和空间转录组学技术，识别了牙周炎中的关键细胞群及其空间分布，并验证了非瑟酮在牙周炎动物模型中的治疗效果	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在临床环境中验证非瑟酮的疗效	探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制及其潜在治疗效果	牙周炎动物模型和人类牙周韧带成纤维细胞（PDLFs）	生物医学	牙周炎	单细胞转录组学、空间转录组学、网络药理学分析	NA	转录组数据、实验数据	NA
4915	2025-01-06	Microglia depletion reduces human neuronal APOE4-related pathologies in a chimeric Alzheimer's disease model 2025-Jan-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.10.005 PMID:39500314	研究论文	本文研究了在小鼠海马体中通过诱导多能干细胞（iPSC）衍生的人类神经元，探讨了微胶质细胞在阿尔茨海默病（AD）发病机制中的作用	通过微胶质细胞耗竭的嵌合模型，揭示了神经元APOE4与微胶质细胞在AD病理形成中的协同作用	研究依赖于嵌合小鼠模型，可能无法完全模拟人类AD的复杂病理	探讨微胶质细胞对神经元APOE4相关AD发病机制的影响	诱导多能干细胞（iPSC）衍生的人类神经元和微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	嵌合小鼠模型	基因表达数据	嵌合小鼠模型中的iPSC衍生人类神经元
4916	2025-01-06	Specifically blocking αvβ8-mediated TGF-β signaling to reverse immunosuppression by modulating macrophage polarization 2025-Jan-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03250-1 PMID:39743547	研究论文	本文研究了通过特异性阻断αvβ8介导的TGF-β信号通路来逆转免疫抑制，并通过调节巨噬细胞极化来抑制肿瘤生长	开发了一种特异性抗αvβ8抗体130H2，并通过单细胞RNA测序和冷冻电镜单颗粒分析揭示了其作用机制，证明了其在体内外的高效抗肿瘤效果	αvβ8的表达谱仍存在争议，且抗αvβ8抗体的抗肿瘤机制尚未完全阐明	研究αvβ8在肿瘤中的表达及其在TGF-β信号通路中的作用，开发并评估特异性抗αvβ8抗体的抗肿瘤效果	人类肿瘤样本、小鼠模型、人类外周血单核细胞（PBMCs）、巨噬细胞、食蟹猴	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序、冷冻电镜单颗粒分析、药代动力学研究	NA	RNA测序数据、冷冻电镜图像、药代动力学数据	多种人类肿瘤样本、小鼠模型、人类PBMCs、食蟹猴
4917	2025-01-06	ImageDoubler: image-based doublet identification in single-cell sequencing 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55434-0 PMID:39747095	研究论文	本文介绍了一种基于图像的模型ImageDoubler，用于在单细胞测序中识别双联体和缺失样本	ImageDoubler利用Fluidigm单细胞测序图像数据，显著提高了双联体检测效率，F1分数比现有基于基因组的方法至少提高了33.1%	当前基于基因组的技术存在局限性，尤其是在同质细胞群体中效果不佳，并可能引入实验过程中的偏差	开发一种更有效的双联体检测方法，以解决单细胞测序中的数据误读问题	单细胞测序中的双联体和缺失样本	数字病理学	NA	Fluidigm单细胞测序	基于图像的模型	图像	NA
4918	2025-01-06	Molecular and spatial analysis of tertiary lymphoid structures in Sjogren's syndrome 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54686-0 PMID:39747819	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学技术，研究了Sjogren综合征和干燥综合征患者小唾液腺中的三级淋巴结构，构建了其形成和功能关键成分的细胞和空间图谱	确认了成纤维细胞状态的存在，并识别了具有潜在免疫功能的周细胞/壁细胞状态，为自身免疫和癌症中与三级淋巴结构相关的情况提供了关键治疗线索	NA	研究三级淋巴结构在Sjogren综合征和干燥综合征中的形成和功能机制	Sjogren综合征和干燥综合征患者的小唾液腺	分子生物学	Sjogren综合征	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学	NA	RNA序列数据、蛋白质数据	Sjogren综合征和干燥综合征患者的小唾液腺样本
4919	2025-01-06	Trigger inducible tertiary lymphoid structure formation using covalent organic frameworks for cancer immunotherapy 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55430-4 PMID:39747845	研究论文	本文探讨了使用共价有机框架（COF）诱导三级淋巴结构（TLS）形成以增强癌症免疫治疗效果的方法	利用共价有机框架（COF）诱导TLS形成，并通过单细胞测序分析揭示了其通过促进细胞因子过度分泌来实现的机制	研究仅在MC38和4MOSC1两种雌性肿瘤模型中进行验证，尚未在更广泛的肿瘤类型中测试	探索诱导TLS形成的有效策略以增强癌症免疫治疗效果	三级淋巴结构（TLS）和共价有机框架（COF）	癌症免疫治疗	癌症	单细胞测序分析	MC38和4MOSC1雌性肿瘤模型	NA	NA
4920	2025-01-06	Spatiotemporal dynamics of early oogenesis in pigs 2025-Jan-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03464-8 PMID:39748324	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术，探索了猪早期卵子发生过程中的时空基因表达谱和卵巢微环境的空间组织	首次揭示了猪卵巢中生殖细胞在卵子发生过程中的“皮质到髓质”分布模式，并验证了NOTCH信号和细胞外基质蛋白在调控生殖细胞命运中的关键作用	研究主要基于猪模型，尽管与人类具有保守性，但仍需进一步验证其在人类中的适用性	探索早期卵子发生的时空动态及其调控机制	猪卵巢中的生殖细胞和体细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据、空间转录组数据	猪卵巢组织