单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-17	Investigating the potential risk of cadmium exposure on Osteoporosis: An integrated multi-omics approach 2025-Jun-14, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118502 PMID:40517505	研究论文	通过多组学数据综合分析，探讨镉暴露在骨质疏松症发病机制中的作用	首次通过整合多组学方法揭示镉暴露与骨质疏松症的关联，并发现HMOX1作为潜在治疗靶点	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证	探索镉暴露对骨质疏松症的潜在风险	骨质疏松症患者及镉暴露人群	生物信息学	骨质疏松症	单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟	机器学习	多组学数据	NHANES数据库样本（具体数量未提及）
22	2025-06-17	ISLR knockdown enhances radiotherapy-induced anti-tumor immunity by disrupting the Treg-mregDC-lymphoid niche in triple-negative breast cancer 2025-Jun-14, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114988 PMID:40517736	研究论文	本研究探讨了放疗如何通过调节ISLR表达影响三阴性乳腺癌的免疫治疗效果	揭示了ISLR通过调控MIF/CD74信号通路在免疫逃逸中的关键作用，并证明靶向ISLR可增强放疗和免疫治疗的协同效应	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床患者中验证	探索放疗对ISLR表达的调节作用及其对三阴性乳腺癌免疫治疗的影响	三阴性乳腺癌细胞系(MDA-MB-231)和小鼠移植瘤模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学分析	小鼠异种移植模型	基因表达数据、细胞功能数据	细胞系实验和小鼠模型(具体数量未明确说明)
23	2025-06-17	Chemokine CCL12 in trigeminal ganglion contributes to CFA-induced mechanical allodynia in mice 2025-Jun-13, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.026 PMID:40517940	研究论文	本研究探讨了CCL12在三叉神经节中对CFA诱导的小鼠机械性异常性疼痛的作用	揭示了CCL12通过促进巨噬细胞浸润及IL-6和TNF-α的产生，在CFA诱导的口面部异常性疼痛中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	研究CCL12在慢性炎症性疼痛中的作用机制	小鼠三叉神经节	神经科学	慢性疼痛	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光	小鼠疼痛模型	基因表达数据, 行为数据	未明确说明小鼠数量
24	2025-06-17	Single cell RNA-sequencing reveals BHLHE40 and NDRG1 as key regulatory molecules modulating the trophoblastic senescence in preeclampsia 2025-Jun-11, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.06.009 PMID:40517485	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了BHLHE40和NDRG1在调节子痫前期滋养层细胞衰老中的关键作用	首次发现BHLHE40和NDRG1是调节子痫前期滋养层细胞衰老的关键分子，并验证了其临床预测价值	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要更多体内实验验证	探究子痫前期滋养层细胞衰老的分子机制和关键调控靶点	子痫前期患者的胎盘组织和LPS诱导的子痫前期大鼠模型	生物信息学	子痫前期	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP检测, 批量转录组测序, WGCNA分析	nomogram预测模型	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE173193, GSE24129, GSE75010)和实验验证样本
25	2025-06-17	Specificity protein 1 suppresses prohibitin 1 to induce macrophage M1 polarization and impair phagocytosis, exacerbating sepsis-associated acute lung injury 2025-Jun-05, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.434 PMID:40482976	研究论文	本研究探讨了特异性蛋白1（SP1）和抑制蛋白1（PHB1）轴在脓毒症相关急性肺损伤（ALI）中调控巨噬细胞极化和功能的作用	首次揭示了SP1通过转录抑制PHB1表达，促进巨噬细胞M1极化并损害吞噬功能，从而加剧脓毒症诱导的ALI	未来研究需要探索针对调节巨噬细胞极化和改善脓毒症相关ALI免疫稳态的靶向治疗	研究脓毒症相关急性肺损伤的分子机制及潜在治疗靶点	巨噬细胞极化和功能	分子生物学与免疫学	脓毒症相关急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量测序（HTS）、机器学习（ML）算法、免疫荧光、ELISA、RT-qPCR、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	使用盲肠结扎穿孔（CLP）诱导的小鼠模型进行体内外研究
26	2025-06-17	Role and Validation of Lactylation-Related Gene Markers in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Jun, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-025-05216-1 PMID:40131629	研究论文	本研究探讨了乳酰化相关基因标记在绝经后骨质疏松症中的作用及其验证	首次结合单细胞RNA测序和转录组数据，利用多组学数据和机器学习算法识别与PMOP因果相关的基因及诊断基因	研究样本来源和数量未明确说明，可能影响结果的普适性	探究乳酰化相关基因在绝经后骨质疏松症发展中的具体作用及其作为诊断标志物的潜力	绝经后骨质疏松症患者	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 转录组分析, 孟德尔随机化(MR)分析	多种机器学习算法组合	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	NA
27	2025-06-17	Genetic and genomic insights into male reproductive tract development 2025-Jun, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2025.03.024 PMID:40174856	综述	本文回顾了男性生殖道（MRT）发育的遗传和基因组分析，强调了单细胞测序在发现细胞类型和细胞过程中的应用	利用单细胞测序技术揭示了MRT发育中的细胞类型和过程，并系统性地整理了与MRT发育相关的表型术语和基因	小鼠数据与人类数据在表型术语和基因关联上存在差异，需要进一步的知识协调	理解男性生殖道发育的遗传基础及其与成年后医疗结果的关系	男性生殖道发育相关的基因和表型	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及269个独特基因和35个表型术语
28	2025-06-17	Machine learning approach to single cell transcriptomic analysis of Sjogren's disease reveals altered activation states of B and T lymphocytes 2025-Jun, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103419 PMID:40318561	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示Sjögren病患者B和T淋巴细胞的异常激活状态	首次在Sjögren病中应用单细胞转录组分析技术，揭示了B和T淋巴细胞独特的基因表达模式及其异常激活状态	研究仅基于外周血单个核细胞，未涉及唾液腺等靶器官的直接分析	探究Sjögren病发病机制中免疫细胞的功能变化	Sjögren病患者和对照者的外周血单个核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞转录组分析	非负矩阵分解(NMF)	基因表达数据	Sjögren病患者和症状对照者的PBMC样本
29	2025-06-17	Perinatal Exposure to Lead or Diethylhexyl Phthalate in Mice: Sex-Specific Effects on Cardiac DNA Methylation and Gene Expression across Time 2025-Jun, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP15503 PMID:40315424	研究论文	本研究探讨了围产期暴露于铅或邻苯二甲酸二乙基己酯对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的性别特异性影响	首次研究了围产期化学暴露如何影响心脏转录组和表观基因组在生命周期中的变化，特别是在性别差异方面	需要进一步研究表观遗传和转录差异如何影响心血管健康，特别是在老年期	研究围产期铅或DEHP暴露对心脏DNA甲基化和基因表达的长期影响	小鼠心脏	表观遗传学	心血管疾病	ERRBS, RNA-Seq	MuSiC算法	DNA甲基化数据, 基因表达数据	每组每个性别至少5只小鼠，分别在3周、5个月和10个月龄时采集心脏样本
30	2025-06-17	Pathological α-synuclein dysregulates epitranscriptomic writer METTL3 to drive neuroinflammation in microglia 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115618 PMID:40279247	research paper	该研究探讨了m6A甲基转移酶复合物中的METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的作用	揭示了METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的新作用，特别是在小胶质细胞中的调控机制	研究主要基于体外和动物模型，人类组织样本的分析仍需进一步验证	探究m6A RNA修饰在神经退行性疾病中的作用机制	人类小胶质细胞、星形胶质细胞、阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）和路易体痴呆（DLB）患者的死后组织	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据、组织样本	人类死后组织样本及体外培养的细胞模型
31	2025-06-17	Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia 2025-May-25, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814 PMID:40425139	研究论文	本文探讨了转录因子如何通过定义小胶质细胞的表观基因组结构和转录组来维持大脑健康	识别了PU.1、IRF8、SALL1和SMAD4这四个转录因子作为小胶质细胞身份的决定因素，并揭示了它们如何与其他转录因子协同作用	未提及具体实验的样本量或研究范围限制	研究小胶质细胞转录组程序的调控机制及其在神经炎症和神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞及其转录因子	表观遗传学	神经退行性疾病	ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	NA
32	2025-06-17	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	本文探讨了在胚胎体中进行CRISPR筛选以研究转录因子在胚胎发育中的作用，并开发了一种新的单克隆胚胎体方法来提高筛选的可重复性和统计效力	开发了一种可扩展的单克隆胚胎体生成和遗传条形码标记方案，解决了传统镶嵌筛选中的克隆复杂性降低和统计效力不足的问题	研究结果在小鼠胚胎体中得出，尚未在人类或其他物种中验证	研究转录因子在胚胎发育和谱系定向中的作用，并开发改进的遗传筛选方法	小鼠胚胎干细胞和胚胎体	发育生物学	NA	CRISPR筛选、scRNA-seq、遗传条形码	NA	单细胞RNA测序数据	NA
33	2025-06-17	Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654622 PMID:40475635	研究论文	研究视网膜髓系细胞在人类神经元移植后的单细胞转录组变化，揭示小胶质细胞激活的可逆性	首次展示了视网膜髓系细胞在神经元移植后的激活轨迹及其可逆性，揭示了与神经退行性疾病相似的分子特征	研究仅关注移植后3天的短期反应，未探讨长期影响	探究移植后宿主视网膜小胶质细胞/巨噬细胞的激活机制及其异质性	人类胚胎干细胞分化的视网膜神经节细胞(RGC)及小鼠视网膜髓系细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNAseq)、10X Genomics Chromium平台、RNA Velocity分析	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像	每样本最多10,000个活细胞进行单细胞RNA测序
34	2025-06-17	Longitudinal single-cell analysis reveals RUNX1T1 as an early driver in treatment-induced neuroendocrine transdifferentiation 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653660 PMID:40463134	研究论文	通过纵向单细胞分析揭示了RUNX1T1作为治疗诱导神经内分泌转分化的早期驱动因素	首次在患者来源的异种移植模型中识别出一个新的早期中间过渡细胞状态，并发现RUNX1T1作为神经内分泌转分化的关键转录调节因子	研究仅基于单一患者来源的异种移植模型，可能限制了结果的普适性	探索治疗诱导神经内分泌前列腺癌(t-NEPC)发展过程中的时间动态和分子驱动因素	前列腺腺癌向神经内分泌癌转分化过程	癌症生物学	前列腺癌	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	患者来源的异种移植模型(PDX)	单细胞转录组数据	7个时间点的样本(从去势前到复发NEPC)
35	2025-06-17	Tyrosinase in melanoma inhibits anti-tumor activity of PD-1 deficient T cells 2025-May-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02237-4 PMID:40375241	研究论文	研究酪氨酸酶在黑色素瘤中对PD-1缺陷T细胞抗肿瘤活性的抑制作用	发现酪氨酸酶在黑色素瘤中显著抑制T细胞的抗肿瘤活性，并通过CRISPR/Cas9技术敲除酪氨酸酶增强了T细胞的浸润和激活	研究基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探索黑色素瘤中抑制T细胞抗肿瘤活性的分子机制	B16黑色素瘤细胞和PD-1缺陷小鼠	肿瘤免疫学	黑色素瘤	CRISPR/Cas9基因编辑和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据和细胞表型数据	使用B16黑色素瘤细胞和PD-1缺陷小鼠进行实验
36	2025-06-17	Spatial transcriptomics highlights B cells as key contributors to a complete and durable response to chemo-immunotherapy in a patient with resectable NSCLC 2025-May-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011563 PMID:40350207	research paper	该研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示B细胞在可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫疗法产生完全和持久反应中的关键作用	利用空间转录组学结合单细胞RNA测序和血清蛋白质组分析，首次揭示了B细胞在不同成熟状态下的关键作用，并观察到治疗后原发肿瘤中三级淋巴结构的形成	研究仅基于一个病例，样本量有限，需要更大规模的研究验证结果	探索可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫疗法产生完全和持久反应的分子机制	一名可切除非小细胞肺癌伴同步脑转移的患者	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, single-cell RNA-sequencing, serum proteomic profiling	NA	transcriptomic data, proteomic data	1名患者（包括治疗前脑转移灶和治疗后原发肺肿瘤组织）
37	2025-06-17	Hepatic stellate cell heterogeneity: Functional aspects and therapeutic implications 2025-May-08, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001386 PMID:40338161	综述	本文综述了肝星状细胞（HSCs）在健康和疾病肝脏中的异质性及其功能	整合了单细胞测序、空间转录组学及临床前和临床数据，提供了对HSC异质性的最新理解	NA	探讨HSC异质性在肝脏稳态和疾病中的作用及其治疗潜力	肝星状细胞（HSCs）及其与肝细胞、内皮细胞、巨噬细胞/单核细胞、T细胞和肿瘤细胞的相互作用	NA	肝病	单细胞测序, 空间转录组学	NA	NA	NA
38	2025-06-17	Revolutionizing cancer treatment: Navigating the intricate landscape of cellular signaling networks 2025-May, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University IF:2.1Q3 DOI:10.17219/acem/205024 PMID:40418208	研究论文	探讨癌症治疗中细胞信号网络的动态重连及其对治疗抵抗的影响	利用单细胞多组学、空间转录组学和AI驱动的网络建模等创新技术解析癌症的适应性机制	未提及具体研究样本大小或数据类型的限制	通过整合系统生物学与计算和实验方法，设计能够克服癌症进化适应性的适应性疗法	肿瘤细胞、非编码基因组和微环境之间的动态交互	系统生物学	癌症	单细胞多组学、空间转录组学、AI驱动的网络建模	AI-powered network modeling	多组学数据	NA
39	2025-06-17	A single-cell sequencing-based analysis of a 13-year-old with maxillary sinus NUT carcinoma 2025-Mar, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107185 PMID:39862476	研究论文	通过对一名13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织进行单细胞RNA测序，揭示了肿瘤微环境中的细胞异质性和潜在治疗靶点	首次利用单细胞RNA测序技术分析NUT癌的肿瘤微环境，发现上皮细胞亚群的不同功能特征和免疫微环境的特征	研究仅基于一名患者的样本，样本量较小，结果可能需要更大规模的研究验证	探索NUT癌的肿瘤生物学特性和潜在治疗靶点	13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织	数字病理	NUT癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1名患者的肿瘤组织
40	2025-06-17	Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system 2025-Jan-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04432-y PMID:39856121	研究论文	通过单细胞ATAC-seq技术分析大鼠神经系统中的染色质可及性，揭示细胞类型特异性调控元件及其在脑功能中的作用	首次在大鼠神经系统多个脑区生成单细胞染色质可及性图谱，并整合RNA-seq数据构建少突胶质前体细胞中以Jun转录因子为中心的基因调控网络	研究仅针对成年大鼠，未涵盖发育阶段或其他物种	解析哺乳动物神经系统的表观遗传调控多样性	16个大鼠脑区的174,593个高质量细胞核	表观遗传学	神经系统疾病	scATAC-seq, 单核RNA-seq	基因调控网络(GRN)	表观基因组数据	174,593个细胞核(来自16个脑区)