单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4761	2025-01-19	Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression 2025-Jan-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170 PMID:39699274	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究了一位具有高风险多发性骨髓瘤并伴有轻链逃逸（LCE）的患者，揭示了LCE与LAMP5过表达之间的新联系及其对骨溶解和预后的影响	通过单细胞RNA测序技术揭示了LCE与LAMP5过表达之间的新联系，并验证了其对骨溶解和预后的影响	研究仅基于一位患者的数据，样本量较小，可能影响结果的普遍性	研究高风险多发性骨髓瘤患者中LCE的分子机制及其对骨溶解和预后的影响	高风险多发性骨髓瘤患者	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	一位患者
4762	2025-01-19	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2024-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626649 PMID:39677686	研究论文	本研究通过先进成像技术和激光捕获显微切割技术，深入分析了多核巨细胞（MNGCs）在卵巢衰老中的存在及其独特的转录组特征	首次定义了卵巢MNGCs在不同年龄和物种中的存在，并揭示了其与降解过程、免疫功能和高代谢活性相关的分子特征	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术进行分离和分析	研究卵巢衰老过程中多核巨细胞的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢	生物医学	老年疾病	激光捕获显微切割技术、先进成像技术	NA	图像、转录组数据	小鼠和非人灵长类动物的卵巢样本
4763	2025-01-19	Over Activation of IL-6/STAT3 Signaling Pathway in Juvenile Dermatomyositis 2024-Oct, Rheumatology and therapy IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s40744-024-00699-6 PMID:39073510	研究论文	本研究探讨了IL-6/JAK/STAT3信号通路在青少年皮肌炎（JDM）中的异常激活及其在肌肉损伤中的作用	首次通过单细胞RNA测序和免疫组化技术揭示了JDM患者中IL-6/JAK/STAT3信号通路的异常激活，并发现IL-6通过触发钙超载和活性氧（ROS）产生参与肌肉损伤的发病机制	样本量较小，仅包括72名新诊断的JDM患者和两名患者的肌肉活检样本	阐明IL-6激活JAK/STAT3信号通路的机制及其在JDM发病中的作用	青少年皮肌炎（JDM）患者	生物医学	皮肌炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	血清样本、肌肉活检样本	72名新诊断的JDM患者和两名患者的肌肉活检样本
4764	2025-01-19	The architecture of silk-secreting organs during the final larval stage of silkworms revealed by single-nucleus and spatial transcriptomics 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114460 PMID:38996068	研究论文	本文通过单核和空间转录组学技术，系统地绘制了桑蚕幼虫发育后期丝腺的细胞和空间组成	首次结合单核和空间转录组学技术，揭示了桑蚕丝腺的细胞类型和细胞状态动态，并识别了与高效丝蛋白合成相关的调控网络和细胞间通讯	研究主要集中在桑蚕幼虫发育后期的丝腺，未涉及其他发育阶段或其他物种	阐明丝腺的细胞和空间组织，以揭示高效丝蛋白合成的机制	桑蚕幼虫发育后期的丝腺	转录组学	NA	单核转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	桑蚕幼虫发育后期的丝腺样本
4765	2025-01-19	The mechano-chemical circuit in fibroblasts and dendritic cells drives basal cell proliferation in psoriasis 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114513 PMID:39003736	研究论文	本文研究了树突状细胞（DCs）与成纤维细胞之间的机械化学信号通路如何促进银屑病皮肤中基底细胞的增殖	揭示了DCs通过增加细胞外基质（ECM）表达来增强真皮硬度，进而促进基底表皮细胞过度增殖的新机制	研究主要依赖于小鼠银屑病模型和皮肤类器官模型，可能无法完全反映人类银屑病的复杂性	探讨DCs和成纤维细胞在银屑病进展中的作用	DCs、成纤维细胞和基底表皮细胞	生物医学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、免疫染色和硬度测量	小鼠银屑病模型和皮肤类器官模型	基因表达数据、空间转录组数据、免疫染色图像和硬度测量数据	未明确提及具体样本数量
4766	2025-01-19	Identification and characterization of TM4SF1+ tumor self-seeded cells 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114512 PMID:39003738	研究论文	本文通过光转换标记技术建立了一个精确的动物模型，以重现肿瘤自我播种的自发过程，并识别出具有增强侵袭性和生存能力的肿瘤自我播种细胞（TSCs）亚群	首次使用光转换标记技术精确识别和表征肿瘤自我播种细胞（TSCs），并确定TM4SF1作为TSCs的标志物	研究依赖于动物模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	研究肿瘤自我播种细胞（TSCs）的详细性质和功能，以发现潜在的诊断、预后或治疗靶点	肿瘤自我播种细胞（TSCs）	肿瘤学	癌症	光转换标记技术、单细胞RNA测序	动物模型	单细胞RNA测序数据	NA
4767	2025-01-19	An atlas of GPCRs in dopamine neurons: Identification of the free fatty acid receptor 4 as a regulator of food and water intake 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114509 PMID:39003735	研究论文	本文通过无偏qPCR阵列表达分析，绘制了多巴胺神经元中G蛋白偶联受体（GPCR）的图谱，并鉴定了自由脂肪酸受体4（FFAR4）作为食物和水摄入的调节因子	首次绘制了多巴胺神经元中GPCR的全面图谱，并鉴定了FFAR4在调节食物和水摄入中的功能	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究多巴胺神经元中GPCR的表达及其在代谢调节中的作用	多巴胺神经元	神经科学	NA	qPCR阵列表达分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据挖掘、离体钙成像	NA	基因表达数据、钙成像数据	Dat-eGFP小鼠的多巴胺神经元
4768	2025-01-19	Patterns of Unwanted Biological and Technical Expression Variation Among 49 Human Tissues 2024-06, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.102069 PMID:38670317	研究论文	本研究利用来自49种人体组织的17,282个样本，探讨了基因表达变异的原因和模式，旨在提高去除不想要的变异同时保留与生物学问题相关的变异的能力	这是对组织表达变异潜在来源的最大规模探索之一，揭示了基因表达变异的预期和意外原因，并展示了匹配的组织学标本的实用性	14%的变异原因尚不明确，且部分解释为低置信度	提高去除不想要的基因表达变异同时保留与生物学问题相关的变异的能力	49种人体组织的17,282个样本	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	17,282个样本
4769	2025-01-19	Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Heterogeneity and Transcriptional Dynamics in Porcine Circulating CD8+ T Cells 2024-04-16, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080692 PMID:38667307	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了猪外周血循环CD8+ T细胞的异质性和转录动态	首次全面描述了猪CD8+ T细胞亚型的异质性和分化轨迹，并鉴定了潜在的转录调控因子	研究主要集中于猪的外周血样本，未涉及其他组织或疾病状态下的CD8+ T细胞	研究猪免疫系统中CD8+ T细胞的异质性和功能	猪外周血中的CD8+ T细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	猪外周血样本
4770	2025-01-19	Single-Cell DNA Sequencing Reveals an Evolutionary Pattern of CHIP in Transplant Eligible Multiple Myeloma Patients 2024-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080657 PMID:38667272	研究论文	本文通过单细胞DNA测序技术研究了多发性骨髓瘤患者中克隆性造血现象（CHIP）的进化模式	首次在多发性骨髓瘤患者中使用高吞吐量单细胞DNA测序技术，揭示了CHIP的进化模式和与治疗反应的关系	样本量较小，仅包括12名患者，且仅对部分患者进行了纵向样本分析	研究多发性骨髓瘤患者中克隆性造血现象（CHIP）的进化模式及其与治疗反应的关系	多发性骨髓瘤患者	基因组学	多发性骨髓瘤	单细胞DNA测序	NA	DNA序列数据	12名多发性骨髓瘤患者，其中4名患者有纵向样本
4771	2025-01-19	Potential Roles of Specific Subclasses of Premotor Interneurons in Spinal Cord Function Recovery after Traumatic Spinal Cord Injury in Adults 2024-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080652 PMID:38667267	综述	本文回顾了在成人创伤性脊髓损伤后，前运动中间神经元在形成新的脊髓内回路中的作用，并强调了研究人员在分类这些细胞群体时遇到的困难	本文强调了单细胞RNA测序和转录组实验在成人脊髓中间神经元分类中的重要性，指出了传统基于胚胎发育转录因子差异表达的方法在成人中的局限性	目前的研究在明确参与运动功能恢复的特定中间神经元群体身份方面仍存在困难	探讨成人创伤性脊髓损伤后，特定亚类前运动中间神经元在脊髓功能恢复中的潜在作用	成人创伤性脊髓损伤后的前运动中间神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序, 转录组实验	NA	RNA测序数据, 转录组数据	NA
4772	2025-01-19	Brooklyn plots to identify co-expression dysregulation in single cell sequencing 2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad112 PMID:38213836	研究论文	本文介绍了一种通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据检测基因组相关相邻基因共表达全局变化的方法，并开发了一个软件包来生成和测试非随机性	创新点在于使用'Brooklyn plots'来识别同一染色体上显著共表达的基因百分比，并发现扩张型心肌病心肌细胞中开放染色质模式的改变	局限性在于该方法主要适用于单细胞数据，可能不适用于批量数据集	研究目的是检测单细胞RNA测序数据中基因组相关相邻基因共表达的全局变化	研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4773	2025-01-19	Expansion spatial transcriptomics 2023-08, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01911-1 PMID:37349575	研究论文	本文介绍了一种扩展空间转录组学方法，通过组织清除和扩展来提高空间分辨率，并在小鼠脑样本中展示了其效果	通过组织清除和扩展技术克服了传统捕获阵列空间分辨率受限的问题，实现了更高的空间分辨率	目前仅在小鼠脑样本中进行了验证，尚未在其他组织或物种中广泛应用	提高空间转录组学的空间分辨率，以更精确地解析组织中的基因表达	小鼠脑组织	空间转录组学	NA	扩展空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠脑样本
4774	2025-01-19	Generation and Functional Analysis of Defective Viral Genomes during SARS-CoV-2 Infection 2023-06-27, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00250-23 PMID:37074178	研究论文	本研究探讨了SARS-CoV-2感染过程中缺陷病毒基因组（DVGs）的生成及其与宿主抗病毒免疫反应的关系	首次揭示了SARS-CoV-2 DVGs在自然感染中的干扰素刺激活性，并确定了DVG重组的新热点	需要进一步研究DVG生成的机制及其如何调节宿主反应和感染结果	探讨SARS-CoV-2感染过程中DVGs的生成和功能	COVID-19患者的感染和尸检肺组织	病毒学	COVID-19	RNA-seq, NGS	NA	RNA-seq数据	COVID-19患者的感染和尸检肺组织样本
4775	2025-01-19	scRNA-Seq and imaging mass cytometry analyses unveil iNKT cells-mediated anti-tumor immunity in pancreatic cancer liver metastasis 2023-05-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216149 PMID:36990268	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和成像质谱流式细胞术分析，揭示了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	首次全面探索了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的作用，并揭示了α-半乳糖神经酰胺（αGC）激活iNKT细胞后对肿瘤微环境中免疫细胞的全局变化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	胰腺癌肝转移小鼠模型中的iNKT细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），成像质谱流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，成像质谱流式细胞术数据	超过30,000个免疫细胞
4776	2025-01-19	Preparation of noninfectious scRNAseq samples from SARS-CoV-2-infected epithelial cells 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0281898 PMID:36827401	研究论文	本文描述了一种从SARS-CoV-2感染的上皮细胞中制备非传染性单细胞RNA测序（scRNAseq）样本的方法	提出了一种在BSL2设施中安全进行scRNAseq分析的方法，使更多研究人员能够进行SARS-CoV-2细胞的分子分析	需要进一步验证该方法在其他类型细胞和病毒中的适用性	开发一种安全的方法，用于在较低生物安全级别的实验室中研究SARS-CoV-2感染的细胞	SARS-CoV-2感染的非洲绿猴肾上皮细胞（Vero-E6）和分化在气液界面上的人肺上皮细胞	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA数据	非洲绿猴肾上皮细胞和人肺上皮细胞
4777	2025-01-19	Isolation of myeloid cells from mouse brain tumors for single-cell RNA-seq analysis 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100957 PMID:34825218	研究论文	本文描述了一种从小鼠脑肿瘤中快速分离髓系细胞用于单细胞RNA测序分析的协议	提出了一种无需细胞分选即可从小鼠小脑肿瘤中快速分离髓系细胞的方法，以减少细胞损伤	未提及样本量或实验结果的局限性	开发一种用于单细胞RNA测序的髓系细胞分离协议	小鼠脑肿瘤中的髓系细胞	单细胞RNA测序	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	未明确提及样本量
4778	2025-01-19	Multi-omic evaluation of metabolic alterations in multiple sclerosis identifies shifts in aromatic amino acid metabolism 2021-10-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100424 PMID:34755135	研究论文	本研究通过多组学方法评估多发性硬化症（MS）中的代谢变化，特别关注芳香族氨基酸代谢的转变	首次大规模评估MS患者与健康对照之间的代谢组差异，并结合单细胞RNA测序数据探讨代谢变化与细胞基因表达的关系	研究样本量相对较大，但仍需进一步扩大样本以验证结果的普遍性	探讨多发性硬化症患者的代谢变化及其与疾病残疾程度的关系	多发性硬化症患者（PwMS）和健康对照（HC）	代谢组学	多发性硬化症	代谢组学分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	代谢组数据，单细胞RNA测序数据	多发性硬化症患者样本637个，健康对照样本317个
4779	2025-01-19	Single cell RNA-seq analysis of the flexor digitorum brevis mouse myofibers 2021-05-17, Skeletal muscle IF:5.3Q2 DOI:10.1186/s13395-021-00269-2 PMID:34001262	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠快肌纤维的基因表达模式	引入了全细胞流式分选方法进行单细胞RNA测序，扩展了已知的纤维类型特异性基因库	在763个肌纤维中，仅有171个细胞达到最优质量，样本利用率较低	探索全细胞流式分选方法在单肌纤维类型中的应用，以生成深度表达模式	小鼠快肌纤维（flexor digitorum brevis muscle）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	763个完整和碎片化的肌纤维
4780	2025-01-19	Consistent RNA sequencing contamination in GTEx and other data sets 2020-04-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15821-9 PMID:32321923	研究论文	本文研究了下一代测序中的读取污染问题，特别是在GTEx和其他RNA-seq数据集中的污染情况	揭示了GTEx数据集中48种组织中26种存在胰腺富集基因的变异共表达簇，并发现样本污染与同日测序的样本密切相关	研究主要依赖于GTEx数据集，可能无法完全代表所有RNA-seq数据的污染情况	了解导致RNA-seq数据污染的因素及其对分析的影响	GTEx数据集中的48种组织和其他RNA-seq数据集	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	GTEx数据集中的48种组织和其他RNA-seq数据集