单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4701	2025-01-23	Preliminary Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Uncovers Adipocyte Heterogeneity in Lipedema 2024-06-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13121028 PMID:38920656	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了脂肪水肿中三种不同的脂肪细胞群体	首次在脂肪水肿中识别出三种具有独特基因特征的脂肪细胞亚群	样本量较小，且仅针对西方人群	研究脂肪水肿的病理机制	脂肪水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本	生物信息学	脂肪水肿	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脂肪水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本
4702	2025-01-23	An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005 PMID:38821054	研究论文	本文介绍了一种可诱导的遗传工具Clec7a-CreER，用于追踪和操纵特定的小胶质细胞状态，揭示了它们的可塑性和在髓鞘再生中的作用	开发了一种新的遗传工具Clec7a-CreER，能够特异性地靶向和操纵PAMs和DAMs，揭示了这些细胞状态的可塑性和功能	部分小胶质细胞状态的动态性和功能意义仍不明确，可能受限于工具的特定性	研究小胶质细胞状态在CNS发育和疾病中的动态性、可塑性及其功能	小胶质细胞，特别是PAMs和DAMs	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序，遗传工具Clec7a-CreER	NA	基因表达数据	多个疾病模型中的小胶质细胞
4703	2025-01-23	Identifying gene expression programs in single-cell RNA-seq data using linear correlation explanation 2024-06, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2024.104644 PMID:38631462	研究论文	本研究利用线性相关解释（linear CorEx）方法，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义的基因表达程序（GEPs）	提出了一种基于机器学习的线性CorEx方法，通过总相关优化函数从scRNA-seq数据中推断GEPs，并展示了其在识别细胞类型和活动程序方面的优越性能	研究主要基于模拟和真实世界的scRNA-seq数据集，可能在实际应用中存在数据特异性的限制	从scRNA-seq数据中推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义的基因表达程序	小鼠齿状回和胚胎结肠发育的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性CorEx	基因表达数据	模拟和真实世界的scRNA-seq数据集
4704	2025-01-23	Ly6Chi Monocytes Are Metabolically Reprogrammed in the Blood during Inflammatory Stimulation and Require Intact OxPhos for Chemotaxis and Monocyte to Macrophage Differentiation 2024-05-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13110916 PMID:38891050	研究论文	本文研究了急性炎症过程中单核细胞的起源和转录重编程，特别是Ly6Chi单核细胞在血液中的代谢重编程及其在趋化和向巨噬细胞分化中的作用	揭示了Ly6Chi单核细胞在急性炎症初期六小时内经历两次主要的转录重编程事件，并证明氧化磷酸化（OxPhos）在这些过程中起关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用仍需进一步验证	探讨急性炎症中单核细胞的代谢重编程及其功能	Ly6Chi单核细胞及其向巨噬细胞的分化	免疫学	炎症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类单核细胞样本
4705	2025-01-23	25-Hydroxycholesterol regulates lysosome AMP kinase activation and metabolic reprogramming to educate immunosuppressive macrophages 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.021 PMID:38640930	研究论文	本文研究了25-羟基胆固醇（25HC）在肿瘤微环境中通过调节巨噬细胞的代谢重编程和免疫抑制功能，影响CD8 T细胞的监视和抗肿瘤反应	揭示了胆固醇-25-羟化酶（Ch25h）通过STAT6转录因子被IL-4和IL-13诱导表达，导致25HC积累，并发现CH25H亚群在免疫抑制巨噬细胞亚群中富集，与多种癌症的较低生存率相关	未明确提及具体局限性	研究25-羟基胆固醇在肿瘤微环境中对巨噬细胞免疫抑制功能和代谢重编程的影响	巨噬细胞、CD8 T细胞、肿瘤微环境	免疫代谢	癌症	scRNA-seq分析	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
4706	2025-01-23	Type I interferons induce an epigenetically distinct memory B cell subset in chronic viral infection 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.016 PMID:38593796	研究论文	本文通过单细胞ATAC-seq和RNA-seq技术，研究了在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染中，记忆B细胞（MBCs）的发育变化及其可逆性	发现了一种在慢性病毒感染期间富含干扰素刺激基因（ISGs）的记忆B细胞亚群，该亚群与通常与慢性感染相关的T-bet亚群不同	研究仅在特定病毒感染模型中进行，未涉及其他类型的慢性病毒感染	探讨慢性病毒感染如何影响记忆B细胞的发育及其可逆性	记忆B细胞（MBCs）	免疫学	病毒感染	单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量
4707	2025-01-23	A human neural crest model reveals the developmental impact of neuroblastoma-associated chromosomal aberrations 2024-May-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47945-7 PMID:38702304	研究论文	本文通过人类胚胎干细胞分化和单细胞转录组及表观基因组分析，研究了神经母细胞瘤中常见的染色体17q/1q增益对胚胎肿瘤发生的影响	首次使用人类胚胎干细胞模型揭示了染色体拷贝数变异在胚胎肿瘤发生中的具体作用机制	研究主要依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内环境	探讨染色体拷贝数变异如何影响胚胎肿瘤的发生	人类胚胎干细胞及其分化的神经嵴细胞	发育生物学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、表观基因组分析	人类胚胎干细胞模型	单细胞RNA-seq数据、表观遗传数据	NA
4708	2025-01-23	Circulating myeloid-derived MMP8 in stress susceptibility and depression 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07015-2 PMID:38326622	研究论文	本文探讨了循环髓系细胞特异性蛋白酶MMP8在应激易感性和抑郁症中的作用	揭示了MMP8在应激易感性和抑郁症中的新机制，并提出了针对外周免疫细胞来源的基质金属蛋白酶作为治疗应激相关神经精神疾病的新靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究仍需进一步验证	研究应激相关疾病如重度抑郁症的潜在机制	人类和应激易感小鼠	神经科学	抑郁症	质谱流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	血清样本和脑组织样本	人类和应激易感小鼠
4709	2025-01-23	Unveiling and validating biomarkers related to the IL-10 family in chronic sinusitis with nasal polyps: insights from transcriptomics and single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1513951 PMID:39830981	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞RNA测序分析，揭示并验证了与IL-10家族相关的慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）生物标志物	首次系统地探索了IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别了新的生物标志物和潜在治疗靶点	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别相关生物标志物和潜在治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	生物信息学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	转录组学分析，单细胞RNA测序	LASSO, SVM-RFE, Boruta算法	基因表达数据	多个公开的基因表达数据集（GSE136825, GSE179265, GSE196169）
4710	2025-01-23	Identification and validation of five ferroptosis-related molecular signatures in keloids based on multiple transcriptome data analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1490745 PMID:39834787	研究论文	本研究通过多转录组数据分析，识别并验证了与瘢痕疙瘩形成相关的五个铁死亡相关分子标志物	首次系统地研究了铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的作用，并识别了五个关键基因	样本量相对较小，仅包括24个瘢痕疙瘩和17个正常皮肤样本	探讨铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的分子机制	瘢痕疙瘩和正常皮肤组织	生物信息学	皮肤疾病	转录组数据分析、qRT-PCR、Western blot	LASSO回归	转录组数据、单细胞数据	24个瘢痕疙瘩样本和17个正常皮肤样本
4711	2025-01-23	Single-cell mitophagy patterns within the tumor microenvironment modulate intercellular communication, impacting the progression and prognosis of hepatocellular carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1448878 PMID:39835122	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的线粒体自噬模式，探讨其对细胞间通讯、肿瘤进展和患者预后的影响	首次在HCC肿瘤微环境中识别出与线粒体自噬相关的特定细胞亚型，并揭示其与细胞间通讯和患者预后的关联	线粒体自噬似乎不影响免疫治疗的效果，且研究样本量相对有限	探讨HCC肿瘤微环境中线粒体自噬模式对细胞间通讯、肿瘤进展和患者预后的影响	肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤微环境细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）聚类	单细胞RNA测序数据	25,189个细胞，来自HCC患者的两个单细胞RNA测序数据集
4712	2025-01-23	Single-cell sequencing analysis reveals cancer-associated pericyte subgroup in esophageal squamous cell carcinoma to predict prognosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1474673 PMID:39835116	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了食管鳞状细胞癌中癌症相关周细胞的亚群特征及其与预后的关系	首次在食管鳞状细胞癌中识别出六种周细胞亚型，并发现其中两种亚型与预后显著相关，为预测患者预后提供了新的生物标志物	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步实验验证这些亚型的功能及其在肿瘤微环境中的具体作用	探索食管鳞状细胞癌中癌症相关周细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	食管鳞状细胞癌中的癌症相关周细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	大样本单细胞转录组数据
4713	2025-01-23	Molecular and spatial landmarks of early mouse skin development 2023-10-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.07.015 PMID:37591247	研究论文	本文通过单细胞转录组学、空间细胞类型分配和细胞谱系追踪技术，解构了早期胚胎小鼠皮肤的关键发育过程	揭示了早期皮肤发育中的细胞多样性和组织架构，发现了毛囊诱导、肌肉支持和筋膜形成的成纤维细胞的时空出现，以及PCM肌肉的形成、无周细胞覆盖的血管萌芽和皮肤中最早的肥大细胞和树突状免疫细胞的定居	研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类皮肤发育	探索早期皮肤发育过程中的细胞类型多样性和组织架构的形成	早期胚胎小鼠皮肤	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间细胞类型分配、细胞谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	早期胚胎小鼠皮肤样本
4714	2025-01-23	Epigenetic Induction of Smooth Muscle Cell Phenotypic Alterations in Aortic Aneurysms and Dissections 2023-09-19, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.063332 PMID:37555319	研究论文	本研究探讨了主动脉瘤和夹层（AAD）中平滑肌细胞（SMC）表型转换的转录组和表观遗传动态	揭示了SMC从收缩表型向增殖、细胞外基质产生和炎症表型转变的表观遗传机制，并识别了IRF3在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探讨主动脉瘤和夹层中平滑肌细胞表型转换的机制	小鼠和人类主动脉瘤和夹层组织中的平滑肌细胞	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性测序	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据	小鼠模型和人类主动脉瘤和夹层组织样本
4715	2025-01-23	Machine Learning Reveals Synovial Fibroblast Genes Associated with Pain Affect Sensory Nerve Growth in Rheumatoid Arthritis 2023-Aug-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.08.17.23294232 PMID:37662384	研究论文	本文通过机器学习方法揭示了与类风湿性关节炎疼痛相关的滑膜成纤维细胞基因，这些基因影响感觉神经的生长	使用了一种新的机器学习方法——基于图的基因表达模块识别（GbGMI），来识别与疼痛相关的基因模块，并验证了这些基因在早期未治疗的类风湿性关节炎患者中的表达	研究样本主要来自长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者，可能不适用于其他类型的关节炎或疾病阶段	研究类风湿性关节炎疼痛的分子机制，特别是滑膜成纤维细胞基因与感觉神经生长的关系	类风湿性关节炎患者的滑膜组织和感觉神经元	机器学习	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	GbGMI	基因表达数据	长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者的滑膜活检样本
4716	2025-01-23	Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis 2023-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39210-0 PMID:37365178	研究论文	本文通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞在神经母细胞瘤骨髓转移中的作用	首次在神经母细胞瘤骨髓转移的背景下，结合单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞的角色及其与肿瘤微环境的相互作用	样本量较小，仅包括11名患者和5名年龄匹配的无转移对照	研究神经母细胞瘤骨髓转移的分子机制，特别是单核细胞在其中的作用	神经母细胞瘤患者的骨髓样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、表观基因组分析	NA	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据	11名神经母细胞瘤患者和5名年龄匹配的无转移对照的骨髓样本
4717	2025-01-22	Central and peripheral kynurenine pathway metabolites in COVID-19: Implications for neurological and immunological responses 2025-Feb, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.11.031 PMID:39615604	研究论文	本研究探讨了COVID-19患者中中枢和外周kynurenine途径代谢物的变化及其对神经和免疫反应的影响	首次发现COVID-19患者中枢神经系统中kynurenine代谢物水平升高，并揭示了外周炎症通过单核细胞中IDO1的过表达激活kynurenine途径的机制	样本量相对较小，且仅针对瑞典患者进行研究，可能限制了结果的普遍性	研究COVID-19患者中kynurenine途径代谢物的变化及其对神经和免疫反应的影响	53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照	生物医学	COVID-19	超高效液相色谱-串联质谱法（UPLC-MS/MS）和单细胞转录组学	NA	代谢物水平和基因表达数据	53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照，以及130名COVID-19患者的单细胞转录组数据
4718	2025-01-22	Identification of circadian rhythm-related biomarkers and development of diagnostic models for Crohn's disease using machine learning algorithms 2025-Jan-21, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453922 PMID:39836385	研究论文	本研究通过机器学习算法识别了与克罗恩病相关的昼夜节律生物标志物，并开发了诊断模型	首次将昼夜节律相关基因作为克罗恩病的诊断生物标志物，并利用机器学习算法构建诊断模型	研究依赖于GEO数据库的数据，可能受限于数据的质量和多样性	识别克罗恩病的昼夜节律相关生物标志物并开发诊断模型	克罗恩病患者和对照组的基因表达数据	机器学习	克罗恩病	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞测序	机器学习算法	基因表达数据	NA
4719	2025-01-22	Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts 2025-Jan-18, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01507-x PMID:39826027	研究论文	本文研究了机械张力对细胞衰老及其相关分泌表型的影响，特别是在肺纤维化等年龄相关疾病中	揭示了机械张力通过细胞培养基质刚性影响衰老细胞标志物和分泌表型，并鉴定了高刚度驱动的独特分泌蛋白谱和转录组特征	研究主要基于体外实验，未完全模拟体内复杂的机械环境	探讨机械张力对细胞衰老及其分泌表型的影响	人类原发性肺成纤维细胞（IMR-90）	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	人类原发性肺成纤维细胞（IMR-90）在不同基质刚性条件下培养
4720	2025-01-22	Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures 2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631928 PMID:39829741	研究论文	本文利用空间转录组学（ST）技术，定义了类风湿性关节炎（RA）滑膜中的稳定微环境，并开发了一种基于Dirichlet变分自编码器架构的无参考解卷积方法DeepTopics，用于识别疾病相关的细胞群落	开发了DeepTopics方法，首次在RA滑膜中识别出22个由特定细胞类型、激活状态和/或生物过程定义的细胞群落，并发现了在组织学相似的RA滑膜样本中存在不同的细胞结构	研究样本量较小，仅包括8个滑膜组织样本和6名RA患者，可能限制了结果的普适性	研究RA滑膜中细胞类型的相互作用以及滑膜微环境如何影响细胞状态	类风湿性关节炎（RA）滑膜组织样本	数字病理学	类风湿性关节炎	空间转录组学（ST）	Dirichlet变分自编码器	空间转录组数据	8个滑膜组织样本，来自6名RA患者