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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-11-09 |
Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes
2025-Jul-07, ArXiv
PMID:40671942
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研究论文 | 提出Spatia多尺度生成与预测模型,用于整合细胞形态、基因表达和空间背景的空间转录组学分析 | 首个能够融合细胞形态、基因表达和空间背景的多尺度生成模型,通过交叉注意力和transformer模块实现单细胞到组织水平的统一表征 | 模型在49名供体、17种组织类型和12种疾病状态的数据集上验证,但未提及外部验证或临床应用的可行性 | 学习统一的、空间感知的表征,整合细胞形态、基因表达和空间背景 | 空间转录组学数据中的细胞、生态位和组织 | 数字病理学 | 多种疾病 | 空间转录组学 | Transformer, 扩散模型, 交叉注意力 | 图像, 基因表达数据 | 1700万细胞-基因对、100万生态位-基因对、1万组织-基因对,来自49名供体、17种组织类型和12种疾病状态 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 262 | 2025-11-09 |
Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2502256122
PMID:40333757
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白去乙酰化酶1在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因子的关键作用 | 首次发现Hdac1特异性调控抗原特异性中间耗竭T细胞的形成,并揭示其通过染色质可及性调控耗竭程序基因的双重功能 | T细胞亚群分化的表观遗传决定因素仍未完全阐明 | 探索慢性病毒感染中CD8+ T细胞耗竭亚群分化的表观遗传调控机制 | 慢性病毒感染模型中的CD8+ T细胞亚群 | 免疫学 | 慢性病毒感染 | 单细胞转录组测序,染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 263 | 2025-11-09 |
Interferon-induced activation of dendritic cells and monocytes by yellow fever vaccination correlates with early antibody responses
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2422236122
PMID:40333758
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研究论文 | 本研究通过黄热病疫苗接种模型,揭示了树突状细胞和单核细胞早期干扰素激活状态与抗体反应的相关性 | 首次在单细胞水平系统描绘黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的早期先天免疫应答动态,并发现SIGLEC1/CD169作为敏感的生物标志物 | 研究仅关注早期免疫反应(28天内),未评估长期免疫记忆;样本时间点有限 | 阐明黄热病疫苗接种后早期先天免疫事件与保护性 immunity 生成的关系 | 人类血液树突状细胞和单核细胞亚群 | 免疫学 | 传染病 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 大型疫苗接种者队列 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 264 | 2025-11-09 |
MFSD12 promotes proliferation, metastasis and invasion of hepatocellular carcinoma cells and its potential correlation with HAVCR2/LGALS9 immune checkpoint axis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1681887
PMID:41194934
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研究论文 | 本研究探讨MFSD12在肝细胞癌中的表达特征及其通过调控HAVCR2/LGALS9免疫检查点轴促进肿瘤进展的机制 | 首次系统揭示MFSD12在肝细胞癌中的特异性高表达及其双重作用机制:既促进肿瘤细胞增殖转移,又调控肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究MFSD12在肝细胞癌进展中的作用及其与免疫检查点的相关性 | 肝细胞癌细胞系和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,免疫组化,siRNA干扰,生物信息学分析 | NA | 基因表达数据,临床数据,单细胞测序数据 | 整合TCGA、GEO和ArrayExpress数据库的多组学数据 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 265 | 2025-11-09 |
Revealing tissue architecture through the hypercomplex Fourier analysis of spatial transcriptomics data
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf191
PMID:41195088
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研究论文 | 提出了一种使用四元数域离散傅里叶变换分析空间转录组学数据的新方法 | 首次将四元数表示应用于空间转录组学数据,将每个位置的转录组特征表示为三维向量,实现了多维ST数据的傅里叶分析 | 方法主要针对空间转录组学数据,对其他类型组学数据的适用性需要进一步验证 | 开发新的数学框架来分析和可视化空间转录组学数据 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 四元数域离散傅里叶变换 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | 10x Visium HD空间转录组平台 |
| 266 | 2025-11-09 |
Role of Monocyte/Macrophage-Associated Gene Ccl9 in Acute Myocardial Infarction Analysis: Based on Bulk and Single Cell RNA Sequencing Data
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S516092
PMID:41195292
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,识别了急性心肌梗死中单核/巨噬细胞相关基因,并重点探讨了Ccl9在调控M2巨噬细胞极化和减轻心肌细胞损伤中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据系统分析急性心肌梗死中的单核/巨噬细胞相关基因,并通过实验验证Ccl9在M2巨噬细胞极化和心肌保护中的新功能 | 研究主要基于公共数据库数据,动物和细胞实验样本量有限,需要进一步临床验证 | 探索急性心肌梗死中单核/巨噬细胞相关基因的表达特征及其在疾病进展中的作用机制 | 急性心肌梗死患者基因表达数据、AMI小鼠模型、原代小鼠心肌细胞和RAW264.7巨噬细胞系 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 细胞共培养 | t-SNE, 差异表达分析, 免疫浸润分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 三个GEO数据集(GSE163129, GSE158157, GSE23294)及动物实验样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 267 | 2025-11-09 |
Across the space: applications of spatial transcriptomic technology in healthy and diseased muscle
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1656918
PMID:41195339
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综述 | 探讨空间转录组技术在健康和病变肌肉组织中的应用及其对细胞相互作用研究的推动作用 | 系统梳理空间转录组技术在肌肉研究中的创新应用,突破单细胞技术无法保留空间信息的局限 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据收集与分析 | 总结空间转录组技术在肌肉组织研究中的应用进展 | 骨骼肌组织中的细胞群体及其空间相互作用 | 空间转录组学 | 肌肉疾病 | 空间转录组技术 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 268 | 2025-11-09 |
Single-cell stimulus-response gene expression trajectories reveal the stimulus specificities of dynamic responses by single macrophages
2024-Nov-07, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.09.023
PMID:39413794
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建单细胞基因表达轨迹,揭示了巨噬细胞对刺激的动态响应特异性 | 首次生成高分辨率时间序列单细胞RNA测序数据,并构建实时单细胞基因表达轨迹集合,揭示动态信息对巨噬细胞刺激响应特异性的重要贡献 | 技术限制可能影响单细胞可诱导基因表达动态的捕获能力 | 研究巨噬细胞对免疫威胁的基因表达动态响应机制 | 小鼠巨噬细胞 | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因表达轨迹分析 | 单细胞基因表达数据 | 针对六种刺激的巨噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 269 | 2025-11-09 |
Cellular senescence in white matter microglia is induced during ageing in mice and exacerbates the neuroinflammatory phenotype
2023-06-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05027-2
PMID:37353538
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示白质小胶质细胞在衰老过程中发生细胞衰老,并加剧神经炎症表型 | 首次发现白质小胶质细胞在衰老和疾病模型中发生细胞衰老,并证实共生细菌促进衰老小胶质细胞积累 | 研究主要基于小鼠模型,人类中枢神经系统中的相关性尚需进一步验证 | 探讨中枢神经系统细胞衰老特征及其在神经功能障碍中的作用 | 小鼠脑部和脊髓中的小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 270 | 2025-11-08 |
Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the functions of TREM2high macrophages and infarct border dynamics post-myocardial infarction
2025-Dec, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05317-9
PMID:40750734
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA测序,揭示了心肌梗死后TREM2高表达巨噬细胞的功能和梗死边缘区动态变化 | 首次整合单细胞RNA测序与空间转录组学技术,系统解析心肌梗死后免疫细胞时空动态变化,并发现TREM2高表达巨噬细胞在组织修复中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证有限;技术方法复杂度高,数据分析存在一定主观性 | 探究心肌梗死后复杂细胞和分子动态变化机制 | 小鼠心肌梗死模型、AC16心肌细胞、THP-1来源的M2巨噬细胞 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA测序,RT-qPCR,Western blot,免疫组织化学,免疫荧光,流式细胞术 | Milo,Monocle2,CellPhoneDB,NicheNet,SCENIC | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,基因表达数据,蛋白质表达数据 | 小鼠心肌梗死模型和缺血再灌注模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 271 | 2025-11-08 |
Single-cell immune landscape of acute kidney injury after cardiac surgery with cardiopulmonary bypass
2025-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2025.2581506
PMID:41199602
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了心脏手术后急性肾损伤患者的免疫细胞特征变化 | 首次将单细胞RNA测序、流式细胞术和蛋白质微阵列整合应用于心脏手术相关急性肾损伤的前瞻性研究 | 单中心研究且样本量较小(仅4名患者) | 阐明心脏手术后急性肾损伤的免疫细胞特征及其机制 | 接受心脏手术的成年患者 | 单细胞组学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 蛋白质微阵列 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 蛋白质微阵列数据 | 4名患者,42,362个免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 272 | 2025-11-08 |
Tregs With High CD29 Expression Promote Cell Adhesion and Contribute to the Malignant Transformation of MASLD
2025-Dec, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70421
PMID:41200753
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研究论文 | 本研究揭示CD29高表达调节性T细胞通过促进细胞粘附驱动代谢功能障碍相关脂肪肝病恶性转化为肝癌的机制 | 首次发现CD29高表达Tregs亚群在MASLD恶性转化中的关键作用,并证实靶向CD29可抑制这一过程 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究调节性T细胞在MASLD向HCC恶性转化过程中的作用机制 | MASLD小鼠模型及其中T淋巴细胞亚群 | 单细胞生物学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,体外功能实验 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | MASLD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 273 | 2025-11-08 |
Elucidating cardiomyocyte state transitions in zebrafish heart development using transcriptome dynamics
2025-Nov-08, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152736
PMID:41110187
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研究论文 | 本研究通过斑马鱼模型分析心脏发育过程中的转录组动态,揭示了心肌细胞状态转变的关键机制 | 首次通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq分析,识别出M5模块在心肌细胞状态转变中的关键作用,并发现smtnl1作为枢纽基因 | 研究仅聚焦于斑马鱼胚胎发育早期阶段(24-48 hpf),未验证在哺乳动物或人类中的保守性 | 阐明心脏发育过程中心肌细胞状态转变的分子机制,为先天性心脏病发病机制提供新见解 | 斑马鱼胚胎心脏发育过程 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 加权基因共表达网络分析, 伪时间分析 | NA | 转录组数据 | 斑马鱼胚胎心脏在24、30、36、48 hpf四个时间点的样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 274 | 2025-11-08 |
Inflammatory niches as spatial drivers of disease mechanisms and targets for personalized treatment
2025-Nov-07, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.70170
PMID:41200832
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综述 | 本文探讨炎症微空间作为疾病机制的空间驱动因素及其在个性化治疗中的靶向价值 | 整合单细胞测序与空间分析技术揭示疾病特异性炎症机制,提出空间组织化炎症微环境的新范式 | NA | 解析炎症微空间在疾病机制中的作用并推动个性化治疗策略发展 | 免疫细胞与非免疫细胞在组织空间中的相互作用网络 | 空间转录组学 | 炎症性皮肤病 | 单细胞测序, 空间分析 | NA | 空间分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 275 | 2025-11-08 |
Distinct Roles of Atf3, Zfp711, and Bcl6b in Early Embryonic Hematopoietic and Endothelial Lineage Specification
2025-Nov-07, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204792
PMID:41200855
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析,探讨了Atf3、Zfp711和Bcl6b三个转录因子在早期胚胎造血和内皮谱系特化中的不同作用 | 首次在单细胞分辨率下系统研究这三个相对未被充分研究的转录因子在早期胚胎造血发育中的功能,并揭示了Zfp711对Atf3启动子的结合调控关系 | Bcl6b在造血内皮祖细胞中特异性表达但敲除后对早期造血无显著影响,其具体功能仍需进一步研究 | 解析转录因子在早期胚胎造血和内皮谱系特化中的调控机制 | 小鼠胚胎干细胞体外分化模型 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 多重单细胞RNA测序 |
| 276 | 2025-11-08 |
Biological and Therapeutic Potentials of MXenes in Tumor Microenvironment-Driven Oncology
2025-Nov-07, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.5c00982
PMID:41200882
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综述 | 探讨MXenes二维纳米材料在肿瘤微环境驱动肿瘤学中的生物学和治疗潜力 | 首次系统阐述MXenes在直接肿瘤消融和肿瘤免疫微环境调控中的双重作用,及其与代谢重编程的关联 | NA | 探索MXenes在精准肿瘤治疗中的应用潜力 | MXenes纳米材料及其在肿瘤治疗中的作用机制 | 纳米医学 | 肿瘤 | 单细胞测序, 高维免疫分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 277 | 2025-11-08 |
GPC3-based circular RNA vaccine suppresses hepatocellular carcinoma progression by activating adaptive immune responses
2025-Nov-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001605
PMID:41201153
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研究论文 | 本研究开发了一种基于GPC3的环状RNA疫苗,通过激活适应性免疫反应抑制肝细胞癌进展 | 首次开发靶向GPC3的环状RNA癌症疫苗,克服传统mRNA疫苗的不稳定性,结合TLR4激动剂增强免疫反应 | 研究目前仅在小鼠模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 开发更稳定有效的癌症疫苗治疗肝细胞癌 | 肝细胞癌小鼠模型 | 癌症免疫治疗 | 肝细胞癌 | 多重免疫荧光,单细胞测序,空间转录组学,质谱流式细胞术 | NA | 基因表达数据,免疫细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 278 | 2025-11-08 |
Unraveling the effects and characteristics of proliferating tumor and cytotoxic T cells in colorectal cancer
2025-Nov-07, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2026
PMID:41201451
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研究论文 | 本研究通过多重免疫组化和单细胞RNA测序分析结直肠癌中增殖肿瘤细胞和细胞毒性T细胞的特征及预后意义 | 首次系统揭示肿瘤细胞增殖与更好预后的关联,并发现增殖性细胞毒性T细胞的空间定位会减弱其预后价值差异 | 研究基于回顾性队列,需要前瞻性研究验证 | 探讨结直肠癌中增殖肿瘤细胞和细胞毒性T细胞的特性及预后价值 | 结直肠癌患者组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 多重免疫组化,单细胞RNA测序,数字图像分析 | NA | 图像,基因表达数据 | 1839例患者(两个独立队列),62例结肠癌单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 279 | 2025-11-08 |
Functional Role of Granulocytic Myeloid-Derived Suppressor Cells in CAR-T Therapy: Insights from Single-Cell RNA Sequencing in Multiple Myeloma
2025-Nov-06, Immunopharmacology and immunotoxicology
IF:2.9Q2
DOI:10.1080/08923973.2025.2585083
PMID:41198058
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者CAR-T治疗前后的粒细胞样髓源性抑制细胞功能 | 首次在CAR-T治疗背景下系统分析G-MDSCs的免疫抑制机制,并构建基于G-MDSC基因特征的风险预测模型 | 样本量有限且存在患者间异质性,结果应视为探索性和假设生成性质 | 阐明G-MDSCs在多发性骨髓瘤CAR-T治疗中的功能作用机制 | 多发性骨髓瘤患者 | 单细胞转录组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,RNA-seq,功能富集分析,GSEA分析 | 风险预测模型 | 单细胞转录组数据,RNA-seq数据,生存数据 | 7例多发性骨髓瘤患者(单细胞数据),713例多发性骨髓瘤患者(验证队列) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 280 | 2025-11-08 |
Single-cell RNA sequencing uncovers molecular features underlying microglial lipid accumulation and depression-related behaviors in high-fat diet mouse model of obesity
2025-Nov-06, Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology
IF:6.6Q1
DOI:10.1038/s41386-025-02273-2
PMID:41198848
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示高脂饮食肥胖小鼠模型中微胶质细胞脂质积累的分子特征及其与抑郁相关行为的联系 | 首次在单细胞分辨率下发现高脂饮食诱导的脂滴积累微胶质细胞(LDAM)及其转录特征,并鉴定ACSL1作为关键调控因子 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未探讨性别差异;机制研究主要基于体外实验 | 探索肥胖相关神经精神共病的神经炎症机制 | 高脂饮食诱导的肥胖雄性小鼠脑免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 肥胖及相关神经精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 高脂饮食喂养的雄性小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |