单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31406 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-09-24 |
Multi-omics investigation of Bisphenol A in gastrointestinal carcinogenesis: a network toxicology and molecular docking approach
2025-Sep, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109785
PMID:40939530
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研究论文 | 通过多组学方法系统研究双酚A在三种胃肠道肿瘤中的致癌机制 | 首次整合网络毒理学与分子对接方法揭示BPA通过代谢重编程、肿瘤微环境重塑和细胞周期失调的三重致癌机制 | 研究主要基于生物信息学分析，需要实验验证支持 | 探究双酚A在胃肠道肿瘤发生中的潜在致癌机制 | 肝内胆管癌、结直肠癌和食管癌三种胃肠道肿瘤 | 生物信息学 | 胃肠道癌症 | 多组学整合分析、转录组学、单细胞转录组学、网络毒理学、分子对接 | NA | 组学数据 | 基于公共数据库的多组学数据 |
| 262 | 2025-09-24 |
Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02770-8
PMID:40954300
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研究论文 | 提出iSCALE方法实现大尺寸组织的超分辨率空间转录组分析 | 突破现有空间转录组技术局限，实现大尺度组织样本的细胞级结构自动注释 | NA | 开发适用于大尺寸组织的高分辨率空间转录组分析方法 | 多发性硬化症人脑组织样本 | 空间转录组学 | 多发性硬化症 | 空间转录组技术、免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据、组织图像数据 | NA |
| 263 | 2025-09-24 |
Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma
2025-Aug-27, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09445-6
PMID:40866703
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研究论文 | 本研究揭示了机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤表型可塑性转换的机制 | 首次发现机械限制通过HMGB2蛋白调控染色质构象，驱动肿瘤细胞在增殖态和侵袭态之间的表型转换 | NA | 探究机械微环境对黑色素瘤表型可塑性的调控机制 | 斑马鱼黑色素瘤模型和人类黑色素瘤样本 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、单细胞转录组学、定量建模 | NA | 转录组数据、形态学数据 | 斑马鱼模型和人类样本（具体数量未说明） |
| 264 | 2025-09-24 |
A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114
PMID:40782349
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研究论文 | 通过单细胞空间转录组技术揭示嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键调控作用 | 首次建立小鼠2型皮肤炎症的单细胞时空图谱，发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎成纤维细胞的新型免疫调控机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 解析慢性炎症性皮肤病的细胞互作机制 | 小鼠皮肤组织细胞（包括39种细胞类型） | 免疫学 | 特应性皮炎 | MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）、scRNA-seq（单细胞RNA测序） | MC903和恶唑酮诱导的小鼠皮炎模型 | 单细胞空间转录组数据 | 约430,000个细胞 |
| 265 | 2025-09-24 |
TissueFormer: a neural network for labeling tissue from grouped single-cell RNA profiles
2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.17.670735
PMID:40894666
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研究论文 | 提出基于Transformer的神经网络TissueFormer，通过分析单细胞RNA谱组来推断群体水平标签 | 首次将Transformer架构应用于群体单细胞RNA数据分析，同时保留单细胞分辨率 | NA | 开发能够利用细胞组成信号预测群体水平表型的计算方法 | 小鼠大脑空间转录组数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | Transformer | 单细胞RNA表达谱 | NA |
| 266 | 2025-09-24 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx3800
PMID:40705858
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研究论文 | 介绍PEtracer技术——一种基于prime editing的进化谱系追踪技术，可同时分析细胞状态和谱系关系 | 开发了兼容单细胞测序和多模态成像的prime editing谱系追踪技术，能够在保留组织空间结构的高分辨率下联合分析细胞状态和谱系 | NA | 绘制发育和疾病过程中细胞命运决定的时空动态图谱 | 小鼠肿瘤转移模型中的肿瘤细胞 | 生物技术 | 肿瘤转移 | prime editing, MERFISH空间转录组分析, 单细胞测序 | NA | 空间转录组数据, 成像数据 | 同系小鼠肿瘤转移模型 |
| 267 | 2025-09-24 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664414
PMID:40791419
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研究论文 | 通过整合空间转录组学和单细胞分析，构建了小鼠前列腺在睾丸切除诱导雄激素剥夺后的高分辨率时空图谱 | 首次发现并描述了一种新型ORX诱导成纤维细胞亚型，揭示了前列腺各叶特异性时空基因表达变化和细胞间通讯动态 | 研究仅限于小鼠模型，人类前列腺对ADT的反应可能存在差异 | 解析雄激素剥夺疗法下前列腺的细胞组成和基因表达时空变化规律 | 睾丸切除术后的小鼠前列腺组织（背叶、腹叶、侧叶和前叶） | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间定位数据 | 小鼠前列腺组织样本（未明确具体数量） |
| 268 | 2025-09-24 |
A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.03.646654
PMID:40236139
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研究论文 | 开发用于分析胚胎尺度单细胞测序数据的统计框架和软件工具 | 利用单细胞数据中的细胞类型协变模式推断基因需求和细胞间依赖关系 | NA | 建立从单细胞测序数据推断遗传需求的统计方法 | 斑马鱼胚胎单细胞图谱 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 统计框架 | 单细胞测序数据 | 数千个经过处理的斑马鱼胚胎的百万级细胞数据 |
| 269 | 2025-09-24 |
Single-cell resolution uncovers neighboring cell subtypes that share steroidogenic capacity during fetal testis development
2025-Jun-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2501392122
PMID:40460128
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研究论文 | 通过单细胞技术揭示胎儿睾丸发育过程中类固醇生成细胞亚型的空间分布与基因表达异质性 | 首次在单细胞分辨率下发现相邻间质细胞亚型通过共享类固醇生成基因实现协作性雄激素合成 | 研究局限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究胎儿莱迪希细胞在睾丸发育过程中雄激素生产的个体与集体贡献 | 小鼠胚胎期至围产期睾丸组织中的类固醇生成细胞 | 单细胞生物学 | 发育生物学 | 单分子荧光原位杂交(sm-FISH)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据、空间分布数据 | 胚胎期13天至16天的小鼠睾丸组织样本 |
| 270 | 2025-09-24 |
RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases (IRDs)
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.653722
PMID:40661613
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研究论文 | 开发用于遗传性视网膜疾病的综合基因图谱RetiGene | 整合多源数据构建专家审编的基因图谱，支持基因优先排序和功能研究 | NA | 解决遗传性视网膜疾病基因目录不完整的问题 | 遗传性视网膜疾病相关基因 | 生物信息学 | 遗传性视网膜疾病 | RNA测序（bulk和单细胞） | NA | 基因组数据、RNA测序数据、功能注释数据 | NA |
| 271 | 2025-09-24 |
Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders
2025-Jun-06, Journal of the American Statistical Association
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/01621459.2025.2485379
PMID:40964623
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研究论文 | 提出一种针对存在未测量混杂因子的广义线性模型的大规模假设检验统一框架 | 利用正交结构整合线性投影的三阶段框架，能在任意混杂机制下实现边际效应与混杂效应的解耦估计 | 需要样本量和响应维度同时趋近无穷大才能保证理论上的渐近性质 | 解决基因组学研究中存在未测量混杂因子时的多重假设检验偏差问题 | 广义线性模型的系数估计与假设检验 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型、LASSO | 基因组表达数据 | 两组样本的单细胞RNA-seq计数数据 |
| 272 | 2025-09-24 |
p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development
2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637463
PMID:39990386
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示p63在釉质器官发育中调控Krt8向Krt5转换的机制 | 首次发现p63通过染色质景观重塑介导釉质器官发育中的角蛋白转换机制，并揭示其与皮肤发育机制的进化保守性 | 研究仅基于小鼠切牙模型，人类釉质器官发育的保守性仍需验证 | 探究p63在釉质器官细胞分化过程中的具体调控机制 | 小鼠切牙釉质器官上皮细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、轨迹重建、转录组分析、染色质可及性分析 | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据 | 小鼠切牙釉质器官单细胞样本 |
| 273 | 2025-09-24 |
3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639192
PMID:40060607
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研究论文 | 利用3D空间转录组学技术首次绘制小鼠嗅球分子结构图谱，揭示嗅觉通路的对称性组织原则 | 首次实现近千个分子特征不同的肾小球三维空间定位，发现跨半球的对称性组织规律 | 研究仅限于小鼠模型，未验证其他物种的普适性 | 解析小鼠嗅球的解剖结构和分子组织原理 | 小鼠嗅球中的肾小球、僧帽细胞和颗粒细胞 | 空间转录组学 | NA | 3D空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 近千个分子特征不同的肾小球 |
| 274 | 2025-09-24 |
Rare Subset of T Cells Form Heterotypic Clusters with Circulating Tumor Cells to Foster Cancer Metastasis
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646421
PMID:40236049
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研究论文 | 本研究揭示了循环肿瘤细胞与血液中罕见双阳性T细胞通过异型簇促进癌症转移的新机制 | 首次发现CD4/CD8双阳性T细胞在CTC簇中富集达140倍，并鉴定VLA4-VCAM1为关键相互作用介质 | 研究主要基于晚期乳腺癌患者样本，未验证其他癌症类型的普适性 | 探究外周血免疫细胞与循环肿瘤细胞的相互作用对癌症转移的影响 | 晚期乳腺癌患者血液样本中的CTC-白细胞簇 | 癌症免疫学 | 乳腺癌 | 流式细胞术、ImageStream成像、单细胞RNA测序、基因扰动研究 | NA | 血液样本、单细胞转录组数据 | 1,529例晚期乳腺癌患者血液标本 |
| 275 | 2025-09-24 |
Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders
2025-Mar-15, ArXiv
PMID:37744467
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研究论文 | 提出一种针对存在未测量混杂因子的广义线性模型的大规模假设检验统一框架 | 利用正交结构整合线性投影的三阶段框架，可在任意混杂机制下实现潜在系数恢复和联合估计 | 需要样本量和响应维度同时趋于无穷的理论假设 | 解决基因组学研究中由未测量混杂因子导致的假设检验偏差问题 | 广义线性模型的系数估计和假设检验 | 统计学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型、LASSO | 基因组学数据 | 数值实验中使用两组样本的单细胞RNA-seq计数数据 |
| 276 | 2025-09-24 |
Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE
2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.25.640190
PMID:40060412
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研究论文 | 提出iSCALE方法，用于大尺寸组织的超分辨率基因表达预测和细胞级组织结构自动注释 | 突破传统空间转录组技术的捕获区域限制，实现大尺寸组织的细胞级分辨率分析 | NA | 开发能够分析超大尺寸组织的空间转录组技术 | 多发性硬化症人类脑组织样本 | 空间转录组学 | 多发性硬化症 | 空间转录组技术、免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据、组织图像数据 | NA |
| 277 | 2025-09-24 |
DUX4-stimulated genes define the antiviral response to herpesviruses in human trophoblasts
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.22.634317
PMID:39896594
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研究论文 | 本研究通过人类滋养层类器官模型揭示了滋养细胞对抗疱疹病毒的独特抗病毒机制 | 首次发现滋养细胞通过DUX4及其刺激基因而非干扰素应答来防御疱疹病毒感染 | 研究仅限于七种致畸病毒，且机制研究主要基于体外类器官模型 | 探究滋养细胞对致畸病毒的免疫应答机制 | 人类滋养层类器官和七种致畸病毒（包括HSV-1、HSV-2、HCMV等疱疹病毒） | 生殖医学与病毒免疫学 | 病毒感染与妊娠相关疾病 | 转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类滋养层类器官暴露于七种不同病毒 |
| 278 | 2025-09-24 |
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Jan-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5743704/v1
PMID:39801521
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研究论文 | 提出一种多尺度细胞交互空间转录组学分析方法，整合多尺度拓扑表示与空间深度学习技术 | 首次在空间转录组分析中考虑多尺度细胞间相互作用，提出MCIST集成框架 | NA | 改进空间转录组数据分析方法，提升空间域检测性能 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 空间深度学习 | 基因表达空间数据 | 37个基准空间转录组数据集 |
| 279 | 2025-09-24 |
DWI-based Biologically Interpretable Radiomic Nomogram for Predicting 1-year Biochemical Recurrence after Radical Prostatectomy: A Deep Learning, Multicenter Study
2025, Current medical imaging
IF:1.1Q3
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研究论文 | 开发基于DWI和深度学习的放射组学列线图预测前列腺癌根治术后1年生化复发 | 首次将深度学习提取的DWI放射组学特征与临床参数结合构建预测模型，并探索放射组学评分与肿瘤微环境的关联 | 回顾性研究设计，样本量有限（n=349），需要多中心验证 | 预测前列腺癌根治术后1年生化复发风险 | 接受根治性前列腺切除术的前列腺癌患者 | 数字病理 | 前列腺癌 | 多参数磁共振成像（mpMRI）、扩散加权成像（DWI）、单细胞RNA测序 | 3D U-Net、Cox比例风险回归 | 医学影像数据、临床数据 | 349例患者（两个独立队列），其中4例前瞻性入组患者进行单细胞RNA测序 |
| 280 | 2025-09-24 |
Single-cell analysis defines LGALS1+ fibroblasts that promote proliferation and migration of intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-11-25, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjae023
PMID:38862197
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术鉴定出促进肝内胆管癌恶性进展的LGALS1+成纤维细胞亚群 | 首次在单细胞水平系统描绘肝内胆管癌肿瘤微环境中成纤维细胞异质性，发现新型LGALS1+成纤维细胞亚群及其促癌机制 | 样本量较小（14例初治患者），需更大规模队列验证 | 探究肝内胆管癌肿瘤异质性及成纤维细胞亚群功能 | 肝内胆管癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织 | 单细胞组学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14例初治患者的原发肿瘤和癌旁组织 |