单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-06-20	Tumor-derived CD109 orchestrates reprogramming of tumor-associated macrophages to dampen immune response 2025-Apr-11, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.03.035 PMID:40220905	研究论文	该研究揭示了肿瘤源性可溶性CD109（sCD109）在免疫抑制性肿瘤微环境中的作用及其调控机制	发现sCD109作为'分泌性免疫检查点'通过双重机制（激活FcγRI/SYK/NF-κB信号通路上调CD73转录，同时竞争性结合E3连接酶TRIM21抑制CD73蛋白降解）重编程肿瘤相关巨噬细胞	研究主要基于临床前小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索iCCA中免疫抑制性分泌蛋白及其调控机制，开发提高免疫治疗疗效的新靶点	肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	蛋白质组学分析、单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术、RNA测序、质谱分析	NA	多组学数据（蛋白质组、转录组等）	NA（未明确说明样本数量）
262	2025-06-20	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	通过多组学分析探讨食管腺癌的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，以及预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部队列中进行进一步验证	解密食管腺癌的疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组和染色质可及性测序，空间分析	NA	转录组数据，染色质可及性数据，空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
263	2025-06-20	Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT 2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000934 PMID:38779918	研究论文	研究揭示了循环肿瘤细胞（CTCs）如何通过与血小板结合上调CD155-TIGIT免疫检查点逃避免疫监视的机制	首次发现CTC-血小板粘附通过CD155-TIGIT通路逃逸NK细胞杀伤的机制，并证实阻断该通路可恢复免疫监视功能	研究主要关注CD155-TIGIT通路，未全面评估其他潜在逃逸机制	探究循环肿瘤细胞在血液传播过程中逃避免疫监视的分子机制	多种癌症患者的循环肿瘤细胞（CTCs）和血小板	肿瘤免疫学	肝癌（HCC）及其他多种癌症	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、体外/离体/体内实验	NA	基因表达数据、临床生存数据	多种癌症患者的血液样本（具体数量未说明）
264	2025-06-20	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	提出了一种名为scFTAT的新型细胞注释方法，该方法整合了FFT和Transformer技术，用于单细胞RNA测序数据的自动注释	整合FFT和增强型Transformer进行自动特征学习，解决了单细胞数据高稀疏性和大规模数据手动注释繁琐的挑战	NA	开发一种高效、准确的单细胞RNA测序数据自动注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	六个典型数据集（包括人类和小鼠组织）
265	2025-06-20	Telomemore enables single-cell analysis of cell cycle and chromatin condensation 2025-Jan-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf031 PMID:39878215	研究论文	该论文介绍了Telomemore工具，用于单细胞分析细胞周期和染色质凝聚状态	揭示了ATAC-seq端粒样读段不能用于推断端粒长度，但可作为染色质凝聚的生物标志物，并开发了Telomemore工具来量化非对齐的亚端粒读段	未明确提及具体局限性	开发新工具以增强单细胞数据分析能力	单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 长读长测序	NA	基因组数据	多个公共数据集和新生成的多组纤维母细胞和B细胞图谱
266	2025-06-20	Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101475 PMID:39923846	research paper	研究探讨了肝脏窦状隙微环境中免疫细胞的空间变化及其对充血性纤维化和门静脉高压的影响	揭示了CXCL9在肝脏窦状隙内皮细胞中的反向分区现象及其在巨噬细胞募集中的作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能不完全反映人类疾病的全部情况	探究充血性肝病中免疫细胞分布的变化及其对疾病进展的影响	肝脏窦状隙内皮细胞和肝内巨噬细胞	digital pathology	liver disease	imaging mass cytometry (IMC), single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq), RNA in situ hybridization (RNAish)	NA	image, RNA-seq data	患者组织样本（CH、FALD和对照组）和小鼠模型
267	2025-06-20	Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101498 PMID:40107450	研究论文	该研究揭示了periakin（PPL）通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝祖细胞（LPCs）来减轻肝纤维化的机制	发现PPL在肝纤维化中上调，并证明PPL通过促进LPC扩增和CD44Low细胞向CD44High LPCs的重编程来减轻肝纤维化	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能不足	探索PPL在肝纤维化中的作用机制及其潜在治疗应用	肝纤维化患者和小鼠模型中的肝祖细胞（LPCs）	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞测序、腺病毒基因过表达、细胞移植	3,5-diethoxycarbonyl-1,4-dihydrocollidine诱导的小鼠肝纤维化模型	基因表达数据、单细胞测序数据	人类和小鼠肝纤维化样本
268	2025-06-20	Integration of Machine Learning and Experimental Validation to Identify Anoikis-Related Prognostic Signature for Predicting the Breast Cancer Tumor Microenvironment and Treatment Response 2024-Nov-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15111458 PMID:39596658	research paper	该研究通过整合机器学习和实验验证，识别与失巢凋亡相关的预后标志物，用于预测乳腺癌肿瘤微环境和治疗反应	首次构建了基于失巢凋亡相关基因的预后特征（ANRS），并验证其作为独立预后指标的潜力，同时发现PLK1作为潜在的血液诊断标志物	研究样本量未明确说明，且需要进一步临床验证	探索失巢凋亡相关基因在乳腺癌预后中的作用，并开发预测模型	乳腺癌患者及其肿瘤微环境	digital pathology	breast cancer	RT-PCR, Western blot, ELISA, 单细胞分析, 空间转录组	machine learning	基因表达数据, 临床数据	NA
269	2025-06-20	Genomic and immune heterogeneity of multiple synchronous lung adenocarcinoma at different developmental stages 2024-09-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52139-2 PMID:39256403	研究论文	探讨多发性同步性肺癌（MSLCs）在不同病理阶段的基因组和免疫异质性	揭示了MSLCs在从非侵袭性向侵袭性腺癌转变过程中T细胞表型的转变以及基因组和免疫特征的异质性	样本量较小（16个MSLCs来自8名患者），可能影响结果的普遍性	探索MSLCs在不同发育阶段的基因组和免疫异质性	多发性同步性肺癌（MSLCs）	基因组学与免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞TCR测序、全外显子测序	NA	基因组数据、免疫数据	16个MSLCs来自8名患者
270	2025-06-20	Glioblastoma cells increase expression of notch signaling and synaptic genes within infiltrated brain tissue 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52167-y PMID:39251578	研究论文	该研究利用空间转录组学技术，揭示了胶质母细胞瘤恶性细胞在浸润脑组织中基因表达的差异及其与神经发育途径和胶质细胞分化的关联	首次使用空间转录组学技术对胶质母细胞瘤浸润脑组织中的恶性细胞进行基因表达分析，揭示了这些细胞在神经发育途径和胶质细胞分化相关基因表达上的变化	样本量较小（n=11），且仅针对特定亚型的胶质母细胞瘤（间充质型和前神经型）进行研究	探索胶质母细胞瘤恶性细胞在浸润脑组织中的基因表达特征及其潜在治疗靶点	胶质母细胞瘤患者中的恶性细胞及其浸润的脑组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	11例胶质母细胞瘤患者样本
271	2025-06-20	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	该研究探讨了MerlinS13磷酸化如何调节脑膜瘤的Wnt信号传导及MRI特征	揭示了Merlin丝氨酸13（S13）去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤生长，并发现高表观扩散系数（ADC）与Merlin完整脑膜瘤的良好临床结果相关	未明确提及研究的局限性	阐明Merlin完整脑膜瘤生长的生化机制，并寻找可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物	脑膜瘤异种移植模型和患者样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI影像数据	未明确提及具体样本数量，但包括脑膜瘤异种移植模型和患者样本
272	2025-06-20	ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51935-0 PMID:39242563	研究论文	提出ST-GEARS系统，通过精确恢复空间信息，解决现有三维空间转录组学方法在空间信息或实验诱导失真方面的不足	引入创新的分布式约束优化方案，通过锚点精确连接切片，并利用弹性场校正失真，恢复原始空间轮廓	未提及具体的技术实现细节或在不同组织类型中的适用性验证	提高三维空间转录组学数据的空间信息恢复精度，以支持更可靠的下游分析	三维空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	ST-GEARS	空间转录组数据	NA
273	2025-06-20	Intracellular spatial transcriptomic analysis toolkit (InSTAnT) 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49457-w PMID:39242579	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从单分子分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，通过专门的统计测试和算法检测基因对和模块的共定位模式，揭示了细胞内和细胞间的分子关系	未提及具体的技术限制或数据集大小的限制	开发一种计算工具包，用于分析空间转录组数据，以发现亚细胞生物模式	空间转录组数据，特别是来自MERFISH等成像技术的数据	digital pathology	NA	MERFISH, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	五个不同的数据集，代表两种细胞系、两个脑结构、两个物种和三种不同技术
274	2025-06-20	Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells 2024-Apr, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2024.2402191 PMID:39299930	研究论文	通过多组学方法揭示羟基氯喹耐药性的非自噬相关转录机制	研究发现羟基氯喹耐药性主要通过转录可塑性而非自噬途径实现，揭示了与耐药性相关的多个新通路	研究仅针对OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞，可能不适用于其他癌症类型	探究羟基氯喹耐药性的分子机制	OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞	癌症生物学	卵巢癌和结直肠癌	RNA-seq、外显子组测序、单细胞RNA-seq、CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据、转录组数据	两种癌细胞系（OVCAR3和CCL218）
275	2025-06-20	MerlinS13 phosphorylation controls meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2023-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2577844/v1 PMID:36993679	研究论文	研究探讨了MerlinS13磷酸化在脑膜瘤Wnt信号传导和磁共振成像特征中的作用	揭示了Merlin通过去磷酸化S13位点激活Wnt通路的机制，并建立了基于MRI的非侵入性生物标志物	未提及样本量的具体限制，但研究涉及细胞、异种移植和人类患者多个层面	阐明Merlin完整型脑膜瘤生长的生化机制并开发预测临床结果的非侵入性生物标志物	脑膜瘤细胞、异种移植模型和人类患者	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI图像	涉及细胞、异种移植和人类患者多个层面的样本（具体数量未说明）
276	2025-06-20	Intracellular Spatial Transcriptomic Analysis Toolkit (InSTAnT) 2023-Jan-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2481749/v1 PMID:36747718	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从细胞内分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，能够检测基因对和模块在细胞内及跨细胞的共定位模式，使用专门的统计测试和图挖掘技术	未提及具体的技术限制或数据处理的挑战	开发新的分析工具以充分利用成像空间转录组技术的潜力	人类癌细胞系和小鼠脑下丘脑视前区的数据集	数字病理	NA	MERFISH	NA	空间转录组数据	未明确提及样本数量，涉及人类癌细胞系和小鼠脑区域
277	2025-06-19	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性并鉴定了细胞和组织标记	首次对整个B diegensis群体进行单细胞转录组测序，鉴定了29个主要细胞簇，并揭示了胃上皮特定区域的分子标记	NA	解析B diegensis群体的细胞异质性，鉴定细胞和组织标记，理解其发育和组织功能	Botrylloides diegensis群体（包括个体、芽体和血管被膜）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，原位杂交	NA	单细胞转录组数据	整个B diegensis群体（具体数量未明确说明）
278	2025-06-19	Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs 2025-Jul-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205 PMID:40209410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了孕期暴露于氟氯氰菊酯对子代神经发育的毒性机制	首次构建了孕期暴露于氟氯氰菊酯的子代大脑海马单细胞图谱，揭示了神经干细胞命运改变是导致发育毒性的主要原因	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究孕期氟氯氰菊酯暴露对子代神经发育的毒性作用机制	孕期暴露于氟氯氰菊酯的大鼠及其子代	神经毒理学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	基因表达数据	不同年龄段的子代大鼠
279	2025-06-19	Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70172 PMID:40522253	research paper	通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆	使用新型组合多重免疫荧光(mIF)-RNA原位杂交(RISH)方法和单细胞空间转录组学技术，在单细胞水平定位和表征超扩增CD8+ T细胞克隆	研究仅基于一名严重SVALI患者的肝脏样本，样本量有限	表征SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤(SVALI)中的免疫浸润特征	一名严重SVALI患者的肝脏样本中的T细胞克隆	digital pathology	liver injury	T cell receptor sequencing, multiplex immunofluorescence (mIF)-RNA in situ hybridisation (RISH), single cell spatial transcriptomics (Xenium in situ platform)	NA	spatial proteomics and transcriptomics data	1名患者的肝脏样本
280	2025-06-19	Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes 2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426339122 PMID:40526717	研究论文	该研究揭示了Sp140L作为一种疱疹病毒限制因子，通过抑制病毒转录和激活干扰素刺激基因来发挥作用	首次发现Sp140L作为一种限制因子，能够连接病毒DNA的感知和转录抑制，与干扰素无关的先天免疫反应相关	研究主要关注EBV病毒，对其他疱疹病毒的普遍性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用	EBV病毒感染的B细胞	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	EBNA-LP敲除（LPKO）感染的B细胞