本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-11-09 |
Identification of lactylation-related biomarkers in HNSC by integrating machine learning and Spatial transcriptomics analysis
2025-Nov-05, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03849-6
PMID:41191207
|
研究论文 | 通过整合机器学习和空间转录组学分析识别头颈部鳞状细胞癌中与乳酸化修饰相关的生物标志物 | 首次结合12种机器学习方法和空间转录组学技术系统筛选HNSC中乳酸化相关关键基因,并揭示其在肿瘤核心区域的优先表达模式 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证这些基因在乳酸化修饰中的具体分子机制 | 识别头颈部鳞状细胞癌中关键的乳酸化相关基因及其预后影响 | 头颈部鳞状细胞癌患者基因表达数据 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学,单细胞分析,Western blotting,RT-qPCR | 多种机器学习方法,WGCNA,CIBERSORT | 基因表达数据,空间转录组数据 | TCGA-HNSC队列和GSE6631数据集 | NA | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | NA |
| 242 | 2025-11-09 |
Spatial single-cell atlas reveals regional variations in healthy and diseased human lung
2025-Nov-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65704-0
PMID:41193468
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据构建了人类肺部空间单细胞图谱,揭示了健康与疾病状态下肺组织的区域变异 | 首次在人类肺部应用三种空间转录组学方法,构建了具有空间分辨率的三维组织参考图谱,并发现了慢性阻塞性肺病中上皮细胞类型组成的未知失衡 | 研究仅关注了三个代表性肺部区域,可能未完全覆盖整个肺部的空间异质性 | 理解肺组织地形和外部因素对细胞类型内基因表达变异的影响 | 人类肺部细胞,包括罕见上皮细胞 | 空间转录组学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间定位数据 | 数百万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 三种不同的空间转录组学方法 |
| 243 | 2025-11-09 |
Bone marrow-derived emergency monopoiesis drives brain-lung axis injury after traumatic brain injury via IL-1
2025-Nov-05, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03589-y
PMID:41194087
|
研究论文 | 本研究揭示了创伤性脑损伤后骨髓来源的紧急单核细胞生成通过IL-1驱动脑-肺轴损伤的机制 | 首次发现颅骨骨髓在TBI后24小时内发生IL-1驱动的紧急单核细胞生成,并阐明其作为多器官损伤核心驱动因素的新机制 | NA | 探索创伤性脑损伤引发外周器官损伤的机制基础 | 创伤性脑损伤患者和小鼠模型 | 单细胞生物学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 244 | 2025-11-09 |
Integrating genetics and transcriptome analyses identify potential biomarkers and immune interactions in metabolic syndrome-related sarcopenia
2025-Nov-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07191-x
PMID:41194111
|
研究论文 | 本研究通过整合遗传学和转录组学分析,识别代谢综合征相关肌肉减少症的潜在生物标志物和免疫相互作用 | 首次从遗传学角度揭示代谢综合征与肌肉减少症的共病机制,发现9个多效性基因作为潜在干预靶点 | 研究结果需要在更大样本和更多人群中进一步验证 | 探索代谢综合征与肌肉减少症之间的潜在机制和生物标志物 | 代谢综合征和肌肉减少症相关的遗传和转录组数据 | 生物信息学 | 代谢综合征和肌肉减少症 | 全基因组关联研究,连锁不平衡评分回归,孟德尔随机化,转录组范围关联研究,单细胞RNA测序 | 临床预测模型 | 遗传数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 245 | 2025-11-09 |
Harnessing multi-omics approaches to decipher tumor evolution and improve diagnosis and therapy in lung cancer
2025-Nov-05, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00859-y
PMID:41194170
|
综述 | 本文综述了多组学方法在解析肺癌肿瘤进化及改善诊疗中的应用前景 | 系统阐述多组学方法在构建肺癌生态系统全景中的整合应用价值 | NA | 探讨多组学方法在肺癌研究中的潜力与应用 | 肺癌肿瘤异质性与肿瘤微环境 | 生物信息学 | 肺癌 | 全基因组测序,单细胞测序,空间转录组学 | 多组学整合模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 246 | 2025-11-09 |
In vitro derivation of midbrain dopaminergic neurons from porcine embryonic stem cells in multi-dimensional conditions
2025-Nov-05, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04693-9
PMID:41194288
|
研究论文 | 本研究建立了从猪胚胎干细胞在二维和三维条件下高效分化中脑多巴胺能神经元的物种优化方案 | 首次建立了从猪干细胞生成功能验证的中脑多巴胺能神经元和中脑类器官的稳健平台,揭示了物种特异性信号动态 | 仅使用猪胚胎干细胞进行研究,未与其他物种进行直接比较 | 建立物种优化的条件,从猪胚胎干细胞在二维和三维环境中衍生功能性中脑多巴胺能神经元 | 体外受精和孤雌生殖激活来源的猪胚胎干细胞 | 干细胞生物学 | 神经系统疾病 | 免疫荧光、膜片钳电生理学、微电极阵列记录、多巴胺ELISA、RNA测序 | NA | 基因表达数据、电生理数据、蛋白质数据 | 猪胚胎干细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 247 | 2025-11-09 |
The molecular complexity of deep vein thrombosis was preliminarily explored based on the ceRNA network, scRNA-seq and AlphaFold 2
2025-Nov-04, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02239-9
PMID:41188916
|
研究论文 | 本研究通过ceRNA网络、单细胞RNA测序和AlphaFold 2技术初步探索深静脉血栓形成的分子复杂性 | 首次结合ceRNA网络构建、多种PPI网络算法、AlphaFold 2结构预测和单细胞RNA测序技术系统研究深静脉血栓的分子机制 | 样本量较小(内部测试集10例,外部验证集14例,单细胞测序6例),需要更大规模研究验证 | 识别与深静脉血栓相关的高度特异性基因并研究其复杂性 | 深静脉血栓患者和健康对照者的血液样本 | 生物信息学 | 深静脉血栓 | 单细胞RNA测序, 全转录组分析, 蛋白质结构预测 | ceRNA网络模型, PPI网络分析 | RNA测序数据, 基因表达数据 | 内部测试集10例(4例患者+6例对照),外部验证集14例,单细胞测序6例(3例患者+3例对照) | NA | 单细胞RNA测序, 全转录组测序 | NA | NA |
| 248 | 2025-11-09 |
USP2-mediated PPARγ stabilization promotes hepatocellular carcinoma progression and M2 macrophage polarization via oleic acid
2025-Nov-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012721
PMID:41193183
|
研究论文 | 本研究揭示USP2通过稳定PPARγ促进肝癌进展和M2巨噬细胞极化的分子机制 | 首次发现USP2通过去泛素化稳定PPARγ,促进脂肪酸合成和油酸产生,进而驱动M2巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要基于体外模型和动物实验,需要进一步临床验证 | 探索USP2在肝细胞癌进展和肿瘤微环境调控中的作用机制 | 肝癌患者来源类器官、肝癌细胞系、动物模型和巨噬细胞 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫共沉淀、CUT&RUN、ELISA、质谱分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 249 | 2025-11-09 |
Mechanisms underlying the therapeutic effects of Amygdalin in treating Cervical Cancer based on multi-omics analysis
2025-Nov-03, Journal of pharmaceutical and biomedical analysis
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jpba.2025.117232
PMID:41202397
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析系统验证了苦杏仁苷通过靶向CA9和HK2调控多通路发挥抗宫颈癌作用的机制 | 首次系统整合生物信息学分析、单细胞RNA测序、分子对接和分子动力学模拟等多种技术手段,全面阐明苦杏仁苷抗宫颈癌的作用机制 | 研究主要基于细胞实验和计算模拟,缺乏体内动物实验验证 | 探究苦杏仁苷治疗宫颈癌的分子机制 | 宫颈癌HeLa和SiHa细胞系 | 多组学分析 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,RNA-seq转录组学,分子对接,分子动力学模拟,酶活性检测 | WGCNA,PPI网络分析,MCODE算法 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,转录组数据 | 宫颈癌组织样本和HeLa、SiHa细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 250 | 2025-11-09 |
Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07221-6
PMID:38658747
|
研究论文 | 通过全皮层原位测序技术揭示输入依赖性皮层区域身份 | 首次使用高通量BARseq技术在全脑范围内以细胞分辨率分析基因表达,发现皮层模块的转录组特征与连接性相关,并证明外周输入在塑造皮层区域转录组身份中的关键作用 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究大脑皮层空间组织是否反映在神经元转录组特征中以及这些特征在发育过程中如何建立 | 小鼠前脑皮层神经元 | 神经科学 | NA | 原位测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 1030万细胞,包括4,194,658个皮层神经元,覆盖9个小鼠前脑半球 | NA | 原位测序,单细胞RNA测序 | BARseq | 高通量原位测序技术,能够分析104个细胞类型标记基因的表达 |
| 251 | 2025-11-09 |
Rs61731397-C in OR2A25 increases the risk of chronic rhinosinusitis in the Chinese population
2025-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.032
PMID:40669566
|
研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析发现OR2A25基因中的rs61731397-C变异会增加中国人群慢性鼻窦炎的发病风险 | 首次发现嗅觉受体基因OR2A25中的rs61731397-C变异与慢性鼻窦炎风险相关,并通过功能实验证实该变异会降低OR2A25蛋白稳定性 | 研究主要聚焦于中国人群,结果在其他人群中的普适性需要进一步验证 | 识别中国人群慢性鼻窦炎的遗传风险变异并阐明其作用机制 | 中国人群(昆山队列和北京队列) | 遗传学 | 慢性鼻窦炎 | 全基因组关联研究、结构预测、体外表达研究、Western blot分析、单细胞RNA测序数据分析 | NA | 基因组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 两个独立队列(昆山队列和北京队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 252 | 2025-11-09 |
Emodin Alleviates Sepsis-Induced Multiorgan Damage by Inhibiting NETosis through Targeting Neutrophils BCL-10
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417129
PMID:40779122
|
研究论文 | 本研究揭示大黄素通过靶向中性粒细胞BCL-10抑制NETosis,缓解脓毒症引起的多器官损伤 | 首次发现大黄素可直接靶向BCL-10蛋白,通过调节BCL-10/MALT1复合物抑制NF-κB信号通路和NETs形成 | NA | 探究大黄素在脓毒症中对多器官保护作用的分子机制 | 中性粒细胞及其NETs形成过程 | 分子生物学 | 脓毒症 | 蛋白质微阵列,表面等离子共振,分子对接,单细胞测序 | NA | 体外实验数据,体内实验数据,蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 253 | 2025-11-09 |
HLA-A*02:01 Presents Penicillin-Modified Cysteinylated Peptides for T Cell Recognition
2025-Nov, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70025
PMID:40906332
|
研究论文 | 本研究揭示HLA-A*02:01通过半胱氨酸修饰呈递青霉素修饰肽段激活T细胞反应的分子机制 | 首次发现青霉素优先修饰HLA肽段中的半胱氨酸残基,并证实通过二硫键介导的肽段修饰机制可诱导T细胞识别 | 研究仅聚焦于HLA-A*02:01单倍型和青霉素特异性反应,未涵盖其他HLA类型或β-内酰胺类药物 | 阐明青霉素诱导T细胞介导过敏反应的分子机制 | HLA-A*02:01呈递的青霉素修饰肽段及患者来源的青霉素特异性T细胞 | 免疫学 | 药物过敏 | 免疫肽组学、单细胞测序、报告细胞系检测 | NA | 蛋白质组数据、单细胞TCR序列数据 | 过敏患者来源的CD8+ T细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 254 | 2025-11-09 |
Globotriaosylceramide Gb3 Influences Wound Healing and Scar Formation by Orchestrating Fibroblast Heterogeneity
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509733
PMID:40810720
|
研究论文 | 本研究系统探讨了globotriaosylceramide (Gb3)通过调控成纤维细胞异质性影响伤口愈合和瘢痕形成的机制 | 发现了HEXB-Gb3-FGF2调控轴在成纤维细胞表型可塑性中的新作用机制 | 研究主要基于特定烧伤模型,在其他类型伤口中的适用性需进一步验证 | 阐明Gb3在皮肤再生过程中的功能作用及其调控机制 | 皮肤成纤维细胞、浅二度烧伤和深二度烧伤临床标本 | 单细胞组学 | 皮肤烧伤 | 单细胞RNA测序, 空间组学, 脂质组学, 组织学评估 | NA | 单细胞转录组数据, 空间组学数据, 脂质组学数据, 组织学图像 | 临床烧伤标本(浅二度和深二度烧伤) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 脂质组学 | NA | NA |
| 255 | 2025-11-09 |
Distinct stromal cell populations define the B-cell acute lymphoblastic leukemia microenvironment
2025-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02734-z
PMID:40817406
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了B细胞急性淋巴细胞白血病微环境中不同的基质细胞群体及其功能 | 首次在B-ALL患者中鉴定出两种不同的间充质基质细胞群体,并发现第三种成骨谱系细胞群体,揭示了这些细胞通过不同机制支持白血病细胞生存和化疗耐药 | 研究样本仅限于儿科B-ALL患者,未包括成人患者;样本量相对有限 | 解析B细胞急性淋巴细胞白血病骨髓微环境的细胞异质性和功能特性 | 儿科B-ALL患者的骨髓抽吸物和骨活检样本 | 单细胞生物学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序,空间转录组分析,功能体外测定 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 儿科B-ALL患者的骨髓抽吸物和骨活检样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 256 | 2025-11-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Redefines Macrophage Heterogeneity and Function in Wound Healing
2025 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.70107
PMID:41204881
|
综述 | 本文综述单细胞测序技术在皮肤伤口愈合研究中揭示巨噬细胞异质性和功能多样性的进展 | 通过单细胞测序技术系统揭示巨噬细胞在伤口愈合过程中的异质性、功能多样性及动态变化特征 | NA | 阐明巨噬细胞在皮肤伤口愈合过程中的细胞异质性和功能作用 | 皮肤伤口愈合过程中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤伤口愈合 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 257 | 2025-11-09 |
Multi-omics integrative analysis of the mechanisms linking environmental pollutant exposure to bladder cancer pathogenesis
2025-Oct-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119251
PMID:41110307
|
研究论文 | 通过多组学整合分析揭示环境污染物暴露与膀胱癌发病机制之间的分子联系 | 首次通过整合多组学数据和孟德尔随机化分析,系统构建了环境-基因相互作用网络,识别出三个因果枢纽基因及其与34种高风险污染物的关联 | 研究主要基于现有数据库和队列数据,需要进一步实验验证污染物与基因相互作用的生物学机制 | 探究环境污染物暴露与膀胱癌发病的分子机制 | 膀胱癌相关基因和环境污染物 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 多组学整合分析, 转录组学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 孟德尔随机化 | 孟德尔随机化模型, 分子对接模型 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 多个膀胱癌队列的转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 258 | 2025-11-09 |
Deciphering the crucial role of IGF2BP3 in modulating stemness traits of salivary adenoid cystic carcinoma
2025-Oct-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03068-7
PMID:41082045
|
研究论文 | 本研究系统阐明了IGF2BP3在唾液腺腺样囊性癌干细胞特性调控中的关键作用及机制 | 首次通过单细胞测序数据验证IGF2BP3与SACC干细胞特性的关联,并系统揭示其调控干细胞特性的分子机制 | 未明确IGF2BP3下游具体作用靶点及信号通路细节 | 探究IGF2BP3在唾液腺腺样囊性癌中的功能作用及调控机制 | 唾液腺腺样囊性癌细胞 | 癌症生物学 | 唾液腺腺样囊性癌 | RNA测序, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 259 | 2025-11-09 |
GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs
2025-Oct, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678
PMID:40912654
|
研究论文 | 开发了专门用于植物lncRNA单细胞分析的综合数据库GreenCells | 首个专门针对植物lncRNA的单细胞数据库,填补了现有植物单细胞转录组数据库主要关注蛋白编码基因的空白 | NA | 研究植物长非编码RNA在单细胞水平的表达和功能 | 8种植物物种的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含2177个lncRNA标记基因和68,869个蛋白编码标记基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 260 | 2025-11-09 |
Targeting cell-state plasticity driven by FOXM1/CEBPB axis disrupts developmental heterogeneity and therapeutic resistance in hepatocellular carcinoma
2025-Oct-01, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.09.022
PMID:41043722
|
研究论文 | 本研究揭示了FOXM1/CEBPB轴通过调控细胞状态可塑性驱动肝细胞癌发育异质性和治疗耐药性的机制 | 首次发现FOXM1/CEBPB轴作为主调控开关通过相互抑制和竞争下游网络控制细胞状态转换,并开发了靶向FOXM1的RNAi疗法 | 研究主要基于临床前模型,需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌发育异质性和治疗耐药性的调控机制并开发靶向治疗策略 | 肝细胞癌患者样本、体外和体内模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、RNA干扰 | 自调控网络分析 | 基因表达数据 | 来自HCC患者的公共数据集和自建肝细胞分化模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |