单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28063 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-05-22 |
OrthologAL: A Shiny application for quality- aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data
2025-May-20, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311
PMID:40392208
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研究论文 | 介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类同源基因数据 | 开发了OrthologAL工具，能够高效地将非人类物种的单细胞或空间转录组数据转换为人类同源基因数据，并保留原始数据的维度结构 | 未提及具体的性能比较或转换准确率的量化评估 | 促进非人类转录组数据的人类同源基因转换，并将药物转录组数据库应用于临床前研究模型 | 单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型 | 生物信息学 | 髓母细胞瘤、脊髓损伤 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | Shiny应用程序 | 基因表达数据 | 使用了来自公共数据库的多组数据集，包括GSE129730、E-MTAB-11720、GSE213240和GSE234774 |
| 162 | 2025-05-22 |
Single cell transcription revealing key transcription factors in embryonic kidney development
2025-May-20, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05307-x
PMID:40392427
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示胚胎肾脏发育过程中的关键转录因子 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了肾祖细胞中的不同亚群及其转录景观，并识别了关键转录因子 | 需要进一步研究以验证这些发现及其治疗潜力 | 探索肾脏发育的分子机制 | 肾祖细胞及其分化为肾小管上皮细胞和足细胞的过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 163 | 2025-05-22 |
IL-1β Signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues
2025-May-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.188724
PMID:40392614
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研究论文 | 该研究探讨了IL-1β信号在人类淋巴组织中如何调节滤泡辅助性T细胞（Tfh）和滤泡调节性T细胞（Tfr）的平衡 | 揭示了IL-1β通过IL-1R1和IL-1R2受体在人类淋巴组织中调节Tfh和Tfr细胞活化的新机制，并发现IL-1β信号与自身免疫疾病中自身抗体产生的关联 | 研究主要基于体外实验和有限的组织样本，未涉及大规模临床试验验证 | 阐明IL-1β信号在人类淋巴组织中对Tfh和Tfr细胞平衡的调节作用及其与自身免疫疾病的关联 | 人类次级淋巴器官（扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结）中的Tfh和Tfr细胞 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养 | NA | 细胞表型数据、基因表达数据 | 人类次级淋巴器官样本及自身免疫患者样本 |
| 164 | 2025-05-22 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human Bronchoalveolar Lavage Cells by scRNA-Sequencing
2025-May-20, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
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研究论文 | 比较基于液滴和微孔的方法在分析冷冻保存的人类支气管肺泡灌洗细胞单细胞RNA测序中的应用 | 首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类支气管肺泡灌洗液细胞中的应用，特别关注了不同细胞类型的转录本和基因数量差异 | 仅使用了四个BALF样本，样本量较小 | 解决使用新鲜材料进行单细胞RNA测序的物流挑战，特别是在人类样本中 | 人类支气管肺泡灌洗液(BALF)细胞 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq, SCENIC | NA | RNA测序数据 | 4个BALF样本 |
| 165 | 2025-05-22 |
Spatial transcriptomics advances the use of canine patients in cancer research: analysis of osteosarcoma-bearing pet dogs enrolled in a clinical trial
2025-May-20, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0687
PMID:40392977
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研究论文 | 本文首次应用GeoMx Canine Cancer Atlas技术对参与骨肉瘤临床试验的犬类患者的预后相关样本进行分析 | 首次将空间转录组学技术应用于犬类骨肉瘤样本，并与人类骨肉瘤研究结果进行对比 | 样本量较小（每组8例），且仅针对犬类样本 | 探索犬类骨肉瘤模型在人类癌症研究中的应用价值 | 参与骨肉瘤临床试验的犬类患者样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler） | NA | 组织微阵列（TMA） | 16例犬类骨肉瘤样本（高DFI组8例，低DFI组8例） |
| 166 | 2025-05-22 |
Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs
2025-May-20, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8523
PMID:40393465
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研究论文 | 本研究探讨了Asperosaponin VI (ASP)通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，从而促进骨质疏松性骨折愈合的机制 | 首次揭示了ASP通过激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路促进LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，为骨质疏松性骨折治疗提供了新的治疗策略 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证 | 阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并提出新的治疗方案 | LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs | 骨生物学 | 骨质疏松性骨折 | 单细胞RNA测序、分子对接、CETSA、DARTS、三维培养、划痕愈合实验、管形成实验、Western blotting、免疫荧光染色、流式细胞术 | OVX模型结合股骨骨折 | RNA测序数据、蛋白质表达数据 | NA |
| 167 | 2025-05-22 |
A dynamic and multimodal framework to define microglial states
2025-May-20, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01978-3
PMID:40394327
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research paper | 提出一个动态多模态框架来定义小胶质细胞状态，挑战现有离散分类范式 | 提出小胶质细胞连续状态模型，强调其动态特性而非离散分类 | 未明确说明具体实验验证方法或数据来源 | 建立更准确的小胶质细胞状态分类框架 | 中枢神经系统中的小胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 连续状态模型 | 基因表达数据 | NA |
| 168 | 2025-05-22 |
Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveal Tumor Cell Characteristics and Communication Features of Primary and Lymphatic Metastatic Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma
2025-May-20, Head & neck
DOI:10.1002/hed.28195
PMID:40395022
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序揭示原发性及淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的肿瘤细胞特征及细胞间通讯特征 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了配体-受体对模型以预测HPSCC患者的预后，并揭示了LNM恶性上皮细胞的基因表达特征及细胞通讯差异 | 研究样本量有限，未进行功能实验验证发现的生物标志物和机制 | 识别HPSCC淋巴转移的关键驱动因素和潜在治疗靶点，以早期检测高风险患者并指导个性化治疗策略 | 原发性及淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的恶性上皮细胞 | 数字病理学 | 下咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 配体-受体对模型 | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但包括训练、测试和全部队列 |
| 169 | 2025-05-22 |
Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging
2025-May-19, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01475-z
PMID:40390022
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研究论文 | 通过单细胞时空分析揭示人类角膜衰老的细胞和分子动态 | 首次构建了人类角膜的全面时空图谱，揭示了角膜衰老过程中的细胞迁移新模式和区域特异性分子特征 | 样本量相对较小（8个供体），年龄跨度为33-88岁 | 阐明人类角膜衰老过程中的细胞和分子动态 | 人类角膜组织 | 单细胞组学 | 眼科疾病 | scRNA-seq, scStereo-seq, 免疫荧光染色, Western blotting | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 8个供体的角膜组织（年龄33-88岁） |
| 170 | 2025-05-22 |
Spatial transcriptomics reveal PI3K-AKT and metabolic alterations in aggressive, treatment-resistant lactotroph pituitary neuroendocrine tumors
2025-May-19, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02025-9
PMID:40390063
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示了侵袭性、治疗抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤中PI3K-AKT和代谢通路的改变 | 首次在DA抵抗性泌乳素PitNET中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤内异质性和PI3K/AKT通路及脂质代谢的改变 | 样本量较小（13例患者），且未观察到从部分响应到完全无响应肿瘤的明确分子模式 | 揭示泌乳素垂体神经内分泌肿瘤的分子异质性，并鉴定侵袭性和药物治疗抵抗的生物标志物 | DA抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤（PitNET） | 数字病理学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | Visium空间转录组学（ST）、全转录组测序（WTS）、全外显子组测序（WES） | NA | 空间转录组数据、基因组数据 | 13例DA抵抗性泌乳素PitNET患者（其中4例进行ST+WTS+WES，5例进行WTS+WES，2例进行ST+WES，2例仅进行ST） |
| 171 | 2025-05-22 |
Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics"
2025-May-19, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088
PMID:40393347
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2025-05-22 |
Neutrophils predominate as IL1B-expressing cells in Schnitzler syndrome: Insights from the SCan study to evaluate the efficacy and safety of canakinumab in Japanese patients
2025-May-19, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.alit.2025.04.003
PMID:40393905
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research paper | 本研究探讨了Schnitzler综合征（SchS）中IL1B表达细胞的主要来源及canakinumab治疗的疗效和安全性 | 首次在SchS患者中通过单细胞RNA测序和空间转录组分析确定IL1B表达细胞主要为中性粒细胞，并揭示了canakinumab通过调节外周血中性粒细胞动态改善临床症状的机制 | 研究样本量较小（仅5名日本患者），且仅对其中2例进行了单细胞RNA测序和空间转录组分析 | 评估canakinumab在SchS患者中的疗效和安全性，并探索IL1B表达细胞的来源 | 5名日本Schnitzler综合征患者 | 临床医学 | 自身炎症性疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组分析 | NA | 血浆细胞因子/趋化因子水平、外周血和皮肤病变组织的转录组数据 | 5名患者（其中2名进行了单细胞RNA测序和空间转录组分析） |
| 173 | 2025-05-22 |
Identification of progression related LncRNAs in colorectal cancer aggressiveness
2025-May-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02096-7
PMID:40383716
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研究论文 | 本研究通过整合TCGA和单细胞RNA测序数据，识别了与结直肠癌进展相关的关键长链非编码RNA（lncRNA） | 开发了一个评分系统，结合多种进展相关特征、差异表达和生存分析，系统性优先排序lncRNA，并识别了198个关键lncRNA，包括已知和新候选者 | 未提及具体样本量，且实验验证仅限于部分lncRNA | 探索结直肠癌进展的分子机制，并识别潜在的预后生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌（CRC）患者及其相关lncRNA | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 174 | 2025-05-22 |
Identification and verification of a polyamine metabolism-related gene signature for predicting prognosis and immune infiltration in osteosarcoma
2025-May-18, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-05716-0
PMID:40383808
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research paper | 本研究旨在识别与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因，并开发预后模型，为骨肉瘤患者的靶向治疗提供新见解 | 首次识别并验证了与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因特征，并构建了预测模型 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制 | 探索多胺代谢相关基因在骨肉瘤预后中的作用，并开发预测模型 | 骨肉瘤患者及其相关基因表达数据 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 差异表达分析、加权基因共表达网络分析、单变量Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序、逆转录定量PCR、Western blotting、免疫组化 | 风险模型、列线图模型 | 基因表达数据、临床样本数据 | 96个候选基因，8个预后基因在临床样本中验证 |
| 175 | 2025-05-22 |
Single-cell transcriptomic characterization of microscopic colitis
2025-May-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59648-8
PMID:40383833
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序分析结肠黏膜组织，构建显微镜下结肠炎的细胞和分子模型 | 揭示了显微镜下结肠炎中CD8 T细胞的显著扩张及其高度细胞毒性和炎症表型的转变，以及CD4 T调节细胞的扩张 | 研究仅限于结肠黏膜组织，未涉及其他可能相关的组织或细胞类型 | 探究显微镜下结肠炎的细胞和分子机制 | 结肠黏膜组织 | 单细胞转录组学 | 显微镜下结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 176 | 2025-05-22 |
ZC3H12D gene expression exhibits dual effects on the development and progression of lung adenocarcinoma
2025-May-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02163-z
PMID:40383849
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研究论文 | 本研究探讨了ZC3H12D基因在肺腺癌进展和肿瘤微环境调节中的多面作用 | 揭示了ZC3H12D在免疫细胞和恶性细胞中的空间双重作用，挑战了传统生物标志物的范式 | 研究主要基于体外实验和计算生物学分析，需要进一步的体内实验验证 | 探索ZC3H12D在肺腺癌中的生物学功能和临床意义 | 肺腺癌组织和细胞 | 精准肿瘤学 | 肺腺癌 | 多组学分析、单细胞RNA-seq、免疫组化、计算生物学方法 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据 | 511个肿瘤样本和59个正常样本（转录组），74个肿瘤样本和69个正常样本（蛋白质组），15个肿瘤样本和11个正常样本（单细胞RNA-seq），51对匹配样本（免疫组化） |
| 177 | 2025-05-22 |
Alcohol consumption and esophageal cancer risk: unveiling DLEU2 as a key immune modulator through Mendelian randomization and transcriptomic analysis
2025-May-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02660-7
PMID:40383861
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和转录组分析揭示了酒精消费与食管癌风险之间的遗传和分子机制，并发现DLEU2作为关键的免疫调节因子 | 首次通过孟德尔随机化分析确认酒精消费与食管癌之间的因果关系，并发现DLEU2作为长链非编码RNA在肿瘤免疫微环境和癌症进展中的关键作用 | 研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探索酒精消费导致食管癌的遗传和分子机制 | 食管癌患者样本和相关的基因表达数据 | 癌症基因组学 | 食管癌 | 孟德尔随机化分析、转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个患者来源的样本（具体数量未说明） |
| 178 | 2025-05-22 |
Metabolism-associated marker gene-based predictive model for prognosis, targeted therapy, and immune landscape in ovarian cancer: an integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing with spatial transcriptomics
2025-May-17, BMC women's health
DOI:10.1186/s12905-025-03750-y
PMID:40382612
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和空间转录组学数据，构建了一个基于代谢相关标记基因的预后模型，用于卵巢癌的预后预测、靶向治疗和免疫景观分析 | 首次结合四种代谢途径（糖酵解代谢、脂质代谢、胆碱代谢和鞘脂代谢）构建卵巢癌预后模型，并预测了潜在治疗药物 | 研究主要基于生物信息学分析，部分实验验证仍需进一步扩大样本量 | 开发有效的卵巢癌预后生物标志物并探索新的治疗靶点 | 卵巢癌患者样本和癌细胞系 | 数字病理学 | 卵巢癌 | scRNA-seq, bulk RNAseq, 空间转录组学, RT-qPCR, CCK-8, Transwell实验 | 代谢相关基因预后模型 | RNA测序数据, 空间转录组数据, 实验数据 | TCGA-OV样本及实验验证样本（数量未明确说明） |
| 179 | 2025-05-22 |
Evaluation of tumour pseudocapsule using computed tomography-based radiomics in pancreatic neuroendocrine tumours to predict prognosis and guide surgical strategy: a cohort study
2025-May-16, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002511
PMID:40395025
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研究论文 | 本研究通过基于计算机断层扫描的放射组学评估胰腺神经内分泌肿瘤的假包膜状态，以预测预后并指导手术策略 | 结合放射组学和机器学习术前识别假包膜状态，为小肿瘤患者提供更精准的手术策略 | 研究样本仅来自单一医疗机构，可能存在选择偏倚 | 评估胰腺神经内分泌肿瘤假包膜状态对手术策略选择和预后预测的价值 | 胰腺神经内分泌肿瘤患者 | 数字病理 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | scRNA-seq, 放射组学分析 | 机器学习模型 | 影像数据, 临床数据 | 578例接受首次胰腺切除术的患者（最终纳入475例） |
| 180 | 2025-05-22 |
Regulation of RNA polymerase II transcription through re-initiation and bursting
2025-May-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.011
PMID:40378829
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review | 本文总结了真核细胞中RNA聚合酶II（RNAPII）爆发性转录的调控策略，重点关注RNAPII的重新启动机制 | 提出了RNAPII重新启动和爆发性转录作为基因调控的常见现象，并探讨了其分子机制和争议 | 未提及具体实验数据或样本量，主要基于已有研究的总结 | 探讨RNAPII转录调控的分子机制及其在健康和疾病中的意义 | RNA聚合酶II（RNAPII）及其转录调控机制 | 分子生物学 | NA | 活细胞成像、单细胞转录组学 | NA | NA | NA |