单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-08-04	Rotation-invariance is essential for accurate detection of spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62574-4 PMID:40753081	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
182	2025-08-09	Local inflammation at the salmon louse (Lepeophtheirus salmonis) attachment site contributes to copepodid rejection in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) 2025-Aug, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-025-03976-0 PMID:40464919	研究论文	本研究调查了大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼对寄生鲑鱼虱的易感性，并比较了不同鲑鱼物种在鲑鱼虱附着部位的细胞反应	揭示了银鲑鱼在鲑鱼虱附着部位通过中性粒细胞驱动的快速大规模炎症反应来抵抗寄生虫的机制	研究仅在实验室条件下进行，未考虑自然环境中的复杂因素	探究不同鲑鱼物种对鲑鱼虱的抵抗机制	大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼（粉红鲑鱼、银鲑鱼和狗鲑鱼）	水产病理学	寄生虫感染	组织学分析、蛋白质组学分析和空间转录组学分析	NA	组织样本、蛋白质组数据和转录组数据	四种鲑鱼物种在三个连续挑战试验中的皮肤和鳍样本
183	2025-08-09	Inflammatory monocyte-derived amphiregulin mediates intestinal fibrosis in Crohn's disease by activating PI3K/AKT 2025-Aug, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.008 PMID:40480418	研究论文	本研究揭示了炎症性单核细胞衍生的双调蛋白（AREG）通过激活PI3K/AKT通路促进克罗恩病（CD）肠道纤维化的机制	首次阐明炎症性单核细胞来源的AREG通过PI3K/AKT通路促进肠道纤维化的具体机制，并证实AREG缺失可减轻纤维化	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证仍需扩大样本量	阐明AREG介导克罗恩病肠道纤维化的分子机制	克罗恩病患者肠道组织标本、DSS诱导的小鼠结肠炎模型、人肠道成纤维细胞（HIFs）	分子病理学	克罗恩病	RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞移植实验	基因敲除小鼠模型（Areg-/-）	基因表达数据、组织病理数据	CD患者狭窄/非狭窄病变组织标本、肠憩室正常组织对照、WT/Areg-/-小鼠模型
184	2025-08-09	Prediction and validation based on scRNA-seq: ETS2 targets CEBPB to mediate osteoclast differentiation in osteoarthritis progression 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145639 PMID:40602581	研究论文	本研究旨在识别驱动骨关节炎（OA）进展中破骨细胞（OC）分化的关键分子靶点，并探索其潜在机制	发现转录因子ETS2通过靶向并增强CEBPB的表达来调控OC分化，为OA的发病机制和治疗提供了新的见解	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探索骨关节炎进展中破骨细胞分化的分子机制	破骨细胞（OC）和骨关节炎（OA）	生物医学	骨关节炎	scRNA-seq, ATAC-seq, Cut&Tag	DMM模型小鼠	基因表达数据	NA
185	2025-08-09	Single-cell RNA sequencing and PANDORA-seq reveal the pivotal role of piRNA in heat stress-induced testicular injury 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145674 PMID:40609925	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和PANDORA-seq技术揭示了piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的关键作用	首次发现piR_021767作为精子生成障碍的关键调控因子，并揭示了其通过抑制BAX表达调控精原细胞凋亡的分子机制	研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证	探究piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的分子机制	猪和小鼠的精子生成细胞	生殖生物学	男性不育症	单细胞RNA测序, PANDORA-seq, 双荧光素酶报告实验	小鼠睾丸热应激模型	RNA测序数据	23,385个猪数据点和小鼠模型
186	2025-08-09	Hypoxia-induced cellular responses in the gills of juvenile Eleutheronema tetradactylum: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145749 PMID:40617425	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，首次揭示了四指马鲅幼鱼鳃在缺氧条件下的细胞和分子响应	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和形态学评估，系统分析了四指马鲅幼鱼鳃在缺氧条件下的细胞异质性，并鉴定了潜在的细胞生物标志物	研究仅针对幼鱼阶段，成年鱼的缺氧响应可能有所不同	探究四指马鲅对缺氧条件的细胞和分子响应机制	四指马鲅（Eleutheronema tetradactylum）幼鱼的鳃组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、苏木精-伊红染色（HE staining）、透射电子显微镜（TEM）	NA	RNA测序数据、显微图像	NA
187	2025-08-09	Causal Association Between Immune Cell Traits and Risk of Multiple Malignant and Nonmalignant CNS Diseases: A Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomic Analysis 2025-Aug, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70632 PMID:40760788	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞转录组分析，研究免疫细胞特征与多种中枢神经系统疾病风险之间的因果关系	结合孟德尔随机化和单细胞转录组分析，首次系统评估免疫细胞特征对多种脑部疾病的因果影响，并建立了胶质母细胞瘤风险特征	样本量可能限制某些关联的检测效力，且结果需要进一步实验验证	阐明免疫细胞特征与脑部疾病之间的因果关系，并探索胶质母细胞瘤的生物标志物	731种免疫细胞特征与13种脑部疾病的关系	生物医学	胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症、重度抑郁症等	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析、非负矩阵分解(NMF)	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	涉及731种免疫细胞特征和13种脑部疾病的大规模数据分析
188	2025-08-09	New insights into interstitial cystitis/bladder pain syndrome at single-cell resolution 2025-Aug, BJUI compass IF:1.6Q3 DOI:10.1002/bco2.70051 PMID:40765664	综述	本文总结了单细胞RNA测序在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征(IC/BPS)研究中的最新发现，重点关注膀胱细胞群体，特别是尿路上皮细胞、间质细胞和免疫细胞	通过单细胞RNA测序揭示了IC/BPS中膀胱细胞的异质性，包括尿路上皮细胞的改变、间质细胞的亚型以及免疫景观的特征，并发现了潜在的病毒病因和性别差异	需要整合多组学方法并探索基于尿液的非侵入性单细胞RNA测序以改进诊断和治疗	深入了解间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征(IC/BPS)的细胞异质性和潜在治疗靶点	健康人和IC/BPS患者的膀胱细胞亚型，以及小鼠模型	单细胞测序	间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	已发表的scRNA-seq研究数据
189	2025-08-09	CXCR4-Mediated Chemokine Signaling Orchestrates the Progression of Conjunctival Melanocytic Lesions 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.23 PMID:40778698	研究论文	本研究探讨了CXCR4介导的趋化因子信号在结膜黑色素瘤病变进展中的作用	揭示了CXCR4在结膜黑色素瘤恶性病变中的显著上调及其通过PI3K/Akt和MEK/ERK通路的作用机制	研究样本量有限，且未涉及CXCR4靶向治疗的长期效果评估	阐明结膜黑色素瘤病变微环境差异及CXCR4信号通路的调控作用	结膜黑色素瘤细胞系(CRMM1、CRMM2、CM2005.1)及PIG1黑色素细胞	肿瘤微环境研究	结膜黑色素瘤	RNA测序（bulk和单细胞）、定量实时PCR、Western blotting、免疫组化、免疫荧光	体外细胞模型和体内肿瘤模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	多个结膜黑色素瘤细胞系和黑色素细胞系
190	2025-08-09	Innate Immune Remodeling Drives Therapy Resistance via Macrophage-NK Cell Crosstalk 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.666055 PMID:40777338	研究论文	研究探讨了靶向治疗过程中肿瘤免疫微环境（TME）的动态演变及其对治疗反应和耐药性的影响	发现了一个之前未被识别的转折点，即在肿瘤消退期间炎症性TME（以NK细胞浸润为特征）转变为药物耐受残留疾病时的免疫排斥状态，并揭示了一种独特的巨噬细胞亚群（F4/80+CCL5⁺MHCII⁺CD63⁺）通过CCR2/5信号在消退期间调控NK细胞招募	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探究靶向治疗过程中免疫微环境的动态变化及其对治疗耐药性的影响	小鼠黑色素瘤模型和人类黑色素瘤及肺癌患者样本	肿瘤免疫学	黑色素瘤, 肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型和人类黑色素瘤及肺癌患者样本
191	2025-08-09	Spatial transcriptomic profiling uncovers the molecular effects of the neurotoxicant polychlorinated biphenyls (PCBs) in the brains of adult mice 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.665575 PMID:40777386	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探讨了多氯联苯（PCBs）对成年小鼠大脑功能和认知的分子影响	首次使用空间转录组学技术揭示PCBs对小鼠大脑多个区域的基因表达影响及其与血脑屏障完整性的关联	研究仅使用雄性小鼠，未考虑性别差异；样本量未明确说明	评估与人类相关的PCB混合物如何影响大脑功能和认知	成年雄性C57BL/6J小鼠	神经科学	神经退行性疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
192	2025-08-09	Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation 2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.21.665156 PMID:40777431	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究人类骶尾部畸胎瘤的细胞组成异质性和X染色体失活现象	首次揭示了骶尾部畸胎瘤中X染色体失活失败或重新激活与细胞身份及免疫景观的关联	样本量较小（仅8例），且未检测到假定的多能细胞群	探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层及性别偏好的分子机制	人类骶尾部畸胎瘤（6例产后和2例产前样本）	数字病理学	畸胎瘤	单核RNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	8例骶尾部畸胎瘤样本（1例男性，7例女性）
193	2025-08-09	Programmable microparticles rewire CAR signaling to enable super-physiological expansion of human T cells in vitro 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665438 PMID:40777491	research paper	该研究利用可编程PLGA微粒（CAREp）重新连接CAR信号，实现人类T细胞在体外的超生理扩增	首次证明通过纳米级控制的细胞外信号可重新编程CAR-T细胞的增殖能力，实现持续100天以上的扩增和10^5倍的累积扩增	研究仅限于体外实验，尚未进行体内疗效验证	探索如何通过外部编程最大化人类CAR-T细胞的增殖能力	人类CD8 CAR-T细胞	免疫治疗	NA	单细胞测序、转录组分析	NA	基因表达数据	NA
194	2025-08-09	Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.665939 PMID:40777494	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和Xenium空间转录组学技术，构建了人类小肠发育过程中间充质细胞的全面组织尺度图谱	首次定义了人类小肠发育中的5种主要间充质细胞群，并揭示了它们在发育过程中的动态空间重构	研究主要关注发育阶段，对成年组织的适用性尚不明确	解析人类肠道发育过程中间充质细胞的多样性及其空间分布	人类小肠发育过程中的间充质细胞群	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，Xenium空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包含人类小肠发育不同阶段的组织样本
195	2025-08-09	Activation of IL-17+ ILC subsets in IL-18R-deficient mice during fungal allergen exposure 2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665289 PMID:40777291	research paper	该研究探讨了IL-18/IL-18R在真菌过敏原暴露期间对ILC2s反应的影响	揭示了IL-18信号如何防止ILC2s产生IL-17A及其后续的嗜酸性粒细胞增多	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究IL-18/IL-18R对肺部ILC2s反应的调控机制	ILC2s和IL-18受体缺陷小鼠	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	IL-18受体敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠肺部细胞
196	2025-08-09	ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving in vivo Metastasis and Immune Evasion 2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665404 PMID:40777467	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了ETS1作为上呼吸道鳞状细胞癌（UASCC）中转移和免疫逃逸的双重驱动因子	发现ETS1作为hEMT程序的主调控因子，同时促进肿瘤远端转移和免疫逃逸，并提出了HSP90抑制剂作为针对ETS1驱动肿瘤的定制治疗策略	研究主要基于UASCC，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探究转录异质性程序如何驱动肿瘤转移和免疫逃逸	上呼吸道鳞状细胞癌（UASCC）细胞和患者肿瘤	肿瘤学	上呼吸道鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个队列的UASCC患者肿瘤样本
197	2025-08-09	Disruption of E-cadherin in the airway led to dysplastic stressed cells and asthma-like phenotypes 2025-Jul-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.030 PMID:40683251	research paper	研究揭示了E-cadherin在气道细胞命运调控中的作用及其缺失如何导致气道重塑和类似哮喘的表型	首次展示了E-cadherin在气道上皮祖细胞中的特异性缺失如何独立于过敏原暴露引发哮喘样表型，并揭示了上皮细胞内在的免疫防御机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究E-cadherin在气道细胞命运调控和气道重塑中的作用机制	小鼠气道上皮细胞（特别是club细胞）	分子生物学	哮喘	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
198	2025-08-09	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	研究论文	通过单细胞RNA测序分析108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，研究跨癌症谱系和亚群的细胞状态和组成的特征及重塑	首次在单细胞分辨率下构建了泛癌人类脑转移图谱，揭示了恶性细胞的染色体不稳定性、增殖和血管生成特征，以及神经样脑转移相关元程序	样本量虽较以往研究有所增加，但仍可能不足以涵盖所有癌症类型的脑转移特征	探索脑转移生物学特征及其与临床特征的关系	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本	癌症生物学	脑转移	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本
199	2025-08-09	Gland- and cell-level heterogeneity in the prostate: A narrative review of related diseases 2025-Jul, Current urology IF:0.9Q4 DOI:10.1097/CU9.0000000000000269 PMID:40765528	review	本文综述了前列腺在腺体和细胞水平上的异质性及其与良性前列腺增生(BPH)和前列腺癌(PCa)的关系	探讨了新发现的细胞类型对BPH和PCa治疗的意义，以及单细胞测序技术在解析前列腺不同区域细胞类型和基因表达模式中的应用	当前研究尚无法精确回答前列腺异质性的相关问题	研究前列腺异质性及其与疾病分布、表现和特征的关系	前列腺腺体和细胞	digital pathology	prostate cancer	单细胞测序技术	NA	NA	NA
200	2025-08-09	Mosaic loss of chromosome Y in blood is associated with male susceptibility for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-28, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00966-9 PMID:40581694	研究论文	该研究探讨了男性血液中Y染色体嵌合缺失（mLOY）与特发性肺纤维化（IPF）易感性之间的关系	首次在人类中证实mLOY通过上调促纤维化基因和增强TGF-β信号传导加剧IPF的疾病机制	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证mLOY与IPF之间的因果关系	探究mLOY是否是人类纤维化疾病的危险因素	男性特发性肺纤维化患者	医学遗传学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因组数据和临床数据	UK Biobank数据库和两个队列研究的数据