单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-22	A multimorphic variant in ThPOK causes an inborn error of immunity with T cell defects and fibrosis 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241174 PMID:40392549	研究论文	首次报道由ThPOK基因变异引起的人类疾病，该变异导致T细胞缺陷和纤维化	首次发现ThPOK基因的杂合变异导致人类疾病，揭示了ThPOK在T细胞发育、TCR激活和纤维化调控中的新作用	仅报告了一个患者病例，样本量较小	研究ThPOK基因变异对人类免疫系统的影响	ThPOK基因变异患者及其细胞模型	免疫学	免疫缺陷病	单细胞RNA测序，慢病毒转导	NA	基因测序数据，转录组数据	1例患者及其细胞模型
2	2025-05-22	Mendelian randomization combined with single-cell sequencing data analysis of chemokines and chemokine receptors and key genes and molecular mechanisms associated with epilepsy 2025-Jun-04, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000002168 PMID:40298633	研究论文	结合孟德尔随机化和单细胞测序数据分析趋化因子及其受体与癫痫相关的关键基因及分子机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，系统分析趋化因子及其受体在癫痫中的功能和调控机制，并预测潜在治疗药物	研究样本量未明确说明，且未进行实验验证预测的药物靶点	探索趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能及潜在调控机制	癫痫患者中的趋化因子及其受体相关基因	生物信息学	癫痫	孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
3	2025-05-22	Functional diversity of cardiac macrophages in health and disease 2025-Jun, Nature reviews. Cardiology DOI:10.1038/s41569-024-01109-8 PMID:39743564	review	本文综述了心脏巨噬细胞在健康和疾病状态下的功能多样性及其在心脏稳态和疾病中的作用	利用单细胞RNA测序技术和空间转录组学技术，揭示了心脏巨噬细胞的新细胞状态和疾病相关细胞邻域	NA	探讨心脏巨噬细胞在心脏疾病发病机制中的具体作用，为新的治疗靶点和诊断工具的开发提供依据	心脏巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
4	2025-05-22	Deciphering the Premetastatic Lymphatic Niche of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241307894 PMID:40082761	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了口腔鳞状细胞癌（OSCC）淋巴结转移前微环境中的细胞结构，特别是CD4+ Tex-pre细胞的作用	首次在淋巴结转移前微环境中鉴定出CD4+ Tex-pre细胞亚群，并揭示其在免疫抑制和促进淋巴结转移中的作用	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床验证	探索口腔鳞状细胞癌淋巴结转移前微环境的细胞组成和免疫抑制机制	口腔鳞状细胞癌患者的淋巴结组织和小鼠模型	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNAscope原位染色，批量RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据，图像数据	OSCC患者的淋巴结样本（包括转移前引流淋巴结和配对的对侧淋巴结）和小鼠模型
5	2025-05-22	Characterization of ROMK cellular heterogeneity along the mouse kidney thick ascending limb 2025-Jun, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-025-03086-4 PMID:40358700	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重成像技术，揭示了小鼠肾脏厚升支（TAL）中ROMK通道的细胞异质性分布	首次发现ROMK蛋白在TAL细胞中的分布与分子不同的细胞类型一致，揭示了ROMK在TAL中的功能异质性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探究肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性及其功能意义	小鼠肾脏厚升支细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、RNAscope原位杂交、迭代间接免疫荧光成像（4i多重成像）、机器学习	NA	RNA测序数据、图像数据	小鼠肾脏组织
6	2025-05-22	Antioxidant interventions reduced cytokine-induced pyroptosis of peripheral MAIT cells in patients with HBV-related cirrhosis 2025-Jun-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000714 PMID:40377492	研究论文	本研究探讨了HBV相关肝硬化患者外周MAIT细胞减少的特征及机制，发现抗氧化干预可减少细胞因子诱导的细胞焦亡	首次揭示了HBV相关肝硬化中MAIT细胞减少与细胞焦亡及氧化应激的关联，并证明抗氧化剂可有效减少这一过程	样本量较小（40例患者），且仅为体外实验验证	探究HBV相关肝硬化患者MAIT细胞减少的机制	HBV相关肝硬化患者的外周MAIT细胞	免疫学	肝硬化	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光、ELISA	NA	血液样本	20名健康对照和40名HBV相关肝硬化患者（20名代偿期和20名失代偿期）
7	2025-05-22	Single-cell analyses unravel ecosystem dynamics and intercellular crosstalk during gallbladder cancer malignant transformation 2025-Jun-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000697 PMID:40377484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了胆囊癌恶性转化过程中的细胞生态系统动态和细胞间通讯	揭示了胆囊癌恶性转化过程中免疫微环境的变化，并鉴定了与预后不良相关的上皮亚型TOP2A+ Epi和免疫抑制性巨噬细胞TOP2A+ Macro	样本量相对较小，仅包括2个正常邻近组织、2个高级别上皮内瘤变和6个胆囊癌样本	理解胆囊癌恶性转化过程中的细胞和分子变化，以识别早期生物标志物和治疗靶点	胆囊癌患者的正常邻近组织、高级别上皮内瘤变组织和胆囊癌组织	digital pathology	gallbladder cancer	单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、多重免疫荧光染色	10种机器学习方法	RNA测序数据、图像数据	98,113个细胞，来自2个正常邻近组织、2个高级别上皮内瘤变和6个胆囊癌样本
8	2025-05-22	Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf063 PMID:40391086	研究论文	介绍了一个名为immunopipe的综合灵活的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)数据分析流程	提供了命令行工具和用户友好的网页界面，支持无编程经验的研究者进行数据分析和监控	未提及具体的技术验证或性能比较数据	增强对T细胞介导的免疫和免疫治疗的理解	单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	NA
9	2025-05-22	Swimming induces bone loss via regulating mechanical sensing pathways in bone marrow 2025-Jun, Mechanobiology in medicine DOI:10.1016/j.mbm.2025.100125 PMID:40395774	研究论文	该研究通过建立长期游泳训练模型，探讨了低负荷运动对骨稳态的影响机制	揭示了游泳通过调节骨髓中的机械感应通路（如Integrins和ERK1/2信号通路）诱导骨丢失的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究低负荷运动（如游泳）对骨稳态的影响机制	小鼠的骨组织和骨髓细胞	骨生物学	骨丢失	单细胞测序、microCT扫描、组织学染色	小鼠长期游泳训练模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明小鼠数量
10	2025-05-22	Isolation of Mouse Bone Marrow Niche Cells for Single-Cell Sequencing 2025-May-22, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_630 PMID:40397275	研究论文	描述了从小鼠股骨和胫骨中分离骨髓微环境细胞用于单细胞RNA测序的方法	利用荧光激活细胞分选技术确保高活性和高纯度的骨髓微环境细胞分离	NA	研究骨髓微环境中的细胞群体	小鼠骨髓微环境细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序, 荧光激活细胞分选	NA	RNA序列数据	小鼠股骨和胫骨中的骨髓微环境细胞
11	2025-05-22	The Landscape of SPP1+ Macrophages Across Tissues and Diseases: A Comprehensive Review 2025-May-21, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13952 PMID:40395129	综述	本文全面综述了SPP1+巨噬细胞在不同组织和疾病中的分布及其功能	总结了SPP1+巨噬细胞在癌症和非癌症疾病中的功能异质性及其与微环境的相互作用	未提及具体的研究方法或数据来源的局限性	探讨SPP1+巨噬细胞在疾病进展中的作用及其潜在治疗靶点	SPP1+巨噬细胞	免疫学	多种疾病（包括癌症和非癌症疾病）	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
12	2025-05-22	A Single-Cell Atlas-Inspired Hitchhiking Therapeutic Strategy for Acute Pancreatitis by Restricting ROS in Neutrophils 2025-May-21, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202502200 PMID:40395143	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了急性胰腺炎中中性粒细胞的亚群组成和极化过程，并开发了一种基于二氧化锰纳米反应器的靶向治疗策略	首次提供了急性胰腺炎中中性粒细胞的单细胞图谱，并创新性地提出了一种基于纳米反应器的靶向治疗策略，通过限制中性粒细胞中的ROS来治疗急性胰腺炎	NA	开发针对急性胰腺炎的个性化治疗方案	中性粒细胞在急性胰腺炎中的极化过程	纳米医学	急性胰腺炎	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
13	2025-05-22	Aging Compromises Terminal Differentiation Program of Cytotoxic Effector Lineage and Promotes Exhaustion in CD8+ T Cells Responding to Coronavirus Infection 2025-May-21, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70109 PMID:40396260	research paper	该研究探讨了衰老如何影响病毒特异性T细胞在感染过程中的分化程序，特别是在冠状病毒感染模型中	揭示了衰老通过失调定义谱系的转录因子表达，损害了病毒特异性CD8 T细胞的终末分化并促进其耗竭	研究基于小鼠冠状病毒感染模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究衰老对病毒特异性T细胞分化程序的影响	老年小鼠中的CD8和CD4 T细胞	免疫学	冠状病毒感染	bulk和单细胞转录组学	小鼠冠状病毒(MHV)感染模型	转录组数据	老年小鼠的CD8和CD4 T细胞
14	2025-05-22	Unraveling the cross-talk between a highly virulent PEDV strain and the host via single-cell transcriptomic analysis 2025-May-21, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00555-25 PMID:40396761	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示高毒力PEDV毒株与宿主之间的相互作用	首次使用单细胞测序技术分析PEDV感染后的宿主细胞组成、基因表达和细胞间通讯的变化，并发现PEDV可在B和T淋巴细胞中启动复制但无法产生感染性子代	研究仅针对一种流行的高毒力PEDV毒株，未涵盖其他毒株的相互作用	探究PEDV与宿主的相互作用机制，为设计靶向抗病毒干预措施提供依据	猪流行性腹泻病毒(PEDV)及其感染的仔猪空肠细胞	病毒学	猪流行性腹泻	单细胞测序	NA	转录组数据	19,612个空肠细胞（来自PEDV感染和对照仔猪）
15	2025-05-22	Malvidin Alleviates Lipopolysaccharide-Induced Acute Lung Injury by Modulating JAK2/STAT3 Signaling to Inhibit Macrophage M1 Polarization and Oxidative Stress 2025-May-21, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00077 PMID:40397040	研究论文	该研究探讨了锦葵色素（Malvidin）通过调节JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激，从而缓解脂多糖诱导的急性肺损伤的作用	首次揭示了锦葵色素在急性肺损伤中的保护作用及其通过JAK2/STAT3信号通路的作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	评估锦葵色素对急性肺损伤的治疗效果并探究其作用机制	脂多糖诱导的急性肺损伤小鼠模型	生物医学	急性肺损伤	单细胞转录组学、药物靶点预测、RNA测序、分子对接和动力学模拟、Western blot	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和体外实验
16	2025-05-22	The Role of HbA1c in Parkinson's Disease: An Integrative Analysis by Single-Cell, Bulk Transcriptome and Mendelian Randomization 2025-May-21, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05063-5 PMID:40397357	research paper	该研究通过单细胞、批量转录组和孟德尔随机化综合分析，探讨了HbA1c在帕金森病中的作用	首次将HbA1c与帕金森病预后关联，并通过多组学方法鉴定出5个潜在诊断靶点	研究依赖于公开数据库数据，可能存在样本选择偏差	探究HbA1c与帕金森病预后的因果关系及潜在诊断标志物	帕金森病患者和对照组的基因组和转录组数据	生物信息学	帕金森病	GWAS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 孟德尔随机化	逆方差加权(IVW)方法, 机器学习	基因组数据, 转录组数据	223个独立SNPs, 625个基因, 842个差异表达基因
17	2025-05-22	Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF 2025-May-21, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410745 PMID:40397381	研究论文	本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞身份和功能	metaTF在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育过程中展示了其在表征细胞身份方面的改进效果，同时还能更好地表征乳腺癌上皮细胞的功能身份，并识别出肿瘤免疫微环境中一种新型神经调节T细胞亚群	NA	通过推断转录因子活性来解密单细胞转录组数据中的细胞身份	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	metaTF	基因表达数据	NA
18	2025-05-22	Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-May-20, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070248 PMID:40071347	研究论文	该研究探讨了骨髓脂肪酸代谢如何激活邻近的造血干细胞，从而促进射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）的发展	发现了HFpEF患者外周血造血干细胞增多的现象，并揭示了骨髓脂肪酸代谢通过影响巨噬细胞线粒体代谢和Vcam1表达来促进HFpEF的机制	研究主要基于动物模型，人类样本验证仍需进一步扩大	探究HFpEF发病机制中免疫系统和代谢异常的作用	HFpEF患者样本和动物模型	心血管疾病研究	心力衰竭	流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记	高脂饮食和高血压诱导的HFpEF小鼠模型	基因表达数据、代谢组数据	患者样本和动物模型（具体数量未明确说明）
19	2025-05-22	Synergistic effects of PA (S184N) and PB2 (E627K) mutations on the increased pathogenicity of H3N2 canine influenza virus infections in mice and dogs 2025-May-20, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01984-24 PMID:40183583	研究论文	研究H3N2犬流感病毒(PA(S184N)和PB2(E627K)突变)在小鼠和狗中致病性增强的协同效应及其机制	首次揭示了PA(S184N)和PB2(E627K)突变协同增强H3N2犬流感病毒对哺乳动物致病性的分子机制，并在单细胞水平阐明了其逃避宿主抗病毒反应的机制	研究主要基于小鼠模型，在狗中的验证样本量可能有限	阐明H3N2犬流感病毒适应哺乳动物的分子机制	H3N2犬流感病毒及其突变株	病毒学	流感	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因序列数据	小鼠和狗的感染实验
20	2025-05-22	OrthologAL: A Shiny application for quality- aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2025-May-20, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311 PMID:40392208	研究论文	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类同源基因数据	开发了OrthologAL工具，能够高效地将非人类物种的单细胞或空间转录组数据转换为人类同源基因数据，并保留原始数据的维度结构	未提及具体的性能比较或转换准确率的量化评估	促进非人类转录组数据的人类同源基因转换，并将药物转录组数据库应用于临床前研究模型	单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型	生物信息学	髓母细胞瘤、脊髓损伤	单细胞转录组学、空间转录组学	Shiny应用程序	基因表达数据	使用了来自公共数据库的多组数据集，包括GSE129730、E-MTAB-11720、GSE213240和GSE234774