单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-22	High-Sensitivity PD-L1 Staining Using Clone 73-10 Antibody and Spatial Transcriptomics for Precise Expression Analysis in Non-Tumorous, Intraepithelial Neoplasia, and Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck 2025-May-20, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01798-8 PMID:40392349	研究论文	本研究使用高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术，评估了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中PD-L1的表达情况，以探索其在免疫检查点抑制剂治疗中的潜在应用	首次将高灵敏度的73-10抗体与空间转录组学技术结合，用于HNSCC中PD-L1表达的精确分析，并揭示了HIF-1α和IFN-γ作为PD-L1表达的关键调控因子	样本量相对较小（94例临床样本和6例配对样本），且仅针对头颈部鳞状细胞癌进行研究	评估PD-L1在HNSCC中的表达情况，以扩大免疫检查点抑制剂治疗的适用患者范围	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）、鳞状上皮内瘤变（SIN）和正常口腔黏膜（NOM）样本	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组织化学染色（IHC）、空间转录组学（ST）	NA	组织样本、转录组数据	94例HNSCC临床样本和6例配对样本（HNSCC、SIN和NOM）
22	2025-05-22	Neuron-like macrophage differentiation via the APOE-TREM2 axis contributes to chronic pain in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-20, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10035-5 PMID:40392335	研究论文	本研究探讨了APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中通过促进巨噬细胞向神经元样细胞分化中的作用	首次揭示了APOE-TREM2轴调控巨噬细胞向神经元样细胞分化的机制及其在鼻咽癌慢性疼痛中的作用	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中的作用机制	鼻咽癌患者组织样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、TCGA转录组数据分析、体外共培养系统	小鼠疼痛模型	转录组数据、单细胞测序数据	TCGA-NPC数据集和单细胞测序样本（具体数量未明确说明）
23	2025-05-22	Single cell transcription revealing key transcription factors in embryonic kidney development 2025-May-20, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05307-x PMID:40392427	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胚胎肾脏发育过程中的关键转录因子	利用单细胞RNA测序技术揭示了肾祖细胞中的不同亚群及其转录景观，并识别了关键转录因子	需要进一步研究以验证这些发现及其治疗潜力	探索肾脏发育的分子机制	肾祖细胞及其分化为肾小管上皮细胞和足细胞的过程	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
24	2025-05-22	IL-1β Signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues 2025-May-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188724 PMID:40392614	研究论文	该研究探讨了IL-1β信号在人类淋巴组织中如何调节滤泡辅助性T细胞（Tfh）和滤泡调节性T细胞（Tfr）的平衡	揭示了IL-1β通过IL-1R1和IL-1R2受体在人类淋巴组织中调节Tfh和Tfr细胞活化的新机制，并发现IL-1β信号与自身免疫疾病中自身抗体产生的关联	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，未涉及大规模临床试验验证	阐明IL-1β信号在人类淋巴组织中对Tfh和Tfr细胞平衡的调节作用及其与自身免疫疾病的关联	人类次级淋巴器官（扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结）中的Tfh和Tfr细胞	免疫学	自身免疫疾病	流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养	NA	细胞表型数据、基因表达数据	人类次级淋巴器官样本及自身免疫患者样本
25	2025-05-22	Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human Bronchoalveolar Lavage Cells by scRNA-Sequencing 2025-May-20, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA PMID:40392631	研究论文	比较基于液滴和微孔的方法在分析冷冻保存的人类支气管肺泡灌洗细胞单细胞RNA测序中的应用	首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类支气管肺泡灌洗液细胞中的应用，特别关注了不同细胞类型的转录本和基因数量差异	仅使用了四个BALF样本，样本量较小	解决使用新鲜材料进行单细胞RNA测序的物流挑战，特别是在人类样本中	人类支气管肺泡灌洗液(BALF)细胞	单细胞测序	NA	scRNA-seq, SCENIC	NA	RNA测序数据	4个BALF样本
26	2025-05-22	Spatial transcriptomics advances the use of canine patients in cancer research: analysis of osteosarcoma-bearing pet dogs enrolled in a clinical trial 2025-May-20, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0687 PMID:40392977	研究论文	本文首次应用GeoMx Canine Cancer Atlas技术对参与骨肉瘤临床试验的犬类患者的预后相关样本进行分析	首次将空间转录组学技术应用于犬类骨肉瘤样本，并与人类骨肉瘤研究结果进行对比	样本量较小（每组8例），且仅针对犬类样本	探索犬类骨肉瘤模型在人类癌症研究中的应用价值	参与骨肉瘤临床试验的犬类患者样本	数字病理学	骨肉瘤	空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler）	NA	组织微阵列（TMA）	16例犬类骨肉瘤样本（高DFI组8例，低DFI组8例）
27	2025-05-22	Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs 2025-May-20, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8523 PMID:40393465	研究论文	本研究探讨了Asperosaponin VI (ASP)通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，从而促进骨质疏松性骨折愈合的机制	首次揭示了ASP通过激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路促进LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，为骨质疏松性骨折治疗提供了新的治疗策略	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证	阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并提出新的治疗方案	LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs	骨生物学	骨质疏松性骨折	单细胞RNA测序、分子对接、CETSA、DARTS、三维培养、划痕愈合实验、管形成实验、Western blotting、免疫荧光染色、流式细胞术	OVX模型结合股骨骨折	RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
28	2025-05-22	ACSS2 mediates an epigenetic pathway to regulate β-cell adaptation during gestation in mice 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58322-3 PMID:40393969	研究论文	本研究揭示了小鼠妊娠期间β细胞适应的精确过程，并发现了一个特定的表观遗传途径调控这一过程	在单细胞水平上揭示了妊娠期间β细胞适应的精细调控过程，并确定了ACSS2介导的表观遗传途径在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究妊娠期间胰腺β细胞适应的分子机制	小鼠胰腺β细胞	表观遗传学	妊娠糖尿病	单细胞转录组分析、遗传分析	小鼠模型	转录组数据、表观遗传数据	NA
29	2025-05-22	CellFM: a large-scale foundation model pre-trained on transcriptomics of 100 million human cells 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59926-5 PMID:40393991	研究论文	本文介绍了一个基于1000万人类细胞转录组数据预训练的大规模基础模型CellFM	使用1000万人类细胞数据训练包含8亿参数的CellFM模型，在多个任务上优于现有模型	NA	开发一个能够统一表示细胞状态的单细胞基础模型	人类单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	RetNet	转录组数据	1000万人类细胞
30	2025-05-22	TGF-β signaling redirects Sox11 gene regulatory activity to promote partial EMT and collective invasion of oncogenically transformed intestinal organoids 2025-May-20, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-025-00560-7 PMID:40393982	研究论文	该研究探讨了TGF-β信号如何通过调控Sox11基因的表达，促进部分上皮-间质转化(pEMT)和集体侵袭，在结直肠癌(CRC)模型中揭示了其机制	发现Sox11在TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭中的关键作用，并揭示其在肠道组织稳态、肿瘤抑制和癌症侵袭中的多重调控网络	研究仅基于肠道类器官模型，未在体内环境中验证Sox11的作用	探究TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭的分子机制	携带结直肠癌驱动突变的肠道类器官	癌症生物学	结直肠癌	scRNA-seq, 免疫荧光染色, 功能丧失和过表达实验	肠道类器官模型	基因表达数据, 图像数据	未明确说明类器官数量，但包含人类CRC样本分析
31	2025-05-22	The unique hypertrophic and fibrotic features of neonatal right ventricle in response to pressure overload 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01427-y PMID:40394014	研究论文	本研究介绍了一种新生儿大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，揭示了压力超负荷引起的右心室肥厚和纤维化的分子特征	首次建立了新生儿右心室压力超负荷模型，并通过单细胞RNA测序揭示了新生儿右心室对压力超负荷反应的独特特征	研究仅基于动物模型，尚未在人类样本中验证	研究儿科心力衰竭的病理机制，特别是右心室压力超负荷引起的肥厚和纤维化	新生儿大鼠/小鼠的右心室组织	心血管疾病研究	心血管疾病	RNA测序（bulk RNA和单细胞RNA测序）、qRT-PCR、组织学染色	NA	基因表达数据	新生儿大鼠/小鼠模型
32	2025-05-22	Sphingolipid metabolism-related genes as diagnostic markers in pneumonia-induced sepsis: the AUG model 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01150-8 PMID:40394027	研究论文	本研究识别了一个与鞘脂代谢相关的新基因特征（AUG模型），用于肺炎诱导的脓毒症（PIS）的诊断和预后评估	首次提出由ACER3、UGCG和GBA组成的AUG模型作为PIS的诊断标志物，并揭示了其在免疫细胞死亡途径中的作用	临床队列样本量较小（20例PIS患者、31例肺炎病例和11例健康对照）	识别肺炎诱导脓毒症的诊断标志物和治疗靶点	肺炎诱导的脓毒症患者	生物医学	脓毒症	转录组分析（bulk和single-cell）	AUG模型	mRNA和蛋白质表达数据	训练数据集（GSE65682）、验证数据集（E-MTAB-1548和E-MTAB-5273）以及20例PIS患者、31例肺炎病例和11例健康对照的临床队列
33	2025-05-22	Decoding the impact of MMP1+ malignant subsets on tumor-immune interactions: insights from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02503-y PMID:40394037	research paper	该研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了MMP1在肿瘤生物学和免疫调节中的作用及其对肿瘤进展的影响	揭示了MMP1+恶性细胞与免疫细胞（特别是巨噬细胞和CD8+ T细胞）的显著相互作用，并确定了CXCL16-CXCR6和ANXA1-FPR3信号轴作为这些相互作用的关键介质	研究主要基于体外实验和转录组学数据，缺乏体内实验验证和临床治疗效果评估	探讨MMP1在肿瘤进展和免疫调节中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力	MMP1+恶性细胞及其与免疫细胞的相互作用	digital pathology	tumor	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data, spatial transcriptomics data	大规模单细胞RNA测序和空间转录组学数据（具体样本数量未提及）
34	2025-05-22	Multimodal spatial proteomic profiling in acute myeloid leukemia 2025-May-20, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00897-7 PMID:40394148	research paper	该研究通过多模态空间蛋白质组学分析，揭示了急性髓系白血病（AML）骨髓微环境中的三级淋巴样聚集体的存在及其对预后的预测价值	开发了一种基于组织微阵列的高通量空间免疫荧光和质谱流式成像流程，首次在骨髓中发现并验证了三级淋巴样聚集体的存在	研究样本量有限，且骨髓脱钙和自发荧光问题可能影响成像质量	解析AML骨髓微环境中白血病细胞与免疫系统的相互作用机制	急性髓系白血病患者的骨髓微环境	digital pathology	leukemia	空间免疫荧光成像、质谱流式成像、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	480例患者的公共转录组数据集
35	2025-05-22	HSD17B1-mediated trophoblast differentiation lowers estrogen levels in early-onset preeclampsia 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02490-1 PMID:40394177	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了HSD17B1在早发型子痫前期（EOPE）发病机制中的核心作用	首次发现HSD17B1作为调控滋养层细胞分化和雌激素合成的关键酶，在EOPE发病机制中起核心作用	研究主要基于体外细胞模型和有限临床样本，需要更大规模临床验证	探究早发型子痫前期伴胎儿生长受限的发病机制	胎盘滋养层细胞亚型	生殖医学	妊娠高血压疾病	scRNA-seq, 免疫组化, western blotting	BeWo滋养层细胞模型	单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	临床胎盘样本（数量未明确）
36	2025-05-22	A dynamic and multimodal framework to define microglial states 2025-May-20, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01978-3 PMID:40394327	research paper	提出一个动态多模态框架来定义小胶质细胞状态，挑战现有离散分类范式	提出小胶质细胞连续状态模型，强调其动态特性而非离散分类	未明确说明具体实验验证方法或数据来源	建立更准确的小胶质细胞状态分类框架	中枢神经系统中的小胶质细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	连续状态模型	基因表达数据	NA
37	2025-05-22	Pyroptosis drives tumor progression and immune evasion in Hepatocellular Carcinoma: a single-cell and spatial transcriptomic study 2025-May-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02421-6 PMID:40394449	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，探讨了细胞焦亡在肝细胞癌（HCC）中的关键作用及其对肿瘤微环境的影响	首次在HCC中鉴定出CHMP4B作为细胞焦亡的关键基因，并揭示其通过调控免疫抑制微环境促进肿瘤进展和免疫逃逸的机制	样本量较小（10例HCC患者），需要更大数据集和多组学方法进一步验证	研究细胞焦亡相关基因在HCC中的表达及其对预后和肿瘤微环境的影响	肝细胞癌（HCC）患者样本	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序、机器学习（LASSO回归）	NA	基因表达数据（RNA-seq）	10例HCC患者（来自GEO数据库GSE149614）和TCGA数据
38	2025-05-22	Scmaskgan: masked multi-scale CNN and attention-enhanced GAN for scRNA-seq dropout imputation 2025-May-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06138-9 PMID:40394489	研究论文	提出了一种名为scMASKGAN的新方法，用于单细胞RNA测序数据中的缺失值填充，通过将矩阵填充任务转化为像素恢复任务来提高基因表达数据的恢复效果	结合了掩码机制、CNN、注意力机制和残差网络，有效解决了scRNA-seq数据中的缺失事件，并通过细胞类型标签作为约束来学习更准确的细胞特征	NA	提高单细胞RNA测序数据中缺失基因表达数据的恢复效果	单细胞RNA测序数据	数字病理学	神经母细胞瘤	scRNA-seq	CNN, GAN, ResNet	基因表达数据	10个神经母细胞瘤样本
39	2025-05-22	A novel NFKB1 agonist remodels tumor microenvironment and activates dendritic cells to promote anti-tumor immunity in colorectal cancer 2025-May-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06576-2 PMID:40394677	研究论文	该研究鉴定了一种新型NFKB1激动剂F1929-1458，通过重塑肿瘤微环境并激活树突状细胞来促进抗肿瘤免疫	首次发现F1929-1458通过结合NFKB1激活NF-κB信号通路，诱导肿瘤细胞释放DAMPs，进而激活DC的cGAS-STING和NLRP3炎症小体通路，增强T细胞介导的抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，人体内的效果尚需验证	寻找能够同时靶向癌症干细胞和肿瘤微环境的治疗剂，以克服治疗抵抗	结直肠癌	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、小分子pull-down质谱、细胞热位移实验、药物亲和实验、分子对接	小鼠结直肠癌移植瘤模型(CT26细胞系)	NA	NA
40	2025-05-22	Non-variable RNA deletion using the CRISPR-Cas9 technique demonstrated improved outcomes in human intestine single-cell RNA sequencing data, even at half sequencing depths 2025-May-20, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00043-6 PMID:40394729	research paper	该研究提出了一种基于CRISPR-Cas9技术的方法，用于选择性去除单细胞RNA测序数据中的非可变RNA，以提高数据质量	使用CRISPR-Cas9技术选择性去除非可变RNA，相比计算方法更有效且不损害生物相关数据	研究仅针对人类肠道组织样本，未验证在其他组织或样本类型中的适用性	提高单细胞RNA测序数据的质量，减少测序成本	人类肠道组织的单细胞RNA测序数据	单细胞测序	NA	CRISPR-Cas9, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	17名患者的肠道组织样本